Doc/Website/News.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Gdcm News</TITLE>
   6 </HEAD>
   7
   8 <BODY>
   9
  10
  11 <!--#######################################################################-->
  12 <H1>Gdcm News</a></H1>
  13
  14 <!--#######################################################################-->
  15
  16 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
  17 <H2>
  18    <A CLASS="anchor" NAME="missing">
  19       <B>Missing features</B></A>
  20 </H2>
  21 We know the following are missing; don't loose time looking for them ...<br>
  22 We know they could be helpfull. We shall add them some day.<br>
  23 Any contribution is welcome.
  24 <UL>
  25 <LI> Decoders
  26    <UL>
  27       <LI> gdcm doesn't read yet JPEG-LS encoded files.
  28       <UL>
  29           We said 'JPEG-LS', not Lossless Jpeg ...<br>
  30           [JPEG-LS is the basis for new lossless/near-lossless compression
  31           standard for continuous-tone images intended for JPEG2000.
  32           The standard is based on the LOCO-I algorithm
  33           (LOw COmplexity LOssless COmpression for Images)
  34           developed at Hewlett-Packard Laboratories]
  35      </UL>
  36      <LI> gdcm doesn't read yet all JPEG2000 encoded files.
  37      <UL>
  38          But we are working on it (a lot of troubles with Jasper).
  39       </UL>
  40       <LI> gdcm doesn't read yet MPEG2 encoded files.
  41       <UL>
  42           But we are working on it.
  43       </UL>
  44    </UL>
  45 <LI>Reader
  46    <UL>
  47       <LI> Allow user to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor he just wants
  48            to load a given list of <TT>DocEntries</TT>
  49            (to save CPU time and RAM space)
  50       <LI> Allow 'frame by frame' reading (should be helpfull for huge
  51            multiframe images)
  52       <LI> Allow subvolume selection / frames selection before reading.
  53       <LI> Expose Read/Decompression mechanisms to allow user getting
  54          information from <tt>DICOMDIR</TT> <br> -or from his own Data Base-
  55          and reading his images without parsing
  56          the header, one more time.
  57    </UL>
  58    <LI>Writer
  59    <UL>
  60       <LI> Allow user to tell the Writer he doesn't want to write down
  61            <TT>SeqEntry</TT> (if any)
  62       <LI> Allow user to tell the Writer he doesn't want to write down
  63            <TT>Shadow groups</TT> (if any)
  64       <LI> Allow user to tell the Writer which compression mode he wants<br>
  65            (Right now, no one is available)
  66       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to split a
  67            <TT>Multiframe</TT> image into a serie of
  68            <TT>Single frame</TT> images.
  69       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to agregate a
  70            Serie of <TT>Single frame</TT> images into a
  71            <TT>Multiframe</TT> image.
  72    </UL>
  73 <LI>Reader / Writer
  74    <UL>
  75       <LI> Full <TT>Icon Image</TT> management (Read and Write)
  76       <LI> Full <TT>Overlays</TT> management (Read and Write) <br>
  77            both for '<TT>ACR-NEMA</TT> style' (using groups <TT>0x6000</TT>
  78             and nexts) and '<TT>DICOM V3</TT> style' (using Sequences)
  79    </UL>
  80 <LI> <TT>DICOMDIR</TT>
  81     <UL>
  82       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> full management (not limited to
  83            <TT> PATIENT</TT>/<TT>STUDY</TT>/<TT>SERIE</TT>/<TT>IMAGE</TT>)
  84       <LI> Allow user to add an entry (belonging to the file header Dicom
  85            entries)to the default entry list, before
  86            making a <TT>DICOMDIR</TT> from a root directory
  87       <LI> Allow user to add an entry of his owns (for instance an <TT>Icon</TT>
  88            to each image, or to each Serie).
  89       </UL>
  90 <LI> SerieHelper
  91    <UL>
  92
  93       <LI> An accurate <TT>SerieHelper</TT> <br>
  94            Right now <TT>SerieHelper</TT> only works on 'bona fide Series', and
  95            breaks on wrongly forged Series.<br>
  96            We are still looking for any heuristics...
  97       <LI> A <TT>SerieHelper</TT> that would use the <TT>DICOMDIR</TT> (if any)
  98         instead of parsing all the files within the Root Directory
  99    </UL>
 100 <LI> Other
 101    <UL>
 102       <LI> 16-bits-LUT full Management
 103       <LI> User friendly management of <TT>Rescale Slope</TT> and
 104            <TT>Rescale Intercept</TT>
 105       <LI> Allow parsing the <TT>Shadow groups</TT> against a user supplied
 106            private <TT>Dicom Dictionary</TT> (pfff!...)
 107    </UL>
 108 </UL>
 109 <!#######################################################################>
 110 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 111 <H2>
 112    <A CLASS="anchor" NAME="NewsCurrentVersion">
 113    <B>Current Version</B></A>
 114       <B></B></A>
 115 </H2>
 116
 117 <UL>
 118    <LI>State of the art
 119    <UL>
 120       <LI>
 121          <a href="uml-gdcm.pdf">gdcm UML Class Diagram</a> current version.
 122       <br><br>
 123    </UL>
 124
 125    <LI> New Features
 126    <UL>
 127       <LI> <TT>AnonymizeNoLoad</TT> used with <TT>dirin=inputDirectoryName</TT>
 128            anonymizes all the files within the given Directory.
 129            <br>
 130            User may also choose extra elements he wants to rub out: <br>
 131            <TT>rubout=listOfElementsToRubOut</TT><br>
 132            with <tt>listOfElementsToRubOut : group1-elem1,group2-elem2,
 133            ...</TT> (in hexa, no space within the list )
 134            <br><br>
 135       <LI> <TT>gdcm::SerieHelper()</TT> has a new method
 136            <TT>void AddGdcmFile(File *header)</TT>, that allows aware user to
 137            create a '<TT>FileList</TT>' (actually a
 138            <TT>std::vector< File* > </TT>).<br>
 139            The <TT>FileList</TT> created this way will be the
 140            'first one' in the <TT>gdcm::FileHelper()</TT> (retrieve it with
 141            <TT>FileList *GetFirstCoherentFileList()</TT> ).<br>
 142            It may be sorted using <TT>OrderFileList</TT>.<br>
 143            No 'coherence check' will be performed on this <TT>FileList</TT>
 144            before sorting.<br>
 145            It may be passed to a <TT>vtkGdcmReader</TT>
 146            (to avoid parsing twice the files)
 147            <br><br>
 148       <LI> <TT>vtkGdcmReader</TT> can now get the result of
 149            <TT>gdcm::SerieHelper</TT> (to avoid parsing twice the files)<br>
 150             Proceed as follow :<br>
 151            <pre>
 152            gdcmSerieHelper *sh = new gdcmSerieHelper();
 153            sh->SetDirectory(myImageDirectory, true);
 154            gdcmFileList *l = s->GetFirstCoherentFileList();
 155            s->OrderFileList(l);
 156
 157            vtkGdcmReader *gr = new vtkGdcmReader();
 158            gr->SetCoherentFileList(l);
 159            gr->Update();
 160            </pre>
 161            This works with a directory that contains only one '<TT>Serie</TT>'
 162            (same <TT>Serie UID</TT> for all the images).<br>
 163            If it contains more than one <TT>Serie</TT>, you'll have to loop
 164            on the Series, using <TT>GetNextCoherentFileList()</TT>;<br>
 165            It will be up to the user to delete the <TT>gdcm::File</TT>.
 166            <br><br>
 167            See <TT>vtkgdcmSerieViewer</TT> for an example.
 168            <br><br>
 169       <LI>Both <TT>vtkgdcmViewer</TT> and <TT>vtkgdcmViewer2</TT>
 170           are available to allow easy displaying of single/multiframe
 171           GreyLevel/RGB/PaletteColor images<br><br>
 172       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> anonymiser (<TT>Load</TT> and <TT>Noload</TT> mode)
 173            <br><br>
 174       <LI> Because the <TT>gdcm::DicomDir::Load()</TT> method may be used
 175            either for loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file or for
 176            parsing all the dicom files with a given root directory we
 177            syntaxically separated the operations: <br>
 178            For loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file, use : <br>
 179            <pre>
 180            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 181            d->SetFileName(fileName);
 182            d->Load( );
 183            </pre>
 184
 185            For parsing all the dicom files within a given root directory, use :<br>
 186            <pre>
 187            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 188            d->SetDirectoryName(dirName);
 189            d->Load( )
 190            </pre>
 191
 192            <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 193            <TT>
 194            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();<br>
 195            d->SetParseDir(true);   // </TT>or <TT>d->SetParseDir(false);<br>
 196            d->Load( fileName );<br>
 197            </TT>
 198            <br>
 199       <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor
 200             he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 201             (every time it's possible) <br> and/or he doesn't
 202             want to deal with <TT>Shadow groups</TT> (every time it's
 203             possible) <br> or he doesn't
 204             want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a <TT>Shadow group</TT>  (every time it's
 205             possible)<br>
 206             use : <br>
 207             <pre>
 208             gdcm::File *f = new gdcm::File();
 209                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 210                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 211                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the
 212                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | target file
 213             f->SetFileName(fileName);
 214             f->Load( );
 215             </pre>
 216             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 217             <TT>
 218             gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);</TT> <br>
 219             <br>
 220         <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::DicomDir</TT> constructor
 221             he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 222             he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 223             (every time it's possible) <br> and/or he doesn't
 224             want to deal with <TT>Shadow groups</TT> (every time it's
 225             possible) <br> or he doesn't
 226             want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a <TT>Shadow group</TT>  (every time it's
 227             possible)<br> when he parses all the Dicom files within a given
 228             directory
 229             use : <br>
 230             <pre>
 231             gdcm::DicomDir *f = new gdcm::DicomDir();
 232                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 233                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 234                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the files
 235                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | within the root directory
 236             f->SetDirectoryName(rootDirectoryName);
 237             f->Load( );
 238             </pre>
 239             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 240             <TT>
 241             gdcm::DicomDir *dcmdir = new gdcm::DicomDir(dirName, true);</TT><br>
 242             <br>
 243    </UL>
 244
 245    <LI> Bug fixes
 246    <UL>
 247       <LI> The difference between <TT>MONOCHROME1</TT> (low values = bright,
 248             high values = dark) and <TT>MONOCHROME2</TT> (low values = dark,
 249             high values = bright) is now taken into account.<br>
 250             It's no longer up to the user to change the pixels value
 251       <LI> Writing a 'True Dicom' image after reading an <TT>ACR-NEMA</TT> image
 252            does not request any longer from the user to build up
 253            'manually' the Meta Elements group (<TT>Ox0002</TT>)
 254       <LI> Old '24 Bits' <TT>ACR-NEMA</TT> are now correctly re-written
 255            in <TT>DICOM V3</TT> mode.
 256       <LI> Element <TT>0x0000</TT> of <TT>Shadow groups</TT> is always forced to be a
 257            <TT>ValEntry</TT> and its <TT>VR</TT> is forced to <TT>UL</TT>
 258       <br><br>
 259    </UL>
 260
 261    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>1.0</TT>)
 262    <UL>
 263       <LI> NEVER more API breaking modifications !!!
 264
 265    </UL>
 266
 267    <LI> Known bugs
 268    <UL>
 269       <LI> Use of <TT>Implicit Value Representation</TT> writting mode may
 270            causes troubles, when there are some <TT>SQ</TT> belonging to a
 271            <TT>Shadow Group</TT>. <br>
 272            Better you use <TT>Explicit Value Representation</TT> writting mode ...
 273    </UL>
 274
 275 </UL>
 276
 277
 278
 279 <!#######################################################################>
 280 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 281 <H2>
 282    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_0">
 283       <B>Version 1.0 (Feb 14 2005)</B></A>
 284 </H2>
 285 <UL>
 286    <LI>State of the art
 287    <UL>
 288       <LI>
 289          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.0 UML Class Diagram</a> version.
 290       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 291       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 292          Documentation"</a>
 293       <LI> Final check of the jpeg sub-library: all 'classical' jpeg
 294         compressed Dicom files can be read<br>
 295       <LI>All the previously gdcm-breaker images are now readable<br>
 296       <LI> A huge number of memory leaks removed
 297       <LI> Improvement of write process
 298    </UL>
 299
 300
 301    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>0.6</TT>)
 302    <UL>
 303       <LI> Use of <TT> namespace</TT> : all the methods formerly named
 304           <TT>className::gdcmXxx()</TT> are now named <TT>className::Xxx()</TT>
 305           <br> End user will have to call them as <TT>gdcm::className::Xxx() </TT>
 306       <LI> a <TT>gdcm::Document</TT> is now specialized in :
 307       <UL>
 308          <LI> <TT>gdcm::DicomDir</TT>
 309          <LI> <TT>gdcm::File</TT>
 310       </UL>
 311       <LI> a <TT>gdcm::DicomElementSet</TT> is composed of a set of
 312             <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT>
 313       <LI> a <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT> can be :
 314       <UL>
 315          <LI> a <TT>gdcm::ContentEntry</TT>, specialized in :
 316          <UL>
 317             <LI> <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 318             <LI> <TT>gdcm::BinEntry</TT> (no longer a specialization of
 319                  <TT>gdcm::ValEntry</TT>)
 320         </UL>
 321       <LI> a <TT>gdcm::SeqEntry</TT>
 322       </UL>
 323       <LI> Removal of useless accessors <TT>GetXxxByname</TT>, <TT>SetXxxByname</TT>
 324       <LI> Renaming of accessors <TT>GetXxxByNumber</TT>, <TT>SetXxxByNumber</TT>
 325            as follow :
 326       <UL>
 327          <LI> <TT>GetEntryByNumber
 328                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 329                                           --> GetEntryValue</TT>
 330          <LI> <TT>GetEntryLengthByNumber  --> GetEntryLength</TT>
 331          <LI> <TT>GetEntryOffsetByNumber  --> GetEntryOffset</TT>
 332          <LI> <TT>GetEntryVRByNumber
 333                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;      --> GetEntryVR</TT>
 334          <LI>
 335          <LI> <TT>GetDocEntryByNumber
 336                   &nbsp;&nbsp;            --> GetDocEntry</TT>
 337          <LI> <TT>GetValEntryByNumber
 338                   &nbsp;&nbsp;            --> GetValEntry</TT>
 339          <LI> <TT>GetBinEntryByNumber
 340                   &nbsp;&nbsp;            --> GetBinEntry</TT>
 341          <LI> <TT>GetSeqEntryByNumber
 342                   &nbsp;&nbsp;            --> GetSeqEntry</TT>
 343        </UL>
 344    </UL>
 345 </UL>
 346
 347 <!#######################################################################>
 348 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 349 <H2>
 350    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_6">
 351       <B>Version 0.6 (June 8 2004)</B></A>
 352 </H2>
 353 <UL>
 354    This version will be used by Insight Tool Kit
 355    (<a href="http://www.itk.org">ITK</a> 2.0) at the beginning of 2005.<br>
 356     It's not yet packaged ...<br><br>
 357    <LI> <a href= "Doc0.6/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 358    <LI> <a href= "Doc0.6/html.developper/index.html">Developper Documentation"</a>
 359    <LI> The new <TT>gdcmDocument</TT> class is a parent class of
 360        <TT>gdcmHeader</TT> class and <TT>gdcmDicomDir</TT> class.
 361    <LI> Massive modifications in the Class Diagram :
 362    <UL>
 363       <LI> any dicom related file is a <TT>gdcmDocument</TT>
 364       <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> can be :
 365       <UL>
 366          <LI> a <TT>gdcmHeader</TT>, if it contains pixel data
 367          <LI> a <TT>gdcmDicomDir</TT>, if it contains only informations
 368               on the files in a given directory
 369       </UL>
 370
 371    <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>,
 372         composed of a set of <TT>gdcmEntry</TT> separated into :
 373       <UL>
 374       <LI> <TT>gdcmValEntry</TT><br>
 375            a specialization of <TT>gdcmValEntry</TT>, for 'non
 376            <TT>std::string</TT> representable' values is
 377            <TT>gdcmBinEntry</TT>
 378        <LI> <TT>gdcmSeqEntry</TT> (VR = <TT>SQ</TT>, i.e Dicom Sequences)<br>
 379              they are dealt as tree-like structures :<br>
 380              - a <TT>gdcmSeqEntry</TT> is considered as a set
 381              of <TT>gdcmSQItem</TT>,<br>
 382              - a <TT>gdcmSQItem</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>, composed
 383              of <TT>gdcmDocEntries</TT>, recursively <br>
 384       </UL>
 385    </UL>
 386    <LI> Improvement of the jpeg sub-library: jpeg
 387            compressed Dicom files (lossless and lossy)
 388            might be read (check-it out)
 389 </UL>
 390
 391 <!#######################################################################>
 392 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 393 <H2>
 394    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_4">
 395       <B>Version 0.4 (February 6 2004)</B></A>
 396 </H2>
 397 <UL>
 398
 399    <LI> <a href="Doc0.4/uml-gdcmV0.4.pdf">gdcm 0.4 UML Class Diagram</a>.
 400    <LI> <a href= "Doc0.4/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 401    <LI> <a href= "Doc0.4/html.developper/index.html">Developper Documentation </a>
 402
 403    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: some very simple jpeg-lossy
 404         compressed Dicom files might be working (check-it out).
 405    <LI> And also, fewer memory leaks, cleaned-up stl usage (should work
 406         with gcc-3.x), python disutil installer (see file setup.py)
 407         supporting both Swig and vtk wrapping.
 408    <LI> Introduction of a RLE (Run-Time Encoding) library
 409    <LI> Color images (RGB or Palette Color) are dealt with
 410    <LI> Confusing names <TT>gdcmPatient</TT>, <TT>gdcmStudy</TT>,
 411         <TT>gdcmSerie</TT>, <TT>gdcmPatient</TT> changed to
 412         <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>, <TT>gdcmDicomDirStudy</TT>,
 413         <TT>gdcmDicomDirSerie</TT>, <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>
 414
 415 </UL>
 416
 417 <!#######################################################################>
 418 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 419 <H2>
 420    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_3">
 421       <B>Version 0.3 (July 8 2003)</B></A>
 422 </H2>
 423 <UL>
 424    <LI> <TT>gdcmFile</TT> class now enables acces to the data
 425        i.e. the image[s] content. Previously only parsing of the
 426        Dicom header was available through usage of <TT>gdcmHeader</TT>
 427        class.
 428    <LI> a <A HREF="http://public.kitware.com/VTK/">VTK</A> plugin
 429        of gdcm is now available through the <TT>vtkGdcmReader</TT>
 430        vtk class (see it as a vtk wrapper of gdcm), which enables
 431        <UL>
 432          <LI> Loading of a single image,
 433          <LI> Loading of a stack of images from multiple Dicom files,
 434          <LI> this class is wrapped for vtkPython (by using native vtk
 435               wrappers).
 436        </UL>
 437    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: lossless-jpeg
 438         compressed Dicom files work.
 439 <LI> <TT>vtkgdcmViewer</TT> allows easy displaying of single/multiframe
 440      GreyLevel/RGB/PaletteColor images
 441 </UL>
 442
 443 <!#######################################################################>
 444 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 445 <H2>
 446    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_1">
 447       <B>Version 0.1 (April 1 2003)</B></A>
 448
 449 <!#######################################################################>
 450 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 451 <H2>
 452    <A CLASS="anchor" name="NewsVersion0_1">
 453       <B>Version 0.0 (March 14 2003)</B></A>
 454
 455 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADRESS>
 456
 457 </BODY>
 458 </HTML>