]> Creatis software - gdcm.git/blob - ChangeLog
* In order to fix writing of dicom files:
[gdcm.git] / ChangeLog
1 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2     * In order to fix writing of dicom files:
3      - Test/TestWriteSimple.cxx: a simpler example of writing.
4      - Test/CMakeLists.txt changed accordingly.
5      - src/gdcmDocument.cxx:
6        -- The destructor now recursilvely removes potential sequences.
7        -- Bug fix in ::IsJPEG2000()
8        -- ::ReplaceOrCreateByNumber(std::string, guint16, guint16)
9           now handles promotion of gdcmDocEntry to gdcmValEntry in a cleaner
10           manner.
11        -- ::GetValEntryByNumber(guint16, guint16) now defined (as opposed
12           to only declared) and build on top of
13           ::GetDocEntryByNumber(guint16, guint16).
14        -- ::SetEntryByNumber() now uses GetValEntryByNumber(group, element)
15      - src/gdcmElementSet.[h|cxx]: added ::RemoveEntry(gdcmDocEntry *)
16        for usage in destructor and treatement of promotion in
17        ::ReplaceOrCreateByNumber().
18      - src/gdcmSQItem.cxx: destructor should better handle his job.
19       Test/TestWriteSimple now runs (or at least it DOES something).
20     * We can now start hutting memory links. A good starting point is:
21       valgrind -q --skin=memcheck --leak-check=yes --leak-resolution=high
22       --num-callers=100 --show-reachable=yes gdcmTests TestWriteSimple
23       $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm foo.dcm
24
25 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
26     * Valgrind note: after Mathieu Malaterre teached me how to read
27       the valgrind FAQ ;-] (see http://valgrind.kde.org/faq.html), I
28       learned that:
29           Using gcc, you can force the STL to use malloc and to free memory as
30           soon as possible by globally disabling memory caching.
31           With 3.2.2 and later, you should export the environment variable
32           GLIBCPP_FORCE_NEW before running your program.
33       By setting GLIBCPP_FORCE_NEW, STL related memory leak messages of gdcm
34       simply vanish (it is still not clear to me, whether this means that
35       STL std::string leaks or if valgrind believes it leaks...).
36     * Fixing of SegFault of Test/makeDicomDir (as shown by ctest or by
37       running bin/gdcmTests makeDicomDir):
38       - src/gdcmDicomDir.cxx: dynamic casting used + clean up.
39       - Test/makeDicomDir.cxx now properly traps empty lists and returns
40         with 1.
41       NOW, makeDicomDir cleanly fails (in ctest terminology) instead of
42       SegFaulting (I drowned in DicomDir related code when trying to
43       understand why the list is empty...).
44     * src/gdcmDocument.h: first BSD license header try.
45     * Doc/License.txt added.
46
47 2004-06-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
48     * src/gdcmDocument.[h|cxx]:
49       - Clean up of the Transfer related predicates. They are now all based
50         on new method isGivenTransferSyntax, that (should) handle properly
51         the padding problem.
52       - general clean up, simplification, and coding style.
53       - Specific clean up of Parse7FE0() (umproperly named actually).
54     * gdcmPython/testSuite.py: an odd temporary kludge introduced.
55
56 2004-06-14 Jean-Pierre Roux             
57    *  gdcmSeqEntry.cxx
58            - fix the display of Sequence Delimitor (SQDepthLevel pb)
59                 - fix the display of SQItem ordinal number
60       - add the GetSQItemByOrdinalNumber method
61                 - remove some useless never written private methods     
62                 
63 2004-06-14 Jean-Pierre Roux
64    * gdcmBinEntry.cxx 
65       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param
66            - ReplaceOrCreateByNumber now returns :
67               a gdcmBinEntry * if a Binary (void *) value is passed as a param
68                    a gdcmValEntry * if a string value is passed as a param
69    * dcmDocument.cxx
70       - SetEntryByNumber now allows setting gdcmValEntry or gdcmBinEntry, 
71               according to the param type (no longer sets a gdcmDocEntry)
72            - GetValEntryByNumber, GetBinEntryByNumber added
73       - NewValEntryByNumber and NewBinEntryByNumber added
74    * gdcmFile.cxx
75       - Pixel Data are now linked to the (7fe0,0010) elements, after reading
76    * gdcmSQItem.h
77       - GetSQItemNumber and SetSQItemNumber added, to provide 
78             a (relative) Item identier inside a given Sequence
79             \warning : some pb remaining around this number
80                                 will be solved asap
81       - AddEntry now takes the Item Number as a param   
82    * gdcmValEntry.cxx 
83       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param    
84
85 2004-06-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
86     * Memory leak hunt with the following command:
87       valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
88                --show-reachable=yes gdcmTests PrintDocument
89       It looks like many (all?) leaks are due to the STL (or a bad usage
90       of the STL. The lines producing the leaks now have a comment with
91       a "MEMORY LEAK" tag: you can retrieve them with 
92           grep "MEMORY LEAK" src/*
93       Here are two typical examples which I can't help fixing:
94       -----
95           #include <string>
96           int main() {
97              std::string name;
98              char * test = "babo";
99              name = test;    //// <--- valgrind detects 960 bytes lost in
100                              ////   call to std::string::operator=(char const*)
101              name.clear();   //// Doesn't help !
102              return 0;
103           }
104       -----
105           #include <string>
106           #include <iostream>
107           int main() {
108              std::string line;
109              std::cout << "Type a bunch of characters followed by RETURN: ";
110              getline(std::cin, line);   //// <--- valgrind dectects a loss
111                                         //// of 1320 bytes in call to
112                                         /// std::basic_istream<>& std::getline<>
113             return 0;
114           }
115       -----
116
117
118 2004-06-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
119     * src/gdcmHeader.[cxx|h]:
120       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*)
121         and related, moved away to gdcmDocument.
122       - Accessors (on the form [Get|Set]Entry*) set up to expose publicly
123         the corresponding protected accessors of inherited class
124         gdcmDocument, removed ! As a consequence gdcmFile had to be 
125         declared friend of class gdcmDocument (see below).
126       - operator< moved to gdcmDocument (in fact it belongs to gdcmDicomDir).
127       - Clean up of undefined or unused methods.
128     * src/gdcmFile.[cxx|h]: added SetEntryByNumber (in order to take into
129       account the changes to gdcmHeader.h).
130     * src/gdcmDocument.h:
131       - gdcmFile is now a friend class (in order to take into account the
132         changes to gdcmHeader.h).
133       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*) added
134         (see changes to gdcmHeader.h).
135       - Accessors (reading on the form GetEntry*) are now public.
136       - Clean up of undefined or unused methods.
137     * src/gdcmDocument.cxx:
138       - adaptation to changes to gdcmDocument.h
139       - ::OpenFile now writes a verbose message when file cannot be opened.
140       - some std::string properly set to VRKey
141     * src/gdcmDicomDir.h: historical references to gdcmHeader changed to
142       references to gdcmDocument. 
143     * Test/TestFindTags.cxx: changed accordingly to above changes.
144     * gdcmPython/testSuite.py: adapted to renaming of acr files in 
145       cvs repository gdcmData.
146
147 2004-06-09 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
148     * src/gdcmValEntry.h: member voidArea type changed from char* to void*.
149     * src/gdcmBinEntry.h: member voidArea commented out, since it potentially
150       conflicts with gdcmValEntry::voidArea.
151     * src/gdcmValEntry.cxx: unmatching comment wiped out.
152     * src/gdcmVR.[h|cxx]: added two predicates that partition the possible
153       Value representation between StringRepresentable and BinaryRepresentable.
154     * src/gdcmDocument.cxx: 
155       - method ParseDES: proper indentation restored and usage of
156         gdcmVR::IsVROfGdcmStringRepresentable wired in.
157       - method LoadDocEntry: the fingerprint left in the SetValue() of
158         unloaded entries (length > MaxSizeLoadEntry) had curiously been
159         removed. Reverting to previous code segment with the proper
160         dynamic_cast< gdcmValEntry* >.
161         Note: this was (partially) breaking the python test suite
162               (gdcmPython/testSuite.py) that made usage of the above
163               fingerprint to check presence of "Pixel Data".
164     * src/gdcmDocEntry.h: coding style.
165     * gdcmPython/__init__.py: environement variable GDCM_DATA_PATH is
166       now taken into account.
167     * gdcmPython/gdcm.i: adaptation to the new internal representation
168       of gdcm (exit gdcmParser, hello gdcmDocument).
169     * gdcmPython/testSuite.py: quick and dirty fix for loading vtkgdcmPython
170       on posix.
171     * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: doesn't use the gdcmDocument::Print()
172       anymore, but instead prints the loaded Python dictionary.
173     * .... alas, the python testSuite is still broken.
174
175 2004-05-18 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
176     * gdcmPython/gdcm.i : remove useless lines concerning the gdcmGlobal 
177       gdcmGlob
178     * gdcmPython/setup.py : replace the use of cvar.gdcmGlob to gdcmGlobal
179     * src/gdcmUtil.h : export methods
180
181 2004-05-16  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
182     * Some more cleanup/enhancement in gdcmPython/CMakeLists.txt getting close
183       to right behavior
184     * Initial addition of automatic python testing
185     * Initial addition of automatic image comparison
186
187 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
188     * src/gdcmCommon.h, gdcmDicomDir.cxx, gdcmFile.cxx, gdcmHeaderHelper.h,
189       gdcmParser.cxx, gdcmParser.h : bug fix for the Microsoft .Net compilation
190
191 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
192      * src/gdcmFile.cxx, gdcmHeader.cxx : bug fix for the msvc compilation
193      * Test/ShowDicom.cxx : bug fix for msvc compilation
194      * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : bug fix for msvc compilation
195
196 2004-05-04 Jean-Pierre Roux
197      * ADD Taking into account the 'Dicom Sequences' leads up to introduce
198        new concepts (and new classes) :
199        a 'gdcmDocument' is composed of a set of Doc Entries, that are
200         - elementary gdcmDocEntries (former gdcmHeaderEntries)
201         - Sequence Doc Entries (gdcmSeqEntries)
202        a Sequence is composed of Items.
203        Each item is a set of Doc Entries (this is recursive)
204        The non uniqueness of the 'Dicom tag' is due to this recursivity
205        (never taken into account)
206        Our unability to add a new 'entry' in the header
207        at the proper location (neither in the H-Table (map or multimap),
208        nor in the Chained List is also due to this recursivity.
209        Don't try, right now, to use/modify/compile these new sources :
210        nothing is finished.
211        We just commit all the stuff, 'as is', in order not to loose it.
212
213 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
214      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix in the setting of file name
215      
216 2004-05-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
217      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading a list of files using the
218        file prefix (SetFilePrefix)
219
220 2004-05-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
221      * Add a new test: ShowDicom, for now this is just the c++ version of
222        checkRead.sh, later it will be able to compare the image read against a
223        baseline.
224      * Replace the DEBUG on the stack with a global entry in cmake interface:
225        GDCM_DEBUG, so you can turn verbosity ON/OFF for debug statement.
226
227 2004-04-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
228      * Add an example subdir, with a real example on how to read + write a 
229        dicom image
230
231 2004-04-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
232      * Doc/gdcmUML.xmi added raw UML class view (umbrello format)
233      * Doc/CMakeLists.txt: the main page is now properly differentiated
234        between the developper and user version.
235      * Doc/doxygen.config.in: dropped search related obsolete flags
236      * src/gdcmParser.h, gdcmHeader.h: doxygenation
237
238 2004-04-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
239      * DEVELOPPER: added some helpfull comments for compile/test/install
240        when using cmake.
241
242 2004-04-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
243      * ENH: 1. Remove remp solution of gdcmTests.cxx+ gdcmMain directly in 
244                src directory, now generated in the build dir.
245             2. Tests as mentionned smarter
246             3. Some clean up
247             4. Add a new method in gdcmDict that return the PubDict by name 
248           this is interesting for 3rd party lib like ITK, 
249           where we could set the institution name / patient name...
250
251        * ENH: 1. Now the test suite is working for real
252               2. All binaries are now output in the gdcm-bin directory 
253                  (this was not true before)
254
255 2004-04-28  Jean-Pierre Roux
256      * ENH add the provisional  gdcmHeader::SQDepthLevel to allow 
257            SeQuence indented printing of Dicom Header.
258      * ENH merge methods gdcmParser::Parse and gdcmParser::LoadHeaderEntries
259            into the single gdcmParser::LoadHeaderEntries for efficiency purpose.
260            Computation of SQDepthLevel is now part of gdcmHeader constructor
261      * ENH add self defined param 'new' to PrintHeader to 'show' the SeQuence
262            tree-like structure of a Dicom Header.
263      * FIX Test code cleaning     
264            
265 2004-04-25  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
266      * ENH: Adding automatic testing
267        1. Need a DartConfig.cmake to submit to public
268        2. Add a test driver gdcmTest.cxx
269        3. gdcmTestMain, an helper for the main test driver gdcmTest
270        4. Files in Test don't have a main anymore, this becomes interesting 
271           when we add more and more tests, thus dsw don't have to load 
272           too many projects
273      * ENH: Adding a GDCM_DATA_ROOT for testing
274      * ENH: Remove redundancie about GDCM_DICT stuff, now we only need to modify
275        one file instead of seven + some small cleanup
276
277 2004-04-22  Jean-Pierre Roux
278      * ENH Minor changes to the Print() methods.
279      * ADD gdcmParser::PrintEntryNiceSQ() to allow SQ-indented
280            Header printing. Example given with :
281            > PrintHeader fileName  2 new
282           (SQ based tree-like structure still to be done for the Header ...)
283            
284 2004-04-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
285      * ENH: Some cosmetic clean up for compilation with -W -Wall -Werror
286          1. I have added some unsigned where needed
287          2. Some function parameter not used -> (void)
288          3. In gdcmDicomDir.cxx, add GDCM_DICOMDIR_NONE case
289          4. g++ don't like character '\' in comment
290          5. #define jpeg_create_decompress  jCreaDecompress
291                     this really need to be fixed
292          6. virtualize destructor of gdcmObject ... leakage
293          7. sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); 
294                     this also really need to be fixed
295          8. gdcm/src/jpeg/libijg8/CMakeLists.txt, 
296                     remove compression file 
297                     (as we only do decompression, right ?)     
298      * ENH: Change malloc/calloc/free with c++ equivalent
299
300 2004-04-21  Jean-Pierre Roux
301      * FIX gdcmHeaderHelper::GetXSpacing
302            when a single value is found (bug ?), xpacing is now 
303            defaulted to yspacing
304            
305 2004-04-19  Jean-Pierre Roux
306      * ADD gdcmData/Wrist.pap (PAPYRUS 3.0 -single frame-) for checking purpose
307      * ENH add parameters :
308                bool  exception_on_error = false, 
309                bool  enable_sequences   = false,
310                bool  ignore_shadow      = false
311            to the gdcmFile constructors to be full gdcmParser compliant
312      * FIX vtk/vtkGdcmReader.cxx now uses  enable_sequences = true in gdcmFile
313            to allow reading of PAPYRUS 3.0 files 
314               
315 2004-04-06  Jean-Pierre Roux
316      * ADD gdcmData/E00001S03I0015.dcm for SQ checking purpose
317      
318 2004-04-02  Jean-Pierre Roux
319      * ADD : Test/checksequence.sh, for a general recap on SQ pb
320      * FIX : gdcmParser::WriteEntryTagVRLength emprovement of special treatement
321              for Philips spurious Tag fffe|0000 while rewritting Dicom files
322              
323 2004-03-30  Jean-Pierre Roux
324      * FIX gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber shouldn't seg fault any more 
325          for ACR file, written out as DICOM files (hope so...)
326
327 2004-03-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
328      * src/gdcmParser.[cxx|h] and gdcmHeader.[cxx.h]: gdcmHeader::Write split
329        in WriteEntryTagVRLength and WriteEntryValue. Those methods were
330        moved to base class gdcmParser and only the specialisation is kept
331        in gdcmHeader.
332      * src/gdcmParser.[cxx|h]: ReplaceOrCreateByNumber(char*, guint16, guint16)
333        trashed out (because ReplaceOrCreateByNumber(string, guint16, guint16)
334        already does the job.
335      * src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: WriteDicomDirEntries renamed to WriteEntries
336        (to be consistent with gdcmParser::WriteEntries).
337
338 2004-03-30 Benoit Regrain
339      * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : fix the read of 3 gdcmHeader when making an
340        upate of the object's instance. It's passed to 2 in the unfavorable
341        case : one in the ExecuteInformation, one in the ExecuteData
342
343 2004-03-29  Jean-Pierre Roux
344      * ENH : Check on file type to be written moved
345              from gdcmParser::WriteEntry to gdcmParser::WriteEntries
346      * FIX : gdcmObject::ResetBoundaries now stops properly
347              when end-of-list is reached
348            : gdcmVersion modified (as Benoit Regrain asked)
349
350 2004-03-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
351      * src/gdcmParser.cxx: removal of all TAB character. Indentation fixed.
352      * src/gdcmUtil.cxx: added forgotten iostream include.
353      * src/gdcmCommon.h: FileType enum entry DICOMDIR removed (since
354        equivalent to ExplicitVR in existing code).
355
356 2004-03-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
357      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmGlobal.[cxx|h]
358        now contains all the gdcmGlobal related code.
359      * minor coding style and doxygenation changes.
360
361 2004-03-26  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
362      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmDebug.[cxx|h]
363        now contains all the Debug related code.
364      * minor clean-up of includes in src/*.cxx
365      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _cleanString C style function (replaced with
366        CreateCleanString) removed.
367      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _CreateCleanString renamed to CreateCleanString
368      * Doc/DoxyMainPageUser.txt added.
369      * Doc/Doc/DoxyfileUsers updated to version 1.3.4 of Doxygen.
370      * src/gdcmCommon.h now defines getcwd for Win32 (moved away from
371        src/gdcmDirList.cxx)
372
373 2004-03-24  Jean-Pierre Roux
374      * FIX a lot of little surface modifications to be doxygen 1.3.6 compliant
375
376 2004-03-23  Jean-Pierre Roux
377      * FIX Now gdcmFile::SwapZone doesn't seg faults any longer for
378            big endian made volumes
379      * ENH Now gdcmParser constructor and destructor are protected to forbid
380            end user to instanciate class gdcmParser
381           (only gdcmHeader and gdcmDicomDir are meaningfull)
382
383 2004-03-22 Benoit Regrain
384      * FIX : src/gdcmDicomDir.cxx : make windows compilable
385      * FIX : gdcmPython/gdcm.i : change gdcmStudy to gdcmDicomDirStudy and
386              gdcmSerie to gdcmDicomDirSerie
387
388 2004-03-19  Jean-Pierre Roux
389      * ENH Now the tree-like structure describing a DICOMDIR comming from
390            an already existing DICOMDIR file is consistent with
391            the home-made tree-like structure build ex-nihilo
392            or build from the files held (recursively) in a Directory
393            functions gdcmDicomDir::CheckBoundaries()
394            gdcmObject::SetBoundaries() added
395
396 2004-03-17  Jean-Pierre Roux
397      * REM (Eric Boix bug) : removal of meaningless
398                              gdcmDicomDirImage::NewImage function.
399      * FIX now file names and directory name are written properly in the
400            DICOMDIR
401      * FIX now gdcmDicomDir constructor may be call without any trick
402            about the name
403
404 2004-03-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
405      * FIX (JPR bug) : src/gdcmDicomDirImage.cxx added missing definition
406                        of gdcmDicomDirImage::NewImage as empty function.
407
408 2004-02-28  Jean-Pierre Roux
409      * ENH add gdcmDicomDir:NewPatient
410            add gdcmDicomDirPatient:NewStudy
411            add gdcmDicomDirStudy:NewSerie
412            add gdcmDicomDirSerie:NewImage
413            to allow making gdcDicomDir object.
414      * ADD PrintDicomDir executable that uses gdcmDicomDir tree-like structure
415           (as opposite to the gdcmHeader chained list)
416
417 2004-02-11 Benoit Regrain
418      * FIX : memory leaks and the set of ArgDelete methods in gdcmDicomDir
419              when using from python
420
421 2004-02-10 Benoit Regrain
422      * FIX : bug fix in the gdcmDirList for the recursivity in directories
423      * FIX : in gdcmDicomDir when the directory is empty
424      * ENH : add callback and methods to get the progression of dicomDir
425              directory parsing
426
427 2004-02-06 Jean-Pierre Roux
428      * ENH : - now gdcmDicomDir::CreateDicomDir() returns also the meta elements
429              - GDCM_META added to gdcmDicomDirType
430              - class gdcmMeta created
431      * ENH : - A brief summary is now displayed at the beginning of
432              'testDicomDir' to help disaster magnitude estimation
433      * REM : Now useless Test/explDICOMDIR.cxx
434
435 2004-02-05 Benoit Regrain
436      * ENH : add methods in gdcmObject to get the hash table or the list of
437              header entries
438      * FIX : wrapping python for ListPatient, ListStudy, ListSerie, ListImage
439      * FIX : wrapping python for TagHeaderEntryHT
440
441 2004-02-04 Benoit Regrain
442      * FIX : even length for some strings when writting the dicom dir
443      * FIX : sort the images in the dicom dir
444      * FIX : Bug fix for python use of dicom dir
445      * ADD : a python demo
446
447 2004-02-04 Jean-Pierre Roux
448      * FIX : Final solution (?) for icone embedded images
449      * FIX : dicomVR.dic Overlay group is not *only* 6000, but 60xxx
450              (see http://medical.nema.org/dicom/2003/03_06PU.PDF)
451              add groups 6002, 6004, 6006, to allow 'clean' parsing of
452              gdcmData/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1
453      * ENH add gdcmData/checkWriteExplicit.sh gdcmData/checkWriteImplicit.sh
454            to make full checking easier
455         
456 2004-02-04 Benoit Regrain
457      * FIX : WriteEntries : coding style & logic in parameters
458      * FIX : Set the elements to create the DicomDir in a dictionary file
459
460 2004-02-03 Benoit Regrain
461      * gdcmDirList : to parse a hard drive directory in recursive (or not)
462      * gdcmDicomDir : add the load of directory
463      * Bug fix and print add-on
464
465 2004-02-03 Jean-Pierre Roux
466      * ENH gdcmParser : allows "DICM" files, with NO group '0002'
467      * FIX handling 'non string elements' unsecure area (LUT, overlays, etc)
468      * FIX Dicts/dicomV3.dic : Add a few missing 'group length' Elements 
469      * FIX gdcmParser.cxx : 'group length' elements are now considered 
470            as integers, even for shadow groups, when file is Implicit VR
471         
472 2004-02-02 Jean-Pierre Roux
473      * FIX : gdcmWrite : equal_range() for multimap doesn't return a 'second' 
474              iterator on last
475              of the last synonym :-(
476      * FIX : gdcmWrite::WriteBase : method stops if Pixels not yet Read (except 
477              for DICOMDIR ;-)
478      * ENH gdcmData/checkWrite.sh :modif for full check of Explicit VR writting
479      * FIX taking into account the possible 7fe0,0010 multiplicity        
480      * FIX add GRPixel,NumPixel,countGrPixel (gdcmParser protected members)
481            to allow removal of references to 7fe0,0010, to deal with
482       ACR-NEMA images, when 0028,0200 is meaningfull
483
484 2004-01-31 Jean-Pierre Roux
485      * FIX gdcmParser::WriteEntries : when a VR is tagged as 'Unknown'
486            no longer writes 'Un' on disk
487      * FIX SQ elements with actual length are now dealt with corectly
488      * FIX gdcmFile::WriteBase make the difference, for color images, between
489            the length (for Palette expanded images)
490            and Raw Length (non expanded image + Palette)
491      * FIX Dicts/dicomV3.dic : removal of 'CTX' (context dependant) VR
492            (that broke Write). Replaced by UL.
493            Aware user will reload the field if he 
494            thinks it's necesssary
495              
496 2004-01-30 Jean-Pierre Roux
497      * gdcmParser::CheckSwap() now defaults the filetype to ACR 
498        when 'dirty Acr' is found, to be compliant with the new 
499        IsReadable() methods.
500        
501      * gdcmHeaderHelper :add Pixel Type 'FD', for dealing with 'double' images.
502       (no DOUBLE images in kosher DICOM, 
503       but so usefull for people that miss them ;-)
504       
505      * add Test/testDicomDir.cxx, Test/makeDicomDir.cxx , Test/explDICOMDIR.cxx
506        DICOMDIR related utilities (not checked as Windoze compliant)
507
508 2004-01-28 Jean-Pierre Roux
509      * upgrade GdcmHeaderEntry Print Method for DICOMDIR
510
511 2004-01-27 Jean-Pierre Roux
512      * gdcmParser constructor has a new boolean param,'ignore_shadow', 
513              to allow skipping the shadow elements, to save memory space.
514         The TRUE value for this param has to be used 
515         with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
516         ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
517      * gdcmHeader methods now deal with 'embedded icones images' in the header
518              (even when an 'icone image sequence' is announced by the 
519         element (0x0088,0x0200), but there is NO icone at all ...
520         
521      * gdcmHeader sometimes Image Location value doesn't follow  
522              the supposed processor endianity (see gdcmData/cr172241.dcm).
523              Fixed
524
525      * gdcmHeader add the method
526              IterHT  GetHeaderEntrySameNumber(grPixel,numPixel);
527         to get *all* the Header Entries with the same tag.
528         GetHeaderEntrySameName is probabely *useless* 
529         (no meaning : Name is *not* an identifier within the Dictionnary)
530
531 2004-01-26 Benoit Regrain
532      * Bug fix in the print of hexadecimal representations. Remove long fields 
533        in the print and add a third level of print to print them
534
535 2004-01-23 Benoit Regrain
536      * Bug fix on field having a VR = 'UI'. Assume that is a string field
537      * Bug fix on test suite after remove the strip made on not string fields
538      * Split the IsReadable method between gdcmParser which test that the file
539        is dicom and gdcmHeader which test that it's an image file
540
541 2004-01-22 Benoit Regrain
542      * DicomDir : clean code, add methods, set variables in protected or private
543      * gdcmUtil : bug fix for the clean string method
544
545 2004-01-19 Benoit Regrain
546      * Add the use of shadow dictionaries
547      * bug fix and coding style
548
549 2004-01-19 Benoit Regrain
550      * src/gdcmFile.cxx : bug fix concerning the close of file
551      * src/gdcmParser.[h|cxx] : remove obvious Pub informations
552      * Add the update of header entries using the shadow library
553
554 2004-01-19 Benoit Regrain
555      * removal of file gdcmHeader2.cxx
556      * split class gdcmHeader into gdcmParser and gdcmHeader, with gdcmHeader
557        inheriting from gdcmParser. This split is to prepare the integration
558        of dicom dir parsing
559      * bug fix under python
560
561 2004-01-16 Jean-Pierre Roux
562     * REM removal of class gdcmHeaderEntrySet
563     * REM removal of files gdcmHeaderEntrySet.cxx, gdcmHeaderEntrySet.h
564     * ADD add file gdcmHeader2.cxx 
565     * ADD add method gdcmHeader::SetPrintLevel (for PrintHeader)
566
567 2004-01-15 Benoit Regrain
568      * src/gdcmDicSet.[h|cxx] : add virtual entries to have a reference of
569        entries created while parsing the header. Thus, they will be destroyed
570        when the gdcmDictSet will be destroyed
571      * src/gdcmHeader.cxx, gdcmHeaderEntrySet.cxx : uses virtual entries of
572        gdcmDictSet
573
574 2004-01-15 Benoit Regrain
575      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix : before, with python only, the program
576        made a fatal error because of the memory release at the end of program.
577        The problem was in vtkGdcmReader::ExecuteData where we were allocate
578        some memory and vtk seems to have some problems with that.
579      * src/gdcmHeaderEntrySet.cxx : bug fix for std lib and cout
580
581 2004-01-14 Benoit Regrain
582      * src/gdcmHeaderEntry.[h|cxx] : gdcmElValue -> gdcmHeaderEntry
583      * src/gdcmHeaderEntrySet.[h|cxx] : gdcmElValSet -> gdcmHeaderEntrySet
584      * src/*.[h|cxx] : make changes due to class name changes
585      * gdcmPython/demo/*.py : bug fix due to method names
586
587 2004-01-13 Benoit Regrain
588      * src/*.[h|cxx] : coding style
589      * vtk/*.[h|cxx] : coding style
590
591 2004-01-13 Benoit Regrain
592      * gdcmPython/testSuite.py : test the readable flag of file for tests
593      * src/gdcmDict.cxx, gdcmElValSet.cxx : bug fix under windows for prints.
594        It's lied to the stl compilation by MSVC (windows, always windows...)
595      * src/gdcmIdo.h, gdcmHeaderIdo.cxx : remove the Ido unused files
596
597 2004-01-12 Benoit Regrain
598      * src/*.h : add comments
599      * src/gdcmDictSet.h : set the method BuildDictPath in public
600      * src/gdcmTS.cxx, gdcmVR.cxx : use now a dictionnary file other than to be
601        directly setted in the source code
602      * Dicts/dicomTS.dic, dicomVR.dic : 2 new dictionnary files loaded by
603        gdcmTS and gdcmVR
604
605 2004-01-09 Benoit Regrain
606      * gdcmPython/gdcmVersion.py : add a gdcmVERSION variable information
607      * setup.py : use a reference to gdcmVERSION
608
609 2004-01-07 Benoit Regrain
610      * Modification to compile with the distutils.
611      * Bug fix in code
612
613 2003-12-10 Benoit Regrain
614      * gdcmHeader is now aggregating gdcmFile, and not derived into. Thus, we
615        can use a gdcmHeaderHelper to load datas
616      * gdcmPython/testSuite.py : make the testSuite compliant with modifications
617        made in the source code
618
619 2003-12-10 Benoit Regrain
620      * Update Windows projects and .cvsignore files
621
622 2003-11-12 Jean-Pierre Roux
623      * ENH gdcmHeader constructor has one more parameter (default value : false)
624            that allows the user to 'go inside' the SeQuences only
625            if he wants to.
626            gdcmElValSet:Print takes it into account
627
628 2003-11-12  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
629      * ENH: Update gdcmPython/CMakeLists
630      * FIX: (gdcmHeaderHelper) GetRescale and GetSlope
631      * FIX: (gdcmElValSet) char 'tag' was overiding private members (VC++)
632
633 2003-11-10 Jean-Pierre Roux
634       * FIX : gdcmHeader::LoadElements is now based
635              on the ListTag listElem member,
636              not longer on the TagElValueHT tagHt member
637       * ENH : PrintPubElVal shows (temporarily) both results,
638              with the tagHt member and the listElem member.
639              (it's easier to 'see' the problems when using Printheader)
640
641       * FIX : old private member LgrElem is now splitted into
642              ReadLength   : Length actually found on disk (updated only
643                             if bug fixing is necessary), for internal
644                             use only
645              UsableLength : Updated by FixFoundLength, to fix a bug
646                             or to allow Parser going on.
647              Will allow to re-write a kosher header when a SeQuence
648              with a length (not 0000) is found
649       Warning : gdcmFile::Write still uses the TagHt (not ListElem)
650                 because gdcmElValSet::Add does not update ListElem
651                 (to be written)
652
653 2003-11-07 Jean-Pierre Roux
654      * FIX misstyping in Transfert Syntax name table
655      * ENH gdcmHeader::FixFoundLength now allow to 'go inside' tge SeQuences
656           when they have an actual length (not 0000 nor FFFFF)
657      (Nobody should care of it, but DICOMDIR explorers)
658
659 2003-11-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
660      * ENH: vtkgdcmViewer now works with LUT dicom (OT-PAL-face ...)
661
662 2003-11-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
663      * ENH: vtkGdcmReader now supports LUT !
664           (vtkgdcmViewer for now is not able to use them though)
665
666 2003-11-05 Jean-Pierre Roux
667      * in testSuite.py : new files names for checking the package
668      * FIX : Forgot to commit gdcmFile::GetImageDataSizeRaw();
669              that returns the pixel area size to the *aware* (vtk) user
670              that DOESN'T want to turn the PALETTE COLOR image into an RGB image
671
672 2003-11-05 Benoit Regrain
673      * in testSuite.py : Modify the rules for checking the paths
674                        : Explicit error messages
675      * in __init__.py  : Related modif
676
677 2003-11-03 Jean-Pierre Roux
678      * add gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
679            to be used by aware (vtk) users that want to manage
680            LUT (and no to turn the PALETTE image into an RGB pixels one)
681      * GetPixelType now returns 8U for 24 Bits images
682                     (vtkGdcmReader compliant)           
683       
684 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
685      * Removal of *all* gdcmData images and add them again
686        in order to loose the 'history' of un-anonymised images
687        
688 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
689      * RMV : removal of useless jBitsInJsample.h 
690            for both 8 and 12 Bits JPEG Lossy Libraries
691
692 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
693      * ENH : Add the functions gdcmFile::GetImageDataRaw 
694                                gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw
695              that act as GetImageData and GetImageDataIntoVector
696              except the making of an RGB Plane from Gray Plane + LUT
697              Intended to aware (vtk) users who know how to manage
698              such an image :
699              After gdcmHeader :
700               GetLUTRGBA return a R,G,B,A LUT if any
701               lgrTotaleRaw gives the 'Raw' length
702               GetImageDataRaw returns the gray Plane
703      * FIX : no more dirty trick for 'Segmented xxx Palette Color Lookup' images
704              (They stay Grey, just like with other Dicom viewers :-(
705
706 2003-10-30 Jean-Pierre Roux
707      * FIX : a VC++ intended syntax modif broke the 12/12 Bytes expanding
708              
709 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
710      * ENH: Can be used like this '$vtkgdcmViewer *.dcm' with *.dcm 
711            being coherents dicom files.
712      
713 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
714      * FIX: DOH ! Forgot about windo$e users, they couldn't read lossless jpeg,
715            from medcon lib !
716      * ENH: Turn it into DOS file type to match libgdcmijpeg8.dsp file type 
717      * ENH: Two steps is necessary to please VC++ compiler...
718      * FIX: DOH ! libgdcmijpg8 -> libgdcmljpeg
719      * ENH: Add include dir to medcon lib
720      * FIX: only one function is being exported for now ! 
721            You should use GLOBAL(return type) see ljpg/jpeg.h for more info
722             
723 2003-10-29 Jean-Pierre Roux
724       * adding  gdcmHeader::GetLUTRGBA
725         returns a 4 * 256 Bytes Reg/Green/Blue/Alpha vtk compliant LUT
726           --> Mathieu, the modif u're waiting for is not yet committed
727       * removal of now useless GetLUTRed,GetLUTGreen,GetLUTBlue,GetLUTRGB
728
729 2003-10-27 Jean-Pierre Roux
730       * adding some xmedcon breaker files (courtesy of Loïc Boussel)
731         00191113.dcm DermaColorLossLess.dcm
732         MxTwinLossLess.dcm RadBWLossLess.dcm
733       * ENH: For version prior to vtkImageViewer2 -r 1.19
734       * FIX: avoid pb with xmedcon-breaker CT McTwin Elscint images
735
736 2003-10-27  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
737       * Removal of ido stuff in CMakeLists.txt
738                                                
739 2003-10-24  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
740       * ENH: vtkGdcmReader.cxx can now read multiframe dicom
741       * FIX: remove a call to ->Modified ... see comments
742       * FIX: vtkgdcmViewer.cxx was writting ASCII file...this is so slooooow !
743       
744 2003-10-23  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
745       * FIX: Problem with path for libvtkgdcmPython
746       * ENH: Try adding a search script for python site-package
747       * RMV: Remove some file from medcon lib that are not necessary
748       * FIX: gdcm/Makefile.am fix for generating ljpg medcon
749       * ENH: CMakeLists.txt now generate 'pygdcm.so' instead of 'libpygdcm.so'
750       * FIX: More pragma disable fro VC++, 
751              I don't think I break something as it is also disable in VTK/ITK.
752         But it fasten debug compilation time.
753             
754 2003-10-23 Jean-Pierre Roux
755       * gdcm now deals with 16 Bits Run Length Encoded images
756         (they are compressed as 2 planes images, 
757          one for the high Bytes, the other for low Bytes)
758
759 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
760       * Now CheckRead takes into account :
761          - the bugged 'Leonardo' Siemens images
762          - the XA images, sent thru the burning VPRO station
763       * add I9000001.dcm, a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
764        (breaks DicomWorks)
765
766 2003-10-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
767       * FIX: When copying a Makefile.am to CMakeLists.txt 
768              one should remove the '\'
769         
770 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
771       * in gdcmData adding a bugged 'Leonardo' Siemens image 
772         (wrong lengths in header)
773         OK with gdcm, KO with the other viewers :-)
774       * add a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
775         (breaks DicomWorks)
776
777 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
778       * in gdcmData add the checkvtkgdcmViewer.sh shell script 
779         for a brutal checking of vtkgdcmViewer compliance
780
781 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
782       * add the files for 'xmedcon' Jpeg Lossless library
783       * call of 'xmedcom' Jpeg Lossles libray (instead of the old LibIDO one)
784
785 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
786       * 'Compacted Files' (12 Bits Allocate, 12 Bits Stored) are now dealt with
787      
788 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
789       * garbage Siemens 'Leonardo' images dealt with
790         (the patch is easy to remove)
791       * cosmetic changes to avoid warnings
792       
793 2003-10-20  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
794       * ENH: vtkgdcmViewer now autoscale color/window level on start-up, 
795         no need to press 'r' now.
796    
797 2003-10-20  Jean-Pierre Roux
798       * upgrade of checkRead.sh checkWrite.sh according
799         to new Jpeg Lossless decompressor
800       * add US.3405.1.dcm, a genuine RGB medical file ...
801       * add gdcm-ACR-LibIDO.acr, unnormalized Rectangular LibIDO format image
802       * add CLIP0001-Sequoia-U11.dcm, US 'Clip', from SEQUOIA machine,
803                                                   UNIT 11, Hop Cardio              
804 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
805       * general anonymisation in gdcmData
806       * adding the 'color files' from
807         http://www.leadtools.com/SDK/Medical/DICOM/ltdc19.htm
808       * adding some well knowed bugged-header images
809       * adding checkRead.sk, checkReadColor.sh, checkWrite.sh,
810         waiting for their inclusion in Python testsuite
811
812 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
813     * gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error)
814       no longer seg faults when file is not found
815
816 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
817      * Emprovement of reading for Dicom encapsulated Jpeg LossLess 
818        MultiFrame images
819
820 2003-10-14  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
821      * TODO: *.in file to genereate a UseGDCM later
822
823 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
824      * Some supposed-to-be Dicom Images have no preamble.
825         OpenFile takes it into account
826      * Jpeg LossLess 24 Bits images doesn't break any longer gdcm
827      * Missing elements added in dicomV3.dic
828       (just to be affraid : have a look at
829        ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2003/01v03dif/01v03_06.pdf
830        and do it again next year ;->
831
832 2003-10-13  Jean-Pierre Roux
833      * According to PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619, when each pixel of 
834        a PALETTE COLOR is stored on 2 Bytes, theese 2 Bytes must be equal.
835        But there are NOT. It's fixed !
836        
837 2003-10-13  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
838      * FIX: "jpeglib.h" was not found on VC++
839      * FIX: vtkgdcm was not being installed 
840          
841 2003-10-10  Jean-Pierre Roux
842      * ENH : OpenFile closes the file if it *really* doesn't look like
843              an ACR-NEMA / DICOM one.
844      * FIX : testWrite no longer writes an empty file if the source file     
845              is not gdcm Readable
846      * ENH : One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" 
847              is now decoded.
848         
849 2003-10-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
850      * FIX: CMake generate now documentation
851      * ENH: out of source doc build !
852      * ENH: Generate both user and dev documentation
853      * ENH: Should work on windows too
854      * ENH: Only one doxygen config.in file is needed 
855      * FIX: make install should be ok now on Ã¹nix plateform
856      * FIX: PATH to dictionary was wrong (missing /)
857      * ENH: OpenFile, return true if the file looks like an ACR or DICOM file 
858                      
859 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
860      * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
861      * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
862      * added a gdcmViewer to vtk test, use mouse to control 
863         window level & window width
864
865 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
866      * CMake-ification of gdcm, we have now two build system
867      * FIX: on cygwin Wsock32 doesn't exist
868      * FIX: force jpeg dir to the local one (gdcm/src/jpeg)
869      
870 2003-10-06  Emanuel Ollart
871      * FIX : compilation process wad broken.
872              Changed gdcmViewer_sources to vtkgdcmViewer_sources
873         
874 2003-10-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
875      * change gdcmViewer -> vtkgdcmViewer
876      * change GetXSpacing and GetYSpacing "%f\\%" is parsed backward
877      
878 2003-10-06  Jean-Pierre Roux
879      * FIX :A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
880            ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
881                  : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
882       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
883
884 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
885       * Odd length strings are padded with '\0' (not with spaces, 
886         to remain compliant with already defined strings, 
887         like Transfert Syntax UID and others)
888
889 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
890       * ENH :gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
891              to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
892         
893 2003-10-03  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
894       * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
895       * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
896
897 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
898       * A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
899         ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
900               : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
901       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
902
903 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
904       * One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" is now decoded.
905
906 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
907       * gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
908         to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
909
910 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
911       * gdcmFile::GetImageDataIntoVector now
912          - deals with MultiFrames MultiFragments Run Length Encoded files
913          - deals with YcBcR (YBR_FULL) files
914          - deals with YBR_YBR_FULL_422 files (they work as RBG files ?!?)
915           WARNING : nothing was checked for YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, 
916                                             YBR_RCT files.
917           (no sample found :-(
918
919 2003-10-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
920       * src/*.cxx removed pragma thingies to src/gdcmCommon.h
921         Two reasons: - clear things
922                      - third parties acces gdcm through header files, so won't
923                        suffer anymore VC++ complains
924
925 2003-09-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
926       * add argv[1] in testvtkGdcmReader.cxx
927       * removed leaks
928
929 2003-09-24 Jean-Pierre Roux
930       * The lines are now eigthy characters long.for 
931         gdcmHeader.cxx gdcmHeaderHelper.cxx gdcmParse.cxx 
932
933 2003-09-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
934       * src/gdcmUtil.[cxx|h] : change the _CreateCleanString return value from
935         char* to std::string. Thus, the use of strdup becomes useless. (see
936         previous commis of Malaterre)
937       * src/gdcmElValSet.cxx : reuse commented call to _CreateCleanString like
938         before the last Malaterre's commit.
939
940 2003-09-19  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
941       * This commit should fix the Debug building under VC++, the problem
942         was mainly a mixture of debug and release lib being loaded at startup.
943       * I also remove a depency to a specific C function: strdup. Because I had
944         to force the link to msvcrtd (whereas strdup is in libc).
945
946 2003-09-16  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
947       * "gdcm::Unfound" string changed to a constant variable (GDCM_UNFOUND)
948         located in the gdcmCommon.h file. All use of reference of tha has been
949         changed to now use the variable GDCM_UNFOUND.
950
951 2003-09-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
952       * Cosmetic changes:
953         - gdcmPython/testSuite.py adapted to the JPR updated Dicts/dicomV3.dic
954           Dicom dictionary. The test suite can now be run again. Note:
955           I'm note very happy with the " (RET)" changes. I believe this
956           RETAINED comment should be dropped when parsing the dictionary.
957         - PACKAGER corrected
958         - DEVELOPPER added.
959         - AUTHORS updated and now in alphabetical order
960       * Makefile.am now exports gdcm.dsw for Windoze users.
961
962 2003-09-11  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
963       * cygwin complains about missing std:: in subdir Test/
964
965 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
966       * remove some methods that are now in gdcmHeaderHelper
967
968 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
969       * vtkGdcmReader set spacing and origin correctly
970
971 2003-09-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
972       * Fix a few delete/delete[] mismatch
973
974 2003-09-08  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
975       * src/gdcmHeaderHelper.[h cxx]: added new class that provide an
976         interpretation to data given by gdcmHeader. For instance there are
977         heuristics to get informations (look at different places).
978       * it also include a specific class: gdcmSerieHeaderHelper devoted to
979         sorting DICOM images based on different strategies.
980       * modified Makefiles accordingly.
981
982 2003-09-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
983       * src/*.cxx : added pragma disable 4786/4251 to get rid of ~4300 warning
984         when building in debug mode
985       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : change /MT -> /MD and /MTd -> /MDd to match
986         src/win32/gdcmdll.dsp
987       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : added /nodefaultlib "mscvrt" for debug mode
988
989 2003-08-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
990       * Corrected a leak in vtkGdcmREader.cxx, the pSource was find thanks
991             to valgrind.
992
993 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
994       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp was not dos format
995       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp : 
996                   libgdcmijpeg12_EXPORTS -> LIBGDCMIJPEG12_EXPORTS
997       * src/win32/gdcmdll.dsp: + /I "..\jpeg\libijg12"
998
999 2003-07-29 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1000       * src/gdcmHeader.h : add std:: prefix for stl elements... like others in
1001         the file
1002       * src/gdcmFile.cxx : bug fix in affectation type
1003       * src/jpeg/libijpeg12/jmorecfg12.h : export for windows modified... like
1004         in src/jpeg/libijpeg8/jmorecfg8.h (JPR : copy/paste exists !!!)
1005       * Modifs of MVSC projects to compile them. Not concerning 2 identic
1006         symbols... future problem ?
1007
1008 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1009       * src/win32/libgdcmijpeg12.dsp was missing
1010       * modified gdcm.dsw accordingly
1011
1012 2003-07-28  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1013       * src/gdcmHeader.cxx : misplaced return 0.; for ACR/NEMA
1014
1015 2003-07-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1016       * src/jpeg/libijg12/.cvsignore, jconfig.* : ommited files while last
1017         commit of JPR (before his hollidays to facilitate our work).
1018       * setup.py : bug fix in code. Modifications made while the last commit
1019         of JPR. The code hasn't been tested before the commit... it's so
1020         useless to make that (for best programmer that is JPR) !!!
1021
1022 2003-07-08  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1023       * tagged the current version as Version0_3 (i.e. version 0.3)
1024
1025 2003-07-08  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1026       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx : remove a symbol that is unused
1027       * src/jpeg/libijg8/jmorecfg.h : adding export symbol for windows
1028       * *.dsp : modifications to use new libgdcmijpeg8 library
1029       * setup.py : bug fix on VTKPATH variable
1030       * PACKAGER : adding all concerning windows
1031
1032 2003-07-07  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1033       * src/gdcmElValSet.cxx, gdcmFile.cxx: JPR bug fix, removal of
1034         garbage debug code.
1035       * TODO, vtk/vtkGdcmReader.cxx: upcoming fixes comments.
1036       * gdcmPython/testSuite.py: JPR bug fix, brutal erasement of
1037         test suite reported error.
1038       * PACKAGER file added (describes what a packager must do when
1039         packaging a new release).
1040       * MANIFEST.in, now declares jconfig.linux and jconfig.vc
1041       * configure.in: upgraded version number to 0.3.0
1042       * fixing build of rpm (through rpm -ta):
1043         - Doc/Makefile.am exports proper doxygen files
1044         - src/jpeg/libijg8/Makefile.am exports the include files.
1045
1046 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1047       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading only 1 file.
1048       * src/gdcmHeader.h : formatting code
1049
1050 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1051       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix when loading only one file.
1052         We were obtaining error message from vtk. Now, creation of file list
1053         is made in an internal list to prevent this problem.
1054         Bug fix when output is empty.
1055         Bug fix in update of progress value. Previous commit for this was a bad
1056         correction.
1057       * vtk/vtkGdcmReader.h : adding comments for InternalFileNaleList variable
1058
1059 2003-07-04  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1060       * src/gdcmHeader.h : added method to get the file name
1061       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix concerning loading of bad dicom
1062         files. Added method to remove all files on the input
1063         Added FIXME comment concerning the bad parsing of header made by
1064         ExecuteInformation method (in ExecuteData method)
1065
1066 2003-07-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1067       * vtk/Makefile.am: vtkGdcmReader.h should now be cleany installed
1068         when using make instal.
1069       * src/gdcmFile.cxx : bug fix under Window after JPR commit
1070         RQ : the JPR doesn't appear in the ChangeLog... normal for him
1071
1072 2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1073       * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
1074       * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
1075
1076 2003-07-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1077       * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
1078         linux and WINDOWS !
1079       * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
1080       * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
1081
1082 2003-07-02  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1083       * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
1084         addon of the jpeg library)
1085       * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
1086       * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
1087       * INSTALL now points to web documentation
1088
1089 2003-07-01  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1090       * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
1091         gdcmUtil.h anymore.
1092       * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
1093         clean target.
1094       * src/gdcm*.[cxx|h] :
1095         - to allow compilation with gcc 3.x
1096           -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
1097           -- small fixes on exceptions.
1098           Note: linking not tested !
1099         - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
1100           building stage.
1101       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
1102         dependent convertion).
1103
1104 2003-06-20  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1105       * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
1106         Changelog):
1107         - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
1108         - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
1109           addition/modification of Makefile.am and configure.in.
1110         - the testSuite is still brain damage (not guilty).
1111
1112 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1113       * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
1114         compile
1115       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
1116         (FileName -> Filename)
1117
1118 2003-06-11  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1119       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
1120         - UpdateProgress method should now be effective
1121         - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
1122           to volumes),
1123         - when building a stack of images/volume, a lesser number of
1124           gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
1125           accelerating things).
1126         - when building a stack of images/volumes, files which are not
1127           loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
1128           or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
1129           in the stack (for the caller to notice the problem).
1130
1131 2003-06-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1132       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent.
1133
1134 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1135       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
1136         between standard library (std) and vtk library (problems are found
1137         under Windows... thanks Windows !)
1138
1139 2003-05-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1140       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
1141         debug stage).
1142       * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test
1143
1144 2003-05-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1145       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.
1146
1147 2003-05-28  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1148       * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
1149         called with different flags than the default ones (with automake).
1150         In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
1151            make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
1152         and went for warning fixes:
1153         - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
1154           up from unused variables.
1155         - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
1156       * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup
1157
1158 2003-05-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1159       * gdcmPython/gdcm.i:
1160         - typemaps correction to take into account the systematic replacement
1161           of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
1162           std::string... (cf changes of 2003-05-21).
1163         - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
1164           src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
1165           exported to Python a as cvar.
1166       * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
1167         and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
1168         gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
1169         gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
1170         C++ static methods).
1171       * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
1172         with the above changes.
1173
1174 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1175       * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
1176
1177 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1178       * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
1179         wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
1180         generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
1181          - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
1182          - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
1183            a wrapper
1184          - Wrapper interface which wrap sources
1185         + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
1186         + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
1187       * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
1188         files for compilation
1189
1190 2003-05-21  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with Benoit Regrain
1191       * Added python wrappers of vtkGdcmReader vtk class (see the
1192         source in vtk/vtkGdcmReader.cxx) :
1193         - vtk/Makefile.am now builds a library
1194         - gdcmPython/Makefile.am now builds vtkgdcmPython a second import
1195           python library (as opposed to _gdcm.so wich are the python
1196           wrappers of gdcm). vtkgdcmPython.so uses the vtk python wrappers
1197           (vtkWrapPython and vtkWrapPythonInit utility) to build vtkgdcmPython
1198           import library.
1199         - configure.in has an additional flag --enable-vtk that needs
1200           to be set to enable compilation of vtk related code, that is:
1201           + vtk/vtkGdcmReader.so and
1202           + vtk/testvtkGdcmReader C++ demo of vtk wrappers of gdcm)
1203           + gdcmPython/vtkgdcmPython.so (see above)
1204         - gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py corrected (some images cannot
1205           be read when compressed or when HighBit + 1 != BitsStored),
1206         - gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py added. This demo illustrates
1207           the usage of the python wrapper of vtkGdcmReader vtk class.
1208       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: bug fixed (thanks to Benoit Regrain).
1209       * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
1210         std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
1211         This is to avoid pollution of global namespace in included files.
1212         Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
1213         gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
1214         collision of various stl members (principally cout...).
1215       * gdcmPython/testSuite.py now cleanly removes temprory generated
1216         file.
1217       * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
1218         comply with above changes)
1219
1220 2003-05-12  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1221       * src/gdcmHeader>[h/cxx] added gdcmHeader::GetPixelSize()
1222       * vtk/vtkGdcmReader.cxx now properly inports the image in the
1223         vtk data structure (an image Flip was required).
1224       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx refers to gdcmData subdir instead of Data.
1225       * cosmetic changes in documentation.
1226
1227 2003-05-7  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1228       * src/gdcmHeader.cxx: the constructor no longer exits when an
1229         unexisting file is given as argument.
1230       * The subdirectory Data (containing all the images used for the
1231         test suite) is not part of this repository anymore. A new module
1232         containing those images is now available at
1233           :pserver:xxx@cvs.creatis.insa-lyon.fr:2402/cvs/public
1234         with the name gdcmData.
1235         All the python scripts (including the package initialisation file
1236         gdcmPython/__init__.py) were adapated to take this change into
1237         account (basically GDCM_DATA_PATH is now GDCM_TEST_DATA_PATH).
1238
1239 2003-05-5  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1240       * vtk subdir added. Contains vtkGdcmReader.[cxx|h] a vtk class
1241         inherinting from vtkImageReader and testvtkGdcmReader.cxx a small
1242         demo of the usage of this class.
1243         Compilation of this vtk part is only done when using the --enable-vtk
1244         at configure (or autogen.sh) stage.
1245
1246 2003-04-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1247       * More memory link related corrections and documentation fixes.
1248         Notes on valgrind:
1249           - maximum info is obtained with a command of the form:
1250             valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
1251                      --show-reachable=yes PrintHeader
1252           - the remaining reachable blocks seem to come from the STL
1253             allocation scheme through the usage of map and list. It looks
1254             like this memory cannot be freed but it is not a memory leak
1255             (in fact further invocation to the STL would recollect the
1256              unused memory allthough it cannot explicitely be freed).
1257       * gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py added: this is a small demo
1258         of displaying an image parsed with gdcm and displayed with VTK.
1259         Note: some images don't seem to work e.g.
1260             python vtkGdcmDemo.py  ../../Data/US-RGB-8-esopecho.dcm
1261       * src/gdcmHeader.x: dicom_vr and Dicts are not class members anymore.
1262         Allthough this weakens the semantics, it is a ditch attempt to
1263         make gdcm more thread friendly.
1264
1265 2003-04-15  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1266       * Memory link hunt (by using valgrind through the command
1267           valgrind --show-reachable=yes --leak-check=yes PrintHeader).
1268         - added src/gdcmVR.cxx gdcmVR.h that objectify the previous
1269           gdcmHeader::_dicom_vr.
1270         - gdcmHeader::InitVRDict transfered as gdcmVR::gdcmVR().
1271         - gdcmHeader::dicom_vr is now of type gdcmVR* as opposed to
1272           VRHT*.
1273         - gdcmGlobal global object contained class added (see src/gdcmUtil.x)
1274
1275 2003-04-9  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1276       * src/Makefile.am now exports all the necessary include files at
1277         make install stage.
1278
1279 2003-04-9 JPR
1280       * UpdateGroupLength replaced by new one
1281
1282 2003-04-7 JPR
1283       * UpdateGroupLength re-written using H-Table
1284         (named UpdateGroupLengthNew untill checks are over)
1285
1286 2003-04-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1287       * Data/im_00001 renamed to gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
1288       * gdcmPython/testSuite.py now include a test of gdcmFile::Write.
1289       * src:
1290         - gdcmHeader::GetPubElValSet removed.
1291         - gdcmElValSet::WriteDcm, WriteAcr, WriteExplVR, revamped to
1292           UpdateGroupLength, WriteElements, Write.
1293         - gdcmHeader::FileType moved to gdcmCommon.h. The enum FileType
1294           doesn't contain TrueDicom anymore since ExplicitVR and ImplicitVR
1295           carried the same semantics.
1296           - src/gdcmHeaderIdo.cxx changed accordingly.
1297         - gdcmFile::WriteBase now regroups all the codes from previous
1298           versions of WriteDcm, WriteDcmImplVR, and WriteACR.
1299         - enum FileType moved to gdcmCommon.h
1300       * src/gdcmHeader.cxx AddDefault trashed
1301       * gdcmGetXSize added
1302       * getimageDataSize now calls gdcmGetXSize
1303       * Test/*.cxx changed to agree with above changes
1304
1305 2003-03-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1306       * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
1307         (to avoid double call by end user).
1308       * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
1309         by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it.
1310
1311 2003-03-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1312       * gdcm/Doc many doxygen changes:
1313         - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
1314           the html.users end users oriented documentation and
1315           DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
1316           oriented documentation.
1317         - README changed accordingly
1318         - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
1319         - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
1320           DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
1321         - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
1322           be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
1323           html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
1324       * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1. Hence
1325         all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
1326       * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
1327         ill-formed documentation sections.
1328       * src/gdcmHeader.cxx: ditto
1329
1330 2003-03-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1331       * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
1332       * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
1333         un*ces with sh-utils test utility.
1334       * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
1335       * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.
1336       * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
1337       * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
1338       * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.
1339
1340 2003-03-26 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1341       * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
1342       * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly.
1343
1344 2003-03-25 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1345       * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
1346       * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
1347       * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
1348       * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
1349         compilation work.
1350       * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
1351       * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message
1352
1353 2003-03-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1354       * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
1355         hence the user doesn't need this explicit call.
1356         - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
1357           i.e. LoadElements() call removed.
1358       * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
1359         - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
1360       * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
1361         for adding user defined new tags.
1362         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
1363         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
1364           cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)
1365
1366 2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
1367       * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
1368         Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
1369         src/Makefile.am : the project should properly compile and install
1370         with the autotools, included the python wrappers part.
1371       * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.
1372
1373 2003-03-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1374       * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
1375
1376 2003-03-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1377       * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
1378         to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
1379         for usage).
1380       * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
1381         gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
1382         ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.
1383       * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
1384         moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.
1385
1386 2003-03-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1387       * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
1388         in InstallMode or PreInstallMode but with an environement given
1389         value of GDCM_DICT_PATH.
1390       * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.
1391
1392 2003-03-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1393       * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
1394       * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
1395       * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
1396         should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
1397         any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.
1398
1399 2003-03-05 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1400       * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
1401         gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
1402         gdcmHeader.h
1403       * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
1404         (as opposed to gdcm.h)
1405       * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
1406       * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
1407         the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
1408       * autogen.sh removed history related references to crea package.
1409
1410 2003-03-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1411       * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
1412         bug.
1413
1414 2003-03-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1415       * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
1416         was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
1417         operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
1418         of hidding away the python related distutils specific files
1419         (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
1420         Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
1421         position to setup.py was ../src) which made things impossible to
1422         handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...
1423
1424 2003-02-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1425       * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
1426       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
1427         among the list of sources.
1428
1429 2003-02-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1430       * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
1431       * modifications in MSVC projects
1432
1433 2003-02-19 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1434       * As stated by the first lines of Test/ExceptionAndPython/README, it
1435         looks like we can move back to original usage of exception within
1436         src/gdcm* and hence remove the errno stuff that was introduced
1437         as a quick and dirty fixture of this problem (added to the TODO).
1438       * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
1439         README file for usage added.
1440       * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
1441         test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
1442         testing the proper parsing of a Dicom related file.
1443         testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
1444       * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
1445       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
1446         - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
1447           whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
1448           Dicom public dictionnary were not accessible without an
1449           instance of class gdcmHeader.
1450         - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
1451           require no instances at all to be invocated.
1452         - within gdcmDictSet this change required to change some method
1453           to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
1454           (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
1455       * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
1456         the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
1457       * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
1458         the above to be effective.
1459       * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
1460         for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
1461       * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
1462         configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
1463         contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
1464         Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
1465         (for python dectection).
1466       * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
1467         now avoids publishing the empty entries.
1468
1469 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1470       * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
1471         ExtraPath reused :-P
1472       * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
1473
1474 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1475       * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
1476       * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
1477       * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
1478         and links
1479
1480 2003-01-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1481       * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
1482         method. Doxygenation.
1483       * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments.
1484
1485 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1486       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
1487         shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
1488         when using "python setup.py install".
1489       * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
1490         reexports the working classes.
1491       * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
1492         by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
1493         behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
1494         to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
1495         of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
1496         subdir (see the README file). This problem probably due to
1497         an combination of g++ and dynamic loading.
1498       * added Test/ExceptionAndPython (see above)
1499
1500 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1501       * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
1502         directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
1503         i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
1504         again in a python subdir, but the package itself is now in
1505         python/gdcmPython.
1506       * setup.py was cleaned up:
1507         - pythonIncludePath removed
1508         - python setup.py bdist target is now functional.
1509       * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
1510         collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
1511         accordingly.
1512
1513 2003-01-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1514       * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).
1515       * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
1516         distutils installer is operational.
1517       * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
1518           shadow classes (from gdcm.py).
1519         - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
1520           instead of gdcmPython/demo/load.py.
1521         - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.
1522
1523 2002-12-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1524       * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
1525         GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
1526         entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
1527         information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
1528         dictionary.
1529         - Dicts/dicomV3.dic Entries which had and unspecified fourth field
1530           are now in the "???" group.
1531         - python/gdcm.i changed accordingly,
1532         - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
1533           of the above new functionalities in Python.
1534
1535 2002-12-11 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1536       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
1537         - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
1538           were definitively removed.
1539         - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
1540       * src/gdcmElValSet.cxx:
1541         - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
1542         - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
1543         - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
1544         - Added GetElementByName(string).
1545       * src/gdcmHeader.cxx: added
1546         - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
1547         - GetPubElValRepByName(string)
1548         - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
1549         - GetShaElValRepByName(string)
1550         - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
1551         - GetShaElValRepByName(string)
1552         - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
1553         - GetElValRepByName(string)
1554         - GetElValByNumber(guint16, guint16)
1555         - GetElValRepByName(string)
1556       * Doc/requirements.txt added.
1557
1558 2002-12-9 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1559       * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
1560       * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
1561         pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
1562         the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
1563         file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
1564       * python/testSuite.py changed accordingly.
1565
1566 2002-12-6 Christophe Odet + Hugues Benoit-Cattin + Eric.Boix
1567       * VC++ has some strong limitations when working with the STL, as stated
1568         in http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP :
1569              "Also note that some STL containers (map, set, queue, list, deque)
1570               cannot be exported. [...]
1571               Some STL classes contain nested classes. These classes can not
1572               be exported. [...]
1573               This is caused by a designed limitation that once a template
1574               class is instantiated, it can not be re-instantiated and
1575               exported."
1576         Since our usage of map<> is ubiquitous in gdcm, this "designed
1577         limitation" of VC++ is a pitfall.
1578         Hence the Python wrappers of gdcm cannot be incrementally linked
1579         against the c++ dynamic library. The dirty but only workaround is
1580         to forget about incremental link of dynamic libraries and to generate
1581         the Python wrappers library with the inclusions of the underlying C++
1582         library.
1583         The following modifications concern this matter on Win32/VC++:
1584       - wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
1585          dll under windows !!!!)
1586       - python21_d debug mode enabled (ask Frog how to use it :-)
1587       - NO problem with having an STL member of class for example string in C++
1588         WITH THE RESTRICTION OF FORGETING ABOUT INCREMENTAL LINK.
1589       - Python test of dcmlib in Python is ok under windows on a large set
1590         (one) of image(s).
1591       * removed glib references
1592       * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
1593
1594 2002-11-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1595       * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
1596         that only displays required tags and testAll.py that parses all
1597         the files of the testsuite without using unittest.
1598       * python/testSuite.py other additional test on new files added.
1599       * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
1600       * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
1601         the vr in the file differs from the one of the dictionary.
1602
1603 2002-11-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1604       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
1605         values, but limits itself to values which are below a user specified
1606         size (by default 1024 bytes).
1607       * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
1608         user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
1609         python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
1610         on the unloaded elements (since we have their offset and size).
1611       * python/testSuite.py
1612         - now tests for the existence and proper value of the pixel data
1613         - two new examples added.
1614       * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.
1615
1616 2002-11-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1617       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
1618         aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindeLength().
1619       * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
1620       * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
1621       * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.
1622
1623 2002-11-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1624       * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
1625         the vr was also RET.
1626       * python/testSuite.py more tests added.
1627
1628 2002-11-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1629       * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
1630       * Data/* dcm and acr files for the test suite.
1631       * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
1632         7.18 Integer types (see stdint.h)
1633         - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
1634       * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
1635         implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
1636         concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
1637         too the public or provite dictionaries, since some of their vr
1638         would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
1639         detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
1640         added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
1641         The rest of the changes we the necessary adaptations.
1642
1643 2002-11-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1644       * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
1645         VR files.
1646       * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.
1647
1648 2002-11-8 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1649       * Adaptation for porting to VC++:
1650         - src/gdcm.h
1651           o forced to use std namespace (for string to be known)
1652           o all class use __declspec export style on WIN32
1653         - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
1654           (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
1655       * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
1656         variable GDCM_DICT_PATH.
1657       * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete.
1658
1659 2002-11-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1660       * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
1661         to native Python dictionary.
1662       * python/demo/test.py:
1663         - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
1664         - takes an optional filename argument (the file to parse).
1665       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
1666         PubElVals hashing table.
1667       * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.
1668
1669 2002-11-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1670       * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
1671         newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
1672       * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
1673       * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
1674       * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
1675         from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
1676       * src/gdcmDict::GetTag bug fix.
1677
1678 2002-10-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1679       * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
1680         src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
1681         that we can import de shadow classes without errors].
1682
1683 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1684       * hashtest.cxx removed (since allready in Test)
1685       * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
1686       * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
1687       * src/Makefile prepared for python wrapping
1688
1689 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1690       * src/gdcmHeader.cxx :
1691         - Parsing of header is now separated from loading of element values
1692           (see gdcmHeader::LoadElements).
1693         - general clean up of hopefully all file access (creation of
1694           ReadInt16 and ReadInt32)
1695
1696 2002-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1697       * src/gdcmHeader.cxx :
1698         - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
1699           method.
1700         - SetLgrElem renamed to SetLength
1701         - GetLgrElem renamed to GetLength
1702         - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
1703       * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
1704       * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
1705         due to IdoDude was cleaned out.
1706
1707 2002-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1708       * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
1709         concentrates on finding the value representation (when it exists).
1710         RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
1711         returning the unecessary skL (skipped length).
1712         Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
1713         it was redundant with the File position internals (by using
1714         ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
1715         jajun.
1716       * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
1717         on the libido specificities which are handled through class
1718         inheritance.
1719       * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
1720         added.
1721
1722 2002-10-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1723       * Truckload of changes. Parsing of header is barely functional
1724         (see Test/test) with the standard dictionary (see Dicts/dicomV3.dic).
1725
1726 2002-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1727       * src/gdcmHeader.cxx many addons of low level methods
1728
1729 2002-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1730       * src/gdcmHeader now contains_IdDcmCheckSwap, _IdDcmRecupLgr,
1731         and _IdDcmSWAP_LONG.
1732
1733 2002-09-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1734       * This corresponds to all the changes decided at the meeting of
1735         May 23 2002. Needless to say we are running late...
1736