]> Creatis software - gdcm.git/blob - ChangeLog
ENH: Initial work in gathering all transfer syntax accessors. clearly IsDecompressed...
[gdcm.git] / ChangeLog
1 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2   * Initial work in gathering all transfer syntax accessors. clearly 
3    IsDecompressed/IsJPEG2000/IsJPEGLossless/IsRLELossless shouldn't be all 
4    ivars, but only one transfersyntax (class) ivar with equivalent method on 
5    the class.
6   
7 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
8   * Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp 
9     solution with the two files jdatadst.cxx and jdatasrc.cxx, this need to be 
10     discussed (plus I didn't like having a 2000 lines patch not commited)
11
12 2004-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
13   * src/gdcmDocument.cxx: wrong type on return fixed (thanks dashboard)
14   * CLEANUP_ROUND (14) for gdcmPixelConvert
15     - PixelConvert::GetLutRGBA(FILE*) is now GetLutRGBA() (no fp needed)
16     - PixelConvert::BuildRGBImage()(FILE*) is now BuildRGBImage() (no fp needed)
17     - File::GetImageDataIntoVector() doesn't need unnecessary OpenFile() and
18       CloseFile() anymore.
19     - File::GetImageDataRaw() doesn't call GetImageDataIntoVectorRaw()
20       anymore and hence avoids storing a copy of PixelConvert::Decompressed
21       into File::Pixel_Data.
22
23 2004-10-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
24   * src/gdcmDocument.cxx ftell() return properly stored in a long (i.e.
25     no longer depends on's programmers PMS = Preposterous Mood Swings ;).
26   * CLEANUP_ROUND (13) for gdcmPixelConvert
27     Substituted File::ParsePixelData() with PixelConvert::Print() new
28     method:
29     - src/gdcmParsePixels.cxx removed (only contained File::ParsePixelData())
30     - src/gdcmRLEFrame.cxx, gdcmJPEGFragment.cxx added. Added a ::Print()
31       method to those classes.
32     - src/gdcmFile.[cxx|h]:
33       -- Added a ::Print() method.
34       -- PixelConverter is now a reference instead of a member.
35       -- gdcmPython/gdcm.i: added "using namespace gdcm" in order for
36          gdcm_wrap.cxx to "understand" File::GetPixelConverter()
37
38 2004-10-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
39   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: when dot is present the
40     collaboration diagram and inheritance diagram should be generated with
41     doxygen.
42   * Doc/Website/Sidebar.html: Dashboard is now also in the sidebar.
43   * gdcmPython/gdcm.i: gdcmRLEFramesInfo.h gdcmJPEGFragmentsInfo.h are
44     pointlessly wrapped (see
45     http://www.creatis.insa-lyon.fr/pipermail/dcmlib/2004-October/000692.html )
46   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (sugar is my friend stage)
47     - Header::GetLUTRGBA() moved to PixelConvert::GetLutRGBA()
48     - vtk/vtkGdcmReader.cxx: adapted to displacment of Header::GetLUTRGBA()
49     - Document::RLEInfo and JPEGInfo are now pointer members (Swig thing)
50     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
51       -- File::Initialise: PixelConverter setup moved away to
52            PixelConverter::GrabInformationsFromHeader()
53       -- File::GetImageDataIntoVector(): Lut R + Lut G + Lut B color table
54          interpretation moved away to PixelConverter::BuildRGBImage()
55
56 2004-10-16 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
57   * Remove GDCM_EXPORT keyword from gdcm::DirList due to :
58     http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP
59
60 2004-10-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
61   * src/gdcmDebug.cxx last ditch attempt to get warning/error messages
62     displayed on Win32 when a brutal abort() occurs (because of uncatched
63     exception). See TODO new entry of this commit for more on this.
64   * TODO added new entry.
65   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (nicotine is my friend stage)
66     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
67     - HandleColor is no longer called from gdcmFile.cxx
68     - gdcmPixelConvert.cxx clean up on method arguments and internal
69       variable names for semantical coherence.
70
71 2004-10-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
72   * Finished lossless transition, not only do we now read all lossless jpeg
73   images, without the need of the Cornwell lib, but we do read them properly now
74   * To reduce code (well to avoid code duplication), I defined a common place
75   for jpeg read/write: gdcmJpeg.cxx. Now gdcmJpeg[8,12 16] include this file and
76   redefine symbols. This is not prefect but this the best solution I found for a
77   compilation time jpeg option.
78
79 2004-10-13 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
80   * Update jpeg ijg lib to support lossless jpeg implementation
81     For more info look in jpeg/libijg/README.GDCM.txt for necessary steps to
82     reproduce at home.
83   * Also added a special copyright for dcmtk since we use their bugfixes.
84   Thanks dcmtk crew !
85
86 2004-10-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
87   * Doc/Website/MailingList.html added (Sidebar.html changed accordingly).
88   * gdcmPython/gdcm.i: fix for compilation of wrappers (Note: %include order
89     matters, as stated in warning note at begining of %include section).
90   * src/gdcmDicomDir*.[cxx|h]: coding style
91   * src/gdcmDocument.h: doxygen \ref seems uncompatible with \todo.
92   * src/gdcmJpeg8.cxx: doxygen fix.
93   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (seing the ligth stage)
94     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: color handling moved
95     from File:: to PixelConvert::.
96
97 2004-10-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
98   * CLEANUP_ROUND (11) for gdcmPixelConvert (cafeine is my friend stage)
99     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
100      - more code moved away from File:: to PixelConvert::
101      - fat setup of PixelConverter set in place in File::Initialise.
102
103 2004-10-12 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
104   * Apply patch for namespace in gdcm. Didn't rename files for keeping a sort of
105   namespace at the file system level. So now you should convert your examples
106   like this:
107     gdcmHeader  ->   gdcm::Header
108   It would be nice if people keep in mind to no open the namespace, since it
109   allows compilation on broken plateform which were defining common symbol in
110   the standart namespace (like LP, Unknown ...)
111
112 2004-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
113   * CLEANUP_ROUND (10) for gdcmPixelConvert (Xanax is my friend stage)
114     The JPEG fragments are now parsed at the same stage than the RLE
115     information. All code related to JPEG is now in gdcmPixelConvert:
116     - src/gdcmJPEGFragment.h and gdcmJPEGFragmentsInfo.[h|cxx] added 
117     - src/gdcmJpeg12.cxx, gdcmJpeg2000.cxx and gdcmJpeg8.cxx no longer
118       export a gdcmFile:: method. Those are simply global functions
119       (for the time being this is better than having them attach to
120        either gdcmFile:: or gdcmPixelConvert::).
121     - src/gdcmDocument.[cxx|h], gdcmDocument:: now parser the JPEG fragments
122       and stores the result in a gdcmJPEGFragmentsInfo.
123     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: all JPEG related
124       code (among other stuff) moved away from gdcmFile:; to 
125       gdcmPixelConvert::
126
127 2004-10-08 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
128   * src/gdcmCommon.h now declares int8_t for non stdint.h plateforms.
129   * CLEANUP_ROUND (7) for gdcmPixelConvert (lost at sea)
130     - src/gdcmFile.h gdcmPixelConvert.cxx gdcmPixelConvert.h gdcmRLE.cxx:
131       clean up of RLE related code. 
132   * CLEANUP_ROUND (8) for gdcmPixelConvert (end of RLE nigthmare)
133     - src/gdcmRLE.cxx removed
134     - src/gdcmPixelConvert.cxx all RLE code is now in PixelConvert::
135     - src/CMakeLists.txt gdcmFile.[cxx|h] changed accordingly
136     - src/gdcmRLEFrame*.h gdcmPixelConvert is now a friend class.
137   * CLEANUP_ROUND (9) for gdcmPixelConvert
138     - src/gdcmFile.[cxx|h} gdcmPixelConvert.[cxx|h], SwapZone(),
139       ConvertReorderEndianity(), ConvertDecmpres12BitsTo16Bits() moved
140       away from gdcmFile:: to gdcmPixelConvert::.
141
142 2004-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
143   * CLEANUP_ROUND (5) for gdcmPixelConvert (Upshit creek without a paddle)
144     - src/gdcmDocument.[cxx|h] Parse7Fe0 renamed to ComputeRLEInfo.
145       This is because Parse7Fe0 used to parse the pixels to compute the
146       length. This task was passed over to FindDocEntryLengthOB() a long
147       time ago, EXCEPT I had forgotten the OW case...
148       Hence Parse7Fe0 was no longer necessary. When renaming to ComputeRLEInfo
149       we just recylce the code for parsing RLE fragments and computing
150       offsets.
151   * CLEANUP_ROUND (6) for gdcmPixelConvert (man, I need a paddle bad)
152     - src/gdcmRLE.cxx: is now much simpler and avoids code replication
153         with the retired Parse7Fe0().
154     - src/gdcmRLEFrame.h: type fix for properly computing OffSet[]
155     - src/gdcmDocument.cxx: segments offset are now correct + clean up.
156
157 2004-10-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
158   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert (nightmare stage)
159     - src/gdcmRLEFramesInfo.[cxx|h], gdcmRLEFrame.h added
160     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::Parse7FE0 now sets up the RLEInfo.
161     - src/CMakeLists.txt: alphabetic order reodering + new entries.
162   * CLEANUP_ROUND (4) for gdcmPixelConvert
163     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::ParseDES and ::ParseSQ no longer bother
164       to return an unused length.
165
166 2004-10-09 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
167   * Remove all sprintf from the code to centralize in one spot in gdcmUtil
168     this should be cleanner from the plane view. The iostream are erally a pain
169     to use to do simple stuff.
170
171 2004-10-04 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
172   * Redo the compilation of the ijg jpeg library. Now only one source is
173     necesseray. No need to rename file by hand what so ever. CMake handle the
174     copying of the file within different directory, configure header file to
175     modify some symbol. The only addition made to ijg wasd a mangle table so
176     that symbol are different wether we are within 8bits or 12bits.
177
178 2004-10-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
179   * Added documentation of vtkgdcmReader on Website:
180      - testvtkGdcmReader.cxx renamed to vtkGdcmDemo.cxx (to be compatible
181        with it's binary name).
182      - vtk/vtkGdcmDemo.cxx and vtkgdcmViewer.cxx: added comments for
183        the Website to be more complete.
184      - Doc/doxygen.config.in: vtk/vtkGdcmReader.cxx now appears on 
185        doxygenated documentation.
186      - Doc/DoxyVtkGdcmReaderExamples.txt added
187        (see http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/html.developper/
188                   DoxyVtkGdmReaderExamples.html )
189   * src/win32, vtk/win32 manually maintained .dsp and .dsw removed.
190   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert
191    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
192
193 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
194   * CLEANUP_ROUND (2) for gdcmPixelConvert
195    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
196
197 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
198   * CLEANUP_ROUND for gdcmPixelConvert:
199     - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h, gdcmHeader.cxx, gdcmHeader.h clean up
200     - src/gdcmPixelStuff[h|cxx] removed
201     - src/gdcmPixelConvert[h|cxx] added. Preparatory work included.
202     - src/CMakeLists.txt changed accordingly
203   * GDCMHOME clean up:
204     - MANIFEST.in, WrapSwig.py, WrapVTK.py, distutilsWrapping.py and
205       gdcmVersion.py moved to newly created ATTIC related
206       gdcmPython/SetupOldies/ directory.
207   * Autotools clean up:
208     - */*/Makefile.am removed AT EXCEPTION of gdcmPython/Makefile.am
209     - autogen.sh configure.in acinclude.m4 python.m4 removed 
210
211 2004-09-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
212   * src/*.cxx *.h Reference to License.htm fixed to License.html.
213   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: fix.
214   * Doc/Website/ConformanceSummary.html, minimal conformance statement added.
215
216 2004-09-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
217   * TODO updated with Mathieu suggestions. I proposed a template for
218     describing TODO entries and used it for new entries.
219   * Added Doc/Website/CodingStyle.html, Developpers.html,
220     DeveloppersPython.html, GdcmDataCvs.html and
221     DownloadVersion0_1.html, DownloadVersion0_3.html.
222   * Some Doc/*.txt Doxygen files (which do not really concern the
223     documentation itself, but the website) moved to html and
224     placed in directory Doc/Website:
225     - Doc/DoxyDevelInstal.txt moved to Doc/Website/Developpers.html
226     - Doc/DoxyInstallation.txt moved to Doc/Website/Installation.html
227     - Doc/DoxyIntroduction.txt included in Doc/Website/Main.html
228   * Doc/DoxyfileDeveloppers, DoxyfileUsers, Makefile.am oldies removed.
229   * CMakeLists.txt changed accordingly.
230   * DEVELOPPER spread out in Doc/Website/Developpers.html, CodingStyle.html,
231     DeveloppersPython.html
232   * INSTALL nows refers to Doc/Website/Installation.html
233
234 2004-09-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
235   * Added Doc/Website directory, that contains a first raw version
236     of gdcm Web site.
237
238 2004-09-23 Jean-Pierre Roux
239   * FIX In order not to be poluted any longer by casting problems,
240     the member VoidArea of gdcmBinEntry is now uint8_t* (instead of void *)
241          we can now delete[] it safely  
242   * VoidArea is now called BinArea (less confusing name),
243     and all the methods called ...VoidArea... are now ... BinArea...
244   * class gdcmObject is now called gdcmDicomDirObject (less confusing name)
245
246 2004-09-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
247   * src/gdcmDocument.cxx: gdcmDocument::~gdcmDocument() doesn't clear (nor
248     clear) TagHT, which is an inherited member of gdcmElementSet. It is
249     up to the destructor of gdcmElementSet to clean up TagHt and it's
250     pointed content.
251
252 2004-09-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
253   * Test/CMakeLists.txt: update to follow gdcmData renamings.
254   * src/gdcmCommon.h, gdcmDocument.cxx: doxygen typos
255
256 2004-09-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
257   * ENH: added some utility method that builds a flat dictionnary
258     holding all the Dicom entries contained in the recursive structure
259     of a gdcmElementSet. Refer to add FlatHashTablePrint.cxx for 
260     an example of usage.
261     - src/gdcmDocument.[h|cxx] added BuildFlatHashTableRecurse() and
262       BuildFlatHashTable() that build a flat dictionary.
263     - src/gdcmElementSet.h: added a new private GetTag() accessor.
264       gdcmDocument is now a friend of gdcmElementSet.
265     - src/gdcmElementSet.cxx: clean up.
266     - Example/FlatHashTablePrint.cxx added.
267     - Example/CmakeLists.txt changed accordingly
268
269 2004-09-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
270   * gdcmDocEntrySet::SQDepthLevel and gdcmDocEntrySet::BaseTagKey attributes
271     moved away from gdcmDocEntrySet (since this class is an abstract class
272     acting like an interface). SQDepthLevel and BaseTagKey are now
273     in class 
274     - src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx] removal of SQDepthLevel and BaseTagKey
275       and associated accessors. Doxygenation of the class.
276     - src/gdcmSQItem.[h|cxx] SQDepthLevel and BaseTagKey and associated
277       accessors added.
278     - src/gdcmSeqEntry.[h|cxx]: constructor doesn't handle depth anymore.
279       Use SQDepthLevel accessor instead. ::Print() adapted.
280     - src/gdcmElementSet.cxx changed according to changes in gdcmSeqEntry.
281     - src/gdcmDocument.cxx changed accordingly.
282
283 2004-09-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
284   * Preparation of writing a gdcmHeader iterator: generalisation of gdcmTagKey
285     - The following is the doxygen comment of the typedef declaration
286       of gdcmagKey in src/gdcmCommon.h:
287            gdcmTagKey is made to old an "universal" (as in URL, Universal
288            Ressource Locator)  key to a gdcmDocEntry i.e. a dicom tag.
289            A dicom tag allways has a group and an element, but a set of tags
290            embeded in various (optionally nested) sequences and sharing
291            the same group and element all share the same (group, element)
292            "identifier". Hence the (group, element) cannot be used as an
293            identifier (in gdcm we shall refer to a "TagKey") of a tag.
294            In order to construct a proper tag identifier (i.e. a key) we
295            consider the following definition of a TagKey:
296            - let Group, Element be the string representation of the
297              group and element dicom tag members,
298            - let ItemNumber be the string representation of the integer
299              index of the considered item number of a sequence,
300            Let the key of a tag embeded in a sequence, noted SeqTag, be
301            the form:
302               /ItemNumber#Group|Element
303            where "/", "#" and "|" are characters acting as separators.
304            Then the general form of a gdcmTagKey is given by:
305               Group|Element<SeqTag>
306            where <SeqTag> means NO or many instances of SeqTag.
307            Hence the gdcmTagKey of a tag not "leaving" in a sequence is the
308            string e.g.
309                0028|1201
310            but the gdcmTagKey of a tag "embeded" is the first item of
311            a sequence, itself nested in the third item of a sequence is the
312            string e.g.
313                0004|1220/2#0008|0082/0#0008|0090
314     - src/gdcmDocEntry.h: added a new Key (of type gdcmTagKey) member, in
315       order to hold the new sequence compatible key. Previously, the 
316       GetKey() method would look in the underlying gdcmDictEntry.
317     - src/gdcmDocEntry.cxx:
318       -- constructor now copies the underlying DictEntry key, in the local
319          Key member.
320       -- ::Print: displays the member Key, instead of the (group, element).
321     - src/gdcmCommon.h: added some comments on typedef gdcmTagKey.
322     - src/gdcmDocEntrySet.h:xi
323       -- ::ParseDES() now setups the gdcmTagKey of the sequence it is parsing.
324       -- now has a new BaseTagKey member.
325       -- STYLE.
326   * src/gdcmValEntry.[h|cxx], src/gdcmBinEntry.[h|cxx]: the member VoidArea,
327     previously a member of gdcmValEntry, moved to gdcmBinEntry were is
328     truly belongs.
329     This poses the problem with the semantics of the following lines
330        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
331        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
332        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
333     in gdcmDocument::gdcmDocument(std::string const & ). Please refer
334     to the long FIXME note for what the problem is. Nevertheless in
335     order to get things working the dicom dictionary was altered !
336     Please fix things urgently...
337   * Dicts/dicomV3.dic WRONGLY altered (this means we introduced a uncorrect
338     information), see above note on moving the member VoidArea. Nevertheless
339     the following entries previously correctly set as US are now inproperly
340     set to OW:
341       0028 1201 OW IMG Red Palette Color Lookup Table Data
342       0028 1202 OW IMG Green Palette Color Lookup Table Data
343       0028 1203 OW IMG Blue Palette Color Lookup Table Data
344   * src/gdcmDocEntry.[h|cxx], src/gdcmSeqEntry.h: SQDepthLevel member
345     of gdcmDocEntry moved to gdcmSeqEntry.
346   * src/gdcmSeqEntry.cxx: STYLE.
347
348 2004-08-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
349   * Test/TestAllEntryVerify.cxx minor fix and added comments.
350
351 2004-08-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
352   * gdcmPython/testSuite.py: all the test suite in python is now moved
353     to it's C++ version (see gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt)
354   * Test/CMakeLists.txt adapted to renaming of files in gdcmData
355   * gdcm/TODO and src/gdcmDictSet.h cleaned up frow the "TODO Swig" oldies
356
357 2004-08-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
358   * gdcmPython/CMakeLists.txt: SWIG_FLAGS doesn't declare includeall
359     to avoid inclusion recursion until STL is reached.
360   * src/gdcmDocument.[h|cxx]: exceptions substituted to errno C-style
361     mecanism. errno.h is not included in gdcm anymore.
362   * src/gdcmException.h: introduced new gdcmFormatUnexpected class
363     (gdcmFormatError now inherits from gdcmFormatUnexpected).
364   * TODO updated
365   * gdcmPython/testSuite.py checks on CR-MONO1-10-chest.dcm moved to
366     gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
367   * Test/TestAllEntryVerify.cxx is now effective (used allways return true)
368   * src/gdcmDocument.[cxx|h]: constructors no longer use the bool
369     exception_on_error parameter.
370     - src/gdcmFile.[cxx|h], src/gdcmHeader.[cxx|h] changed accordingly,
371     - vtk/vtkGdcmReader.cxx changed accordingly,
372     - Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
373
374 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
375   * src/gdcmDicomDir.cxx, gdcmDocEntrySet.cxx: removed inclusion of errno.h
376   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
377     enable_sequences removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
378   * Example/PrintHeader.cxx: fixed accordingly (enable_sequences removal).
379   * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: dummy fix.
380   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
381     skip_shadow removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
382   * Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
383
384 2004-07-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
385   * Test/CMakeLists.txt: newly re-introduced SIEMENS_Sonata-12-MONO2-SQ.dcm
386     in gdcmData (previously known as E00001S03I0015.dcm) is blacklisted.
387
388 2004-07-21 Jean-Pierre Roux
389   * FIX Now, Parsing and Printing a DICOMDIR do work!
390        ( troubles remain in makeDicomDir and BuildUpDicomDir :-(
391                  
392 2004-07-20 Jean-Pierre Roux
393   * FIX Some brain damaged headers have Zero-Lenght fields 
394         for 'Transfert Syntax UID', or 'Media Stored SOP Class UID'.
395
396 2004-07-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
397    * src/gdcmCommon.h, gdcmDict.cxx, gdcmTS.cxx : bug fix for msvc6 compilation
398    * src/gdcmDebug.[h|cxx] : bug fix for msvc6 compilation. Replace the dbg
399      variable (instance of gdcmDebug) by a definition macro, and the instance
400      is now in static in the gdcmDebug class
401    * src/gdcmSQItem.h : (FIXME) remove an undefined method
402    * Test/PrintAllDocument.cxx : bug fix in the result of the test
403
404 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
405    * WARNING: ctest now depends more tightly on gdcmData. You should
406      check out gdcmData properly for things to run smoothly...
407    * src/gdcmDocument.cxx MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE is set back to 0xfff
408      (4096) for "ctest -R TestAllEntryVerify" to be able to run (i.e.
409      we need the pixels not be loaded in order to use the ValEntry
410      that displays position and size).
411    * Test/TestAllEntryVerify.cxx a new low level test now seems fair.
412      This is a C++ based equivalent of gdcmPython/testSuite.py that should
413      be deprecated. If you have any doubts about the advantages of a
414      modern scripting language (read Python) versus grass root C++ (i.e.
415      without lex + yacc, because of gdcm commitement to MS-VC++, sighhh),
416      I suggest you compare TestAllEntryVerify.cxx (639 lines, without the
417      reference file gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt) and testSuite.py.
418         Anyhow, consider documenting the gdcmData images in 
419      gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt (and please run ctest before
420      commiting changes).
421    * Test/CMakeLists.txt:
422       - now uses TestAllEntryVerify.cxx
423       - specific comments on oldACR00001.ima (now renamed in gdcmData
424         to SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr) moved away to
425         gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
426    * TODO updated.
427
428 2004-07-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
429    * src/*.[h|cxx] : typedef clean up
430      - guint16 and guint32 removed. Use ISO C uint16_t, uint32_t instead.
431      - TagKey renamed to gdcmTagKey (for external usage)
432      - VRKey renamed to gdcmVRKey (for external usage)
433      - removal of typedef duplication.
434      - Removed all unecessary inline keyword from class inline definitions.
435      - Some method|function(void) declarations replaced with method|function().
436    * src/jpeg/libijg12/jdhuff12.c:
437       - printf polluting ctest removed.
438       - TAB removal for comminting
439    * Test:
440      - TestAllReadCompareDicom.cxx: added a test that compares all the
441        images in gdcmDataImages.h with corresponding images in 
442        gdcmData/BaselineDicom/. When baseline images are not present
443        this test creates them.
444        Note: we need to validate each reference image, but before that
445              I'd like to rename them with a more explicit name...
446      - CMakeLists.txt: changed accordingly.
447    * Example/*.cxx: examples now only include gdcm.h (as opposed to 
448      including each header needed).
449
450 2004-07-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
451    * Test/*.cxx and Example/*.cxx: moved some examples away from the
452      test suite to the Example directory. Are concerned:
453      - PrintHeader.cxx
454      - TestDcm2Acr.cxx
455      - TestFindTags.cxx
456      - TestWrite.cxx was
457      - TestWriteSimple.cxx
458    * Test/CMakeLists.txt: added some comments on reasons for black listing
459      image gdcmData/oldACR00001.ima
460
461 2004-06-30 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
462    * Test/CmakeList.txt: removed the following from black list (to be coherent
463      with removal from gdcmData):
464       - gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.fixed.dcm
465       - gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
466       - US.3405.1.dcm
467      Added the following because after last cvs update, they cause
468        ctest -R TestReadWriteReadCompare 
469      to segfault:
470       - gdcm-MR-SIEMENS-16-1.acr
471       - oldACR00001.ima
472    * Test/TestReadWriteReadCompare.cxx was properly written (with a call
473      to gdcmFile::SetImageData()) BUT since gdcmFile is brain damaged (see
474      new comments in this file) we temporarily (sigh) move to a weaker
475      form of test...
476    * Test/CmakeList.txt: with the change to Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
477      we don't need to black list the following images anymore:
478       - 8BitsUncompressedColor.dcm
479       - OT-PAL-8-face.dcm
480       - US-PAL-8-10x-echo.dcm
481    * src/gdcmDocument.[h|cxx]: RE-Reverting to version 1.42 with the proper
482      fixes and the beautified code ;-)
483      This fixes the bug introduced in version 1.42 (when beautifying)
484      that made the parsing of 8BitsRunLengthColor.dcm unproper.
485      Note: ctest was blind to this bug (this means we need to still
486            improve the test suite). The bug could be detected by using
487            gdcmbin/bin/PrintDocument $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
488            or by using
489            gdcmbin/bin/ReadWrite $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
490            and by displaying the (garbage) produced file temp.XDCM...
491
492 2004-06-29 Jean-Pierre Roux
493    FIX : - remove Frog's beautified, but never checked 'Parse7FE0' code,
494          - replace by uggly but working old code :-(
495                 A lot of things should be OK again.
496         It's really urgent to have a test suite that *tests*, 
497         to prevent Frog's beautifying sessions to break all the stuff
498         (twice, withing a fortnigh ...)         
499
500 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
501    * Test/TestWriteRead.cxx and TestReadWrite.cxx merged (because of
502      redundancy) to added Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
503    * Test/CmakeList.txt: because the compare test of
504      Test/TestReadWriteReadCompare.cxx fails, the following images are
505      black listed: - 8BitsUncompressedColor.dcm
506                    - OT-PAL-8-face.dcm
507                    - US-PAL-8-10x-echo.dcm
508    * src/gdcmDocument.cxx: for broken (non DICOM V3 conformal) images
509      (e.g. gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm see comments in
510      gdcm/gdcmPython/testSuite.py for details) ::FindDocLengthOB() had
511      and ad-hoc kludge. This kludge is now removed, and on encountering
512      such an image (OB field brain damaged) we set errno. Then in 
513      ::FindDocLength() we "fix" the length as being ALL what remains
514      in the file (until EOF). We then proceed, hoping for the best...
515      This fixes a SegFault in ShowDicom when trying to write such an
516      image.
517    * Test/CmakeList.txt: 8BitsRunLengthColor.dcm is now blacklisted
518      (because TestWriteRead breaks on it, after a non conformal commit?).
519      ctest now runs properly, except for MakeDicomDir (which was allways
520      broken) and the Python related stuff (still not fixed).
521    
522 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
523   ADD : Examples/WriteRead, that acts like the former Test/TestWriteRead
524   FIX : Test/TestReadWrite now iterates on all the file names 
525                           (instead of infinite loop)
526   ENH : Test/TestWriteRead now iterates on all the file names 
527
528 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
529    * Test/TestReadWrite.cxx: now uses all the images of gdcmData.
530
531 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
532    FIX : - now Write drops LUT Descriptors and LUTs (if any)
533                     when SamplesPerPixel =3
534          - now Write is no longer confused by 
535                               'BitsAllocated = 12" and 'BitsStored=12"
536          - "UN" value representation Elements are now written correctly 
537                (their legth is stored on 4 bytes -just like OB, OW, and SQ-)                                                                    
538    ENH : - now gdcmHeader has its own Write methods 
539                     (in order to split the job that has not to be done 
540                                         for gdcmDicomDir)
541
542 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
543    * Test/PrintAllDocument.cxx: looping on files is now effective. It used to
544      loop on the same image until memory went out. 
545      Note: this means we still have gobs of memory loss in PrintDocument
546    * src/gdcmDocument.cxx: fixes problem on parsing on file
547      gdcmData/16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.
548
549 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
550    FIX : Write - All the Sequences and Sequence Item are now written 
551             as 'no length' stuff, and a Sequence Delimitor aor an Item Delimitor
552                                 is added a the end, when necessary.
553             - A lot of brain-damaged images, that were read correctly are 
554                       now written correctly
555                                 - length compatible BinEntry are now loaded correctly 
556                                 (even for odd groups) 
557         Note : only Explicit Value Representation was checked.
558                                 (question : is implicit VR really necessary for gdcm ?)
559
560 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
561    * DEVELOPPER: added a proposition of coding style.
562    * src/gdcmDocEntry.h: removed every inline declaration (for test of 
563      coding style).
564
565 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
566    * gdcmDocEntry::PrintCommonPart() and ::WriteCommonPart() removed.
567      Use the gdcmDocEntry::Print() and Write() instead.
568    * src/gdcmDocument.cxx: bug fix.
569
570 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
571    FIX : gdcmDocument.cxx
572       - Now we do recognize the JpegLossLess format (there was a misstyping in
573         code 'beautyfication' :-(
574       - Now we automaticaticaly load the Luts, if any
575
576 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
577    In order : to write Sequences, whatever their imbrication level, 
578                  : to allow user to create his own Sequences
579         a lot of modif where necessary (adding, moving, or virtualising methods)
580
581 WARNING : save your own sources *before* cvs up !
582         
583         - gdcmBinEntry
584           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
585           
586    - gdcmDocEntry
587           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
588           ADD void gdcmDocEntry::WriteCommonPart(FILE *fp, FileType filetype);
589           
590         - gdcmDocEntrySet
591           ADD virtual void Write (FILE *fp, FileType filetype)=0;
592           ADD   virtual gdcmDocEntry *GetDocEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
593      ADD gdcmDocEntry *GetDocEntryByName(std::string name);
594      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
595      ADD std::string GetEntryByName(TagName name);                       
596      ADD gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
597                                             guint16 element,
598                                             std::string vr     = "unkn",
599                                             std::string fourth = "unkn",
600                                             std::string name   = "unkn"); 
601           ADD gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);                                                                                                 
602      ADD gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);     
603      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
604      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);   
605      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByName   (std::string Name);
606      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
607           REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element)=0;
608      REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name)=0;
609           
610         - gdcmDocument
611      ADD virtual bool WriteF(FileType type); // New stuff, with recursive exploration           
612      ADD virtual std::string GetEntryByName    (TagName tagName);
613      ADD virtual std::string GetEntryVRByName  (TagName tagName);
614      REM virtual bool Write(FILE *, FileType);
615      REM virtual void WriteEntryTagVRLength(gdcmDocEntry *tag,
616                                         FILE *_fp, FileType type);
617      REM virtual void WriteEntryValue(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
618      REM virtual bool WriteEntry(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
619      REM virtual bool WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
620      REM virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
621      REM virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
622      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
623      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
624      REM gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
625                                             guint16 element,
626                                             std::string vr     = "unkn",
627                                             std::string fourth = "unkn",
628                                             std::string name   = "unkn");
629      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
630      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);
631      REM gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
632      REM gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
633                                                                                                                  
634         - gdcmElementSet
635           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
636           
637    - gdcmSeqEntry
638           ADD virtual void Write(FILE *fp,FileType filetype);
639  
640    - gdcmSQItem
641      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
642      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);        
643      REM std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
644      REM std::string GetEntryByName(TagName name);
645
646    - gdcmValEntry
647          ADD virtual void gdcmValEntry::Write(FILE *fp, FileType filetype); 
648                                   
649 2004-06-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
650     * Test/TestWriteSimple.cxx: fix to gdcmHeader-gdcmHeaderHelper revamping.
651       The default constructor invoked by the line
652          gdcmHeader *f1 = new gdcmHeader( header );
653       was gdcmHeader::gdcmHeader(bool) instead of the expected
654       gdcmHeader::gdcmHeader(std::string const &, bool = false, bool, bool).
655       Hence the parsing wasn't executed... See also below.
656     * src/gdcmHeader.h: the declaration of gdcmHeader::gdcmHeader(bool)
657       as explicit constructor didn't do the trick to fix the above problem.
658       Could anyone explain why ?
659     * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmValEntry.cxx: gdcmBinEntry::Print() now
660       properly calls gdcmValEntry::Print() (that was weed out from 
661       code related to gdcmBinEntry).
662
663 2004-06-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
664     * In order to fix memory leaks:
665      - Test/TestWriteSimple.cxx: added cleaning of free store through
666        some delete calls.
667      - src/gdcmBinEntry.cxx: fix to avoid SegFault.
668      - src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: fixed initialisation in constructor
669        gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(bool) [either the constructor itself
670        (through the call to ::AddDicomDirMeta()) or the destructor
671        would crash when deleting uninitialized ::metaElems].
672      - src/gdcmDictEntry.cxx: annotation of ununderstood memory leak.
673      - src/gdcmDocument.cxx:
674        -- ::~gdcmDocument() destructor now cleans up all dictionary entries
675           from dynamic stores.
676        -- ::ParseDES() misplaced deletion of temporary NewDocEntry
677           was causing memory leaks.
678      - src/gdcmSQItem.cxx:
679        -- ::~gdcmSQItem() dummy code cleaned (learned that deletion is
680           cleanly handled with polymophism: sorry but my milage is low).
681        -- ::SetEntryByNumber(string, guint16, guint16) now cleanly allocates
682           a gdcmValENtry, and makes no assumption on type (gdcmDocEntry,
683           gdcmSeqEntry vs gdcmValEntry) of existing entry (when present).
684           This avoids SegFaulting.
685      - src/gdcmSQItem.h: coding style.
686     * Conclusion:
687      - Test/TestWriteSimple still severely sucks. The output image content
688        (when $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm in input) is brain
689        damaged when displayed with vtkgdcmViewer.
690      - on memory leaks: TestWriteSimple leaks really less (see entry
691        of 2004-06-18 in Changelog file for the call to valgrind).
692      - on segfaults: ctest now passes all the tests but one (no more
693        segfaults).
694     * Erroneous leading white fix:
695      - src/gdcmDict.cxx: getline(from,xxx) doesn't remove the leading
696        white[s] (as opposed to from >> xxx, that removes it [them].
697      - src/gdcmTS.cxx: ditto.
698      - gdcmPython/testSuite.py: dirty related kludge removed.
699     * src/*: remaining references to gdcmParser removed.
700     * src/*[cxx|h]: added copy[way]left header.
701
702
703 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
704     * In order to fix writing of dicom files:
705      - Test/TestWriteSimple.cxx: a simpler example of writing.
706      - Test/CMakeLists.txt changed accordingly.
707      - src/gdcmDocument.cxx:
708        -- The destructor now recursilvely removes potential sequences.
709        -- Bug fix in ::IsJPEG2000()
710        -- ::ReplaceOrCreateByNumber(std::string, guint16, guint16)
711           now handles promotion of gdcmDocEntry to gdcmValEntry in a cleaner
712           manner.
713        -- ::GetValEntryByNumber(guint16, guint16) now defined (as opposed
714           to only declared) and build on top of
715           ::GetDocEntryByNumber(guint16, guint16).
716        -- ::SetEntryByNumber() now uses GetValEntryByNumber(group, element)
717      - src/gdcmElementSet.[h|cxx]: added ::RemoveEntry(gdcmDocEntry *)
718        for usage in destructor and treatement of promotion in
719        ::ReplaceOrCreateByNumber().
720      - src/gdcmSQItem.cxx: destructor should better handle his job.
721       Test/TestWriteSimple now runs (or at least it DOES something).
722     * We can now start hutting memory links. A good starting point is:
723       valgrind -q --skin=memcheck --leak-check=yes --leak-resolution=high
724       --num-callers=100 --show-reachable=yes gdcmTests TestWriteSimple
725       $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm foo.dcm
726
727 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
728     * Valgrind note: after Mathieu Malaterre teached me how to read
729       the valgrind FAQ ;-] (see http://valgrind.kde.org/faq.html), I
730       learned that:
731           Using gcc, you can force the STL to use malloc and to free memory as
732           soon as possible by globally disabling memory caching.
733           With 3.2.2 and later, you should export the environment variable
734           GLIBCPP_FORCE_NEW before running your program.
735       By setting GLIBCPP_FORCE_NEW, STL related memory leak messages of gdcm
736       simply vanish (it is still not clear to me, whether this means that
737       STL std::string leaks or if valgrind believes it leaks...).
738     * Fixing of SegFault of Test/makeDicomDir (as shown by ctest or by
739       running bin/gdcmTests makeDicomDir):
740       - src/gdcmDicomDir.cxx: dynamic casting used + clean up.
741       - Test/makeDicomDir.cxx now properly traps empty lists and returns
742         with 1.
743       NOW, makeDicomDir cleanly fails (in ctest terminology) instead of
744       SegFaulting (I drowned in DicomDir related code when trying to
745       understand why the list is empty...).
746     * src/gdcmDocument.h: first BSD license header try.
747     * Doc/License.txt added.
748
749 2004-06-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
750     * src/gdcmDocument.[h|cxx]:
751       - Clean up of the Transfer related predicates. They are now all based
752         on new method isGivenTransferSyntax, that (should) handle properly
753         the padding problem.
754       - general clean up, simplification, and coding style.
755       - Specific clean up of Parse7FE0() (umproperly named actually).
756     * gdcmPython/testSuite.py: an odd temporary kludge introduced.
757
758 2004-06-14 Jean-Pierre Roux             
759    *  gdcmSeqEntry.cxx
760            - fix the display of Sequence Delimitor (SQDepthLevel pb)
761                 - fix the display of SQItem ordinal number
762       - add the GetSQItemByOrdinalNumber method
763                 - remove some useless never written private methods     
764                 
765 2004-06-14 Jean-Pierre Roux
766    * gdcmBinEntry.cxx 
767       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param
768            - ReplaceOrCreateByNumber now returns :
769               a gdcmBinEntry * if a Binary (void *) value is passed as a param
770                    a gdcmValEntry * if a string value is passed as a param
771    * dcmDocument.cxx
772       - SetEntryByNumber now allows setting gdcmValEntry or gdcmBinEntry, 
773               according to the param type (no longer sets a gdcmDocEntry)
774            - GetValEntryByNumber, GetBinEntryByNumber added
775       - NewValEntryByNumber and NewBinEntryByNumber added
776    * gdcmFile.cxx
777       - Pixel Data are now linked to the (7fe0,0010) elements, after reading
778    * gdcmSQItem.h
779       - GetSQItemNumber and SetSQItemNumber added, to provide 
780             a (relative) Item identier inside a given Sequence
781             \warning : some pb remaining around this number
782                                 will be solved asap
783       - AddEntry now takes the Item Number as a param   
784    * gdcmValEntry.cxx 
785       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param    
786
787 2004-06-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
788     * Memory leak hunt with the following command:
789       valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
790                --show-reachable=yes gdcmTests PrintDocument
791       It looks like many (all?) leaks are due to the STL (or a bad usage
792       of the STL. The lines producing the leaks now have a comment with
793       a "MEMORY LEAK" tag: you can retrieve them with 
794           grep "MEMORY LEAK" src/*
795       Here are two typical examples which I can't help fixing:
796       -----
797           #include <string>
798           int main() {
799              std::string name;
800              char * test = "babo";
801              name = test;    //// <--- valgrind detects 960 bytes lost in
802                              ////   call to std::string::operator=(char const*)
803              name.clear();   //// Doesn't help !
804              return 0;
805           }
806       -----
807           #include <string>
808           #include <iostream>
809           int main() {
810              std::string line;
811              std::cout << "Type a bunch of characters followed by RETURN: ";
812              getline(std::cin, line);   //// <--- valgrind dectects a loss
813                                         //// of 1320 bytes in call to
814                                         /// std::basic_istream<>& std::getline<>
815             return 0;
816           }
817       -----
818
819
820 2004-06-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
821     * src/gdcmHeader.[cxx|h]:
822       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*)
823         and related, moved away to gdcmDocument.
824       - Accessors (on the form [Get|Set]Entry*) set up to expose publicly
825         the corresponding protected accessors of inherited class
826         gdcmDocument, removed ! As a consequence gdcmFile had to be 
827         declared friend of class gdcmDocument (see below).
828       - operator< moved to gdcmDocument (in fact it belongs to gdcmDicomDir).
829       - Clean up of undefined or unused methods.
830     * src/gdcmFile.[cxx|h]: added SetEntryByNumber (in order to take into
831       account the changes to gdcmHeader.h).
832     * src/gdcmDocument.h:
833       - gdcmFile is now a friend class (in order to take into account the
834         changes to gdcmHeader.h).
835       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*) added
836         (see changes to gdcmHeader.h).
837       - Accessors (reading on the form GetEntry*) are now public.
838       - Clean up of undefined or unused methods.
839     * src/gdcmDocument.cxx:
840       - adaptation to changes to gdcmDocument.h
841       - ::OpenFile now writes a verbose message when file cannot be opened.
842       - some std::string properly set to VRKey
843     * src/gdcmDicomDir.h: historical references to gdcmHeader changed to
844       references to gdcmDocument. 
845     * Test/TestFindTags.cxx: changed accordingly to above changes.
846     * gdcmPython/testSuite.py: adapted to renaming of acr files in 
847       cvs repository gdcmData.
848
849 2004-06-09 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
850     * src/gdcmValEntry.h: member voidArea type changed from char* to void*.
851     * src/gdcmBinEntry.h: member voidArea commented out, since it potentially
852       conflicts with gdcmValEntry::voidArea.
853     * src/gdcmValEntry.cxx: unmatching comment wiped out.
854     * src/gdcmVR.[h|cxx]: added two predicates that partition the possible
855       Value representation between StringRepresentable and BinaryRepresentable.
856     * src/gdcmDocument.cxx: 
857       - method ParseDES: proper indentation restored and usage of
858         gdcmVR::IsVROfGdcmStringRepresentable wired in.
859       - method LoadDocEntry: the fingerprint left in the SetValue() of
860         unloaded entries (length > MaxSizeLoadEntry) had curiously been
861         removed. Reverting to previous code segment with the proper
862         dynamic_cast< gdcmValEntry* >.
863         Note: this was (partially) breaking the python test suite
864               (gdcmPython/testSuite.py) that made usage of the above
865               fingerprint to check presence of "Pixel Data".
866     * src/gdcmDocEntry.h: coding style.
867     * gdcmPython/__init__.py: environement variable GDCM_DATA_PATH is
868       now taken into account.
869     * gdcmPython/gdcm.i: adaptation to the new internal representation
870       of gdcm (exit gdcmParser, hello gdcmDocument).
871     * gdcmPython/testSuite.py: quick and dirty fix for loading vtkgdcmPython
872       on posix.
873     * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: doesn't use the gdcmDocument::Print()
874       anymore, but instead prints the loaded Python dictionary.
875     * .... alas, the python testSuite is still broken.
876
877 2004-05-18 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
878     * gdcmPython/gdcm.i : remove useless lines concerning the gdcmGlobal
879       gdcmGlob
880     * gdcmPython/setup.py : replace the use of cvar.gdcmGlob to gdcmGlobal
881     * src/gdcmUtil.h : export methods
882
883 2004-05-16  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
884     * Some more cleanup/enhancement in gdcmPython/CMakeLists.txt getting close
885       to right behavior
886     * Initial addition of automatic python testing
887     * Initial addition of automatic image comparison
888
889 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
890     * src/gdcmCommon.h, gdcmDicomDir.cxx, gdcmFile.cxx, gdcmHeaderHelper.h,
891       gdcmParser.cxx, gdcmParser.h : bug fix for the Microsoft .Net compilation
892
893 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
894      * src/gdcmFile.cxx, gdcmHeader.cxx : bug fix for the msvc compilation
895      * Test/ShowDicom.cxx : bug fix for msvc compilation
896      * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : bug fix for msvc compilation
897
898 2004-05-04 Jean-Pierre Roux
899      * ADD Taking into account the 'Dicom Sequences' leads up to introduce
900        new concepts (and new classes) :
901        a 'gdcmDocument' is composed of a set of Doc Entries, that are
902         - elementary gdcmDocEntries (former gdcmHeaderEntries)
903         - Sequence Doc Entries (gdcmSeqEntries)
904        a Sequence is composed of Items.
905        Each item is a set of Doc Entries (this is recursive)
906        The non uniqueness of the 'Dicom tag' is due to this recursivity
907        (never taken into account)
908        Our unability to add a new 'entry' in the header
909        at the proper location (neither in the H-Table (map or multimap),
910        nor in the Chained List is also due to this recursivity.
911        Don't try, right now, to use/modify/compile these new sources :
912        nothing is finished.
913        We just commit all the stuff, 'as is', in order not to loose it.
914
915 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
916      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix in the setting of file name
917      
918 2004-05-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
919      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading a list of files using the
920        file prefix (SetFilePrefix)
921
922 2004-05-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
923      * Add a new test: ShowDicom, for now this is just the c++ version of
924        checkRead.sh, later it will be able to compare the image read against a
925        baseline.
926      * Replace the DEBUG on the stack with a global entry in cmake interface:
927        GDCM_DEBUG, so you can turn verbosity ON/OFF for debug statement.
928
929 2004-04-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
930      * Add an example subdir, with a real example on how to read + write a 
931        dicom image
932
933 2004-04-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
934      * Doc/gdcmUML.xmi added raw UML class view (umbrello format)
935      * Doc/CMakeLists.txt: the main page is now properly differentiated
936        between the developper and user version.
937      * Doc/doxygen.config.in: dropped search related obsolete flags
938      * src/gdcmParser.h, gdcmHeader.h: doxygenation
939
940 2004-04-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
941      * DEVELOPPER: added some helpfull comments for compile/test/install
942        when using cmake.
943
944 2004-04-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
945      * ENH: 1. Remove remp solution of gdcmTests.cxx+ gdcmMain directly in 
946                src directory, now generated in the build dir.
947             2. Tests as mentionned smarter
948             3. Some clean up
949             4. Add a new method in gdcmDict that return the PubDict by name 
950           this is interesting for 3rd party lib like ITK, 
951           where we could set the institution name / patient name...
952
953        * ENH: 1. Now the test suite is working for real
954               2. All binaries are now output in the gdcm-bin directory 
955                  (this was not true before)
956
957 2004-04-28  Jean-Pierre Roux
958      * ENH add the provisional  gdcmHeader::SQDepthLevel to allow 
959            SeQuence indented printing of Dicom Header.
960      * ENH merge methods gdcmParser::Parse and gdcmParser::LoadHeaderEntries
961            into the single gdcmParser::LoadHeaderEntries for efficiency purpose.
962            Computation of SQDepthLevel is now part of gdcmHeader constructor
963      * ENH add self defined param 'new' to PrintHeader to 'show' the SeQuence
964            tree-like structure of a Dicom Header.
965      * FIX Test code cleaning     
966            
967 2004-04-25  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
968      * ENH: Adding automatic testing
969        1. Need a DartConfig.cmake to submit to public
970        2. Add a test driver gdcmTest.cxx
971        3. gdcmTestMain, an helper for the main test driver gdcmTest
972        4. Files in Test don't have a main anymore, this becomes interesting 
973           when we add more and more tests, thus dsw don't have to load 
974           too many projects
975      * ENH: Adding a GDCM_DATA_ROOT for testing
976      * ENH: Remove redundancie about GDCM_DICT stuff, now we only need to modify
977        one file instead of seven + some small cleanup
978
979 2004-04-22  Jean-Pierre Roux
980      * ENH Minor changes to the Print() methods.
981      * ADD gdcmParser::PrintEntryNiceSQ() to allow SQ-indented
982            Header printing. Example given with :
983            > PrintHeader fileName  2 new
984           (SQ based tree-like structure still to be done for the Header ...)
985            
986 2004-04-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
987      * ENH: Some cosmetic clean up for compilation with -W -Wall -Werror
988          1. I have added some unsigned where needed
989          2. Some function parameter not used -> (void)
990          3. In gdcmDicomDir.cxx, add GDCM_DICOMDIR_NONE case
991          4. g++ don't like character '\' in comment
992          5. #define jpeg_create_decompress  jCreaDecompress
993                     this really need to be fixed
994          6. virtualize destructor of gdcmObject ... leakage
995          7. sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); 
996                     this also really need to be fixed
997          8. gdcm/src/jpeg/libijg8/CMakeLists.txt, 
998                     remove compression file 
999                     (as we only do decompression, right ?)     
1000      * ENH: Change malloc/calloc/free with c++ equivalent
1001
1002 2004-04-21  Jean-Pierre Roux
1003      * FIX gdcmHeaderHelper::GetXSpacing
1004            when a single value is found (bug ?), xpacing is now 
1005            defaulted to yspacing
1006            
1007 2004-04-19  Jean-Pierre Roux
1008      * ADD gdcmData/Wrist.pap (PAPYRUS 3.0 -single frame-) for checking purpose
1009      * ENH add parameters :
1010                bool  exception_on_error = false, 
1011                bool  enable_sequences   = false,
1012                bool  ignore_shadow      = false
1013            to the gdcmFile constructors to be full gdcmParser compliant
1014      * FIX vtk/vtkGdcmReader.cxx now uses  enable_sequences = true in gdcmFile
1015            to allow reading of PAPYRUS 3.0 files 
1016               
1017 2004-04-06  Jean-Pierre Roux
1018      * ADD gdcmData/E00001S03I0015.dcm for SQ checking purpose
1019      
1020 2004-04-02  Jean-Pierre Roux
1021      * ADD : Test/checksequence.sh, for a general recap on SQ pb
1022      * FIX : gdcmParser::WriteEntryTagVRLength emprovement of special treatement
1023              for Philips spurious Tag fffe|0000 while rewritting Dicom files
1024              
1025 2004-03-30  Jean-Pierre Roux
1026      * FIX gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber shouldn't seg fault any more 
1027          for ACR file, written out as DICOM files (hope so...)
1028
1029 2004-03-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1030      * src/gdcmParser.[cxx|h] and gdcmHeader.[cxx.h]: gdcmHeader::Write split
1031        in WriteEntryTagVRLength and WriteEntryValue. Those methods were
1032        moved to base class gdcmParser and only the specialisation is kept
1033        in gdcmHeader.
1034      * src/gdcmParser.[cxx|h]: ReplaceOrCreateByNumber(char*, guint16, guint16)
1035        trashed out (because ReplaceOrCreateByNumber(string, guint16, guint16)
1036        already does the job.
1037      * src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: WriteDicomDirEntries renamed to WriteEntries
1038        (to be consistent with gdcmParser::WriteEntries).
1039
1040 2004-03-30 Benoit Regrain
1041      * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : fix the read of 3 gdcmHeader when making an
1042        upate of the object's instance. It's passed to 2 in the unfavorable
1043        case : one in the ExecuteInformation, one in the ExecuteData
1044
1045 2004-03-29  Jean-Pierre Roux
1046      * ENH : Check on file type to be written moved
1047              from gdcmParser::WriteEntry to gdcmParser::WriteEntries
1048      * FIX : gdcmObject::ResetBoundaries now stops properly
1049              when end-of-list is reached
1050            : gdcmVersion modified (as Benoit Regrain asked)
1051
1052 2004-03-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1053      * src/gdcmParser.cxx: removal of all TAB character. Indentation fixed.
1054      * src/gdcmUtil.cxx: added forgotten iostream include.
1055      * src/gdcmCommon.h: FileType enum entry DICOMDIR removed (since
1056        equivalent to ExplicitVR in existing code).
1057
1058 2004-03-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1059      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmGlobal.[cxx|h]
1060        now contains all the gdcmGlobal related code.
1061      * minor coding style and doxygenation changes.
1062
1063 2004-03-26  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1064      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmDebug.[cxx|h]
1065        now contains all the Debug related code.
1066      * minor clean-up of includes in src/*.cxx
1067      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _cleanString C style function (replaced with
1068        CreateCleanString) removed.
1069      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _CreateCleanString renamed to CreateCleanString
1070      * Doc/DoxyMainPageUser.txt added.
1071      * Doc/Doc/DoxyfileUsers updated to version 1.3.4 of Doxygen.
1072      * src/gdcmCommon.h now defines getcwd for Win32 (moved away from
1073        src/gdcmDirList.cxx)
1074
1075 2004-03-24  Jean-Pierre Roux
1076      * FIX a lot of little surface modifications to be doxygen 1.3.6 compliant
1077
1078 2004-03-23  Jean-Pierre Roux
1079      * FIX Now gdcmFile::SwapZone doesn't seg faults any longer for
1080            big endian made volumes
1081      * ENH Now gdcmParser constructor and destructor are protected to forbid
1082            end user to instanciate class gdcmParser
1083           (only gdcmHeader and gdcmDicomDir are meaningfull)
1084
1085 2004-03-22 Benoit Regrain
1086      * FIX : src/gdcmDicomDir.cxx : make windows compilable
1087      * FIX : gdcmPython/gdcm.i : change gdcmStudy to gdcmDicomDirStudy and
1088              gdcmSerie to gdcmDicomDirSerie
1089
1090 2004-03-19  Jean-Pierre Roux
1091      * ENH Now the tree-like structure describing a DICOMDIR comming from
1092            an already existing DICOMDIR file is consistent with
1093            the home-made tree-like structure build ex-nihilo
1094            or build from the files held (recursively) in a Directory
1095            functions gdcmDicomDir::CheckBoundaries()
1096            gdcmObject::SetBoundaries() added
1097
1098 2004-03-17  Jean-Pierre Roux
1099      * REM (Eric Boix bug) : removal of meaningless
1100                              gdcmDicomDirImage::NewImage function.
1101      * FIX now file names and directory name are written properly in the
1102            DICOMDIR
1103      * FIX now gdcmDicomDir constructor may be call without any trick
1104            about the name
1105
1106 2004-03-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1107      * FIX (JPR bug) : src/gdcmDicomDirImage.cxx added missing definition
1108                        of gdcmDicomDirImage::NewImage as empty function.
1109
1110 2004-02-28  Jean-Pierre Roux
1111      * ENH add gdcmDicomDir:NewPatient
1112            add gdcmDicomDirPatient:NewStudy
1113            add gdcmDicomDirStudy:NewSerie
1114            add gdcmDicomDirSerie:NewImage
1115            to allow making gdcDicomDir object.
1116      * ADD PrintDicomDir executable that uses gdcmDicomDir tree-like structure
1117           (as opposite to the gdcmHeader chained list)
1118
1119 2004-02-11 Benoit Regrain
1120      * FIX : memory leaks and the set of ArgDelete methods in gdcmDicomDir
1121              when using from python
1122
1123 2004-02-10 Benoit Regrain
1124      * FIX : bug fix in the gdcmDirList for the recursivity in directories
1125      * FIX : in gdcmDicomDir when the directory is empty
1126      * ENH : add callback and methods to get the progression of dicomDir
1127              directory parsing
1128
1129 2004-02-06 Jean-Pierre Roux
1130      * ENH : - now gdcmDicomDir::CreateDicomDir() returns also the meta elements
1131              - GDCM_META added to gdcmDicomDirType
1132              - class gdcmMeta created
1133      * ENH : - A brief summary is now displayed at the beginning of
1134              'testDicomDir' to help disaster magnitude estimation
1135      * REM : Now useless Test/explDICOMDIR.cxx
1136
1137 2004-02-05 Benoit Regrain
1138      * ENH : add methods in gdcmObject to get the hash table or the list of
1139              header entries
1140      * FIX : wrapping python for ListPatient, ListStudy, ListSerie, ListImage
1141      * FIX : wrapping python for TagHeaderEntryHT
1142
1143 2004-02-04 Benoit Regrain
1144      * FIX : even length for some strings when writting the dicom dir
1145      * FIX : sort the images in the dicom dir
1146      * FIX : Bug fix for python use of dicom dir
1147      * ADD : a python demo
1148
1149 2004-02-04 Jean-Pierre Roux
1150      * FIX : Final solution (?) for icone embedded images
1151      * FIX : dicomVR.dic Overlay group is not *only* 6000, but 60xxx
1152              (see http://medical.nema.org/dicom/2003/03_06PU.PDF)
1153              add groups 6002, 6004, 6006, to allow 'clean' parsing of
1154              gdcmData/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1
1155      * ENH add gdcmData/checkWriteExplicit.sh gdcmData/checkWriteImplicit.sh
1156            to make full checking easier
1157         
1158 2004-02-04 Benoit Regrain
1159      * FIX : WriteEntries : coding style & logic in parameters
1160      * FIX : Set the elements to create the DicomDir in a dictionary file
1161
1162 2004-02-03 Benoit Regrain
1163      * gdcmDirList : to parse a hard drive directory in recursive (or not)
1164      * gdcmDicomDir : add the load of directory
1165      * Bug fix and print add-on
1166
1167 2004-02-03 Jean-Pierre Roux
1168      * ENH gdcmParser : allows "DICM" files, with NO group '0002'
1169      * FIX handling 'non string elements' unsecure area (LUT, overlays, etc)
1170      * FIX Dicts/dicomV3.dic : Add a few missing 'group length' Elements 
1171      * FIX gdcmParser.cxx : 'group length' elements are now considered 
1172            as integers, even for shadow groups, when file is Implicit VR
1173         
1174 2004-02-02 Jean-Pierre Roux
1175      * FIX : gdcmWrite : equal_range() for multimap doesn't return a 'second' 
1176              iterator on last
1177              of the last synonym :-(
1178      * FIX : gdcmWrite::WriteBase : method stops if Pixels not yet Read (except 
1179              for DICOMDIR ;-)
1180      * ENH gdcmData/checkWrite.sh :modif for full check of Explicit VR writting
1181      * FIX taking into account the possible 7fe0,0010 multiplicity        
1182      * FIX add GRPixel,NumPixel,countGrPixel (gdcmParser protected members)
1183            to allow removal of references to 7fe0,0010, to deal with
1184       ACR-NEMA images, when 0028,0200 is meaningfull
1185
1186 2004-01-31 Jean-Pierre Roux
1187      * FIX gdcmParser::WriteEntries : when a VR is tagged as 'Unknown'
1188            no longer writes 'Un' on disk
1189      * FIX SQ elements with actual length are now dealt with corectly
1190      * FIX gdcmFile::WriteBase make the difference, for color images, between
1191            the length (for Palette expanded images)
1192            and Raw Length (non expanded image + Palette)
1193      * FIX Dicts/dicomV3.dic : removal of 'CTX' (context dependant) VR
1194            (that broke Write). Replaced by UL.
1195            Aware user will reload the field if he 
1196            thinks it's necesssary
1197              
1198 2004-01-30 Jean-Pierre Roux
1199      * gdcmParser::CheckSwap() now defaults the filetype to ACR 
1200        when 'dirty Acr' is found, to be compliant with the new 
1201        IsReadable() methods.
1202        
1203      * gdcmHeaderHelper :add Pixel Type 'FD', for dealing with 'double' images.
1204       (no DOUBLE images in kosher DICOM, 
1205       but so usefull for people that miss them ;-)
1206       
1207      * add Test/testDicomDir.cxx, Test/makeDicomDir.cxx , Test/explDICOMDIR.cxx
1208        DICOMDIR related utilities (not checked as Windoze compliant)
1209
1210 2004-01-28 Jean-Pierre Roux
1211      * upgrade GdcmHeaderEntry Print Method for DICOMDIR
1212
1213 2004-01-27 Jean-Pierre Roux
1214      * gdcmParser constructor has a new boolean param,'ignore_shadow', 
1215              to allow skipping the shadow elements, to save memory space.
1216         The TRUE value for this param has to be used 
1217         with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
1218         ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
1219      * gdcmHeader methods now deal with 'embedded icones images' in the header
1220              (even when an 'icone image sequence' is announced by the 
1221         element (0x0088,0x0200), but there is NO icone at all ...
1222         
1223      * gdcmHeader sometimes Image Location value doesn't follow  
1224              the supposed processor endianity (see gdcmData/cr172241.dcm).
1225              Fixed
1226
1227      * gdcmHeader add the method
1228              IterHT  GetHeaderEntrySameNumber(grPixel,numPixel);
1229         to get *all* the Header Entries with the same tag.
1230         GetHeaderEntrySameName is probabely *useless* 
1231         (no meaning : Name is *not* an identifier within the Dictionnary)
1232
1233 2004-01-26 Benoit Regrain
1234      * Bug fix in the print of hexadecimal representations. Remove long fields 
1235        in the print and add a third level of print to print them
1236
1237 2004-01-23 Benoit Regrain
1238      * Bug fix on field having a VR = 'UI'. Assume that is a string field
1239      * Bug fix on test suite after remove the strip made on not string fields
1240      * Split the IsReadable method between gdcmParser which test that the file
1241        is dicom and gdcmHeader which test that it's an image file
1242
1243 2004-01-22 Benoit Regrain
1244      * DicomDir : clean code, add methods, set variables in protected or private
1245      * gdcmUtil : bug fix for the clean string method
1246
1247 2004-01-19 Benoit Regrain
1248      * Add the use of shadow dictionaries
1249      * bug fix and coding style
1250
1251 2004-01-19 Benoit Regrain
1252      * src/gdcmFile.cxx : bug fix concerning the close of file
1253      * src/gdcmParser.[h|cxx] : remove obvious Pub informations
1254      * Add the update of header entries using the shadow library
1255
1256 2004-01-19 Benoit Regrain
1257      * removal of file gdcmHeader2.cxx
1258      * split class gdcmHeader into gdcmParser and gdcmHeader, with gdcmHeader
1259        inheriting from gdcmParser. This split is to prepare the integration
1260        of dicom dir parsing
1261      * bug fix under python
1262
1263 2004-01-16 Jean-Pierre Roux
1264     * REM removal of class gdcmHeaderEntrySet
1265     * REM removal of files gdcmHeaderEntrySet.cxx, gdcmHeaderEntrySet.h
1266     * ADD add file gdcmHeader2.cxx 
1267     * ADD add method gdcmHeader::SetPrintLevel (for PrintHeader)
1268
1269 2004-01-15 Benoit Regrain
1270      * src/gdcmDicSet.[h|cxx] : add virtual entries to have a reference of
1271        entries created while parsing the header. Thus, they will be destroyed
1272        when the gdcmDictSet will be destroyed
1273      * src/gdcmHeader.cxx, gdcmHeaderEntrySet.cxx : uses virtual entries of
1274        gdcmDictSet
1275
1276 2004-01-15 Benoit Regrain
1277      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix : before, with python only, the program
1278        made a fatal error because of the memory release at the end of program.
1279        The problem was in vtkGdcmReader::ExecuteData where we were allocate
1280        some memory and vtk seems to have some problems with that.
1281      * src/gdcmHeaderEntrySet.cxx : bug fix for std lib and cout
1282
1283 2004-01-14 Benoit Regrain
1284      * src/gdcmHeaderEntry.[h|cxx] : gdcmElValue -> gdcmHeaderEntry
1285      * src/gdcmHeaderEntrySet.[h|cxx] : gdcmElValSet -> gdcmHeaderEntrySet
1286      * src/*.[h|cxx] : make changes due to class name changes
1287      * gdcmPython/demo/*.py : bug fix due to method names
1288
1289 2004-01-13 Benoit Regrain
1290      * src/*.[h|cxx] : coding style
1291      * vtk/*.[h|cxx] : coding style
1292
1293 2004-01-13 Benoit Regrain
1294      * gdcmPython/testSuite.py : test the readable flag of file for tests
1295      * src/gdcmDict.cxx, gdcmElValSet.cxx : bug fix under windows for prints.
1296        It's lied to the stl compilation by MSVC (windows, always windows...)
1297      * src/gdcmIdo.h, gdcmHeaderIdo.cxx : remove the Ido unused files
1298
1299 2004-01-12 Benoit Regrain
1300      * src/*.h : add comments
1301      * src/gdcmDictSet.h : set the method BuildDictPath in public
1302      * src/gdcmTS.cxx, gdcmVR.cxx : use now a dictionnary file other than to be
1303        directly setted in the source code
1304      * Dicts/dicomTS.dic, dicomVR.dic : 2 new dictionnary files loaded by
1305        gdcmTS and gdcmVR
1306
1307 2004-01-09 Benoit Regrain
1308      * gdcmPython/gdcmVersion.py : add a gdcmVERSION variable information
1309      * setup.py : use a reference to gdcmVERSION
1310
1311 2004-01-07 Benoit Regrain
1312      * Modification to compile with the distutils.
1313      * Bug fix in code
1314
1315 2003-12-10 Benoit Regrain
1316      * gdcmHeader is now aggregating gdcmFile, and not derived into. Thus, we
1317        can use a gdcmHeaderHelper to load datas
1318      * gdcmPython/testSuite.py : make the testSuite compliant with modifications
1319        made in the source code
1320
1321 2003-12-10 Benoit Regrain
1322      * Update Windows projects and .cvsignore files
1323
1324 2003-11-12 Jean-Pierre Roux
1325      * ENH gdcmHeader constructor has one more parameter (default value : false)
1326            that allows the user to 'go inside' the SeQuences only
1327            if he wants to.
1328            gdcmElValSet:Print takes it into account
1329
1330 2003-11-12  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1331      * ENH: Update gdcmPython/CMakeLists
1332      * FIX: (gdcmHeaderHelper) GetRescale and GetSlope
1333      * FIX: (gdcmElValSet) char 'tag' was overiding private members (VC++)
1334
1335 2003-11-10 Jean-Pierre Roux
1336       * FIX : gdcmHeader::LoadElements is now based
1337              on the ListTag listElem member,
1338              not longer on the TagElValueHT tagHt member
1339       * ENH : PrintPubElVal shows (temporarily) both results,
1340              with the tagHt member and the listElem member.
1341              (it's easier to 'see' the problems when using Printheader)
1342
1343       * FIX : old private member LgrElem is now splitted into
1344              ReadLength   : Length actually found on disk (updated only
1345                             if bug fixing is necessary), for internal
1346                             use only
1347              UsableLength : Updated by FixFoundLength, to fix a bug
1348                             or to allow Parser going on.
1349              Will allow to re-write a kosher header when a SeQuence
1350              with a length (not 0000) is found
1351       Warning : gdcmFile::Write still uses the TagHt (not ListElem)
1352                 because gdcmElValSet::Add does not update ListElem
1353                 (to be written)
1354
1355 2003-11-07 Jean-Pierre Roux
1356      * FIX misstyping in Transfert Syntax name table
1357      * ENH gdcmHeader::FixFoundLength now allow to 'go inside' tge SeQuences
1358           when they have an actual length (not 0000 nor FFFFF)
1359      (Nobody should care of it, but DICOMDIR explorers)
1360
1361 2003-11-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1362      * ENH: vtkgdcmViewer now works with LUT dicom (OT-PAL-face ...)
1363
1364 2003-11-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1365      * ENH: vtkGdcmReader now supports LUT !
1366           (vtkgdcmViewer for now is not able to use them though)
1367
1368 2003-11-05 Jean-Pierre Roux
1369      * in testSuite.py : new files names for checking the package
1370      * FIX : Forgot to commit gdcmFile::GetImageDataSizeRaw();
1371              that returns the pixel area size to the *aware* (vtk) user
1372              that DOESN'T want to turn the PALETTE COLOR image into an RGB image
1373
1374 2003-11-05 Benoit Regrain
1375      * in testSuite.py : Modify the rules for checking the paths
1376                        : Explicit error messages
1377      * in __init__.py  : Related modif
1378
1379 2003-11-03 Jean-Pierre Roux
1380      * add gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
1381            to be used by aware (vtk) users that want to manage
1382            LUT (and no to turn the PALETTE image into an RGB pixels one)
1383      * GetPixelType now returns 8U for 24 Bits images
1384                     (vtkGdcmReader compliant)           
1385       
1386 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1387      * Removal of *all* gdcmData images and add them again
1388        in order to loose the 'history' of un-anonymised images
1389        
1390 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1391      * RMV : removal of useless jBitsInJsample.h 
1392            for both 8 and 12 Bits JPEG Lossy Libraries
1393
1394 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1395      * ENH : Add the functions gdcmFile::GetImageDataRaw 
1396                                gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw
1397              that act as GetImageData and GetImageDataIntoVector
1398              except the making of an RGB Plane from Gray Plane + LUT
1399              Intended to aware (vtk) users who know how to manage
1400              such an image :
1401              After gdcmHeader :
1402               GetLUTRGBA return a R,G,B,A LUT if any
1403               lgrTotaleRaw gives the 'Raw' length
1404               GetImageDataRaw returns the gray Plane
1405      * FIX : no more dirty trick for 'Segmented xxx Palette Color Lookup' images
1406              (They stay Grey, just like with other Dicom viewers :-(
1407
1408 2003-10-30 Jean-Pierre Roux
1409      * FIX : a VC++ intended syntax modif broke the 12/12 Bytes expanding
1410              
1411 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1412      * ENH: Can be used like this '$vtkgdcmViewer *.dcm' with *.dcm 
1413            being coherents dicom files.
1414      
1415 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1416      * FIX: DOH ! Forgot about windo$e users, they couldn't read lossless jpeg,
1417            from medcon lib !
1418      * ENH: Turn it into DOS file type to match libgdcmijpeg8.dsp file type 
1419      * ENH: Two steps is necessary to please VC++ compiler...
1420      * FIX: DOH ! libgdcmijpg8 -> libgdcmljpeg
1421      * ENH: Add include dir to medcon lib
1422      * FIX: only one function is being exported for now ! 
1423            You should use GLOBAL(return type) see ljpg/jpeg.h for more info
1424             
1425 2003-10-29 Jean-Pierre Roux
1426       * adding  gdcmHeader::GetLUTRGBA
1427         returns a 4 * 256 Bytes Reg/Green/Blue/Alpha vtk compliant LUT
1428           --> Mathieu, the modif u're waiting for is not yet committed
1429       * removal of now useless GetLUTRed,GetLUTGreen,GetLUTBlue,GetLUTRGB
1430
1431 2003-10-27 Jean-Pierre Roux
1432       * adding some xmedcon breaker files (courtesy of Loïc Boussel)
1433         00191113.dcm DermaColorLossLess.dcm
1434         MxTwinLossLess.dcm RadBWLossLess.dcm
1435       * ENH: For version prior to vtkImageViewer2 -r 1.19
1436       * FIX: avoid pb with xmedcon-breaker CT McTwin Elscint images
1437
1438 2003-10-27  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1439       * Removal of ido stuff in CMakeLists.txt
1440                                                
1441 2003-10-24  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1442       * ENH: vtkGdcmReader.cxx can now read multiframe dicom
1443       * FIX: remove a call to ->Modified ... see comments
1444       * FIX: vtkgdcmViewer.cxx was writting ASCII file...this is so slooooow !
1445       
1446 2003-10-23  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1447       * FIX: Problem with path for libvtkgdcmPython
1448       * ENH: Try adding a search script for python site-package
1449       * RMV: Remove some file from medcon lib that are not necessary
1450       * FIX: gdcm/Makefile.am fix for generating ljpg medcon
1451       * ENH: CMakeLists.txt now generate 'pygdcm.so' instead of 'libpygdcm.so'
1452       * FIX: More pragma disable fro VC++, 
1453              I don't think I break something as it is also disable in VTK/ITK.
1454         But it fasten debug compilation time.
1455             
1456 2003-10-23 Jean-Pierre Roux
1457       * gdcm now deals with 16 Bits Run Length Encoded images
1458         (they are compressed as 2 planes images, 
1459          one for the high Bytes, the other for low Bytes)
1460
1461 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
1462       * Now CheckRead takes into account :
1463          - the bugged 'Leonardo' Siemens images
1464          - the XA images, sent thru the burning VPRO station
1465       * add I9000001.dcm, a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
1466        (breaks DicomWorks)
1467
1468 2003-10-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1469       * FIX: When copying a Makefile.am to CMakeLists.txt 
1470              one should remove the '\'
1471         
1472 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
1473       * in gdcmData adding a bugged 'Leonardo' Siemens image 
1474         (wrong lengths in header)
1475         OK with gdcm, KO with the other viewers :-)
1476       * add a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
1477         (breaks DicomWorks)
1478
1479 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1480       * in gdcmData add the checkvtkgdcmViewer.sh shell script 
1481         for a brutal checking of vtkgdcmViewer compliance
1482
1483 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1484       * add the files for 'xmedcon' Jpeg Lossless library
1485       * call of 'xmedcom' Jpeg Lossles libray (instead of the old LibIDO one)
1486
1487 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1488       * 'Compacted Files' (12 Bits Allocate, 12 Bits Stored) are now dealt with
1489      
1490 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1491       * garbage Siemens 'Leonardo' images dealt with
1492         (the patch is easy to remove)
1493       * cosmetic changes to avoid warnings
1494       
1495 2003-10-20  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1496       * ENH: vtkgdcmViewer now autoscale color/window level on start-up, 
1497         no need to press 'r' now.
1498    
1499 2003-10-20  Jean-Pierre Roux
1500       * upgrade of checkRead.sh checkWrite.sh according
1501         to new Jpeg Lossless decompressor
1502       * add US.3405.1.dcm, a genuine RGB medical file ...
1503       * add gdcm-ACR-LibIDO.acr, unnormalized Rectangular LibIDO format image
1504       * add CLIP0001-Sequoia-U11.dcm, US 'Clip', from SEQUOIA machine,
1505                                                   UNIT 11, Hop Cardio              
1506 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
1507       * general anonymisation in gdcmData
1508       * adding the 'color files' from
1509         http://www.leadtools.com/SDK/Medical/DICOM/ltdc19.htm
1510       * adding some well knowed bugged-header images
1511       * adding checkRead.sk, checkReadColor.sh, checkWrite.sh,
1512         waiting for their inclusion in Python testsuite
1513
1514 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
1515     * gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error)
1516       no longer seg faults when file is not found
1517
1518 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
1519      * Emprovement of reading for Dicom encapsulated Jpeg LossLess 
1520        MultiFrame images
1521
1522 2003-10-14  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1523      * TODO: *.in file to genereate a UseGDCM later
1524
1525 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
1526      * Some supposed-to-be Dicom Images have no preamble.
1527         OpenFile takes it into account
1528      * Jpeg LossLess 24 Bits images doesn't break any longer gdcm
1529      * Missing elements added in dicomV3.dic
1530       (just to be affraid : have a look at
1531        ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2003/01v03dif/01v03_06.pdf
1532        and do it again next year ;->
1533
1534 2003-10-13  Jean-Pierre Roux
1535      * According to PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619, when each pixel of 
1536        a PALETTE COLOR is stored on 2 Bytes, theese 2 Bytes must be equal.
1537        But there are NOT. It's fixed !
1538        
1539 2003-10-13  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1540      * FIX: "jpeglib.h" was not found on VC++
1541      * FIX: vtkgdcm was not being installed 
1542          
1543 2003-10-10  Jean-Pierre Roux
1544      * ENH : OpenFile closes the file if it *really* doesn't look like
1545              an ACR-NEMA / DICOM one.
1546      * FIX : testWrite no longer writes an empty file if the source file     
1547              is not gdcm Readable
1548      * ENH : One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" 
1549              is now decoded.
1550         
1551 2003-10-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1552      * FIX: CMake generate now documentation
1553      * ENH: out of source doc build !
1554      * ENH: Generate both user and dev documentation
1555      * ENH: Should work on windows too
1556      * ENH: Only one doxygen config.in file is needed 
1557      * FIX: make install should be ok now on Ã¹nix plateform
1558      * FIX: PATH to dictionary was wrong (missing /)
1559      * ENH: OpenFile, return true if the file looks like an ACR or DICOM file 
1560                      
1561 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1562      * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
1563      * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
1564      * added a gdcmViewer to vtk test, use mouse to control 
1565         window level & window width
1566
1567 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1568      * CMake-ification of gdcm, we have now two build system
1569      * FIX: on cygwin Wsock32 doesn't exist
1570      * FIX: force jpeg dir to the local one (gdcm/src/jpeg)
1571      
1572 2003-10-06  Emanuel Ollart
1573      * FIX : compilation process wad broken.
1574              Changed gdcmViewer_sources to vtkgdcmViewer_sources
1575         
1576 2003-10-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1577      * change gdcmViewer -> vtkgdcmViewer
1578      * change GetXSpacing and GetYSpacing "%f\\%" is parsed backward
1579      
1580 2003-10-06  Jean-Pierre Roux
1581      * FIX :A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
1582            ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
1583                  : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
1584       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
1585
1586 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1587       * Odd length strings are padded with '\0' (not with spaces, 
1588         to remain compliant with already defined strings, 
1589         like Transfert Syntax UID and others)
1590
1591 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1592       * ENH :gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
1593              to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
1594         
1595 2003-10-03  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1596       * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
1597       * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
1598
1599 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1600       * A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
1601         ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
1602               : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
1603       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
1604
1605 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1606       * One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" is now decoded.
1607
1608 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1609       * gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
1610         to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
1611
1612 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1613       * gdcmFile::GetImageDataIntoVector now
1614          - deals with MultiFrames MultiFragments Run Length Encoded files
1615          - deals with YcBcR (YBR_FULL) files
1616          - deals with YBR_YBR_FULL_422 files (they work as RBG files ?!?)
1617           WARNING : nothing was checked for YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, 
1618                                             YBR_RCT files.
1619           (no sample found :-(
1620
1621 2003-10-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1622       * src/*.cxx removed pragma thingies to src/gdcmCommon.h
1623         Two reasons: - clear things
1624                      - third parties acces gdcm through header files, so won't
1625                        suffer anymore VC++ complains
1626
1627 2003-09-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1628       * add argv[1] in testvtkGdcmReader.cxx
1629       * removed leaks
1630
1631 2003-09-24 Jean-Pierre Roux
1632       * The lines are now eigthy characters long.for 
1633         gdcmHeader.cxx gdcmHeaderHelper.cxx gdcmParse.cxx 
1634
1635 2003-09-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1636       * src/gdcmUtil.[cxx|h] : change the _CreateCleanString return value from
1637         char* to std::string. Thus, the use of strdup becomes useless. (see
1638         previous commis of Malaterre)
1639       * src/gdcmElValSet.cxx : reuse commented call to _CreateCleanString like
1640         before the last Malaterre's commit.
1641
1642 2003-09-19  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1643       * This commit should fix the Debug building under VC++, the problem
1644         was mainly a mixture of debug and release lib being loaded at startup.
1645       * I also remove a depency to a specific C function: strdup. Because I had
1646         to force the link to msvcrtd (whereas strdup is in libc).
1647
1648 2003-09-16  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1649       * "gdcm::Unfound" string changed to a constant variable (GDCM_UNFOUND)
1650         located in the gdcmCommon.h file. All use of reference of tha has been
1651         changed to now use the variable GDCM_UNFOUND.
1652
1653 2003-09-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1654       * Cosmetic changes:
1655         - gdcmPython/testSuite.py adapted to the JPR updated Dicts/dicomV3.dic
1656           Dicom dictionary. The test suite can now be run again. Note:
1657           I'm note very happy with the " (RET)" changes. I believe this
1658           RETAINED comment should be dropped when parsing the dictionary.
1659         - PACKAGER corrected
1660         - DEVELOPPER added.
1661         - AUTHORS updated and now in alphabetical order
1662       * Makefile.am now exports gdcm.dsw for Windoze users.
1663
1664 2003-09-11  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1665       * cygwin complains about missing std:: in subdir Test/
1666
1667 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1668       * remove some methods that are now in gdcmHeaderHelper
1669
1670 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1671       * vtkGdcmReader set spacing and origin correctly
1672
1673 2003-09-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1674       * Fix a few delete/delete[] mismatch
1675
1676 2003-09-08  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1677       * src/gdcmHeaderHelper.[h cxx]: added new class that provide an
1678         interpretation to data given by gdcmHeader. For instance there are
1679         heuristics to get informations (look at different places).
1680       * it also include a specific class: gdcmSerieHeaderHelper devoted to
1681         sorting DICOM images based on different strategies.
1682       * modified Makefiles accordingly.
1683
1684 2003-09-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1685       * src/*.cxx : added pragma disable 4786/4251 to get rid of ~4300 warning
1686         when building in debug mode
1687       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : change /MT -> /MD and /MTd -> /MDd to match
1688         src/win32/gdcmdll.dsp
1689       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : added /nodefaultlib "mscvrt" for debug mode
1690
1691 2003-08-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1692       * Corrected a leak in vtkGdcmREader.cxx, the pSource was find thanks
1693             to valgrind.
1694
1695 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1696       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp was not dos format
1697       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp : 
1698                   libgdcmijpeg12_EXPORTS -> LIBGDCMIJPEG12_EXPORTS
1699       * src/win32/gdcmdll.dsp: + /I "..\jpeg\libijg12"
1700
1701 2003-07-29 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1702       * src/gdcmHeader.h : add std:: prefix for stl elements... like others in
1703         the file
1704       * src/gdcmFile.cxx : bug fix in affectation type
1705       * src/jpeg/libijpeg12/jmorecfg12.h : export for windows modified... like
1706         in src/jpeg/libijpeg8/jmorecfg8.h (JPR : copy/paste exists !!!)
1707       * Modifs of MVSC projects to compile them. Not concerning 2 identic
1708         symbols... future problem ?
1709
1710 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1711       * src/win32/libgdcmijpeg12.dsp was missing
1712       * modified gdcm.dsw accordingly
1713
1714 2003-07-28  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1715       * src/gdcmHeader.cxx : misplaced return 0.; for ACR/NEMA
1716
1717 2003-07-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1718       * src/jpeg/libijg12/.cvsignore, jconfig.* : ommited files while last
1719         commit of JPR (before his hollidays to facilitate our work).
1720       * setup.py : bug fix in code. Modifications made while the last commit
1721         of JPR. The code hasn't been tested before the commit... it's so
1722         useless to make that (for best programmer that is JPR) !!!
1723
1724 2003-07-08  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1725       * tagged the current version as Version0_3 (i.e. version 0.3)
1726
1727 2003-07-08  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1728       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx : remove a symbol that is unused
1729       * src/jpeg/libijg8/jmorecfg.h : adding export symbol for windows
1730       * *.dsp : modifications to use new libgdcmijpeg8 library
1731       * setup.py : bug fix on VTKPATH variable
1732       * PACKAGER : adding all concerning windows
1733
1734 2003-07-07  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1735       * src/gdcmElValSet.cxx, gdcmFile.cxx: JPR bug fix, removal of
1736         garbage debug code.
1737       * TODO, vtk/vtkGdcmReader.cxx: upcoming fixes comments.
1738       * gdcmPython/testSuite.py: JPR bug fix, brutal erasement of
1739         test suite reported error.
1740       * PACKAGER file added (describes what a packager must do when
1741         packaging a new release).
1742       * MANIFEST.in, now declares jconfig.linux and jconfig.vc
1743       * configure.in: upgraded version number to 0.3.0
1744       * fixing build of rpm (through rpm -ta):
1745         - Doc/Makefile.am exports proper doxygen files
1746         - src/jpeg/libijg8/Makefile.am exports the include files.
1747
1748 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1749       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading only 1 file.
1750       * src/gdcmHeader.h : formatting code
1751
1752 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1753       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix when loading only one file.
1754         We were obtaining error message from vtk. Now, creation of file list
1755         is made in an internal list to prevent this problem.
1756         Bug fix when output is empty.
1757         Bug fix in update of progress value. Previous commit for this was a bad
1758         correction.
1759       * vtk/vtkGdcmReader.h : adding comments for InternalFileNaleList variable
1760
1761 2003-07-04  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1762       * src/gdcmHeader.h : added method to get the file name
1763       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix concerning loading of bad dicom
1764         files. Added method to remove all files on the input
1765         Added FIXME comment concerning the bad parsing of header made by
1766         ExecuteInformation method (in ExecuteData method)
1767
1768 2003-07-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1769       * vtk/Makefile.am: vtkGdcmReader.h should now be cleany installed
1770         when using make instal.
1771       * src/gdcmFile.cxx : bug fix under Window after JPR commit
1772         RQ : the JPR doesn't appear in the ChangeLog... normal for him
1773
1774 2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1775       * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
1776       * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
1777
1778 2003-07-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1779       * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
1780         linux and WINDOWS !
1781       * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
1782       * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
1783
1784 2003-07-02  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1785       * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
1786         addon of the jpeg library)
1787       * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
1788       * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
1789       * INSTALL now points to web documentation
1790
1791 2003-07-01  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1792       * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
1793         gdcmUtil.h anymore.
1794       * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
1795         clean target.
1796       * src/gdcm*.[cxx|h] :
1797         - to allow compilation with gcc 3.x
1798           -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
1799           -- small fixes on exceptions.
1800           Note: linking not tested !
1801         - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
1802           building stage.
1803       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
1804         dependent convertion).
1805
1806 2003-06-20  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1807       * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
1808         Changelog):
1809         - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
1810         - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
1811           addition/modification of Makefile.am and configure.in.
1812         - the testSuite is still brain damage (not guilty).
1813
1814 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1815       * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
1816         compile
1817       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
1818         (FileName -> Filename)
1819
1820 2003-06-11  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1821       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
1822         - UpdateProgress method should now be effective
1823         - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
1824           to volumes),
1825         - when building a stack of images/volume, a lesser number of
1826           gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
1827           accelerating things).
1828         - when building a stack of images/volumes, files which are not
1829           loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
1830           or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
1831           in the stack (for the caller to notice the problem).
1832
1833 2003-06-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1834       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent.
1835
1836 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1837       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
1838         between standard library (std) and vtk library (problems are found
1839         under Windows... thanks Windows !)
1840
1841 2003-05-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1842       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
1843         debug stage).
1844       * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test
1845
1846 2003-05-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1847       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.
1848
1849 2003-05-28  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1850       * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
1851         called with different flags than the default ones (with automake).
1852         In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
1853            make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
1854         and went for warning fixes:
1855         - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
1856           up from unused variables.
1857         - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
1858       * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup
1859
1860 2003-05-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1861       * gdcmPython/gdcm.i:
1862         - typemaps correction to take into account the systematic replacement
1863           of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
1864           std::string... (cf changes of 2003-05-21).
1865         - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
1866           src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
1867           exported to Python a as cvar.
1868       * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
1869         and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
1870         gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
1871         gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
1872         C++ static methods).
1873       * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
1874         with the above changes.
1875
1876 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1877       * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
1878
1879 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1880       * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
1881         wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
1882         generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
1883          - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
1884          - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
1885            a wrapper
1886          - Wrapper interface which wrap sources
1887         + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
1888         + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
1889       * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
1890         files for compilation
1891
1892 2003-05-21  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with Benoit Regrain
1893       * Added python wrappers of vtkGdcmReader vtk class (see the
1894         source in vtk/vtkGdcmReader.cxx) :
1895         - vtk/Makefile.am now builds a library
1896         - gdcmPython/Makefile.am now builds vtkgdcmPython a second import
1897           python library (as opposed to _gdcm.so wich are the python
1898           wrappers of gdcm). vtkgdcmPython.so uses the vtk python wrappers
1899           (vtkWrapPython and vtkWrapPythonInit utility) to build vtkgdcmPython
1900           import library.
1901         - configure.in has an additional flag --enable-vtk that needs
1902           to be set to enable compilation of vtk related code, that is:
1903           + vtk/vtkGdcmReader.so and
1904           + vtk/testvtkGdcmReader C++ demo of vtk wrappers of gdcm)
1905           + gdcmPython/vtkgdcmPython.so (see above)
1906         - gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py corrected (some images cannot
1907           be read when compressed or when HighBit + 1 != BitsStored),
1908         - gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py added. This demo illustrates
1909           the usage of the python wrapper of vtkGdcmReader vtk class.
1910       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: bug fixed (thanks to Benoit Regrain).
1911       * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
1912         std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
1913         This is to avoid pollution of global namespace in included files.
1914         Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
1915         gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
1916         collision of various stl members (principally cout...).
1917       * gdcmPython/testSuite.py now cleanly removes temprory generated
1918         file.
1919       * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
1920         comply with above changes)
1921
1922 2003-05-12  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1923       * src/gdcmHeader>[h/cxx] added gdcmHeader::GetPixelSize()
1924       * vtk/vtkGdcmReader.cxx now properly inports the image in the
1925         vtk data structure (an image Flip was required).
1926       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx refers to gdcmData subdir instead of Data.
1927       * cosmetic changes in documentation.
1928
1929 2003-05-7  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1930       * src/gdcmHeader.cxx: the constructor no longer exits when an
1931         unexisting file is given as argument.
1932       * The subdirectory Data (containing all the images used for the
1933         test suite) is not part of this repository anymore. A new module
1934         containing those images is now available at
1935           :pserver:xxx@cvs.creatis.insa-lyon.fr:2402/cvs/public
1936         with the name gdcmData.
1937         All the python scripts (including the package initialisation file
1938         gdcmPython/__init__.py) were adapated to take this change into
1939         account (basically GDCM_DATA_PATH is now GDCM_TEST_DATA_PATH).
1940
1941 2003-05-5  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1942       * vtk subdir added. Contains vtkGdcmReader.[cxx|h] a vtk class
1943         inherinting from vtkImageReader and testvtkGdcmReader.cxx a small
1944         demo of the usage of this class.
1945         Compilation of this vtk part is only done when using the --enable-vtk
1946         at configure (or autogen.sh) stage.
1947
1948 2003-04-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1949       * More memory link related corrections and documentation fixes.
1950         Notes on valgrind:
1951           - maximum info is obtained with a command of the form:
1952             valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
1953                      --show-reachable=yes PrintHeader
1954           - the remaining reachable blocks seem to come from the STL
1955             allocation scheme through the usage of map and list. It looks
1956             like this memory cannot be freed but it is not a memory leak
1957             (in fact further invocation to the STL would recollect the
1958              unused memory allthough it cannot explicitely be freed).
1959       * gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py added: this is a small demo
1960         of displaying an image parsed with gdcm and displayed with VTK.
1961         Note: some images don't seem to work e.g.
1962             python vtkGdcmDemo.py  ../../Data/US-RGB-8-esopecho.dcm
1963       * src/gdcmHeader.x: dicom_vr and Dicts are not class members anymore.
1964         Allthough this weakens the semantics, it is a ditch attempt to
1965         make gdcm more thread friendly.
1966
1967 2003-04-15  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1968       * Memory link hunt (by using valgrind through the command
1969           valgrind --show-reachable=yes --leak-check=yes PrintHeader).
1970         - added src/gdcmVR.cxx gdcmVR.h that objectify the previous
1971           gdcmHeader::_dicom_vr.
1972         - gdcmHeader::InitVRDict transfered as gdcmVR::gdcmVR().
1973         - gdcmHeader::dicom_vr is now of type gdcmVR* as opposed to
1974           VRHT*.
1975         - gdcmGlobal global object contained class added (see src/gdcmUtil.x)
1976
1977 2003-04-9  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1978       * src/Makefile.am now exports all the necessary include files at
1979         make install stage.
1980
1981 2003-04-9 JPR
1982       * UpdateGroupLength replaced by new one
1983
1984 2003-04-7 JPR
1985       * UpdateGroupLength re-written using H-Table
1986         (named UpdateGroupLengthNew untill checks are over)
1987
1988 2003-04-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1989       * Data/im_00001 renamed to gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
1990       * gdcmPython/testSuite.py now include a test of gdcmFile::Write.
1991       * src:
1992         - gdcmHeader::GetPubElValSet removed.
1993         - gdcmElValSet::WriteDcm, WriteAcr, WriteExplVR, revamped to
1994           UpdateGroupLength, WriteElements, Write.
1995         - gdcmHeader::FileType moved to gdcmCommon.h. The enum FileType
1996           doesn't contain TrueDicom anymore since ExplicitVR and ImplicitVR
1997           carried the same semantics.
1998           - src/gdcmHeaderIdo.cxx changed accordingly.
1999         - gdcmFile::WriteBase now regroups all the codes from previous
2000           versions of WriteDcm, WriteDcmImplVR, and WriteACR.
2001         - enum FileType moved to gdcmCommon.h
2002       * src/gdcmHeader.cxx AddDefault trashed
2003       * gdcmGetXSize added
2004       * getimageDataSize now calls gdcmGetXSize
2005       * Test/*.cxx changed to agree with above changes
2006
2007 2003-03-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2008       * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
2009         (to avoid double call by end user).
2010       * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
2011         by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it.
2012
2013 2003-03-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2014       * gdcm/Doc many doxygen changes:
2015         - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
2016           the html.users end users oriented documentation and
2017           DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
2018           oriented documentation.
2019         - README changed accordingly
2020         - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
2021         - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
2022           DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
2023         - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
2024           be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
2025           html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
2026       * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1. Hence
2027         all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
2028       * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
2029         ill-formed documentation sections.
2030       * src/gdcmHeader.cxx: ditto
2031
2032 2003-03-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2033       * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
2034       * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
2035         un*ces with sh-utils test utility.
2036       * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
2037       * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.
2038       * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
2039       * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
2040       * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.
2041
2042 2003-03-26 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2043       * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
2044       * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly.
2045
2046 2003-03-25 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2047       * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
2048       * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
2049       * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
2050       * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
2051         compilation work.
2052       * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
2053       * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message
2054
2055 2003-03-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2056       * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
2057         hence the user doesn't need this explicit call.
2058         - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
2059           i.e. LoadElements() call removed.
2060       * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
2061         - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
2062       * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
2063         for adding user defined new tags.
2064         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
2065         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
2066           cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)
2067
2068 2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
2069       * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
2070         Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
2071         src/Makefile.am : the project should properly compile and install
2072         with the autotools, included the python wrappers part.
2073       * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.
2074
2075 2003-03-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2076       * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
2077
2078 2003-03-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2079       * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
2080         to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
2081         for usage).
2082       * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
2083         gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
2084         ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.
2085       * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
2086         moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.
2087
2088 2003-03-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2089       * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
2090         in InstallMode or PreInstallMode but with an environement given
2091         value of GDCM_DICT_PATH.
2092       * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.
2093
2094 2003-03-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2095       * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
2096       * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
2097       * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
2098         should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
2099         any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.
2100
2101 2003-03-05 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2102       * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
2103         gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
2104         gdcmHeader.h
2105       * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
2106         (as opposed to gdcm.h)
2107       * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
2108       * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
2109         the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
2110       * autogen.sh removed history related references to crea package.
2111
2112 2003-03-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2113       * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
2114         bug.
2115
2116 2003-03-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2117       * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
2118         was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
2119         operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
2120         of hidding away the python related distutils specific files
2121         (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
2122         Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
2123         position to setup.py was ../src) which made things impossible to
2124         handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...
2125
2126 2003-02-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2127       * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
2128       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
2129         among the list of sources.
2130
2131 2003-02-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2132       * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
2133       * modifications in MSVC projects
2134
2135 2003-02-19 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2136       * As stated by the first lines of Test/ExceptionAndPython/README, it
2137         looks like we can move back to original usage of exception within
2138         src/gdcm* and hence remove the errno stuff that was introduced
2139         as a quick and dirty fixture of this problem (added to the TODO).
2140       * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
2141         README file for usage added.
2142       * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
2143         test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
2144         testing the proper parsing of a Dicom related file.
2145         testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
2146       * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
2147       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
2148         - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
2149           whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
2150           Dicom public dictionnary were not accessible without an
2151           instance of class gdcmHeader.
2152         - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
2153           require no instances at all to be invocated.
2154         - within gdcmDictSet this change required to change some method
2155           to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
2156           (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
2157       * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
2158         the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
2159       * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
2160         the above to be effective.
2161       * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
2162         for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
2163       * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
2164         configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
2165         contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
2166         Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
2167         (for python dectection).
2168       * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
2169         now avoids publishing the empty entries.
2170
2171 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2172       * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
2173         ExtraPath reused :-P
2174       * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
2175
2176 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2177       * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
2178       * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
2179       * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
2180         and links
2181
2182 2003-01-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2183       * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
2184         method. Doxygenation.
2185       * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments.
2186
2187 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2188       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
2189         shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
2190         when using "python setup.py install".
2191       * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
2192         reexports the working classes.
2193       * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
2194         by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
2195         behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
2196         to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
2197         of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
2198         subdir (see the README file). This problem probably due to
2199         an combination of g++ and dynamic loading.
2200       * added Test/ExceptionAndPython (see above)
2201
2202 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2203       * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
2204         directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
2205         i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
2206         again in a python subdir, but the package itself is now in
2207         python/gdcmPython.
2208       * setup.py was cleaned up:
2209         - pythonIncludePath removed
2210         - python setup.py bdist target is now functional.
2211       * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
2212         collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
2213         accordingly.
2214
2215 2003-01-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2216       * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).
2217       * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
2218         distutils installer is operational.
2219       * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
2220           shadow classes (from gdcm.py).
2221         - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
2222           instead of gdcmPython/demo/load.py.
2223         - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.
2224
2225 2002-12-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2226       * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
2227         GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
2228         entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
2229         information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
2230         dictionary.
2231         - Dicts/dicomV3.dic Entries which had and unspecified fourth field
2232           are now in the "???" group.
2233         - python/gdcm.i changed accordingly,
2234         - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
2235           of the above new functionalities in Python.
2236
2237 2002-12-11 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2238       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
2239         - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
2240           were definitively removed.
2241         - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
2242       * src/gdcmElValSet.cxx:
2243         - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
2244         - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
2245         - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
2246         - Added GetElementByName(string).
2247       * src/gdcmHeader.cxx: added
2248         - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
2249         - GetPubElValRepByName(string)
2250         - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
2251         - GetShaElValRepByName(string)
2252         - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
2253         - GetShaElValRepByName(string)
2254         - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
2255         - GetElValRepByName(string)
2256         - GetElValByNumber(guint16, guint16)
2257         - GetElValRepByName(string)
2258       * Doc/requirements.txt added.
2259
2260 2002-12-9 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2261       * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
2262       * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
2263         pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
2264         the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
2265         file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
2266       * python/testSuite.py changed accordingly.
2267
2268 2002-12-6 Christophe Odet + Hugues Benoit-Cattin + Eric.Boix
2269       * VC++ has some strong limitations when working with the STL, as stated
2270         in http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP :
2271              "Also note that some STL containers (map, set, queue, list, deque)
2272               cannot be exported. [...]
2273               Some STL classes contain nested classes. These classes can not
2274               be exported. [...]
2275               This is caused by a designed limitation that once a template
2276               class is instantiated, it can not be re-instantiated and
2277               exported."
2278         Since our usage of map<> is ubiquitous in gdcm, this "designed
2279         limitation" of VC++ is a pitfall.
2280         Hence the Python wrappers of gdcm cannot be incrementally linked
2281         against the c++ dynamic library. The dirty but only workaround is
2282         to forget about incremental link of dynamic libraries and to generate
2283         the Python wrappers library with the inclusions of the underlying C++
2284         library.
2285         The following modifications concern this matter on Win32/VC++:
2286       - wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
2287          dll under windows !!!!)
2288       - python21_d debug mode enabled (ask Frog how to use it :-)
2289       - NO problem with having an STL member of class for example string in C++
2290         WITH THE RESTRICTION OF FORGETING ABOUT INCREMENTAL LINK.
2291       - Python test of dcmlib in Python is ok under windows on a large set
2292         (one) of image(s).
2293       * removed glib references
2294       * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
2295
2296 2002-11-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2297       * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
2298         that only displays required tags and testAll.py that parses all
2299         the files of the testsuite without using unittest.
2300       * python/testSuite.py other additional test on new files added.
2301       * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
2302       * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
2303         the vr in the file differs from the one of the dictionary.
2304
2305 2002-11-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2306       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
2307         values, but limits itself to values which are below a user specified
2308         size (by default 1024 bytes).
2309       * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
2310         user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
2311         python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
2312         on the unloaded elements (since we have their offset and size).
2313       * python/testSuite.py
2314         - now tests for the existence and proper value of the pixel data
2315         - two new examples added.
2316       * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.
2317
2318 2002-11-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2319       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
2320         aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindeLength().
2321       * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
2322       * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
2323       * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.
2324
2325 2002-11-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2326       * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
2327         the vr was also RET.
2328       * python/testSuite.py more tests added.
2329
2330 2002-11-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2331       * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
2332       * Data/* dcm and acr files for the test suite.
2333       * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
2334         7.18 Integer types (see stdint.h)
2335         - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
2336       * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
2337         implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
2338         concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
2339         too the public or provite dictionaries, since some of their vr
2340         would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
2341         detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
2342         added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
2343         The rest of the changes we the necessary adaptations.
2344
2345 2002-11-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2346       * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
2347         VR files.
2348       * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.
2349
2350 2002-11-8 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2351       * Adaptation for porting to VC++:
2352         - src/gdcm.h
2353           o forced to use std namespace (for string to be known)
2354           o all class use __declspec export style on WIN32
2355         - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
2356           (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
2357       * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
2358         variable GDCM_DICT_PATH.
2359       * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete.
2360
2361 2002-11-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2362       * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
2363         to native Python dictionary.
2364       * python/demo/test.py:
2365         - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
2366         - takes an optional filename argument (the file to parse).
2367       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
2368         PubElVals hashing table.
2369       * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.
2370
2371 2002-11-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2372       * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
2373         newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
2374       * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
2375       * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
2376       * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
2377         from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
2378       * src/gdcmDict::GetTag bug fix.
2379
2380 2002-10-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2381       * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
2382         src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
2383         that we can import de shadow classes without errors].
2384
2385 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2386       * hashtest.cxx removed (since allready in Test)
2387       * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
2388       * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
2389       * src/Makefile prepared for python wrapping
2390
2391 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2392       * src/gdcmHeader.cxx :
2393         - Parsing of header is now separated from loading of element values
2394           (see gdcmHeader::LoadElements).
2395         - general clean up of hopefully all file access (creation of
2396           ReadInt16 and ReadInt32)
2397
2398 2002-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2399       * src/gdcmHeader.cxx :
2400         - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
2401           method.
2402         - SetLgrElem renamed to SetLength
2403         - GetLgrElem renamed to GetLength
2404         - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
2405       * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
2406       * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
2407         due to IdoDude was cleaned out.
2408
2409 2002-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2410       * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
2411         concentrates on finding the value representation (when it exists).
2412         RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
2413         returning the unecessary skL (skipped length).
2414         Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
2415         it was redundant with the File position internals (by using
2416         ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
2417         jajun.
2418       * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
2419         on the libido specificities which are handled through class
2420         inheritance.
2421       * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
2422         added.
2423
2424 2002-10-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2425       * Truckload of changes. Parsing of header is barely functional
2426         (see Test/test) with the standard dictionary (see Dicts/dicomV3.dic).
2427
2428 2002-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2429       * src/gdcmHeader.cxx many addons of low level methods
2430
2431 2002-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2432       * src/gdcmHeader now contains_IdDcmCheckSwap, _IdDcmRecupLgr,
2433         and _IdDcmSWAP_LONG.
2434
2435 2002-09-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2436       * This corresponds to all the changes decided at the meeting of
2437         May 23 2002. Needless to say we are running late...
2438