]> Creatis software - gdcm.git/blob - ChangeLog
07c83360f82df77a0664d06460b665688fc070d2
[gdcm.git] / ChangeLog
1 2004-11-03 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2   * Now the dictionary is compiled into gdcm lib. This is a default 
3     behavior, thus any dic file specified is picked before failback to 
4     the one comiled into lib
5
6 2004-10-27 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
7   * Change internals for gdcmDict. Don't use any 'new' any more.
8     This should definitely solve any leak problem, and we should be
9     as fast as before, as long as don't modify too much the dictionary.
10
11 2004-10-25 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
12   * STYLE: ivars should start with a capital letter. 
13   * Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). 
14   * remove 'virtual' as Style specify subclasses shouldn't reuse the keyword
15   
16 2004-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
17   * Doc/Dicom2004_Part5.pdf added (thanks to JPR).
18   * Dicts/dicomTS2004.dic, dicomV3VM2004.dic, groupNameAbbreviations2004.dic
19     new 2004 dictionaries added (thanks to JPR).
20   * FIX dashboard warning RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
21   * CLEANUP_ROUND (15) for gdcmPixelConvert
22     - RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
23     - gdcmFile::GetImageData(), GetImageDataIntoVector(), GetImageDataRaw()
24       are now all based on PixelConverter. ::GetImageDataIntoVectorRaw()
25       no longer exists.
26
27 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
28   * Initial work in gathering all transfer syntax accessors. clearly 
29    IsDecompressed/IsJPEG2000/IsJPEGLossless/IsRLELossless shouldn't be all 
30    ivars, but only one transfersyntax (class) ivar with equivalent method on 
31    the class.
32   
33 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
34   * Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp 
35     solution with the two files jdatadst.cxx and jdatasrc.cxx, this need to be 
36     discussed (plus I didn't like having a 2000 lines patch not commited)
37
38 2004-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
39   * src/gdcmDocument.cxx: wrong type on return fixed (thanks dashboard)
40   * CLEANUP_ROUND (14) for gdcmPixelConvert
41     - PixelConvert::GetLutRGBA(FILE*) is now GetLutRGBA() (no fp needed)
42     - PixelConvert::BuildRGBImage()(FILE*) is now BuildRGBImage() (no fp needed)
43     - File::GetImageDataIntoVector() doesn't need unnecessary OpenFile() and
44       CloseFile() anymore.
45     - File::GetImageDataRaw() doesn't call GetImageDataIntoVectorRaw()
46       anymore and hence avoids storing a copy of PixelConvert::Decompressed
47       into File::Pixel_Data.
48
49 2004-10-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
50   * src/gdcmDocument.cxx ftell() return properly stored in a long (i.e.
51     no longer depends on's programmers PMS = Preposterous Mood Swings ;).
52   * CLEANUP_ROUND (13) for gdcmPixelConvert
53     Substituted File::ParsePixelData() with PixelConvert::Print() new
54     method:
55     - src/gdcmParsePixels.cxx removed (only contained File::ParsePixelData())
56     - src/gdcmRLEFrame.cxx, gdcmJPEGFragment.cxx added. Added a ::Print()
57       method to those classes.
58     - src/gdcmFile.[cxx|h]:
59       -- Added a ::Print() method.
60       -- PixelConverter is now a reference instead of a member.
61       -- gdcmPython/gdcm.i: added "using namespace gdcm" in order for
62          gdcm_wrap.cxx to "understand" File::GetPixelConverter()
63
64 2004-10-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
65   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: when dot is present the
66     collaboration diagram and inheritance diagram should be generated with
67     doxygen.
68   * Doc/Website/Sidebar.html: Dashboard is now also in the sidebar.
69   * gdcmPython/gdcm.i: gdcmRLEFramesInfo.h gdcmJPEGFragmentsInfo.h are
70     pointlessly wrapped (see
71     http://www.creatis.insa-lyon.fr/pipermail/dcmlib/2004-October/000692.html )
72   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (sugar is my friend stage)
73     - Header::GetLUTRGBA() moved to PixelConvert::GetLutRGBA()
74     - vtk/vtkGdcmReader.cxx: adapted to displacment of Header::GetLUTRGBA()
75     - Document::RLEInfo and JPEGInfo are now pointer members (Swig thing)
76     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
77       -- File::Initialise: PixelConverter setup moved away to
78            PixelConverter::GrabInformationsFromHeader()
79       -- File::GetImageDataIntoVector(): Lut R + Lut G + Lut B color table
80          interpretation moved away to PixelConverter::BuildRGBImage()
81
82 2004-10-16 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
83   * Remove GDCM_EXPORT keyword from gdcm::DirList due to :
84     http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP
85
86 2004-10-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
87   * src/gdcmDebug.cxx last ditch attempt to get warning/error messages
88     displayed on Win32 when a brutal abort() occurs (because of uncatched
89     exception). See TODO new entry of this commit for more on this.
90   * TODO added new entry.
91   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (nicotine is my friend stage)
92     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
93     - HandleColor is no longer called from gdcmFile.cxx
94     - gdcmPixelConvert.cxx clean up on method arguments and internal
95       variable names for semantical coherence.
96
97 2004-10-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
98   * Finished lossless transition, not only do we now read all lossless jpeg
99   images, without the need of the Cornwell lib, but we do read them properly now
100   * To reduce code (well to avoid code duplication), I defined a common place
101   for jpeg read/write: gdcmJpeg.cxx. Now gdcmJpeg[8,12 16] include this file and
102   redefine symbols. This is not prefect but this the best solution I found for a
103   compilation time jpeg option.
104
105 2004-10-13 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
106   * Update jpeg ijg lib to support lossless jpeg implementation
107     For more info look in jpeg/libijg/README.GDCM.txt for necessary steps to
108     reproduce at home.
109   * Also added a special copyright for dcmtk since we use their bugfixes.
110   Thanks dcmtk crew !
111
112 2004-10-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
113   * Doc/Website/MailingList.html added (Sidebar.html changed accordingly).
114   * gdcmPython/gdcm.i: fix for compilation of wrappers (Note: %include order
115     matters, as stated in warning note at begining of %include section).
116   * src/gdcmDicomDir*.[cxx|h]: coding style
117   * src/gdcmDocument.h: doxygen \ref seems uncompatible with \todo.
118   * src/gdcmJpeg8.cxx: doxygen fix.
119   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (seing the ligth stage)
120     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: color handling moved
121     from File:: to PixelConvert::.
122
123 2004-10-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
124   * CLEANUP_ROUND (11) for gdcmPixelConvert (cafeine is my friend stage)
125     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
126      - more code moved away from File:: to PixelConvert::
127      - fat setup of PixelConverter set in place in File::Initialise.
128
129 2004-10-12 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
130   * Apply patch for namespace in gdcm. Didn't rename files for keeping a sort of
131   namespace at the file system level. So now you should convert your examples
132   like this:
133     gdcmHeader  ->   gdcm::Header
134   It would be nice if people keep in mind to no open the namespace, since it
135   allows compilation on broken plateform which were defining common symbol in
136   the standart namespace (like LP, Unknown ...)
137
138 2004-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
139   * CLEANUP_ROUND (10) for gdcmPixelConvert (Xanax is my friend stage)
140     The JPEG fragments are now parsed at the same stage than the RLE
141     information. All code related to JPEG is now in gdcmPixelConvert:
142     - src/gdcmJPEGFragment.h and gdcmJPEGFragmentsInfo.[h|cxx] added 
143     - src/gdcmJpeg12.cxx, gdcmJpeg2000.cxx and gdcmJpeg8.cxx no longer
144       export a gdcmFile:: method. Those are simply global functions
145       (for the time being this is better than having them attach to
146        either gdcmFile:: or gdcmPixelConvert::).
147     - src/gdcmDocument.[cxx|h], gdcmDocument:: now parser the JPEG fragments
148       and stores the result in a gdcmJPEGFragmentsInfo.
149     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: all JPEG related
150       code (among other stuff) moved away from gdcmFile:; to 
151       gdcmPixelConvert::
152
153 2004-10-08 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
154   * src/gdcmCommon.h now declares int8_t for non stdint.h plateforms.
155   * CLEANUP_ROUND (7) for gdcmPixelConvert (lost at sea)
156     - src/gdcmFile.h gdcmPixelConvert.cxx gdcmPixelConvert.h gdcmRLE.cxx:
157       clean up of RLE related code. 
158   * CLEANUP_ROUND (8) for gdcmPixelConvert (end of RLE nigthmare)
159     - src/gdcmRLE.cxx removed
160     - src/gdcmPixelConvert.cxx all RLE code is now in PixelConvert::
161     - src/CMakeLists.txt gdcmFile.[cxx|h] changed accordingly
162     - src/gdcmRLEFrame*.h gdcmPixelConvert is now a friend class.
163   * CLEANUP_ROUND (9) for gdcmPixelConvert
164     - src/gdcmFile.[cxx|h} gdcmPixelConvert.[cxx|h], SwapZone(),
165       ConvertReorderEndianity(), ConvertDecmpres12BitsTo16Bits() moved
166       away from gdcmFile:: to gdcmPixelConvert::.
167
168 2004-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
169   * CLEANUP_ROUND (5) for gdcmPixelConvert (Upshit creek without a paddle)
170     - src/gdcmDocument.[cxx|h] Parse7Fe0 renamed to ComputeRLEInfo.
171       This is because Parse7Fe0 used to parse the pixels to compute the
172       length. This task was passed over to FindDocEntryLengthOB() a long
173       time ago, EXCEPT I had forgotten the OW case...
174       Hence Parse7Fe0 was no longer necessary. When renaming to ComputeRLEInfo
175       we just recylce the code for parsing RLE fragments and computing
176       offsets.
177   * CLEANUP_ROUND (6) for gdcmPixelConvert (man, I need a paddle bad)
178     - src/gdcmRLE.cxx: is now much simpler and avoids code replication
179         with the retired Parse7Fe0().
180     - src/gdcmRLEFrame.h: type fix for properly computing OffSet[]
181     - src/gdcmDocument.cxx: segments offset are now correct + clean up.
182
183 2004-10-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
184   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert (nightmare stage)
185     - src/gdcmRLEFramesInfo.[cxx|h], gdcmRLEFrame.h added
186     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::Parse7FE0 now sets up the RLEInfo.
187     - src/CMakeLists.txt: alphabetic order reodering + new entries.
188   * CLEANUP_ROUND (4) for gdcmPixelConvert
189     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::ParseDES and ::ParseSQ no longer bother
190       to return an unused length.
191
192 2004-10-09 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
193   * Remove all sprintf from the code to centralize in one spot in gdcmUtil
194     this should be cleanner from the plane view. The iostream are erally a pain
195     to use to do simple stuff.
196
197 2004-10-04 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
198   * Redo the compilation of the ijg jpeg library. Now only one source is
199     necesseray. No need to rename file by hand what so ever. CMake handle the
200     copying of the file within different directory, configure header file to
201     modify some symbol. The only addition made to ijg wasd a mangle table so
202     that symbol are different wether we are within 8bits or 12bits.
203
204 2004-10-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
205   * Added documentation of vtkgdcmReader on Website:
206      - testvtkGdcmReader.cxx renamed to vtkGdcmDemo.cxx (to be compatible
207        with it's binary name).
208      - vtk/vtkGdcmDemo.cxx and vtkgdcmViewer.cxx: added comments for
209        the Website to be more complete.
210      - Doc/doxygen.config.in: vtk/vtkGdcmReader.cxx now appears on 
211        doxygenated documentation.
212      - Doc/DoxyVtkGdcmReaderExamples.txt added
213        (see http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/html.developper/
214                   DoxyVtkGdmReaderExamples.html )
215   * src/win32, vtk/win32 manually maintained .dsp and .dsw removed.
216   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert
217    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
218
219 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
220   * CLEANUP_ROUND (2) for gdcmPixelConvert
221    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
222
223 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
224   * CLEANUP_ROUND for gdcmPixelConvert:
225     - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h, gdcmHeader.cxx, gdcmHeader.h clean up
226     - src/gdcmPixelStuff[h|cxx] removed
227     - src/gdcmPixelConvert[h|cxx] added. Preparatory work included.
228     - src/CMakeLists.txt changed accordingly
229   * GDCMHOME clean up:
230     - MANIFEST.in, WrapSwig.py, WrapVTK.py, distutilsWrapping.py and
231       gdcmVersion.py moved to newly created ATTIC related
232       gdcmPython/SetupOldies/ directory.
233   * Autotools clean up:
234     - */*/Makefile.am removed AT EXCEPTION of gdcmPython/Makefile.am
235     - autogen.sh configure.in acinclude.m4 python.m4 removed 
236
237 2004-09-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
238   * src/*.cxx *.h Reference to License.htm fixed to License.html.
239   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: fix.
240   * Doc/Website/ConformanceSummary.html, minimal conformance statement added.
241
242 2004-09-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
243   * TODO updated with Mathieu suggestions. I proposed a template for
244     describing TODO entries and used it for new entries.
245   * Added Doc/Website/CodingStyle.html, Developpers.html,
246     DeveloppersPython.html, GdcmDataCvs.html and
247     DownloadVersion0_1.html, DownloadVersion0_3.html.
248   * Some Doc/*.txt Doxygen files (which do not really concern the
249     documentation itself, but the website) moved to html and
250     placed in directory Doc/Website:
251     - Doc/DoxyDevelInstal.txt moved to Doc/Website/Developpers.html
252     - Doc/DoxyInstallation.txt moved to Doc/Website/Installation.html
253     - Doc/DoxyIntroduction.txt included in Doc/Website/Main.html
254   * Doc/DoxyfileDeveloppers, DoxyfileUsers, Makefile.am oldies removed.
255   * CMakeLists.txt changed accordingly.
256   * DEVELOPPER spread out in Doc/Website/Developpers.html, CodingStyle.html,
257     DeveloppersPython.html
258   * INSTALL nows refers to Doc/Website/Installation.html
259
260 2004-09-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
261   * Added Doc/Website directory, that contains a first raw version
262     of gdcm Web site.
263
264 2004-09-23 Jean-Pierre Roux
265   * FIX In order not to be poluted any longer by casting problems,
266     the member VoidArea of gdcmBinEntry is now uint8_t* (instead of void *)
267          we can now delete[] it safely  
268   * VoidArea is now called BinArea (less confusing name),
269     and all the methods called ...VoidArea... are now ... BinArea...
270   * class gdcmObject is now called gdcmDicomDirObject (less confusing name)
271
272 2004-09-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
273   * src/gdcmDocument.cxx: gdcmDocument::~gdcmDocument() doesn't clear (nor
274     clear) TagHT, which is an inherited member of gdcmElementSet. It is
275     up to the destructor of gdcmElementSet to clean up TagHt and it's
276     pointed content.
277
278 2004-09-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
279   * Test/CMakeLists.txt: update to follow gdcmData renamings.
280   * src/gdcmCommon.h, gdcmDocument.cxx: doxygen typos
281
282 2004-09-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
283   * ENH: added some utility method that builds a flat dictionnary
284     holding all the Dicom entries contained in the recursive structure
285     of a gdcmElementSet. Refer to add FlatHashTablePrint.cxx for 
286     an example of usage.
287     - src/gdcmDocument.[h|cxx] added BuildFlatHashTableRecurse() and
288       BuildFlatHashTable() that build a flat dictionary.
289     - src/gdcmElementSet.h: added a new private GetTag() accessor.
290       gdcmDocument is now a friend of gdcmElementSet.
291     - src/gdcmElementSet.cxx: clean up.
292     - Example/FlatHashTablePrint.cxx added.
293     - Example/CmakeLists.txt changed accordingly
294
295 2004-09-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
296   * gdcmDocEntrySet::SQDepthLevel and gdcmDocEntrySet::BaseTagKey attributes
297     moved away from gdcmDocEntrySet (since this class is an abstract class
298     acting like an interface). SQDepthLevel and BaseTagKey are now
299     in class 
300     - src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx] removal of SQDepthLevel and BaseTagKey
301       and associated accessors. Doxygenation of the class.
302     - src/gdcmSQItem.[h|cxx] SQDepthLevel and BaseTagKey and associated
303       accessors added.
304     - src/gdcmSeqEntry.[h|cxx]: constructor doesn't handle depth anymore.
305       Use SQDepthLevel accessor instead. ::Print() adapted.
306     - src/gdcmElementSet.cxx changed according to changes in gdcmSeqEntry.
307     - src/gdcmDocument.cxx changed accordingly.
308
309 2004-09-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
310   * Preparation of writing a gdcmHeader iterator: generalisation of gdcmTagKey
311     - The following is the doxygen comment of the typedef declaration
312       of gdcmagKey in src/gdcmCommon.h:
313            gdcmTagKey is made to old an "universal" (as in URL, Universal
314            Ressource Locator)  key to a gdcmDocEntry i.e. a dicom tag.
315            A dicom tag allways has a group and an element, but a set of tags
316            embeded in various (optionally nested) sequences and sharing
317            the same group and element all share the same (group, element)
318            "identifier". Hence the (group, element) cannot be used as an
319            identifier (in gdcm we shall refer to a "TagKey") of a tag.
320            In order to construct a proper tag identifier (i.e. a key) we
321            consider the following definition of a TagKey:
322            - let Group, Element be the string representation of the
323              group and element dicom tag members,
324            - let ItemNumber be the string representation of the integer
325              index of the considered item number of a sequence,
326            Let the key of a tag embeded in a sequence, noted SeqTag, be
327            the form:
328               /ItemNumber#Group|Element
329            where "/", "#" and "|" are characters acting as separators.
330            Then the general form of a gdcmTagKey is given by:
331               Group|Element<SeqTag>
332            where <SeqTag> means NO or many instances of SeqTag.
333            Hence the gdcmTagKey of a tag not "leaving" in a sequence is the
334            string e.g.
335                0028|1201
336            but the gdcmTagKey of a tag "embeded" is the first item of
337            a sequence, itself nested in the third item of a sequence is the
338            string e.g.
339                0004|1220/2#0008|0082/0#0008|0090
340     - src/gdcmDocEntry.h: added a new Key (of type gdcmTagKey) member, in
341       order to hold the new sequence compatible key. Previously, the 
342       GetKey() method would look in the underlying gdcmDictEntry.
343     - src/gdcmDocEntry.cxx:
344       -- constructor now copies the underlying DictEntry key, in the local
345          Key member.
346       -- ::Print: displays the member Key, instead of the (group, element).
347     - src/gdcmCommon.h: added some comments on typedef gdcmTagKey.
348     - src/gdcmDocEntrySet.h:xi
349       -- ::ParseDES() now setups the gdcmTagKey of the sequence it is parsing.
350       -- now has a new BaseTagKey member.
351       -- STYLE.
352   * src/gdcmValEntry.[h|cxx], src/gdcmBinEntry.[h|cxx]: the member VoidArea,
353     previously a member of gdcmValEntry, moved to gdcmBinEntry were is
354     truly belongs.
355     This poses the problem with the semantics of the following lines
356        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
357        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
358        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
359     in gdcmDocument::gdcmDocument(std::string const & ). Please refer
360     to the long FIXME note for what the problem is. Nevertheless in
361     order to get things working the dicom dictionary was altered !
362     Please fix things urgently...
363   * Dicts/dicomV3.dic WRONGLY altered (this means we introduced a uncorrect
364     information), see above note on moving the member VoidArea. Nevertheless
365     the following entries previously correctly set as US are now inproperly
366     set to OW:
367       0028 1201 OW IMG Red Palette Color Lookup Table Data
368       0028 1202 OW IMG Green Palette Color Lookup Table Data
369       0028 1203 OW IMG Blue Palette Color Lookup Table Data
370   * src/gdcmDocEntry.[h|cxx], src/gdcmSeqEntry.h: SQDepthLevel member
371     of gdcmDocEntry moved to gdcmSeqEntry.
372   * src/gdcmSeqEntry.cxx: STYLE.
373
374 2004-08-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
375   * Test/TestAllEntryVerify.cxx minor fix and added comments.
376
377 2004-08-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
378   * gdcmPython/testSuite.py: all the test suite in python is now moved
379     to it's C++ version (see gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt)
380   * Test/CMakeLists.txt adapted to renaming of files in gdcmData
381   * gdcm/TODO and src/gdcmDictSet.h cleaned up frow the "TODO Swig" oldies
382
383 2004-08-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
384   * gdcmPython/CMakeLists.txt: SWIG_FLAGS doesn't declare includeall
385     to avoid inclusion recursion until STL is reached.
386   * src/gdcmDocument.[h|cxx]: exceptions substituted to errno C-style
387     mecanism. errno.h is not included in gdcm anymore.
388   * src/gdcmException.h: introduced new gdcmFormatUnexpected class
389     (gdcmFormatError now inherits from gdcmFormatUnexpected).
390   * TODO updated
391   * gdcmPython/testSuite.py checks on CR-MONO1-10-chest.dcm moved to
392     gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
393   * Test/TestAllEntryVerify.cxx is now effective (used allways return true)
394   * src/gdcmDocument.[cxx|h]: constructors no longer use the bool
395     exception_on_error parameter.
396     - src/gdcmFile.[cxx|h], src/gdcmHeader.[cxx|h] changed accordingly,
397     - vtk/vtkGdcmReader.cxx changed accordingly,
398     - Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
399
400 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
401   * src/gdcmDicomDir.cxx, gdcmDocEntrySet.cxx: removed inclusion of errno.h
402   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
403     enable_sequences removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
404   * Example/PrintHeader.cxx: fixed accordingly (enable_sequences removal).
405   * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: dummy fix.
406   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
407     skip_shadow removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
408   * Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
409
410 2004-07-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
411   * Test/CMakeLists.txt: newly re-introduced SIEMENS_Sonata-12-MONO2-SQ.dcm
412     in gdcmData (previously known as E00001S03I0015.dcm) is blacklisted.
413
414 2004-07-21 Jean-Pierre Roux
415   * FIX Now, Parsing and Printing a DICOMDIR do work!
416        ( troubles remain in makeDicomDir and BuildUpDicomDir :-(
417                  
418 2004-07-20 Jean-Pierre Roux
419   * FIX Some brain damaged headers have Zero-Lenght fields 
420         for 'Transfert Syntax UID', or 'Media Stored SOP Class UID'.
421
422 2004-07-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
423    * src/gdcmCommon.h, gdcmDict.cxx, gdcmTS.cxx : bug fix for msvc6 compilation
424    * src/gdcmDebug.[h|cxx] : bug fix for msvc6 compilation. Replace the dbg
425      variable (instance of gdcmDebug) by a definition macro, and the instance
426      is now in static in the gdcmDebug class
427    * src/gdcmSQItem.h : (FIXME) remove an undefined method
428    * Test/PrintAllDocument.cxx : bug fix in the result of the test
429
430 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
431    * WARNING: ctest now depends more tightly on gdcmData. You should
432      check out gdcmData properly for things to run smoothly...
433    * src/gdcmDocument.cxx MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE is set back to 0xfff
434      (4096) for "ctest -R TestAllEntryVerify" to be able to run (i.e.
435      we need the pixels not be loaded in order to use the ValEntry
436      that displays position and size).
437    * Test/TestAllEntryVerify.cxx a new low level test now seems fair.
438      This is a C++ based equivalent of gdcmPython/testSuite.py that should
439      be deprecated. If you have any doubts about the advantages of a
440      modern scripting language (read Python) versus grass root C++ (i.e.
441      without lex + yacc, because of gdcm commitement to MS-VC++, sighhh),
442      I suggest you compare TestAllEntryVerify.cxx (639 lines, without the
443      reference file gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt) and testSuite.py.
444         Anyhow, consider documenting the gdcmData images in 
445      gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt (and please run ctest before
446      commiting changes).
447    * Test/CMakeLists.txt:
448       - now uses TestAllEntryVerify.cxx
449       - specific comments on oldACR00001.ima (now renamed in gdcmData
450         to SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr) moved away to
451         gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
452    * TODO updated.
453
454 2004-07-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
455    * src/*.[h|cxx] : typedef clean up
456      - guint16 and guint32 removed. Use ISO C uint16_t, uint32_t instead.
457      - TagKey renamed to gdcmTagKey (for external usage)
458      - VRKey renamed to gdcmVRKey (for external usage)
459      - removal of typedef duplication.
460      - Removed all unecessary inline keyword from class inline definitions.
461      - Some method|function(void) declarations replaced with method|function().
462    * src/jpeg/libijg12/jdhuff12.c:
463       - printf polluting ctest removed.
464       - TAB removal for comminting
465    * Test:
466      - TestAllReadCompareDicom.cxx: added a test that compares all the
467        images in gdcmDataImages.h with corresponding images in 
468        gdcmData/BaselineDicom/. When baseline images are not present
469        this test creates them.
470        Note: we need to validate each reference image, but before that
471              I'd like to rename them with a more explicit name...
472      - CMakeLists.txt: changed accordingly.
473    * Example/*.cxx: examples now only include gdcm.h (as opposed to 
474      including each header needed).
475
476 2004-07-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
477    * Test/*.cxx and Example/*.cxx: moved some examples away from the
478      test suite to the Example directory. Are concerned:
479      - PrintHeader.cxx
480      - TestDcm2Acr.cxx
481      - TestFindTags.cxx
482      - TestWrite.cxx was
483      - TestWriteSimple.cxx
484    * Test/CMakeLists.txt: added some comments on reasons for black listing
485      image gdcmData/oldACR00001.ima
486
487 2004-06-30 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
488    * Test/CmakeList.txt: removed the following from black list (to be coherent
489      with removal from gdcmData):
490       - gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.fixed.dcm
491       - gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
492       - US.3405.1.dcm
493      Added the following because after last cvs update, they cause
494        ctest -R TestReadWriteReadCompare 
495      to segfault:
496       - gdcm-MR-SIEMENS-16-1.acr
497       - oldACR00001.ima
498    * Test/TestReadWriteReadCompare.cxx was properly written (with a call
499      to gdcmFile::SetImageData()) BUT since gdcmFile is brain damaged (see
500      new comments in this file) we temporarily (sigh) move to a weaker
501      form of test...
502    * Test/CmakeList.txt: with the change to Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
503      we don't need to black list the following images anymore:
504       - 8BitsUncompressedColor.dcm
505       - OT-PAL-8-face.dcm
506       - US-PAL-8-10x-echo.dcm
507    * src/gdcmDocument.[h|cxx]: RE-Reverting to version 1.42 with the proper
508      fixes and the beautified code ;-)
509      This fixes the bug introduced in version 1.42 (when beautifying)
510      that made the parsing of 8BitsRunLengthColor.dcm unproper.
511      Note: ctest was blind to this bug (this means we need to still
512            improve the test suite). The bug could be detected by using
513            gdcmbin/bin/PrintDocument $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
514            or by using
515            gdcmbin/bin/ReadWrite $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
516            and by displaying the (garbage) produced file temp.XDCM...
517
518 2004-06-29 Jean-Pierre Roux
519    FIX : - remove Frog's beautified, but never checked 'Parse7FE0' code,
520          - replace by uggly but working old code :-(
521                 A lot of things should be OK again.
522         It's really urgent to have a test suite that *tests*, 
523         to prevent Frog's beautifying sessions to break all the stuff
524         (twice, withing a fortnigh ...)         
525
526 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
527    * Test/TestWriteRead.cxx and TestReadWrite.cxx merged (because of
528      redundancy) to added Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
529    * Test/CmakeList.txt: because the compare test of
530      Test/TestReadWriteReadCompare.cxx fails, the following images are
531      black listed: - 8BitsUncompressedColor.dcm
532                    - OT-PAL-8-face.dcm
533                    - US-PAL-8-10x-echo.dcm
534    * src/gdcmDocument.cxx: for broken (non DICOM V3 conformal) images
535      (e.g. gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm see comments in
536      gdcm/gdcmPython/testSuite.py for details) ::FindDocLengthOB() had
537      and ad-hoc kludge. This kludge is now removed, and on encountering
538      such an image (OB field brain damaged) we set errno. Then in 
539      ::FindDocLength() we "fix" the length as being ALL what remains
540      in the file (until EOF). We then proceed, hoping for the best...
541      This fixes a SegFault in ShowDicom when trying to write such an
542      image.
543    * Test/CmakeList.txt: 8BitsRunLengthColor.dcm is now blacklisted
544      (because TestWriteRead breaks on it, after a non conformal commit?).
545      ctest now runs properly, except for MakeDicomDir (which was allways
546      broken) and the Python related stuff (still not fixed).
547    
548 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
549   ADD : Examples/WriteRead, that acts like the former Test/TestWriteRead
550   FIX : Test/TestReadWrite now iterates on all the file names 
551                           (instead of infinite loop)
552   ENH : Test/TestWriteRead now iterates on all the file names 
553
554 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
555    * Test/TestReadWrite.cxx: now uses all the images of gdcmData.
556
557 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
558    FIX : - now Write drops LUT Descriptors and LUTs (if any)
559                     when SamplesPerPixel =3
560          - now Write is no longer confused by 
561                               'BitsAllocated = 12" and 'BitsStored=12"
562          - "UN" value representation Elements are now written correctly 
563                (their legth is stored on 4 bytes -just like OB, OW, and SQ-)                                                                    
564    ENH : - now gdcmHeader has its own Write methods 
565                     (in order to split the job that has not to be done 
566                                         for gdcmDicomDir)
567
568 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
569    * Test/PrintAllDocument.cxx: looping on files is now effective. It used to
570      loop on the same image until memory went out. 
571      Note: this means we still have gobs of memory loss in PrintDocument
572    * src/gdcmDocument.cxx: fixes problem on parsing on file
573      gdcmData/16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.
574
575 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
576    FIX : Write - All the Sequences and Sequence Item are now written 
577             as 'no length' stuff, and a Sequence Delimitor aor an Item Delimitor
578                                 is added a the end, when necessary.
579             - A lot of brain-damaged images, that were read correctly are 
580                       now written correctly
581                                 - length compatible BinEntry are now loaded correctly 
582                                 (even for odd groups) 
583         Note : only Explicit Value Representation was checked.
584                                 (question : is implicit VR really necessary for gdcm ?)
585
586 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
587    * DEVELOPPER: added a proposition of coding style.
588    * src/gdcmDocEntry.h: removed every inline declaration (for test of 
589      coding style).
590
591 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
592    * gdcmDocEntry::PrintCommonPart() and ::WriteCommonPart() removed.
593      Use the gdcmDocEntry::Print() and Write() instead.
594    * src/gdcmDocument.cxx: bug fix.
595
596 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
597    FIX : gdcmDocument.cxx
598       - Now we do recognize the JpegLossLess format (there was a misstyping in
599         code 'beautyfication' :-(
600       - Now we automaticaticaly load the Luts, if any
601
602 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
603    In order : to write Sequences, whatever their imbrication level, 
604                  : to allow user to create his own Sequences
605         a lot of modif where necessary (adding, moving, or virtualising methods)
606
607 WARNING : save your own sources *before* cvs up !
608         
609         - gdcmBinEntry
610           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
611           
612    - gdcmDocEntry
613           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
614           ADD void gdcmDocEntry::WriteCommonPart(FILE *fp, FileType filetype);
615           
616         - gdcmDocEntrySet
617           ADD virtual void Write (FILE *fp, FileType filetype)=0;
618           ADD   virtual gdcmDocEntry *GetDocEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
619      ADD gdcmDocEntry *GetDocEntryByName(std::string name);
620      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
621      ADD std::string GetEntryByName(TagName name);                       
622      ADD gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
623                                             guint16 element,
624                                             std::string vr     = "unkn",
625                                             std::string fourth = "unkn",
626                                             std::string name   = "unkn"); 
627           ADD gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);                                                                                                 
628      ADD gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);     
629      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
630      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);   
631      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByName   (std::string Name);
632      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
633           REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element)=0;
634      REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name)=0;
635           
636         - gdcmDocument
637      ADD virtual bool WriteF(FileType type); // New stuff, with recursive exploration           
638      ADD virtual std::string GetEntryByName    (TagName tagName);
639      ADD virtual std::string GetEntryVRByName  (TagName tagName);
640      REM virtual bool Write(FILE *, FileType);
641      REM virtual void WriteEntryTagVRLength(gdcmDocEntry *tag,
642                                         FILE *_fp, FileType type);
643      REM virtual void WriteEntryValue(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
644      REM virtual bool WriteEntry(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
645      REM virtual bool WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
646      REM virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
647      REM virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
648      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
649      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
650      REM gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
651                                             guint16 element,
652                                             std::string vr     = "unkn",
653                                             std::string fourth = "unkn",
654                                             std::string name   = "unkn");
655      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
656      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);
657      REM gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
658      REM gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
659                                                                                                                  
660         - gdcmElementSet
661           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
662           
663    - gdcmSeqEntry
664           ADD virtual void Write(FILE *fp,FileType filetype);
665  
666    - gdcmSQItem
667      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
668      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);        
669      REM std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
670      REM std::string GetEntryByName(TagName name);
671
672    - gdcmValEntry
673          ADD virtual void gdcmValEntry::Write(FILE *fp, FileType filetype); 
674                                   
675 2004-06-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
676     * Test/TestWriteSimple.cxx: fix to gdcmHeader-gdcmHeaderHelper revamping.
677       The default constructor invoked by the line
678          gdcmHeader *f1 = new gdcmHeader( header );
679       was gdcmHeader::gdcmHeader(bool) instead of the expected
680       gdcmHeader::gdcmHeader(std::string const &, bool = false, bool, bool).
681       Hence the parsing wasn't executed... See also below.
682     * src/gdcmHeader.h: the declaration of gdcmHeader::gdcmHeader(bool)
683       as explicit constructor didn't do the trick to fix the above problem.
684       Could anyone explain why ?
685     * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmValEntry.cxx: gdcmBinEntry::Print() now
686       properly calls gdcmValEntry::Print() (that was weed out from 
687       code related to gdcmBinEntry).
688
689 2004-06-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
690     * In order to fix memory leaks:
691      - Test/TestWriteSimple.cxx: added cleaning of free store through
692        some delete calls.
693      - src/gdcmBinEntry.cxx: fix to avoid SegFault.
694      - src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: fixed initialisation in constructor
695        gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(bool) [either the constructor itself
696        (through the call to ::AddDicomDirMeta()) or the destructor
697        would crash when deleting uninitialized ::metaElems].
698      - src/gdcmDictEntry.cxx: annotation of ununderstood memory leak.
699      - src/gdcmDocument.cxx:
700        -- ::~gdcmDocument() destructor now cleans up all dictionary entries
701           from dynamic stores.
702        -- ::ParseDES() misplaced deletion of temporary NewDocEntry
703           was causing memory leaks.
704      - src/gdcmSQItem.cxx:
705        -- ::~gdcmSQItem() dummy code cleaned (learned that deletion is
706           cleanly handled with polymophism: sorry but my milage is low).
707        -- ::SetEntryByNumber(string, guint16, guint16) now cleanly allocates
708           a gdcmValENtry, and makes no assumption on type (gdcmDocEntry,
709           gdcmSeqEntry vs gdcmValEntry) of existing entry (when present).
710           This avoids SegFaulting.
711      - src/gdcmSQItem.h: coding style.
712     * Conclusion:
713      - Test/TestWriteSimple still severely sucks. The output image content
714        (when $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm in input) is brain
715        damaged when displayed with vtkgdcmViewer.
716      - on memory leaks: TestWriteSimple leaks really less (see entry
717        of 2004-06-18 in Changelog file for the call to valgrind).
718      - on segfaults: ctest now passes all the tests but one (no more
719        segfaults).
720     * Erroneous leading white fix:
721      - src/gdcmDict.cxx: getline(from,xxx) doesn't remove the leading
722        white[s] (as opposed to from >> xxx, that removes it [them].
723      - src/gdcmTS.cxx: ditto.
724      - gdcmPython/testSuite.py: dirty related kludge removed.
725     * src/*: remaining references to gdcmParser removed.
726     * src/*[cxx|h]: added copy[way]left header.
727
728
729 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
730     * In order to fix writing of dicom files:
731      - Test/TestWriteSimple.cxx: a simpler example of writing.
732      - Test/CMakeLists.txt changed accordingly.
733      - src/gdcmDocument.cxx:
734        -- The destructor now recursilvely removes potential sequences.
735        -- Bug fix in ::IsJPEG2000()
736        -- ::ReplaceOrCreateByNumber(std::string, guint16, guint16)
737           now handles promotion of gdcmDocEntry to gdcmValEntry in a cleaner
738           manner.
739        -- ::GetValEntryByNumber(guint16, guint16) now defined (as opposed
740           to only declared) and build on top of
741           ::GetDocEntryByNumber(guint16, guint16).
742        -- ::SetEntryByNumber() now uses GetValEntryByNumber(group, element)
743      - src/gdcmElementSet.[h|cxx]: added ::RemoveEntry(gdcmDocEntry *)
744        for usage in destructor and treatement of promotion in
745        ::ReplaceOrCreateByNumber().
746      - src/gdcmSQItem.cxx: destructor should better handle his job.
747       Test/TestWriteSimple now runs (or at least it DOES something).
748     * We can now start hutting memory links. A good starting point is:
749       valgrind -q --skin=memcheck --leak-check=yes --leak-resolution=high
750       --num-callers=100 --show-reachable=yes gdcmTests TestWriteSimple
751       $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm foo.dcm
752
753 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
754     * Valgrind note: after Mathieu Malaterre teached me how to read
755       the valgrind FAQ ;-] (see http://valgrind.kde.org/faq.html), I
756       learned that:
757           Using gcc, you can force the STL to use malloc and to free memory as
758           soon as possible by globally disabling memory caching.
759           With 3.2.2 and later, you should export the environment variable
760           GLIBCPP_FORCE_NEW before running your program.
761       By setting GLIBCPP_FORCE_NEW, STL related memory leak messages of gdcm
762       simply vanish (it is still not clear to me, whether this means that
763       STL std::string leaks or if valgrind believes it leaks...).
764     * Fixing of SegFault of Test/makeDicomDir (as shown by ctest or by
765       running bin/gdcmTests makeDicomDir):
766       - src/gdcmDicomDir.cxx: dynamic casting used + clean up.
767       - Test/makeDicomDir.cxx now properly traps empty lists and returns
768         with 1.
769       NOW, makeDicomDir cleanly fails (in ctest terminology) instead of
770       SegFaulting (I drowned in DicomDir related code when trying to
771       understand why the list is empty...).
772     * src/gdcmDocument.h: first BSD license header try.
773     * Doc/License.txt added.
774
775 2004-06-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
776     * src/gdcmDocument.[h|cxx]:
777       - Clean up of the Transfer related predicates. They are now all based
778         on new method isGivenTransferSyntax, that (should) handle properly
779         the padding problem.
780       - general clean up, simplification, and coding style.
781       - Specific clean up of Parse7FE0() (umproperly named actually).
782     * gdcmPython/testSuite.py: an odd temporary kludge introduced.
783
784 2004-06-14 Jean-Pierre Roux             
785    *  gdcmSeqEntry.cxx
786            - fix the display of Sequence Delimitor (SQDepthLevel pb)
787                 - fix the display of SQItem ordinal number
788       - add the GetSQItemByOrdinalNumber method
789                 - remove some useless never written private methods     
790                 
791 2004-06-14 Jean-Pierre Roux
792    * gdcmBinEntry.cxx 
793       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param
794            - ReplaceOrCreateByNumber now returns :
795               a gdcmBinEntry * if a Binary (void *) value is passed as a param
796                    a gdcmValEntry * if a string value is passed as a param
797    * dcmDocument.cxx
798       - SetEntryByNumber now allows setting gdcmValEntry or gdcmBinEntry, 
799               according to the param type (no longer sets a gdcmDocEntry)
800            - GetValEntryByNumber, GetBinEntryByNumber added
801       - NewValEntryByNumber and NewBinEntryByNumber added
802    * gdcmFile.cxx
803       - Pixel Data are now linked to the (7fe0,0010) elements, after reading
804    * gdcmSQItem.h
805       - GetSQItemNumber and SetSQItemNumber added, to provide 
806             a (relative) Item identier inside a given Sequence
807             \warning : some pb remaining around this number
808                                 will be solved asap
809       - AddEntry now takes the Item Number as a param   
810    * gdcmValEntry.cxx 
811       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param    
812
813 2004-06-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
814     * Memory leak hunt with the following command:
815       valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
816                --show-reachable=yes gdcmTests PrintDocument
817       It looks like many (all?) leaks are due to the STL (or a bad usage
818       of the STL. The lines producing the leaks now have a comment with
819       a "MEMORY LEAK" tag: you can retrieve them with 
820           grep "MEMORY LEAK" src/*
821       Here are two typical examples which I can't help fixing:
822       -----
823           #include <string>
824           int main() {
825              std::string name;
826              char * test = "babo";
827              name = test;    //// <--- valgrind detects 960 bytes lost in
828                              ////   call to std::string::operator=(char const*)
829              name.clear();   //// Doesn't help !
830              return 0;
831           }
832       -----
833           #include <string>
834           #include <iostream>
835           int main() {
836              std::string line;
837              std::cout << "Type a bunch of characters followed by RETURN: ";
838              getline(std::cin, line);   //// <--- valgrind dectects a loss
839                                         //// of 1320 bytes in call to
840                                         /// std::basic_istream<>& std::getline<>
841             return 0;
842           }
843       -----
844
845
846 2004-06-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
847     * src/gdcmHeader.[cxx|h]:
848       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*)
849         and related, moved away to gdcmDocument.
850       - Accessors (on the form [Get|Set]Entry*) set up to expose publicly
851         the corresponding protected accessors of inherited class
852         gdcmDocument, removed ! As a consequence gdcmFile had to be 
853         declared friend of class gdcmDocument (see below).
854       - operator< moved to gdcmDocument (in fact it belongs to gdcmDicomDir).
855       - Clean up of undefined or unused methods.
856     * src/gdcmFile.[cxx|h]: added SetEntryByNumber (in order to take into
857       account the changes to gdcmHeader.h).
858     * src/gdcmDocument.h:
859       - gdcmFile is now a friend class (in order to take into account the
860         changes to gdcmHeader.h).
861       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*) added
862         (see changes to gdcmHeader.h).
863       - Accessors (reading on the form GetEntry*) are now public.
864       - Clean up of undefined or unused methods.
865     * src/gdcmDocument.cxx:
866       - adaptation to changes to gdcmDocument.h
867       - ::OpenFile now writes a verbose message when file cannot be opened.
868       - some std::string properly set to VRKey
869     * src/gdcmDicomDir.h: historical references to gdcmHeader changed to
870       references to gdcmDocument. 
871     * Test/TestFindTags.cxx: changed accordingly to above changes.
872     * gdcmPython/testSuite.py: adapted to renaming of acr files in 
873       cvs repository gdcmData.
874
875 2004-06-09 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
876     * src/gdcmValEntry.h: member voidArea type changed from char* to void*.
877     * src/gdcmBinEntry.h: member voidArea commented out, since it potentially
878       conflicts with gdcmValEntry::voidArea.
879     * src/gdcmValEntry.cxx: unmatching comment wiped out.
880     * src/gdcmVR.[h|cxx]: added two predicates that partition the possible
881       Value representation between StringRepresentable and BinaryRepresentable.
882     * src/gdcmDocument.cxx: 
883       - method ParseDES: proper indentation restored and usage of
884         gdcmVR::IsVROfGdcmStringRepresentable wired in.
885       - method LoadDocEntry: the fingerprint left in the SetValue() of
886         unloaded entries (length > MaxSizeLoadEntry) had curiously been
887         removed. Reverting to previous code segment with the proper
888         dynamic_cast< gdcmValEntry* >.
889         Note: this was (partially) breaking the python test suite
890               (gdcmPython/testSuite.py) that made usage of the above
891               fingerprint to check presence of "Pixel Data".
892     * src/gdcmDocEntry.h: coding style.
893     * gdcmPython/__init__.py: environement variable GDCM_DATA_PATH is
894       now taken into account.
895     * gdcmPython/gdcm.i: adaptation to the new internal representation
896       of gdcm (exit gdcmParser, hello gdcmDocument).
897     * gdcmPython/testSuite.py: quick and dirty fix for loading vtkgdcmPython
898       on posix.
899     * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: doesn't use the gdcmDocument::Print()
900       anymore, but instead prints the loaded Python dictionary.
901     * .... alas, the python testSuite is still broken.
902
903 2004-05-18 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
904     * gdcmPython/gdcm.i : remove useless lines concerning the gdcmGlobal
905       gdcmGlob
906     * gdcmPython/setup.py : replace the use of cvar.gdcmGlob to gdcmGlobal
907     * src/gdcmUtil.h : export methods
908
909 2004-05-16  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
910     * Some more cleanup/enhancement in gdcmPython/CMakeLists.txt getting close
911       to right behavior
912     * Initial addition of automatic python testing
913     * Initial addition of automatic image comparison
914
915 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
916     * src/gdcmCommon.h, gdcmDicomDir.cxx, gdcmFile.cxx, gdcmHeaderHelper.h,
917       gdcmParser.cxx, gdcmParser.h : bug fix for the Microsoft .Net compilation
918
919 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
920      * src/gdcmFile.cxx, gdcmHeader.cxx : bug fix for the msvc compilation
921      * Test/ShowDicom.cxx : bug fix for msvc compilation
922      * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : bug fix for msvc compilation
923
924 2004-05-04 Jean-Pierre Roux
925      * ADD Taking into account the 'Dicom Sequences' leads up to introduce
926        new concepts (and new classes) :
927        a 'gdcmDocument' is composed of a set of Doc Entries, that are
928         - elementary gdcmDocEntries (former gdcmHeaderEntries)
929         - Sequence Doc Entries (gdcmSeqEntries)
930        a Sequence is composed of Items.
931        Each item is a set of Doc Entries (this is recursive)
932        The non uniqueness of the 'Dicom tag' is due to this recursivity
933        (never taken into account)
934        Our unability to add a new 'entry' in the header
935        at the proper location (neither in the H-Table (map or multimap),
936        nor in the Chained List is also due to this recursivity.
937        Don't try, right now, to use/modify/compile these new sources :
938        nothing is finished.
939        We just commit all the stuff, 'as is', in order not to loose it.
940
941 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
942      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix in the setting of file name
943      
944 2004-05-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
945      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading a list of files using the
946        file prefix (SetFilePrefix)
947
948 2004-05-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
949      * Add a new test: ShowDicom, for now this is just the c++ version of
950        checkRead.sh, later it will be able to compare the image read against a
951        baseline.
952      * Replace the DEBUG on the stack with a global entry in cmake interface:
953        GDCM_DEBUG, so you can turn verbosity ON/OFF for debug statement.
954
955 2004-04-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
956      * Add an example subdir, with a real example on how to read + write a 
957        dicom image
958
959 2004-04-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
960      * Doc/gdcmUML.xmi added raw UML class view (umbrello format)
961      * Doc/CMakeLists.txt: the main page is now properly differentiated
962        between the developper and user version.
963      * Doc/doxygen.config.in: dropped search related obsolete flags
964      * src/gdcmParser.h, gdcmHeader.h: doxygenation
965
966 2004-04-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
967      * DEVELOPPER: added some helpfull comments for compile/test/install
968        when using cmake.
969
970 2004-04-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
971      * ENH: 1. Remove remp solution of gdcmTests.cxx+ gdcmMain directly in 
972                src directory, now generated in the build dir.
973             2. Tests as mentionned smarter
974             3. Some clean up
975             4. Add a new method in gdcmDict that return the PubDict by name 
976           this is interesting for 3rd party lib like ITK, 
977           where we could set the institution name / patient name...
978
979        * ENH: 1. Now the test suite is working for real
980               2. All binaries are now output in the gdcm-bin directory 
981                  (this was not true before)
982
983 2004-04-28  Jean-Pierre Roux
984      * ENH add the provisional  gdcmHeader::SQDepthLevel to allow 
985            SeQuence indented printing of Dicom Header.
986      * ENH merge methods gdcmParser::Parse and gdcmParser::LoadHeaderEntries
987            into the single gdcmParser::LoadHeaderEntries for efficiency purpose.
988            Computation of SQDepthLevel is now part of gdcmHeader constructor
989      * ENH add self defined param 'new' to PrintHeader to 'show' the SeQuence
990            tree-like structure of a Dicom Header.
991      * FIX Test code cleaning     
992            
993 2004-04-25  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
994      * ENH: Adding automatic testing
995        1. Need a DartConfig.cmake to submit to public
996        2. Add a test driver gdcmTest.cxx
997        3. gdcmTestMain, an helper for the main test driver gdcmTest
998        4. Files in Test don't have a main anymore, this becomes interesting 
999           when we add more and more tests, thus dsw don't have to load 
1000           too many projects
1001      * ENH: Adding a GDCM_DATA_ROOT for testing
1002      * ENH: Remove redundancie about GDCM_DICT stuff, now we only need to modify
1003        one file instead of seven + some small cleanup
1004
1005 2004-04-22  Jean-Pierre Roux
1006      * ENH Minor changes to the Print() methods.
1007      * ADD gdcmParser::PrintEntryNiceSQ() to allow SQ-indented
1008            Header printing. Example given with :
1009            > PrintHeader fileName  2 new
1010           (SQ based tree-like structure still to be done for the Header ...)
1011            
1012 2004-04-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1013      * ENH: Some cosmetic clean up for compilation with -W -Wall -Werror
1014          1. I have added some unsigned where needed
1015          2. Some function parameter not used -> (void)
1016          3. In gdcmDicomDir.cxx, add GDCM_DICOMDIR_NONE case
1017          4. g++ don't like character '\' in comment
1018          5. #define jpeg_create_decompress  jCreaDecompress
1019                     this really need to be fixed
1020          6. virtualize destructor of gdcmObject ... leakage
1021          7. sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); 
1022                     this also really need to be fixed
1023          8. gdcm/src/jpeg/libijg8/CMakeLists.txt, 
1024                     remove compression file 
1025                     (as we only do decompression, right ?)     
1026      * ENH: Change malloc/calloc/free with c++ equivalent
1027
1028 2004-04-21  Jean-Pierre Roux
1029      * FIX gdcmHeaderHelper::GetXSpacing
1030            when a single value is found (bug ?), xpacing is now 
1031            defaulted to yspacing
1032            
1033 2004-04-19  Jean-Pierre Roux
1034      * ADD gdcmData/Wrist.pap (PAPYRUS 3.0 -single frame-) for checking purpose
1035      * ENH add parameters :
1036                bool  exception_on_error = false, 
1037                bool  enable_sequences   = false,
1038                bool  ignore_shadow      = false
1039            to the gdcmFile constructors to be full gdcmParser compliant
1040      * FIX vtk/vtkGdcmReader.cxx now uses  enable_sequences = true in gdcmFile
1041            to allow reading of PAPYRUS 3.0 files 
1042               
1043 2004-04-06  Jean-Pierre Roux
1044      * ADD gdcmData/E00001S03I0015.dcm for SQ checking purpose
1045      
1046 2004-04-02  Jean-Pierre Roux
1047      * ADD : Test/checksequence.sh, for a general recap on SQ pb
1048      * FIX : gdcmParser::WriteEntryTagVRLength emprovement of special treatement
1049              for Philips spurious Tag fffe|0000 while rewritting Dicom files
1050              
1051 2004-03-30  Jean-Pierre Roux
1052      * FIX gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber shouldn't seg fault any more 
1053          for ACR file, written out as DICOM files (hope so...)
1054
1055 2004-03-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1056      * src/gdcmParser.[cxx|h] and gdcmHeader.[cxx.h]: gdcmHeader::Write split
1057        in WriteEntryTagVRLength and WriteEntryValue. Those methods were
1058        moved to base class gdcmParser and only the specialisation is kept
1059        in gdcmHeader.
1060      * src/gdcmParser.[cxx|h]: ReplaceOrCreateByNumber(char*, guint16, guint16)
1061        trashed out (because ReplaceOrCreateByNumber(string, guint16, guint16)
1062        already does the job.
1063      * src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: WriteDicomDirEntries renamed to WriteEntries
1064        (to be consistent with gdcmParser::WriteEntries).
1065
1066 2004-03-30 Benoit Regrain
1067      * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : fix the read of 3 gdcmHeader when making an
1068        upate of the object's instance. It's passed to 2 in the unfavorable
1069        case : one in the ExecuteInformation, one in the ExecuteData
1070
1071 2004-03-29  Jean-Pierre Roux
1072      * ENH : Check on file type to be written moved
1073              from gdcmParser::WriteEntry to gdcmParser::WriteEntries
1074      * FIX : gdcmObject::ResetBoundaries now stops properly
1075              when end-of-list is reached
1076            : gdcmVersion modified (as Benoit Regrain asked)
1077
1078 2004-03-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1079      * src/gdcmParser.cxx: removal of all TAB character. Indentation fixed.
1080      * src/gdcmUtil.cxx: added forgotten iostream include.
1081      * src/gdcmCommon.h: FileType enum entry DICOMDIR removed (since
1082        equivalent to ExplicitVR in existing code).
1083
1084 2004-03-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1085      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmGlobal.[cxx|h]
1086        now contains all the gdcmGlobal related code.
1087      * minor coding style and doxygenation changes.
1088
1089 2004-03-26  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1090      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmDebug.[cxx|h]
1091        now contains all the Debug related code.
1092      * minor clean-up of includes in src/*.cxx
1093      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _cleanString C style function (replaced with
1094        CreateCleanString) removed.
1095      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _CreateCleanString renamed to CreateCleanString
1096      * Doc/DoxyMainPageUser.txt added.
1097      * Doc/Doc/DoxyfileUsers updated to version 1.3.4 of Doxygen.
1098      * src/gdcmCommon.h now defines getcwd for Win32 (moved away from
1099        src/gdcmDirList.cxx)
1100
1101 2004-03-24  Jean-Pierre Roux
1102      * FIX a lot of little surface modifications to be doxygen 1.3.6 compliant
1103
1104 2004-03-23  Jean-Pierre Roux
1105      * FIX Now gdcmFile::SwapZone doesn't seg faults any longer for
1106            big endian made volumes
1107      * ENH Now gdcmParser constructor and destructor are protected to forbid
1108            end user to instanciate class gdcmParser
1109           (only gdcmHeader and gdcmDicomDir are meaningfull)
1110
1111 2004-03-22 Benoit Regrain
1112      * FIX : src/gdcmDicomDir.cxx : make windows compilable
1113      * FIX : gdcmPython/gdcm.i : change gdcmStudy to gdcmDicomDirStudy and
1114              gdcmSerie to gdcmDicomDirSerie
1115
1116 2004-03-19  Jean-Pierre Roux
1117      * ENH Now the tree-like structure describing a DICOMDIR comming from
1118            an already existing DICOMDIR file is consistent with
1119            the home-made tree-like structure build ex-nihilo
1120            or build from the files held (recursively) in a Directory
1121            functions gdcmDicomDir::CheckBoundaries()
1122            gdcmObject::SetBoundaries() added
1123
1124 2004-03-17  Jean-Pierre Roux
1125      * REM (Eric Boix bug) : removal of meaningless
1126                              gdcmDicomDirImage::NewImage function.
1127      * FIX now file names and directory name are written properly in the
1128            DICOMDIR
1129      * FIX now gdcmDicomDir constructor may be call without any trick
1130            about the name
1131
1132 2004-03-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1133      * FIX (JPR bug) : src/gdcmDicomDirImage.cxx added missing definition
1134                        of gdcmDicomDirImage::NewImage as empty function.
1135
1136 2004-02-28  Jean-Pierre Roux
1137      * ENH add gdcmDicomDir:NewPatient
1138            add gdcmDicomDirPatient:NewStudy
1139            add gdcmDicomDirStudy:NewSerie
1140            add gdcmDicomDirSerie:NewImage
1141            to allow making gdcDicomDir object.
1142      * ADD PrintDicomDir executable that uses gdcmDicomDir tree-like structure
1143           (as opposite to the gdcmHeader chained list)
1144
1145 2004-02-11 Benoit Regrain
1146      * FIX : memory leaks and the set of ArgDelete methods in gdcmDicomDir
1147              when using from python
1148
1149 2004-02-10 Benoit Regrain
1150      * FIX : bug fix in the gdcmDirList for the recursivity in directories
1151      * FIX : in gdcmDicomDir when the directory is empty
1152      * ENH : add callback and methods to get the progression of dicomDir
1153              directory parsing
1154
1155 2004-02-06 Jean-Pierre Roux
1156      * ENH : - now gdcmDicomDir::CreateDicomDir() returns also the meta elements
1157              - GDCM_META added to gdcmDicomDirType
1158              - class gdcmMeta created
1159      * ENH : - A brief summary is now displayed at the beginning of
1160              'testDicomDir' to help disaster magnitude estimation
1161      * REM : Now useless Test/explDICOMDIR.cxx
1162
1163 2004-02-05 Benoit Regrain
1164      * ENH : add methods in gdcmObject to get the hash table or the list of
1165              header entries
1166      * FIX : wrapping python for ListPatient, ListStudy, ListSerie, ListImage
1167      * FIX : wrapping python for TagHeaderEntryHT
1168
1169 2004-02-04 Benoit Regrain
1170      * FIX : even length for some strings when writting the dicom dir
1171      * FIX : sort the images in the dicom dir
1172      * FIX : Bug fix for python use of dicom dir
1173      * ADD : a python demo
1174
1175 2004-02-04 Jean-Pierre Roux
1176      * FIX : Final solution (?) for icone embedded images
1177      * FIX : dicomVR.dic Overlay group is not *only* 6000, but 60xxx
1178              (see http://medical.nema.org/dicom/2003/03_06PU.PDF)
1179              add groups 6002, 6004, 6006, to allow 'clean' parsing of
1180              gdcmData/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1
1181      * ENH add gdcmData/checkWriteExplicit.sh gdcmData/checkWriteImplicit.sh
1182            to make full checking easier
1183         
1184 2004-02-04 Benoit Regrain
1185      * FIX : WriteEntries : coding style & logic in parameters
1186      * FIX : Set the elements to create the DicomDir in a dictionary file
1187
1188 2004-02-03 Benoit Regrain
1189      * gdcmDirList : to parse a hard drive directory in recursive (or not)
1190      * gdcmDicomDir : add the load of directory
1191      * Bug fix and print add-on
1192
1193 2004-02-03 Jean-Pierre Roux
1194      * ENH gdcmParser : allows "DICM" files, with NO group '0002'
1195      * FIX handling 'non string elements' unsecure area (LUT, overlays, etc)
1196      * FIX Dicts/dicomV3.dic : Add a few missing 'group length' Elements 
1197      * FIX gdcmParser.cxx : 'group length' elements are now considered 
1198            as integers, even for shadow groups, when file is Implicit VR
1199         
1200 2004-02-02 Jean-Pierre Roux
1201      * FIX : gdcmWrite : equal_range() for multimap doesn't return a 'second' 
1202              iterator on last
1203              of the last synonym :-(
1204      * FIX : gdcmWrite::WriteBase : method stops if Pixels not yet Read (except 
1205              for DICOMDIR ;-)
1206      * ENH gdcmData/checkWrite.sh :modif for full check of Explicit VR writting
1207      * FIX taking into account the possible 7fe0,0010 multiplicity        
1208      * FIX add GRPixel,NumPixel,countGrPixel (gdcmParser protected members)
1209            to allow removal of references to 7fe0,0010, to deal with
1210       ACR-NEMA images, when 0028,0200 is meaningfull
1211
1212 2004-01-31 Jean-Pierre Roux
1213      * FIX gdcmParser::WriteEntries : when a VR is tagged as 'Unknown'
1214            no longer writes 'Un' on disk
1215      * FIX SQ elements with actual length are now dealt with corectly
1216      * FIX gdcmFile::WriteBase make the difference, for color images, between
1217            the length (for Palette expanded images)
1218            and Raw Length (non expanded image + Palette)
1219      * FIX Dicts/dicomV3.dic : removal of 'CTX' (context dependant) VR
1220            (that broke Write). Replaced by UL.
1221            Aware user will reload the field if he 
1222            thinks it's necesssary
1223              
1224 2004-01-30 Jean-Pierre Roux
1225      * gdcmParser::CheckSwap() now defaults the filetype to ACR 
1226        when 'dirty Acr' is found, to be compliant with the new 
1227        IsReadable() methods.
1228        
1229      * gdcmHeaderHelper :add Pixel Type 'FD', for dealing with 'double' images.
1230       (no DOUBLE images in kosher DICOM, 
1231       but so usefull for people that miss them ;-)
1232       
1233      * add Test/testDicomDir.cxx, Test/makeDicomDir.cxx , Test/explDICOMDIR.cxx
1234        DICOMDIR related utilities (not checked as Windoze compliant)
1235
1236 2004-01-28 Jean-Pierre Roux
1237      * upgrade GdcmHeaderEntry Print Method for DICOMDIR
1238
1239 2004-01-27 Jean-Pierre Roux
1240      * gdcmParser constructor has a new boolean param,'ignore_shadow', 
1241              to allow skipping the shadow elements, to save memory space.
1242         The TRUE value for this param has to be used 
1243         with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
1244         ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
1245      * gdcmHeader methods now deal with 'embedded icones images' in the header
1246              (even when an 'icone image sequence' is announced by the 
1247         element (0x0088,0x0200), but there is NO icone at all ...
1248         
1249      * gdcmHeader sometimes Image Location value doesn't follow  
1250              the supposed processor endianity (see gdcmData/cr172241.dcm).
1251              Fixed
1252
1253      * gdcmHeader add the method
1254              IterHT  GetHeaderEntrySameNumber(grPixel,numPixel);
1255         to get *all* the Header Entries with the same tag.
1256         GetHeaderEntrySameName is probabely *useless* 
1257         (no meaning : Name is *not* an identifier within the Dictionnary)
1258
1259 2004-01-26 Benoit Regrain
1260      * Bug fix in the print of hexadecimal representations. Remove long fields 
1261        in the print and add a third level of print to print them
1262
1263 2004-01-23 Benoit Regrain
1264      * Bug fix on field having a VR = 'UI'. Assume that is a string field
1265      * Bug fix on test suite after remove the strip made on not string fields
1266      * Split the IsReadable method between gdcmParser which test that the file
1267        is dicom and gdcmHeader which test that it's an image file
1268
1269 2004-01-22 Benoit Regrain
1270      * DicomDir : clean code, add methods, set variables in protected or private
1271      * gdcmUtil : bug fix for the clean string method
1272
1273 2004-01-19 Benoit Regrain
1274      * Add the use of shadow dictionaries
1275      * bug fix and coding style
1276
1277 2004-01-19 Benoit Regrain
1278      * src/gdcmFile.cxx : bug fix concerning the close of file
1279      * src/gdcmParser.[h|cxx] : remove obvious Pub informations
1280      * Add the update of header entries using the shadow library
1281
1282 2004-01-19 Benoit Regrain
1283      * removal of file gdcmHeader2.cxx
1284      * split class gdcmHeader into gdcmParser and gdcmHeader, with gdcmHeader
1285        inheriting from gdcmParser. This split is to prepare the integration
1286        of dicom dir parsing
1287      * bug fix under python
1288
1289 2004-01-16 Jean-Pierre Roux
1290     * REM removal of class gdcmHeaderEntrySet
1291     * REM removal of files gdcmHeaderEntrySet.cxx, gdcmHeaderEntrySet.h
1292     * ADD add file gdcmHeader2.cxx 
1293     * ADD add method gdcmHeader::SetPrintLevel (for PrintHeader)
1294
1295 2004-01-15 Benoit Regrain
1296      * src/gdcmDicSet.[h|cxx] : add virtual entries to have a reference of
1297        entries created while parsing the header. Thus, they will be destroyed
1298        when the gdcmDictSet will be destroyed
1299      * src/gdcmHeader.cxx, gdcmHeaderEntrySet.cxx : uses virtual entries of
1300        gdcmDictSet
1301
1302 2004-01-15 Benoit Regrain
1303      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix : before, with python only, the program
1304        made a fatal error because of the memory release at the end of program.
1305        The problem was in vtkGdcmReader::ExecuteData where we were allocate
1306        some memory and vtk seems to have some problems with that.
1307      * src/gdcmHeaderEntrySet.cxx : bug fix for std lib and cout
1308
1309 2004-01-14 Benoit Regrain
1310      * src/gdcmHeaderEntry.[h|cxx] : gdcmElValue -> gdcmHeaderEntry
1311      * src/gdcmHeaderEntrySet.[h|cxx] : gdcmElValSet -> gdcmHeaderEntrySet
1312      * src/*.[h|cxx] : make changes due to class name changes
1313      * gdcmPython/demo/*.py : bug fix due to method names
1314
1315 2004-01-13 Benoit Regrain
1316      * src/*.[h|cxx] : coding style
1317      * vtk/*.[h|cxx] : coding style
1318
1319 2004-01-13 Benoit Regrain
1320      * gdcmPython/testSuite.py : test the readable flag of file for tests
1321      * src/gdcmDict.cxx, gdcmElValSet.cxx : bug fix under windows for prints.
1322        It's lied to the stl compilation by MSVC (windows, always windows...)
1323      * src/gdcmIdo.h, gdcmHeaderIdo.cxx : remove the Ido unused files
1324
1325 2004-01-12 Benoit Regrain
1326      * src/*.h : add comments
1327      * src/gdcmDictSet.h : set the method BuildDictPath in public
1328      * src/gdcmTS.cxx, gdcmVR.cxx : use now a dictionnary file other than to be
1329        directly setted in the source code
1330      * Dicts/dicomTS.dic, dicomVR.dic : 2 new dictionnary files loaded by
1331        gdcmTS and gdcmVR
1332
1333 2004-01-09 Benoit Regrain
1334      * gdcmPython/gdcmVersion.py : add a gdcmVERSION variable information
1335      * setup.py : use a reference to gdcmVERSION
1336
1337 2004-01-07 Benoit Regrain
1338      * Modification to compile with the distutils.
1339      * Bug fix in code
1340
1341 2003-12-10 Benoit Regrain
1342      * gdcmHeader is now aggregating gdcmFile, and not derived into. Thus, we
1343        can use a gdcmHeaderHelper to load datas
1344      * gdcmPython/testSuite.py : make the testSuite compliant with modifications
1345        made in the source code
1346
1347 2003-12-10 Benoit Regrain
1348      * Update Windows projects and .cvsignore files
1349
1350 2003-11-12 Jean-Pierre Roux
1351      * ENH gdcmHeader constructor has one more parameter (default value : false)
1352            that allows the user to 'go inside' the SeQuences only
1353            if he wants to.
1354            gdcmElValSet:Print takes it into account
1355
1356 2003-11-12  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1357      * ENH: Update gdcmPython/CMakeLists
1358      * FIX: (gdcmHeaderHelper) GetRescale and GetSlope
1359      * FIX: (gdcmElValSet) char 'tag' was overiding private members (VC++)
1360
1361 2003-11-10 Jean-Pierre Roux
1362       * FIX : gdcmHeader::LoadElements is now based
1363              on the ListTag listElem member,
1364              not longer on the TagElValueHT tagHt member
1365       * ENH : PrintPubElVal shows (temporarily) both results,
1366              with the tagHt member and the listElem member.
1367              (it's easier to 'see' the problems when using Printheader)
1368
1369       * FIX : old private member LgrElem is now splitted into
1370              ReadLength   : Length actually found on disk (updated only
1371                             if bug fixing is necessary), for internal
1372                             use only
1373              UsableLength : Updated by FixFoundLength, to fix a bug
1374                             or to allow Parser going on.
1375              Will allow to re-write a kosher header when a SeQuence
1376              with a length (not 0000) is found
1377       Warning : gdcmFile::Write still uses the TagHt (not ListElem)
1378                 because gdcmElValSet::Add does not update ListElem
1379                 (to be written)
1380
1381 2003-11-07 Jean-Pierre Roux
1382      * FIX misstyping in Transfert Syntax name table
1383      * ENH gdcmHeader::FixFoundLength now allow to 'go inside' tge SeQuences
1384           when they have an actual length (not 0000 nor FFFFF)
1385      (Nobody should care of it, but DICOMDIR explorers)
1386
1387 2003-11-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1388      * ENH: vtkgdcmViewer now works with LUT dicom (OT-PAL-face ...)
1389
1390 2003-11-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1391      * ENH: vtkGdcmReader now supports LUT !
1392           (vtkgdcmViewer for now is not able to use them though)
1393
1394 2003-11-05 Jean-Pierre Roux
1395      * in testSuite.py : new files names for checking the package
1396      * FIX : Forgot to commit gdcmFile::GetImageDataSizeRaw();
1397              that returns the pixel area size to the *aware* (vtk) user
1398              that DOESN'T want to turn the PALETTE COLOR image into an RGB image
1399
1400 2003-11-05 Benoit Regrain
1401      * in testSuite.py : Modify the rules for checking the paths
1402                        : Explicit error messages
1403      * in __init__.py  : Related modif
1404
1405 2003-11-03 Jean-Pierre Roux
1406      * add gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
1407            to be used by aware (vtk) users that want to manage
1408            LUT (and no to turn the PALETTE image into an RGB pixels one)
1409      * GetPixelType now returns 8U for 24 Bits images
1410                     (vtkGdcmReader compliant)           
1411       
1412 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1413      * Removal of *all* gdcmData images and add them again
1414        in order to loose the 'history' of un-anonymised images
1415        
1416 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1417      * RMV : removal of useless jBitsInJsample.h 
1418            for both 8 and 12 Bits JPEG Lossy Libraries
1419
1420 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1421      * ENH : Add the functions gdcmFile::GetImageDataRaw 
1422                                gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw
1423              that act as GetImageData and GetImageDataIntoVector
1424              except the making of an RGB Plane from Gray Plane + LUT
1425              Intended to aware (vtk) users who know how to manage
1426              such an image :
1427              After gdcmHeader :
1428               GetLUTRGBA return a R,G,B,A LUT if any
1429               lgrTotaleRaw gives the 'Raw' length
1430               GetImageDataRaw returns the gray Plane
1431      * FIX : no more dirty trick for 'Segmented xxx Palette Color Lookup' images
1432              (They stay Grey, just like with other Dicom viewers :-(
1433
1434 2003-10-30 Jean-Pierre Roux
1435      * FIX : a VC++ intended syntax modif broke the 12/12 Bytes expanding
1436              
1437 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1438      * ENH: Can be used like this '$vtkgdcmViewer *.dcm' with *.dcm 
1439            being coherents dicom files.
1440      
1441 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1442      * FIX: DOH ! Forgot about windo$e users, they couldn't read lossless jpeg,
1443            from medcon lib !
1444      * ENH: Turn it into DOS file type to match libgdcmijpeg8.dsp file type 
1445      * ENH: Two steps is necessary to please VC++ compiler...
1446      * FIX: DOH ! libgdcmijpg8 -> libgdcmljpeg
1447      * ENH: Add include dir to medcon lib
1448      * FIX: only one function is being exported for now ! 
1449            You should use GLOBAL(return type) see ljpg/jpeg.h for more info
1450             
1451 2003-10-29 Jean-Pierre Roux
1452       * adding  gdcmHeader::GetLUTRGBA
1453         returns a 4 * 256 Bytes Reg/Green/Blue/Alpha vtk compliant LUT
1454           --> Mathieu, the modif u're waiting for is not yet committed
1455       * removal of now useless GetLUTRed,GetLUTGreen,GetLUTBlue,GetLUTRGB
1456
1457 2003-10-27 Jean-Pierre Roux
1458       * adding some xmedcon breaker files (courtesy of Loïc Boussel)
1459         00191113.dcm DermaColorLossLess.dcm
1460         MxTwinLossLess.dcm RadBWLossLess.dcm
1461       * ENH: For version prior to vtkImageViewer2 -r 1.19
1462       * FIX: avoid pb with xmedcon-breaker CT McTwin Elscint images
1463
1464 2003-10-27  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1465       * Removal of ido stuff in CMakeLists.txt
1466                                                
1467 2003-10-24  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1468       * ENH: vtkGdcmReader.cxx can now read multiframe dicom
1469       * FIX: remove a call to ->Modified ... see comments
1470       * FIX: vtkgdcmViewer.cxx was writting ASCII file...this is so slooooow !
1471       
1472 2003-10-23  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1473       * FIX: Problem with path for libvtkgdcmPython
1474       * ENH: Try adding a search script for python site-package
1475       * RMV: Remove some file from medcon lib that are not necessary
1476       * FIX: gdcm/Makefile.am fix for generating ljpg medcon
1477       * ENH: CMakeLists.txt now generate 'pygdcm.so' instead of 'libpygdcm.so'
1478       * FIX: More pragma disable fro VC++, 
1479              I don't think I break something as it is also disable in VTK/ITK.
1480         But it fasten debug compilation time.
1481             
1482 2003-10-23 Jean-Pierre Roux
1483       * gdcm now deals with 16 Bits Run Length Encoded images
1484         (they are compressed as 2 planes images, 
1485          one for the high Bytes, the other for low Bytes)
1486
1487 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
1488       * Now CheckRead takes into account :
1489          - the bugged 'Leonardo' Siemens images
1490          - the XA images, sent thru the burning VPRO station
1491       * add I9000001.dcm, a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
1492        (breaks DicomWorks)
1493
1494 2003-10-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1495       * FIX: When copying a Makefile.am to CMakeLists.txt 
1496              one should remove the '\'
1497         
1498 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
1499       * in gdcmData adding a bugged 'Leonardo' Siemens image 
1500         (wrong lengths in header)
1501         OK with gdcm, KO with the other viewers :-)
1502       * add a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
1503         (breaks DicomWorks)
1504
1505 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1506       * in gdcmData add the checkvtkgdcmViewer.sh shell script 
1507         for a brutal checking of vtkgdcmViewer compliance
1508
1509 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1510       * add the files for 'xmedcon' Jpeg Lossless library
1511       * call of 'xmedcom' Jpeg Lossles libray (instead of the old LibIDO one)
1512
1513 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1514       * 'Compacted Files' (12 Bits Allocate, 12 Bits Stored) are now dealt with
1515      
1516 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1517       * garbage Siemens 'Leonardo' images dealt with
1518         (the patch is easy to remove)
1519       * cosmetic changes to avoid warnings
1520       
1521 2003-10-20  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1522       * ENH: vtkgdcmViewer now autoscale color/window level on start-up, 
1523         no need to press 'r' now.
1524    
1525 2003-10-20  Jean-Pierre Roux
1526       * upgrade of checkRead.sh checkWrite.sh according
1527         to new Jpeg Lossless decompressor
1528       * add US.3405.1.dcm, a genuine RGB medical file ...
1529       * add gdcm-ACR-LibIDO.acr, unnormalized Rectangular LibIDO format image
1530       * add CLIP0001-Sequoia-U11.dcm, US 'Clip', from SEQUOIA machine,
1531                                                   UNIT 11, Hop Cardio              
1532 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
1533       * general anonymisation in gdcmData
1534       * adding the 'color files' from
1535         http://www.leadtools.com/SDK/Medical/DICOM/ltdc19.htm
1536       * adding some well knowed bugged-header images
1537       * adding checkRead.sk, checkReadColor.sh, checkWrite.sh,
1538         waiting for their inclusion in Python testsuite
1539
1540 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
1541     * gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error)
1542       no longer seg faults when file is not found
1543
1544 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
1545      * Emprovement of reading for Dicom encapsulated Jpeg LossLess 
1546        MultiFrame images
1547
1548 2003-10-14  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1549      * TODO: *.in file to genereate a UseGDCM later
1550
1551 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
1552      * Some supposed-to-be Dicom Images have no preamble.
1553         OpenFile takes it into account
1554      * Jpeg LossLess 24 Bits images doesn't break any longer gdcm
1555      * Missing elements added in dicomV3.dic
1556       (just to be affraid : have a look at
1557        ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2003/01v03dif/01v03_06.pdf
1558        and do it again next year ;->
1559
1560 2003-10-13  Jean-Pierre Roux
1561      * According to PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619, when each pixel of 
1562        a PALETTE COLOR is stored on 2 Bytes, theese 2 Bytes must be equal.
1563        But there are NOT. It's fixed !
1564        
1565 2003-10-13  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1566      * FIX: "jpeglib.h" was not found on VC++
1567      * FIX: vtkgdcm was not being installed 
1568          
1569 2003-10-10  Jean-Pierre Roux
1570      * ENH : OpenFile closes the file if it *really* doesn't look like
1571              an ACR-NEMA / DICOM one.
1572      * FIX : testWrite no longer writes an empty file if the source file     
1573              is not gdcm Readable
1574      * ENH : One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" 
1575              is now decoded.
1576         
1577 2003-10-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1578      * FIX: CMake generate now documentation
1579      * ENH: out of source doc build !
1580      * ENH: Generate both user and dev documentation
1581      * ENH: Should work on windows too
1582      * ENH: Only one doxygen config.in file is needed 
1583      * FIX: make install should be ok now on Ã¹nix plateform
1584      * FIX: PATH to dictionary was wrong (missing /)
1585      * ENH: OpenFile, return true if the file looks like an ACR or DICOM file 
1586                      
1587 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1588      * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
1589      * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
1590      * added a gdcmViewer to vtk test, use mouse to control 
1591         window level & window width
1592
1593 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1594      * CMake-ification of gdcm, we have now two build system
1595      * FIX: on cygwin Wsock32 doesn't exist
1596      * FIX: force jpeg dir to the local one (gdcm/src/jpeg)
1597      
1598 2003-10-06  Emanuel Ollart
1599      * FIX : compilation process wad broken.
1600              Changed gdcmViewer_sources to vtkgdcmViewer_sources
1601         
1602 2003-10-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1603      * change gdcmViewer -> vtkgdcmViewer
1604      * change GetXSpacing and GetYSpacing "%f\\%" is parsed backward
1605      
1606 2003-10-06  Jean-Pierre Roux
1607      * FIX :A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
1608            ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
1609                  : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
1610       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
1611
1612 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1613       * Odd length strings are padded with '\0' (not with spaces, 
1614         to remain compliant with already defined strings, 
1615         like Transfert Syntax UID and others)
1616
1617 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1618       * ENH :gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
1619              to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
1620         
1621 2003-10-03  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1622       * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
1623       * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
1624
1625 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1626       * A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
1627         ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
1628               : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
1629       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
1630
1631 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1632       * One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" is now decoded.
1633
1634 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1635       * gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
1636         to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
1637
1638 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1639       * gdcmFile::GetImageDataIntoVector now
1640          - deals with MultiFrames MultiFragments Run Length Encoded files
1641          - deals with YcBcR (YBR_FULL) files
1642          - deals with YBR_YBR_FULL_422 files (they work as RBG files ?!?)
1643           WARNING : nothing was checked for YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, 
1644                                             YBR_RCT files.
1645           (no sample found :-(
1646
1647 2003-10-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1648       * src/*.cxx removed pragma thingies to src/gdcmCommon.h
1649         Two reasons: - clear things
1650                      - third parties acces gdcm through header files, so won't
1651                        suffer anymore VC++ complains
1652
1653 2003-09-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1654       * add argv[1] in testvtkGdcmReader.cxx
1655       * removed leaks
1656
1657 2003-09-24 Jean-Pierre Roux
1658       * The lines are now eigthy characters long.for 
1659         gdcmHeader.cxx gdcmHeaderHelper.cxx gdcmParse.cxx 
1660
1661 2003-09-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1662       * src/gdcmUtil.[cxx|h] : change the _CreateCleanString return value from
1663         char* to std::string. Thus, the use of strdup becomes useless. (see
1664         previous commis of Malaterre)
1665       * src/gdcmElValSet.cxx : reuse commented call to _CreateCleanString like
1666         before the last Malaterre's commit.
1667
1668 2003-09-19  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1669       * This commit should fix the Debug building under VC++, the problem
1670         was mainly a mixture of debug and release lib being loaded at startup.
1671       * I also remove a depency to a specific C function: strdup. Because I had
1672         to force the link to msvcrtd (whereas strdup is in libc).
1673
1674 2003-09-16  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1675       * "gdcm::Unfound" string changed to a constant variable (GDCM_UNFOUND)
1676         located in the gdcmCommon.h file. All use of reference of tha has been
1677         changed to now use the variable GDCM_UNFOUND.
1678
1679 2003-09-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1680       * Cosmetic changes:
1681         - gdcmPython/testSuite.py adapted to the JPR updated Dicts/dicomV3.dic
1682           Dicom dictionary. The test suite can now be run again. Note:
1683           I'm note very happy with the " (RET)" changes. I believe this
1684           RETAINED comment should be dropped when parsing the dictionary.
1685         - PACKAGER corrected
1686         - DEVELOPPER added.
1687         - AUTHORS updated and now in alphabetical order
1688       * Makefile.am now exports gdcm.dsw for Windoze users.
1689
1690 2003-09-11  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1691       * cygwin complains about missing std:: in subdir Test/
1692
1693 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1694       * remove some methods that are now in gdcmHeaderHelper
1695
1696 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1697       * vtkGdcmReader set spacing and origin correctly
1698
1699 2003-09-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1700       * Fix a few delete/delete[] mismatch
1701
1702 2003-09-08  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1703       * src/gdcmHeaderHelper.[h cxx]: added new class that provide an
1704         interpretation to data given by gdcmHeader. For instance there are
1705         heuristics to get informations (look at different places).
1706       * it also include a specific class: gdcmSerieHeaderHelper devoted to
1707         sorting DICOM images based on different strategies.
1708       * modified Makefiles accordingly.
1709
1710 2003-09-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1711       * src/*.cxx : added pragma disable 4786/4251 to get rid of ~4300 warning
1712         when building in debug mode
1713       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : change /MT -> /MD and /MTd -> /MDd to match
1714         src/win32/gdcmdll.dsp
1715       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : added /nodefaultlib "mscvrt" for debug mode
1716
1717 2003-08-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1718       * Corrected a leak in vtkGdcmREader.cxx, the pSource was find thanks
1719             to valgrind.
1720
1721 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1722       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp was not dos format
1723       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp : 
1724                   libgdcmijpeg12_EXPORTS -> LIBGDCMIJPEG12_EXPORTS
1725       * src/win32/gdcmdll.dsp: + /I "..\jpeg\libijg12"
1726
1727 2003-07-29 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1728       * src/gdcmHeader.h : add std:: prefix for stl elements... like others in
1729         the file
1730       * src/gdcmFile.cxx : bug fix in affectation type
1731       * src/jpeg/libijpeg12/jmorecfg12.h : export for windows modified... like
1732         in src/jpeg/libijpeg8/jmorecfg8.h (JPR : copy/paste exists !!!)
1733       * Modifs of MVSC projects to compile them. Not concerning 2 identic
1734         symbols... future problem ?
1735
1736 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1737       * src/win32/libgdcmijpeg12.dsp was missing
1738       * modified gdcm.dsw accordingly
1739
1740 2003-07-28  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1741       * src/gdcmHeader.cxx : misplaced return 0.; for ACR/NEMA
1742
1743 2003-07-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1744       * src/jpeg/libijg12/.cvsignore, jconfig.* : ommited files while last
1745         commit of JPR (before his hollidays to facilitate our work).
1746       * setup.py : bug fix in code. Modifications made while the last commit
1747         of JPR. The code hasn't been tested before the commit... it's so
1748         useless to make that (for best programmer that is JPR) !!!
1749
1750 2003-07-08  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1751       * tagged the current version as Version0_3 (i.e. version 0.3)
1752
1753 2003-07-08  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1754       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx : remove a symbol that is unused
1755       * src/jpeg/libijg8/jmorecfg.h : adding export symbol for windows
1756       * *.dsp : modifications to use new libgdcmijpeg8 library
1757       * setup.py : bug fix on VTKPATH variable
1758       * PACKAGER : adding all concerning windows
1759
1760 2003-07-07  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1761       * src/gdcmElValSet.cxx, gdcmFile.cxx: JPR bug fix, removal of
1762         garbage debug code.
1763       * TODO, vtk/vtkGdcmReader.cxx: upcoming fixes comments.
1764       * gdcmPython/testSuite.py: JPR bug fix, brutal erasement of
1765         test suite reported error.
1766       * PACKAGER file added (describes what a packager must do when
1767         packaging a new release).
1768       * MANIFEST.in, now declares jconfig.linux and jconfig.vc
1769       * configure.in: upgraded version number to 0.3.0
1770       * fixing build of rpm (through rpm -ta):
1771         - Doc/Makefile.am exports proper doxygen files
1772         - src/jpeg/libijg8/Makefile.am exports the include files.
1773
1774 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1775       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading only 1 file.
1776       * src/gdcmHeader.h : formatting code
1777
1778 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1779       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix when loading only one file.
1780         We were obtaining error message from vtk. Now, creation of file list
1781         is made in an internal list to prevent this problem.
1782         Bug fix when output is empty.
1783         Bug fix in update of progress value. Previous commit for this was a bad
1784         correction.
1785       * vtk/vtkGdcmReader.h : adding comments for InternalFileNaleList variable
1786
1787 2003-07-04  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1788       * src/gdcmHeader.h : added method to get the file name
1789       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix concerning loading of bad dicom
1790         files. Added method to remove all files on the input
1791         Added FIXME comment concerning the bad parsing of header made by
1792         ExecuteInformation method (in ExecuteData method)
1793
1794 2003-07-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1795       * vtk/Makefile.am: vtkGdcmReader.h should now be cleany installed
1796         when using make instal.
1797       * src/gdcmFile.cxx : bug fix under Window after JPR commit
1798         RQ : the JPR doesn't appear in the ChangeLog... normal for him
1799
1800 2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1801       * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
1802       * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
1803
1804 2003-07-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1805       * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
1806         linux and WINDOWS !
1807       * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
1808       * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
1809
1810 2003-07-02  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1811       * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
1812         addon of the jpeg library)
1813       * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
1814       * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
1815       * INSTALL now points to web documentation
1816
1817 2003-07-01  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1818       * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
1819         gdcmUtil.h anymore.
1820       * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
1821         clean target.
1822       * src/gdcm*.[cxx|h] :
1823         - to allow compilation with gcc 3.x
1824           -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
1825           -- small fixes on exceptions.
1826           Note: linking not tested !
1827         - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
1828           building stage.
1829       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
1830         dependent convertion).
1831
1832 2003-06-20  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1833       * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
1834         Changelog):
1835         - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
1836         - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
1837           addition/modification of Makefile.am and configure.in.
1838         - the testSuite is still brain damage (not guilty).
1839
1840 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1841       * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
1842         compile
1843       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
1844         (FileName -> Filename)
1845
1846 2003-06-11  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1847       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
1848         - UpdateProgress method should now be effective
1849         - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
1850           to volumes),
1851         - when building a stack of images/volume, a lesser number of
1852           gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
1853           accelerating things).
1854         - when building a stack of images/volumes, files which are not
1855           loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
1856           or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
1857           in the stack (for the caller to notice the problem).
1858
1859 2003-06-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1860       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent.
1861
1862 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1863       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
1864         between standard library (std) and vtk library (problems are found
1865         under Windows... thanks Windows !)
1866
1867 2003-05-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1868       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
1869         debug stage).
1870       * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test
1871
1872 2003-05-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1873       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.
1874
1875 2003-05-28  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1876       * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
1877         called with different flags than the default ones (with automake).
1878         In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
1879            make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
1880         and went for warning fixes:
1881         - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
1882           up from unused variables.
1883         - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
1884       * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup
1885
1886 2003-05-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1887       * gdcmPython/gdcm.i:
1888         - typemaps correction to take into account the systematic replacement
1889           of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
1890           std::string... (cf changes of 2003-05-21).
1891         - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
1892           src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
1893           exported to Python a as cvar.
1894       * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
1895         and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
1896         gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
1897         gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
1898         C++ static methods).
1899       * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
1900         with the above changes.
1901
1902 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1903       * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
1904
1905 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1906       * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
1907         wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
1908         generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
1909          - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
1910          - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
1911            a wrapper
1912          - Wrapper interface which wrap sources
1913         + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
1914         + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
1915       * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
1916         files for compilation
1917
1918 2003-05-21  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with Benoit Regrain
1919       * Added python wrappers of vtkGdcmReader vtk class (see the
1920         source in vtk/vtkGdcmReader.cxx) :
1921         - vtk/Makefile.am now builds a library
1922         - gdcmPython/Makefile.am now builds vtkgdcmPython a second import
1923           python library (as opposed to _gdcm.so wich are the python
1924           wrappers of gdcm). vtkgdcmPython.so uses the vtk python wrappers
1925           (vtkWrapPython and vtkWrapPythonInit utility) to build vtkgdcmPython
1926           import library.
1927         - configure.in has an additional flag --enable-vtk that needs
1928           to be set to enable compilation of vtk related code, that is:
1929           + vtk/vtkGdcmReader.so and
1930           + vtk/testvtkGdcmReader C++ demo of vtk wrappers of gdcm)
1931           + gdcmPython/vtkgdcmPython.so (see above)
1932         - gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py corrected (some images cannot
1933           be read when compressed or when HighBit + 1 != BitsStored),
1934         - gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py added. This demo illustrates
1935           the usage of the python wrapper of vtkGdcmReader vtk class.
1936       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: bug fixed (thanks to Benoit Regrain).
1937       * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
1938         std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
1939         This is to avoid pollution of global namespace in included files.
1940         Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
1941         gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
1942         collision of various stl members (principally cout...).
1943       * gdcmPython/testSuite.py now cleanly removes temprory generated
1944         file.
1945       * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
1946         comply with above changes)
1947
1948 2003-05-12  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1949       * src/gdcmHeader>[h/cxx] added gdcmHeader::GetPixelSize()
1950       * vtk/vtkGdcmReader.cxx now properly inports the image in the
1951         vtk data structure (an image Flip was required).
1952       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx refers to gdcmData subdir instead of Data.
1953       * cosmetic changes in documentation.
1954
1955 2003-05-7  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1956       * src/gdcmHeader.cxx: the constructor no longer exits when an
1957         unexisting file is given as argument.
1958       * The subdirectory Data (containing all the images used for the
1959         test suite) is not part of this repository anymore. A new module
1960         containing those images is now available at
1961           :pserver:xxx@cvs.creatis.insa-lyon.fr:2402/cvs/public
1962         with the name gdcmData.
1963         All the python scripts (including the package initialisation file
1964         gdcmPython/__init__.py) were adapated to take this change into
1965         account (basically GDCM_DATA_PATH is now GDCM_TEST_DATA_PATH).
1966
1967 2003-05-5  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1968       * vtk subdir added. Contains vtkGdcmReader.[cxx|h] a vtk class
1969         inherinting from vtkImageReader and testvtkGdcmReader.cxx a small
1970         demo of the usage of this class.
1971         Compilation of this vtk part is only done when using the --enable-vtk
1972         at configure (or autogen.sh) stage.
1973
1974 2003-04-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1975       * More memory link related corrections and documentation fixes.
1976         Notes on valgrind:
1977           - maximum info is obtained with a command of the form:
1978             valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
1979                      --show-reachable=yes PrintHeader
1980           - the remaining reachable blocks seem to come from the STL
1981             allocation scheme through the usage of map and list. It looks
1982             like this memory cannot be freed but it is not a memory leak
1983             (in fact further invocation to the STL would recollect the
1984              unused memory allthough it cannot explicitely be freed).
1985       * gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py added: this is a small demo
1986         of displaying an image parsed with gdcm and displayed with VTK.
1987         Note: some images don't seem to work e.g.
1988             python vtkGdcmDemo.py  ../../Data/US-RGB-8-esopecho.dcm
1989       * src/gdcmHeader.x: dicom_vr and Dicts are not class members anymore.
1990         Allthough this weakens the semantics, it is a ditch attempt to
1991         make gdcm more thread friendly.
1992
1993 2003-04-15  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1994       * Memory link hunt (by using valgrind through the command
1995           valgrind --show-reachable=yes --leak-check=yes PrintHeader).
1996         - added src/gdcmVR.cxx gdcmVR.h that objectify the previous
1997           gdcmHeader::_dicom_vr.
1998         - gdcmHeader::InitVRDict transfered as gdcmVR::gdcmVR().
1999         - gdcmHeader::dicom_vr is now of type gdcmVR* as opposed to
2000           VRHT*.
2001         - gdcmGlobal global object contained class added (see src/gdcmUtil.x)
2002
2003 2003-04-9  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2004       * src/Makefile.am now exports all the necessary include files at
2005         make install stage.
2006
2007 2003-04-9 JPR
2008       * UpdateGroupLength replaced by new one
2009
2010 2003-04-7 JPR
2011       * UpdateGroupLength re-written using H-Table
2012         (named UpdateGroupLengthNew untill checks are over)
2013
2014 2003-04-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2015       * Data/im_00001 renamed to gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
2016       * gdcmPython/testSuite.py now include a test of gdcmFile::Write.
2017       * src:
2018         - gdcmHeader::GetPubElValSet removed.
2019         - gdcmElValSet::WriteDcm, WriteAcr, WriteExplVR, revamped to
2020           UpdateGroupLength, WriteElements, Write.
2021         - gdcmHeader::FileType moved to gdcmCommon.h. The enum FileType
2022           doesn't contain TrueDicom anymore since ExplicitVR and ImplicitVR
2023           carried the same semantics.
2024           - src/gdcmHeaderIdo.cxx changed accordingly.
2025         - gdcmFile::WriteBase now regroups all the codes from previous
2026           versions of WriteDcm, WriteDcmImplVR, and WriteACR.
2027         - enum FileType moved to gdcmCommon.h
2028       * src/gdcmHeader.cxx AddDefault trashed
2029       * gdcmGetXSize added
2030       * getimageDataSize now calls gdcmGetXSize
2031       * Test/*.cxx changed to agree with above changes
2032
2033 2003-03-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2034       * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
2035         (to avoid double call by end user).
2036       * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
2037         by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it.
2038
2039 2003-03-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2040       * gdcm/Doc many doxygen changes:
2041         - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
2042           the html.users end users oriented documentation and
2043           DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
2044           oriented documentation.
2045         - README changed accordingly
2046         - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
2047         - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
2048           DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
2049         - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
2050           be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
2051           html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
2052       * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1. Hence
2053         all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
2054       * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
2055         ill-formed documentation sections.
2056       * src/gdcmHeader.cxx: ditto
2057
2058 2003-03-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2059       * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
2060       * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
2061         un*ces with sh-utils test utility.
2062       * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
2063       * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.
2064       * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
2065       * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
2066       * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.
2067
2068 2003-03-26 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2069       * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
2070       * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly.
2071
2072 2003-03-25 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2073       * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
2074       * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
2075       * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
2076       * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
2077         compilation work.
2078       * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
2079       * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message
2080
2081 2003-03-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2082       * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
2083         hence the user doesn't need this explicit call.
2084         - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
2085           i.e. LoadElements() call removed.
2086       * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
2087         - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
2088       * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
2089         for adding user defined new tags.
2090         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
2091         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
2092           cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)
2093
2094 2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
2095       * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
2096         Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
2097         src/Makefile.am : the project should properly compile and install
2098         with the autotools, included the python wrappers part.
2099       * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.
2100
2101 2003-03-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2102       * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
2103
2104 2003-03-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2105       * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
2106         to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
2107         for usage).
2108       * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
2109         gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
2110         ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.
2111       * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
2112         moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.
2113
2114 2003-03-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2115       * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
2116         in InstallMode or PreInstallMode but with an environement given
2117         value of GDCM_DICT_PATH.
2118       * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.
2119
2120 2003-03-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2121       * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
2122       * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
2123       * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
2124         should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
2125         any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.
2126
2127 2003-03-05 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2128       * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
2129         gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
2130         gdcmHeader.h
2131       * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
2132         (as opposed to gdcm.h)
2133       * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
2134       * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
2135         the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
2136       * autogen.sh removed history related references to crea package.
2137
2138 2003-03-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2139       * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
2140         bug.
2141
2142 2003-03-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2143       * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
2144         was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
2145         operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
2146         of hidding away the python related distutils specific files
2147         (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
2148         Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
2149         position to setup.py was ../src) which made things impossible to
2150         handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...
2151
2152 2003-02-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2153       * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
2154       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
2155         among the list of sources.
2156
2157 2003-02-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2158       * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
2159       * modifications in MSVC projects
2160
2161 2003-02-19 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2162       * As stated by the first lines of Test/ExceptionAndPython/README, it
2163         looks like we can move back to original usage of exception within
2164         src/gdcm* and hence remove the errno stuff that was introduced
2165         as a quick and dirty fixture of this problem (added to the TODO).
2166       * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
2167         README file for usage added.
2168       * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
2169         test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
2170         testing the proper parsing of a Dicom related file.
2171         testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
2172       * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
2173       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
2174         - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
2175           whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
2176           Dicom public dictionnary were not accessible without an
2177           instance of class gdcmHeader.
2178         - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
2179           require no instances at all to be invocated.
2180         - within gdcmDictSet this change required to change some method
2181           to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
2182           (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
2183       * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
2184         the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
2185       * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
2186         the above to be effective.
2187       * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
2188         for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
2189       * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
2190         configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
2191         contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
2192         Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
2193         (for python dectection).
2194       * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
2195         now avoids publishing the empty entries.
2196
2197 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2198       * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
2199         ExtraPath reused :-P
2200       * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
2201
2202 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2203       * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
2204       * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
2205       * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
2206         and links
2207
2208 2003-01-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2209       * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
2210         method. Doxygenation.
2211       * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments.
2212
2213 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2214       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
2215         shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
2216         when using "python setup.py install".
2217       * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
2218         reexports the working classes.
2219       * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
2220         by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
2221         behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
2222         to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
2223         of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
2224         subdir (see the README file). This problem probably due to
2225         an combination of g++ and dynamic loading.
2226       * added Test/ExceptionAndPython (see above)
2227
2228 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2229       * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
2230         directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
2231         i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
2232         again in a python subdir, but the package itself is now in
2233         python/gdcmPython.
2234       * setup.py was cleaned up:
2235         - pythonIncludePath removed
2236         - python setup.py bdist target is now functional.
2237       * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
2238         collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
2239         accordingly.
2240
2241 2003-01-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2242       * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).
2243       * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
2244         distutils installer is operational.
2245       * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
2246           shadow classes (from gdcm.py).
2247         - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
2248           instead of gdcmPython/demo/load.py.
2249         - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.
2250
2251 2002-12-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2252       * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
2253         GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
2254         entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
2255         information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
2256         dictionary.
2257         - Dicts/dicomV3.dic Entries which had and unspecified fourth field
2258           are now in the "???" group.
2259         - python/gdcm.i changed accordingly,
2260         - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
2261           of the above new functionalities in Python.
2262
2263 2002-12-11 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2264       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
2265         - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
2266           were definitively removed.
2267         - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
2268       * src/gdcmElValSet.cxx:
2269         - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
2270         - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
2271         - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
2272         - Added GetElementByName(string).
2273       * src/gdcmHeader.cxx: added
2274         - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
2275         - GetPubElValRepByName(string)
2276         - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
2277         - GetShaElValRepByName(string)
2278         - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
2279         - GetShaElValRepByName(string)
2280         - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
2281         - GetElValRepByName(string)
2282         - GetElValByNumber(guint16, guint16)
2283         - GetElValRepByName(string)
2284       * Doc/requirements.txt added.
2285
2286 2002-12-9 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2287       * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
2288       * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
2289         pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
2290         the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
2291         file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
2292       * python/testSuite.py changed accordingly.
2293
2294 2002-12-6 Christophe Odet + Hugues Benoit-Cattin + Eric.Boix
2295       * VC++ has some strong limitations when working with the STL, as stated
2296         in http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP :
2297              "Also note that some STL containers (map, set, queue, list, deque)
2298               cannot be exported. [...]
2299               Some STL classes contain nested classes. These classes can not
2300               be exported. [...]
2301               This is caused by a designed limitation that once a template
2302               class is instantiated, it can not be re-instantiated and
2303               exported."
2304         Since our usage of map<> is ubiquitous in gdcm, this "designed
2305         limitation" of VC++ is a pitfall.
2306         Hence the Python wrappers of gdcm cannot be incrementally linked
2307         against the c++ dynamic library. The dirty but only workaround is
2308         to forget about incremental link of dynamic libraries and to generate
2309         the Python wrappers library with the inclusions of the underlying C++
2310         library.
2311         The following modifications concern this matter on Win32/VC++:
2312       - wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
2313          dll under windows !!!!)
2314       - python21_d debug mode enabled (ask Frog how to use it :-)
2315       - NO problem with having an STL member of class for example string in C++
2316         WITH THE RESTRICTION OF FORGETING ABOUT INCREMENTAL LINK.
2317       - Python test of dcmlib in Python is ok under windows on a large set
2318         (one) of image(s).
2319       * removed glib references
2320       * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
2321
2322 2002-11-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2323       * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
2324         that only displays required tags and testAll.py that parses all
2325         the files of the testsuite without using unittest.
2326       * python/testSuite.py other additional test on new files added.
2327       * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
2328       * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
2329         the vr in the file differs from the one of the dictionary.
2330
2331 2002-11-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2332       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
2333         values, but limits itself to values which are below a user specified
2334         size (by default 1024 bytes).
2335       * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
2336         user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
2337         python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
2338         on the unloaded elements (since we have their offset and size).
2339       * python/testSuite.py
2340         - now tests for the existence and proper value of the pixel data
2341         - two new examples added.
2342       * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.
2343
2344 2002-11-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2345       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
2346         aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindeLength().
2347       * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
2348       * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
2349       * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.
2350
2351 2002-11-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2352       * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
2353         the vr was also RET.
2354       * python/testSuite.py more tests added.
2355
2356 2002-11-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2357       * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
2358       * Data/* dcm and acr files for the test suite.
2359       * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
2360         7.18 Integer types (see stdint.h)
2361         - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
2362       * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
2363         implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
2364         concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
2365         too the public or provite dictionaries, since some of their vr
2366         would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
2367         detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
2368         added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
2369         The rest of the changes we the necessary adaptations.
2370
2371 2002-11-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2372       * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
2373         VR files.
2374       * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.
2375
2376 2002-11-8 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2377       * Adaptation for porting to VC++:
2378         - src/gdcm.h
2379           o forced to use std namespace (for string to be known)
2380           o all class use __declspec export style on WIN32
2381         - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
2382           (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
2383       * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
2384         variable GDCM_DICT_PATH.
2385       * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete.
2386
2387 2002-11-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2388       * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
2389         to native Python dictionary.
2390       * python/demo/test.py:
2391         - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
2392         - takes an optional filename argument (the file to parse).
2393       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
2394         PubElVals hashing table.
2395       * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.
2396
2397 2002-11-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2398       * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
2399         newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
2400       * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
2401       * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
2402       * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
2403         from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
2404       * src/gdcmDict::GetTag bug fix.
2405
2406 2002-10-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2407       * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
2408         src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
2409         that we can import de shadow classes without errors].
2410
2411 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2412       * hashtest.cxx removed (since allready in Test)
2413       * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
2414       * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
2415       * src/Makefile prepared for python wrapping
2416
2417 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2418       * src/gdcmHeader.cxx :
2419         - Parsing of header is now separated from loading of element values
2420           (see gdcmHeader::LoadElements).
2421         - general clean up of hopefully all file access (creation of
2422           ReadInt16 and ReadInt32)
2423
2424 2002-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2425       * src/gdcmHeader.cxx :
2426         - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
2427           method.
2428         - SetLgrElem renamed to SetLength
2429         - GetLgrElem renamed to GetLength
2430         - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
2431       * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
2432       * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
2433         due to IdoDude was cleaned out.
2434
2435 2002-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2436       * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
2437         concentrates on finding the value representation (when it exists).
2438         RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
2439         returning the unecessary skL (skipped length).
2440         Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
2441         it was redundant with the File position internals (by using
2442         ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
2443         jajun.
2444       * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
2445         on the libido specificities which are handled through class
2446         inheritance.
2447       * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
2448         added.
2449
2450 2002-10-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2451       * Truckload of changes. Parsing of header is barely functional
2452         (see Test/test) with the standard dictionary (see Dicts/dicomV3.dic).
2453
2454 2002-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2455       * src/gdcmHeader.cxx many addons of low level methods
2456
2457 2002-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2458       * src/gdcmHeader now contains_IdDcmCheckSwap, _IdDcmRecupLgr,
2459         and _IdDcmSWAP_LONG.
2460
2461 2002-09-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2462       * This corresponds to all the changes decided at the meeting of
2463         May 23 2002. Needless to say we are running late...
2464