Doc/Website/CommandLine.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Command Line Utilities</TITLE>
   6 </HEAD>
   7 <BODY>
   8 <H2>Command Line Utilities :</H2>
   9 <UL>
  10    <LI> PrintFile
  11    <pre>
  12    Display the header of any kind of ACR-NEMA/PAPYRUS/DICOM File
  13    usage: PrintFile filein=fileName [level=n] [noshadow] [noseq] [debug]
  14           level = 0,1,2 : depending on the amount of details user wants to see
  15           noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  16           noseq    : user doesn't want to load Sequences
  17           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  18    </pre>
  19
  20    <LI> Anonymize
  21    <pre>
  22    Anonymize a full gdcm-readable Dicom image
  23           Warning : probably segfaults if pixels are not gdcm readable.
  24                     Use AnonymizeNoLoad instead.
  25    usage: Anonymize filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName [debug]
  26           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  27    </pre>
  28
  29    <LI> AnonymizeNoLoad
  30    <pre>
  31    Anonymize a gdcm-readable Dicom image even if pixels aren't gdcm readable
  32           Warning : the file is overwritten; to preserve file integrity,
  33                     use a copy.
  34    usage: AnonymizeNoLoad filein=inputFileName fileout=outputFileName [debug]
  35           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  36    </pre>
  37
  38    <LI> ReWrite
  39    <pre>
  40    Re write a full gdcm-readable Dicom image (compressed Pixels are expanded)
  41                    (usefull when the file is not very straight).
  42    usage: ReWrite filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName
  43                    [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug]
  44           mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)
  45           noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  46           noseq    : user doesn't want to load Sequences
  47           rgb      : user wants to transform LUT (if any) into RGB
  48           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  49    </pre>
  50
  51    <LI> PrintDicomDir
  52    <pre>
  53    Display the tree-like structure of a DICOMDIR File
  54    usage: PrintDicomDir filein=fileName [detail=n] [level=n] [debug]
  55           detail = 1 : Patients, 2 : Studies, 3 : Series, 4 : Images
  56                    5 : Full Content
  57           level = 0,1,2 : depending on user (what he wants to see, when detail=5)
  58            debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  59    </pre>
  60
  61    <LI> MakeDicomDir
  62    <pre>
  63    Explores recursively the given directory, makes the relevant DICOMDIR
  64           and writes it as 'NewDICOMDIR'
  65    usage: MakeDicomDir dirname=rootDirectoryName [noshadow] [noseq] [debug]
  66           noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  67           noseq    : user doesn't want to load Sequences
  68           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  69    </pre>
  70
  71    <LI> AnonymizeDicomDir
  72    <pre>
  73    Anonymize a gdcm-readable DICOMDIR even when some 'Objects'
  74           are not yet taken into account
  75           Warning : the DICOMDIR is overwritten
  76    usage: AnonymizeDicomDir filein=dicomDirName [debug]
  77           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  78    </pre>
  79
  80 </UL>
  81 </BODY>
  82 </HTML>
  83