ChangeLog

   1 2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
   2       * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
   3         Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
   4         src/Makefile.am : the project should properly compile and install
   5         with the autotools, included the python wrappers part.
   6       * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.
   7
   8 2003-03-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
   9       * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
  10
  11 2003-03-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  12       * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
  13         to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
  14         for usage).
  15       * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
  16         gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
  17         ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.
  18       * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
  19         moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.
  20
  21 2003-03-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  22       * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
  23         in InstallMode or PreInstallMode but with an environement given
  24         value of GDCM_DICT_PATH.
  25       * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.
  26
  27 2003-03-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  28       * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
  29       * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
  30       * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
  31         should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
  32         any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.
  33
  34 2003-03-05 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  35       * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
  36         gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
  37         gdcmHeader.h
  38       * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
  39         (as opposed to gdcm.h)
  40       * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
  41       * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
  42         the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
  43       * autogen.sh removed history related references to crea package.
  44
  45 2003-03-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  46       * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
  47         bug.
  48
  49 2003-03-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  50       * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
  51         was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
  52         operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
  53         of hidding away the python related distutils specific files
  54         (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
  55         Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
  56         position to setup.py was ../src) which made things impossible to
  57         handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...
  58
  59 2003-02-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  60       * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
  61       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
  62         among the list of sources.
  63
  64 2003-02-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
  65       * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
  66       * modifications in MSVC projects
  67
  68 2003-02-19 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  69       * As stated by the first lines of Test/ExceptionAndPython/README, it
  70         looks like we can move back to original usage of exception within
  71         src/gdcm* and hence remove the errno stuff that was introduced
  72         as a quick and dirty fixture of this problem (added to the TODO).
  73       * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
  74         README file for usage added.
  75       * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
  76         test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
  77         testing the proper parsing of a Dicom related file.
  78         testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
  79       * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
  80       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
  81         - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
  82           whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
  83           Dicom public dictionnary were not accessible without an
  84           instance of class gdcmHeader.
  85         - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
  86           require no instances at all to be invocated.
  87         - within gdcmDictSet this change required to change some method
  88           to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
  89           (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
  90       * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
  91         the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
  92       * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
  93         the above to be effective.
  94       * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
  95         for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
  96       * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
  97         configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
  98         contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
  99         Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
 100         (for python dectection).
 101       * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
 102         now avoids publishing the empty entries.
 103
 104 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
 105       * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
 106         ExtraPath reused :-P
 107       * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
 108
 109 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
 110       * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
 111       * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
 112       * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
 113         and links
 114
 115 2003-01-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 116       * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
 117         method. Doxygenation.
 118       * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments.
 119
 120 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 121       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
 122         shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
 123         when using "python setup.py install".
 124       * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
 125         reexports the working classes.
 126       * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
 127         by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
 128         behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
 129         to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
 130         of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
 131         subdir (see the README file). This problem probably due to
 132         an combination of g++ and dynamic loading.
 133       * added Test/ExceptionAndPython (see above)
 134
 135 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 136       * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
 137         directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
 138         i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
 139         again in a python subdir, but the package itself is now in
 140         python/gdcmPython.
 141       * setup.py was cleaned up:
 142         - pythonIncludePath removed
 143         - python setup.py bdist target is now functional.
 144       * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
 145         collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
 146         accordingly.
 147 2003-01-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 148       * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).
 149       * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
 150         distutils installer is operational.
 151       * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
 152           shadow classes (from gdcm.py).
 153         - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
 154           instead of gdcmPython/demo/load.py.
 155         - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.
 156
 157
 158 2002-12-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 159       * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
 160         GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
 161         entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
 162         information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
 163         dictionary.
 164         - Dicts/dicomV3.dic Entries which had and unspecified fourth field
 165           are now in the "???" group.
 166         - python/gdcm.i changed accordingly,
 167         - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
 168           of the above new functionalities in Python.
 169
 170 2002-12-11 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 171       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
 172         - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
 173           were definitively removed.
 174         - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
 175       * src/gdcmElValSet.cxx:
 176         - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
 177         - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
 178         - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
 179         - Added GetElementByName(string).
 180       * src/gdcmHeader.cxx: added
 181         - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
 182         - GetPubElValRepByName(string)
 183         - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
 184         - GetShaElValRepByName(string)
 185         - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
 186         - GetShaElValRepByName(string)
 187         - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
 188         - GetElValRepByName(string)
 189         - GetElValByNumber(guint16, guint16)
 190         - GetElValRepByName(string)
 191       * Doc/requirements.txt added.
 192
 193 2002-12-9 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 194       * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
 195       * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
 196         pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
 197         the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
 198         file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
 199       * python/testSuite.py changed accordingly.
 200
 201 2002-12-6 Christophe Odet + Hugues Benoit-Cattin + Eric.Boix
 202       * VC++ has some strong limitations when working with the STL, as stated
 203         in http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP :
 204              "Also note that some STL containers (map, set, queue, list, deque)
 205               cannot be exported. [...]
 206               Some STL classes contain nested classes. These classes can not
 207               be exported. [...]
 208               This is caused by a designed limitation that once a template
 209               class is instantiated, it can not be re-instantiated and
 210               exported."
 211         Since our usage of map<> is ubiquitous in gdcm, this "designed
 212         limitation" of VC++ is a pitfall.
 213         Hence the Python wrappers of gdcm cannot be incrementally linked
 214         against the c++ dynamic library. The dirty but only workaround is
 215         to forget about incremental link of dynamic libraries and to generate
 216         the Python wrappers library with the inclusions of the underlying C++
 217         library.
 218         The following modifications concern this matter on Win32/VC++:
 219       - wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
 220          dll under windows !!!!)
 221       - python21_d debug mode enabled (ask Frog how to use it :-)
 222       - NO problem with having an STL member of class for example string in C++
 223         WITH THE RESTRICTION OF FORGETING ABOUT INCREMENTAL LINK.
 224       - Python test of dcmlib in Python is ok under windows on a large set
 225         (one) of image(s).
 226       * removed glib references
 227       * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
 228
 229 2002-11-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 230       * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
 231         that only displays required tags and testAll.py that parses all
 232         the files of the testsuite without using unittest.
 233       * python/testSuite.py other additional test on new files added.
 234       * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
 235       * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
 236         the vr in the file differs from the one of the dictionary.
 237
 238 2002-11-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 239       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
 240         values, but limits itself to values which are below a user specified
 241         size (by default 1024 bytes).
 242       * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
 243         user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
 244         python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
 245         on the unloaded elements (since we have their offset and size).
 246       * python/testSuite.py
 247         - now tests for the existence and proper value of the pixel data
 248         - two new examples added.
 249       * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.
 250
 251 2002-11-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 252       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
 253         aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindeLength().
 254       * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
 255       * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
 256       * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.
 257
 258 2002-11-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 259       * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
 260         the vr was also RET.
 261       * python/testSuite.py more tests added.
 262
 263 2002-11-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 264       * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
 265       * Data/* dcm and acr files for the test suite.
 266       * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
 267         7.18 Integer types (see stdint.h)
 268         - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
 269       * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
 270         implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
 271         concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
 272         too the public or provite dictionaries, since some of their vr
 273         would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
 274         detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
 275         added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
 276         The rest of the changes we the necessary adaptations.
 277
 278 2002-11-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 279       * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
 280         VR files.
 281       * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.
 282
 283 2002-11-8 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 284       * Adaptation for porting to VC++:
 285         - src/gdcm.h
 286           o forced to use std namespace (for string to be known)
 287           o all class use __declspec export style on WIN32
 288         - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
 289           (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
 290       * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
 291         variable GDCM_DICT_PATH.
 292       * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete.
 293
 294 2002-11-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 295       * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
 296         to native Python dictionary.
 297       * python/demo/test.py:
 298         - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
 299         - takes an optional filename argument (the file to parse).
 300       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
 301         PubElVals hashing table.
 302       * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.
 303
 304 2002-11-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 305       * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
 306         newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
 307       * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
 308       * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
 309       * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
 310         from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
 311       * src/gdcmDict::GetTag bug fix.
 312
 313 2002-10-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 314       * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
 315         src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
 316         that we can import de shadow classes without errors].
 317
 318 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 319       * hashtest.cxx removed (since allready in Test)
 320       * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
 321       * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
 322       * src/Makefile prepared for python wrapping
 323
 324 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 325       * src/gdcmHeader.cxx :
 326         - Parsing of header is now separated from loading of element values
 327           (see gdcmHeader::LoadElements).
 328         - general clean up of hopefully all file access (creation of
 329           ReadInt16 and ReadInt32)
 330
 331 2002-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 332       * src/gdcmHeader.cxx :
 333         - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
 334           method.
 335         - SetLgrElem renamed to SetLength
 336         - GetLgrElem renamed to GetLength
 337         - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
 338       * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
 339       * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
 340         due to IdoDude was cleaned out.
 341
 342 2002-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 343       * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
 344         concentrates on finding the value representation (when it exists).
 345         RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
 346         returning the unecessary skL (skipped length).
 347         Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
 348         it was redundant with the File position internals (by using
 349         ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
 350         jajun.
 351       * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
 352         on the libido specificities which are handled through class
 353         inheritance.
 354       * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
 355         added.
 356
 357 2002-10-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 358       * Truckload of changes. Parsing of header is barely functional
 359         (see Test/test) with the standard dictionary (see Dicts/dicomV3.dic).
 360
 361 2002-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 362       * src/gdcmHeader.cxx many addons of low level methods
 363
 364 2002-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 365       * src/gdcmHeader now contains_IdDcmCheckSwap, _IdDcmRecupLgr,
 366         and _IdDcmSWAP_LONG.
 367
 368 2002-09-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 369       * This corresponds to all the changes decided at the meeting of
 370         May 23 2002. Needless to say we are running late...
 371