]> Creatis software - gdcm.git/blob - ChangeLog
ENH: Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp...
[gdcm.git] / ChangeLog
1 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2   * Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp 
3     solution with the two files jdatadst.cxx and jdatasrc.cxx, this need to be 
4     discussed (plus I didn't like having a 2000 lines patch not commited)
5
6 2004-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
7   * src/gdcmDocument.cxx: wrong type on return fixed (thanks dashboard)
8   * CLEANUP_ROUND (14) for gdcmPixelConvert
9     - PixelConvert::GetLutRGBA(FILE*) is now GetLutRGBA() (no fp needed)
10     - PixelConvert::BuildRGBImage()(FILE*) is now BuildRGBImage() (no fp needed)
11     - File::GetImageDataIntoVector() doesn't need unnecessary OpenFile() and
12       CloseFile() anymore.
13     - File::GetImageDataRaw() doesn't call GetImageDataIntoVectorRaw()
14       anymore and hence avoids storing a copy of PixelConvert::Decompressed
15       into File::Pixel_Data.
16
17 2004-10-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
18   * src/gdcmDocument.cxx ftell() return properly stored in a long (i.e.
19     no longer depends on's programmers PMS = Preposterous Mood Swings ;).
20   * CLEANUP_ROUND (13) for gdcmPixelConvert
21     Substituted File::ParsePixelData() with PixelConvert::Print() new
22     method:
23     - src/gdcmParsePixels.cxx removed (only contained File::ParsePixelData())
24     - src/gdcmRLEFrame.cxx, gdcmJPEGFragment.cxx added. Added a ::Print()
25       method to those classes.
26     - src/gdcmFile.[cxx|h]:
27       -- Added a ::Print() method.
28       -- PixelConverter is now a reference instead of a member.
29       -- gdcmPython/gdcm.i: added "using namespace gdcm" in order for
30          gdcm_wrap.cxx to "understand" File::GetPixelConverter()
31
32 2004-10-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
33   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: when dot is present the
34     collaboration diagram and inheritance diagram should be generated with
35     doxygen.
36   * Doc/Website/Sidebar.html: Dashboard is now also in the sidebar.
37   * gdcmPython/gdcm.i: gdcmRLEFramesInfo.h gdcmJPEGFragmentsInfo.h are
38     pointlessly wrapped (see
39     http://www.creatis.insa-lyon.fr/pipermail/dcmlib/2004-October/000692.html )
40   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (sugar is my friend stage)
41     - Header::GetLUTRGBA() moved to PixelConvert::GetLutRGBA()
42     - vtk/vtkGdcmReader.cxx: adapted to displacment of Header::GetLUTRGBA()
43     - Document::RLEInfo and JPEGInfo are now pointer members (Swig thing)
44     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
45       -- File::Initialise: PixelConverter setup moved away to
46            PixelConverter::GrabInformationsFromHeader()
47       -- File::GetImageDataIntoVector(): Lut R + Lut G + Lut B color table
48          interpretation moved away to PixelConverter::BuildRGBImage()
49
50 2004-10-16 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
51   * Remove GDCM_EXPORT keyword from gdcm::DirList due to :
52     http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP
53
54 2004-10-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
55   * src/gdcmDebug.cxx last ditch attempt to get warning/error messages
56     displayed on Win32 when a brutal abort() occurs (because of uncatched
57     exception). See TODO new entry of this commit for more on this.
58   * TODO added new entry.
59   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (nicotine is my friend stage)
60     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
61     - HandleColor is no longer called from gdcmFile.cxx
62     - gdcmPixelConvert.cxx clean up on method arguments and internal
63       variable names for semantical coherence.
64
65 2004-10-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
66   * Finished lossless transition, not only do we now read all lossless jpeg
67   images, without the need of the Cornwell lib, but we do read them properly now
68   * To reduce code (well to avoid code duplication), I defined a common place
69   for jpeg read/write: gdcmJpeg.cxx. Now gdcmJpeg[8,12 16] include this file and
70   redefine symbols. This is not prefect but this the best solution I found for a
71   compilation time jpeg option.
72
73 2004-10-13 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
74   * Update jpeg ijg lib to support lossless jpeg implementation
75     For more info look in jpeg/libijg/README.GDCM.txt for necessary steps to
76     reproduce at home.
77   * Also added a special copyright for dcmtk since we use their bugfixes.
78   Thanks dcmtk crew !
79
80 2004-10-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
81   * Doc/Website/MailingList.html added (Sidebar.html changed accordingly).
82   * gdcmPython/gdcm.i: fix for compilation of wrappers (Note: %include order
83     matters, as stated in warning note at begining of %include section).
84   * src/gdcmDicomDir*.[cxx|h]: coding style
85   * src/gdcmDocument.h: doxygen \ref seems uncompatible with \todo.
86   * src/gdcmJpeg8.cxx: doxygen fix.
87   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (seing the ligth stage)
88     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: color handling moved
89     from File:: to PixelConvert::.
90
91 2004-10-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
92   * CLEANUP_ROUND (11) for gdcmPixelConvert (cafeine is my friend stage)
93     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
94      - more code moved away from File:: to PixelConvert::
95      - fat setup of PixelConverter set in place in File::Initialise.
96
97 2004-10-12 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
98   * Apply patch for namespace in gdcm. Didn't rename files for keeping a sort of
99   namespace at the file system level. So now you should convert your examples
100   like this:
101     gdcmHeader  ->   gdcm::Header
102   It would be nice if people keep in mind to no open the namespace, since it
103   allows compilation on broken plateform which were defining common symbol in
104   the standart namespace (like LP, Unknown ...)
105
106 2004-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
107   * CLEANUP_ROUND (10) for gdcmPixelConvert (Xanax is my friend stage)
108     The JPEG fragments are now parsed at the same stage than the RLE
109     information. All code related to JPEG is now in gdcmPixelConvert:
110     - src/gdcmJPEGFragment.h and gdcmJPEGFragmentsInfo.[h|cxx] added 
111     - src/gdcmJpeg12.cxx, gdcmJpeg2000.cxx and gdcmJpeg8.cxx no longer
112       export a gdcmFile:: method. Those are simply global functions
113       (for the time being this is better than having them attach to
114        either gdcmFile:: or gdcmPixelConvert::).
115     - src/gdcmDocument.[cxx|h], gdcmDocument:: now parser the JPEG fragments
116       and stores the result in a gdcmJPEGFragmentsInfo.
117     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: all JPEG related
118       code (among other stuff) moved away from gdcmFile:; to 
119       gdcmPixelConvert::
120
121 2004-10-08 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
122   * src/gdcmCommon.h now declares int8_t for non stdint.h plateforms.
123   * CLEANUP_ROUND (7) for gdcmPixelConvert (lost at sea)
124     - src/gdcmFile.h gdcmPixelConvert.cxx gdcmPixelConvert.h gdcmRLE.cxx:
125       clean up of RLE related code. 
126   * CLEANUP_ROUND (8) for gdcmPixelConvert (end of RLE nigthmare)
127     - src/gdcmRLE.cxx removed
128     - src/gdcmPixelConvert.cxx all RLE code is now in PixelConvert::
129     - src/CMakeLists.txt gdcmFile.[cxx|h] changed accordingly
130     - src/gdcmRLEFrame*.h gdcmPixelConvert is now a friend class.
131   * CLEANUP_ROUND (9) for gdcmPixelConvert
132     - src/gdcmFile.[cxx|h} gdcmPixelConvert.[cxx|h], SwapZone(),
133       ConvertReorderEndianity(), ConvertDecmpres12BitsTo16Bits() moved
134       away from gdcmFile:: to gdcmPixelConvert::.
135
136 2004-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
137   * CLEANUP_ROUND (5) for gdcmPixelConvert (Upshit creek without a paddle)
138     - src/gdcmDocument.[cxx|h] Parse7Fe0 renamed to ComputeRLEInfo.
139       This is because Parse7Fe0 used to parse the pixels to compute the
140       length. This task was passed over to FindDocEntryLengthOB() a long
141       time ago, EXCEPT I had forgotten the OW case...
142       Hence Parse7Fe0 was no longer necessary. When renaming to ComputeRLEInfo
143       we just recylce the code for parsing RLE fragments and computing
144       offsets.
145   * CLEANUP_ROUND (6) for gdcmPixelConvert (man, I need a paddle bad)
146     - src/gdcmRLE.cxx: is now much simpler and avoids code replication
147         with the retired Parse7Fe0().
148     - src/gdcmRLEFrame.h: type fix for properly computing OffSet[]
149     - src/gdcmDocument.cxx: segments offset are now correct + clean up.
150
151 2004-10-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
152   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert (nightmare stage)
153     - src/gdcmRLEFramesInfo.[cxx|h], gdcmRLEFrame.h added
154     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::Parse7FE0 now sets up the RLEInfo.
155     - src/CMakeLists.txt: alphabetic order reodering + new entries.
156   * CLEANUP_ROUND (4) for gdcmPixelConvert
157     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::ParseDES and ::ParseSQ no longer bother
158       to return an unused length.
159
160 2004-10-09 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
161   * Remove all sprintf from the code to centralize in one spot in gdcmUtil
162     this should be cleanner from the plane view. The iostream are erally a pain
163     to use to do simple stuff.
164
165 2004-10-04 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
166   * Redo the compilation of the ijg jpeg library. Now only one source is
167     necesseray. No need to rename file by hand what so ever. CMake handle the
168     copying of the file within different directory, configure header file to
169     modify some symbol. The only addition made to ijg wasd a mangle table so
170     that symbol are different wether we are within 8bits or 12bits.
171
172 2004-10-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
173   * Added documentation of vtkgdcmReader on Website:
174      - testvtkGdcmReader.cxx renamed to vtkGdcmDemo.cxx (to be compatible
175        with it's binary name).
176      - vtk/vtkGdcmDemo.cxx and vtkgdcmViewer.cxx: added comments for
177        the Website to be more complete.
178      - Doc/doxygen.config.in: vtk/vtkGdcmReader.cxx now appears on 
179        doxygenated documentation.
180      - Doc/DoxyVtkGdcmReaderExamples.txt added
181        (see http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/html.developper/
182                   DoxyVtkGdmReaderExamples.html )
183   * src/win32, vtk/win32 manually maintained .dsp and .dsw removed.
184   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert
185    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
186
187 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
188   * CLEANUP_ROUND (2) for gdcmPixelConvert
189    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
190
191 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
192   * CLEANUP_ROUND for gdcmPixelConvert:
193     - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h, gdcmHeader.cxx, gdcmHeader.h clean up
194     - src/gdcmPixelStuff[h|cxx] removed
195     - src/gdcmPixelConvert[h|cxx] added. Preparatory work included.
196     - src/CMakeLists.txt changed accordingly
197   * GDCMHOME clean up:
198     - MANIFEST.in, WrapSwig.py, WrapVTK.py, distutilsWrapping.py and
199       gdcmVersion.py moved to newly created ATTIC related
200       gdcmPython/SetupOldies/ directory.
201   * Autotools clean up:
202     - */*/Makefile.am removed AT EXCEPTION of gdcmPython/Makefile.am
203     - autogen.sh configure.in acinclude.m4 python.m4 removed 
204
205 2004-09-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
206   * src/*.cxx *.h Reference to License.htm fixed to License.html.
207   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: fix.
208   * Doc/Website/ConformanceSummary.html, minimal conformance statement added.
209
210 2004-09-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
211   * TODO updated with Mathieu suggestions. I proposed a template for
212     describing TODO entries and used it for new entries.
213   * Added Doc/Website/CodingStyle.html, Developpers.html,
214     DeveloppersPython.html, GdcmDataCvs.html and
215     DownloadVersion0_1.html, DownloadVersion0_3.html.
216   * Some Doc/*.txt Doxygen files (which do not really concern the
217     documentation itself, but the website) moved to html and
218     placed in directory Doc/Website:
219     - Doc/DoxyDevelInstal.txt moved to Doc/Website/Developpers.html
220     - Doc/DoxyInstallation.txt moved to Doc/Website/Installation.html
221     - Doc/DoxyIntroduction.txt included in Doc/Website/Main.html
222   * Doc/DoxyfileDeveloppers, DoxyfileUsers, Makefile.am oldies removed.
223   * CMakeLists.txt changed accordingly.
224   * DEVELOPPER spread out in Doc/Website/Developpers.html, CodingStyle.html,
225     DeveloppersPython.html
226   * INSTALL nows refers to Doc/Website/Installation.html
227
228 2004-09-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
229   * Added Doc/Website directory, that contains a first raw version
230     of gdcm Web site.
231
232 2004-09-23 Jean-Pierre Roux
233   * FIX In order not to be poluted any longer by casting problems,
234     the member VoidArea of gdcmBinEntry is now uint8_t* (instead of void *)
235          we can now delete[] it safely  
236   * VoidArea is now called BinArea (less confusing name),
237     and all the methods called ...VoidArea... are now ... BinArea...
238   * class gdcmObject is now called gdcmDicomDirObject (less confusing name)
239
240 2004-09-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
241   * src/gdcmDocument.cxx: gdcmDocument::~gdcmDocument() doesn't clear (nor
242     clear) TagHT, which is an inherited member of gdcmElementSet. It is
243     up to the destructor of gdcmElementSet to clean up TagHt and it's
244     pointed content.
245
246 2004-09-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
247   * Test/CMakeLists.txt: update to follow gdcmData renamings.
248   * src/gdcmCommon.h, gdcmDocument.cxx: doxygen typos
249
250 2004-09-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
251   * ENH: added some utility method that builds a flat dictionnary
252     holding all the Dicom entries contained in the recursive structure
253     of a gdcmElementSet. Refer to add FlatHashTablePrint.cxx for 
254     an example of usage.
255     - src/gdcmDocument.[h|cxx] added BuildFlatHashTableRecurse() and
256       BuildFlatHashTable() that build a flat dictionary.
257     - src/gdcmElementSet.h: added a new private GetTag() accessor.
258       gdcmDocument is now a friend of gdcmElementSet.
259     - src/gdcmElementSet.cxx: clean up.
260     - Example/FlatHashTablePrint.cxx added.
261     - Example/CmakeLists.txt changed accordingly
262
263 2004-09-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
264   * gdcmDocEntrySet::SQDepthLevel and gdcmDocEntrySet::BaseTagKey attributes
265     moved away from gdcmDocEntrySet (since this class is an abstract class
266     acting like an interface). SQDepthLevel and BaseTagKey are now
267     in class 
268     - src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx] removal of SQDepthLevel and BaseTagKey
269       and associated accessors. Doxygenation of the class.
270     - src/gdcmSQItem.[h|cxx] SQDepthLevel and BaseTagKey and associated
271       accessors added.
272     - src/gdcmSeqEntry.[h|cxx]: constructor doesn't handle depth anymore.
273       Use SQDepthLevel accessor instead. ::Print() adapted.
274     - src/gdcmElementSet.cxx changed according to changes in gdcmSeqEntry.
275     - src/gdcmDocument.cxx changed accordingly.
276
277 2004-09-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
278   * Preparation of writing a gdcmHeader iterator: generalisation of gdcmTagKey
279     - The following is the doxygen comment of the typedef declaration
280       of gdcmagKey in src/gdcmCommon.h:
281            gdcmTagKey is made to old an "universal" (as in URL, Universal
282            Ressource Locator)  key to a gdcmDocEntry i.e. a dicom tag.
283            A dicom tag allways has a group and an element, but a set of tags
284            embeded in various (optionally nested) sequences and sharing
285            the same group and element all share the same (group, element)
286            "identifier". Hence the (group, element) cannot be used as an
287            identifier (in gdcm we shall refer to a "TagKey") of a tag.
288            In order to construct a proper tag identifier (i.e. a key) we
289            consider the following definition of a TagKey:
290            - let Group, Element be the string representation of the
291              group and element dicom tag members,
292            - let ItemNumber be the string representation of the integer
293              index of the considered item number of a sequence,
294            Let the key of a tag embeded in a sequence, noted SeqTag, be
295            the form:
296               /ItemNumber#Group|Element
297            where "/", "#" and "|" are characters acting as separators.
298            Then the general form of a gdcmTagKey is given by:
299               Group|Element<SeqTag>
300            where <SeqTag> means NO or many instances of SeqTag.
301            Hence the gdcmTagKey of a tag not "leaving" in a sequence is the
302            string e.g.
303                0028|1201
304            but the gdcmTagKey of a tag "embeded" is the first item of
305            a sequence, itself nested in the third item of a sequence is the
306            string e.g.
307                0004|1220/2#0008|0082/0#0008|0090
308     - src/gdcmDocEntry.h: added a new Key (of type gdcmTagKey) member, in
309       order to hold the new sequence compatible key. Previously, the 
310       GetKey() method would look in the underlying gdcmDictEntry.
311     - src/gdcmDocEntry.cxx:
312       -- constructor now copies the underlying DictEntry key, in the local
313          Key member.
314       -- ::Print: displays the member Key, instead of the (group, element).
315     - src/gdcmCommon.h: added some comments on typedef gdcmTagKey.
316     - src/gdcmDocEntrySet.h:xi
317       -- ::ParseDES() now setups the gdcmTagKey of the sequence it is parsing.
318       -- now has a new BaseTagKey member.
319       -- STYLE.
320   * src/gdcmValEntry.[h|cxx], src/gdcmBinEntry.[h|cxx]: the member VoidArea,
321     previously a member of gdcmValEntry, moved to gdcmBinEntry were is
322     truly belongs.
323     This poses the problem with the semantics of the following lines
324        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
325        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
326        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
327     in gdcmDocument::gdcmDocument(std::string const & ). Please refer
328     to the long FIXME note for what the problem is. Nevertheless in
329     order to get things working the dicom dictionary was altered !
330     Please fix things urgently...
331   * Dicts/dicomV3.dic WRONGLY altered (this means we introduced a uncorrect
332     information), see above note on moving the member VoidArea. Nevertheless
333     the following entries previously correctly set as US are now inproperly
334     set to OW:
335       0028 1201 OW IMG Red Palette Color Lookup Table Data
336       0028 1202 OW IMG Green Palette Color Lookup Table Data
337       0028 1203 OW IMG Blue Palette Color Lookup Table Data
338   * src/gdcmDocEntry.[h|cxx], src/gdcmSeqEntry.h: SQDepthLevel member
339     of gdcmDocEntry moved to gdcmSeqEntry.
340   * src/gdcmSeqEntry.cxx: STYLE.
341
342 2004-08-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
343   * Test/TestAllEntryVerify.cxx minor fix and added comments.
344
345 2004-08-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
346   * gdcmPython/testSuite.py: all the test suite in python is now moved
347     to it's C++ version (see gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt)
348   * Test/CMakeLists.txt adapted to renaming of files in gdcmData
349   * gdcm/TODO and src/gdcmDictSet.h cleaned up frow the "TODO Swig" oldies
350
351 2004-08-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
352   * gdcmPython/CMakeLists.txt: SWIG_FLAGS doesn't declare includeall
353     to avoid inclusion recursion until STL is reached.
354   * src/gdcmDocument.[h|cxx]: exceptions substituted to errno C-style
355     mecanism. errno.h is not included in gdcm anymore.
356   * src/gdcmException.h: introduced new gdcmFormatUnexpected class
357     (gdcmFormatError now inherits from gdcmFormatUnexpected).
358   * TODO updated
359   * gdcmPython/testSuite.py checks on CR-MONO1-10-chest.dcm moved to
360     gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
361   * Test/TestAllEntryVerify.cxx is now effective (used allways return true)
362   * src/gdcmDocument.[cxx|h]: constructors no longer use the bool
363     exception_on_error parameter.
364     - src/gdcmFile.[cxx|h], src/gdcmHeader.[cxx|h] changed accordingly,
365     - vtk/vtkGdcmReader.cxx changed accordingly,
366     - Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
367
368 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
369   * src/gdcmDicomDir.cxx, gdcmDocEntrySet.cxx: removed inclusion of errno.h
370   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
371     enable_sequences removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
372   * Example/PrintHeader.cxx: fixed accordingly (enable_sequences removal).
373   * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: dummy fix.
374   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
375     skip_shadow removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
376   * Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
377
378 2004-07-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
379   * Test/CMakeLists.txt: newly re-introduced SIEMENS_Sonata-12-MONO2-SQ.dcm
380     in gdcmData (previously known as E00001S03I0015.dcm) is blacklisted.
381
382 2004-07-21 Jean-Pierre Roux
383   * FIX Now, Parsing and Printing a DICOMDIR do work!
384        ( troubles remain in makeDicomDir and BuildUpDicomDir :-(
385                  
386 2004-07-20 Jean-Pierre Roux
387   * FIX Some brain damaged headers have Zero-Lenght fields 
388         for 'Transfert Syntax UID', or 'Media Stored SOP Class UID'.
389
390 2004-07-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
391    * src/gdcmCommon.h, gdcmDict.cxx, gdcmTS.cxx : bug fix for msvc6 compilation
392    * src/gdcmDebug.[h|cxx] : bug fix for msvc6 compilation. Replace the dbg
393      variable (instance of gdcmDebug) by a definition macro, and the instance
394      is now in static in the gdcmDebug class
395    * src/gdcmSQItem.h : (FIXME) remove an undefined method
396    * Test/PrintAllDocument.cxx : bug fix in the result of the test
397
398 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
399    * WARNING: ctest now depends more tightly on gdcmData. You should
400      check out gdcmData properly for things to run smoothly...
401    * src/gdcmDocument.cxx MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE is set back to 0xfff
402      (4096) for "ctest -R TestAllEntryVerify" to be able to run (i.e.
403      we need the pixels not be loaded in order to use the ValEntry
404      that displays position and size).
405    * Test/TestAllEntryVerify.cxx a new low level test now seems fair.
406      This is a C++ based equivalent of gdcmPython/testSuite.py that should
407      be deprecated. If you have any doubts about the advantages of a
408      modern scripting language (read Python) versus grass root C++ (i.e.
409      without lex + yacc, because of gdcm commitement to MS-VC++, sighhh),
410      I suggest you compare TestAllEntryVerify.cxx (639 lines, without the
411      reference file gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt) and testSuite.py.
412         Anyhow, consider documenting the gdcmData images in 
413      gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt (and please run ctest before
414      commiting changes).
415    * Test/CMakeLists.txt:
416       - now uses TestAllEntryVerify.cxx
417       - specific comments on oldACR00001.ima (now renamed in gdcmData
418         to SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr) moved away to
419         gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
420    * TODO updated.
421
422 2004-07-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
423    * src/*.[h|cxx] : typedef clean up
424      - guint16 and guint32 removed. Use ISO C uint16_t, uint32_t instead.
425      - TagKey renamed to gdcmTagKey (for external usage)
426      - VRKey renamed to gdcmVRKey (for external usage)
427      - removal of typedef duplication.
428      - Removed all unecessary inline keyword from class inline definitions.
429      - Some method|function(void) declarations replaced with method|function().
430    * src/jpeg/libijg12/jdhuff12.c:
431       - printf polluting ctest removed.
432       - TAB removal for comminting
433    * Test:
434      - TestAllReadCompareDicom.cxx: added a test that compares all the
435        images in gdcmDataImages.h with corresponding images in 
436        gdcmData/BaselineDicom/. When baseline images are not present
437        this test creates them.
438        Note: we need to validate each reference image, but before that
439              I'd like to rename them with a more explicit name...
440      - CMakeLists.txt: changed accordingly.
441    * Example/*.cxx: examples now only include gdcm.h (as opposed to 
442      including each header needed).
443
444 2004-07-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
445    * Test/*.cxx and Example/*.cxx: moved some examples away from the
446      test suite to the Example directory. Are concerned:
447      - PrintHeader.cxx
448      - TestDcm2Acr.cxx
449      - TestFindTags.cxx
450      - TestWrite.cxx was
451      - TestWriteSimple.cxx
452    * Test/CMakeLists.txt: added some comments on reasons for black listing
453      image gdcmData/oldACR00001.ima
454
455 2004-06-30 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
456    * Test/CmakeList.txt: removed the following from black list (to be coherent
457      with removal from gdcmData):
458       - gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.fixed.dcm
459       - gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
460       - US.3405.1.dcm
461      Added the following because after last cvs update, they cause
462        ctest -R TestReadWriteReadCompare 
463      to segfault:
464       - gdcm-MR-SIEMENS-16-1.acr
465       - oldACR00001.ima
466    * Test/TestReadWriteReadCompare.cxx was properly written (with a call
467      to gdcmFile::SetImageData()) BUT since gdcmFile is brain damaged (see
468      new comments in this file) we temporarily (sigh) move to a weaker
469      form of test...
470    * Test/CmakeList.txt: with the change to Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
471      we don't need to black list the following images anymore:
472       - 8BitsUncompressedColor.dcm
473       - OT-PAL-8-face.dcm
474       - US-PAL-8-10x-echo.dcm
475    * src/gdcmDocument.[h|cxx]: RE-Reverting to version 1.42 with the proper
476      fixes and the beautified code ;-)
477      This fixes the bug introduced in version 1.42 (when beautifying)
478      that made the parsing of 8BitsRunLengthColor.dcm unproper.
479      Note: ctest was blind to this bug (this means we need to still
480            improve the test suite). The bug could be detected by using
481            gdcmbin/bin/PrintDocument $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
482            or by using
483            gdcmbin/bin/ReadWrite $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
484            and by displaying the (garbage) produced file temp.XDCM...
485
486 2004-06-29 Jean-Pierre Roux
487    FIX : - remove Frog's beautified, but never checked 'Parse7FE0' code,
488          - replace by uggly but working old code :-(
489                 A lot of things should be OK again.
490         It's really urgent to have a test suite that *tests*, 
491         to prevent Frog's beautifying sessions to break all the stuff
492         (twice, withing a fortnigh ...)         
493
494 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
495    * Test/TestWriteRead.cxx and TestReadWrite.cxx merged (because of
496      redundancy) to added Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
497    * Test/CmakeList.txt: because the compare test of
498      Test/TestReadWriteReadCompare.cxx fails, the following images are
499      black listed: - 8BitsUncompressedColor.dcm
500                    - OT-PAL-8-face.dcm
501                    - US-PAL-8-10x-echo.dcm
502    * src/gdcmDocument.cxx: for broken (non DICOM V3 conformal) images
503      (e.g. gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm see comments in
504      gdcm/gdcmPython/testSuite.py for details) ::FindDocLengthOB() had
505      and ad-hoc kludge. This kludge is now removed, and on encountering
506      such an image (OB field brain damaged) we set errno. Then in 
507      ::FindDocLength() we "fix" the length as being ALL what remains
508      in the file (until EOF). We then proceed, hoping for the best...
509      This fixes a SegFault in ShowDicom when trying to write such an
510      image.
511    * Test/CmakeList.txt: 8BitsRunLengthColor.dcm is now blacklisted
512      (because TestWriteRead breaks on it, after a non conformal commit?).
513      ctest now runs properly, except for MakeDicomDir (which was allways
514      broken) and the Python related stuff (still not fixed).
515    
516 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
517   ADD : Examples/WriteRead, that acts like the former Test/TestWriteRead
518   FIX : Test/TestReadWrite now iterates on all the file names 
519                           (instead of infinite loop)
520   ENH : Test/TestWriteRead now iterates on all the file names 
521
522 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
523    * Test/TestReadWrite.cxx: now uses all the images of gdcmData.
524
525 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
526    FIX : - now Write drops LUT Descriptors and LUTs (if any)
527                     when SamplesPerPixel =3
528          - now Write is no longer confused by 
529                               'BitsAllocated = 12" and 'BitsStored=12"
530          - "UN" value representation Elements are now written correctly 
531                (their legth is stored on 4 bytes -just like OB, OW, and SQ-)                                                                    
532    ENH : - now gdcmHeader has its own Write methods 
533                     (in order to split the job that has not to be done 
534                                         for gdcmDicomDir)
535
536 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
537    * Test/PrintAllDocument.cxx: looping on files is now effective. It used to
538      loop on the same image until memory went out. 
539      Note: this means we still have gobs of memory loss in PrintDocument
540    * src/gdcmDocument.cxx: fixes problem on parsing on file
541      gdcmData/16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.
542
543 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
544    FIX : Write - All the Sequences and Sequence Item are now written 
545             as 'no length' stuff, and a Sequence Delimitor aor an Item Delimitor
546                                 is added a the end, when necessary.
547             - A lot of brain-damaged images, that were read correctly are 
548                       now written correctly
549                                 - length compatible BinEntry are now loaded correctly 
550                                 (even for odd groups) 
551         Note : only Explicit Value Representation was checked.
552                                 (question : is implicit VR really necessary for gdcm ?)
553
554 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
555    * DEVELOPPER: added a proposition of coding style.
556    * src/gdcmDocEntry.h: removed every inline declaration (for test of 
557      coding style).
558
559 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
560    * gdcmDocEntry::PrintCommonPart() and ::WriteCommonPart() removed.
561      Use the gdcmDocEntry::Print() and Write() instead.
562    * src/gdcmDocument.cxx: bug fix.
563
564 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
565    FIX : gdcmDocument.cxx
566       - Now we do recognize the JpegLossLess format (there was a misstyping in
567         code 'beautyfication' :-(
568       - Now we automaticaticaly load the Luts, if any
569
570 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
571    In order : to write Sequences, whatever their imbrication level, 
572                  : to allow user to create his own Sequences
573         a lot of modif where necessary (adding, moving, or virtualising methods)
574
575 WARNING : save your own sources *before* cvs up !
576         
577         - gdcmBinEntry
578           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
579           
580    - gdcmDocEntry
581           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
582           ADD void gdcmDocEntry::WriteCommonPart(FILE *fp, FileType filetype);
583           
584         - gdcmDocEntrySet
585           ADD virtual void Write (FILE *fp, FileType filetype)=0;
586           ADD   virtual gdcmDocEntry *GetDocEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
587      ADD gdcmDocEntry *GetDocEntryByName(std::string name);
588      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
589      ADD std::string GetEntryByName(TagName name);                       
590      ADD gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
591                                             guint16 element,
592                                             std::string vr     = "unkn",
593                                             std::string fourth = "unkn",
594                                             std::string name   = "unkn"); 
595           ADD gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);                                                                                                 
596      ADD gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);     
597      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
598      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);   
599      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByName   (std::string Name);
600      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
601           REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element)=0;
602      REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name)=0;
603           
604         - gdcmDocument
605      ADD virtual bool WriteF(FileType type); // New stuff, with recursive exploration           
606      ADD virtual std::string GetEntryByName    (TagName tagName);
607      ADD virtual std::string GetEntryVRByName  (TagName tagName);
608      REM virtual bool Write(FILE *, FileType);
609      REM virtual void WriteEntryTagVRLength(gdcmDocEntry *tag,
610                                         FILE *_fp, FileType type);
611      REM virtual void WriteEntryValue(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
612      REM virtual bool WriteEntry(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
613      REM virtual bool WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
614      REM virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
615      REM virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
616      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
617      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
618      REM gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
619                                             guint16 element,
620                                             std::string vr     = "unkn",
621                                             std::string fourth = "unkn",
622                                             std::string name   = "unkn");
623      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
624      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);
625      REM gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
626      REM gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
627                                                                                                                  
628         - gdcmElementSet
629           ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
630           
631    - gdcmSeqEntry
632           ADD virtual void Write(FILE *fp,FileType filetype);
633  
634    - gdcmSQItem
635      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
636      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);        
637      REM std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
638      REM std::string GetEntryByName(TagName name);
639
640    - gdcmValEntry
641          ADD virtual void gdcmValEntry::Write(FILE *fp, FileType filetype); 
642                                   
643 2004-06-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
644     * Test/TestWriteSimple.cxx: fix to gdcmHeader-gdcmHeaderHelper revamping.
645       The default constructor invoked by the line
646          gdcmHeader *f1 = new gdcmHeader( header );
647       was gdcmHeader::gdcmHeader(bool) instead of the expected
648       gdcmHeader::gdcmHeader(std::string const &, bool = false, bool, bool).
649       Hence the parsing wasn't executed... See also below.
650     * src/gdcmHeader.h: the declaration of gdcmHeader::gdcmHeader(bool)
651       as explicit constructor didn't do the trick to fix the above problem.
652       Could anyone explain why ?
653     * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmValEntry.cxx: gdcmBinEntry::Print() now
654       properly calls gdcmValEntry::Print() (that was weed out from 
655       code related to gdcmBinEntry).
656
657 2004-06-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
658     * In order to fix memory leaks:
659      - Test/TestWriteSimple.cxx: added cleaning of free store through
660        some delete calls.
661      - src/gdcmBinEntry.cxx: fix to avoid SegFault.
662      - src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: fixed initialisation in constructor
663        gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(bool) [either the constructor itself
664        (through the call to ::AddDicomDirMeta()) or the destructor
665        would crash when deleting uninitialized ::metaElems].
666      - src/gdcmDictEntry.cxx: annotation of ununderstood memory leak.
667      - src/gdcmDocument.cxx:
668        -- ::~gdcmDocument() destructor now cleans up all dictionary entries
669           from dynamic stores.
670        -- ::ParseDES() misplaced deletion of temporary NewDocEntry
671           was causing memory leaks.
672      - src/gdcmSQItem.cxx:
673        -- ::~gdcmSQItem() dummy code cleaned (learned that deletion is
674           cleanly handled with polymophism: sorry but my milage is low).
675        -- ::SetEntryByNumber(string, guint16, guint16) now cleanly allocates
676           a gdcmValENtry, and makes no assumption on type (gdcmDocEntry,
677           gdcmSeqEntry vs gdcmValEntry) of existing entry (when present).
678           This avoids SegFaulting.
679      - src/gdcmSQItem.h: coding style.
680     * Conclusion:
681      - Test/TestWriteSimple still severely sucks. The output image content
682        (when $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm in input) is brain
683        damaged when displayed with vtkgdcmViewer.
684      - on memory leaks: TestWriteSimple leaks really less (see entry
685        of 2004-06-18 in Changelog file for the call to valgrind).
686      - on segfaults: ctest now passes all the tests but one (no more
687        segfaults).
688     * Erroneous leading white fix:
689      - src/gdcmDict.cxx: getline(from,xxx) doesn't remove the leading
690        white[s] (as opposed to from >> xxx, that removes it [them].
691      - src/gdcmTS.cxx: ditto.
692      - gdcmPython/testSuite.py: dirty related kludge removed.
693     * src/*: remaining references to gdcmParser removed.
694     * src/*[cxx|h]: added copy[way]left header.
695
696
697 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
698     * In order to fix writing of dicom files:
699      - Test/TestWriteSimple.cxx: a simpler example of writing.
700      - Test/CMakeLists.txt changed accordingly.
701      - src/gdcmDocument.cxx:
702        -- The destructor now recursilvely removes potential sequences.
703        -- Bug fix in ::IsJPEG2000()
704        -- ::ReplaceOrCreateByNumber(std::string, guint16, guint16)
705           now handles promotion of gdcmDocEntry to gdcmValEntry in a cleaner
706           manner.
707        -- ::GetValEntryByNumber(guint16, guint16) now defined (as opposed
708           to only declared) and build on top of
709           ::GetDocEntryByNumber(guint16, guint16).
710        -- ::SetEntryByNumber() now uses GetValEntryByNumber(group, element)
711      - src/gdcmElementSet.[h|cxx]: added ::RemoveEntry(gdcmDocEntry *)
712        for usage in destructor and treatement of promotion in
713        ::ReplaceOrCreateByNumber().
714      - src/gdcmSQItem.cxx: destructor should better handle his job.
715       Test/TestWriteSimple now runs (or at least it DOES something).
716     * We can now start hutting memory links. A good starting point is:
717       valgrind -q --skin=memcheck --leak-check=yes --leak-resolution=high
718       --num-callers=100 --show-reachable=yes gdcmTests TestWriteSimple
719       $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm foo.dcm
720
721 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
722     * Valgrind note: after Mathieu Malaterre teached me how to read
723       the valgrind FAQ ;-] (see http://valgrind.kde.org/faq.html), I
724       learned that:
725           Using gcc, you can force the STL to use malloc and to free memory as
726           soon as possible by globally disabling memory caching.
727           With 3.2.2 and later, you should export the environment variable
728           GLIBCPP_FORCE_NEW before running your program.
729       By setting GLIBCPP_FORCE_NEW, STL related memory leak messages of gdcm
730       simply vanish (it is still not clear to me, whether this means that
731       STL std::string leaks or if valgrind believes it leaks...).
732     * Fixing of SegFault of Test/makeDicomDir (as shown by ctest or by
733       running bin/gdcmTests makeDicomDir):
734       - src/gdcmDicomDir.cxx: dynamic casting used + clean up.
735       - Test/makeDicomDir.cxx now properly traps empty lists and returns
736         with 1.
737       NOW, makeDicomDir cleanly fails (in ctest terminology) instead of
738       SegFaulting (I drowned in DicomDir related code when trying to
739       understand why the list is empty...).
740     * src/gdcmDocument.h: first BSD license header try.
741     * Doc/License.txt added.
742
743 2004-06-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
744     * src/gdcmDocument.[h|cxx]:
745       - Clean up of the Transfer related predicates. They are now all based
746         on new method isGivenTransferSyntax, that (should) handle properly
747         the padding problem.
748       - general clean up, simplification, and coding style.
749       - Specific clean up of Parse7FE0() (umproperly named actually).
750     * gdcmPython/testSuite.py: an odd temporary kludge introduced.
751
752 2004-06-14 Jean-Pierre Roux             
753    *  gdcmSeqEntry.cxx
754            - fix the display of Sequence Delimitor (SQDepthLevel pb)
755                 - fix the display of SQItem ordinal number
756       - add the GetSQItemByOrdinalNumber method
757                 - remove some useless never written private methods     
758                 
759 2004-06-14 Jean-Pierre Roux
760    * gdcmBinEntry.cxx 
761       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param
762            - ReplaceOrCreateByNumber now returns :
763               a gdcmBinEntry * if a Binary (void *) value is passed as a param
764                    a gdcmValEntry * if a string value is passed as a param
765    * dcmDocument.cxx
766       - SetEntryByNumber now allows setting gdcmValEntry or gdcmBinEntry, 
767               according to the param type (no longer sets a gdcmDocEntry)
768            - GetValEntryByNumber, GetBinEntryByNumber added
769       - NewValEntryByNumber and NewBinEntryByNumber added
770    * gdcmFile.cxx
771       - Pixel Data are now linked to the (7fe0,0010) elements, after reading
772    * gdcmSQItem.h
773       - GetSQItemNumber and SetSQItemNumber added, to provide 
774             a (relative) Item identier inside a given Sequence
775             \warning : some pb remaining around this number
776                                 will be solved asap
777       - AddEntry now takes the Item Number as a param   
778    * gdcmValEntry.cxx 
779       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param    
780
781 2004-06-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
782     * Memory leak hunt with the following command:
783       valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
784                --show-reachable=yes gdcmTests PrintDocument
785       It looks like many (all?) leaks are due to the STL (or a bad usage
786       of the STL. The lines producing the leaks now have a comment with
787       a "MEMORY LEAK" tag: you can retrieve them with 
788           grep "MEMORY LEAK" src/*
789       Here are two typical examples which I can't help fixing:
790       -----
791           #include <string>
792           int main() {
793              std::string name;
794              char * test = "babo";
795              name = test;    //// <--- valgrind detects 960 bytes lost in
796                              ////   call to std::string::operator=(char const*)
797              name.clear();   //// Doesn't help !
798              return 0;
799           }
800       -----
801           #include <string>
802           #include <iostream>
803           int main() {
804              std::string line;
805              std::cout << "Type a bunch of characters followed by RETURN: ";
806              getline(std::cin, line);   //// <--- valgrind dectects a loss
807                                         //// of 1320 bytes in call to
808                                         /// std::basic_istream<>& std::getline<>
809             return 0;
810           }
811       -----
812
813
814 2004-06-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
815     * src/gdcmHeader.[cxx|h]:
816       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*)
817         and related, moved away to gdcmDocument.
818       - Accessors (on the form [Get|Set]Entry*) set up to expose publicly
819         the corresponding protected accessors of inherited class
820         gdcmDocument, removed ! As a consequence gdcmFile had to be 
821         declared friend of class gdcmDocument (see below).
822       - operator< moved to gdcmDocument (in fact it belongs to gdcmDicomDir).
823       - Clean up of undefined or unused methods.
824     * src/gdcmFile.[cxx|h]: added SetEntryByNumber (in order to take into
825       account the changes to gdcmHeader.h).
826     * src/gdcmDocument.h:
827       - gdcmFile is now a friend class (in order to take into account the
828         changes to gdcmHeader.h).
829       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*) added
830         (see changes to gdcmHeader.h).
831       - Accessors (reading on the form GetEntry*) are now public.
832       - Clean up of undefined or unused methods.
833     * src/gdcmDocument.cxx:
834       - adaptation to changes to gdcmDocument.h
835       - ::OpenFile now writes a verbose message when file cannot be opened.
836       - some std::string properly set to VRKey
837     * src/gdcmDicomDir.h: historical references to gdcmHeader changed to
838       references to gdcmDocument. 
839     * Test/TestFindTags.cxx: changed accordingly to above changes.
840     * gdcmPython/testSuite.py: adapted to renaming of acr files in 
841       cvs repository gdcmData.
842
843 2004-06-09 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
844     * src/gdcmValEntry.h: member voidArea type changed from char* to void*.
845     * src/gdcmBinEntry.h: member voidArea commented out, since it potentially
846       conflicts with gdcmValEntry::voidArea.
847     * src/gdcmValEntry.cxx: unmatching comment wiped out.
848     * src/gdcmVR.[h|cxx]: added two predicates that partition the possible
849       Value representation between StringRepresentable and BinaryRepresentable.
850     * src/gdcmDocument.cxx: 
851       - method ParseDES: proper indentation restored and usage of
852         gdcmVR::IsVROfGdcmStringRepresentable wired in.
853       - method LoadDocEntry: the fingerprint left in the SetValue() of
854         unloaded entries (length > MaxSizeLoadEntry) had curiously been
855         removed. Reverting to previous code segment with the proper
856         dynamic_cast< gdcmValEntry* >.
857         Note: this was (partially) breaking the python test suite
858               (gdcmPython/testSuite.py) that made usage of the above
859               fingerprint to check presence of "Pixel Data".
860     * src/gdcmDocEntry.h: coding style.
861     * gdcmPython/__init__.py: environement variable GDCM_DATA_PATH is
862       now taken into account.
863     * gdcmPython/gdcm.i: adaptation to the new internal representation
864       of gdcm (exit gdcmParser, hello gdcmDocument).
865     * gdcmPython/testSuite.py: quick and dirty fix for loading vtkgdcmPython
866       on posix.
867     * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: doesn't use the gdcmDocument::Print()
868       anymore, but instead prints the loaded Python dictionary.
869     * .... alas, the python testSuite is still broken.
870
871 2004-05-18 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
872     * gdcmPython/gdcm.i : remove useless lines concerning the gdcmGlobal
873       gdcmGlob
874     * gdcmPython/setup.py : replace the use of cvar.gdcmGlob to gdcmGlobal
875     * src/gdcmUtil.h : export methods
876
877 2004-05-16  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
878     * Some more cleanup/enhancement in gdcmPython/CMakeLists.txt getting close
879       to right behavior
880     * Initial addition of automatic python testing
881     * Initial addition of automatic image comparison
882
883 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
884     * src/gdcmCommon.h, gdcmDicomDir.cxx, gdcmFile.cxx, gdcmHeaderHelper.h,
885       gdcmParser.cxx, gdcmParser.h : bug fix for the Microsoft .Net compilation
886
887 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
888      * src/gdcmFile.cxx, gdcmHeader.cxx : bug fix for the msvc compilation
889      * Test/ShowDicom.cxx : bug fix for msvc compilation
890      * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : bug fix for msvc compilation
891
892 2004-05-04 Jean-Pierre Roux
893      * ADD Taking into account the 'Dicom Sequences' leads up to introduce
894        new concepts (and new classes) :
895        a 'gdcmDocument' is composed of a set of Doc Entries, that are
896         - elementary gdcmDocEntries (former gdcmHeaderEntries)
897         - Sequence Doc Entries (gdcmSeqEntries)
898        a Sequence is composed of Items.
899        Each item is a set of Doc Entries (this is recursive)
900        The non uniqueness of the 'Dicom tag' is due to this recursivity
901        (never taken into account)
902        Our unability to add a new 'entry' in the header
903        at the proper location (neither in the H-Table (map or multimap),
904        nor in the Chained List is also due to this recursivity.
905        Don't try, right now, to use/modify/compile these new sources :
906        nothing is finished.
907        We just commit all the stuff, 'as is', in order not to loose it.
908
909 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
910      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix in the setting of file name
911      
912 2004-05-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
913      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading a list of files using the
914        file prefix (SetFilePrefix)
915
916 2004-05-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
917      * Add a new test: ShowDicom, for now this is just the c++ version of
918        checkRead.sh, later it will be able to compare the image read against a
919        baseline.
920      * Replace the DEBUG on the stack with a global entry in cmake interface:
921        GDCM_DEBUG, so you can turn verbosity ON/OFF for debug statement.
922
923 2004-04-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
924      * Add an example subdir, with a real example on how to read + write a 
925        dicom image
926
927 2004-04-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
928      * Doc/gdcmUML.xmi added raw UML class view (umbrello format)
929      * Doc/CMakeLists.txt: the main page is now properly differentiated
930        between the developper and user version.
931      * Doc/doxygen.config.in: dropped search related obsolete flags
932      * src/gdcmParser.h, gdcmHeader.h: doxygenation
933
934 2004-04-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
935      * DEVELOPPER: added some helpfull comments for compile/test/install
936        when using cmake.
937
938 2004-04-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
939      * ENH: 1. Remove remp solution of gdcmTests.cxx+ gdcmMain directly in 
940                src directory, now generated in the build dir.
941             2. Tests as mentionned smarter
942             3. Some clean up
943             4. Add a new method in gdcmDict that return the PubDict by name 
944           this is interesting for 3rd party lib like ITK, 
945           where we could set the institution name / patient name...
946
947        * ENH: 1. Now the test suite is working for real
948               2. All binaries are now output in the gdcm-bin directory 
949                  (this was not true before)
950
951 2004-04-28  Jean-Pierre Roux
952      * ENH add the provisional  gdcmHeader::SQDepthLevel to allow 
953            SeQuence indented printing of Dicom Header.
954      * ENH merge methods gdcmParser::Parse and gdcmParser::LoadHeaderEntries
955            into the single gdcmParser::LoadHeaderEntries for efficiency purpose.
956            Computation of SQDepthLevel is now part of gdcmHeader constructor
957      * ENH add self defined param 'new' to PrintHeader to 'show' the SeQuence
958            tree-like structure of a Dicom Header.
959      * FIX Test code cleaning     
960            
961 2004-04-25  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
962      * ENH: Adding automatic testing
963        1. Need a DartConfig.cmake to submit to public
964        2. Add a test driver gdcmTest.cxx
965        3. gdcmTestMain, an helper for the main test driver gdcmTest
966        4. Files in Test don't have a main anymore, this becomes interesting 
967           when we add more and more tests, thus dsw don't have to load 
968           too many projects
969      * ENH: Adding a GDCM_DATA_ROOT for testing
970      * ENH: Remove redundancie about GDCM_DICT stuff, now we only need to modify
971        one file instead of seven + some small cleanup
972
973 2004-04-22  Jean-Pierre Roux
974      * ENH Minor changes to the Print() methods.
975      * ADD gdcmParser::PrintEntryNiceSQ() to allow SQ-indented
976            Header printing. Example given with :
977            > PrintHeader fileName  2 new
978           (SQ based tree-like structure still to be done for the Header ...)
979            
980 2004-04-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
981      * ENH: Some cosmetic clean up for compilation with -W -Wall -Werror
982          1. I have added some unsigned where needed
983          2. Some function parameter not used -> (void)
984          3. In gdcmDicomDir.cxx, add GDCM_DICOMDIR_NONE case
985          4. g++ don't like character '\' in comment
986          5. #define jpeg_create_decompress  jCreaDecompress
987                     this really need to be fixed
988          6. virtualize destructor of gdcmObject ... leakage
989          7. sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); 
990                     this also really need to be fixed
991          8. gdcm/src/jpeg/libijg8/CMakeLists.txt, 
992                     remove compression file 
993                     (as we only do decompression, right ?)     
994      * ENH: Change malloc/calloc/free with c++ equivalent
995
996 2004-04-21  Jean-Pierre Roux
997      * FIX gdcmHeaderHelper::GetXSpacing
998            when a single value is found (bug ?), xpacing is now 
999            defaulted to yspacing
1000            
1001 2004-04-19  Jean-Pierre Roux
1002      * ADD gdcmData/Wrist.pap (PAPYRUS 3.0 -single frame-) for checking purpose
1003      * ENH add parameters :
1004                bool  exception_on_error = false, 
1005                bool  enable_sequences   = false,
1006                bool  ignore_shadow      = false
1007            to the gdcmFile constructors to be full gdcmParser compliant
1008      * FIX vtk/vtkGdcmReader.cxx now uses  enable_sequences = true in gdcmFile
1009            to allow reading of PAPYRUS 3.0 files 
1010               
1011 2004-04-06  Jean-Pierre Roux
1012      * ADD gdcmData/E00001S03I0015.dcm for SQ checking purpose
1013      
1014 2004-04-02  Jean-Pierre Roux
1015      * ADD : Test/checksequence.sh, for a general recap on SQ pb
1016      * FIX : gdcmParser::WriteEntryTagVRLength emprovement of special treatement
1017              for Philips spurious Tag fffe|0000 while rewritting Dicom files
1018              
1019 2004-03-30  Jean-Pierre Roux
1020      * FIX gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber shouldn't seg fault any more 
1021          for ACR file, written out as DICOM files (hope so...)
1022
1023 2004-03-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1024      * src/gdcmParser.[cxx|h] and gdcmHeader.[cxx.h]: gdcmHeader::Write split
1025        in WriteEntryTagVRLength and WriteEntryValue. Those methods were
1026        moved to base class gdcmParser and only the specialisation is kept
1027        in gdcmHeader.
1028      * src/gdcmParser.[cxx|h]: ReplaceOrCreateByNumber(char*, guint16, guint16)
1029        trashed out (because ReplaceOrCreateByNumber(string, guint16, guint16)
1030        already does the job.
1031      * src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: WriteDicomDirEntries renamed to WriteEntries
1032        (to be consistent with gdcmParser::WriteEntries).
1033
1034 2004-03-30 Benoit Regrain
1035      * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : fix the read of 3 gdcmHeader when making an
1036        upate of the object's instance. It's passed to 2 in the unfavorable
1037        case : one in the ExecuteInformation, one in the ExecuteData
1038
1039 2004-03-29  Jean-Pierre Roux
1040      * ENH : Check on file type to be written moved
1041              from gdcmParser::WriteEntry to gdcmParser::WriteEntries
1042      * FIX : gdcmObject::ResetBoundaries now stops properly
1043              when end-of-list is reached
1044            : gdcmVersion modified (as Benoit Regrain asked)
1045
1046 2004-03-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1047      * src/gdcmParser.cxx: removal of all TAB character. Indentation fixed.
1048      * src/gdcmUtil.cxx: added forgotten iostream include.
1049      * src/gdcmCommon.h: FileType enum entry DICOMDIR removed (since
1050        equivalent to ExplicitVR in existing code).
1051
1052 2004-03-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1053      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmGlobal.[cxx|h]
1054        now contains all the gdcmGlobal related code.
1055      * minor coding style and doxygenation changes.
1056
1057 2004-03-26  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1058      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmDebug.[cxx|h]
1059        now contains all the Debug related code.
1060      * minor clean-up of includes in src/*.cxx
1061      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _cleanString C style function (replaced with
1062        CreateCleanString) removed.
1063      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _CreateCleanString renamed to CreateCleanString
1064      * Doc/DoxyMainPageUser.txt added.
1065      * Doc/Doc/DoxyfileUsers updated to version 1.3.4 of Doxygen.
1066      * src/gdcmCommon.h now defines getcwd for Win32 (moved away from
1067        src/gdcmDirList.cxx)
1068
1069 2004-03-24  Jean-Pierre Roux
1070      * FIX a lot of little surface modifications to be doxygen 1.3.6 compliant
1071
1072 2004-03-23  Jean-Pierre Roux
1073      * FIX Now gdcmFile::SwapZone doesn't seg faults any longer for
1074            big endian made volumes
1075      * ENH Now gdcmParser constructor and destructor are protected to forbid
1076            end user to instanciate class gdcmParser
1077           (only gdcmHeader and gdcmDicomDir are meaningfull)
1078
1079 2004-03-22 Benoit Regrain
1080      * FIX : src/gdcmDicomDir.cxx : make windows compilable
1081      * FIX : gdcmPython/gdcm.i : change gdcmStudy to gdcmDicomDirStudy and
1082              gdcmSerie to gdcmDicomDirSerie
1083
1084 2004-03-19  Jean-Pierre Roux
1085      * ENH Now the tree-like structure describing a DICOMDIR comming from
1086            an already existing DICOMDIR file is consistent with
1087            the home-made tree-like structure build ex-nihilo
1088            or build from the files held (recursively) in a Directory
1089            functions gdcmDicomDir::CheckBoundaries()
1090            gdcmObject::SetBoundaries() added
1091
1092 2004-03-17  Jean-Pierre Roux
1093      * REM (Eric Boix bug) : removal of meaningless
1094                              gdcmDicomDirImage::NewImage function.
1095      * FIX now file names and directory name are written properly in the
1096            DICOMDIR
1097      * FIX now gdcmDicomDir constructor may be call without any trick
1098            about the name
1099
1100 2004-03-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1101      * FIX (JPR bug) : src/gdcmDicomDirImage.cxx added missing definition
1102                        of gdcmDicomDirImage::NewImage as empty function.
1103
1104 2004-02-28  Jean-Pierre Roux
1105      * ENH add gdcmDicomDir:NewPatient
1106            add gdcmDicomDirPatient:NewStudy
1107            add gdcmDicomDirStudy:NewSerie
1108            add gdcmDicomDirSerie:NewImage
1109            to allow making gdcDicomDir object.
1110      * ADD PrintDicomDir executable that uses gdcmDicomDir tree-like structure
1111           (as opposite to the gdcmHeader chained list)
1112
1113 2004-02-11 Benoit Regrain
1114      * FIX : memory leaks and the set of ArgDelete methods in gdcmDicomDir
1115              when using from python
1116
1117 2004-02-10 Benoit Regrain
1118      * FIX : bug fix in the gdcmDirList for the recursivity in directories
1119      * FIX : in gdcmDicomDir when the directory is empty
1120      * ENH : add callback and methods to get the progression of dicomDir
1121              directory parsing
1122
1123 2004-02-06 Jean-Pierre Roux
1124      * ENH : - now gdcmDicomDir::CreateDicomDir() returns also the meta elements
1125              - GDCM_META added to gdcmDicomDirType
1126              - class gdcmMeta created
1127      * ENH : - A brief summary is now displayed at the beginning of
1128              'testDicomDir' to help disaster magnitude estimation
1129      * REM : Now useless Test/explDICOMDIR.cxx
1130
1131 2004-02-05 Benoit Regrain
1132      * ENH : add methods in gdcmObject to get the hash table or the list of
1133              header entries
1134      * FIX : wrapping python for ListPatient, ListStudy, ListSerie, ListImage
1135      * FIX : wrapping python for TagHeaderEntryHT
1136
1137 2004-02-04 Benoit Regrain
1138      * FIX : even length for some strings when writting the dicom dir
1139      * FIX : sort the images in the dicom dir
1140      * FIX : Bug fix for python use of dicom dir
1141      * ADD : a python demo
1142
1143 2004-02-04 Jean-Pierre Roux
1144      * FIX : Final solution (?) for icone embedded images
1145      * FIX : dicomVR.dic Overlay group is not *only* 6000, but 60xxx
1146              (see http://medical.nema.org/dicom/2003/03_06PU.PDF)
1147              add groups 6002, 6004, 6006, to allow 'clean' parsing of
1148              gdcmData/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1
1149      * ENH add gdcmData/checkWriteExplicit.sh gdcmData/checkWriteImplicit.sh
1150            to make full checking easier
1151         
1152 2004-02-04 Benoit Regrain
1153      * FIX : WriteEntries : coding style & logic in parameters
1154      * FIX : Set the elements to create the DicomDir in a dictionary file
1155
1156 2004-02-03 Benoit Regrain
1157      * gdcmDirList : to parse a hard drive directory in recursive (or not)
1158      * gdcmDicomDir : add the load of directory
1159      * Bug fix and print add-on
1160
1161 2004-02-03 Jean-Pierre Roux
1162      * ENH gdcmParser : allows "DICM" files, with NO group '0002'
1163      * FIX handling 'non string elements' unsecure area (LUT, overlays, etc)
1164      * FIX Dicts/dicomV3.dic : Add a few missing 'group length' Elements 
1165      * FIX gdcmParser.cxx : 'group length' elements are now considered 
1166            as integers, even for shadow groups, when file is Implicit VR
1167         
1168 2004-02-02 Jean-Pierre Roux
1169      * FIX : gdcmWrite : equal_range() for multimap doesn't return a 'second' 
1170              iterator on last
1171              of the last synonym :-(
1172      * FIX : gdcmWrite::WriteBase : method stops if Pixels not yet Read (except 
1173              for DICOMDIR ;-)
1174      * ENH gdcmData/checkWrite.sh :modif for full check of Explicit VR writting
1175      * FIX taking into account the possible 7fe0,0010 multiplicity        
1176      * FIX add GRPixel,NumPixel,countGrPixel (gdcmParser protected members)
1177            to allow removal of references to 7fe0,0010, to deal with
1178       ACR-NEMA images, when 0028,0200 is meaningfull
1179
1180 2004-01-31 Jean-Pierre Roux
1181      * FIX gdcmParser::WriteEntries : when a VR is tagged as 'Unknown'
1182            no longer writes 'Un' on disk
1183      * FIX SQ elements with actual length are now dealt with corectly
1184      * FIX gdcmFile::WriteBase make the difference, for color images, between
1185            the length (for Palette expanded images)
1186            and Raw Length (non expanded image + Palette)
1187      * FIX Dicts/dicomV3.dic : removal of 'CTX' (context dependant) VR
1188            (that broke Write). Replaced by UL.
1189            Aware user will reload the field if he 
1190            thinks it's necesssary
1191              
1192 2004-01-30 Jean-Pierre Roux
1193      * gdcmParser::CheckSwap() now defaults the filetype to ACR 
1194        when 'dirty Acr' is found, to be compliant with the new 
1195        IsReadable() methods.
1196        
1197      * gdcmHeaderHelper :add Pixel Type 'FD', for dealing with 'double' images.
1198       (no DOUBLE images in kosher DICOM, 
1199       but so usefull for people that miss them ;-)
1200       
1201      * add Test/testDicomDir.cxx, Test/makeDicomDir.cxx , Test/explDICOMDIR.cxx
1202        DICOMDIR related utilities (not checked as Windoze compliant)
1203
1204 2004-01-28 Jean-Pierre Roux
1205      * upgrade GdcmHeaderEntry Print Method for DICOMDIR
1206
1207 2004-01-27 Jean-Pierre Roux
1208      * gdcmParser constructor has a new boolean param,'ignore_shadow', 
1209              to allow skipping the shadow elements, to save memory space.
1210         The TRUE value for this param has to be used 
1211         with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
1212         ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
1213      * gdcmHeader methods now deal with 'embedded icones images' in the header
1214              (even when an 'icone image sequence' is announced by the 
1215         element (0x0088,0x0200), but there is NO icone at all ...
1216         
1217      * gdcmHeader sometimes Image Location value doesn't follow  
1218              the supposed processor endianity (see gdcmData/cr172241.dcm).
1219              Fixed
1220
1221      * gdcmHeader add the method
1222              IterHT  GetHeaderEntrySameNumber(grPixel,numPixel);
1223         to get *all* the Header Entries with the same tag.
1224         GetHeaderEntrySameName is probabely *useless* 
1225         (no meaning : Name is *not* an identifier within the Dictionnary)
1226
1227 2004-01-26 Benoit Regrain
1228      * Bug fix in the print of hexadecimal representations. Remove long fields 
1229        in the print and add a third level of print to print them
1230
1231 2004-01-23 Benoit Regrain
1232      * Bug fix on field having a VR = 'UI'. Assume that is a string field
1233      * Bug fix on test suite after remove the strip made on not string fields
1234      * Split the IsReadable method between gdcmParser which test that the file
1235        is dicom and gdcmHeader which test that it's an image file
1236
1237 2004-01-22 Benoit Regrain
1238      * DicomDir : clean code, add methods, set variables in protected or private
1239      * gdcmUtil : bug fix for the clean string method
1240
1241 2004-01-19 Benoit Regrain
1242      * Add the use of shadow dictionaries
1243      * bug fix and coding style
1244
1245 2004-01-19 Benoit Regrain
1246      * src/gdcmFile.cxx : bug fix concerning the close of file
1247      * src/gdcmParser.[h|cxx] : remove obvious Pub informations
1248      * Add the update of header entries using the shadow library
1249
1250 2004-01-19 Benoit Regrain
1251      * removal of file gdcmHeader2.cxx
1252      * split class gdcmHeader into gdcmParser and gdcmHeader, with gdcmHeader
1253        inheriting from gdcmParser. This split is to prepare the integration
1254        of dicom dir parsing
1255      * bug fix under python
1256
1257 2004-01-16 Jean-Pierre Roux
1258     * REM removal of class gdcmHeaderEntrySet
1259     * REM removal of files gdcmHeaderEntrySet.cxx, gdcmHeaderEntrySet.h
1260     * ADD add file gdcmHeader2.cxx 
1261     * ADD add method gdcmHeader::SetPrintLevel (for PrintHeader)
1262
1263 2004-01-15 Benoit Regrain
1264      * src/gdcmDicSet.[h|cxx] : add virtual entries to have a reference of
1265        entries created while parsing the header. Thus, they will be destroyed
1266        when the gdcmDictSet will be destroyed
1267      * src/gdcmHeader.cxx, gdcmHeaderEntrySet.cxx : uses virtual entries of
1268        gdcmDictSet
1269
1270 2004-01-15 Benoit Regrain
1271      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix : before, with python only, the program
1272        made a fatal error because of the memory release at the end of program.
1273        The problem was in vtkGdcmReader::ExecuteData where we were allocate
1274        some memory and vtk seems to have some problems with that.
1275      * src/gdcmHeaderEntrySet.cxx : bug fix for std lib and cout
1276
1277 2004-01-14 Benoit Regrain
1278      * src/gdcmHeaderEntry.[h|cxx] : gdcmElValue -> gdcmHeaderEntry
1279      * src/gdcmHeaderEntrySet.[h|cxx] : gdcmElValSet -> gdcmHeaderEntrySet
1280      * src/*.[h|cxx] : make changes due to class name changes
1281      * gdcmPython/demo/*.py : bug fix due to method names
1282
1283 2004-01-13 Benoit Regrain
1284      * src/*.[h|cxx] : coding style
1285      * vtk/*.[h|cxx] : coding style
1286
1287 2004-01-13 Benoit Regrain
1288      * gdcmPython/testSuite.py : test the readable flag of file for tests
1289      * src/gdcmDict.cxx, gdcmElValSet.cxx : bug fix under windows for prints.
1290        It's lied to the stl compilation by MSVC (windows, always windows...)
1291      * src/gdcmIdo.h, gdcmHeaderIdo.cxx : remove the Ido unused files
1292
1293 2004-01-12 Benoit Regrain
1294      * src/*.h : add comments
1295      * src/gdcmDictSet.h : set the method BuildDictPath in public
1296      * src/gdcmTS.cxx, gdcmVR.cxx : use now a dictionnary file other than to be
1297        directly setted in the source code
1298      * Dicts/dicomTS.dic, dicomVR.dic : 2 new dictionnary files loaded by
1299        gdcmTS and gdcmVR
1300
1301 2004-01-09 Benoit Regrain
1302      * gdcmPython/gdcmVersion.py : add a gdcmVERSION variable information
1303      * setup.py : use a reference to gdcmVERSION
1304
1305 2004-01-07 Benoit Regrain
1306      * Modification to compile with the distutils.
1307      * Bug fix in code
1308
1309 2003-12-10 Benoit Regrain
1310      * gdcmHeader is now aggregating gdcmFile, and not derived into. Thus, we
1311        can use a gdcmHeaderHelper to load datas
1312      * gdcmPython/testSuite.py : make the testSuite compliant with modifications
1313        made in the source code
1314
1315 2003-12-10 Benoit Regrain
1316      * Update Windows projects and .cvsignore files
1317
1318 2003-11-12 Jean-Pierre Roux
1319      * ENH gdcmHeader constructor has one more parameter (default value : false)
1320            that allows the user to 'go inside' the SeQuences only
1321            if he wants to.
1322            gdcmElValSet:Print takes it into account
1323
1324 2003-11-12  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1325      * ENH: Update gdcmPython/CMakeLists
1326      * FIX: (gdcmHeaderHelper) GetRescale and GetSlope
1327      * FIX: (gdcmElValSet) char 'tag' was overiding private members (VC++)
1328
1329 2003-11-10 Jean-Pierre Roux
1330       * FIX : gdcmHeader::LoadElements is now based
1331              on the ListTag listElem member,
1332              not longer on the TagElValueHT tagHt member
1333       * ENH : PrintPubElVal shows (temporarily) both results,
1334              with the tagHt member and the listElem member.
1335              (it's easier to 'see' the problems when using Printheader)
1336
1337       * FIX : old private member LgrElem is now splitted into
1338              ReadLength   : Length actually found on disk (updated only
1339                             if bug fixing is necessary), for internal
1340                             use only
1341              UsableLength : Updated by FixFoundLength, to fix a bug
1342                             or to allow Parser going on.
1343              Will allow to re-write a kosher header when a SeQuence
1344              with a length (not 0000) is found
1345       Warning : gdcmFile::Write still uses the TagHt (not ListElem)
1346                 because gdcmElValSet::Add does not update ListElem
1347                 (to be written)
1348
1349 2003-11-07 Jean-Pierre Roux
1350      * FIX misstyping in Transfert Syntax name table
1351      * ENH gdcmHeader::FixFoundLength now allow to 'go inside' tge SeQuences
1352           when they have an actual length (not 0000 nor FFFFF)
1353      (Nobody should care of it, but DICOMDIR explorers)
1354
1355 2003-11-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1356      * ENH: vtkgdcmViewer now works with LUT dicom (OT-PAL-face ...)
1357
1358 2003-11-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1359      * ENH: vtkGdcmReader now supports LUT !
1360           (vtkgdcmViewer for now is not able to use them though)
1361
1362 2003-11-05 Jean-Pierre Roux
1363      * in testSuite.py : new files names for checking the package
1364      * FIX : Forgot to commit gdcmFile::GetImageDataSizeRaw();
1365              that returns the pixel area size to the *aware* (vtk) user
1366              that DOESN'T want to turn the PALETTE COLOR image into an RGB image
1367
1368 2003-11-05 Benoit Regrain
1369      * in testSuite.py : Modify the rules for checking the paths
1370                        : Explicit error messages
1371      * in __init__.py  : Related modif
1372
1373 2003-11-03 Jean-Pierre Roux
1374      * add gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
1375            to be used by aware (vtk) users that want to manage
1376            LUT (and no to turn the PALETTE image into an RGB pixels one)
1377      * GetPixelType now returns 8U for 24 Bits images
1378                     (vtkGdcmReader compliant)           
1379       
1380 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1381      * Removal of *all* gdcmData images and add them again
1382        in order to loose the 'history' of un-anonymised images
1383        
1384 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1385      * RMV : removal of useless jBitsInJsample.h 
1386            for both 8 and 12 Bits JPEG Lossy Libraries
1387
1388 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
1389      * ENH : Add the functions gdcmFile::GetImageDataRaw 
1390                                gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw
1391              that act as GetImageData and GetImageDataIntoVector
1392              except the making of an RGB Plane from Gray Plane + LUT
1393              Intended to aware (vtk) users who know how to manage
1394              such an image :
1395              After gdcmHeader :
1396               GetLUTRGBA return a R,G,B,A LUT if any
1397               lgrTotaleRaw gives the 'Raw' length
1398               GetImageDataRaw returns the gray Plane
1399      * FIX : no more dirty trick for 'Segmented xxx Palette Color Lookup' images
1400              (They stay Grey, just like with other Dicom viewers :-(
1401
1402 2003-10-30 Jean-Pierre Roux
1403      * FIX : a VC++ intended syntax modif broke the 12/12 Bytes expanding
1404              
1405 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1406      * ENH: Can be used like this '$vtkgdcmViewer *.dcm' with *.dcm 
1407            being coherents dicom files.
1408      
1409 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1410      * FIX: DOH ! Forgot about windo$e users, they couldn't read lossless jpeg,
1411            from medcon lib !
1412      * ENH: Turn it into DOS file type to match libgdcmijpeg8.dsp file type 
1413      * ENH: Two steps is necessary to please VC++ compiler...
1414      * FIX: DOH ! libgdcmijpg8 -> libgdcmljpeg
1415      * ENH: Add include dir to medcon lib
1416      * FIX: only one function is being exported for now ! 
1417            You should use GLOBAL(return type) see ljpg/jpeg.h for more info
1418             
1419 2003-10-29 Jean-Pierre Roux
1420       * adding  gdcmHeader::GetLUTRGBA
1421         returns a 4 * 256 Bytes Reg/Green/Blue/Alpha vtk compliant LUT
1422           --> Mathieu, the modif u're waiting for is not yet committed
1423       * removal of now useless GetLUTRed,GetLUTGreen,GetLUTBlue,GetLUTRGB
1424
1425 2003-10-27 Jean-Pierre Roux
1426       * adding some xmedcon breaker files (courtesy of Loïc Boussel)
1427         00191113.dcm DermaColorLossLess.dcm
1428         MxTwinLossLess.dcm RadBWLossLess.dcm
1429       * ENH: For version prior to vtkImageViewer2 -r 1.19
1430       * FIX: avoid pb with xmedcon-breaker CT McTwin Elscint images
1431
1432 2003-10-27  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1433       * Removal of ido stuff in CMakeLists.txt
1434                                                
1435 2003-10-24  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1436       * ENH: vtkGdcmReader.cxx can now read multiframe dicom
1437       * FIX: remove a call to ->Modified ... see comments
1438       * FIX: vtkgdcmViewer.cxx was writting ASCII file...this is so slooooow !
1439       
1440 2003-10-23  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1441       * FIX: Problem with path for libvtkgdcmPython
1442       * ENH: Try adding a search script for python site-package
1443       * RMV: Remove some file from medcon lib that are not necessary
1444       * FIX: gdcm/Makefile.am fix for generating ljpg medcon
1445       * ENH: CMakeLists.txt now generate 'pygdcm.so' instead of 'libpygdcm.so'
1446       * FIX: More pragma disable fro VC++, 
1447              I don't think I break something as it is also disable in VTK/ITK.
1448         But it fasten debug compilation time.
1449             
1450 2003-10-23 Jean-Pierre Roux
1451       * gdcm now deals with 16 Bits Run Length Encoded images
1452         (they are compressed as 2 planes images, 
1453          one for the high Bytes, the other for low Bytes)
1454
1455 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
1456       * Now CheckRead takes into account :
1457          - the bugged 'Leonardo' Siemens images
1458          - the XA images, sent thru the burning VPRO station
1459       * add I9000001.dcm, a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
1460        (breaks DicomWorks)
1461
1462 2003-10-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1463       * FIX: When copying a Makefile.am to CMakeLists.txt 
1464              one should remove the '\'
1465         
1466 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
1467       * in gdcmData adding a bugged 'Leonardo' Siemens image 
1468         (wrong lengths in header)
1469         OK with gdcm, KO with the other viewers :-)
1470       * add a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
1471         (breaks DicomWorks)
1472
1473 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1474       * in gdcmData add the checkvtkgdcmViewer.sh shell script 
1475         for a brutal checking of vtkgdcmViewer compliance
1476
1477 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1478       * add the files for 'xmedcon' Jpeg Lossless library
1479       * call of 'xmedcom' Jpeg Lossles libray (instead of the old LibIDO one)
1480
1481 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1482       * 'Compacted Files' (12 Bits Allocate, 12 Bits Stored) are now dealt with
1483      
1484 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
1485       * garbage Siemens 'Leonardo' images dealt with
1486         (the patch is easy to remove)
1487       * cosmetic changes to avoid warnings
1488       
1489 2003-10-20  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1490       * ENH: vtkgdcmViewer now autoscale color/window level on start-up, 
1491         no need to press 'r' now.
1492    
1493 2003-10-20  Jean-Pierre Roux
1494       * upgrade of checkRead.sh checkWrite.sh according
1495         to new Jpeg Lossless decompressor
1496       * add US.3405.1.dcm, a genuine RGB medical file ...
1497       * add gdcm-ACR-LibIDO.acr, unnormalized Rectangular LibIDO format image
1498       * add CLIP0001-Sequoia-U11.dcm, US 'Clip', from SEQUOIA machine,
1499                                                   UNIT 11, Hop Cardio              
1500 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
1501       * general anonymisation in gdcmData
1502       * adding the 'color files' from
1503         http://www.leadtools.com/SDK/Medical/DICOM/ltdc19.htm
1504       * adding some well knowed bugged-header images
1505       * adding checkRead.sk, checkReadColor.sh, checkWrite.sh,
1506         waiting for their inclusion in Python testsuite
1507
1508 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
1509     * gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error)
1510       no longer seg faults when file is not found
1511
1512 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
1513      * Emprovement of reading for Dicom encapsulated Jpeg LossLess 
1514        MultiFrame images
1515
1516 2003-10-14  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1517      * TODO: *.in file to genereate a UseGDCM later
1518
1519 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
1520      * Some supposed-to-be Dicom Images have no preamble.
1521         OpenFile takes it into account
1522      * Jpeg LossLess 24 Bits images doesn't break any longer gdcm
1523      * Missing elements added in dicomV3.dic
1524       (just to be affraid : have a look at
1525        ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2003/01v03dif/01v03_06.pdf
1526        and do it again next year ;->
1527
1528 2003-10-13  Jean-Pierre Roux
1529      * According to PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619, when each pixel of 
1530        a PALETTE COLOR is stored on 2 Bytes, theese 2 Bytes must be equal.
1531        But there are NOT. It's fixed !
1532        
1533 2003-10-13  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1534      * FIX: "jpeglib.h" was not found on VC++
1535      * FIX: vtkgdcm was not being installed 
1536          
1537 2003-10-10  Jean-Pierre Roux
1538      * ENH : OpenFile closes the file if it *really* doesn't look like
1539              an ACR-NEMA / DICOM one.
1540      * FIX : testWrite no longer writes an empty file if the source file     
1541              is not gdcm Readable
1542      * ENH : One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" 
1543              is now decoded.
1544         
1545 2003-10-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1546      * FIX: CMake generate now documentation
1547      * ENH: out of source doc build !
1548      * ENH: Generate both user and dev documentation
1549      * ENH: Should work on windows too
1550      * ENH: Only one doxygen config.in file is needed 
1551      * FIX: make install should be ok now on Ã¹nix plateform
1552      * FIX: PATH to dictionary was wrong (missing /)
1553      * ENH: OpenFile, return true if the file looks like an ACR or DICOM file 
1554                      
1555 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1556      * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
1557      * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
1558      * added a gdcmViewer to vtk test, use mouse to control 
1559         window level & window width
1560
1561 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1562      * CMake-ification of gdcm, we have now two build system
1563      * FIX: on cygwin Wsock32 doesn't exist
1564      * FIX: force jpeg dir to the local one (gdcm/src/jpeg)
1565      
1566 2003-10-06  Emanuel Ollart
1567      * FIX : compilation process wad broken.
1568              Changed gdcmViewer_sources to vtkgdcmViewer_sources
1569         
1570 2003-10-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1571      * change gdcmViewer -> vtkgdcmViewer
1572      * change GetXSpacing and GetYSpacing "%f\\%" is parsed backward
1573      
1574 2003-10-06  Jean-Pierre Roux
1575      * FIX :A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
1576            ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
1577                  : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
1578       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
1579
1580 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1581       * Odd length strings are padded with '\0' (not with spaces, 
1582         to remain compliant with already defined strings, 
1583         like Transfert Syntax UID and others)
1584
1585 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1586       * ENH :gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
1587              to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
1588         
1589 2003-10-03  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1590       * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
1591       * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
1592
1593 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1594       * A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
1595         ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
1596               : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
1597       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
1598
1599 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1600       * One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" is now decoded.
1601
1602 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1603       * gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
1604         to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
1605
1606 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
1607       * gdcmFile::GetImageDataIntoVector now
1608          - deals with MultiFrames MultiFragments Run Length Encoded files
1609          - deals with YcBcR (YBR_FULL) files
1610          - deals with YBR_YBR_FULL_422 files (they work as RBG files ?!?)
1611           WARNING : nothing was checked for YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, 
1612                                             YBR_RCT files.
1613           (no sample found :-(
1614
1615 2003-10-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1616       * src/*.cxx removed pragma thingies to src/gdcmCommon.h
1617         Two reasons: - clear things
1618                      - third parties acces gdcm through header files, so won't
1619                        suffer anymore VC++ complains
1620
1621 2003-09-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1622       * add argv[1] in testvtkGdcmReader.cxx
1623       * removed leaks
1624
1625 2003-09-24 Jean-Pierre Roux
1626       * The lines are now eigthy characters long.for 
1627         gdcmHeader.cxx gdcmHeaderHelper.cxx gdcmParse.cxx 
1628
1629 2003-09-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1630       * src/gdcmUtil.[cxx|h] : change the _CreateCleanString return value from
1631         char* to std::string. Thus, the use of strdup becomes useless. (see
1632         previous commis of Malaterre)
1633       * src/gdcmElValSet.cxx : reuse commented call to _CreateCleanString like
1634         before the last Malaterre's commit.
1635
1636 2003-09-19  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1637       * This commit should fix the Debug building under VC++, the problem
1638         was mainly a mixture of debug and release lib being loaded at startup.
1639       * I also remove a depency to a specific C function: strdup. Because I had
1640         to force the link to msvcrtd (whereas strdup is in libc).
1641
1642 2003-09-16  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1643       * "gdcm::Unfound" string changed to a constant variable (GDCM_UNFOUND)
1644         located in the gdcmCommon.h file. All use of reference of tha has been
1645         changed to now use the variable GDCM_UNFOUND.
1646
1647 2003-09-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1648       * Cosmetic changes:
1649         - gdcmPython/testSuite.py adapted to the JPR updated Dicts/dicomV3.dic
1650           Dicom dictionary. The test suite can now be run again. Note:
1651           I'm note very happy with the " (RET)" changes. I believe this
1652           RETAINED comment should be dropped when parsing the dictionary.
1653         - PACKAGER corrected
1654         - DEVELOPPER added.
1655         - AUTHORS updated and now in alphabetical order
1656       * Makefile.am now exports gdcm.dsw for Windoze users.
1657
1658 2003-09-11  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1659       * cygwin complains about missing std:: in subdir Test/
1660
1661 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1662       * remove some methods that are now in gdcmHeaderHelper
1663
1664 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1665       * vtkGdcmReader set spacing and origin correctly
1666
1667 2003-09-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1668       * Fix a few delete/delete[] mismatch
1669
1670 2003-09-08  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1671       * src/gdcmHeaderHelper.[h cxx]: added new class that provide an
1672         interpretation to data given by gdcmHeader. For instance there are
1673         heuristics to get informations (look at different places).
1674       * it also include a specific class: gdcmSerieHeaderHelper devoted to
1675         sorting DICOM images based on different strategies.
1676       * modified Makefiles accordingly.
1677
1678 2003-09-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1679       * src/*.cxx : added pragma disable 4786/4251 to get rid of ~4300 warning
1680         when building in debug mode
1681       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : change /MT -> /MD and /MTd -> /MDd to match
1682         src/win32/gdcmdll.dsp
1683       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : added /nodefaultlib "mscvrt" for debug mode
1684
1685 2003-08-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1686       * Corrected a leak in vtkGdcmREader.cxx, the pSource was find thanks
1687             to valgrind.
1688
1689 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1690       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp was not dos format
1691       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp : 
1692                   libgdcmijpeg12_EXPORTS -> LIBGDCMIJPEG12_EXPORTS
1693       * src/win32/gdcmdll.dsp: + /I "..\jpeg\libijg12"
1694
1695 2003-07-29 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1696       * src/gdcmHeader.h : add std:: prefix for stl elements... like others in
1697         the file
1698       * src/gdcmFile.cxx : bug fix in affectation type
1699       * src/jpeg/libijpeg12/jmorecfg12.h : export for windows modified... like
1700         in src/jpeg/libijpeg8/jmorecfg8.h (JPR : copy/paste exists !!!)
1701       * Modifs of MVSC projects to compile them. Not concerning 2 identic
1702         symbols... future problem ?
1703
1704 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1705       * src/win32/libgdcmijpeg12.dsp was missing
1706       * modified gdcm.dsw accordingly
1707
1708 2003-07-28  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1709       * src/gdcmHeader.cxx : misplaced return 0.; for ACR/NEMA
1710
1711 2003-07-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1712       * src/jpeg/libijg12/.cvsignore, jconfig.* : ommited files while last
1713         commit of JPR (before his hollidays to facilitate our work).
1714       * setup.py : bug fix in code. Modifications made while the last commit
1715         of JPR. The code hasn't been tested before the commit... it's so
1716         useless to make that (for best programmer that is JPR) !!!
1717
1718 2003-07-08  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1719       * tagged the current version as Version0_3 (i.e. version 0.3)
1720
1721 2003-07-08  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1722       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx : remove a symbol that is unused
1723       * src/jpeg/libijg8/jmorecfg.h : adding export symbol for windows
1724       * *.dsp : modifications to use new libgdcmijpeg8 library
1725       * setup.py : bug fix on VTKPATH variable
1726       * PACKAGER : adding all concerning windows
1727
1728 2003-07-07  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1729       * src/gdcmElValSet.cxx, gdcmFile.cxx: JPR bug fix, removal of
1730         garbage debug code.
1731       * TODO, vtk/vtkGdcmReader.cxx: upcoming fixes comments.
1732       * gdcmPython/testSuite.py: JPR bug fix, brutal erasement of
1733         test suite reported error.
1734       * PACKAGER file added (describes what a packager must do when
1735         packaging a new release).
1736       * MANIFEST.in, now declares jconfig.linux and jconfig.vc
1737       * configure.in: upgraded version number to 0.3.0
1738       * fixing build of rpm (through rpm -ta):
1739         - Doc/Makefile.am exports proper doxygen files
1740         - src/jpeg/libijg8/Makefile.am exports the include files.
1741
1742 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1743       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading only 1 file.
1744       * src/gdcmHeader.h : formatting code
1745
1746 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1747       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix when loading only one file.
1748         We were obtaining error message from vtk. Now, creation of file list
1749         is made in an internal list to prevent this problem.
1750         Bug fix when output is empty.
1751         Bug fix in update of progress value. Previous commit for this was a bad
1752         correction.
1753       * vtk/vtkGdcmReader.h : adding comments for InternalFileNaleList variable
1754
1755 2003-07-04  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1756       * src/gdcmHeader.h : added method to get the file name
1757       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix concerning loading of bad dicom
1758         files. Added method to remove all files on the input
1759         Added FIXME comment concerning the bad parsing of header made by
1760         ExecuteInformation method (in ExecuteData method)
1761
1762 2003-07-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1763       * vtk/Makefile.am: vtkGdcmReader.h should now be cleany installed
1764         when using make instal.
1765       * src/gdcmFile.cxx : bug fix under Window after JPR commit
1766         RQ : the JPR doesn't appear in the ChangeLog... normal for him
1767
1768 2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1769       * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
1770       * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
1771
1772 2003-07-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1773       * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
1774         linux and WINDOWS !
1775       * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
1776       * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
1777
1778 2003-07-02  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1779       * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
1780         addon of the jpeg library)
1781       * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
1782       * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
1783       * INSTALL now points to web documentation
1784
1785 2003-07-01  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1786       * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
1787         gdcmUtil.h anymore.
1788       * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
1789         clean target.
1790       * src/gdcm*.[cxx|h] :
1791         - to allow compilation with gcc 3.x
1792           -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
1793           -- small fixes on exceptions.
1794           Note: linking not tested !
1795         - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
1796           building stage.
1797       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
1798         dependent convertion).
1799
1800 2003-06-20  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1801       * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
1802         Changelog):
1803         - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
1804         - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
1805           addition/modification of Makefile.am and configure.in.
1806         - the testSuite is still brain damage (not guilty).
1807
1808 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1809       * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
1810         compile
1811       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
1812         (FileName -> Filename)
1813
1814 2003-06-11  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1815       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
1816         - UpdateProgress method should now be effective
1817         - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
1818           to volumes),
1819         - when building a stack of images/volume, a lesser number of
1820           gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
1821           accelerating things).
1822         - when building a stack of images/volumes, files which are not
1823           loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
1824           or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
1825           in the stack (for the caller to notice the problem).
1826
1827 2003-06-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1828       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent.
1829
1830 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1831       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
1832         between standard library (std) and vtk library (problems are found
1833         under Windows... thanks Windows !)
1834
1835 2003-05-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1836       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
1837         debug stage).
1838       * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test
1839
1840 2003-05-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1841       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.
1842
1843 2003-05-28  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1844       * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
1845         called with different flags than the default ones (with automake).
1846         In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
1847            make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
1848         and went for warning fixes:
1849         - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
1850           up from unused variables.
1851         - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
1852       * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup
1853
1854 2003-05-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1855       * gdcmPython/gdcm.i:
1856         - typemaps correction to take into account the systematic replacement
1857           of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
1858           std::string... (cf changes of 2003-05-21).
1859         - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
1860           src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
1861           exported to Python a as cvar.
1862       * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
1863         and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
1864         gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
1865         gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
1866         C++ static methods).
1867       * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
1868         with the above changes.
1869
1870 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1871       * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
1872
1873 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1874       * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
1875         wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
1876         generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
1877          - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
1878          - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
1879            a wrapper
1880          - Wrapper interface which wrap sources
1881         + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
1882         + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
1883       * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
1884         files for compilation
1885
1886 2003-05-21  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with Benoit Regrain
1887       * Added python wrappers of vtkGdcmReader vtk class (see the
1888         source in vtk/vtkGdcmReader.cxx) :
1889         - vtk/Makefile.am now builds a library
1890         - gdcmPython/Makefile.am now builds vtkgdcmPython a second import
1891           python library (as opposed to _gdcm.so wich are the python
1892           wrappers of gdcm). vtkgdcmPython.so uses the vtk python wrappers
1893           (vtkWrapPython and vtkWrapPythonInit utility) to build vtkgdcmPython
1894           import library.
1895         - configure.in has an additional flag --enable-vtk that needs
1896           to be set to enable compilation of vtk related code, that is:
1897           + vtk/vtkGdcmReader.so and
1898           + vtk/testvtkGdcmReader C++ demo of vtk wrappers of gdcm)
1899           + gdcmPython/vtkgdcmPython.so (see above)
1900         - gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py corrected (some images cannot
1901           be read when compressed or when HighBit + 1 != BitsStored),
1902         - gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py added. This demo illustrates
1903           the usage of the python wrapper of vtkGdcmReader vtk class.
1904       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: bug fixed (thanks to Benoit Regrain).
1905       * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
1906         std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
1907         This is to avoid pollution of global namespace in included files.
1908         Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
1909         gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
1910         collision of various stl members (principally cout...).
1911       * gdcmPython/testSuite.py now cleanly removes temprory generated
1912         file.
1913       * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
1914         comply with above changes)
1915
1916 2003-05-12  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1917       * src/gdcmHeader>[h/cxx] added gdcmHeader::GetPixelSize()
1918       * vtk/vtkGdcmReader.cxx now properly inports the image in the
1919         vtk data structure (an image Flip was required).
1920       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx refers to gdcmData subdir instead of Data.
1921       * cosmetic changes in documentation.
1922
1923 2003-05-7  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1924       * src/gdcmHeader.cxx: the constructor no longer exits when an
1925         unexisting file is given as argument.
1926       * The subdirectory Data (containing all the images used for the
1927         test suite) is not part of this repository anymore. A new module
1928         containing those images is now available at
1929           :pserver:xxx@cvs.creatis.insa-lyon.fr:2402/cvs/public
1930         with the name gdcmData.
1931         All the python scripts (including the package initialisation file
1932         gdcmPython/__init__.py) were adapated to take this change into
1933         account (basically GDCM_DATA_PATH is now GDCM_TEST_DATA_PATH).
1934
1935 2003-05-5  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1936       * vtk subdir added. Contains vtkGdcmReader.[cxx|h] a vtk class
1937         inherinting from vtkImageReader and testvtkGdcmReader.cxx a small
1938         demo of the usage of this class.
1939         Compilation of this vtk part is only done when using the --enable-vtk
1940         at configure (or autogen.sh) stage.
1941
1942 2003-04-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1943       * More memory link related corrections and documentation fixes.
1944         Notes on valgrind:
1945           - maximum info is obtained with a command of the form:
1946             valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
1947                      --show-reachable=yes PrintHeader
1948           - the remaining reachable blocks seem to come from the STL
1949             allocation scheme through the usage of map and list. It looks
1950             like this memory cannot be freed but it is not a memory leak
1951             (in fact further invocation to the STL would recollect the
1952              unused memory allthough it cannot explicitely be freed).
1953       * gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py added: this is a small demo
1954         of displaying an image parsed with gdcm and displayed with VTK.
1955         Note: some images don't seem to work e.g.
1956             python vtkGdcmDemo.py  ../../Data/US-RGB-8-esopecho.dcm
1957       * src/gdcmHeader.x: dicom_vr and Dicts are not class members anymore.
1958         Allthough this weakens the semantics, it is a ditch attempt to
1959         make gdcm more thread friendly.
1960
1961 2003-04-15  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1962       * Memory link hunt (by using valgrind through the command
1963           valgrind --show-reachable=yes --leak-check=yes PrintHeader).
1964         - added src/gdcmVR.cxx gdcmVR.h that objectify the previous
1965           gdcmHeader::_dicom_vr.
1966         - gdcmHeader::InitVRDict transfered as gdcmVR::gdcmVR().
1967         - gdcmHeader::dicom_vr is now of type gdcmVR* as opposed to
1968           VRHT*.
1969         - gdcmGlobal global object contained class added (see src/gdcmUtil.x)
1970
1971 2003-04-9  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1972       * src/Makefile.am now exports all the necessary include files at
1973         make install stage.
1974
1975 2003-04-9 JPR
1976       * UpdateGroupLength replaced by new one
1977
1978 2003-04-7 JPR
1979       * UpdateGroupLength re-written using H-Table
1980         (named UpdateGroupLengthNew untill checks are over)
1981
1982 2003-04-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
1983       * Data/im_00001 renamed to gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
1984       * gdcmPython/testSuite.py now include a test of gdcmFile::Write.
1985       * src:
1986         - gdcmHeader::GetPubElValSet removed.
1987         - gdcmElValSet::WriteDcm, WriteAcr, WriteExplVR, revamped to
1988           UpdateGroupLength, WriteElements, Write.
1989         - gdcmHeader::FileType moved to gdcmCommon.h. The enum FileType
1990           doesn't contain TrueDicom anymore since ExplicitVR and ImplicitVR
1991           carried the same semantics.
1992           - src/gdcmHeaderIdo.cxx changed accordingly.
1993         - gdcmFile::WriteBase now regroups all the codes from previous
1994           versions of WriteDcm, WriteDcmImplVR, and WriteACR.
1995         - enum FileType moved to gdcmCommon.h
1996       * src/gdcmHeader.cxx AddDefault trashed
1997       * gdcmGetXSize added
1998       * getimageDataSize now calls gdcmGetXSize
1999       * Test/*.cxx changed to agree with above changes
2000
2001 2003-03-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2002       * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
2003         (to avoid double call by end user).
2004       * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
2005         by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it.
2006
2007 2003-03-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2008       * gdcm/Doc many doxygen changes:
2009         - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
2010           the html.users end users oriented documentation and
2011           DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
2012           oriented documentation.
2013         - README changed accordingly
2014         - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
2015         - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
2016           DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
2017         - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
2018           be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
2019           html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
2020       * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1. Hence
2021         all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
2022       * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
2023         ill-formed documentation sections.
2024       * src/gdcmHeader.cxx: ditto
2025
2026 2003-03-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2027       * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
2028       * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
2029         un*ces with sh-utils test utility.
2030       * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
2031       * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.
2032       * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
2033       * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
2034       * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.
2035
2036 2003-03-26 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2037       * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
2038       * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly.
2039
2040 2003-03-25 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2041       * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
2042       * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
2043       * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
2044       * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
2045         compilation work.
2046       * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
2047       * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message
2048
2049 2003-03-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2050       * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
2051         hence the user doesn't need this explicit call.
2052         - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
2053           i.e. LoadElements() call removed.
2054       * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
2055         - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
2056       * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
2057         for adding user defined new tags.
2058         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
2059         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
2060           cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)
2061
2062 2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
2063       * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
2064         Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
2065         src/Makefile.am : the project should properly compile and install
2066         with the autotools, included the python wrappers part.
2067       * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.
2068
2069 2003-03-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2070       * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
2071
2072 2003-03-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2073       * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
2074         to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
2075         for usage).
2076       * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
2077         gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
2078         ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.
2079       * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
2080         moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.
2081
2082 2003-03-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2083       * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
2084         in InstallMode or PreInstallMode but with an environement given
2085         value of GDCM_DICT_PATH.
2086       * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.
2087
2088 2003-03-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2089       * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
2090       * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
2091       * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
2092         should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
2093         any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.
2094
2095 2003-03-05 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2096       * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
2097         gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
2098         gdcmHeader.h
2099       * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
2100         (as opposed to gdcm.h)
2101       * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
2102       * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
2103         the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
2104       * autogen.sh removed history related references to crea package.
2105
2106 2003-03-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2107       * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
2108         bug.
2109
2110 2003-03-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2111       * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
2112         was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
2113         operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
2114         of hidding away the python related distutils specific files
2115         (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
2116         Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
2117         position to setup.py was ../src) which made things impossible to
2118         handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...
2119
2120 2003-02-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2121       * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
2122       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
2123         among the list of sources.
2124
2125 2003-02-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2126       * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
2127       * modifications in MSVC projects
2128
2129 2003-02-19 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2130       * As stated by the first lines of Test/ExceptionAndPython/README, it
2131         looks like we can move back to original usage of exception within
2132         src/gdcm* and hence remove the errno stuff that was introduced
2133         as a quick and dirty fixture of this problem (added to the TODO).
2134       * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
2135         README file for usage added.
2136       * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
2137         test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
2138         testing the proper parsing of a Dicom related file.
2139         testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
2140       * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
2141       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
2142         - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
2143           whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
2144           Dicom public dictionnary were not accessible without an
2145           instance of class gdcmHeader.
2146         - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
2147           require no instances at all to be invocated.
2148         - within gdcmDictSet this change required to change some method
2149           to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
2150           (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
2151       * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
2152         the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
2153       * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
2154         the above to be effective.
2155       * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
2156         for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
2157       * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
2158         configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
2159         contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
2160         Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
2161         (for python dectection).
2162       * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
2163         now avoids publishing the empty entries.
2164
2165 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2166       * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
2167         ExtraPath reused :-P
2168       * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
2169
2170 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2171       * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
2172       * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
2173       * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
2174         and links
2175
2176 2003-01-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2177       * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
2178         method. Doxygenation.
2179       * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments.
2180
2181 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2182       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
2183         shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
2184         when using "python setup.py install".
2185       * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
2186         reexports the working classes.
2187       * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
2188         by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
2189         behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
2190         to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
2191         of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
2192         subdir (see the README file). This problem probably due to
2193         an combination of g++ and dynamic loading.
2194       * added Test/ExceptionAndPython (see above)
2195
2196 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2197       * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
2198         directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
2199         i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
2200         again in a python subdir, but the package itself is now in
2201         python/gdcmPython.
2202       * setup.py was cleaned up:
2203         - pythonIncludePath removed
2204         - python setup.py bdist target is now functional.
2205       * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
2206         collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
2207         accordingly.
2208
2209 2003-01-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2210       * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).
2211       * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
2212         distutils installer is operational.
2213       * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
2214           shadow classes (from gdcm.py).
2215         - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
2216           instead of gdcmPython/demo/load.py.
2217         - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.
2218
2219 2002-12-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2220       * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
2221         GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
2222         entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
2223         information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
2224         dictionary.
2225         - Dicts/dicomV3.dic Entries which had and unspecified fourth field
2226           are now in the "???" group.
2227         - python/gdcm.i changed accordingly,
2228         - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
2229           of the above new functionalities in Python.
2230
2231 2002-12-11 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2232       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
2233         - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
2234           were definitively removed.
2235         - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
2236       * src/gdcmElValSet.cxx:
2237         - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
2238         - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
2239         - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
2240         - Added GetElementByName(string).
2241       * src/gdcmHeader.cxx: added
2242         - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
2243         - GetPubElValRepByName(string)
2244         - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
2245         - GetShaElValRepByName(string)
2246         - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
2247         - GetShaElValRepByName(string)
2248         - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
2249         - GetElValRepByName(string)
2250         - GetElValByNumber(guint16, guint16)
2251         - GetElValRepByName(string)
2252       * Doc/requirements.txt added.
2253
2254 2002-12-9 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2255       * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
2256       * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
2257         pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
2258         the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
2259         file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
2260       * python/testSuite.py changed accordingly.
2261
2262 2002-12-6 Christophe Odet + Hugues Benoit-Cattin + Eric.Boix
2263       * VC++ has some strong limitations when working with the STL, as stated
2264         in http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP :
2265              "Also note that some STL containers (map, set, queue, list, deque)
2266               cannot be exported. [...]
2267               Some STL classes contain nested classes. These classes can not
2268               be exported. [...]
2269               This is caused by a designed limitation that once a template
2270               class is instantiated, it can not be re-instantiated and
2271               exported."
2272         Since our usage of map<> is ubiquitous in gdcm, this "designed
2273         limitation" of VC++ is a pitfall.
2274         Hence the Python wrappers of gdcm cannot be incrementally linked
2275         against the c++ dynamic library. The dirty but only workaround is
2276         to forget about incremental link of dynamic libraries and to generate
2277         the Python wrappers library with the inclusions of the underlying C++
2278         library.
2279         The following modifications concern this matter on Win32/VC++:
2280       - wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
2281          dll under windows !!!!)
2282       - python21_d debug mode enabled (ask Frog how to use it :-)
2283       - NO problem with having an STL member of class for example string in C++
2284         WITH THE RESTRICTION OF FORGETING ABOUT INCREMENTAL LINK.
2285       - Python test of dcmlib in Python is ok under windows on a large set
2286         (one) of image(s).
2287       * removed glib references
2288       * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
2289
2290 2002-11-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2291       * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
2292         that only displays required tags and testAll.py that parses all
2293         the files of the testsuite without using unittest.
2294       * python/testSuite.py other additional test on new files added.
2295       * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
2296       * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
2297         the vr in the file differs from the one of the dictionary.
2298
2299 2002-11-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2300       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
2301         values, but limits itself to values which are below a user specified
2302         size (by default 1024 bytes).
2303       * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
2304         user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
2305         python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
2306         on the unloaded elements (since we have their offset and size).
2307       * python/testSuite.py
2308         - now tests for the existence and proper value of the pixel data
2309         - two new examples added.
2310       * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.
2311
2312 2002-11-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2313       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
2314         aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindeLength().
2315       * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
2316       * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
2317       * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.
2318
2319 2002-11-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2320       * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
2321         the vr was also RET.
2322       * python/testSuite.py more tests added.
2323
2324 2002-11-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2325       * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
2326       * Data/* dcm and acr files for the test suite.
2327       * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
2328         7.18 Integer types (see stdint.h)
2329         - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
2330       * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
2331         implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
2332         concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
2333         too the public or provite dictionaries, since some of their vr
2334         would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
2335         detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
2336         added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
2337         The rest of the changes we the necessary adaptations.
2338
2339 2002-11-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2340       * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
2341         VR files.
2342       * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.
2343
2344 2002-11-8 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2345       * Adaptation for porting to VC++:
2346         - src/gdcm.h
2347           o forced to use std namespace (for string to be known)
2348           o all class use __declspec export style on WIN32
2349         - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
2350           (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
2351       * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
2352         variable GDCM_DICT_PATH.
2353       * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete.
2354
2355 2002-11-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2356       * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
2357         to native Python dictionary.
2358       * python/demo/test.py:
2359         - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
2360         - takes an optional filename argument (the file to parse).
2361       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
2362         PubElVals hashing table.
2363       * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.
2364
2365 2002-11-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2366       * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
2367         newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
2368       * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
2369       * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
2370       * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
2371         from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
2372       * src/gdcmDict::GetTag bug fix.
2373
2374 2002-10-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2375       * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
2376         src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
2377         that we can import de shadow classes without errors].
2378
2379 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2380       * hashtest.cxx removed (since allready in Test)
2381       * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
2382       * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
2383       * src/Makefile prepared for python wrapping
2384
2385 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2386       * src/gdcmHeader.cxx :
2387         - Parsing of header is now separated from loading of element values
2388           (see gdcmHeader::LoadElements).
2389         - general clean up of hopefully all file access (creation of
2390           ReadInt16 and ReadInt32)
2391
2392 2002-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2393       * src/gdcmHeader.cxx :
2394         - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
2395           method.
2396         - SetLgrElem renamed to SetLength
2397         - GetLgrElem renamed to GetLength
2398         - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
2399       * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
2400       * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
2401         due to IdoDude was cleaned out.
2402
2403 2002-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2404       * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
2405         concentrates on finding the value representation (when it exists).
2406         RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
2407         returning the unecessary skL (skipped length).
2408         Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
2409         it was redundant with the File position internals (by using
2410         ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
2411         jajun.
2412       * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
2413         on the libido specificities which are handled through class
2414         inheritance.
2415       * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
2416         added.
2417
2418 2002-10-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2419       * Truckload of changes. Parsing of header is barely functional
2420         (see Test/test) with the standard dictionary (see Dicts/dicomV3.dic).
2421
2422 2002-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2423       * src/gdcmHeader.cxx many addons of low level methods
2424
2425 2002-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2426       * src/gdcmHeader now contains_IdDcmCheckSwap, _IdDcmRecupLgr,
2427         and _IdDcmSWAP_LONG.
2428
2429 2002-09-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2430       * This corresponds to all the changes decided at the meeting of
2431         May 23 2002. Needless to say we are running late...
2432