Doc/Website/CommandLine.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Command Line Utilities</TITLE>
   6 </HEAD>
   7 <BODY>
   8 <H2>Command Line Utilities :</H2>
   9 <UL>
  10    <LI> PrintFile
  11    <pre>
  12    Display the header of any kind of ACR-NEMA/PAPYRUS/DICOM File
  13    usage: PrintFile filein=fileName [level=n] [noshadow] [noseq] [debug]
  14           level = 0,1,2 : depending on the amount of details user wants to see
  15           noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  16           noseq    : user doesn't want to load Sequences
  17           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  18     </pre>
  19    <LI> Anonymize
  20    <pre>
  21    Anonymize a full gdcm-readable Dicom image
  22           Warning : probably segfaults if pixels are not gdcm readable.
  23                     Use AnonymizeNoLoad instead.
  24    usage: Anonymize filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName [debug]
  25           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  26    <pre>
  27    <LI> AnonymizeNoLoad
  28    <pre>
  29    Anonymize a gdcm-readable Dicom image even if pixels aren't gdcm readable
  30           Warning : the file is overwritten; to preserve file integrity,
  31                     use a copy.
  32    usage: AnonymizeNoLoad filein=inputFileName fileout=outputFileName [debug]
  33           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  34    </pre>
  35    <LI> ReWrite
  36    <pre>
  37    Re write a full gdcm-readable Dicom image (compressed Pixels are expanded)
  38      (usefull when the file is not very straight).
  39     usage: ReWrite filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName
  40                    [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug]
  41            mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)
  42            noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  43            noseq    : user doesn't want to load Sequences
  44            debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  45    </pre>
  46    <LI> PrintDicomDir
  47    <pre>
  48    Display the tree-like structure of a DICOMDIR File
  49    usage: PrintDicomDir filein=fileName [detail=n] [level=n] [debug]
  50           detail = 1 : Patients, 2 : Studies, 3 : Series, 4 : Images
  51                    5 : Full Content
  52           level = 0,1,2 : depending on user (what he wants to see, when detail=5)
  53           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  54    </pre>
  55    <LI> MakeDicomDir
  56    <pre>
  57    Explores recursively the given directory, makes the relevant DICOMDIR
  58           and writes it as 'NewDICOMDIR'
  59    usage: MakeDicomDir dirname=rootDirectoryName [noshadow] [noseq] [debug]
  60            noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  61            noseq    : user doesn't want to load Sequences
  62            debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  63    </pre>
  64    <LI> AnonymizeDicomDir
  65    <pre>
  66    Anonymize a gdcm-readable DICOMDIR even when some 'Objects'
  67            are not yet taken into account
  68            Warning : the DICOMDIR is overwritten
  69    usage: AnonymizeDicomDir filein=dicomDirName [debug]
  70           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  71    </pre>
  72 </UL>
  73 </BODY>
  74 </HTML>
  75