]> Creatis software - gdcm.git/blob - ChangeLog
47756030c63461812838ee81705f7e3c390d3ff0
[gdcm.git] / ChangeLog
1 2005-01-22 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2    * src/gdcmDicomDirElement.h, gdcmDict.h : rename AddNewXxx methods to AddXxx.
3    * src/gdcmDict.h : rename GetDictEntry moethod to GetEntry, to be coherent 
4      with other method names
5    * gdcmPython/gdcm.i : bug fix. Add the typemaps for the TagName type
6    * Test/TestDicomDirElement.cxx : add new test
7
8 2005-01-22 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
9    * Finish the CreateUniqueUID stuff. Seems to compiled/runs on every
10      plateforms ITK support. Had some troubles with uint64_t on Win32, go to
11      http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/vclang/html/_langref_data_type_ranges.asp
12      for more info. Basically you can not used 'unsigned' __int8 in an ostream.
13      So can't you use __int64 in ostream at all.
14
15 2005-01-22 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
16    * bug fix for compilation on MSVC6
17    * gdcmPython/gdcm.i : rename of classes missed
18
19 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
20    * gdcmDicomDirElement.[h|cxx] : change the AddEntry method. Now, it gets a
21      type and not a string. So, there remove problems on the format of the
22      string.
23
24 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
25    * src/gdcmDicomDirObject.h : set the FillObject method in protected.
26      Thus, DicomDirXXX are created with a flad that indicates if the created
27      object is empty or not (when not empty, the DicomDirElement is used to
28      fill the object)
29
30 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
31    * src/gdcmDicomDir.cxx : simplify the NewPatient method, like made in
32      gdcm::DicomDirPatient, gdcm::DicomDirStudy, gdcm::DicomDirSerie
33
34 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
35    * src/gdcmSQItem[h|cxx] : rename some methods to have coherent names
36
37 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
38    * src/gdcmDicomDir*.[h|cxx] : rename methods to be logik in their name.
39      Remove all access to the hash-tables or lists in the objects.
40
41 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
42    * src/gdcmDebug.h : remove the Debug test in the gdcmErrorMacro
43    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : rename the Initialise method to Initialize, to
44      be complient with all the gdcm source code
45
46 2005-01-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
47    * src/gdcmDocEntry.h : DocEntry is now secure. User can't change the
48      DictEntry or the VR.
49
50 2005-01-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
51    * gdcmPython/ : change GDCM_DATA_PATH to GDCM_DATA_ROOT to be complient with
52      all in gdcm
53
54 2005-01-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
55    * Test/ : rename VTK tests to have a best name for the tests
56    * gdcmPython/demo/*.py.in : Change the InitTraversal/GetNextEntry use to
57      GetFirstEntry/GetNextEntry use
58
59 2005-01-18 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
60    * Test/ShowDicom.cxx, ShowDicomSeq.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : change the
61      test. Now it's on image content and not on the resulting visualisation...
62      might solve the problem on linux when using the OpenGL drivers
63
64 2005-01-18 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
65    * ENH for DicomDir, DicomDirPatient, DicomDirStudy, 
66              DicomDirSerie, DicomDirImage
67              Dict, DictSet classes :
68          -add method GetFirstEntry to replace call to InitTraversal+GetNextEntry
69          -remove InitTraversal method.
70    * UPD Test programs + Example programs
71
72 2005-01-18 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
73    remove useless and never updated keyword \ingroup         
74
75 2005-01-17 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
76    * src/gdcmUtil.cxx : bug fix to find the Windows MAC address. Now, there
77      is no memory access violation
78    * gdcmPython/demo : add python demos using VTK
79
80 2005-01-16 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
81     * FIX 'Dictionnary' is now spelt 'Dictionary'
82           'wether' is now spelt 'whether'
83           'archieve' is now spelt 'archive'   ;-)
84
85 2005-01-15 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
86     * ADD DicomDir, DicomDirPatient, DicomDirStudy, DicomDirSerie, DicomDirImage
87           related methods, in order not to expose internal mechanisms
88         InitTraversal();
89         GetNextEntry();
90     * REM methods that exposed internal mechanisms :
91         DicomDir::GetDicomDirPatients()
92         DicomDirPatient::GetDicomDirStudies()
93         DicomDirStudy::GetDicomDirSeries()
94         DicomDirSerie::GetDicomDirImages()
95     * UPD Test programs :
96         makeDicomDir.cxx
97         BuildUpDicomDir.cxx
98         TestDicomDir.cxx
99      * UPD Example program
100         PrintDicomDir.cxx
101     * ADD DictSet methods
102         InitTraversal()
103         GetNextEntry()
104
105 2005-01-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
106    * Removed the Print/indent/default parameter mess. There is absolutely no
107     reason to have to methods, moreover with the second taking the ostream as
108     *SECOND* parameter. This was clearly a bad hack to get things compile.
109
110 2005-01-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
111    * Complete rewrite of the GetMacAddress code. Now the code is *much*
112     smaller (no more MacOSX specific crap). A lot more POSIX oriented.
113     Unfortunately the main code does not work on SunOS, thus provide a specific
114     code for this platform only (and Win32 of course). Since this seems to be
115     working, change CreateUniqueUID to use GetMACAddress instead of the
116     problematic GctestetIPAddress
117
118 2005-01-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
119    * Unfortunately to be able to test gdcmDirList I had to break the API
120      a little. Now the class is not a std::list anymore but has a member
121      std::vector (more ITK compatible). Allow unit testing on Win32 and
122      shared libs.
123
124 2005-01-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
125    * Update SerieHeader to take into account a Serie Instance UID to properly
126      sort DICOM files
127
128 2005-01-13 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
129    * ENH - Comment out Mathieu's (dangerous) Super Hack
130          for dealing with BIGENDIAN processors
131          - Move equivalent stuff to BinEntry::WriteContent
132          When necessary, 16 Bits Pixels are swapped in a small buffer
133          and then written. This avoid allocating a huge buffer, in
134          PixelWriteConvertor, and avoid modifying the Pixel Area.
135          Note :
136          Probabely, the same operation will have to be done when we want 
137          to write image with Big Endian Transfert Syntax, 
138          and we are working on Little Endian Processor
139                   
140 2005-01-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
141    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : comment all methods concerning a flat hash
142      table.
143    * src/gdcmElementSet.[h|cxx] : rename Initialize into InitTraversal
144    * src/gdcmDict.[h|cxx] : add InitTraversal/getNextEntry methods to parse
145      all the dict content.
146    * src/gdcmDictEntry.cxx : add a carriage return at the end of the DictEntry
147      print
148    * Test/TestDict.cxx : add a new test for the dict classes
149
150 2005-01-13 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
151    * src/gdcmDebug.h : Adding an option to redirect debug stream to a 
152                        file. Debug is yanked if compiled with NDEBUG
153
154 2005-01-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
155    * src/gdcmDictSet.h : set the default output to the os variable
156    * src/gdcmDictEntry.[h|cxx] : add the Print method
157    * gdcmPython/demo/ : add a new test
158
159 2005-01-13 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
160    * merging of Test/PrintDicomDir and Test/TestDicomDir
161    * removal of now redundant Test/PrintDicomDir
162    * enhancement of Example/PrintDicomDir
163
164 2005-01-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
165    * Now, python test might work on systems
166    * Add the PrintDicomDir test
167
168 2005-01-13 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
169    * FIX : First entry following group 0002 was lost for
170            Explicit Big Endian Transfer Syntax files
171           (group and elem not swaped)
172    
173 2005-01-12 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
174    * FIX : Old quick and dirty 'optimistic' heuristic to deal with
175            Big Endian Transfer Syntax supposed the group following 0002
176            begins always by element 0000 (element 0000 is *optional*)
177            To avoid further troubles, let's be pessimistic, and use
178            Document::HandleOutOfGroup0002() method 
179     * FIX : comparison between GDCM_NOTLOADED and Transfer Syntax
180               (related pb not yet solved)
181
182 2005-01-12 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
183    * Bug fix for the python part use
184    * Now, PrintHeader.py pass... but outside the ctest use. shit !
185
186 2005-01-12 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
187    * gdcmPython/gdcm.i : bug fix when compiling with MSCV
188
189 2005-01-11 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
190    * Untangle TransferSynatx from gdcm::Document. Now Document only manipulate
191      a string and should ask the global TS dict what are the propreties of 
192      the transfer syntax
193
194 2005-01-11 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
195    * Replace confusing name SwitchSwapToBigEndian name by SwitchByteSwapCode
196    * Add the Document::HandleOutOfGroup0002(uint16_t group) method
197        to swap the Swap Code, at parsing time, when we come out of group 0002
198        and Transfer Syntax is Big Endian
199        We should be able to read now 'true DICOM" Big Endian coded images
200     * Add optional run time SetDebugOn (last param) for PrintHeader, PrintFile
201     * Replace the french 'Transfert Syntax' by the english 'Transfer Syntax'
202
203 2005-01-10 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
204    * Hopefully fix the bug on MacOSX and static global initialization.
205    This is the only -minor- patch I found that both please MacOSX and VS6.
206    Other patch would be to declare a const std::string & GDCM_UNFOUND() instead,
207    but this would require a lot of change. Another approach would be that Global
208    create those string and GDCM_UNFOUND becomes a pointer to a string (which
209    gdcm::Global would destroy at exit).
210
211 2005-01-08 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
212    * Fix bug on MacOSX with static initialization in a multy threaded
213     environment. static const string in a header file used to be ill
214     initialized provoquing the freeze of any tests. patch should solve this
215     issue.
216
217 2005-01-08 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
218    * According to Benoit's suggestion, and without any objection from anybody
219       - methods SetxxxByNumber and GetxxxByNumber renamed as Setxxx and Getxxx
220       - methods Dict::Print() and Dict::PrintByKey() merged into Dict::Print()
221       - method gdcmDicomDirObject::GetEntry() renamed as 
222          gdcmDicomDirObject::GetEntryHT() to avoid confusion (and compile error)
223
224 2005-01-07 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
225    * Now gdcm::Debug is clearly a copy/paste of VTK approach. You can manipulate
226      you debug/warning message just as c++ streams which make them very convinient
227      to use. Once this is stabilize I will change the ostringstrem to be
228      redirected to a file (ofstream).
229    * Properly support C99 extension: __FUNCTION__ which allow us to display
230      the name of the function call (GNUC also allow __PRETTY_FUNCTION__ for c++)
231
232 2005-01-07 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
233    * Removal of useless and dangerous methods :
234          GetEntryByName, GetEntryVRByName, GetDocEntryByName, SetEntryByName
235          GetDocEntryByName, GetEntryByName, GetDictEntryByName
236    * Removal of usless methods :
237          Dict::PrintByName, Dict::GetDictEntryByName
238    * Commenting out of probabely useless methods :
239          Dict::GetDictEntryNames()
240          Dict::GetDictEntryNamesByCategory()
241          DictSet::GetPubDictEntryNames()
242          DictSet::GetPubDictEntryNamesByCategory()         
243    * ENH : New Dicom Dictionary (with Value Multiplicity) is now used    
244    * ENH : Use dicomTS.dic as described in 2004 version   
245    * ENH : Removal out of the Dicom Dictionary of non dicom 'fourth' field
246            Add         to the Dicom Dictionary of Dicom 'Value Multiplicity' field
247            Add Accessors on VM (Value Multiplicity), and VM related methods           
248    * ADD : Add a list of 'Dicom Attribute types', as found in
249            http://medical.nema.org/dicom/2004/04_15PU.PDF
250                       Unused till now...           
251    * ADD : Add dicomGroupNameAbbreviations.dic
252            should be used to write a method to replace the former
253            Dict::GetDictEntryNamesByCategory()
254
255 2005-01-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
256    * src/gdcmDocEntry.[h|cxx] : now the ReadLength is the length of the data
257      to read in the file... and only it ! Length is the efective length of the
258      data in the DocEntry structure
259
260 2005-01-07 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
261    * Change the gdcmDebug approach. Remov the global static debug 'dbg'.
262      And now use a static function call instead, with a global variable. i
263      This is much closer to the VTK approach. Hopefully should be bulletproof
264      and easier to use...hopefully
265
266 2005-01-06 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
267    * Adding GetMACAddres very alpha for now. This is tricky to be cross plateform.
268
269 2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
270    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : remove all copy of DocEntry when parsing a file
271
272 2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
273    * src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.[h|cxx] : amelioration of
274      ValEntry, BinEntry, SeqEntry creation or replace
275
276 2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
277    * src/gdcmDictEntry.h : now, the IsVRUnknown is correct
278    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : simplify the search of VR value when parsing
279      a file
280    * src/gdcmDocEntrySet.cxx : now the created DocEntry without values is good
281      when specifying the VR
282    * src/gdcmVR.[h|cxx] : add usefull method to test the validity of a VR
283    * src/gdcmDocEntry.cxx : amelioration of print
284
285 2005-01-05 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
286    * ADD : Add the method Util::IsCurrentProcessorBigEndian
287           (we'll need it for 'Explicit VR Big Endian' Transfert Syntax)
288    * ADD  Method Document::ComputeGroupLength
289    * ENH : now  parsing creates a Vitual DictEntry for Pixels Element,
290            in order to allow further VR modification by user
291    * REM : removal of once-called method File::WriteBase   
292            integration of its code in formerly one-line method File::Write
293
294 2005-01-05 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
295    * src/gdcmCommon.h : add the GDCM_UNKNOWN constant. This constant is to
296      replace the different values "??", "Unkn", "Unknown".
297    * src/gdcmDicomDirElement.h, gdcmDictEntry.h, gdcmDictSet.h,
298      gdcmDocEntry.cxx, gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.h, gdcmSQItem.cxx,
299      gdcmVR.cxx : use the GDCM_UNKNOWN constant.
300    * Appears a bug in gdcmDictEntry : IsVRUnknown always returns false... bad
301
302 2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
303    * src/gdcmBase.[h|cxx] : new base class. Contains the PrintLevel and an
304      empty Print Method
305    * Set the gdcm::Base class to some Printable classes
306
307 2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
308    * src/gdcmFile.[h|cxx] : add the Print method
309    * src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : add the generalized Print method
310    * src/gdcmDocEntrySet.h : generalize the Print with the PrintLevel
311    * src/gdcmDocument.h : remove the PrintLevel informations
312    * Example/PrintFile.cxx : use the new gdcm::File::Print
313
314 2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
315    * src/gdcmFile.cxx : Add the code of ReplaceOrCreateByNumber to not have
316      problems when compiling with the python wrapping
317
318 2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
319    * src/gdcmFile.cxx : bug fix. Omitted a Push in the DocEntryArchive when
320      writting in ImplicitVR
321
322 2004-12-12 Jean-Michel Rouet <jm.rouet@noos.fr>
323    * src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx], src/gdcmJpeg*.cxx : new handling of
324      JPEG decompression, especially when dicom frames are split into several
325      JPEG Fragments. This makes use of jpeg decompression from memory buffer.
326      This solves reading for example gdcm-JPEG-Lossless_Thoravision.dcm.
327
328 2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
329    * src/gdcmHeader.cxx : change the initialisation of default header.
330      Now, this header is readable by gdm, e-film, DicomWorks
331
332 2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
333    * src/gdcmFile.[h|cxx], gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : change the API.
334      Rename Decompressed to Raw
335    * Use the API changes in gdcm::File.
336    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add the possibility to write in other modes
337      Memory leaks fixed
338
339 2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
340    * vtk/vtkGdcmWriter.cxx, Example/WriteDicomSimple.cxx : add comments for
341      each added entry in the header. Replace the 'Planes' field by the 'Number
342      of Frames' field
343
344 2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
345    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : now can write stack of images.
346    * vtk/vtkWriteDicom.cxx : can write 2D stack or 3D image
347
348 2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
349    * Example/WriteDicomSimple.cxx : example to write a dicom file from nothing.
350      At this time, this image isn't readable by e-film... waiting JPR help to
351      solve it.
352
353 2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
354    * src/gdcmPixelReadConvert.cxx : bug fix when would forcing load of a
355      DocEntry. Now use methods of the Document !
356
357 2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
358    * Test/ShowDicomSeq.cxx : bug fix
359  
360 2004-12-08 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
361    * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : bug fix. Plane order isn't inverted
362    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : correctly write images (the Y axis is inverted)
363    * Test/ShowDicomSeq.cxx : new test to verify the use of AddFileName method
364    * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : set the threshold of regression
365      test to 0.0
366    * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : remove unused variable
367    * Test/CMakeLists.txt : add the creation of the gdcmDataSeqImages.h file
368      containing found sequences
369
370 2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
371    * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : bug fix, now this test pass
372      not at all time
373    * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : rearrange the test to correctly pass...
374      Some fields in BinEntry must be copied to not seg fault when making the :
375               gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
376      and tests are now made on good variables
377
378 2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
379    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add a first version of vtkGdcmWriter
380    * src/gdcmValEntry.cxx : bug fix when setting the value. Problems of odd
381      length
382    * src/gdcmHeader.cxx : Remove a useless call to Util::DicomString
383    * Add vtkGdcmWriter example and test
384
385 2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
386    * Test/TestUtil.cxx : reformat the source code
387    * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove and change prints
388    * src/gdcmValEntry.[cxx|h] : now set the length of the value when calling
389      SetValue
390    * src/gdcmBinEntry.[cxx|h] : SetValue method don't set the length
391    * src/*.cxx : remove all useless call to SetLength of a ValEntry object
392
393 2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
394    * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : ficnished this class
395    * src/gdcmFile.cxx : finished the correctly use of PixelWriteConvert
396
397 2004-12-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
398    * src/gdcmDocument.cxx : bug fix when opening the file. All read is followed
399      by an eof to prevent all bad read of the file... and in this case, the
400      file isn't readable. 
401
402 2004-12-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
403    * Example/Volume2Dicom.cxx : comment unused variables
404    * Test/PrintDicomDir.cxx : comment unused variables
405    * Test/BuildUpDicomDir.cxx : remove dbg.Verbose. Remove the FIXME.
406    * src/SQItem.[h|cxx] : remove the PtagHT variable. Remove the AddDocEntry
407      method that is redondant with AddEntry.
408    * src/gdcmDocEntrySet.h : add pure virtual methods common to ElementSet and
409      SQItem
410
411 2004-12-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
412    * Bug fix due my last commit (compilation under Windows).
413    * Example/Volume2Dicom : bug fix in the file and reformatting source code
414    * src/gdcmFile.h : bug fix. Variable type and variable name had same name
415
416 2004-12-03 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
417    * Huge cleanup:
418      - Remove printf / sprintf
419      - include iostream AFTER gdcm so we don't get warnings
420      - GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM shouldn't be used explitely ouside of gdcm 
421        source
422      - Also remove tons of include from header files, hopefully this should 
423        speeup the compilation time, since it was becoming a dog slow.
424      - Remove gdcm.h as it include way too many files and slow down compilation 
425        (plus it is not up to date)
426      - remove 'using namespace std' this is BAD !
427
428 2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
429    * Remove memory leaks on the DicomDir
430    * Remove some useless data in DicomDirObject
431    * Add usefull methods in SQItem, to be complient withe the ElementSet
432
433 2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
434    * src/gdcmFile.[h|cxx] : now use FileType instead of TWriteType.
435
436 2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
437    * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : new class to write data (and in the
438      future, with convertion)
439    * src/gdcmFile.[h|cxx] : the PixelWriteConverter instance replace Pixel_Data
440      and ImageDataSize values. Remove the method to get the PixelReadConverter
441      from the output of the class
442
443 2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
444    * Rename src/gdcmPixelConvert.[h|cxx] to src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx]
445
446 2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
447    * vtk/vtkGdcmReader.cxx : correct error in vtkDebugMacro, vtkWarningMacro
448      and vtkErrorMacro use.
449    * gdcmPython/gdcm.i : corrections to avoid warnings at compilation
450
451 2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
452    * Test/TestCopyDicom.cxx : the new dicom created is created empty, without
453      file name in input
454    * src/gdcmSeqEntry.cxx : bug fix in destruction of an element
455    * src/gdcmHeader.cxx : bug fix. Keep the string, otherwise it is destroyed.
456      The string leaves only in the fonction. So when we make a .c_str(), we
457      get the pointeur on the first element, element that will be destroyed 
458      immediately after thee instruction.
459    * src/gdcmDocument.cxx : remove memory leaks. Bug fix when testing if the
460      file has been opened : the test must be made on the content of the 
461      pointer and not directly on the pointer !
462      Code formatting
463
464 2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
465    * gdcmPython/gdcm.i : change gdcmHeaderHelper to gdcmSerieHeader. Now,
466      the python part recompiles
467
468 2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
469    * Test/ShowDicom.cxx : Change the test to only open one vtkImageViewer.
470      Otherwise, under linux (Graphic card : NVidia / SE : FedoraCore 1) the
471      X session is killed (for my computer... it seems to not be identic on
472      all linux)
473
474 2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
475    * Test/ShowDicom.cxx : now can be used with an off-screen rendering to
476      avoid problems (otherwise, the difference test between the visible image
477      and the reference is incorrect. If the reference is greater than the
478      screen resolution, it's produce errors).
479      Can be used for only one image. Can be used with a visible flag.
480    * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove commented codes.
481    * vtk/vtkGdcmReader.h : add the gdcmCommon.h include file to avoid warnings
482      under windows at compilation
483    * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : reformat the file. Apply a default window/level
484      for grayscale images
485    * vtk/GdcmToBaseline.cxx : new program to easy create the reference image
486
487 2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
488    * src/gdcmFile.[h|cxx] : bug fix for ACR-LIBIDO files when writting the file
489    * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx : add
490      tests on the image size X, Y, Z
491
492 2004-11-26 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
493    * Remove some useless methods in gdcm::Document, gdcm::Header and gdcm::File
494    * Rename gdcmHeaderHelper.[h|cxx] to gdcmSerieHeader.[h|cxx] to be coherent
495      between the class name and the file name
496
497 2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
498    * src/ : fix compilation warnings for the Write method (2 different
499      proto). So Rename 'Write(ifstream* fp' into 'WriteContent(ifstream* fp'
500      fix compilation warnings for the gdcm::Document::TransferSyntaxStrings
501      variable... create a static method in gdcm::Document to access to
502      this variable content.
503
504 2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
505    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : set the Transfert Syntax values to the header
506      file, to be accessed by other files (like gdcmFile). Remove commented
507      code. Move the change of the header to the gdcmFile, using the
508      DocEntryArchive
509    * src/gdcmHeader.[h|cxx] : the write is completely made in the Header.
510      To be sure of that (and simplify calls), the Write of the header now
511      gets a file name and not a file pointer (std::ifstream).
512    * src/gdcmFile.[h|cxx] : apply the write file type to the header, using the
513      DocEntryArchive. Remove all open of the written file
514
515 2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
516    * vtk/vtkGdcmReader.cxx : compilation bug fix for the vtk part
517
518 2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
519    * src/gdcmDocument.cxx : fix bug... test if the fp is opened to use it
520    * src/gdcmPixelConvert.cxx : calculate the image size when while the grab of
521      the header.
522    * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove PixelRead and ImageDataSizeRaw variables and
523      some corresponding methods. Write correctly the file and check before
524      write
525    * Test/TestCopyDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx,
526      TestAllReadCompareDicom.cxx : pass the write of images to RGB and test
527      is now on RGB data (as before my last commit
528    * Example/PrintHeader.cxx, PrintFile.cxx : repad files.
529
530 2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
531    * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmSeqEntry.cxx, gdcmSQItem.cxx, gdcmValEntry.cxx :
532      Add a print information of the type of the entry
533    * src/gdcmDocument.cxx : add the write of the preambule of a Dicom file.
534      It was in the gdcmFile, and all write have been regrouped
535    * src/gdcmFile.[h|cxx] : add methods to get the Raw data elements and size.
536      Write correctly all dicom files (in decompressed mode only at this time)
537    * Test/ : test on files are now made using Raw data and not color data if
538      any.
539    * Example/PrintFile.cxx : add more printings
540
541 2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
542    * Amelioration of code, remove some code copy. For the loading of
543      BinEntry (in gdcmDocument), add the test to verify if the file is already
544      opened or not.
545
546 2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
547    * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : bug fix and add a method to temporary
548      remove a DocEntry in the header (push an empty DocEntry)
549    * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove some useless variables, methods and code
550      lines. Bug fix in the initialization of the PixelConvert and the 
551      DocEntryArchive
552    * src/gdcmElementSet.[h|cxx] : add methods Initialize and GetNext to
553      use in TestCopyDicom (now this test can run under windows... but fails)
554    * Test/TestCopyDicom.cxx : amelioration of the test :
555      - test the pixels written
556      - add test points to quickly find where is the error
557      - can set a file name input and output in arguments
558    * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx : 
559      amelioration of the test output
560
561 2004-11-23 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
562    * src/gdcmDocEntryArchive.cxx : complete the print function, that prints
563      all replaced DocEntry's
564    * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove all changes of the header when getting data.
565      Now, each needed DocEntry to modify is duplicated, modified and inserted
566      to the header using DocEntryArchive. Thus, after save, we can restore the
567      header initial state.
568
569 2004-11-22 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
570    * src/gdcmFile.h : fix compilation errors on zorglub linuc computer
571
572 2004-11-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
573    * src/gdcmDocEntry.cxx : remove the copy of the DictEntry... there isn't
574      correct to copy it. The DictEntry is specified at the DocEntry creation,
575      then, it musn't change in the time.
576    * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : new class. It's goal is to change the
577      header correctly. At this time, the change is only made for the first
578      level of the Document. In the future, it might consider sequences.
579      The change is made by replacing a DocEntry by an other that is created
580      outside the class. The old value is kept. When we restore the header
581      status, the added DocEntry is deleted and replaced by the old value.
582    * src/gdcmElementSet.h : Set the DocEntryArchive like friend.
583    * src/gdcmFile.[h|cxx] : Use the gdcmDocEntryArchive. Add methods to
584      set the write type to explicit VR, implicit VR or ACR. Add methods to set
585      the write mode to native, decompressed or RGB (but not used at this time)
586
587 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
588    * src/gdcmSeqEntry.cxx : add initialisation of variable SeqTerm
589    * src/gdcmDocument.cxx : add delete of DocEntry's to remove some memory leaks
590
591 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
592    * src/gdcmDocument.cxx : now, when using the ReplaceOrCreateByNumber to
593      set a BinEntry, the binArea is copied (like to set a ValEntry, the string
594      is copied).
595    * Test/TestCopyDicom.cxx, Example/TestCopyDicom.cxx : the image data isn't 
596      set because already copied when copying the BinEntry's of the header
597    * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx : remove warnings
598
599 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
600    * FIX : now, the DocEntries are all deleted in the gdcmElementSet.
601      Two problems appear when doing it :
602       - with the gdcmFile : when the GetImageData method is called, the pixels
603         are stored in the gdcmPixelConvert, but a gdcmBinEntry link to these
604         data (pixels). And each structure destruct the data when it's
605         destructed. So we have two destructions for the same data. To solve it,
606         a flag is added in the gdcmBinEntry to indicate if the BinEntry owns the
607         data or not. If it doesn't own data, then they will not destroyed by
608         the gdcmBinEntry.
609       - with the gdcmDicomDir : the sequences (gdcmSQItem) contain DocEntry
610         elements. The DicomDir* (DicomDirPatient, etc.) inherit from SQItem.
611         Thus destruct the DicomDir* elements and the TagHT of the ElementSet 
612         create a double destruction of the same DocEntry's. So, to solve it, 
613         the TagHT is simply cleared and the DicomDir* elements are destroyed.
614    * TODO : add an entry concerning memory leaks in the DicomDir
615
616 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
617    * FIX : src/gdcmDocument.cxx Remove obvious code in the destructor
618    * FIX : src/gdcmPixelConvert : Set to NULL the deleted structures in the
619      squeeze method
620
621 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
622    * FIX: src/gdcmUtil.cxx : to compile with MSVC6
623    * src/gdcmDocument.cxx : fix memory leaks. Fix possible bugs : use an object
624      after it have been deleted
625
626 2004-11-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
627    * FIX: src/* fix the doxygen warnings.
628    * src/gdcmVR.cxx: removed some redundant tests (e.g. LO)
629    * src/gdcmDocument.cxx: FIX ::ComputeRLEInfo() rleSegmentOffsetTable[]
630      was erroneously defined with a size of 15 instead of 16. [many thanks
631      to Jean Michel Rouet for pointing out this bug].
632
633 2004-11-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
634     1. Finish merging JMR patch for writting DICOM from scratch
635     2. Fix -hopefully- bug with MONOCHROME and space vs null character
636     3. Use const ref when possible
637     4. Add a new function InitializeDefaultHeader, which create a template DICOM header (CT image for now)
638     5. A few more comments
639     6. CreateUniqueUID can now be called without parameter"
640
641 2004-11-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
642   * ENH: Slightly bigger patch:
643     1. Getting toward full integration of JMR patch for writting dicom from scratch
644     2. Update Test to test part of this patch: CreateUniqueUID
645     3. File was not close properly in gdcmDict
646     4. Use of typedef is to be prefered when possible (gdcmDict.cxx)
647     5. Use of const ref instead of copy (speed issue)
648     6. Remove temporary (duplicate) string in TranslateToKey
649     7. Mark extremely dangerous code as such (gdcmDocument.cxx and AddEntry fallback case)
650     8. Do not repeat virtual in subclasses
651     9. Implemented in gdcm::Util two new function: GetIPAddress, and CreateUniqueUID
652
653 2004-11-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
654   * Apply first patch toward better string comparison when dealing with broken 
655     DICOM files. Essentially the string could be padded with a space instead 
656     of a null character as defined by standard
657   
658 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
659   * src/gdcmDocument.[cxx|h] : fix memory leaks. The return is suppressed
660     because never used... and in the same time, that's remove some memory leaks
661
662 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
663   * src/gdcmFile.cxx : now delete the PixelConvert instance.
664   * In examples and tests : change the type of image data variables from void*
665     to uint8_t*. Remmove all delete on image data variables
666
667 2004-11-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
668   * src/gdcmDocument.cxx : Set the file pointer TP to 0 in the constructors.
669     Verify the file pointer value before open the file, and if it's not null,
670     a verbose message is generated.
671     Close correctly the file when the file isn't considered dicom-like. The
672     correctly close is a call to CloseFile.
673     When closing the file pointer, test if its not null to close the file.
674   * src/gdcmPixelConvert.cxx : bug fix for the SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr
675     file. For an uncompressed image, the copied data correspond in the least 
676     case to the image size (calculated) or the image size specified in the 
677     header. A verbose is generated if these two size mismatch
678
679 2004-11-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
680   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx : test the existence of the directory
681     using an 'ifstream' other than a 'FILE *'. The previous solution ('FILE *')
682     break under windows (with msvc6 compilation).
683
684 2004-11-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
685   * src/gdcmDicomDir.h : bug fix for the last Boix's commit (problem when
686     compiling with MSVC6)
687
688 2004-11-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
689   * Bugs fix for the Windows build with VC6
690   * CMakeLists.txt : bug fix - The include of the VTK lib is made only when it's
691     needed (only for projects required VTK). If the VTK is included in all
692     projects, there is conflicts with the jpeg lib of vtk when compiling the
693     gdcmjpeg[8,12,16] projects. The first conflict is on the jmorecfg.h file.
694   * src/gdcmUtil.h : export binary_write methods. Otherwise, there's problems
695     when compiling the gdcm_wrap.cxx file (created by the compilation of the
696     gdcm.i file)
697   * vtk/vtkGdcmDemo.cxx : remove the use of std namespace for the cerr use
698     (like it's already made for the cout use). Otherwise, conflict with the
699     std::cerr of vtk.
700
701 2004-11-09 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
702   * src/gdcmDicomDit.h the Method typedef is now local to DicomDir class.
703   * gdcmPython/gdcm.i:
704     - comments on the DicomDir::Method related usage added.
705     - now that we use the namespace gdcm, a lot of internal classes do
706       NOT need to be wrapped anymore.
707   * gdcmPython/demo/DicomDirProgressMethod.py (that uses the above
708     DicomDir::Method) new example added.
709
710 2004-11-05 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
711   * Improve string manipulation. I now inforce the notion of 'DicomString'
712     A DicomString can contain as many \0 as they want
713     and it is *always* of even length.
714     We only support odd length for very rare case. 
715     And in the near future this should be removed.
716
717 2004-11-03 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
718   * /binary_write/ gdcm source. Now even on big endian we are writting
719     little endian. This should -heopfully- fix some tests
720
721 2004-11-03 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
722   * Now the dictionary is compiled into gdcm lib. This is a default
723     behavior, thus any dic file specified is picked before failback to 
724     the one comiled into lib
725
726 2004-10-27 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
727   * Change internals for gdcmDict. Don't use any 'new' any more.
728     This should definitely solve any leak problem, and we should be
729     as fast as before, as long as don't modify too much the dictionary.
730
731 2004-10-25 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
732   * STYLE: ivars should start with a capital letter. 
733   * Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). 
734   * remove 'virtual' as Style specify subclasses shouldn't reuse the keyword
735   
736 2004-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
737   * Doc/Dicom2004_Part5.pdf added (thanks to JPR).
738   * Dicts/dicomTS2004.dic, dicomV3VM2004.dic, groupNameAbbreviations2004.dic
739     new 2004 dictionaries added (thanks to JPR).
740   * FIX dashboard warning RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
741   * CLEANUP_ROUND (15) for gdcmPixelConvert
742     - RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
743     - gdcmFile::GetImageData(), GetImageDataIntoVector(), GetImageDataRaw()
744       are now all based on PixelConverter. ::GetImageDataIntoVectorRaw()
745       no longer exists.
746
747 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
748   * Initial work in gathering all transfer syntax accessors. clearly 
749    IsDecompressed/IsJPEG2000/IsJPEGLossless/IsRLELossless shouldn't be all 
750    ivars, but only one transfersyntax (class) ivar with equivalent method on 
751    the class.
752   
753 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
754   * Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp 
755     solution with the two files jdatadst.cxx and jdatasrc.cxx, this need to be 
756     discussed (plus I didn't like having a 2000 lines patch not commited)
757
758 2004-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
759   * src/gdcmDocument.cxx: wrong type on return fixed (thanks dashboard)
760   * CLEANUP_ROUND (14) for gdcmPixelConvert
761     - PixelConvert::GetLutRGBA(FILE*) is now GetLutRGBA() (no fp needed)
762     - PixelConvert::BuildRGBImage()(FILE*) is now BuildRGBImage() (no fp needed)
763     - File::GetImageDataIntoVector() doesn't need unnecessary OpenFile() and
764       CloseFile() anymore.
765     - File::GetImageDataRaw() doesn't call GetImageDataIntoVectorRaw()
766       anymore and hence avoids storing a copy of PixelConvert::Decompressed
767       into File::Pixel_Data.
768
769 2004-10-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
770   * src/gdcmDocument.cxx ftell() return properly stored in a long (i.e.
771     no longer depends on's programmers PMS = Preposterous Mood Swings ;).
772   * CLEANUP_ROUND (13) for gdcmPixelConvert
773     Substituted File::ParsePixelData() with PixelConvert::Print() new
774     method:
775     - src/gdcmParsePixels.cxx removed (only contained File::ParsePixelData())
776     - src/gdcmRLEFrame.cxx, gdcmJPEGFragment.cxx added. Added a ::Print()
777       method to those classes.
778     - src/gdcmFile.[cxx|h]:
779       -- Added a ::Print() method.
780       -- PixelConverter is now a reference instead of a member.
781       -- gdcmPython/gdcm.i: added "using namespace gdcm" in order for
782          gdcm_wrap.cxx to "understand" File::GetPixelConverter()
783
784 2004-10-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
785   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: when dot is present the
786     collaboration diagram and inheritance diagram should be generated with
787     doxygen.
788   * Doc/Website/Sidebar.html: Dashboard is now also in the sidebar.
789   * gdcmPython/gdcm.i: gdcmRLEFramesInfo.h gdcmJPEGFragmentsInfo.h are
790     pointlessly wrapped (see
791     http://www.creatis.insa-lyon.fr/pipermail/dcmlib/2004-October/000692.html )
792   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (sugar is my friend stage)
793     - Header::GetLUTRGBA() moved to PixelConvert::GetLutRGBA()
794     - vtk/vtkGdcmReader.cxx: adapted to displacment of Header::GetLUTRGBA()
795     - Document::RLEInfo and JPEGInfo are now pointer members (Swig thing)
796     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
797       -- File::Initialise: PixelConverter setup moved away to
798            PixelConverter::GrabInformationsFromHeader()
799       -- File::GetImageDataIntoVector(): Lut R + Lut G + Lut B color table
800          interpretation moved away to PixelConverter::BuildRGBImage()
801
802 2004-10-16 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
803   * Remove GDCM_EXPORT keyword from gdcm::DirList due to :
804     http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP
805
806 2004-10-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
807   * src/gdcmDebug.cxx last ditch attempt to get warning/error messages
808     displayed on Win32 when a brutal abort() occurs (because of uncatched
809     exception). See TODO new entry of this commit for more on this.
810   * TODO added new entry.
811   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (nicotine is my friend stage)
812     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
813     - HandleColor is no longer called from gdcmFile.cxx
814     - gdcmPixelConvert.cxx clean up on method arguments and internal
815       variable names for semantical coherence.
816
817 2004-10-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
818   * Finished lossless transition, not only do we now read all lossless jpeg
819   images, without the need of the Cornwell lib, but we do read them properly now
820   * To reduce code (well to avoid code duplication), I defined a common place
821   for jpeg read/write: gdcmJpeg.cxx. Now gdcmJpeg[8,12 16] include this file and
822   redefine symbols. This is not perfect but this the best solution I found for a
823   compilation time jpeg option.
824
825 2004-10-13 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
826   * Update jpeg ijg lib to support lossless jpeg implementation
827     For more info look in jpeg/libijg/README.GDCM.txt for necessary steps to
828     reproduce at home.
829   * Also added a special copyright for dcmtk since we use their bugfixes.
830   Thanks dcmtk crew !
831
832 2004-10-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
833   * Doc/Website/MailingList.html added (Sidebar.html changed accordingly).
834   * gdcmPython/gdcm.i: fix for compilation of wrappers (Note: %include order
835     matters, as stated in warning note at begining of %include section).
836   * src/gdcmDicomDir*.[cxx|h]: coding style
837   * src/gdcmDocument.h: doxygen \ref seems uncompatible with \todo.
838   * src/gdcmJpeg8.cxx: doxygen fix.
839   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (seing the ligth stage)
840     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: color handling moved
841     from File:: to PixelConvert::.
842
843 2004-10-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
844   * CLEANUP_ROUND (11) for gdcmPixelConvert (cafeine is my friend stage)
845     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
846      - more code moved away from File:: to PixelConvert::
847      - fat setup of PixelConverter set in place in File::Initialise.
848
849 2004-10-12 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
850   * Apply patch for namespace in gdcm. Didn't rename files for keeping a sort of
851   namespace at the file system level. So now you should convert your examples
852   like this:
853     gdcmHeader  ->   gdcm::Header
854   It would be nice if people keep in mind to no open the namespace, since it
855   allows compilation on broken plateform which were defining common symbol in
856   the standart namespace (like LP, Unknown ...)
857
858 2004-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
859   * CLEANUP_ROUND (10) for gdcmPixelConvert (Xanax is my friend stage)
860     The JPEG fragments are now parsed at the same stage than the RLE
861     information. All code related to JPEG is now in gdcmPixelConvert:
862     - src/gdcmJPEGFragment.h and gdcmJPEGFragmentsInfo.[h|cxx] added 
863     - src/gdcmJpeg12.cxx, gdcmJpeg2000.cxx and gdcmJpeg8.cxx no longer
864       export a gdcmFile:: method. Those are simply global functions
865       (for the time being this is better than having them attach to
866        either gdcmFile:: or gdcmPixelConvert::).
867     - src/gdcmDocument.[cxx|h], gdcmDocument:: now parser the JPEG fragments
868       and stores the result in a gdcmJPEGFragmentsInfo.
869     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: all JPEG related
870       code (among other stuff) moved away from gdcmFile:; to 
871       gdcmPixelConvert::
872
873 2004-10-08 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
874   * src/gdcmCommon.h now declares int8_t for non stdint.h plateforms.
875   * CLEANUP_ROUND (7) for gdcmPixelConvert (lost at sea)
876     - src/gdcmFile.h gdcmPixelConvert.cxx gdcmPixelConvert.h gdcmRLE.cxx:
877       clean up of RLE related code. 
878   * CLEANUP_ROUND (8) for gdcmPixelConvert (end of RLE nigthmare)
879     - src/gdcmRLE.cxx removed
880     - src/gdcmPixelConvert.cxx all RLE code is now in PixelConvert::
881     - src/CMakeLists.txt gdcmFile.[cxx|h] changed accordingly
882     - src/gdcmRLEFrame*.h gdcmPixelConvert is now a friend class.
883   * CLEANUP_ROUND (9) for gdcmPixelConvert
884     - src/gdcmFile.[cxx|h} gdcmPixelConvert.[cxx|h], SwapZone(),
885       ConvertReorderEndianity(), ConvertDecmpres12BitsTo16Bits() moved
886       away from gdcmFile:: to gdcmPixelConvert::.
887
888 2004-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
889   * CLEANUP_ROUND (5) for gdcmPixelConvert (Upshit creek without a paddle)
890     - src/gdcmDocument.[cxx|h] Parse7Fe0 renamed to ComputeRLEInfo.
891       This is because Parse7Fe0 used to parse the pixels to compute the
892       length. This task was passed over to FindDocEntryLengthOB() a long
893       time ago, EXCEPT I had forgotten the OW case...
894       Hence Parse7Fe0 was no longer necessary. When renaming to ComputeRLEInfo
895       we just recylce the code for parsing RLE fragments and computing
896       offsets.
897   * CLEANUP_ROUND (6) for gdcmPixelConvert (man, I need a paddle bad)
898     - src/gdcmRLE.cxx: is now much simpler and avoids code replication
899         with the retired Parse7Fe0().
900     - src/gdcmRLEFrame.h: type fix for properly computing OffSet[]
901     - src/gdcmDocument.cxx: segments offset are now correct + clean up.
902
903 2004-10-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
904   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert (nightmare stage)
905     - src/gdcmRLEFramesInfo.[cxx|h], gdcmRLEFrame.h added
906     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::Parse7FE0 now sets up the RLEInfo.
907     - src/CMakeLists.txt: alphabetic order reodering + new entries.
908   * CLEANUP_ROUND (4) for gdcmPixelConvert
909     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::ParseDES and ::ParseSQ no longer bother
910       to return an unused length.
911
912 2004-10-09 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
913   * Remove all sprintf from the code to centralize in one spot in gdcmUtil
914     this should be cleanner from the plane view. The iostream are erally a pain
915     to use to do simple stuff.
916
917 2004-10-04 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
918   * Redo the compilation of the ijg jpeg library. Now only one source is
919     necesseray. No need to rename file by hand what so ever. CMake handle the
920     copying of the file within different directory, configure header file to
921     modify some symbol. The only addition made to ijg wasd a mangle table so
922     that symbol are different whether we are within 8bits or 12bits.
923
924 2004-10-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
925   * Added documentation of vtkgdcmReader on Website:
926      - testvtkGdcmReader.cxx renamed to vtkGdcmDemo.cxx (to be compatible
927        with it's binary name).
928      - vtk/vtkGdcmDemo.cxx and vtkgdcmViewer.cxx: added comments for
929        the Website to be more complete.
930      - Doc/doxygen.config.in: vtk/vtkGdcmReader.cxx now appears on 
931        doxygenated documentation.
932      - Doc/DoxyVtkGdcmReaderExamples.txt added
933        (see http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/html.developper/
934                   DoxyVtkGdmReaderExamples.html )
935   * src/win32, vtk/win32 manually maintained .dsp and .dsw removed.
936   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert
937    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
938
939 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
940   * CLEANUP_ROUND (2) for gdcmPixelConvert
941    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
942
943 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
944   * CLEANUP_ROUND for gdcmPixelConvert:
945     - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h, gdcmHeader.cxx, gdcmHeader.h clean up
946     - src/gdcmPixelStuff[h|cxx] removed
947     - src/gdcmPixelConvert[h|cxx] added. Preparatory work included.
948     - src/CMakeLists.txt changed accordingly
949   * GDCMHOME clean up:
950     - MANIFEST.in, WrapSwig.py, WrapVTK.py, distutilsWrapping.py and
951       gdcmVersion.py moved to newly created ATTIC related
952       gdcmPython/SetupOldies/ directory.
953   * Autotools clean up:
954     - */*/Makefile.am removed AT EXCEPTION of gdcmPython/Makefile.am
955     - autogen.sh configure.in acinclude.m4 python.m4 removed 
956
957 2004-09-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
958   * src/*.cxx *.h Reference to License.htm fixed to License.html.
959   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: fix.
960   * Doc/Website/ConformanceSummary.html, minimal conformance statement added.
961
962 2004-09-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
963   * TODO updated with Mathieu suggestions. I proposed a template for
964     describing TODO entries and used it for new entries.
965   * Added Doc/Website/CodingStyle.html, Developpers.html,
966     DeveloppersPython.html, GdcmDataCvs.html and
967     DownloadVersion0_1.html, DownloadVersion0_3.html.
968   * Some Doc/*.txt Doxygen files (which do not really concern the
969     documentation itself, but the website) moved to html and
970     placed in directory Doc/Website:
971     - Doc/DoxyDevelInstal.txt moved to Doc/Website/Developpers.html
972     - Doc/DoxyInstallation.txt moved to Doc/Website/Installation.html
973     - Doc/DoxyIntroduction.txt included in Doc/Website/Main.html
974   * Doc/DoxyfileDeveloppers, DoxyfileUsers, Makefile.am oldies removed.
975   * CMakeLists.txt changed accordingly.
976   * DEVELOPPER spread out in Doc/Website/Developpers.html, CodingStyle.html,
977     DeveloppersPython.html
978   * INSTALL nows refers to Doc/Website/Installation.html
979
980 2004-09-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
981   * Added Doc/Website directory, that contains a first raw version
982     of gdcm Web site.
983
984 2004-09-23 Jean-Pierre Roux
985   * FIX In order not to be poluted any longer by casting problems,
986     the member VoidArea of gdcmBinEntry is now uint8_t* (instead of void *)
987     we can now delete[] it safely 
988   * VoidArea is now called BinArea (less confusing name),
989     and all the methods called ...VoidArea... are now ... BinArea...
990   * class gdcmObject is now called gdcmDicomDirObject (less confusing name)
991
992 2004-09-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
993   * src/gdcmDocument.cxx: gdcmDocument::~gdcmDocument() doesn't clear (nor
994     clear) TagHT, which is an inherited member of gdcmElementSet. It is
995     up to the destructor of gdcmElementSet to clean up TagHt and it's
996     pointed content.
997
998 2004-09-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
999   * Test/CMakeLists.txt: update to follow gdcmData renamings.
1000   * src/gdcmCommon.h, gdcmDocument.cxx: doxygen typos
1001
1002 2004-09-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1003   * ENH: added some utility method that builds a flat dictionary
1004     holding all the Dicom entries contained in the recursive structure
1005     of a gdcmElementSet. Refer to add FlatHashTablePrint.cxx for 
1006     an example of usage.
1007     - src/gdcmDocument.[h|cxx] added BuildFlatHashTableRecurse() and
1008       BuildFlatHashTable() that build a flat dictionary.
1009     - src/gdcmElementSet.h: added a new private GetTag() accessor.
1010       gdcmDocument is now a friend of gdcmElementSet.
1011     - src/gdcmElementSet.cxx: clean up.
1012     - Example/FlatHashTablePrint.cxx added.
1013     - Example/CmakeLists.txt changed accordingly
1014
1015 2004-09-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1016   * gdcmDocEntrySet::SQDepthLevel and gdcmDocEntrySet::BaseTagKey attributes
1017     moved away from gdcmDocEntrySet (since this class is an abstract class
1018     acting like an interface). SQDepthLevel and BaseTagKey are now
1019     in class 
1020     - src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx] removal of SQDepthLevel and BaseTagKey
1021       and associated accessors. Doxygenation of the class.
1022     - src/gdcmSQItem.[h|cxx] SQDepthLevel and BaseTagKey and associated
1023       accessors added.
1024     - src/gdcmSeqEntry.[h|cxx]: constructor doesn't handle depth anymore.
1025       Use SQDepthLevel accessor instead. ::Print() adapted.
1026     - src/gdcmElementSet.cxx changed according to changes in gdcmSeqEntry.
1027     - src/gdcmDocument.cxx changed accordingly.
1028
1029 2004-09-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1030   * Preparation of writing a gdcmHeader iterator: generalisation of gdcmTagKey
1031     - The following is the doxygen comment of the typedef declaration
1032       of gdcmTagKey in src/gdcmCommon.h:
1033            gdcmTagKey is made to old an "universal" (as in URL, Universal
1034            Ressource Locator)  key to a gdcmDocEntry i.e. a dicom tag.
1035            A dicom tag always has a group and an element, but a set of tags
1036            embeded in various (optionally nested) sequences and sharing
1037            the same group and element all share the same (group, element)
1038            "identifier". Hence the (group, element) cannot be used as an
1039            identifier (in gdcm we shall refer to a "TagKey") of a tag.
1040            In order to construct a proper tag identifier (i.e. a key) we
1041            consider the following definition of a TagKey:
1042            - let Group, Element be the string representation of the
1043              group and element dicom tag members,
1044            - let ItemNumber be the string representation of the integer
1045              index of the considered item number of a sequence,
1046            Let the key of a tag embeded in a sequence, noted SeqTag, be
1047            the form:
1048               /ItemNumber#Group|Element
1049            where "/", "#" and "|" are characters acting as separators.
1050            Then the general form of a gdcmTagKey is given by:
1051               Group|Element<SeqTag>
1052            where <SeqTag> means NO or many instances of SeqTag.
1053            Hence the gdcmTagKey of a tag not "leaving" in a sequence is the
1054            string e.g.
1055                0028|1201
1056            but the gdcmTagKey of a tag "embeded" is the first item of
1057            a sequence, itself nested in the third item of a sequence is the
1058            string e.g.
1059                0004|1220/2#0008|0082/0#0008|0090
1060     - src/gdcmDocEntry.h: added a new Key (of type gdcmTagKey) member, in
1061       order to hold the new sequence compatible key. Previously, the 
1062       GetKey() method would look in the underlying gdcmDictEntry.
1063     - src/gdcmDocEntry.cxx:
1064       -- constructor now copies the underlying DictEntry key, in the local
1065          Key member.
1066       -- ::Print: displays the member Key, instead of the (group, element).
1067     - src/gdcmCommon.h: added some comments on typedef gdcmTagKey.
1068     - src/gdcmDocEntrySet.h:xi
1069       -- ::ParseDES() now setups the gdcmTagKey of the sequence it is parsing.
1070       -- now has a new BaseTagKey member.
1071       -- STYLE.
1072   * src/gdcmValEntry.[h|cxx], src/gdcmBinEntry.[h|cxx]: the member VoidArea,
1073     previously a member of gdcmValEntry, moved to gdcmBinEntry were is
1074     truly belongs.
1075     This poses the problem with the semantics of the following lines
1076        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
1077        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
1078        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
1079     in gdcmDocument::gdcmDocument(std::string const & ). Please refer
1080     to the long FIXME note for what the problem is. Nevertheless in
1081     order to get things working the dicom dictionary was altered !
1082     Please fix things urgently...
1083   * Dicts/dicomV3.dic WRONGLY altered (this means we introduced a uncorrect
1084     information), see above note on moving the member VoidArea. Nevertheless
1085     the following entries previously correctly set as US are now inproperly
1086     set to OW:
1087       0028 1201 OW IMG Red Palette Color Lookup Table Data
1088       0028 1202 OW IMG Green Palette Color Lookup Table Data
1089       0028 1203 OW IMG Blue Palette Color Lookup Table Data
1090   * src/gdcmDocEntry.[h|cxx], src/gdcmSeqEntry.h: SQDepthLevel member
1091     of gdcmDocEntry moved to gdcmSeqEntry.
1092   * src/gdcmSeqEntry.cxx: STYLE.
1093
1094 2004-08-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1095   * Test/TestAllEntryVerify.cxx minor fix and added comments.
1096
1097 2004-08-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1098   * gdcmPython/testSuite.py: all the test suite in python is now moved
1099     to it's C++ version (see gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt)
1100   * Test/CMakeLists.txt adapted to renaming of files in gdcmData
1101   * gdcm/TODO and src/gdcmDictSet.h cleaned up frow the "TODO Swig" oldies
1102
1103 2004-08-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1104   * gdcmPython/CMakeLists.txt: SWIG_FLAGS doesn't declare includeall
1105     to avoid inclusion recursion until STL is reached.
1106   * src/gdcmDocument.[h|cxx]: exceptions substituted to errno C-style
1107     mecanism. errno.h is not included in gdcm anymore.
1108   * src/gdcmException.h: introduced new gdcmFormatUnexpected class
1109     (gdcmFormatError now inherits from gdcmFormatUnexpected).
1110   * TODO updated
1111   * gdcmPython/testSuite.py checks on CR-MONO1-10-chest.dcm moved to
1112     gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
1113   * Test/TestAllEntryVerify.cxx is now effective (used always return true)
1114   * src/gdcmDocument.[cxx|h]: constructors no longer use the bool
1115     exception_on_error parameter.
1116     - src/gdcmFile.[cxx|h], src/gdcmHeader.[cxx|h] changed accordingly,
1117     - vtk/vtkGdcmReader.cxx changed accordingly,
1118     - Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
1119
1120 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1121   * src/gdcmDicomDir.cxx, gdcmDocEntrySet.cxx: removed inclusion of errno.h
1122   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
1123     enable_sequences removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
1124   * Example/PrintHeader.cxx: fixed accordingly (enable_sequences removal).
1125   * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: dummy fix.
1126   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
1127     skip_shadow removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
1128   * Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
1129
1130 2004-07-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1131   * Test/CMakeLists.txt: newly re-introduced SIEMENS_Sonata-12-MONO2-SQ.dcm
1132     in gdcmData (previously known as E00001S03I0015.dcm) is blacklisted.
1133
1134 2004-07-21 Jean-Pierre Roux
1135   * FIX Now, Parsing and Printing a DICOMDIR do work!
1136        ( troubles remain in makeDicomDir and BuildUpDicomDir :-(
1137  
1138 2004-07-20 Jean-Pierre Roux
1139   * FIX Some brain damaged headers have Zero-Lenght fields 
1140         for 'Transfert Syntax UID', or 'Media Stored SOP Class UID'.
1141
1142 2004-07-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1143    * src/gdcmCommon.h, gdcmDict.cxx, gdcmTS.cxx : bug fix for msvc6 compilation
1144    * src/gdcmDebug.[h|cxx] : bug fix for msvc6 compilation. Replace the dbg
1145      variable (instance of gdcmDebug) by a definition macro, and the instance
1146      is now in static in the gdcmDebug class
1147    * src/gdcmSQItem.h : (FIXME) remove an undefined method
1148    * Test/PrintAllDocument.cxx : bug fix in the result of the test
1149
1150 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1151    * WARNING: ctest now depends more tightly on gdcmData. You should
1152      check out gdcmData properly for things to run smoothly...
1153    * src/gdcmDocument.cxx MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE is set back to 0xfff
1154      (4096) for "ctest -R TestAllEntryVerify" to be able to run (i.e.
1155      we need the pixels not be loaded in order to use the ValEntry
1156      that displays position and size).
1157    * Test/TestAllEntryVerify.cxx a new low level test now seems fair.
1158      This is a C++ based equivalent of gdcmPython/testSuite.py that should
1159      be deprecated. If you have any doubts about the advantages of a
1160      modern scripting language (read Python) versus grass root C++ (i.e.
1161      without lex + yacc, because of gdcm commitement to MS-VC++, sighhh),
1162      I suggest you compare TestAllEntryVerify.cxx (639 lines, without the
1163      reference file gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt) and testSuite.py.
1164         Anyhow, consider documenting the gdcmData images in 
1165      gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt (and please run ctest before
1166      commiting changes).
1167    * Test/CMakeLists.txt:
1168       - now uses TestAllEntryVerify.cxx
1169       - specific comments on oldACR00001.ima (now renamed in gdcmData
1170         to SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr) moved away to
1171         gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
1172    * TODO updated.
1173
1174 2004-07-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1175    * src/*.[h|cxx] : typedef clean up
1176      - guint16 and guint32 removed. Use ISO C uint16_t, uint32_t instead.
1177      - TagKey renamed to gdcmTagKey (for external usage)
1178      - VRKey renamed to gdcmVRKey (for external usage)
1179      - removal of typedef duplication.
1180      - Removed all unecessary inline keyword from class inline definitions.
1181      - Some method|function(void) declarations replaced with method|function().
1182    * src/jpeg/libijg12/jdhuff12.c:
1183       - printf polluting ctest removed.
1184       - TAB removal for comminting
1185    * Test:
1186      - TestAllReadCompareDicom.cxx: added a test that compares all the
1187        images in gdcmDataImages.h with corresponding images in 
1188        gdcmData/BaselineDicom/. When baseline images are not present
1189        this test creates them.
1190        Note: we need to validate each reference image, but before that
1191              I'd like to rename them with a more explicit name...
1192      - CMakeLists.txt: changed accordingly.
1193    * Example/*.cxx: examples now only include gdcm.h (as opposed to 
1194      including each header needed).
1195
1196 2004-07-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1197    * Test/*.cxx and Example/*.cxx: moved some examples away from the
1198      test suite to the Example directory. Are concerned:
1199      - PrintHeader.cxx
1200      - TestDcm2Acr.cxx
1201      - TestFindTags.cxx
1202      - TestWrite.cxx was
1203      - TestWriteSimple.cxx
1204    * Test/CMakeLists.txt: added some comments on reasons for black listing
1205      image gdcmData/oldACR00001.ima
1206
1207 2004-06-30 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1208    * Test/CmakeList.txt: removed the following from black list (to be coherent
1209      with removal from gdcmData):
1210       - gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.fixed.dcm
1211       - gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
1212       - US.3405.1.dcm
1213      Added the following because after last cvs update, they cause
1214        ctest -R TestReadWriteReadCompare 
1215      to segfault:
1216       - gdcm-MR-SIEMENS-16-1.acr
1217       - oldACR00001.ima
1218    * Test/TestReadWriteReadCompare.cxx was properly written (with a call
1219      to gdcmFile::SetImageData()) BUT since gdcmFile is brain damaged (see
1220      new comments in this file) we temporarily (sigh) move to a weaker
1221      form of test...
1222    * Test/CmakeList.txt: with the change to Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
1223      we don't need to black list the following images anymore:
1224       - 8BitsUncompressedColor.dcm
1225       - OT-PAL-8-face.dcm
1226       - US-PAL-8-10x-echo.dcm
1227    * src/gdcmDocument.[h|cxx]: RE-Reverting to version 1.42 with the proper
1228      fixes and the beautified code ;-)
1229      This fixes the bug introduced in version 1.42 (when beautifying)
1230      that made the parsing of 8BitsRunLengthColor.dcm unproper.
1231      Note: ctest was blind to this bug (this means we need to still
1232            improve the test suite). The bug could be detected by using
1233            gdcmbin/bin/PrintDocument $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
1234            or by using
1235            gdcmbin/bin/ReadWrite $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
1236            and by displaying the (garbage) produced file temp.XDCM...
1237
1238 2004-06-29 Jean-Pierre Roux
1239    FIX : - remove Frog's beautified, but never checked 'Parse7FE0' code,
1240          - replace by uggly but working old code :-(
1241    A lot of things should be OK again.
1242    It's really urgent to have a test suite that *tests*, 
1243    to prevent Frog's beautifying sessions to break all the stuff
1244    (twice, withing a fortnigh ...)    
1245
1246 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1247    * Test/TestWriteRead.cxx and TestReadWrite.cxx merged (because of
1248      redundancy) to added Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
1249    * Test/CmakeList.txt: because the compare test of
1250      Test/TestReadWriteReadCompare.cxx fails, the following images are
1251      black listed: - 8BitsUncompressedColor.dcm
1252                    - OT-PAL-8-face.dcm
1253                    - US-PAL-8-10x-echo.dcm
1254    * src/gdcmDocument.cxx: for broken (non DICOM V3 conformal) images
1255      (e.g. gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm see comments in
1256      gdcm/gdcmPython/testSuite.py for details) ::FindDocLengthOB() had
1257      and ad-hoc kludge. This kludge is now removed, and on encountering
1258      such an image (OB field brain damaged) we set errno. Then in 
1259      ::FindDocLength() we "fix" the length as being ALL what remains
1260      in the file (until EOF). We then proceed, hoping for the best...
1261      This fixes a SegFault in ShowDicom when trying to write such an
1262      image.
1263    * Test/CmakeList.txt: 8BitsRunLengthColor.dcm is now blacklisted
1264      (because TestWriteRead breaks on it, after a non conformal commit?).
1265      ctest now runs properly, except for MakeDicomDir (which was always
1266      broken) and the Python related stuff (still not fixed).
1267    
1268 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
1269   ADD : Examples/WriteRead, that acts like the former Test/TestWriteRead
1270   FIX : Test/TestReadWrite now iterates on all the file names 
1271                           (instead of infinite loop)
1272   ENH : Test/TestWriteRead now iterates on all the file names 
1273
1274 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1275    * Test/TestReadWrite.cxx: now uses all the images of gdcmData.
1276
1277 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
1278    FIX : - now Write drops LUT Descriptors and LUTs (if any)
1279            when SamplesPerPixel =3
1280          - now Write is no longer confused by 
1281           'BitsAllocated = 12" and 'BitsStored=12"
1282          - "UN" value representation Elements are now written correctly 
1283                (their legth is stored on 4 bytes -just like OB, OW, and SQ-)
1284    ENH : - now gdcmHeader has its own Write methods 
1285            (in order to split the job that has not to be done 
1286            for gdcmDicomDir)
1287
1288 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1289    * Test/PrintAllDocument.cxx: looping on files is now effective. It used to
1290      loop on the same image until memory went out. 
1291      Note: this means we still have gobs of memory loss in PrintDocument
1292    * src/gdcmDocument.cxx: fixes problem on parsing on file
1293      gdcmData/16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.
1294
1295 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
1296    FIX : Write - All the Sequences and Sequence Item are now written 
1297             as 'no length' stuff, and a Sequence Delimitor aor an Item Delimitor
1298             is added a the end, when necessary.
1299             - A lot of brain-damaged images, that were read correctly are 
1300               now written correctly
1301             - length compatible BinEntry are now loaded correctly 
1302               (even for odd groups) 
1303         Note : only Explicit Value Representation was checked.
1304                (question : is implicit VR really necessary for gdcm ?)
1305
1306 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1307    * DEVELOPPER: added a proposition of coding style.
1308    * src/gdcmDocEntry.h: removed every inline declaration (for test of 
1309      coding style).
1310
1311 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1312    * gdcmDocEntry::PrintCommonPart() and ::WriteCommonPart() removed.
1313      Use the gdcmDocEntry::Print() and Write() instead.
1314    * src/gdcmDocument.cxx: bug fix.
1315
1316 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
1317    FIX : gdcmDocument.cxx
1318       - Now we do recognize the JpegLossLess format (there was a misstyping in
1319         code 'beautyfication' :-(
1320       - Now we automaticaticaly load the Luts, if any
1321
1322 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
1323    In order : to write Sequences, whatever their imbrication level, 
1324             : to allow user to create his own Sequences
1325    a lot of modif where necessary (adding, moving, or virtualising methods)
1326
1327    WARNING : save your own sources *before* cvs up !
1328
1329    - gdcmBinEntry
1330      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
1331   
1332    - gdcmDocEntry
1333      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
1334      ADD void gdcmDocEntry::WriteCommonPart(FILE *fp, FileType filetype);
1335   
1336    - gdcmDocEntrySet
1337      ADD virtual void Write (FILE *fp, FileType filetype)=0;
1338      ADD virtual gdcmDocEntry *GetDocEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
1339      ADD gdcmDocEntry *GetDocEntryByName(std::string name);
1340      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
1341      ADD std::string GetEntryByName(TagName name);            
1342      ADD gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
1343                                             guint16 element,
1344                                             std::string vr     = "unkn",
1345                                             std::string fourth = "unkn",
1346                                             std::string name   = "unkn"); 
1347      ADD gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);  
1348      ADD gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
1349      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
1350      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);   
1351      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByName   (std::string Name);
1352      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
1353      REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element)=0;
1354      REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name)=0;
1355   
1356    - gdcmDocument
1357      ADD virtual bool WriteF(FileType type); // New stuff, with recursive exploration
1358      ADD virtual std::string GetEntryByName    (TagName tagName);
1359      ADD virtual std::string GetEntryVRByName  (TagName tagName);
1360      REM virtual bool Write(FILE *, FileType);
1361      REM virtual void WriteEntryTagVRLength(gdcmDocEntry *tag,
1362                                         FILE *_fp, FileType type);
1363      REM virtual void WriteEntryValue(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
1364      REM virtual bool WriteEntry(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
1365      REM virtual bool WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
1366      REM virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
1367      REM virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
1368      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
1369      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
1370      REM gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
1371                                             guint16 element,
1372                                             std::string vr     = "unkn",
1373                                             std::string fourth = "unkn",
1374                                             std::string name   = "unkn");
1375      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
1376      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);
1377      REM gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
1378      REM gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
1379                                              
1380    - gdcmElementSet
1381      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
1382      
1383    - gdcmSeqEntry
1384      ADD virtual void Write(FILE *fp,FileType filetype);
1385  
1386    - gdcmSQItem
1387      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
1388      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);         
1389      REM std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
1390      REM std::string GetEntryByName(TagName name);
1391
1392    - gdcmValEntry
1393     ADD virtual void gdcmValEntry::Write(FILE *fp, FileType filetype); 
1394               
1395 2004-06-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1396     * Test/TestWriteSimple.cxx: fix to gdcmHeader-gdcmHeaderHelper revamping.
1397       The default constructor invoked by the line
1398          gdcmHeader *f1 = new gdcmHeader( header );
1399       was gdcmHeader::gdcmHeader(bool) instead of the expected
1400       gdcmHeader::gdcmHeader(std::string const &, bool = false, bool, bool).
1401       Hence the parsing wasn't executed... See also below.
1402     * src/gdcmHeader.h: the declaration of gdcmHeader::gdcmHeader(bool)
1403       as explicit constructor didn't do the trick to fix the above problem.
1404       Could anyone explain why ?
1405     * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmValEntry.cxx: gdcmBinEntry::Print() now
1406       properly calls gdcmValEntry::Print() (that was weed out from 
1407       code related to gdcmBinEntry).
1408
1409 2004-06-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1410     * In order to fix memory leaks:
1411      - Test/TestWriteSimple.cxx: added cleaning of free store through
1412        some delete calls.
1413      - src/gdcmBinEntry.cxx: fix to avoid SegFault.
1414      - src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: fixed initialisation in constructor
1415        gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(bool) [either the constructor itself
1416        (through the call to ::AddDicomDirMeta()) or the destructor
1417        would crash when deleting uninitialized ::metaElems].
1418      - src/gdcmDictEntry.cxx: annotation of ununderstood memory leak.
1419      - src/gdcmDocument.cxx:
1420        -- ::~gdcmDocument() destructor now cleans up all dictionary entries
1421           from dynamic stores.
1422        -- ::ParseDES() misplaced deletion of temporary NewDocEntry
1423           was causing memory leaks.
1424      - src/gdcmSQItem.cxx:
1425        -- ::~gdcmSQItem() dummy code cleaned (learned that deletion is
1426           cleanly handled with polymophism: sorry but my milage is low).
1427        -- ::SetEntryByNumber(string, guint16, guint16) now cleanly allocates
1428           a gdcmValENtry, and makes no assumption on type (gdcmDocEntry,
1429           gdcmSeqEntry vs gdcmValEntry) of existing entry (when present).
1430           This avoids SegFaulting.
1431      - src/gdcmSQItem.h: coding style.
1432     * Conclusion:
1433      - Test/TestWriteSimple still severely sucks. The output image content
1434        (when $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm in input) is brain
1435        damaged when displayed with vtkgdcmViewer.
1436      - on memory leaks: TestWriteSimple leaks really less (see entry
1437        of 2004-06-18 in Changelog file for the call to valgrind).
1438      - on segfaults: ctest now passes all the tests but one (no more
1439        segfaults).
1440     * Erroneous leading white fix:
1441      - src/gdcmDict.cxx: getline(from,xxx) doesn't remove the leading
1442        white[s] (as opposed to from >> xxx, that removes it [them].
1443      - src/gdcmTS.cxx: ditto.
1444      - gdcmPython/testSuite.py: dirty related kludge removed.
1445     * src/*: remaining references to gdcmParser removed.
1446     * src/*[cxx|h]: added copy[way]left header.
1447
1448
1449 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1450     * In order to fix writing of dicom files:
1451      - Test/TestWriteSimple.cxx: a simpler example of writing.
1452      - Test/CMakeLists.txt changed accordingly.
1453      - src/gdcmDocument.cxx:
1454        -- The destructor now recursilvely removes potential sequences.
1455        -- Bug fix in ::IsJPEG2000()
1456        -- ::ReplaceOrCreateByNumber(std::string, guint16, guint16)
1457           now handles promotion of gdcmDocEntry to gdcmValEntry in a cleaner
1458           manner.
1459        -- ::GetValEntryByNumber(guint16, guint16) now defined (as opposed
1460           to only declared) and build on top of
1461           ::GetDocEntryByNumber(guint16, guint16).
1462        -- ::SetEntryByNumber() now uses GetValEntryByNumber(group, element)
1463      - src/gdcmElementSet.[h|cxx]: added ::RemoveEntry(gdcmDocEntry *)
1464        for usage in destructor and treatement of promotion in
1465        ::ReplaceOrCreateByNumber().
1466      - src/gdcmSQItem.cxx: destructor should better handle his job.
1467       Test/TestWriteSimple now runs (or at least it DOES something).
1468     * We can now start hutting memory links. A good starting point is:
1469       valgrind -q --skin=memcheck --leak-check=yes --leak-resolution=high
1470       --num-callers=100 --show-reachable=yes gdcmTests TestWriteSimple
1471       $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm foo.dcm
1472
1473 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1474     * Valgrind note: after Mathieu Malaterre teached me how to read
1475       the valgrind FAQ ;-] (see http://valgrind.kde.org/faq.html), I
1476       learned that:
1477           Using gcc, you can force the STL to use malloc and to free memory as
1478           soon as possible by globally disabling memory caching.
1479           With 3.2.2 and later, you should export the environment variable
1480           GLIBCPP_FORCE_NEW before running your program.
1481       By setting GLIBCPP_FORCE_NEW, STL related memory leak messages of gdcm
1482       simply vanish (it is still not clear to me, whether this means that
1483       STL std::string leaks or if valgrind believes it leaks...).
1484     * Fixing of SegFault of Test/makeDicomDir (as shown by ctest or by
1485       running bin/gdcmTests makeDicomDir):
1486       - src/gdcmDicomDir.cxx: dynamic casting used + clean up.
1487       - Test/makeDicomDir.cxx now properly traps empty lists and returns
1488         with 1.
1489       NOW, makeDicomDir cleanly fails (in ctest terminology) instead of
1490       SegFaulting (I drowned in DicomDir related code when trying to
1491       understand why the list is empty...).
1492     * src/gdcmDocument.h: first BSD license header try.
1493     * Doc/License.txt added.
1494
1495 2004-06-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1496     * src/gdcmDocument.[h|cxx]:
1497       - Clean up of the Transfer related predicates. They are now all based
1498         on new method isGivenTransferSyntax, that (should) handle properly
1499         the padding problem.
1500       - general clean up, simplification, and coding style.
1501       - Specific clean up of Parse7FE0() (umproperly named actually).
1502     * gdcmPython/testSuite.py: an odd temporary kludge introduced.
1503
1504 2004-06-14 Jean-Pierre Roux      
1505    *  gdcmSeqEntry.cxx
1506       - fix the display of Sequence Delimitor (SQDepthLevel pb)
1507       - fix the display of SQItem ordinal number
1508       - add the GetSQItemByOrdinalNumber method
1509       - remove some useless never written private methods   
1510       
1511 2004-06-14 Jean-Pierre Roux
1512    * gdcmBinEntry.cxx 
1513       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param
1514       - ReplaceOrCreateByNumber now returns :
1515          a gdcmBinEntry * if a Binary (void *) value is passed as a param
1516          a gdcmValEntry * if a string value is passed as a param
1517    * dcmDocument.cxx
1518       - SetEntryByNumber now allows setting gdcmValEntry or gdcmBinEntry, 
1519          according to the param type (no longer sets a gdcmDocEntry)
1520       - GetValEntryByNumber, GetBinEntryByNumber added
1521       - NewValEntryByNumber and NewBinEntryByNumber added
1522    * gdcmFile.cxx
1523       - Pixel Data are now linked to the (7fe0,0010) elements, after reading
1524    * gdcmSQItem.h
1525       - GetSQItemNumber and SetSQItemNumber added, to provide 
1526             a (relative) Item identier inside a given Sequence
1527             \warning : some pb remaining around this number
1528             will be solved asap
1529       - AddEntry now takes the Item Number as a param    
1530    * gdcmValEntry.cxx 
1531       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param   
1532
1533 2004-06-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1534     * Memory leak hunt with the following command:
1535       valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
1536                --show-reachable=yes gdcmTests PrintDocument
1537       It looks like many (all?) leaks are due to the STL (or a bad usage
1538       of the STL. The lines producing the leaks now have a comment with
1539       a "MEMORY LEAK" tag: you can retrieve them with 
1540           grep "MEMORY LEAK" src/*
1541       Here are two typical examples which I can't help fixing:
1542       -----
1543           #include <string>
1544           int main() {
1545              std::string name;
1546              char * test = "babo";
1547              name = test;    //// <--- valgrind detects 960 bytes lost in
1548                              ////   call to std::string::operator=(char const*)
1549              name.clear();   //// Doesn't help !
1550              return 0;
1551           }
1552       -----
1553           #include <string>
1554           #include <iostream>
1555           int main() {
1556              std::string line;
1557              std::cout << "Type a bunch of characters followed by RETURN: ";
1558              getline(std::cin, line);   //// <--- valgrind dectects a loss
1559                                         //// of 1320 bytes in call to
1560                                         /// std::basic_istream<>& std::getline<>
1561             return 0;
1562           }
1563       -----
1564
1565
1566 2004-06-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1567     * src/gdcmHeader.[cxx|h]:
1568       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*)
1569         and related, moved away to gdcmDocument.
1570       - Accessors (on the form [Get|Set]Entry*) set up to expose publicly
1571         the corresponding protected accessors of inherited class
1572         gdcmDocument, removed ! As a consequence gdcmFile had to be 
1573         declared friend of class gdcmDocument (see below).
1574       - operator< moved to gdcmDocument (in fact it belongs to gdcmDicomDir).
1575       - Clean up of undefined or unused methods.
1576     * src/gdcmFile.[cxx|h]: added SetEntryByNumber (in order to take into
1577       account the changes to gdcmHeader.h).
1578     * src/gdcmDocument.h:
1579       - gdcmFile is now a friend class (in order to take into account the
1580         changes to gdcmHeader.h).
1581       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*) added
1582         (see changes to gdcmHeader.h).
1583       - Accessors (reading on the form GetEntry*) are now public.
1584       - Clean up of undefined or unused methods.
1585     * src/gdcmDocument.cxx:
1586       - adaptation to changes to gdcmDocument.h
1587       - ::OpenFile now writes a verbose message when file cannot be opened.
1588       - some std::string properly set to VRKey
1589     * src/gdcmDicomDir.h: historical references to gdcmHeader changed to
1590       references to gdcmDocument. 
1591     * Test/TestFindTags.cxx: changed accordingly to above changes.
1592     * gdcmPython/testSuite.py: adapted to renaming of acr files in 
1593       cvs repository gdcmData.
1594
1595 2004-06-09 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1596     * src/gdcmValEntry.h: member voidArea type changed from char* to void*.
1597     * src/gdcmBinEntry.h: member voidArea commented out, since it potentially
1598       conflicts with gdcmValEntry::voidArea.
1599     * src/gdcmValEntry.cxx: unmatching comment wiped out.
1600     * src/gdcmVR.[h|cxx]: added two predicates that partition the possible
1601       Value representation between StringRepresentable and BinaryRepresentable.
1602     * src/gdcmDocument.cxx: 
1603       - method ParseDES: proper indentation restored and usage of
1604         gdcmVR::IsVROfGdcmStringRepresentable wired in.
1605       - method LoadDocEntry: the fingerprint left in the SetValue() of
1606         unloaded entries (length > MaxSizeLoadEntry) had curiously been
1607         removed. Reverting to previous code segment with the proper
1608         dynamic_cast< gdcmValEntry* >.
1609         Note: this was (partially) breaking the python test suite
1610               (gdcmPython/testSuite.py) that made usage of the above
1611               fingerprint to check presence of "Pixel Data".
1612     * src/gdcmDocEntry.h: coding style.
1613     * gdcmPython/__init__.py: environement variable GDCM_DATA_PATH is
1614       now taken into account.
1615     * gdcmPython/gdcm.i: adaptation to the new internal representation
1616       of gdcm (exit gdcmParser, hello gdcmDocument).
1617     * gdcmPython/testSuite.py: quick and dirty fix for loading vtkgdcmPython
1618       on posix.
1619     * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: doesn't use the gdcmDocument::Print()
1620       anymore, but instead prints the loaded Python dictionary.
1621     * .... alas, the python testSuite is still broken.
1622
1623 2004-05-18 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1624     * gdcmPython/gdcm.i : remove useless lines concerning the gdcmGlobal
1625       gdcmGlob
1626     * gdcmPython/setup.py : replace the use of cvar.gdcmGlob to gdcmGlobal
1627     * src/gdcmUtil.h : export methods
1628
1629 2004-05-16  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1630     * Some more cleanup/enhancement in gdcmPython/CMakeLists.txt getting close
1631       to right behavior
1632     * Initial addition of automatic python testing
1633     * Initial addition of automatic image comparison
1634
1635 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1636     * src/gdcmCommon.h, gdcmDicomDir.cxx, gdcmFile.cxx, gdcmHeaderHelper.h,
1637       gdcmParser.cxx, gdcmParser.h : bug fix for the Microsoft .Net compilation
1638
1639 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1640      * src/gdcmFile.cxx, gdcmHeader.cxx : bug fix for the msvc compilation
1641      * Test/ShowDicom.cxx : bug fix for msvc compilation
1642      * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : bug fix for msvc compilation
1643
1644 2004-05-04 Jean-Pierre Roux
1645      * ADD Taking into account the 'Dicom Sequences' leads up to introduce
1646        new concepts (and new classes) :
1647        a 'gdcmDocument' is composed of a set of Doc Entries, that are
1648         - elementary gdcmDocEntries (former gdcmHeaderEntries)
1649         - Sequence Doc Entries (gdcmSeqEntries)
1650        a Sequence is composed of Items.
1651        Each item is a set of Doc Entries (this is recursive)
1652        The non uniqueness of the 'Dicom tag' is due to this recursivity
1653        (never taken into account)
1654        Our unability to add a new 'entry' in the header
1655        at the proper location (neither in the H-Table (map or multimap),
1656        nor in the Chained List is also due to this recursivity.
1657        Don't try, right now, to use/modify/compile these new sources :
1658        nothing is finished.
1659        We just commit all the stuff, 'as is', in order not to loose it.
1660
1661 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1662      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix in the setting of file name
1663      
1664 2004-05-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1665      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading a list of files using the
1666        file prefix (SetFilePrefix)
1667
1668 2004-05-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1669      * Add a new test: ShowDicom, for now this is just the c++ version of
1670        checkRead.sh, later it will be able to compare the image read against a
1671        baseline.
1672      * Replace the DEBUG on the stack with a global entry in cmake interface:
1673        GDCM_DEBUG, so you can turn verbosity ON/OFF for debug statement.
1674
1675 2004-04-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1676      * Add an example subdir, with a real example on how to read + write a 
1677        dicom image
1678
1679 2004-04-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1680      * Doc/gdcmUML.xmi added raw UML class view (umbrello format)
1681      * Doc/CMakeLists.txt: the main page is now properly differentiated
1682        between the developper and user version.
1683      * Doc/doxygen.config.in: dropped search related obsolete flags
1684      * src/gdcmParser.h, gdcmHeader.h: doxygenation
1685
1686 2004-04-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1687      * DEVELOPPER: added some helpfull comments for compile/test/install
1688        when using cmake.
1689
1690 2004-04-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1691      * ENH: 1. Remove remp solution of gdcmTests.cxx+ gdcmMain directly in 
1692                src directory, now generated in the build dir.
1693             2. Tests as mentionned smarter
1694             3. Some clean up
1695             4. Add a new method in gdcmDict that return the PubDict by name 
1696           this is interesting for 3rd party lib like ITK, 
1697           where we could set the institution name / patient name...
1698
1699        * ENH: 1. Now the test suite is working for real
1700               2. All binaries are now output in the gdcm-bin directory 
1701                  (this was not true before)
1702
1703 2004-04-28  Jean-Pierre Roux
1704      * ENH add the provisional  gdcmHeader::SQDepthLevel to allow 
1705            SeQuence indented printing of Dicom Header.
1706      * ENH merge methods gdcmParser::Parse and gdcmParser::LoadHeaderEntries
1707            into the single gdcmParser::LoadHeaderEntries for efficiency purpose.
1708       Computation of SQDepthLevel is now part of gdcmHeader constructor
1709      * ENH add self defined param 'new' to PrintHeader to 'show' the SeQuence
1710            tree-like structure of a Dicom Header.
1711      * FIX Test code cleaning     
1712            
1713 2004-04-25  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1714      * ENH: Adding automatic testing
1715        1. Need a DartConfig.cmake to submit to public
1716        2. Add a test driver gdcmTest.cxx
1717        3. gdcmTestMain, an helper for the main test driver gdcmTest
1718        4. Files in Test don't have a main anymore, this becomes interesting 
1719           when we add more and more tests, thus dsw don't have to load 
1720           too many projects
1721      * ENH: Adding a GDCM_DATA_ROOT for testing
1722      * ENH: Remove redundancie about GDCM_DICT stuff, now we only need to modify
1723        one file instead of seven + some small cleanup
1724
1725 2004-04-22  Jean-Pierre Roux
1726      * ENH Minor changes to the Print() methods.
1727      * ADD gdcmParser::PrintEntryNiceSQ() to allow SQ-indented
1728            Header printing. Example given with :
1729       > PrintHeader fileName  2 new
1730           (SQ based tree-like structure still to be done for the Header ...)
1731       
1732 2004-04-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1733      * ENH: Some cosmetic clean up for compilation with -W -Wall -Werror
1734          1. I have added some unsigned where needed
1735          2. Some function parameter not used -> (void)
1736          3. In gdcmDicomDir.cxx, add GDCM_DICOMDIR_NONE case
1737          4. g++ don't like character '\' in comment
1738          5. #define jpeg_create_decompress  jCreaDecompress
1739                     this really need to be fixed
1740          6. virtualize destructor of gdcmObject ... leakage
1741          7. sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); 
1742                     this also really need to be fixed
1743          8. gdcm/src/jpeg/libijg8/CMakeLists.txt, 
1744                     remove compression file 
1745                     (as we only do decompression, right ?)     
1746      * ENH: Change malloc/calloc/free with c++ equivalent
1747
1748 2004-04-21  Jean-Pierre Roux
1749      * FIX gdcmHeaderHelper::GetXSpacing
1750            when a single value is found (bug ?), xpacing is now 
1751            defaulted to yspacing
1752       
1753 2004-04-19  Jean-Pierre Roux
1754      * ADD gdcmData/Wrist.pap (PAPYRUS 3.0 -single frame-) for checking purpose
1755      * ENH add parameters :
1756                bool  exception_on_error = false, 
1757                bool  enable_sequences   = false,
1758           bool  ignore_shadow      = false
1759            to the gdcmFile constructors to be full gdcmParser compliant
1760      * FIX vtk/vtkGdcmReader.cxx now uses  enable_sequences = true in gdcmFile
1761            to allow reading of PAPYRUS 3.0 files 
1762          
1763 2004-04-06  Jean-Pierre Roux
1764      * ADD gdcmData/E00001S03I0015.dcm for SQ checking purpose
1765      
1766 2004-04-02  Jean-Pierre Roux
1767      * ADD : Test/checksequence.sh, for a general recap on SQ pb
1768      * FIX : gdcmParser::WriteEntryTagVRLength emprovement of special treatement
1769              for Philips spurious Tag fffe|0000 while rewritting Dicom files
1770         
1771 2004-03-30  Jean-Pierre Roux
1772      * FIX gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber shouldn't seg fault any more 
1773          for ACR file, written out as DICOM files (hope so...)
1774
1775 2004-03-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1776      * src/gdcmParser.[cxx|h] and gdcmHeader.[cxx.h]: gdcmHeader::Write split
1777        in WriteEntryTagVRLength and WriteEntryValue. Those methods were
1778        moved to base class gdcmParser and only the specialisation is kept
1779        in gdcmHeader.
1780      * src/gdcmParser.[cxx|h]: ReplaceOrCreateByNumber(char*, guint16, guint16)
1781        trashed out (because ReplaceOrCreateByNumber(string, guint16, guint16)
1782        already does the job.
1783      * src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: WriteDicomDirEntries renamed to WriteEntries
1784        (to be consistent with gdcmParser::WriteEntries).
1785
1786 2004-03-30 Benoit Regrain
1787      * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : fix the read of 3 gdcmHeader when making an
1788        upate of the object's instance. It's passed to 2 in the unfavorable
1789        case : one in the ExecuteInformation, one in the ExecuteData
1790
1791 2004-03-29  Jean-Pierre Roux
1792      * ENH : Check on file type to be written moved
1793              from gdcmParser::WriteEntry to gdcmParser::WriteEntries
1794      * FIX : gdcmObject::ResetBoundaries now stops properly
1795              when end-of-list is reached
1796       : gdcmVersion modified (as Benoit Regrain asked)
1797
1798 2004-03-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1799      * src/gdcmParser.cxx: removal of all TAB character. Indentation fixed.
1800      * src/gdcmUtil.cxx: added forgotten iostream include.
1801      * src/gdcmCommon.h: FileType enum entry DICOMDIR removed (since
1802        equivalent to ExplicitVR in existing code).
1803
1804 2004-03-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1805      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmGlobal.[cxx|h]
1806        now contains all the gdcmGlobal related code.
1807      * minor coding style and doxygenation changes.
1808
1809 2004-03-26  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1810      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmDebug.[cxx|h]
1811        now contains all the Debug related code.
1812      * minor clean-up of includes in src/*.cxx
1813      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _cleanString C style function (replaced with
1814        CreateCleanString) removed.
1815      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _CreateCleanString renamed to CreateCleanString
1816      * Doc/DoxyMainPageUser.txt added.
1817      * Doc/Doc/DoxyfileUsers updated to version 1.3.4 of Doxygen.
1818      * src/gdcmCommon.h now defines getcwd for Win32 (moved away from
1819        src/gdcmDirList.cxx)
1820
1821 2004-03-24  Jean-Pierre Roux
1822      * FIX a lot of little surface modifications to be doxygen 1.3.6 compliant
1823
1824 2004-03-23  Jean-Pierre Roux
1825      * FIX Now gdcmFile::SwapZone doesn't seg faults any longer for
1826            big endian made volumes
1827      * ENH Now gdcmParser constructor and destructor are protected to forbid
1828            end user to instanciate class gdcmParser
1829           (only gdcmHeader and gdcmDicomDir are meaningfull)
1830
1831 2004-03-22 Benoit Regrain
1832      * FIX : src/gdcmDicomDir.cxx : make windows compilable
1833      * FIX : gdcmPython/gdcm.i : change gdcmStudy to gdcmDicomDirStudy and
1834              gdcmSerie to gdcmDicomDirSerie
1835
1836 2004-03-19  Jean-Pierre Roux
1837      * ENH Now the tree-like structure describing a DICOMDIR comming from
1838            an already existing DICOMDIR file is consistent with
1839            the home-made tree-like structure build ex-nihilo
1840            or build from the files held (recursively) in a Directory
1841            functions gdcmDicomDir::CheckBoundaries()
1842            gdcmObject::SetBoundaries() added
1843
1844 2004-03-17  Jean-Pierre Roux
1845      * REM (Eric Boix bug) : removal of meaningless
1846                              gdcmDicomDirImage::NewImage function.
1847      * FIX now file names and directory name are written properly in the
1848            DICOMDIR
1849      * FIX now gdcmDicomDir constructor may be call without any trick
1850            about the name
1851
1852 2004-03-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1853      * FIX (JPR bug) : src/gdcmDicomDirImage.cxx added missing definition
1854                        of gdcmDicomDirImage::NewImage as empty function.
1855
1856 2004-02-28  Jean-Pierre Roux
1857      * ENH add gdcmDicomDir:NewPatient
1858            add gdcmDicomDirPatient:NewStudy
1859            add gdcmDicomDirStudy:NewSerie
1860            add gdcmDicomDirSerie:NewImage
1861       to allow making gdcDicomDir object.
1862      * ADD PrintDicomDir executable that uses gdcmDicomDir tree-like structure
1863           (as opposite to the gdcmHeader chained list)
1864
1865 2004-02-11 Benoit Regrain
1866      * FIX : memory leaks and the set of ArgDelete methods in gdcmDicomDir
1867              when using from python
1868              
1869 2004-02-10 Benoit Regrain
1870      * FIX : bug fix in the gdcmDirList for the recursivity in directories
1871      * FIX : in gdcmDicomDir when the directory is empty
1872      * ENH : add callback and methods to get the progression of dicomDir
1873              directory parsing
1874
1875 2004-02-06 Jean-Pierre Roux
1876      * ENH : - now gdcmDicomDir::CreateDicomDir() returns also the meta elements
1877              - GDCM_META added to gdcmDicomDirType
1878              - class gdcmMeta created
1879      * ENH : - A brief summary is now displayed at the beginning of
1880              'testDicomDir' to help disaster magnitude estimation
1881      * REM : Now useless Test/explDICOMDIR.cxx
1882
1883 2004-02-05 Benoit Regrain
1884      * ENH : add methods in gdcmObject to get the hash table or the list of
1885              header entries
1886      * FIX : wrapping python for ListPatient, ListStudy, ListSerie, ListImage
1887      * FIX : wrapping python for TagHeaderEntryHT
1888
1889 2004-02-04 Benoit Regrain
1890      * FIX : even length for some strings when writting the dicom dir
1891      * FIX : sort the images in the dicom dir
1892      * FIX : Bug fix for python use of dicom dir
1893      * ADD : a python demo
1894
1895 2004-02-04 Jean-Pierre Roux
1896      * FIX : Final solution (?) for icone embedded images
1897      * FIX : dicomVR.dic Overlay group is not *only* 6000, but 60xxx
1898              (see http://medical.nema.org/dicom/2003/03_06PU.PDF)
1899              add groups 6002, 6004, 6006, to allow 'clean' parsing of
1900              gdcmData/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1
1901      * ENH add gdcmData/checkWriteExplicit.sh gdcmData/checkWriteImplicit.sh
1902            to make full checking easier
1903         
1904 2004-02-04 Benoit Regrain
1905      * FIX : WriteEntries : coding style & logic in parameters
1906      * FIX : Set the elements to create the DicomDir in a dictionary file
1907
1908 2004-02-03 Benoit Regrain
1909      * gdcmDirList : to parse a hard drive directory in recursive (or not)
1910      * gdcmDicomDir : add the load of directory
1911      * Bug fix and print add-on
1912
1913 2004-02-03 Jean-Pierre Roux
1914      * ENH gdcmParser : allows "DICM" files, with NO group '0002'
1915      * FIX handling 'non string elements' unsecure area (LUT, overlays, etc)
1916      * FIX Dicts/dicomV3.dic : Add a few missing 'group length' Elements 
1917      * FIX gdcmParser.cxx : 'group length' elements are now considered 
1918            as integers, even for shadow groups, when file is Implicit VR
1919         
1920 2004-02-02 Jean-Pierre Roux
1921      * FIX : gdcmWrite : equal_range() for multimap doesn't return a 'second' 
1922              iterator on last
1923              of the last synonym :-(
1924      * FIX : gdcmWrite::WriteBase : method stops if Pixels not yet Read (except 
1925              for DICOMDIR ;-)
1926      * ENH gdcmData/checkWrite.sh :modif for full check of Explicit VR writting
1927      * FIX taking into account the possible 7fe0,0010 multiplicity        
1928      * FIX add GRPixel,NumPixel,countGrPixel (gdcmParser protected members)
1929            to allow removal of references to 7fe0,0010, to deal with
1930       ACR-NEMA images, when 0028,0200 is meaningfull
1931
1932 2004-01-31 Jean-Pierre Roux
1933      * FIX gdcmParser::WriteEntries : when a VR is tagged as 'Unknown'
1934            no longer writes 'Un' on disk
1935      * FIX SQ elements with actual length are now dealt with corectly
1936      * FIX gdcmFile::WriteBase make the difference, for color images, between
1937            the length (for Palette expanded images)
1938            and Raw Length (non expanded image + Palette)
1939      * FIX Dicts/dicomV3.dic : removal of 'CTX' (context dependant) VR
1940            (that broke Write). Replaced by UL.
1941            Aware user will reload the field if he 
1942            thinks it's necesssary
1943              
1944 2004-01-30 Jean-Pierre Roux
1945      * gdcmParser::CheckSwap() now defaults the filetype to ACR 
1946        when 'dirty Acr' is found, to be compliant with the new 
1947        IsReadable() methods.
1948        
1949      * gdcmHeaderHelper :add Pixel Type 'FD', for dealing with 'double' images.
1950       (no DOUBLE images in kosher DICOM, 
1951       but so usefull for people that miss them ;-)
1952       
1953      * add Test/testDicomDir.cxx, Test/makeDicomDir.cxx , Test/explDICOMDIR.cxx
1954        DICOMDIR related utilities (not checked as Windoze compliant)
1955
1956 2004-01-28 Jean-Pierre Roux
1957      * upgrade GdcmHeaderEntry Print Method for DICOMDIR
1958
1959 2004-01-27 Jean-Pierre Roux
1960      * gdcmParser constructor has a new boolean param,'ignore_shadow', 
1961              to allow skipping the shadow elements, to save memory space.
1962         The TRUE value for this param has to be used 
1963         with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
1964         ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
1965      * gdcmHeader methods now deal with 'embedded icones images' in the header
1966              (even when an 'icone image sequence' is announced by the 
1967         element (0x0088,0x0200), but there is NO icone at all ...
1968         
1969      * gdcmHeader sometimes Image Location value doesn't follow  
1970              the supposed processor endianity (see gdcmData/cr172241.dcm).
1971              Fixed
1972
1973      * gdcmHeader add the method
1974              IterHT  GetHeaderEntrySameNumber(grPixel,numPixel);
1975         to get *all* the Header Entries with the same tag.
1976         GetHeaderEntrySameName is probabely *useless* 
1977         (no meaning : Name is *not* an identifier within the Dictionary)
1978
1979 2004-01-26 Benoit Regrain
1980      * Bug fix in the print of hexadecimal representations. Remove long fields 
1981        in the print and add a third level of print to print them
1982
1983 2004-01-23 Benoit Regrain
1984      * Bug fix on field having a VR = 'UI'. Assume that is a string field
1985      * Bug fix on test suite after remove the strip made on not string fields
1986      * Split the IsReadable method between gdcmParser which test that the file
1987        is dicom and gdcmHeader which test that it's an image file
1988
1989 2004-01-22 Benoit Regrain
1990      * DicomDir : clean code, add methods, set variables in protected or private
1991      * gdcmUtil : bug fix for the clean string method
1992
1993 2004-01-19 Benoit Regrain
1994      * Add the use of shadow dictionaries
1995      * bug fix and coding style
1996
1997 2004-01-19 Benoit Regrain
1998      * src/gdcmFile.cxx : bug fix concerning the close of file
1999      * src/gdcmParser.[h|cxx] : remove obvious Pub informations
2000      * Add the update of header entries using the shadow library
2001
2002 2004-01-19 Benoit Regrain
2003      * removal of file gdcmHeader2.cxx
2004      * split class gdcmHeader into gdcmParser and gdcmHeader, with gdcmHeader
2005        inheriting from gdcmParser. This split is to prepare the integration
2006        of dicom dir parsing
2007      * bug fix under python
2008
2009 2004-01-16 Jean-Pierre Roux
2010     * REM removal of class gdcmHeaderEntrySet
2011     * REM removal of files gdcmHeaderEntrySet.cxx, gdcmHeaderEntrySet.h
2012     * ADD add file gdcmHeader2.cxx 
2013     * ADD add method gdcmHeader::SetPrintLevel (for PrintHeader)
2014
2015 2004-01-15 Benoit Regrain
2016      * src/gdcmDicSet.[h|cxx] : add virtual entries to have a reference of
2017        entries created while parsing the header. Thus, they will be destroyed
2018        when the gdcmDictSet will be destroyed
2019      * src/gdcmHeader.cxx, gdcmHeaderEntrySet.cxx : uses virtual entries of
2020        gdcmDictSet
2021
2022 2004-01-15 Benoit Regrain
2023      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix : before, with python only, the program
2024        made a fatal error because of the memory release at the end of program.
2025        The problem was in vtkGdcmReader::ExecuteData where we were allocate
2026        some memory and vtk seems to have some problems with that.
2027      * src/gdcmHeaderEntrySet.cxx : bug fix for std lib and cout
2028
2029 2004-01-14 Benoit Regrain
2030      * src/gdcmHeaderEntry.[h|cxx] : gdcmElValue -> gdcmHeaderEntry
2031      * src/gdcmHeaderEntrySet.[h|cxx] : gdcmElValSet -> gdcmHeaderEntrySet
2032      * src/*.[h|cxx] : make changes due to class name changes
2033      * gdcmPython/demo/*.py : bug fix due to method names
2034
2035 2004-01-13 Benoit Regrain
2036      * src/*.[h|cxx] : coding style
2037      * vtk/*.[h|cxx] : coding style
2038
2039 2004-01-13 Benoit Regrain
2040      * gdcmPython/testSuite.py : test the readable flag of file for tests
2041      * src/gdcmDict.cxx, gdcmElValSet.cxx : bug fix under windows for prints.
2042        It's lied to the stl compilation by MSVC (windows, always windows...)
2043      * src/gdcmIdo.h, gdcmHeaderIdo.cxx : remove the Ido unused files
2044
2045 2004-01-12 Benoit Regrain
2046      * src/*.h : add comments
2047      * src/gdcmDictSet.h : set the method BuildDictPath in public
2048      * src/gdcmTS.cxx, gdcmVR.cxx : use now a dictionary file other than to be
2049        directly setted in the source code
2050      * Dicts/dicomTS.dic, dicomVR.dic : 2 new dictionary files loaded by
2051        gdcmTS and gdcmVR
2052
2053 2004-01-09 Benoit Regrain
2054      * gdcmPython/gdcmVersion.py : add a gdcmVERSION variable information
2055      * setup.py : use a reference to gdcmVERSION
2056
2057 2004-01-07 Benoit Regrain
2058      * Modification to compile with the distutils.
2059      * Bug fix in code
2060
2061 2003-12-10 Benoit Regrain
2062      * gdcmHeader is now aggregating gdcmFile, and not derived into. Thus, we
2063        can use a gdcmHeaderHelper to load data
2064      * gdcmPython/testSuite.py : make the testSuite compliant with modifications
2065        made in the source code
2066
2067 2003-12-10 Benoit Regrain
2068      * Update Windows projects and .cvsignore files
2069
2070 2003-11-12 Jean-Pierre Roux
2071      * ENH gdcmHeader constructor has one more parameter (default value : false)
2072            that allows the user to 'go inside' the SeQuences only
2073            if he wants to.
2074            gdcmElValSet:Print takes it into account
2075
2076 2003-11-12  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2077      * ENH: Update gdcmPython/CMakeLists
2078      * FIX: (gdcmHeaderHelper) GetRescale and GetSlope
2079      * FIX: (gdcmElValSet) char 'tag' was overiding private members (VC++)
2080
2081 2003-11-10 Jean-Pierre Roux
2082       * FIX : gdcmHeader::LoadElements is now based
2083              on the ListTag listElem member,
2084              not longer on the TagElValueHT tagHt member
2085       * ENH : PrintPubElVal shows (temporarily) both results,
2086              with the tagHt member and the listElem member.
2087         (it's easier to 'see' the problems when using Printheader)
2088
2089       * FIX : old private member LgrElem is now splitted into
2090              ReadLength   : Length actually found on disk (updated only
2091                        if bug fixing is necessary), for internal
2092              use only
2093         UsableLength : Updated by FixFoundLength, to fix a bug
2094                        or to allow Parser going on.
2095         Will allow to re-write a kosher header when a SeQuence
2096         with a length (not 0000) is found
2097       Warning : gdcmFile::Write still uses the TagHt (not ListElem)
2098            because gdcmElValSet::Add does not update ListElem
2099       (to be written)
2100
2101 2003-11-07 Jean-Pierre Roux
2102      * FIX misstyping in Transfert Syntax name table
2103      * ENH gdcmHeader::FixFoundLength now allow to 'go inside' tge SeQuences
2104           when they have an actual length (not 0000 nor FFFFF)
2105      (Nobody should care of it, but DICOMDIR explorers)
2106
2107 2003-11-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2108      * ENH: vtkgdcmViewer now works with LUT dicom (OT-PAL-face ...)
2109
2110 2003-11-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2111      * ENH: vtkGdcmReader now supports LUT !
2112           (vtkgdcmViewer for now is not able to use them though)
2113
2114 2003-11-05 Jean-Pierre Roux
2115      * in testSuite.py : new files names for checking the package
2116      * FIX : Forgot to commit gdcmFile::GetImageDataSizeRaw();
2117              that returns the pixel area size to the *aware* (vtk) user
2118              that DOESN'T want to turn the PALETTE COLOR image into an RGB image
2119
2120 2003-11-05 Benoit Regrain
2121      * in testSuite.py : Modify the rules for checking the paths
2122                        : Explicit error messages
2123      * in __init__.py  : Related modif
2124
2125 2003-11-03 Jean-Pierre Roux
2126      * add gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
2127            to be used by aware (vtk) users that want to manage
2128            LUT (and no to turn the PALETTE image into an RGB pixels one)
2129      * GetPixelType now returns 8U for 24 Bits images
2130                     (vtkGdcmReader compliant)           
2131       
2132 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
2133      * Removal of *all* gdcmData images and add them again
2134        in order to loose the 'history' of un-anonymised images
2135        
2136 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
2137      * RMV : removal of useless jBitsInJsample.h 
2138            for both 8 and 12 Bits JPEG Lossy Libraries
2139
2140 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
2141      * ENH : Add the functions gdcmFile::GetImageDataRaw 
2142                                gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw
2143              that act as GetImageData and GetImageDataIntoVector
2144              except the making of an RGB Plane from Gray Plane + LUT
2145              Intended to aware (vtk) users who know how to manage
2146              such an image :
2147              After gdcmHeader :
2148               GetLUTRGBA return a R,G,B,A LUT if any
2149               lgrTotaleRaw gives the 'Raw' length
2150               GetImageDataRaw returns the gray Plane
2151      * FIX : no more dirty trick for 'Segmented xxx Palette Color Lookup' images
2152              (They stay Grey, just like with other Dicom viewers :-(
2153
2154 2003-10-30 Jean-Pierre Roux
2155      * FIX : a VC++ intended syntax modif broke the 12/12 Bytes expanding
2156              
2157 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2158      * ENH: Can be used like this '$vtkgdcmViewer *.dcm' with *.dcm 
2159       being coherents dicom files.
2160      
2161 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2162      * FIX: DOH ! Forgot about windo$e users, they couldn't read lossless jpeg,
2163            from medcon lib !
2164      * ENH: Turn it into DOS file type to match libgdcmijpeg8.dsp file type 
2165      * ENH: Two steps is necessary to please VC++ compiler...
2166      * FIX: DOH ! libgdcmijpg8 -> libgdcmljpeg
2167      * ENH: Add include dir to medcon lib
2168      * FIX: only one function is being exported for now ! 
2169            You should use GLOBAL(return type) see ljpg/jpeg.h for more info
2170             
2171 2003-10-29 Jean-Pierre Roux
2172       * adding  gdcmHeader::GetLUTRGBA
2173         returns a 4 * 256 Bytes Reg/Green/Blue/Alpha vtk compliant LUT
2174           --> Mathieu, the modif u're waiting for is not yet committed
2175       * removal of now useless GetLUTRed,GetLUTGreen,GetLUTBlue,GetLUTRGB
2176
2177 2003-10-27 Jean-Pierre Roux
2178       * adding some xmedcon breaker files (courtesy of Loïc Boussel)
2179         00191113.dcm DermaColorLossLess.dcm
2180         MxTwinLossLess.dcm RadBWLossLess.dcm
2181       * ENH: For version prior to vtkImageViewer2 -r 1.19
2182       * FIX: avoid pb with xmedcon-breaker CT McTwin Elscint images
2183
2184 2003-10-27  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2185       * Removal of ido stuff in CMakeLists.txt
2186                                                
2187 2003-10-24  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2188       * ENH: vtkGdcmReader.cxx can now read multiframe dicom
2189       * FIX: remove a call to ->Modified ... see comments
2190       * FIX: vtkgdcmViewer.cxx was writting ASCII file...this is so slooooow !
2191       
2192 2003-10-23  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2193       * FIX: Problem with path for libvtkgdcmPython
2194       * ENH: Try adding a search script for python site-package
2195       * RMV: Remove some file from medcon lib that are not necessary
2196       * FIX: gdcm/Makefile.am fix for generating ljpg medcon
2197       * ENH: CMakeLists.txt now generate 'pygdcm.so' instead of 'libpygdcm.so'
2198       * FIX: More pragma disable fro VC++, 
2199              I don't think I break something as it is also disable in VTK/ITK.
2200         But it fasten debug compilation time.
2201             
2202 2003-10-23 Jean-Pierre Roux
2203       * gdcm now deals with 16 Bits Run Length Encoded images
2204         (they are compressed as 2 planes images, 
2205          one for the high Bytes, the other for low Bytes)
2206
2207 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
2208       * Now CheckRead takes into account :
2209          - the bugged 'Leonardo' Siemens images
2210          - the XA images, sent thru the burning VPRO station
2211       * add I9000001.dcm, a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
2212        (breaks DicomWorks)
2213
2214 2003-10-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2215       * FIX: When copying a Makefile.am to CMakeLists.txt 
2216              one should remove the '\'
2217         
2218 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
2219       * in gdcmData adding a bugged 'Leonardo' Siemens image 
2220         (wrong lengths in header)
2221         OK with gdcm, KO with the other viewers :-)
2222       * add a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
2223         (breaks DicomWorks)
2224
2225 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
2226       * in gdcmData add the checkvtkgdcmViewer.sh shell script 
2227         for a brutal checking of vtkgdcmViewer compliance
2228
2229 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
2230       * add the files for 'xmedcon' Jpeg Lossless library
2231       * call of 'xmedcom' Jpeg Lossles libray (instead of the old LibIDO one)
2232
2233 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
2234       * 'Compacted Files' (12 Bits Allocate, 12 Bits Stored) are now dealt with
2235      
2236 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
2237       * garbage Siemens 'Leonardo' images dealt with
2238         (the patch is easy to remove)
2239       * cosmetic changes to avoid warnings
2240       
2241 2003-10-20  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2242       * ENH: vtkgdcmViewer now autoscale color/window level on start-up, 
2243         no need to press 'r' now.
2244    
2245 2003-10-20  Jean-Pierre Roux
2246       * upgrade of checkRead.sh checkWrite.sh according
2247         to new Jpeg Lossless decompressor
2248       * add US.3405.1.dcm, a genuine RGB medical file ...
2249       * add gdcm-ACR-LibIDO.acr, unnormalized Rectangular LibIDO format image
2250       * add CLIP0001-Sequoia-U11.dcm, US 'Clip', from SEQUOIA machine,
2251                                                   UNIT 11, Hop Cardio              
2252 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
2253       * general anonymisation in gdcmData
2254       * adding the 'color files' from
2255         http://www.leadtools.com/SDK/Medical/DICOM/ltdc19.htm
2256       * adding some well knowed bugged-header images
2257       * adding checkRead.sk, checkReadColor.sh, checkWrite.sh,
2258         waiting for their inclusion in Python testsuite
2259
2260 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
2261     * gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error)
2262       no longer seg faults when file is not found
2263
2264 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
2265      * Emprovement of reading for Dicom encapsulated Jpeg LossLess 
2266        MultiFrame images
2267
2268 2003-10-14  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2269      * TODO: *.in file to genereate a UseGDCM later
2270
2271 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
2272      * Some supposed-to-be Dicom Images have no preamble.
2273         OpenFile takes it into account
2274      * Jpeg LossLess 24 Bits images doesn't break any longer gdcm
2275      * Missing elements added in dicomV3.dic
2276       (just to be affraid : have a look at
2277        ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2003/01v03dif/01v03_06.pdf
2278        and do it again next year ;->
2279
2280 2003-10-13  Jean-Pierre Roux
2281      * According to PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619, when each pixel of 
2282        a PALETTE COLOR is stored on 2 Bytes, theese 2 Bytes must be equal.
2283        But there are NOT. It's fixed !
2284        
2285 2003-10-13  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2286      * FIX: "jpeglib.h" was not found on VC++
2287      * FIX: vtkgdcm was not being installed 
2288          
2289 2003-10-10  Jean-Pierre Roux
2290      * ENH : OpenFile closes the file if it *really* doesn't look like
2291              an ACR-NEMA / DICOM one.
2292      * FIX : testWrite no longer writes an empty file if the source file     
2293              is not gdcm Readable
2294      * ENH : One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" 
2295              is now decoded.
2296         
2297 2003-10-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2298      * FIX: CMake generate now documentation
2299      * ENH: out of source doc build !
2300      * ENH: Generate both user and dev documentation
2301      * ENH: Should work on windows too
2302      * ENH: Only one doxygen config.in file is needed 
2303      * FIX: make install should be ok now on Ã¹nix plateform
2304      * FIX: PATH to dictionary was wrong (missing /)
2305      * ENH: OpenFile, return true if the file looks like an ACR or DICOM file 
2306                      
2307 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2308      * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
2309      * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
2310      * added a gdcmViewer to vtk test, use mouse to control 
2311         window level & window width
2312
2313 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2314      * CMake-ification of gdcm, we have now two build system
2315      * FIX: on cygwin Wsock32 doesn't exist
2316      * FIX: force jpeg dir to the local one (gdcm/src/jpeg)
2317      
2318 2003-10-06  Emanuel Ollart
2319      * FIX : compilation process wad broken.
2320              Changed gdcmViewer_sources to vtkgdcmViewer_sources
2321         
2322 2003-10-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2323      * change gdcmViewer -> vtkgdcmViewer
2324      * change GetXSpacing and GetYSpacing "%f\\%" is parsed backward
2325      
2326 2003-10-06  Jean-Pierre Roux
2327      * FIX :A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
2328            ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
2329                  : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
2330       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
2331
2332 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
2333       * Odd length strings are padded with '\0' (not with spaces, 
2334         to remain compliant with already defined strings, 
2335         like Transfert Syntax UID and others)
2336
2337 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
2338       * ENH :gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
2339              to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
2340         
2341 2003-10-03  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2342       * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
2343       * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
2344
2345 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
2346       * A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
2347         ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
2348               : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
2349       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
2350
2351 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
2352       * One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" is now decoded.
2353
2354 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
2355       * gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
2356         to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
2357
2358 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
2359       * gdcmFile::GetImageDataIntoVector now
2360          - deals with MultiFrames MultiFragments Run Length Encoded files
2361          - deals with YcBcR (YBR_FULL) files
2362          - deals with YBR_YBR_FULL_422 files (they work as RBG files ?!?)
2363           WARNING : nothing was checked for YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, 
2364                                        YBR_RCT files.
2365           (no sample found :-(
2366
2367 2003-10-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2368       * src/*.cxx removed pragma thingies to src/gdcmCommon.h
2369         Two reasons: - clear things
2370                      - third parties acces gdcm through header files, so won't
2371                        suffer anymore VC++ complains
2372
2373 2003-09-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2374       * add argv[1] in testvtkGdcmReader.cxx
2375       * removed leaks
2376
2377 2003-09-24 Jean-Pierre Roux
2378       * The lines are now eigthy characters long.for 
2379         gdcmHeader.cxx gdcmHeaderHelper.cxx gdcmParse.cxx 
2380
2381 2003-09-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2382       * src/gdcmUtil.[cxx|h] : change the _CreateCleanString return value from
2383         char* to std::string. Thus, the use of strdup becomes useless. (see
2384         previous commis of Malaterre)
2385       * src/gdcmElValSet.cxx : reuse commented call to _CreateCleanString like
2386         before the last Malaterre's commit.
2387
2388 2003-09-19  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2389       * This commit should fix the Debug building under VC++, the problem
2390         was mainly a mixture of debug and release lib being loaded at startup.
2391       * I also remove a depency to a specific C function: strdup. Because I had
2392         to force the link to msvcrtd (whereas strdup is in libc).
2393
2394 2003-09-16  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2395       * "gdcm::Unfound" string changed to a constant variable (GDCM_UNFOUND)
2396         located in the gdcmCommon.h file. All use of reference of tha has been
2397         changed to now use the variable GDCM_UNFOUND.
2398
2399 2003-09-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2400       * Cosmetic changes:
2401         - gdcmPython/testSuite.py adapted to the JPR updated Dicts/dicomV3.dic
2402           Dicom dictionary. The test suite can now be run again. Note:
2403           I'm note very happy with the " (RET)" changes. I believe this
2404           RETAINED comment should be dropped when parsing the dictionary.
2405         - PACKAGER corrected
2406         - DEVELOPPER added.
2407         - AUTHORS updated and now in alphabetical order
2408       * Makefile.am now exports gdcm.dsw for Windoze users.
2409
2410 2003-09-11  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2411       * cygwin complains about missing std:: in subdir Test/
2412
2413 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2414       * remove some methods that are now in gdcmHeaderHelper
2415
2416 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2417       * vtkGdcmReader set spacing and origin correctly
2418
2419 2003-09-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2420       * Fix a few delete/delete[] mismatch
2421
2422 2003-09-08  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2423       * src/gdcmHeaderHelper.[h cxx]: added new class that provide an
2424         interpretation to data given by gdcmHeader. For instance there are
2425         heuristics to get informations (look at different places).
2426       * it also include a specific class: gdcmSerieHeaderHelper devoted to
2427         sorting DICOM images based on different strategies.
2428       * modified Makefiles accordingly.
2429
2430 2003-09-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2431       * src/*.cxx : added pragma disable 4786/4251 to get rid of ~4300 warning
2432         when building in debug mode
2433       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : change /MT -> /MD and /MTd -> /MDd to match
2434         src/win32/gdcmdll.dsp
2435       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : added /nodefaultlib "mscvrt" for debug mode
2436
2437 2003-08-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2438       * Corrected a leak in vtkGdcmREader.cxx, the pSource was find thanks
2439             to valgrind.
2440
2441 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2442       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp was not dos format
2443       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp : 
2444                   libgdcmijpeg12_EXPORTS -> LIBGDCMIJPEG12_EXPORTS
2445       * src/win32/gdcmdll.dsp: + /I "..\jpeg\libijg12"
2446
2447 2003-07-29 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2448       * src/gdcmHeader.h : add std:: prefix for stl elements... like others in
2449         the file
2450       * src/gdcmFile.cxx : bug fix in affectation type
2451       * src/jpeg/libijpeg12/jmorecfg12.h : export for windows modified... like
2452         in src/jpeg/libijpeg8/jmorecfg8.h (JPR : copy/paste exists !!!)
2453       * Modifs of MVSC projects to compile them. Not concerning 2 identic
2454         symbols... future problem ?
2455
2456 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2457       * src/win32/libgdcmijpeg12.dsp was missing
2458       * modified gdcm.dsw accordingly
2459
2460 2003-07-28  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2461       * src/gdcmHeader.cxx : misplaced return 0.; for ACR/NEMA
2462
2463 2003-07-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2464       * src/jpeg/libijg12/.cvsignore, jconfig.* : ommited files while last
2465         commit of JPR (before his hollidays to facilitate our work).
2466       * setup.py : bug fix in code. Modifications made while the last commit
2467         of JPR. The code hasn't been tested before the commit... it's so
2468         useless to make that (for best programmer that is JPR) !!!
2469
2470 2003-07-08  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2471       * tagged the current version as Version0_3 (i.e. version 0.3)
2472
2473 2003-07-08  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2474       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx : remove a symbol that is unused
2475       * src/jpeg/libijg8/jmorecfg.h : adding export symbol for windows
2476       * *.dsp : modifications to use new libgdcmijpeg8 library
2477       * setup.py : bug fix on VTKPATH variable
2478       * PACKAGER : adding all concerning windows
2479
2480 2003-07-07  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2481       * src/gdcmElValSet.cxx, gdcmFile.cxx: JPR bug fix, removal of
2482         garbage debug code.
2483       * TODO, vtk/vtkGdcmReader.cxx: upcoming fixes comments.
2484       * gdcmPython/testSuite.py: JPR bug fix, brutal erasement of
2485         test suite reported error.
2486       * PACKAGER file added (describes what a packager must do when
2487         packaging a new release).
2488       * MANIFEST.in, now declares jconfig.linux and jconfig.vc
2489       * configure.in: upgraded version number to 0.3.0
2490       * fixing build of rpm (through rpm -ta):
2491         - Doc/Makefile.am exports proper doxygen files
2492         - src/jpeg/libijg8/Makefile.am exports the include files.
2493
2494 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2495       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading only 1 file.
2496       * src/gdcmHeader.h : formatting code
2497
2498 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2499       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix when loading only one file.
2500         We were obtaining error message from vtk. Now, creation of file list
2501         is made in an internal list to prevent this problem.
2502         Bug fix when output is empty.
2503         Bug fix in update of progress value. Previous commit for this was a bad
2504         correction.
2505       * vtk/vtkGdcmReader.h : adding comments for InternalFileNaleList variable
2506
2507 2003-07-04  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2508       * src/gdcmHeader.h : added method to get the file name
2509       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix concerning loading of bad dicom
2510         files. Added method to remove all files on the input
2511         Added FIXME comment concerning the bad parsing of header made by
2512         ExecuteInformation method (in ExecuteData method)
2513
2514 2003-07-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2515       * vtk/Makefile.am: vtkGdcmReader.h should now be cleany installed
2516         when using make instal.
2517       * src/gdcmFile.cxx : bug fix under Window after JPR commit
2518         RQ : the JPR doesn't appear in the ChangeLog... normal for him
2519
2520 2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2521       * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
2522       * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
2523
2524 2003-07-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2525       * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
2526         linux and WINDOWS !
2527       * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
2528       * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
2529
2530 2003-07-02  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2531       * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
2532         addon of the jpeg library)
2533       * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
2534       * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
2535       * INSTALL now points to web documentation
2536
2537 2003-07-01  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2538       * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
2539         gdcmUtil.h anymore.
2540       * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
2541         clean target.
2542       * src/gdcm*.[cxx|h] :
2543         - to allow compilation with gcc 3.x
2544           -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
2545           -- small fixes on exceptions.
2546           Note: linking not tested !
2547         - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
2548           building stage.
2549       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
2550         dependent convertion).
2551
2552 2003-06-20  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2553       * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
2554         Changelog):
2555         - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
2556         - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
2557           addition/modification of Makefile.am and configure.in.
2558         - the testSuite is still brain damage (not guilty).
2559
2560 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2561       * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
2562         compile
2563       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
2564         (FileName -> Filename)
2565
2566 2003-06-11  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2567       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
2568         - UpdateProgress method should now be effective
2569         - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
2570           to volumes),
2571         - when building a stack of images/volume, a lesser number of
2572           gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
2573           accelerating things).
2574         - when building a stack of images/volumes, files which are not
2575           loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
2576           or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
2577           in the stack (for the caller to notice the problem).
2578
2579 2003-06-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2580       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent.
2581
2582 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2583       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
2584         between standard library (std) and vtk library (problems are found
2585         under Windows... thanks Windows !)
2586
2587 2003-05-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2588       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
2589         debug stage).
2590       * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test
2591
2592 2003-05-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2593       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.
2594
2595 2003-05-28  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2596       * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
2597         called with different flags than the default ones (with automake).
2598         In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
2599            make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
2600         and went for warning fixes:
2601         - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
2602           up from unused variables.
2603         - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
2604       * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup
2605
2606 2003-05-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2607       * gdcmPython/gdcm.i:
2608         - typemaps correction to take into account the systematic replacement
2609           of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
2610           std::string... (cf changes of 2003-05-21).
2611         - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
2612           src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
2613           exported to Python a as cvar.
2614       * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
2615         and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
2616         gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
2617         gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
2618         C++ static methods).
2619       * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
2620         with the above changes.
2621
2622 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2623       * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
2624
2625 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2626       * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
2627         wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
2628         generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
2629          - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
2630          - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
2631            a wrapper
2632          - Wrapper interface which wrap sources
2633         + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
2634         + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
2635       * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
2636         files for compilation
2637
2638 2003-05-21  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with Benoit Regrain
2639       * Added python wrappers of vtkGdcmReader vtk class (see the
2640         source in vtk/vtkGdcmReader.cxx) :
2641         - vtk/Makefile.am now builds a library
2642         - gdcmPython/Makefile.am now builds vtkgdcmPython a second import
2643           python library (as opposed to _gdcm.so wich are the python
2644           wrappers of gdcm). vtkgdcmPython.so uses the vtk python wrappers
2645           (vtkWrapPython and vtkWrapPythonInit utility) to build vtkgdcmPython
2646           import library.
2647         - configure.in has an additional flag --enable-vtk that needs
2648           to be set to enable compilation of vtk related code, that is:
2649           + vtk/vtkGdcmReader.so and
2650           + vtk/testvtkGdcmReader C++ demo of vtk wrappers of gdcm)
2651           + gdcmPython/vtkgdcmPython.so (see above)
2652         - gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py corrected (some images cannot
2653           be read when compressed or when HighBit + 1 != BitsStored),
2654         - gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py added. This demo illustrates
2655           the usage of the python wrapper of vtkGdcmReader vtk class.
2656       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: bug fixed (thanks to Benoit Regrain).
2657       * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
2658         std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
2659         This is to avoid pollution of global namespace in included files.
2660         Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
2661         gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
2662         collision of various stl members (principally cout...).
2663       * gdcmPython/testSuite.py now cleanly removes temprory generated
2664         file.
2665       * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
2666         comply with above changes)
2667
2668 2003-05-12  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2669       * src/gdcmHeader>[h/cxx] added gdcmHeader::GetPixelSize()
2670       * vtk/vtkGdcmReader.cxx now properly inports the image in the
2671         vtk data structure (an image Flip was required).
2672       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx refers to gdcmData subdir instead of Data.
2673       * cosmetic changes in documentation.
2674
2675 2003-05-7  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2676       * src/gdcmHeader.cxx: the constructor no longer exits when an
2677         unexisting file is given as argument.
2678       * The subdirectory Data (containing all the images used for the
2679         test suite) is not part of this repository anymore. A new module
2680         containing those images is now available at
2681           :pserver:xxx@cvs.creatis.insa-lyon.fr:2402/cvs/public
2682         with the name gdcmData.
2683         All the python scripts (including the package initialisation file
2684         gdcmPython/__init__.py) were adapated to take this change into
2685         account (basically GDCM_DATA_PATH is now GDCM_TEST_DATA_PATH).
2686
2687 2003-05-5  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2688       * vtk subdir added. Contains vtkGdcmReader.[cxx|h] a vtk class
2689         inherinting from vtkImageReader and testvtkGdcmReader.cxx a small
2690         demo of the usage of this class.
2691         Compilation of this vtk part is only done when using the --enable-vtk
2692         at configure (or autogen.sh) stage.
2693
2694 2003-04-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2695       * More memory link related corrections and documentation fixes.
2696         Notes on valgrind:
2697           - maximum info is obtained with a command of the form:
2698             valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
2699                      --show-reachable=yes PrintHeader
2700           - the remaining reachable blocks seem to come from the STL
2701             allocation scheme through the usage of map and list. It looks
2702             like this memory cannot be freed but it is not a memory leak
2703             (in fact further invocation to the STL would recollect the
2704              unused memory allthough it cannot explicitely be freed).
2705       * gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py added: this is a small demo
2706         of displaying an image parsed with gdcm and displayed with VTK.
2707         Note: some images don't seem to work e.g.
2708             python vtkGdcmDemo.py  ../../Data/US-RGB-8-esopecho.dcm
2709       * src/gdcmHeader.x: dicom_vr and Dicts are not class members anymore.
2710         Allthough this weakens the semantics, it is a ditch attempt to
2711         make gdcm more thread friendly.
2712
2713 2003-04-15  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2714       * Memory link hunt (by using valgrind through the command
2715           valgrind --show-reachable=yes --leak-check=yes PrintHeader).
2716         - added src/gdcmVR.cxx gdcmVR.h that objectify the previous
2717           gdcmHeader::_dicom_vr.
2718         - gdcmHeader::InitVRDict transfered as gdcmVR::gdcmVR().
2719         - gdcmHeader::dicom_vr is now of type gdcmVR* as opposed to
2720           VRHT*.
2721         - gdcmGlobal global object contained class added (see src/gdcmUtil.x)
2722
2723 2003-04-9  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2724       * src/Makefile.am now exports all the necessary include files at
2725         make install stage.
2726
2727 2003-04-9 JPR
2728       * UpdateGroupLength replaced by new one
2729
2730 2003-04-7 JPR
2731       * UpdateGroupLength re-written using H-Table
2732         (named UpdateGroupLengthNew untill checks are over)
2733
2734 2003-04-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
2735       * Data/im_00001 renamed to gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
2736       * gdcmPython/testSuite.py now include a test of gdcmFile::Write.
2737       * src:
2738         - gdcmHeader::GetPubElValSet removed.
2739         - gdcmElValSet::WriteDcm, WriteAcr, WriteExplVR, revamped to
2740           UpdateGroupLength, WriteElements, Write.
2741         - gdcmHeader::FileType moved to gdcmCommon.h. The enum FileType
2742           doesn't contain TrueDicom anymore since ExplicitVR and ImplicitVR
2743           carried the same semantics.
2744           - src/gdcmHeaderIdo.cxx changed accordingly.
2745         - gdcmFile::WriteBase now regroups all the codes from previous
2746           versions of WriteDcm, WriteDcmImplVR, and WriteACR.
2747         - enum FileType moved to gdcmCommon.h
2748       * src/gdcmHeader.cxx AddDefault trashed
2749       * gdcmGetXSize added
2750       * getimageDataSize now calls gdcmGetXSize
2751       * Test/*.cxx changed to agree with above changes
2752
2753 2003-03-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2754       * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
2755         (to avoid double call by end user).
2756       * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
2757         by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it.
2758
2759 2003-03-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2760       * gdcm/Doc many doxygen changes:
2761         - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
2762           the html.users end users oriented documentation and
2763           DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
2764           oriented documentation.
2765         - README changed accordingly
2766         - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
2767         - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
2768           DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
2769         - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
2770           be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
2771           html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
2772       * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1. Hence
2773         all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
2774       * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
2775         ill-formed documentation sections.
2776       * src/gdcmHeader.cxx: ditto
2777
2778 2003-03-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2779       * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
2780       * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
2781         un*ces with sh-utils test utility.
2782       * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
2783       * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.
2784       * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
2785       * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
2786       * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.
2787
2788 2003-03-26 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2789       * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
2790       * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly.
2791
2792 2003-03-25 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2793       * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
2794       * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
2795       * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
2796       * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
2797         compilation work.
2798       * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
2799       * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message
2800
2801 2003-03-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2802       * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
2803         hence the user doesn't need this explicit call.
2804         - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
2805           i.e. LoadElements() call removed.
2806       * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
2807         - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
2808       * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
2809         for adding user defined new tags.
2810         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
2811         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
2812           cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)
2813
2814 2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
2815       * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
2816         Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
2817         src/Makefile.am : the project should properly compile and install
2818         with the autotools, included the python wrappers part.
2819       * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.
2820
2821 2003-03-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2822       * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
2823
2824 2003-03-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2825       * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
2826         to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
2827         for usage).
2828       * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
2829         gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
2830         ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.
2831       * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
2832         moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.
2833
2834 2003-03-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2835       * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
2836         in InstallMode or PreInstallMode but with an environment given
2837         value of GDCM_DICT_PATH.
2838       * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.
2839
2840 2003-03-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2841       * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
2842       * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
2843       * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
2844         should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
2845         any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.
2846
2847 2003-03-05 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2848       * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
2849         gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
2850         gdcmHeader.h
2851       * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
2852         (as opposed to gdcm.h)
2853       * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
2854       * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
2855         the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
2856       * autogen.sh removed history related references to crea package.
2857
2858 2003-03-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2859       * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
2860         bug.
2861
2862 2003-03-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2863       * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
2864         was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
2865         operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
2866         of hidding away the python related distutils specific files
2867         (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
2868         Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
2869         position to setup.py was ../src) which made things impossible to
2870         handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...
2871
2872 2003-02-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2873       * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
2874       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
2875         among the list of sources.
2876
2877 2003-02-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2878       * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
2879       * modifications in MSVC projects
2880
2881 2003-02-19 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2882       * As stated by the first lines of Test/ExceptionAndPython/README, it
2883         looks like we can move back to original usage of exception within
2884         src/gdcm* and hence remove the errno stuff that was introduced
2885         as a quick and dirty fixture of this problem (added to the TODO).
2886       * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
2887         README file for usage added.
2888       * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
2889         test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
2890         testing the proper parsing of a Dicom related file.
2891         testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
2892       * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
2893       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
2894         - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
2895           whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
2896           Dicom public dictionary were not accessible without an
2897           instance of class gdcmHeader.
2898         - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
2899           require no instances at all to be invocated.
2900         - within gdcmDictSet this change required to change some method
2901           to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
2902           (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
2903       * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
2904         the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
2905       * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
2906         the above to be effective.
2907       * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
2908         for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
2909       * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
2910         configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
2911         contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
2912         Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
2913         (for python dectection).
2914       * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
2915         now avoids publishing the empty entries.
2916
2917 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2918       * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
2919         ExtraPath reused :-P
2920       * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
2921
2922 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2923       * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
2924       * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
2925       * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
2926         and links
2927
2928 2003-01-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2929       * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
2930         method. Doxygenation.
2931       * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments.
2932
2933 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2934       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
2935         shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
2936         when using "python setup.py install".
2937       * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
2938         reexports the working classes.
2939       * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
2940         by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
2941         behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
2942         to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
2943         of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
2944         subdir (see the README file). This problem probably due to
2945         an combination of g++ and dynamic loading.
2946       * added Test/ExceptionAndPython (see above)
2947
2948 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2949       * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
2950         directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
2951         i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
2952         again in a python subdir, but the package itself is now in
2953         python/gdcmPython.
2954       * setup.py was cleaned up:
2955         - pythonIncludePath removed
2956         - python setup.py bdist target is now functional.
2957       * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
2958         collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
2959         accordingly.
2960
2961 2003-01-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2962       * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).
2963       * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
2964         distutils installer is operational.
2965       * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
2966           shadow classes (from gdcm.py).
2967         - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
2968           instead of gdcmPython/demo/load.py.
2969         - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.
2970
2971 2002-12-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2972       * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
2973         GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
2974         entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
2975         information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
2976         dictionary.
2977         - Dicts/dicomV3.dic Entries which had and unspecified fourth field
2978           are now in the "???" group.
2979         - python/gdcm.i changed accordingly,
2980         - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
2981           of the above new functionalities in Python.
2982
2983 2002-12-11 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2984       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
2985         - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
2986           were definitively removed.
2987         - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
2988       * src/gdcmElValSet.cxx:
2989         - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
2990         - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
2991         - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
2992         - Added GetElementByName(string).
2993       * src/gdcmHeader.cxx: added
2994         - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
2995         - GetPubElValRepByName(string)
2996         - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
2997         - GetShaElValRepByName(string)
2998         - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
2999         - GetShaElValRepByName(string)
3000         - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
3001         - GetElValRepByName(string)
3002         - GetElValByNumber(guint16, guint16)
3003         - GetElValRepByName(string)
3004       * Doc/requirements.txt added.
3005
3006 2002-12-9 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3007       * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
3008       * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
3009         pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
3010         the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
3011         file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
3012       * python/testSuite.py changed accordingly.
3013
3014 2002-12-6 Christophe Odet + Hugues Benoit-Cattin + Eric.Boix
3015       * VC++ has some strong limitations when working with the STL, as stated
3016         in http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP :
3017              "Also note that some STL containers (map, set, queue, list, deque)
3018               cannot be exported. [...]
3019               Some STL classes contain nested classes. These classes can not
3020               be exported. [...]
3021               This is caused by a designed limitation that once a template
3022               class is instantiated, it can not be re-instantiated and
3023               exported."
3024         Since our usage of map<> is ubiquitous in gdcm, this "designed
3025         limitation" of VC++ is a pitfall.
3026         Hence the Python wrappers of gdcm cannot be incrementally linked
3027         against the c++ dynamic library. The dirty but only workaround is
3028         to forget about incremental link of dynamic libraries and to generate
3029         the Python wrappers library with the inclusions of the underlying C++
3030         library.
3031         The following modifications concern this matter on Win32/VC++:
3032       - wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
3033          dll under windows !!!!)
3034       - python21_d debug mode enabled (ask Frog how to use it :-)
3035       - NO problem with having an STL member of class for example string in C++
3036         WITH THE RESTRICTION OF FORGETING ABOUT INCREMENTAL LINK.
3037       - Python test of dcmlib in Python is ok under windows on a large set
3038         (one) of image(s).
3039       * removed glib references
3040       * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
3041
3042 2002-11-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3043       * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
3044         that only displays required tags and testAll.py that parses all
3045         the files of the testsuite without using unittest.
3046       * python/testSuite.py other additional test on new files added.
3047       * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
3048       * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
3049         the vr in the file differs from the one of the dictionary.
3050
3051 2002-11-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3052       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
3053         values, but limits itself to values which are below a user specified
3054         size (by default 1024 bytes).
3055       * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
3056         user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
3057         python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
3058         on the unloaded elements (since we have their offset and size).
3059       * python/testSuite.py
3060         - now tests for the existence and proper value of the pixel data
3061         - two new examples added.
3062       * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.
3063
3064 2002-11-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3065       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
3066         aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindeLength().
3067       * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
3068       * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
3069       * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.
3070
3071 2002-11-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3072       * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
3073         the vr was also RET.
3074       * python/testSuite.py more tests added.
3075
3076 2002-11-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3077       * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
3078       * Data/* dcm and acr files for the test suite.
3079       * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
3080         7.18 Integer types (see stdint.h)
3081         - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
3082       * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
3083         implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
3084         concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
3085         too the public or provite dictionaries, since some of their vr
3086         would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
3087         detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
3088         added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
3089         The rest of the changes we the necessary adaptations.
3090
3091 2002-11-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3092       * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
3093         VR files.
3094       * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.
3095
3096 2002-11-8 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3097       * Adaptation for porting to VC++:
3098         - src/gdcm.h
3099           o forced to use std namespace (for string to be known)
3100           o all class use __declspec export style on WIN32
3101         - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
3102           (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
3103       * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
3104         variable GDCM_DICT_PATH.
3105       * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete.
3106
3107 2002-11-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3108       * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
3109         to native Python dictionary.
3110       * python/demo/test.py:
3111         - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
3112         - takes an optional filename argument (the file to parse).
3113       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
3114         PubElVals hashing table.
3115       * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.
3116
3117 2002-11-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3118       * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
3119         newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
3120       * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
3121       * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
3122       * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
3123         from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
3124       * src/gdcmDict::GetTag bug fix.
3125
3126 2002-10-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3127       * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
3128         src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
3129         that we can import de shadow classes without errors].
3130
3131 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3132       * hashtest.cxx removed (since already in Test)
3133       * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
3134       * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
3135       * src/Makefile prepared for python wrapping
3136
3137 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3138       * src/gdcmHeader.cxx :
3139         - Parsing of header is now separated from loading of element values
3140           (see gdcmHeader::LoadElements).
3141         - general clean up of hopefully all file access (creation of
3142           ReadInt16 and ReadInt32)
3143
3144 2002-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3145       * src/gdcmHeader.cxx :
3146         - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
3147           method.
3148         - SetLgrElem renamed to SetLength
3149         - GetLgrElem renamed to GetLength
3150         - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
3151       * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
3152       * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
3153         due to IdoDude was cleaned out.
3154
3155 2002-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3156       * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
3157         concentrates on finding the value representation (when it exists).
3158         RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
3159         returning the unecessary skL (skipped length).
3160         Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
3161         it was redundant with the File position internals (by using
3162         ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
3163         jajun.
3164       * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
3165         on the libido specificities which are handled through class
3166         inheritance.
3167       * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
3168         added.
3169
3170 2002-10-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3171       * Truckload of changes. Parsing of header is barely functional
3172         (see Test/test) with the standard dictionary (see Dicts/dicomV3.dic).
3173
3174 2002-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3175       * src/gdcmHeader.cxx many addons of low level methods
3176
3177 2002-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3178       * src/gdcmHeader now contains_IdDcmCheckSwap, _IdDcmRecupLgr,
3179         and _IdDcmSWAP_LONG.
3180
3181 2002-09-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3182       * This corresponds to all the changes decided at the meeting of
3183         May 23 2002. Needless to say we are running late...
3184