ChangeLog

   1 2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
   2       * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
   3       * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
   4
   5 2003-07-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
   6       * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
   7         linux and WINDOWS !
   8       * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
   9       * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
  10
  11 2003-07-02  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  12       * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
  13         addon of the jpeg library)
  14       * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
  15       * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
  16       * INSTALL now points to web documentation
  17
  18 2003-07-01  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  19       * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
  20         gdcmUtil.h anymore.
  21       * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
  22         clean target.
  23       * src/gdcm*.[cxx|h] :
  24         - to allow compilation with gcc 3.x
  25           -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
  26           -- small fixes on exceptions.
  27           Note: linking not tested !
  28         - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
  29           building stage.
  30       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
  31         dependent convertion).
  32
  33 2003-06-20  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  34       * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
  35         Changelog):
  36         - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
  37         - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
  38           addition/modification of Makefile.am and configure.in.
  39         - the testSuite is still brain damage (not guilty).
  40
  41 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
  42       * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
  43         compile
  44       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
  45         (FileName -> Filename)
  46
  47 2003-06-11  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  48       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
  49         - UpdateProgress method should now be effective
  50         - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
  51           to volumes),
  52         - when building a stack of images/volume, a lesser number of
  53           gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
  54           accelerating things).
  55         - when building a stack of images/volumes, files which are not
  56           loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
  57           or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
  58           in the stack (for the caller to notice the problem).
  59
  60 2003-06-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  61       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent.
  62
  63 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
  64       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
  65         between standard library (std) and vtk library (problems are found
  66         under Windows... thanks Windows !)
  67
  68 2003-05-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  69       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
  70         debug stage).
  71       * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test
  72
  73 2003-05-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  74       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.
  75
  76 2003-05-28  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  77       * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
  78         called with different flags than the default ones (with automake).
  79         In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
  80            make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
  81         and went for warning fixes:
  82         - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
  83           up from unused variables.
  84         - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
  85       * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup
  86
  87 2003-05-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  88       * gdcmPython/gdcm.i:
  89         - typemaps correction to take into account the systematic replacement
  90           of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
  91           std::string... (cf changes of 2003-05-21).
  92         - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
  93           src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
  94           exported to Python a as cvar.
  95       * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
  96         and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
  97         gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
  98         gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
  99         C++ static methods).
 100       * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
 101         with the above changes.
 102
 103 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
 104       * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
 105
 106 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
 107       * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
 108         wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
 109         generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
 110          - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
 111          - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
 112            a wrapper
 113          - Wrapper interface which wrap sources
 114         + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
 115         + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
 116       * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
 117         files for compilation
 118
 119 2003-05-21  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with Benoit Regrain
 120       * Added python wrappers of vtkGdcmReader vtk class (see the
 121         source in vtk/vtkGdcmReader.cxx) :
 122         - vtk/Makefile.am now builds a library
 123         - gdcmPython/Makefile.am now builds vtkgdcmPython a second import
 124           python library (as opposed to _gdcm.so wich are the python
 125           wrappers of gdcm). vtkgdcmPython.so uses the vtk python wrappers
 126           (vtkWrapPython and vtkWrapPythonInit utility) to build vtkgdcmPython
 127           import library.
 128         - configure.in has an additional flag --enable-vtk that needs
 129           to be set to enable compilation of vtk related code, that is:
 130           + vtk/vtkGdcmReader.so and
 131           + vtk/testvtkGdcmReader C++ demo of vtk wrappers of gdcm)
 132           + gdcmPython/vtkgdcmPython.so (see above)
 133         - gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py corrected (some images cannot
 134           be read when compressed or when HighBit + 1 != BitsStored),
 135         - gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py added. This demo illustrates
 136           the usage of the python wrapper of vtkGdcmReader vtk class.
 137       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: bug fixed (thanks to Benoit Regrain).
 138       * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
 139         std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
 140         This is to avoid pollution of global namespace in included files.
 141         Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
 142         gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
 143         collision of various stl members (principally cout...).
 144       * gdcmPython/testSuite.py now cleanly removes temprory generated
 145         file.
 146       * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
 147          comply with above changes)
 148
 149 2003-05-12  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
 150       * src/gdcmHeader>[h/cxx] added gdcmHeader::GetPixelSize()
 151       * vtk/vtkGdcmReader.cxx now properly inports the image in the
 152         vtk data structure (an image Flip was required).
 153       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx refers to gdcmData subdir instead of Data.
 154       * cosmetic changes in documentation.
 155
 156 2003-05-7  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
 157       * src/gdcmHeader.cxx: the constructor no longer exits when an
 158         unexisting file is given as argument.
 159       * The subdirectory Data (containing all the images used for the
 160         test suite) is not part of this repository anymore. A new module
 161         containing those images is now available at
 162           :pserver:xxx@cvs.creatis.insa-lyon.fr:2402/cvs/public
 163         with the name gdcmData.
 164         All the python scripts (including the package initialisation file
 165         gdcmPython/__init__.py) were adapated to take this change into
 166         account (basically GDCM_DATA_PATH is now GDCM_TEST_DATA_PATH).
 167
 168 2003-05-5  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
 169       * vtk subdir added. Contains vtkGdcmReader.[cxx|h] a vtk class
 170         inherinting from vtkImageReader and testvtkGdcmReader.cxx a small
 171         demo of the usage of this class.
 172         Compilation of this vtk part is only done when using the --enable-vtk
 173         at configure (or autogen.sh) stage.
 174
 175 2003-04-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
 176       * More memmory link related corrections and documentation fixes.
 177         Notes on valgrind:
 178           - maximum info is obtained with a command of the form:
 179             valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
 180                    --show-reachable=yes PrintHeader
 181           - the remaining reachable blocks seem to come from the STL
 182             allocation scheme through the usage of map and list. It looks
 183             like this memory cannot be freed but it is not a memory leak
 184             (in fact further invocation to the STL would recollect the
 185              unused memory allthough it cannot explicitely be freed).
 186       * gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py added: this is a small demo
 187         of displaying an image parsed with gdcm and displayed with VTK.
 188         Note: some images don't seem to work e.g.
 189             python vtkGdcmDemo.py  ../../Data/US-RGB-8-esopecho.dcm
 190       * src/gdcmHeader.x: dicom_vr and Dicts are not class members anymore.
 191         Allthough this weakens the semantics, it is a ditch attempt to
 192         make gdcm more thread friendly.
 193
 194 2003-04-15  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
 195       * Memory link hunt (by using valgrind through the command
 196           valgrind --show-reachable=yes --leak-check=yes PrintHeader).
 197         - added src/gdcmVR.cxx gdcmVR.h that objectify the previous
 198           gdcmHeader::_dicom_vr.
 199         - gdcmHeader::InitVRDict transfered as gdcmVR::gdcmVR().
 200         - gdcmHeader::dicom_vr is now of type gdcmVR* as opposed to
 201           VRHT*.
 202         - gdcmGlobal global object contained class added (see src/gdcmUtil.x)
 203
 204 2003-04-9  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
 205       * src/Makefile.am now exports all the necessary include files at
 206         make install stage.
 207
 208 2003-04-9 JPR
 209       * UpdateGroupLength replaced by new one
 210
 211 2003-04-7 JPR
 212       * UpdateGroupLength re-written using H-Table
 213         (named UpdateGroupLengthNew untill checks are over)
 214
 215 2003-04-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
 216       * Data/im_00001 renamed to gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
 217       * gdcmPython/testSuite.py now include a test of gdcmFile::Write.
 218       * src:
 219         - gdcmHeader::GetPubElValSet removed.
 220         - gdcmElValSet::WriteDcm, WriteAcr, WriteExplVR, revamped to
 221           UpdateGroupLength, WriteElements, Write.
 222         - gdcmHeader::FileType moved to gdcmCommon.h. The enum FileType
 223           doesn't contain TrueDicom anymore since ExplicitVR and ImplicitVR
 224           carried the same semantics.
 225           - src/gdcmHeaderIdo.cxx changed accordingly.
 226         - gdcmFile::WriteBase now regroups all the codes from previous
 227           versions of WriteDcm, WriteDcmImplVR, and WriteACR.
 228         - enum FileType moved to gdcmCommon.h
 229       * src/gdcmHeader.cxx AddDefault trashed
 230       * gdcmGetXSize added
 231       * getimageDataSize now calls gdcmGetXSize
 232       * Test/*.cxx changed to agree with above changes
 233
 234 2003-03-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 235       * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
 236         (to avoid double call by end user).
 237       * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
 238         by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it.
 239
 240 2003-03-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 241       * gdcm/Doc many doxygen changes:
 242         - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
 243           the html.users end users oriented documentation and
 244           DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
 245           oriented documentation.
 246         - README changed accordingly
 247         - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
 248         - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
 249           DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
 250         - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
 251           be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
 252           html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
 253       * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1. Hence
 254         all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
 255       * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
 256         ill-formed documentation sections.
 257       * src/gdcmHeader.cxx: ditto
 258
 259 2003-03-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 260       * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
 261       * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
 262         un*ces with sh-utils test utility.
 263       * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
 264       * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.
 265       * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
 266       * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
 267       * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.
 268
 269 2003-03-26 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 270       * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
 271       * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly.
 272
 273 2003-03-25 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 274       * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
 275       * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
 276       * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
 277       * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
 278         compilation work.
 279       * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
 280       * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message
 281
 282 2003-03-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 283       * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
 284         hence the user doesn't need this explicit call.
 285         - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
 286           i.e. LoadElements() call removed.
 287       * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
 288         - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
 289       * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
 290         for adding user defined new tags.
 291         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
 292         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
 293           cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)
 294
 295 2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
 296       * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
 297    Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
 298    src/Makefile.am : the project should properly compile and install
 299    with the autotools, included the python wrappers part.
 300       * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.
 301
 302 2003-03-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
 303       * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
 304
 305 2003-03-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 306       * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
 307         to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
 308         for usage).
 309       * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
 310         gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
 311         ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.
 312       * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
 313         moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.
 314
 315 2003-03-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 316       * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
 317         in InstallMode or PreInstallMode but with an environement given
 318         value of GDCM_DICT_PATH.
 319       * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.
 320
 321 2003-03-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 322       * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
 323       * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
 324       * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
 325         should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
 326         any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.
 327
 328 2003-03-05 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 329       * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
 330         gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
 331         gdcmHeader.h
 332       * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
 333         (as opposed to gdcm.h)
 334       * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
 335       * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
 336         the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
 337       * autogen.sh removed history related references to crea package.
 338
 339 2003-03-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 340       * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
 341         bug.
 342
 343 2003-03-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 344       * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
 345         was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
 346         operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
 347         of hidding away the python related distutils specific files
 348         (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
 349         Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
 350         position to setup.py was ../src) which made things impossible to
 351         handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...
 352
 353 2003-02-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 354       * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
 355       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
 356         among the list of sources.
 357
 358 2003-02-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
 359       * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
 360       * modifications in MSVC projects
 361
 362 2003-02-19 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 363       * As stated by the first lines of Test/ExceptionAndPython/README, it
 364         looks like we can move back to original usage of exception within
 365         src/gdcm* and hence remove the errno stuff that was introduced
 366         as a quick and dirty fixture of this problem (added to the TODO).
 367       * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
 368         README file for usage added.
 369       * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
 370         test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
 371         testing the proper parsing of a Dicom related file.
 372         testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
 373       * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
 374       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
 375         - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
 376           whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
 377           Dicom public dictionnary were not accessible without an
 378           instance of class gdcmHeader.
 379         - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
 380           require no instances at all to be invocated.
 381         - within gdcmDictSet this change required to change some method
 382           to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
 383           (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
 384       * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
 385         the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
 386       * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
 387         the above to be effective.
 388       * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
 389         for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
 390       * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
 391         configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
 392         contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
 393         Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
 394         (for python dectection).
 395       * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
 396         now avoids publishing the empty entries.
 397
 398 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
 399       * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
 400         ExtraPath reused :-P
 401       * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
 402
 403 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
 404       * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
 405       * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
 406       * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
 407         and links
 408
 409 2003-01-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 410       * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
 411         method. Doxygenation.
 412       * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments.
 413
 414 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 415       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
 416         shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
 417         when using "python setup.py install".
 418       * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
 419         reexports the working classes.
 420       * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
 421         by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
 422         behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
 423         to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
 424         of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
 425         subdir (see the README file). This problem probably due to
 426         an combination of g++ and dynamic loading.
 427       * added Test/ExceptionAndPython (see above)
 428
 429 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 430       * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
 431         directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
 432         i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
 433         again in a python subdir, but the package itself is now in
 434         python/gdcmPython.
 435       * setup.py was cleaned up:
 436         - pythonIncludePath removed
 437         - python setup.py bdist target is now functional.
 438       * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
 439         collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
 440         accordingly.
 441 2003-01-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 442       * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).
 443       * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
 444         distutils installer is operational.
 445       * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
 446           shadow classes (from gdcm.py).
 447         - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
 448           instead of gdcmPython/demo/load.py.
 449         - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.
 450
 451
 452 2002-12-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 453       * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
 454         GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
 455         entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
 456         information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
 457         dictionary.
 458         - Dicts/dicomV3.dic Entries which had and unspecified fourth field
 459           are now in the "???" group.
 460         - python/gdcm.i changed accordingly,
 461         - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
 462           of the above new functionalities in Python.
 463
 464 2002-12-11 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 465       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
 466         - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
 467           were definitively removed.
 468         - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
 469       * src/gdcmElValSet.cxx:
 470         - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
 471         - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
 472         - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
 473         - Added GetElementByName(string).
 474       * src/gdcmHeader.cxx: added
 475         - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
 476         - GetPubElValRepByName(string)
 477         - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
 478         - GetShaElValRepByName(string)
 479         - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
 480         - GetShaElValRepByName(string)
 481         - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
 482         - GetElValRepByName(string)
 483         - GetElValByNumber(guint16, guint16)
 484         - GetElValRepByName(string)
 485       * Doc/requirements.txt added.
 486
 487 2002-12-9 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 488       * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
 489       * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
 490         pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
 491         the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
 492         file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
 493       * python/testSuite.py changed accordingly.
 494
 495 2002-12-6 Christophe Odet + Hugues Benoit-Cattin + Eric.Boix
 496       * VC++ has some strong limitations when working with the STL, as stated
 497         in http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP :
 498              "Also note that some STL containers (map, set, queue, list, deque)
 499               cannot be exported. [...]
 500               Some STL classes contain nested classes. These classes can not
 501               be exported. [...]
 502               This is caused by a designed limitation that once a template
 503               class is instantiated, it can not be re-instantiated and
 504               exported."
 505         Since our usage of map<> is ubiquitous in gdcm, this "designed
 506         limitation" of VC++ is a pitfall.
 507         Hence the Python wrappers of gdcm cannot be incrementally linked
 508         against the c++ dynamic library. The dirty but only workaround is
 509         to forget about incremental link of dynamic libraries and to generate
 510         the Python wrappers library with the inclusions of the underlying C++
 511         library.
 512         The following modifications concern this matter on Win32/VC++:
 513       - wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
 514          dll under windows !!!!)
 515       - python21_d debug mode enabled (ask Frog how to use it :-)
 516       - NO problem with having an STL member of class for example string in C++
 517         WITH THE RESTRICTION OF FORGETING ABOUT INCREMENTAL LINK.
 518       - Python test of dcmlib in Python is ok under windows on a large set
 519         (one) of image(s).
 520       * removed glib references
 521       * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
 522
 523 2002-11-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 524       * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
 525         that only displays required tags and testAll.py that parses all
 526         the files of the testsuite without using unittest.
 527       * python/testSuite.py other additional test on new files added.
 528       * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
 529       * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
 530         the vr in the file differs from the one of the dictionary.
 531
 532 2002-11-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 533       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
 534         values, but limits itself to values which are below a user specified
 535         size (by default 1024 bytes).
 536       * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
 537         user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
 538         python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
 539         on the unloaded elements (since we have their offset and size).
 540       * python/testSuite.py
 541         - now tests for the existence and proper value of the pixel data
 542         - two new examples added.
 543       * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.
 544
 545 2002-11-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 546       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
 547         aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindeLength().
 548       * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
 549       * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
 550       * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.
 551
 552 2002-11-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 553       * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
 554         the vr was also RET.
 555       * python/testSuite.py more tests added.
 556
 557 2002-11-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 558       * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
 559       * Data/* dcm and acr files for the test suite.
 560       * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
 561         7.18 Integer types (see stdint.h)
 562         - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
 563       * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
 564         implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
 565         concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
 566         too the public or provite dictionaries, since some of their vr
 567         would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
 568         detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
 569         added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
 570         The rest of the changes we the necessary adaptations.
 571
 572 2002-11-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 573       * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
 574         VR files.
 575       * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.
 576
 577 2002-11-8 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 578       * Adaptation for porting to VC++:
 579         - src/gdcm.h
 580           o forced to use std namespace (for string to be known)
 581           o all class use __declspec export style on WIN32
 582         - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
 583           (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
 584       * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
 585         variable GDCM_DICT_PATH.
 586       * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete.
 587
 588 2002-11-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 589       * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
 590         to native Python dictionary.
 591       * python/demo/test.py:
 592         - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
 593         - takes an optional filename argument (the file to parse).
 594       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
 595         PubElVals hashing table.
 596       * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.
 597
 598 2002-11-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 599       * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
 600         newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
 601       * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
 602       * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
 603       * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
 604         from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
 605       * src/gdcmDict::GetTag bug fix.
 606
 607 2002-10-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 608       * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
 609         src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
 610         that we can import de shadow classes without errors].
 611
 612 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 613       * hashtest.cxx removed (since allready in Test)
 614       * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
 615       * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
 616       * src/Makefile prepared for python wrapping
 617
 618 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 619       * src/gdcmHeader.cxx :
 620         - Parsing of header is now separated from loading of element values
 621           (see gdcmHeader::LoadElements).
 622         - general clean up of hopefully all file access (creation of
 623           ReadInt16 and ReadInt32)
 624
 625 2002-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 626       * src/gdcmHeader.cxx :
 627         - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
 628           method.
 629         - SetLgrElem renamed to SetLength
 630         - GetLgrElem renamed to GetLength
 631         - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
 632       * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
 633       * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
 634         due to IdoDude was cleaned out.
 635
 636 2002-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 637       * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
 638         concentrates on finding the value representation (when it exists).
 639         RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
 640         returning the unecessary skL (skipped length).
 641         Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
 642         it was redundant with the File position internals (by using
 643         ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
 644         jajun.
 645       * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
 646         on the libido specificities which are handled through class
 647         inheritance.
 648       * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
 649         added.
 650
 651 2002-10-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 652       * Truckload of changes. Parsing of header is barely functional
 653         (see Test/test) with the standard dictionary (see Dicts/dicomV3.dic).
 654
 655 2002-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 656       * src/gdcmHeader.cxx many addons of low level methods
 657
 658 2002-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 659       * src/gdcmHeader now contains_IdDcmCheckSwap, _IdDcmRecupLgr,
 660         and _IdDcmSWAP_LONG.
 661
 662 2002-09-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
 663       * This corresponds to all the changes decided at the meeting of
 664         May 23 2002. Needless to say we are running late...
 665