Doc/Website/News.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Gdcm News</TITLE>
   6 </HEAD>
   7
   8 <BODY>
   9
  10
  11 <!--#######################################################################-->
  12 <H1>Gdcm News</a></H1>
  13
  14 <!--#######################################################################-->
  15
  16 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
  17 <H2>
  18    <A CLASS="anchor" NAME="missing">
  19       <B>Missing features</B></A>
  20 </H2>
  21 We know the following are missing; don't loose time looking for them ...<br>
  22 We know they could be helpfull. We shall add them some day.<br>
  23 Any contribution is welcome.
  24 <UL>
  25 <LI> Decoders
  26    <UL>
  27       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>JPEG-LS</TT> encoded files.
  28       <UL>
  29           We said '<TT>JPEG-LS</TT>', not <i>Lossless Jpeg </i>...<br>
  30           [<TT>JPEG-LS</TT> is the basis for new lossless/near-lossless compression
  31           standard for continuous-tone images intended for <TT>JPEG2000</TT>.
  32           The standard is based on the LOCO-I algorithm
  33           (LOw COmplexity LOssless COmpression for Images)
  34           developed at Hewlett-Packard Laboratories]
  35      </UL>
  36       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>MPEG2</TT> encoded files.
  37
  38    </UL>
  39    <LI>Reader
  40    <UL>
  41       <LI> Allow user to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor he just wants
  42            to load a given list of <TT>DocEntries</TT>
  43            (to save CPU time and RAM space)
  44       <LI> Allow 'frame by frame' reading (should be helpfull for huge
  45            multiframe images)
  46       <LI> Allow subvolume selection / frames selection before reading.
  47       <LI> Expose Read/Decompression mechanisms to allow user getting
  48          information from <tt>DICOMDIR</TT> <br> -or from his own Data Base-
  49          and reading his images without parsing
  50          the header, one more time.
  51    </UL>
  52    <LI>Writer
  53    <UL>
  54       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to split a
  55            <TT>Multiframe</TT> image into a serie of
  56            <TT>Single frame</TT> images.
  57       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to agregate a
  58            Serie of <TT>Single frame</TT> images into a
  59            <TT>Multiframe</TT> image.
  60    </UL>
  61 <LI>Reader / Writer
  62    <UL>
  63       <LI> Full <TT>Icon Image</TT> management (Read and Write)
  64       <LI> Full <TT>Overlays</TT> management (Read and Write) <br>
  65            both for '<TT>ACR-NEMA</TT> style' (using groups <TT>0x6000</TT>
  66             and next) and '<TT>DICOM V3</TT> style' (using Sequences)
  67    </UL>
  68 <LI> <TT>DICOMDIR</TT>
  69     <UL>
  70       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> full management (not limited to
  71            <TT> PATIENT</TT>/<TT>STUDY</TT>/<TT>SERIE</TT>/<TT>IMAGE</TT>)
  72       <LI> Allow user to add an entry (belonging to the file header Dicom
  73            entries) to the default entry list, before
  74            making a <TT>DICOMDIR</TT> from a root directory
  75       <LI> Allow user to add an entry of his own (for instance an <TT>Icon</TT>
  76            to each image, or to each Serie).
  77       </UL>
  78 <LI> SerieHelper
  79    <UL>
  80
  81       <LI> An accurate <TT>SerieHelper</TT> <br>
  82            Right now <TT>SerieHelper</TT> only works on 'bona fide Series', and
  83            breaks on wrongly forged Series.<br>
  84            We are still looking for any heuristics...
  85       <LI> A <TT>SerieHelper</TT> that would use the <TT>DICOMDIR</TT> (if any)
  86         instead of parsing all the files within the Root Directory
  87    </UL>
  88 <LI> Other
  89    <UL>
  90       <LI> 16-bits-LUT full Management
  91       <LI> User friendly management of <TT>Rescale Slope</TT> and
  92            <TT>Rescale Intercept</TT>.<br>
  93            (Well... Maybe it's up to the application to deal with it, not to
  94            gdcm ?)
  95       <LI> Allow manual adjunction / automatic recognition (pfff!...)
  96            of the private <TT>Dicom Dictionary</TT>
  97            to be used to parse <TT>Shadow groups</TT> against.
  98       <LI> User friendly way of anonymizing image when Patient's name is
  99            burnt-in within the Pixels :-(  <br>
 100            --> In many cases, the burnt-in Patient's name, etc
 101                are actually stored as 'overlays'.<br>
 102               'Normal' reading doesn't load those type of overlays.
 103    </UL>
 104 </UL>
 105 <!#######################################################################>
 106 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 107 <H2>
 108    <A CLASS="anchor" NAME="NewsCurrentVersion">
 109    <B>Current Version (CVS) : gdcm1.3.2 </B></A>
 110       <B></B></A>
 111 </H2>
 112
 113 <UL>
 114    <LI> <A HREF="News.html#missing">Missing Features</a>
 115    <LI>Differences between <b>gdcm 1.3.1</b> and <b>gdcm 1.3.2</b>
 116    <UL>
 117        <LI> Uncorrect reading/writting of JPEG/JPE2000 images when
 118        BitsAllocated=16/BitsStored=8
 119        <LI> Uncorrect writing of JPEG/JPE2000 image with an 'Icon' Sequence
 120        <LI> Uncorrect writting of JPE2000 multiframe images
 121        <LI> Uncorrect writting of images with a DataElement belonging to group
 122        0002, inside a Sequence
 123        <LI> Uncorrect re-writting of Implicit Value Representation images with
 124        'shadow groups' when Explicit Value Representation was asked
 125        (unexpected swap to Implicit VR)
 126    </UL>
 127    If you experience troubles with gdcm-written images, check which
 128    gdcm version was used (PrintFile filein=yourFileName.dcm)
 129
 130    <LI>State of the art
 131    <UL>
 132       <LI>
 133          <a href="uml-gdcmV1.2.pdf">gdcm UML Class Diagram</a> current version.
 134       <LI> <a href= "DocCVS/html.user/index.html">User Documentation</a>
 135       <LI> <a href= "DocCVS/html.developper/index.html">Developper
 136          Documentation</a>
 137    <LI> New Features
 138
 139    <UL>
 140       <LI> To be able to use gdcm1.3.x and ITK, developer is now allowed to
 141       choose his own namespace for gdcm at CMake time : see GDCM_NAME_SPACE
 142       option.
 143       <LI> JPEG and JPEG2000 compression writting are now available.
 144        see Examples/WriteDicomAsJPEG.cxx and Examples/WriteDicomAsJPEG2000.cxx
 145       <LI> To <i>try to</i> make gdcm images PACS usable, user is now allowed to
 146            gdcm what kind of image he wants to write, using :  <br>
 147    <TT>void FileHelper::SetContentType (ImageContentType c);</TT> <br>
 148    Four different types are identifyed (probabely more will be added) :
 149       <UL>
 150          <LI>
 151       1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.<br>
 152           c : <TT>USER_OWN_IMAGE</TT>
 153          <LI>
 154       2) user modified the pixels of an existing image, using mathematical operations.<br>
 155           c : <TT>FILTERED_IMAGE</TT>
 156          <LI>
 157       3) user created a new image, using existing images (eg MIP, MPR, cartography image)<br>
 158           c : <TT>CREATED_IMAGE</TT>
 159          <LI>
 160        4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization, etc)<br>
 161          c : <TT>UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE</TT>
 162       </UL>
 163       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 164            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 165            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now.
 166            Should have been considered as a 'Bug Fix'.<br>
 167            Actually, it's an API breaking modification ...
 168       <UL>
 169          <LI>
 170             <TT>std::string const &DataEntry::GetString() const</TT><br>
 171             returns as a string (when possible) the value of the DataEntry
 172          <LI>
 173             <TT>void DataEntry::SetString(std::string const &value)</TT><br>
 174              Sets the 'value' of a DataEntry, passed as a std::string
 175          <LI>
 176             <TT>void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self ) </TT><br>
 177              Sets the value (non string) of the current Dicom DataEntry
 178          <LI>
 179               <TT>void DataEntry::CopyBinArea( uint8_t *area, uint32_t length )</TT><br>
 180                Inserts the value (non string) into the current DataEntry
 181          <LI>
 182                <TT>void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id, const double
 183  &val)</TT><br>
 184                Inserts the elementary (non string) value into the current
 185                (multivaluated) DataEntry, at the <TT>id></TT> position.
 186          <LI>
 187                <TT>double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const </TT><br>
 188                returns, as a double one of the values (when entry is
 189                multivaluated), identified by its index <TT>id</TT>.
 190       </UL>
 191       <LI>
 192    <TT>DocEntrySet::GetEntryValue()</TT> replaced by
 193            <TT>DocEntrySet::GetEntryString()</TT> <br>
 194       <LI> SerieHelper : <br>
 195            Add some methods, to split a 'SingleSerieUID' Fileset into
 196            'Extra Coherent'  FileSets. <br>
 197            They return a std::map of 'Filesets' (actually : std::vector
 198            of gdcm::File*)<br>
 199            The key is the 'Orientation', the 'Position'
 200            or the value of a user choosen 'Tag' <br>
 201            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
 202               </TT><br>
 203            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
 204               </TT> <br>
 205            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
 206                                        uint16_t group, uint16_t element);
 207               </TT><br>
 208            These methods must be called by user, depending on what he wants
 209            to do, at application time.- *he* only  knows what his Series
 210            contain !-
 211       <LI> To avoid memory leaks and seg faults the user intended classes
 212            use now a Reference Counter.<br>
 213       <UL>
 214          <LI> <TT>new()</TT> and <TT>delete()</TT> are replaced by
 215               <TT>New()</TT> and <TT>Delete()</TT>
 216          <LI> <TT>Register()</TT> and <TT>Unregister()</TT> methods are
 217          available.
 218          <LI> --> Well ... People from ITK don't seem to agree too much with
 219              that feature.<br>
 220           They demand to be allowed to allocate gdcm objects in the stack as
 221           well, not only in the heap.
 222       </UL>
 223       <LI>
 224    </UL>
 225
 226    <LI> API breaking modifications (since previous version)
 227    <UL>
 228       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 229            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 230            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now. <br>
 231    <pre>
 232    ValEntry(DictEntry *e);
 233    BinEntry(DictEntry *e);
 234 -->DataEntry *New(uint16_t group,uint16_t elem, VRKey const &vr);
 235
 236    std::string const &ValEntry::GetValue() const;
 237    std::string const &BinEntry::GetValue() const;
 238 -->std::string const &DataEntry::GetString() const;
 239
 240    uint8_t *BinEntry::GetBinArea();
 241 -->uint8_t *DataEntry::GetBinArea();
 242
 243    void ValEntry::SetValue(std::string const &value);
 244    void BinEntry::SetValue(std::string const &value);
 245 -->void DataEntry::SetString(std::string const &value);
 246
 247    void BinEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 248 -->void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 249
 250    void ValEntry::CopyValEntry(uint16_t gr, uint16_t el);
 251 -->void DataEntry::CopyDataEntry(uint16_t gr, uint16_t el, VRKey const &vr);
 252 </pre>
 253
 254 <pre>
 255 Example :
 256
 257 old way :
 258         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 259         if( !p3 ) return false;
 260         ContentEntry *entry2 = dynamic_cast<ContentEntry *>(p3);
 261         std::string thickness = entry2->GetValue();
 262
 263 new way :
 264         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 265         if( !p3 ) return false;
 266         DataEntry *entry2 = dynamic_cast<DataEntry *>(p3);
 267         std::string thickness = entry2->GetString();
 268
 269 </pre>
 270
 271 <LI> Avoid tons of CPU time consuming accesses to DICOM Dictionnary
 272 <pre>
 273    DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
 274 -->DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 275                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 276
 277    void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 278 -->void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 279                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 280
 281    void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 282 -->void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 283                                       const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 284
 285    void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 286 -->void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 287                                        const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 288 </pre>
 289 <LI> New features :
 290 <pre>
 291 For multivaluated numeric DataEntries
 292 -->void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id,const double &val);
 293 -->double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const;
 294 -->uint32_t DataEntry::GetValueCount() const;
 295
 296 For converting 'Decimal String'
 297 -->bool GetDSValue(std::vector &lt;double&gt; &valueVector);
 298 </pre>
 299
 300 <LI> Avoid too many source file modifications from gdcm1.2 to gdcm1.3
 301 <pre>
 302 use :
 303
 304 #define ValEntry                      DataEntry
 305 #define BinEntry                      DataEntry
 306
 307 #define GetEntryValue(g,e)            GetEntryString(g,e)
 308 #define GetEntryForcedAsciiValue(g,e) GetEntryString(g,e)
 309
 310 #define GetValEntry(g,e)              GetDataEntry(g,e)
 311 #define GetBinEntry(g,e)              GetDataEntry(g,e)
 312 #define GetValue()                    GetString()
 313
 314 #define InsertValEntry(v,g,e,vr)      InsertEntryString(v,g,e,vr) // warning mind the VR!
 315 #define InsertBinEntry(b,l,g,e,vr)    InsertEntryBinArea(b,l,g,e,vr)
 316
 317 #define SetValEntry(c,g,e)            SetEntryString(c,g,e)  | !!
 318 #define SetValEntry(c,en)             SetEntryString(c,en)   | !!
 319
 320 #define SetBinEntry(c,l,en)           SetEntryBinArea(c,l,en)   | !!
 321 #define SetBinEntry(c,l,g,e)          SetEntryBinArea(c,l,g,e)  | !!
 322
 323 #define NewValEntry(g,e,vr)           NewDataEntry(g,e,vr)
 324 #define NewBinEntry(g,e,vr)           NewDataEntry(g,e,vr)
 325
 326 </pre>
 327    </UL>
 328
 329    <LI> Bug fixes
 330    <UL>
 331       <LI> Implicit VR - Big Endian (G.E Private) Transfert Syntax 16 Bits
 332            images are now read correctly.
 333       <LI> File::GetZOrigin() returns accurate result in any case.
 334       <LI>
 335       <LI>
 336    </UL>
 337
 338    <LI> Known Bugs
 339    <UL>
 340       <LI> Use of <TT>Implicit Value Representation</TT> writting mode may
 341            causes troubles, when there are some <TT>SQ</TT> belonging to a
 342            <TT>Shadow Group</TT>. <br>
 343            Better you use <TT>Explicit Value Representation</TT> writting mode ...
 344       <LI> Troubles on 'Big endian' processors (i.e. Apple/Motorola, SunSparc
 345            ...) when writting 16 Bits images.
 346       <LI> Troubles on 64-bits processors.
 347       <LI>
 348       <LI>
 349    </UL>
 350
 351       <br><br>
 352  </UL>
 353
 354
 355
 356 <!#######################################################################>
 357 <A CLASS="anchor" NAME="NewsPreviousVersions">
 358 <!#######################################################################>
 359 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 360 <H2>
 361    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_2">
 362       <B>Version 1.2 </B></A>
 363 </H2>
 364    <LI>State of the art
 365    <UL>
 366       <LI>
 367          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.2 UML Class Diagram</a> version
 368       (same as 1.1)
 369       <LI> This is the Class Diagram of the version used within ITK.
 370            (Hope we unify CVS version and ITK version, some day!)
 371
 372 <!#######################################################################>
 373
 374 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 375 <H2>
 376    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_1">
 377       <B>Version 1.1 (September 14 2005)</B></A>
 378 </H2>
 379    <LI>State of the art
 380    <UL>
 381       <LI>
 382          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.1 UML Class Diagram</a> version.
 383       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation</a>
 384       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 385          Documentation</a>
 386    <LI> New Features
 387    <UL>
 388       <LI> Add the methods
 389          <TT>gdcm::Dict:AddDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 390         <br>and<br>
 391         <TT>gdcm::Dict::RemoveDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 392         <br>
 393         to allow user to choose the 'Private Dictionary' he wants to work with.
 394         <br>
 395         One can dream about a better API;<br>
 396         This one allow right now anybody to see very easyly if the use
 397         of a given private dicom dictionary is of any help or not.
 398         <br><br>
 399       <LI>
 400       <TT>PrintFile</TT> has now a new command line argument manager option :<br>
 401           <TT>dict=fullPathNamePrivateDictionaryFile</TT><br>
 402           to allow user to see with no extra coding what differences
 403           makes the use or not of a private Dicom Dictionary.<br>
 404           e.g. : use it as follow <br>
 405           <TT>PrintFile filein=myGEdicomFile.dcm
 406           dict=/user/userName/gdcm/Dicts/GEMS-Advance.dic</TT>
 407           <br><br>
 408       <LI>
 409           (Not a great one ...)
 410           Stupid method names : <br><TT>DicomDir::WriteDicomDir()</TT>
 411           and <TT>DicomDir::AnonymizeDicomDir()</TT> <br>replaced by : <br>
 412           <TT>DicomDir::Write()</TT>
 413           and <TT>DicomDir::Anonymize()</TT>
 414           <br><br>
 415       <LI><TT>
 416           void Document::AddForceLoadElement(uint16_t group, uint16_t elem);
 417           </TT><br>
 418           allows user to tell <TT>gdcm::Document</TT> Loader he wants
 419           to force the loading of a given set of <TT>DocEntries</TT>,
 420           even if their length exceeds the current
 421           <TT>MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE</TT>.
 422           <br><br>
 423        <LI>
 424           Many users expect from <TT>vtkGdcmReader</TT> it 'orders' the images
 425           (that's the job of <TT>gdcm::SerieHelper</TT> ...)<br>
 426           When user <b>knows</b> the files with same Serie UID
 427           have same sizes, same 'pixel' type, same color convention, ...
 428           the right way to proceed is as follow :
 429     <pre>
 430         gdcm::SerieHelper *sh= new gdcm::SerieHelper();
 431    //      if user wants *not* to load some parts of the file headers
 432         sh->SetLoadMode(loadMode);
 433
 434    //      if user wants *not* to load some files
 435         sh->AddRestriction(group, element, value, operator);
 436         sh->AddRestriction( ...
 437         sh->SetDirectory(directoryWithImages);
 438
 439    //      if user *knows* how to order his files
 440         sh->SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction);
 441    //      or/and
 442    //      if user wants to sort reverse order
 443         sh->SetSortOrderToReverse();
 444
 445    //      here, we suppose only the first 'Single SerieUID' Fileset is of interest
 446    //      Just iterate using sh->NextSingleSerieUIDFileSet()
 447    //      if you want to get all of them
 448         gdcm::FileList *l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 449
 450    //      if user is doesn't trust too much the files with same Serie UID
 451         if ( !sh->IsCoherent(l) )
 452            return; // not same sizes, or not same 'pixel type' -> stop
 453
 454         sh->OrderFileList(l);        // sort the list
 455
 456         vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 457    //      if user wants to modify pixel order (Mirror, TopDown, ...)
 458    //      he has to supply the function that does the job
 459    //      (a *very* simple example is given in vtkgdcmSerieViewer.cxx)
 460         reader->SetUserFunction (userSuppliedFunction);
 461
 462    //      to pass a 'Single SerieUID' Fileset as produced by gdcm::SerieHelper
 463         reader->SetCoherentFileList(l);
 464         reader->Update();
 465    </pre>
 466    You can see a full example in <TT>vtk/vtkgdcmSerieViewer.cxx</TT><br>
 467    e.g.<br>
 468
 469    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  mirror</TT><br>
 470    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse</TT><br>
 471    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse topdown</TT><br>
 472    </pre>
 473       <br>
 474
 475       <LI> <TT>vtkGdcmReader::SetUserFunction (userSuppliedFunction)</TT><br>
 476            with :<br>
 477            <TT>void userSuppliedFunction(uint8_t *imageData, File *f);</TT><br>
 478            allows user to reorganize the pixels of each image just after reading
 479            it (to mirror, or topdown the image, for instance)<br>
 480            Note : <TT>uint8_t *</TT> doesn't mean it works only on 8 Bits images.
 481            <br> It's for prototyping. Feel free to cast it.
 482            <br><br>
 483       <LI> <TT>
 484            SerieHelper::SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction)
 485            </TT><br> with : <br>
 486            <TT>bool userSuppliedComparisonFunction(File *, File *);</TT><br>
 487            allows user -when he knows more about his files than gdcm does-
 488            to give his own comparison function.
 489       <LI> <TT>SerieHelper::SetSortOrderToReverse</TT> allows user to ask
 490            to sort the Files reverse order.
 491       <LI> <TT>SerieHelper::AddRestriction</TT> has now a new constructor<br>
 492            <TT>AddRestriction(group, element, value, operator);</TT><br>
 493            allows user to exclude some files from the sorting, according to
 494            any comparison operator <br>
 495            (<TT>GDCM_EQUAL</TT>, <TT>GDCM_DIFFERENT</TT>,
 496            <TT>GDCM_GREATER</TT>, <TT>GDCM_GREATEROREQUAL</TT>,
 497            <TT>GDCM_LESS</TT>, <TT>GDCM_LESSOREQUAL</TT>), not only on the
 498            equality.
 499            <br><br>
 500       <LI> <TT>AnonymizeNoLoad</TT> used with <TT>dirin=inputDirectoryName</TT>
 501            anonymizes all the files within the given Directory.
 502            <br>
 503            User may also choose extra elements he wants to rub out: <br>
 504            <TT>rubout=listOfElementsToRubOut</TT><br>
 505            with <tt>listOfElementsToRubOut : group1-elem1,group2-elem2,
 506            ...</TT> (in hexa, no space within the list )
 507            <br><br>
 508       <LI> <TT>gdcm::SerieHelper()</TT> has a new method
 509            <TT>void AddGdcmFile(File *header)</TT>, that allows aware user to
 510            create a '<TT>FileList</TT>' (actually a
 511            <TT>std::vector< File* > </TT>).<br>
 512            The <TT>FileList</TT> created this way will be the
 513            'first one' in the <TT>gdcm::FileHelper()</TT> (retrieve it with
 514            <TT>FileList *GetFirstCoherentFileList()</TT> ).<br>
 515            It may be sorted using <TT>OrderFileList</TT>.<br>
 516            No 'coherence check' will be performed on this <TT>FileList</TT>
 517            before sorting.<br>
 518            It may be passed to a <TT>vtkGdcmReader</TT>
 519            (to avoid parsing twice the files)
 520            <br><br>
 521       <LI> <TT>vtkGdcmReader</TT> can now get the result of
 522            <TT>gdcm::SerieHelper</TT> (to avoid parsing twice the files)<br>
 523             Proceed as follow :<br>
 524            <pre>
 525            gdcmSerieHelper *sh = new gdcmSerieHelper();
 526            sh->SetDirectory(myImageDirectory, true);
 527            gdcmFileList *l = s->GetFirstCoherentFileList();
 528            s->OrderFileList(l);
 529
 530            vtkGdcmReader *gr = new vtkGdcmReader();
 531            gr->SetCoherentFileList(l);
 532            gr->Update();
 533            </pre>
 534            This works with a directory that contains only one '<TT>Serie</TT>'
 535            (same <TT>Serie UID</TT> for all the images).<br>
 536            If it contains more than one <TT>Serie</TT>, you'll have to loop
 537            on the Series, using <TT>GetNextCoherentFileList()</TT>;<br>
 538            It will be up to the user to delete the <TT>gdcm::File</TT>.
 539            <br><br>
 540            See <TT>vtkgdcmSerieViewer</TT> for an example.
 541            <br><br>
 542       <LI> Both <TT>vtkgdcmViewer</TT> and <TT>vtkgdcmViewer2</TT>
 543            are available to allow easy displaying of single/multiframe
 544            GreyLevel/RGB/PaletteColor images<br><br>
 545       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> anonymiser (<TT>Load</TT> and <TT>Noload</TT> mode)
 546            <br><br>
 547       <LI> Because the <TT>gdcm::DicomDir::Load()</TT> method may be used
 548            either for loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file or for
 549            parsing all the dicom files with a given root directory we
 550            syntaxically separated the operations: <br>
 551            For loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file, use : <br>
 552            <pre>
 553            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 554            d->SetFileName(fileName);
 555            d->Load( );
 556            </pre>
 557
 558            For parsing all the dicom files within a given root directory, use :<br>
 559            <pre>
 560            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 561            d->SetDirectoryName(dirName);
 562            d->Load( )
 563            </pre>
 564
 565            <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 566            <TT>
 567            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();<br>
 568            d->SetParseDir(true);   // </TT>or <TT>d->SetParseDir(false);<br>
 569            d->Load( fileName );<br>
 570            </TT>
 571            <br>
 572       <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor
 573            he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 574            (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 575            and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 576            (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 577            exists for this Group) <br>
 578            or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 579            <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 580            -'true length' Sequence-)<br>
 581            use : <br>
 582            <pre>
 583            gdcm::File *f = new gdcm::File();
 584                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 585                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 586                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the
 587                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | target file
 588             f->SetFileName(fileName);
 589             f->Load( );
 590             </pre>
 591             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 592             <TT>
 593             gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);</TT> <br>
 594             <br>
 595         <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::DicomDir</TT> constructor
 596              he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 597              (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 598              and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 599              (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 600              exists for this Group) <br>
 601              or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 602              <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 603              -'true length' Sequence-)<br>
 604              when he parses all the Dicom files within a given directory.<br>
 605              use : <br>
 606              <pre>
 607              gdcm::DicomDir *f = new gdcm::DicomDir();
 608                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 609                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 610                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the files
 611                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | within the root directory
 612              f->SetDirectoryName(rootDirectoryName);
 613              f->Load( );
 614             </pre>
 615             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 616             <TT>
 617             gdcm::DicomDir *dcmdir = new gdcm::DicomDir(dirName, true);</TT><br>
 618             <br>
 619    </UL>
 620
 621    <LI> Bug fixes
 622    <UL>
 623       <LI> No more trouble when the 'endianess' switches within Sequences.
 624       <LI> No more trouble with 'no length Sequences' belonging to a
 625            <TT>Shadow Group</TT> when they are 'Implicit VR'.
 626       <LI> The difference between <TT>MONOCHROME1</TT> (low values = bright,
 627             high values = dark) and <TT>MONOCHROME2</TT> (low values = dark,
 628             high values = bright) is now taken into account.<br>
 629             It's no longer up to the user to change the pixels value
 630       <LI> Writing a 'True Dicom' image after reading an <TT>ACR-NEMA</TT> image
 631            does not request any longer from the user to build up
 632            'manually' the Meta Elements group (<TT>0x0002</TT>)
 633       <LI> Old '24 Bits' <TT>ACR-NEMA</TT> are now correctly re-written
 634            in <TT>DICOM V3</TT> mode.
 635       <LI> Element <TT>0x0000</TT> of <TT>Shadow groups</TT> is always forced to be a
 636            <TT>ValEntry</TT> and its <TT>VR</TT> is forced to <TT>UL</TT>
 637       <br><br>
 638    </UL>
 639
 640    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>1.0</TT>)
 641    <UL>
 642       <LI> NEVER more API breaking modifications !!!
 643       <br><br>
 644    </UL>
 645
 646    <LI> Known bugs
 647    <UL>
 648
 649    </UL>
 650
 651 </UL>
 652
 653
 654
 655 <!#######################################################################>
 656 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 657 <H2>
 658    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_0">
 659       <B>Version 1.0 (Feb 14 2005)</B></A>
 660 </H2>
 661 <UL>
 662    <LI>State of the art
 663    <UL>
 664       <LI>
 665          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.0 UML Class Diagram</a> version.
 666       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 667       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 668          Documentation"</a>
 669       <LI> Final check of the jpeg sub-library: all 'classical' jpeg
 670         compressed Dicom files can be read<br>
 671       <LI>All the previously gdcm-breaker images are now readable<br>
 672       <LI> A huge number of memory leaks removed
 673       <LI> Improvement of write process
 674    </UL>
 675
 676
 677    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>0.6</TT>)
 678    <UL>
 679       <LI> Use of <TT> namespace</TT> : all the methods formerly named
 680           <TT>className::gdcmXxx()</TT> are now named <TT>className::Xxx()</TT>
 681           <br> End user will have to call them as <TT>gdcm::className::Xxx() </TT>
 682       <LI> a <TT>gdcm::Document</TT> is now specialized in :
 683       <UL>
 684          <LI> <TT>gdcm::DicomDir</TT>
 685          <LI> <TT>gdcm::File</TT>
 686       </UL>
 687       <LI> a <TT>gdcm::DicomElementSet</TT> is composed of a set of
 688             <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT>
 689       <LI> a <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT> can be :
 690       <UL>
 691          <LI> a <TT>gdcm::ContentEntry</TT>, specialized in :
 692          <UL>
 693             <LI> <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 694             <LI> <TT>gdcm::BinEntry</TT> (no longer a specialization of
 695                  <TT>gdcm::ValEntry</TT>)
 696         </UL>
 697       <LI> a <TT>gdcm::SeqEntry</TT>
 698       </UL>
 699       <LI> Removal of useless accessors <TT>GetXxxByname</TT>, <TT>SetXxxByname</TT>
 700       <LI> Renaming of accessors <TT>GetXxxByNumber</TT>, <TT>SetXxxByNumber</TT>
 701            as follow :
 702       <UL>
 703          <LI> <TT>GetEntryByNumber
 704                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 705                                           --> GetEntryValue</TT>
 706          <LI> <TT>GetEntryLengthByNumber  --> GetEntryLength</TT>
 707          <LI> <TT>GetEntryOffsetByNumber  --> GetEntryOffset</TT>
 708          <LI> <TT>GetEntryVRByNumber
 709                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;      --> GetEntryVR</TT>
 710          <LI>
 711          <LI> <TT>GetDocEntryByNumber
 712                   &nbsp;&nbsp;            --> GetDocEntry</TT>
 713          <LI> <TT>GetValEntryByNumber
 714                   &nbsp;&nbsp;            --> GetValEntry</TT>
 715          <LI> <TT>GetBinEntryByNumber
 716                   &nbsp;&nbsp;            --> GetBinEntry</TT>
 717          <LI> <TT>GetSeqEntryByNumber
 718                   &nbsp;&nbsp;            --> GetSeqEntry</TT>
 719        </UL>
 720    </UL>
 721 </UL>
 722
 723 <!#######################################################################>
 724 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 725 <H2>
 726    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_6">
 727       <B>Version 0.6 (June 8 2004)</B></A>
 728 </H2>
 729 <UL>
 730    This version will be used by Insight Tool Kit
 731    (<a href="http://www.itk.org">ITK</a> 2.0) at the beginning of 2005.<br>
 732     It's not yet packaged ...<br><br>
 733    <LI> <a href= "Doc0.6/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 734    <LI> <a href= "Doc0.6/html.developper/index.html">Developper Documentation"</a>
 735    <LI> The new <TT>gdcmDocument</TT> class is a parent class of
 736        <TT>gdcmHeader</TT> class and <TT>gdcmDicomDir</TT> class.
 737    <LI> Massive modifications in the Class Diagram :
 738    <UL>
 739       <LI> any dicom related file is a <TT>gdcmDocument</TT>
 740       <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> can be :
 741       <UL>
 742          <LI> a <TT>gdcmHeader</TT>, if it contains pixel data
 743          <LI> a <TT>gdcmDicomDir</TT>, if it contains only informations
 744               on the files in a given directory
 745       </UL>
 746
 747    <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>,
 748         composed of a set of <TT>gdcmEntry</TT> separated into :
 749       <UL>
 750       <LI> <TT>gdcmValEntry</TT><br>
 751            a specialization of <TT>gdcmValEntry</TT>, for 'non
 752            <TT>std::string</TT> representable' values is
 753            <TT>gdcmBinEntry</TT>
 754        <LI> <TT>gdcmSeqEntry</TT> (VR = <TT>SQ</TT>, i.e Dicom Sequences)<br>
 755              they are dealt as tree-like structures :<br>
 756              - a <TT>gdcmSeqEntry</TT> is considered as a set
 757              of <TT>gdcmSQItem</TT>,<br>
 758              - a <TT>gdcmSQItem</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>, composed
 759              of <TT>gdcmDocEntries</TT>, recursively <br>
 760       </UL>
 761    </UL>
 762    <LI> Improvement of the jpeg sub-library: jpeg
 763            compressed Dicom files (lossless and lossy)
 764            might be read (check-it out)
 765 </UL>
 766
 767 <!#######################################################################>
 768 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 769 <H2>
 770    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_4">
 771       <B>Version 0.4 (February 6 2004)</B></A>
 772 </H2>
 773 <UL>
 774
 775    <LI> <a href="Doc0.4/uml-gdcmV0.4.pdf">gdcm 0.4 UML Class Diagram</a>.
 776    <LI> <a href= "Doc0.4/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 777    <LI> <a href= "Doc0.4/html.developper/index.html">Developper Documentation </a>
 778
 779    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: some very simple jpeg-lossy
 780         compressed Dicom files might be working (check-it out).
 781    <LI> And also, fewer memory leaks, cleaned-up stl usage (should work
 782         with gcc-3.x), python disutil installer (see file setup.py)
 783         supporting both Swig and vtk wrapping.
 784    <LI> Introduction of a RLE (Run-Time Encoding) library
 785    <LI> Color images (RGB or Palette Color) are dealt with
 786    <LI> Confusing names <TT>gdcmPatient</TT>, <TT>gdcmStudy</TT>,
 787         <TT>gdcmSerie</TT>, <TT>gdcmPatient</TT> changed to
 788         <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>, <TT>gdcmDicomDirStudy</TT>,
 789         <TT>gdcmDicomDirSerie</TT>, <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>
 790
 791 </UL>
 792
 793 <!#######################################################################>
 794 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 795 <H2>
 796    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_3">
 797       <B>Version 0.3 (July 8 2003)</B></A>
 798 </H2>
 799 <UL>
 800    <LI> <TT>gdcmFile</TT> class now enables acces to the data
 801        i.e. the image[s] content. Previously only parsing of the
 802        Dicom header was available through usage of <TT>gdcmHeader</TT>
 803        class.
 804    <LI> a <A HREF="http://public.kitware.com/VTK/">VTK</A> plugin
 805        of gdcm is now available through the <TT>vtkGdcmReader</TT>
 806        vtk class (see it as a vtk wrapper of gdcm), which enables
 807        <UL>
 808          <LI> Loading of a single image,
 809          <LI> Loading of a stack of images from multiple Dicom files,
 810          <LI> this class is wrapped for vtkPython (by using native vtk
 811               wrappers).
 812        </UL>
 813    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: lossless-jpeg
 814         compressed Dicom files work.
 815 <LI> <TT>vtkgdcmViewer</TT> allows easy displaying of single/multiframe
 816      GreyLevel/RGB/PaletteColor images
 817 </UL>
 818
 819 <!#######################################################################>
 820 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 821 <H2>
 822    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_1">
 823       <B>Version 0.1 (April 1 2003)</B></A>
 824
 825 <!#######################################################################>
 826 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 827 <H2>
 828    <A CLASS="anchor" name="NewsVersion0_1">
 829       <B>Version 0.0 (March 14 2003)</B></A>
 830
 831 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADRESS>
 832
 833 </BODY>
 834 </HTML>