Doc/Website/CommandLine.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Command Line Utilities</TITLE>
   6 </HEAD>
   7 <BODY>
   8 <H2>Command Line Utilities :</H2>
   9 <UL>
  10    <LI> <b>PrintFile</b>
  11    <pre>
  12    Displays the header of any kind of ACR-NEMA/PAPYRUS/DICOM File
  13    usage: PrintFile filein=fileName [level=n]
  14                     [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug] [usage]
  15           level = 0,1,2 : depending on the amount of details user wants to see
  16           noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences
  17           noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  18           noseq      : user doesn't want to load Sequences
  19           debug      : user wants to run the program in 'debug mode'
  20           usage      : user wants to display usage
  21    </pre>
  22
  23    <LI> <b>Anonymize</b>
  24    <pre>
  25    Anonymizes a full gdcm-readable Dicom image
  26           Warning : probably segfaults if pixels are not gdcm readable.
  27                     Use AnonymizeNoLoad instead.
  28    usage: Anonymize filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName [debug][usage]
  29           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  30           usage    : user wants to display usage
  31   </pre>
  32
  33    <LI> <b>AnonymizeNoLoad</b>
  34    <pre>
  35    Anonymizes a gdcm-readable Dicom image even if pixels aren't gdcm readable
  36          Warning : Warning : the image is overwritten;
  37                    to preserve its integrity, use a copy.
  38    usage: AnonymizeNoLoad {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}
  39                           [rubout=listOfPrivateElementsToRubOut]
  40                           [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]
  41           inputFileName : Name of the (single) file user wants to anonymize
  42           inputDirectoryName : user wants to anonymize *all* the files
  43                                within the (single Patient!) directory
  44           listOfElementsToRubOut : group1-elem1,g2-e2,... (in hexa)
  45                                    of extra Elements to rub out
  46           noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences
  47           noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  48           noseq      : user doesn't want to load Sequences
  49           debug      : user wants to run the program in 'debug mode'
  50           usage      : user wants to display usage
  51    </pre>
  52
  53    <LI> <b>ReWrite</b>
  54    <pre>
  55    Re writes a full gdcm-readable Dicom image (compressed Pixels are expanded)
  56                    (usefull when the file is not very straight).
  57    usage: ReWrite filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName
  58                   [mode=write mode] [rgb]
  59                   [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug] [usage]
  60           write mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)
  61           rgb        : user wants to transform LUT (if any) into RGB
  62           noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences
  63           noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  64           noseq      : user doesn't want to load Sequences
  65           debug      : user wants to run the program in 'debug mode'
  66           usage      : user wants to display usage
  67    </pre>
  68
  69    <LI> <b>PrintDicomDir</b>
  70    <pre>
  71    Displays the tree-like structure of a DICOMDIR File
  72    usage: PrintDicomDir filein=fileName [detail=n] [level=n] [debug] [usage]
  73           detail = 1 : Patients, 2 : Studies, 3 : Series, 4 : Images
  74                    5 : Full Content
  75           level = 0,1,2 : depending on user (what he wants to see, when detail=5)
  76           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
  77           usage    : user wants to display usage
  78    </pre>
  79
  80    <LI> <b>MakeDicomDir</b>
  81    <pre>
  82    Explores recursively the given directory, makes the relevant DICOMDIR
  83           and writes it as 'NewDICOMDIR'
  84    usage: MakeDicomDir dirname=rootDirectoryName
  85                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug] [usage]
  86           noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequence
  87           noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)
  88           noseq      : user doesn't want to load Sequences
  89           debug      : user wants to run the program in 'debug mode'
  90           usage      : user wants to display usage
  91    </pre>
  92
  93    <LI> <b>AnonymizeDicomDir</b>
  94    <pre>
  95    Anonymizes a gdcm-readable DICOMDIR even when some 'Objects'
  96           are not yet taken into account
  97           Warning : the DICOMDIR is overwritten;
  98                     to preserve its integrity, use a copy.
  99    usage: AnonymizeDicomDir filein=dicomDirName [debug] [usage] [usage]
 100           debug    : user wants to run the program in 'debug mode'
 101           usage    : user wants to display usage
 102    </pre>
 103
 104 </UL>
 105 </BODY>
 106 </HTML>
 107