Doc/Website/News.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Gdcm News</TITLE>
   6 </HEAD>
   7
   8 <BODY>
   9
  10
  11 <!--#######################################################################-->
  12 <H1>Gdcm News</a></H1>
  13
  14 <!--#######################################################################-->
  15
  16 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
  17 <H2>
  18    <A CLASS="anchor" NAME="missing">
  19       <B>Missing features</B></A>
  20 </H2>
  21 We know the following are missing; don't loose time looking for them ...<br>
  22 We know they could be helpfull. We shall add them some day.<br>
  23 Any contribution is welcome.
  24 <UL>
  25 <LI> Decoders
  26    <UL>
  27       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>JPEG-LS</TT> encoded files.
  28       <UL>
  29           We said '<TT>JPEG-LS</TT>', not Lossless Jpeg ...<br>
  30           [<TT>JPEG-LS</TT> is the basis for new lossless/near-lossless compression
  31           standard for continuous-tone images intended for <TT>JPEG2000</TT>.
  32           The standard is based on the LOCO-I algorithm
  33           (LOw COmplexity LOssless COmpression for Images)
  34           developed at Hewlett-Packard Laboratories]
  35      </UL>
  36       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>MPEG2</TT> encoded files.
  37
  38    </UL>
  39    <LI>Reader
  40    <UL>
  41       <LI> Allow user to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor he just wants
  42            to load a given list of <TT>DocEntries</TT>
  43            (to save CPU time and RAM space)
  44       <LI> Allow 'frame by frame' reading (should be helpfull for huge
  45            multiframe images)
  46       <LI> Allow subvolume selection / frames selection before reading.
  47       <LI> Expose Read/Decompression mechanisms to allow user getting
  48          information from <tt>DICOMDIR</TT> <br> -or from his own Data Base-
  49          and reading his images without parsing
  50          the header, one more time.
  51    </UL>
  52    <LI>Writer
  53    <UL>
  54       <LI> Allow user to tell the Writer he doesn't want to write down
  55            <TT>SeqEntry</TT> (if any)
  56       <LI> Allow user to tell the Writer he doesn't want to write down
  57            <TT>Shadow groups</TT> (if any)
  58       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to split a
  59            <TT>Multiframe</TT> image into a serie of
  60            <TT>Single frame</TT> images.
  61       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to agregate a
  62            Serie of <TT>Single frame</TT> images into a
  63            <TT>Multiframe</TT> image.
  64    </UL>
  65 <LI>Reader / Writer
  66    <UL>
  67       <LI> Full <TT>Icon Image</TT> management (Read and Write)
  68       <LI> Full <TT>Overlays</TT> management (Read and Write) <br>
  69            both for '<TT>ACR-NEMA</TT> style' (using groups <TT>0x6000</TT>
  70             and next) and '<TT>DICOM V3</TT> style' (using Sequences)
  71    </UL>
  72 <LI> <TT>DICOMDIR</TT>
  73     <UL>
  74       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> full management (not limited to
  75            <TT> PATIENT</TT>/<TT>STUDY</TT>/<TT>SERIE</TT>/<TT>IMAGE</TT>)
  76       <LI> Allow user to add an entry (belonging to the file header Dicom
  77            entries)to the default entry list, before
  78            making a <TT>DICOMDIR</TT> from a root directory
  79       <LI> Allow user to add an entry of his owns (for instance an <TT>Icon</TT>
  80            to each image, or to each Serie).
  81       </UL>
  82 <LI> SerieHelper
  83    <UL>
  84
  85       <LI> An accurate <TT>SerieHelper</TT> <br>
  86            Right now <TT>SerieHelper</TT> only works on 'bona fide Series', and
  87            breaks on wrongly forged Series.<br>
  88            We are still looking for any heuristics...
  89       <LI> A <TT>SerieHelper</TT> that would use the <TT>DICOMDIR</TT> (if any)
  90         instead of parsing all the files within the Root Directory
  91    </UL>
  92 <LI> Other
  93    <UL>
  94       <LI> 16-bits-LUT full Management
  95       <LI> User friendly management of <TT>Rescale Slope</TT> and
  96            <TT>Rescale Intercept</TT>.<br>
  97            (Well... Maybe it's up to the application to deal with it, not to
  98            gdcm ?)
  99       <LI> Allow manual adjunction / automatic recognition (pfff!...)
 100            of the private <TT>Dicom Dictionary</TT>
 101            to be used to parse <TT>Shadow groups</TT> against.
 102       <LI> User friendly way of anonymizing image when Patient's name is
 103            burnt-in within the Pixels :-(  <br>
 104            --> In many cases, the burnt-in Patient's name, etc
 105                are actually stored as 'overlays'.<br>
 106               'Normal' reading doesn't load those type of overlays.
 107    </UL>
 108 </UL>
 109 <!#######################################################################>
 110 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 111 <H2>
 112    <A CLASS="anchor" NAME="NewsCurrentVersion">
 113    <B>Current Version (CVS)</B></A>
 114       <B></B></A>
 115 </H2>
 116
 117 <UL>
 118    <LI> <A HREF="News.html#missing">Missing Features</a>
 119    <LI>State of the art
 120    <UL>
 121       <LI>
 122          <a href="uml-gdcmV1.2.pdf">gdcm UML Class Diagram</a> current version.
 123       <LI> <a href= "DocCVS/html.user/index.html">User Documentation</a>
 124       <LI> <a href= "DocCVS/html.developper/index.html">Developper
 125          Documentation</a>
 126    <LI> New Features
 127
 128    <UL>
 129       <LI> To be able to use gdcm1.3.x and ITK, developer is now allowed to
 130       choose his own namespace for gdcm at CMake time : see GDCM_NAME_SPACE
 131       option.
 132       <LI> JPEG and JPEG2000 compression writting are now available.
 133        see Examples/WriteDicomAsJPEG.cxx and Examples/WriteDicomAsJPEG2000.cxx
 134       <LI> To <i>try to</i> make gdcm images PACS usable, user is now allowed to
 135            gdcm what kind of image he wants to write, using :  <br>
 136    <TT>void FileHelper::SetContentType (ImageContentType c);</TT> <br>
 137    Four different types are identifyed (probabely more will be added) :
 138       <UL>
 139          <LI>
 140       1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.<br>
 141           c : <TT>USER_OWN_IMAGE</TT>
 142          <LI>
 143       2) user modified the pixels of an existing image, using mathematical operations.<br>
 144           c : <TT>FILTERED_IMAGE</TT>
 145          <LI>
 146       3) user created a new image, using existing images (eg MIP, MPR, cartography image)<br>
 147           c : <TT>CREATED_IMAGE</TT>
 148          <LI>
 149        4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization, etc)<br>
 150          c : <TT>UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE</TT>
 151       </UL>
 152       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 153            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 154            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now.
 155            Should have been considered as a 'Bug Fix'.<br>
 156            Actually, it's an API breaking modification ...
 157       <UL>
 158          <LI>
 159             <TT>std::string const &DataEntry::GetString() const</TT><br>
 160             returns as a string (when possible) the value of the DataEntry
 161          <LI>
 162             <TT>void DataEntry::SetString(std::string const &value)</TT><br>
 163              Sets the 'value' of a DataEntry, passed as a std::string
 164          <LI>
 165             <TT>void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self ) </TT><br>
 166              Sets the value (non string) of the current Dicom DataEntry
 167          <LI>
 168               <TT>void DataEntry::CopyBinArea( uint8_t *area, uint32_t length )</TT><br>
 169                Inserts the value (non string) into the current DataEntry
 170          <LI>
 171                <TT>void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id, const double
 172  &val)</TT><br>
 173                Inserts the elementary (non string) value into the current
 174                (multivaluated) DataEntry, at the <TT>id></TT> position.
 175          <LI>
 176                <TT>double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const </TT><br>
 177                returns, as a double one of the values (when entry is
 178                multivaluated), identified by its index <TT>id</TT>.
 179       </UL>
 180       <LI>
 181    <TT>DocEntrySet::GetEntryValue()</TT> replaced by
 182            <TT>DocEntrySet::GetEntryString()</TT> <br>
 183       <LI> SerieHelper : <br>
 184            Add some methods, to split a 'SingleSerieUID' Fileset into
 185            'Extra Coherent'  FileSets. <br>
 186            They return a std::map of 'Filesets' (actually : std::vector
 187            of gdcm::File*)<br>
 188            The key is the 'Orientation', the 'Position'
 189            or the value of a user choosen 'Tag' <br>
 190            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
 191               </TT><br>
 192            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
 193               </TT> <br>
 194            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
 195                                        uint16_t group, uint16_t element);
 196               </TT><br>
 197            These methods must be called by user, depending on what he wants
 198            to do, at application time.- *he* only  knows what his Series
 199            contain !-
 200       <LI> To avoid memory leaks and seg faults the user intended classes
 201            use now a Reference Counter.<br>
 202       <UL>
 203          <LI> <TT>new()</TT> and <TT>delete()</TT> are replaced by
 204               <TT>New()</TT> and <TT>Delete()</TT>
 205          <LI> <TT>Register()</TT> and <TT>Unregister()</TT> methods are
 206          available.
 207          <LI> --> Well ... People from ITK don't seem to agree too much with
 208              that feature.<br>
 209           They demand to be allowed to allocate gdcm objects in the stack as
 210           well, not only in the heap.
 211       </UL>
 212       <LI>
 213    </UL>
 214
 215    <LI> API breaking modifications (since previous version)
 216    <UL>
 217       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 218            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 219            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now. <br>
 220    <pre>
 221    ValEntry(DictEntry *e);
 222    BinEntry(DictEntry *e);
 223 -->DataEntry *New(uint16_t group,uint16_t elem, VRKey const &vr);
 224
 225    std::string const &ValEntry::GetValue() const;
 226    std::string const &BinEntry::GetValue() const;
 227 -->std::string const &DataEntry::GetString() const;
 228
 229    uint8_t *BinEntry::GetBinArea();
 230 -->uint8_t *DataEntry::GetBinArea();
 231
 232    void ValEntry::SetValue(std::string const &value);
 233    void BinEntry::SetValue(std::string const &value);
 234 -->void DataEntry::SetString(std::string const &value);
 235
 236    void BinEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 237 -->void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 238
 239    void ValEntry::CopyValEntry(uint16_t gr, uint16_t el);
 240 -->void DataEntry::CopyDataEntry(uint16_t gr, uint16_t el, VRKey const &vr);
 241 </pre>
 242
 243 <pre>
 244 Example :
 245
 246 old way :
 247         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 248         if( !p3 ) return false;
 249         ContentEntry *entry2 = dynamic_cast<ContentEntry *>(p3);
 250         std::string thickness = entry2->GetValue();
 251
 252 new way :
 253         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 254         if( !p3 ) return false;
 255         DataEntry *entry2 = dynamic_cast<DataEntry *>(p3);
 256         std::string thickness = entry2->GetString();
 257
 258 </pre>
 259
 260 <LI> Avoid tons of CPU time consuming accesses to DICOM Dictionnary
 261 <pre>
 262    DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
 263 -->DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 264                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 265
 266    void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 267 -->void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 268                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 269
 270    void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 271 -->void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 272                                       const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 273
 274    void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 275 -->void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 276                                        const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 277 </pre>
 278 <LI> New features :
 279 <pre>
 280 For multivaluated numeric DataEntries
 281 -->void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id,const double &val);
 282 -->double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const;
 283 -->uint32_t DataEntry::GetValueCount() const;
 284
 285 For converting 'Decimal String'
 286 -->bool GetDSValue(std::vector &lt;double&gt; &valueVector);
 287 </pre>
 288
 289 <LI> Avoid too many source file modifications from gdcm1.2 to gdcm1.3
 290 <pre>
 291 use :
 292
 293 #define ValEntry                      DataEntry
 294 #define BinEntry                      DataEntry
 295
 296 #define GetEntryValue(g,e)            GetEntryString(g,e)
 297 #define GetEntryForcedAsciiValue(g,e) GetEntryString(g,e)
 298
 299 #define GetValEntry(g,e)              GetDataEntry(g,e)
 300 #define GetBinEntry(g,e)              GetDataEntry(g,e)
 301 #define GetValue()                    GetString()
 302
 303 #define InsertValEntry(v,g,e,vr)      InsertEntryString(v,g,e,vr) // warning mind the VR!
 304 #define InsertBinEntry(b,l,g,e,vr)    InsertEntryBinArea(b,l,g,e,vr)
 305
 306 #define SetValEntry(c,g,e)            SetEntryString(c,g,e)  | !!
 307 #define SetValEntry(c,en)             SetEntryString(c,en)   | !!
 308
 309 #define SetBinEntry(c,l,en)           SetEntryBinArea(c,l,en)   | !!
 310 #define SetBinEntry(c,l,g,e)          SetEntryBinArea(c,l,g,e)  | !!
 311
 312 #define NewValEntry(g,e,vr)           NewDataEntry(g,e,vr)
 313 #define NewBinEntry(g,e,vr)           NewDataEntry(g,e,vr)
 314
 315 </pre>
 316    </UL>
 317
 318    <LI> Bug fixes
 319    <UL>
 320       <LI> Implicit VR - Big Endian (G.E Private) Transfert Syntax 16 Bits
 321            images are now read correctly.
 322       <LI> File::GetZOrigin() returns accurate result in any case.
 323       <LI>
 324       <LI>
 325    </UL>
 326
 327    <LI> Known Bugs
 328    <UL>
 329       <LI> Use of <TT>Implicit Value Representation</TT> writting mode may
 330            causes troubles, when there are some <TT>SQ</TT> belonging to a
 331            <TT>Shadow Group</TT>. <br>
 332            Better you use <TT>Explicit Value Representation</TT> writting mode ...
 333       <LI> Troubles on 'Big endian' processors (i.e. Apple/Motorola, SunSparc
 334            ...) when writting 16 Bits images.
 335       <LI> Troubles on 64-bits processors.
 336       <LI>
 337       <LI>
 338    </UL>
 339
 340       <br><br>
 341  </UL>
 342
 343
 344
 345 <!#######################################################################>
 346 <A CLASS="anchor" NAME="NewsPreviousVersions">
 347 <!#######################################################################>
 348
 349 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 350 <H2>
 351    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_1">
 352       <B>Version 1.1 (September 14 2005)</B></A>
 353 </H2>
 354    <LI>State of the art
 355    <UL>
 356       <LI>
 357          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.1 UML Class Diagram</a> version.
 358       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation</a>
 359       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 360          Documentation</a>
 361    <LI> New Features
 362    <UL>
 363       <LI> Add the methods
 364          <TT>gdcm::Dict:AddDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 365         <br>and<br>
 366         <TT>gdcm::Dict::RemoveDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 367         <br>
 368         to allow user to choose the 'Private Dictionary' he wants to work with.
 369         <br>
 370         One can dream about a better API;<br>
 371         This one allow right now anybody to see very easyly if the use
 372         of a given private dicom dictionary is of any help or not.
 373         <br><br>
 374       <LI>
 375       <TT>PrintFile</TT> has now a new command line argument manager option :<br>
 376           <TT>dict=fullPathNamePrivateDictionaryFile</TT><br>
 377           to allow user to see with no extra coding what differences
 378           makes the use or not of a private Dicom Dictionary.<br>
 379           e.g. : use it as follow <br>
 380           <TT>PrintFile filein=myGEdicomFile.dcm
 381           dict=/user/userName/gdcm/Dicts/GEMS-Advance.dic</TT>
 382           <br><br>
 383       <LI>
 384           (Not a great one ...)
 385           Stupid method names : <br><TT>DicomDir::WriteDicomDir()</TT>
 386           and <TT>DicomDir::AnonymizeDicomDir()</TT> <br>replaced by : <br>
 387           <TT>DicomDir::Write()</TT>
 388           and <TT>DicomDir::Anonymize()</TT>
 389           <br><br>
 390       <LI><TT>
 391           void Document::AddForceLoadElement(uint16_t group, uint16_t elem);
 392           </TT><br>
 393           allows user to tell <TT>gdcm::Document</TT> Loader he wants
 394           to force the loading of a given set of <TT>DocEntries</TT>,
 395           even if their length exceeds the current
 396           <TT>MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE</TT>.
 397           <br><br>
 398        <LI>
 399           Many users expect from <TT>vtkGdcmReader</TT> it 'orders' the images
 400           (that's the job of <TT>gdcm::SerieHelper</TT> ...)<br>
 401           When user <b>knows</b> the files with same Serie UID
 402           have same sizes, same 'pixel' type, same color convention, ...
 403           the right way to proceed is as follow :
 404     <pre>
 405         gdcm::SerieHelper *sh= new gdcm::SerieHelper();
 406    //      if user wants *not* to load some parts of the file headers
 407         sh->SetLoadMode(loadMode);
 408
 409    //      if user wants *not* to load some files
 410         sh->AddRestriction(group, element, value, operator);
 411         sh->AddRestriction( ...
 412         sh->SetDirectory(directoryWithImages);
 413
 414    //      if user *knows* how to order his files
 415         sh->SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction);
 416    //      or/and
 417    //      if user wants to sort reverse order
 418         sh->SetSortOrderToReverse();
 419
 420    //      here, we suppose only the first 'Single SerieUID' Fileset is of interest
 421    //      Just iterate using sh->NextSingleSerieUIDFileSet()
 422    //      if you want to get all of them
 423         gdcm::FileList *l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 424
 425    //      if user is doesn't trust too much the files with same Serie UID
 426         if ( !sh->IsCoherent(l) )
 427            return; // not same sizes, or not same 'pixel type' -> stop
 428
 429         sh->OrderFileList(l);        // sort the list
 430
 431         vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 432    //      if user wants to modify pixel order (Mirror, TopDown, ...)
 433    //      he has to supply the function that does the job
 434    //      (a *very* simple example is given in vtkgdcmSerieViewer.cxx)
 435         reader->SetUserFunction (userSuppliedFunction);
 436
 437    //      to pass a 'Single SerieUID' Fileset as produced by gdcm::SerieHelper
 438         reader->SetCoherentFileList(l);
 439         reader->Update();
 440    </pre>
 441    You can see a full example in <TT>vtk/vtkgdcmSerieViewer.cxx</TT><br>
 442    e.g.<br>
 443
 444    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  mirror</TT><br>
 445    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse</TT><br>
 446    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse topdown</TT><br>
 447    </pre>
 448       <br>
 449
 450       <LI> <TT>vtkGdcmReader::SetUserFunction (userSuppliedFunction)</TT><br>
 451            with :<br>
 452            <TT>void userSuppliedFunction(uint8_t *imageData, File *f);</TT><br>
 453            allows user to reorganize the pixels of each image just after reading
 454            it (to mirror, or topdown the image, for instance)<br>
 455            Note : <TT>uint8_t *</TT> doesn't mean it works only on 8 Bits images.
 456            <br> It's for prototyping. Feel free to cast it.
 457            <br><br>
 458       <LI> <TT>
 459            SerieHelper::SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction)
 460            </TT><br> with : <br>
 461            <TT>bool userSuppliedComparisonFunction(File *, File *);</TT><br>
 462            allows user -when he knows more about his files than gdcm does-
 463            to give his own comparison function.
 464       <LI> <TT>SerieHelper::SetSortOrderToReverse</TT> allows user to ask
 465            to sort the Files reverse order.
 466       <LI> <TT>SerieHelper::AddRestriction</TT> has now a new constructor<br>
 467            <TT>AddRestriction(group, element, value, operator);</TT><br>
 468            allows user to exclude some files from the sorting, according to
 469            any comparison operator <br>
 470            (<TT>GDCM_EQUAL</TT>, <TT>GDCM_DIFFERENT</TT>,
 471            <TT>GDCM_GREATER</TT>, <TT>GDCM_GREATEROREQUAL</TT>,
 472            <TT>GDCM_LESS</TT>, <TT>GDCM_LESSOREQUAL</TT>), not only on the
 473            equality.
 474            <br><br>
 475       <LI> <TT>AnonymizeNoLoad</TT> used with <TT>dirin=inputDirectoryName</TT>
 476            anonymizes all the files within the given Directory.
 477            <br>
 478            User may also choose extra elements he wants to rub out: <br>
 479            <TT>rubout=listOfElementsToRubOut</TT><br>
 480            with <tt>listOfElementsToRubOut : group1-elem1,group2-elem2,
 481            ...</TT> (in hexa, no space within the list )
 482            <br><br>
 483       <LI> <TT>gdcm::SerieHelper()</TT> has a new method
 484            <TT>void AddGdcmFile(File *header)</TT>, that allows aware user to
 485            create a '<TT>FileList</TT>' (actually a
 486            <TT>std::vector< File* > </TT>).<br>
 487            The <TT>FileList</TT> created this way will be the
 488            'first one' in the <TT>gdcm::FileHelper()</TT> (retrieve it with
 489            <TT>FileList *GetFirstCoherentFileList()</TT> ).<br>
 490            It may be sorted using <TT>OrderFileList</TT>.<br>
 491            No 'coherence check' will be performed on this <TT>FileList</TT>
 492            before sorting.<br>
 493            It may be passed to a <TT>vtkGdcmReader</TT>
 494            (to avoid parsing twice the files)
 495            <br><br>
 496       <LI> <TT>vtkGdcmReader</TT> can now get the result of
 497            <TT>gdcm::SerieHelper</TT> (to avoid parsing twice the files)<br>
 498             Proceed as follow :<br>
 499            <pre>
 500            gdcmSerieHelper *sh = new gdcmSerieHelper();
 501            sh->SetDirectory(myImageDirectory, true);
 502            gdcmFileList *l = s->GetFirstCoherentFileList();
 503            s->OrderFileList(l);
 504
 505            vtkGdcmReader *gr = new vtkGdcmReader();
 506            gr->SetCoherentFileList(l);
 507            gr->Update();
 508            </pre>
 509            This works with a directory that contains only one '<TT>Serie</TT>'
 510            (same <TT>Serie UID</TT> for all the images).<br>
 511            If it contains more than one <TT>Serie</TT>, you'll have to loop
 512            on the Series, using <TT>GetNextCoherentFileList()</TT>;<br>
 513            It will be up to the user to delete the <TT>gdcm::File</TT>.
 514            <br><br>
 515            See <TT>vtkgdcmSerieViewer</TT> for an example.
 516            <br><br>
 517       <LI> Both <TT>vtkgdcmViewer</TT> and <TT>vtkgdcmViewer2</TT>
 518            are available to allow easy displaying of single/multiframe
 519            GreyLevel/RGB/PaletteColor images<br><br>
 520       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> anonymiser (<TT>Load</TT> and <TT>Noload</TT> mode)
 521            <br><br>
 522       <LI> Because the <TT>gdcm::DicomDir::Load()</TT> method may be used
 523            either for loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file or for
 524            parsing all the dicom files with a given root directory we
 525            syntaxically separated the operations: <br>
 526            For loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file, use : <br>
 527            <pre>
 528            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 529            d->SetFileName(fileName);
 530            d->Load( );
 531            </pre>
 532
 533            For parsing all the dicom files within a given root directory, use :<br>
 534            <pre>
 535            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 536            d->SetDirectoryName(dirName);
 537            d->Load( )
 538            </pre>
 539
 540            <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 541            <TT>
 542            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();<br>
 543            d->SetParseDir(true);   // </TT>or <TT>d->SetParseDir(false);<br>
 544            d->Load( fileName );<br>
 545            </TT>
 546            <br>
 547       <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor
 548            he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 549            (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 550            and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 551            (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 552            exists for this Group) <br>
 553            or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 554            <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 555            -'true length' Sequence-)<br>
 556            use : <br>
 557            <pre>
 558            gdcm::File *f = new gdcm::File();
 559                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 560                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 561                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the
 562                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | target file
 563             f->SetFileName(fileName);
 564             f->Load( );
 565             </pre>
 566             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 567             <TT>
 568             gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);</TT> <br>
 569             <br>
 570         <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::DicomDir</TT> constructor
 571              he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 572              (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 573              and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 574              (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 575              exists for this Group) <br>
 576              or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 577              <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 578              -'true length' Sequence-)<br>
 579              when he parses all the Dicom files within a given directory.<br>
 580              use : <br>
 581              <pre>
 582              gdcm::DicomDir *f = new gdcm::DicomDir();
 583                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 584                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 585                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the files
 586                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | within the root directory
 587              f->SetDirectoryName(rootDirectoryName);
 588              f->Load( );
 589             </pre>
 590             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 591             <TT>
 592             gdcm::DicomDir *dcmdir = new gdcm::DicomDir(dirName, true);</TT><br>
 593             <br>
 594    </UL>
 595
 596    <LI> Bug fixes
 597    <UL>
 598       <LI> No more trouble when the 'endianess' switches within Sequences.
 599       <LI> No more trouble with 'no length Sequences' belonging to a
 600            <TT>Shadow Group</TT> when they are 'Implicit VR'.
 601       <LI> The difference between <TT>MONOCHROME1</TT> (low values = bright,
 602             high values = dark) and <TT>MONOCHROME2</TT> (low values = dark,
 603             high values = bright) is now taken into account.<br>
 604             It's no longer up to the user to change the pixels value
 605       <LI> Writing a 'True Dicom' image after reading an <TT>ACR-NEMA</TT> image
 606            does not request any longer from the user to build up
 607            'manually' the Meta Elements group (<TT>0x0002</TT>)
 608       <LI> Old '24 Bits' <TT>ACR-NEMA</TT> are now correctly re-written
 609            in <TT>DICOM V3</TT> mode.
 610       <LI> Element <TT>0x0000</TT> of <TT>Shadow groups</TT> is always forced to be a
 611            <TT>ValEntry</TT> and its <TT>VR</TT> is forced to <TT>UL</TT>
 612       <br><br>
 613    </UL>
 614
 615    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>1.0</TT>)
 616    <UL>
 617       <LI> NEVER more API breaking modifications !!!
 618       <br><br>
 619    </UL>
 620
 621    <LI> Known bugs
 622    <UL>
 623
 624    </UL>
 625
 626 </UL>
 627
 628
 629
 630 <!#######################################################################>
 631 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 632 <H2>
 633    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_0">
 634       <B>Version 1.0 (Feb 14 2005)</B></A>
 635 </H2>
 636 <UL>
 637    <LI>State of the art
 638    <UL>
 639       <LI>
 640          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.0 UML Class Diagram</a> version.
 641       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 642       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 643          Documentation"</a>
 644       <LI> Final check of the jpeg sub-library: all 'classical' jpeg
 645         compressed Dicom files can be read<br>
 646       <LI>All the previously gdcm-breaker images are now readable<br>
 647       <LI> A huge number of memory leaks removed
 648       <LI> Improvement of write process
 649    </UL>
 650
 651
 652    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>0.6</TT>)
 653    <UL>
 654       <LI> Use of <TT> namespace</TT> : all the methods formerly named
 655           <TT>className::gdcmXxx()</TT> are now named <TT>className::Xxx()</TT>
 656           <br> End user will have to call them as <TT>gdcm::className::Xxx() </TT>
 657       <LI> a <TT>gdcm::Document</TT> is now specialized in :
 658       <UL>
 659          <LI> <TT>gdcm::DicomDir</TT>
 660          <LI> <TT>gdcm::File</TT>
 661       </UL>
 662       <LI> a <TT>gdcm::DicomElementSet</TT> is composed of a set of
 663             <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT>
 664       <LI> a <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT> can be :
 665       <UL>
 666          <LI> a <TT>gdcm::ContentEntry</TT>, specialized in :
 667          <UL>
 668             <LI> <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 669             <LI> <TT>gdcm::BinEntry</TT> (no longer a specialization of
 670                  <TT>gdcm::ValEntry</TT>)
 671         </UL>
 672       <LI> a <TT>gdcm::SeqEntry</TT>
 673       </UL>
 674       <LI> Removal of useless accessors <TT>GetXxxByname</TT>, <TT>SetXxxByname</TT>
 675       <LI> Renaming of accessors <TT>GetXxxByNumber</TT>, <TT>SetXxxByNumber</TT>
 676            as follow :
 677       <UL>
 678          <LI> <TT>GetEntryByNumber
 679                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 680                                           --> GetEntryValue</TT>
 681          <LI> <TT>GetEntryLengthByNumber  --> GetEntryLength</TT>
 682          <LI> <TT>GetEntryOffsetByNumber  --> GetEntryOffset</TT>
 683          <LI> <TT>GetEntryVRByNumber
 684                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;      --> GetEntryVR</TT>
 685          <LI>
 686          <LI> <TT>GetDocEntryByNumber
 687                   &nbsp;&nbsp;            --> GetDocEntry</TT>
 688          <LI> <TT>GetValEntryByNumber
 689                   &nbsp;&nbsp;            --> GetValEntry</TT>
 690          <LI> <TT>GetBinEntryByNumber
 691                   &nbsp;&nbsp;            --> GetBinEntry</TT>
 692          <LI> <TT>GetSeqEntryByNumber
 693                   &nbsp;&nbsp;            --> GetSeqEntry</TT>
 694        </UL>
 695    </UL>
 696 </UL>
 697
 698 <!#######################################################################>
 699 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 700 <H2>
 701    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_6">
 702       <B>Version 0.6 (June 8 2004)</B></A>
 703 </H2>
 704 <UL>
 705    This version will be used by Insight Tool Kit
 706    (<a href="http://www.itk.org">ITK</a> 2.0) at the beginning of 2005.<br>
 707     It's not yet packaged ...<br><br>
 708    <LI> <a href= "Doc0.6/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 709    <LI> <a href= "Doc0.6/html.developper/index.html">Developper Documentation"</a>
 710    <LI> The new <TT>gdcmDocument</TT> class is a parent class of
 711        <TT>gdcmHeader</TT> class and <TT>gdcmDicomDir</TT> class.
 712    <LI> Massive modifications in the Class Diagram :
 713    <UL>
 714       <LI> any dicom related file is a <TT>gdcmDocument</TT>
 715       <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> can be :
 716       <UL>
 717          <LI> a <TT>gdcmHeader</TT>, if it contains pixel data
 718          <LI> a <TT>gdcmDicomDir</TT>, if it contains only informations
 719               on the files in a given directory
 720       </UL>
 721
 722    <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>,
 723         composed of a set of <TT>gdcmEntry</TT> separated into :
 724       <UL>
 725       <LI> <TT>gdcmValEntry</TT><br>
 726            a specialization of <TT>gdcmValEntry</TT>, for 'non
 727            <TT>std::string</TT> representable' values is
 728            <TT>gdcmBinEntry</TT>
 729        <LI> <TT>gdcmSeqEntry</TT> (VR = <TT>SQ</TT>, i.e Dicom Sequences)<br>
 730              they are dealt as tree-like structures :<br>
 731              - a <TT>gdcmSeqEntry</TT> is considered as a set
 732              of <TT>gdcmSQItem</TT>,<br>
 733              - a <TT>gdcmSQItem</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>, composed
 734              of <TT>gdcmDocEntries</TT>, recursively <br>
 735       </UL>
 736    </UL>
 737    <LI> Improvement of the jpeg sub-library: jpeg
 738            compressed Dicom files (lossless and lossy)
 739            might be read (check-it out)
 740 </UL>
 741
 742 <!#######################################################################>
 743 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 744 <H2>
 745    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_4">
 746       <B>Version 0.4 (February 6 2004)</B></A>
 747 </H2>
 748 <UL>
 749
 750    <LI> <a href="Doc0.4/uml-gdcmV0.4.pdf">gdcm 0.4 UML Class Diagram</a>.
 751    <LI> <a href= "Doc0.4/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 752    <LI> <a href= "Doc0.4/html.developper/index.html">Developper Documentation </a>
 753
 754    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: some very simple jpeg-lossy
 755         compressed Dicom files might be working (check-it out).
 756    <LI> And also, fewer memory leaks, cleaned-up stl usage (should work
 757         with gcc-3.x), python disutil installer (see file setup.py)
 758         supporting both Swig and vtk wrapping.
 759    <LI> Introduction of a RLE (Run-Time Encoding) library
 760    <LI> Color images (RGB or Palette Color) are dealt with
 761    <LI> Confusing names <TT>gdcmPatient</TT>, <TT>gdcmStudy</TT>,
 762         <TT>gdcmSerie</TT>, <TT>gdcmPatient</TT> changed to
 763         <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>, <TT>gdcmDicomDirStudy</TT>,
 764         <TT>gdcmDicomDirSerie</TT>, <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>
 765
 766 </UL>
 767
 768 <!#######################################################################>
 769 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 770 <H2>
 771    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_3">
 772       <B>Version 0.3 (July 8 2003)</B></A>
 773 </H2>
 774 <UL>
 775    <LI> <TT>gdcmFile</TT> class now enables acces to the data
 776        i.e. the image[s] content. Previously only parsing of the
 777        Dicom header was available through usage of <TT>gdcmHeader</TT>
 778        class.
 779    <LI> a <A HREF="http://public.kitware.com/VTK/">VTK</A> plugin
 780        of gdcm is now available through the <TT>vtkGdcmReader</TT>
 781        vtk class (see it as a vtk wrapper of gdcm), which enables
 782        <UL>
 783          <LI> Loading of a single image,
 784          <LI> Loading of a stack of images from multiple Dicom files,
 785          <LI> this class is wrapped for vtkPython (by using native vtk
 786               wrappers).
 787        </UL>
 788    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: lossless-jpeg
 789         compressed Dicom files work.
 790 <LI> <TT>vtkgdcmViewer</TT> allows easy displaying of single/multiframe
 791      GreyLevel/RGB/PaletteColor images
 792 </UL>
 793
 794 <!#######################################################################>
 795 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 796 <H2>
 797    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_1">
 798       <B>Version 0.1 (April 1 2003)</B></A>
 799
 800 <!#######################################################################>
 801 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 802 <H2>
 803    <A CLASS="anchor" name="NewsVersion0_1">
 804       <B>Version 0.0 (March 14 2003)</B></A>
 805
 806 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADRESS>
 807
 808 </BODY>
 809 </HTML>