Doc/Website/News.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Gdcm News</TITLE>
   6 </HEAD>
   7
   8 <BODY>
   9
  10
  11 <!--#######################################################################-->
  12 <H1>Gdcm News</a></H1>
  13
  14 <!--#######################################################################-->
  15
  16 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
  17 <H2>
  18    <A CLASS="anchor" NAME="missing">
  19       <B>Missing features</B></A>
  20 </H2>
  21 We know the following are missing; don't loose time looking for them ...<br>
  22 We know they could be helpfull. We shall add them some day.<br>
  23 Any contribution is welcome.
  24 <UL>
  25 <LI> Decoders
  26    <UL>
  27       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>JPEG-LS</TT> encoded files.
  28       <UL>
  29           We said '<TT>JPEG-LS</TT>', not Lossless Jpeg ...<br>
  30           [<TT>JPEG-LS</TT> is the basis for new lossless/near-lossless compression
  31           standard for continuous-tone images intended for <TT>JPEG2000</TT>.
  32           The standard is based on the LOCO-I algorithm
  33           (LOw COmplexity LOssless COmpression for Images)
  34           developed at Hewlett-Packard Laboratories]
  35      </UL>
  36       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>MPEG2</TT> encoded files.
  37
  38    </UL>
  39    <LI>Reader
  40    <UL>
  41       <LI> Allow user to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor he just wants
  42            to load a given list of <TT>DocEntries</TT>
  43            (to save CPU time and RAM space)
  44       <LI> Allow 'frame by frame' reading (should be helpfull for huge
  45            multiframe images)
  46       <LI> Allow subvolume selection / frames selection before reading.
  47       <LI> Expose Read/Decompression mechanisms to allow user getting
  48          information from <tt>DICOMDIR</TT> <br> -or from his own Data Base-
  49          and reading his images without parsing
  50          the header, one more time.
  51    </UL>
  52    <LI>Writer
  53    <UL>
  54       <LI> Allow user to tell the Writer he doesn't want to write down
  55            <TT>SeqEntry</TT> (if any)
  56       <LI> Allow user to tell the Writer he doesn't want to write down
  57            <TT>Shadow groups</TT> (if any)
  58       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to split a
  59            <TT>Multiframe</TT> image into a serie of
  60            <TT>Single frame</TT> images.
  61       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to agregate a
  62            Serie of <TT>Single frame</TT> images into a
  63            <TT>Multiframe</TT> image.
  64    </UL>
  65 <LI>Reader / Writer
  66    <UL>
  67       <LI> Full <TT>Icon Image</TT> management (Read and Write)
  68       <LI> Full <TT>Overlays</TT> management (Read and Write) <br>
  69            both for '<TT>ACR-NEMA</TT> style' (using groups <TT>0x6000</TT>
  70             and next) and '<TT>DICOM V3</TT> style' (using Sequences)
  71    </UL>
  72 <LI> <TT>DICOMDIR</TT>
  73     <UL>
  74       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> full management (not limited to
  75            <TT> PATIENT</TT>/<TT>STUDY</TT>/<TT>SERIE</TT>/<TT>IMAGE</TT>)
  76       <LI> Allow user to add an entry (belonging to the file header Dicom
  77            entries)to the default entry list, before
  78            making a <TT>DICOMDIR</TT> from a root directory
  79       <LI> Allow user to add an entry of his owns (for instance an <TT>Icon</TT>
  80            to each image, or to each Serie).
  81       </UL>
  82 <LI> SerieHelper
  83    <UL>
  84
  85       <LI> An accurate <TT>SerieHelper</TT> <br>
  86            Right now <TT>SerieHelper</TT> only works on 'bona fide Series', and
  87            breaks on wrongly forged Series.<br>
  88            We are still looking for any heuristics...
  89       <LI> A <TT>SerieHelper</TT> that would use the <TT>DICOMDIR</TT> (if any)
  90         instead of parsing all the files within the Root Directory
  91    </UL>
  92 <LI> Other
  93    <UL>
  94       <LI> 16-bits-LUT full Management
  95       <LI> User friendly management of <TT>Rescale Slope</TT> and
  96            <TT>Rescale Intercept</TT>.<br>
  97            (Well... Maybe it's up to the application to deal with it, not to
  98            gdcm ?)
  99       <LI> Allow manual adjunction / automatic recognition (pfff!...)
 100            of the private <TT>Dicom Dictionary</TT>
 101            to be used to parse <TT>Shadow groups</TT> against.
 102       <LI> User friendly way of anonymizing image when Patient's name is
 103            burnt-in within the Pixels :-(
 104    </UL>
 105 </UL>
 106 <!#######################################################################>
 107 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 108 <H2>
 109    <A CLASS="anchor" NAME="NewsCurrentVersion">
 110    <B>Current Version (CVS)</B></A>
 111       <B></B></A>
 112 </H2>
 113
 114 <UL>
 115    <LI> <A HREF="News.html#missing">Missing Features</a>
 116    <LI>State of the art
 117    <UL>
 118       <LI>
 119          <a href="uml-gdcmV1.2.pdf">gdcm UML Class Diagram</a> current version.
 120       <LI> <a href= "DocCVS/html.user/index.html">User Documentation</a>
 121       <LI> <a href= "DocCVS/html.developper/index.html">Developper
 122          Documentation</a>
 123    <LI> New Features
 124
 125    <UL>
 126       <LI> To be able to use gdcm1.3.x and ITK, developer is now allowed to
 127       choose his own namespace for gdcm at CMake time : see GDCM_NAME_SPACE
 128       option.
 129       <LI> JPEG and JPEG2000 compression writting are now available.
 130        see Examples/WriteDicomAsJPEG.cxx and Examples/WriteDicomAsJPEG2000.cxx
 131       <LI> To <i>try to</i> make gdcm images PACS usable, user is now allowed to
 132            gdcm what kind of image he wants to write, using :  <br>
 133    <TT>void FileHelper::SetContentType (ImageContentType c);</TT> <br>
 134    Four different types are identify (probabely more will be added) :
 135       <UL>
 136          <LI>
 137       1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.<br>
 138           c : <TT>USER_OWN_IMAGE</TT>
 139          <LI>
 140       2) user modified the pixels of an existing image, using mathematical operations.<br>
 141           c : <TT>FILTERED_IMAGE</TT>
 142          <LI>
 143       3) user created a new image, using existing images (eg MIP, MPR, cartography image)<br>
 144           c : <TT>CREATED_IMAGE</TT>
 145          <LI>
 146        4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization, etc)<br>
 147          c : <TT>UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE</TT>
 148       </UL>
 149       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 150            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 151            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now.
 152            Should have been considered as a 'Bug Fix'.<br>
 153            Actually, it's an API breaking modification ...
 154       <UL>
 155          <LI>
 156             <TT>std::string const &DataEntry::GetString() const</TT><br>
 157             returns as a string (when possible) the value of the DataEntry
 158          <LI>
 159             <TT>void DataEntry::SetString(std::string const &value)</TT><br>
 160              Sets the 'value' of a DataEntry, passed as a std::string
 161          <LI>
 162             <TT>void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self ) </TT><br>
 163              Sets the value (non string) of the current Dicom DataEntry
 164          <LI>
 165               <TT>void DataEntry::CopyBinArea( uint8_t *area, uint32_t length )</TT><br>
 166                Inserts the value (non string) into the current DataEntry
 167          <LI>
 168                <TT>void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id, const double
 169  &val)</TT><br>
 170                Inserts the elementary (non string) value into the current
 171                (multivaluated) DataEntry, at the <TT>id></TT> position.
 172          <LI>
 173                <TT>double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const </TT><br>
 174                returns, as a double one of the values (when entry is
 175                multivaluated), identified by its index <TT>id</TT>.
 176       </UL>
 177       <LI>
 178    <TT>DocEntrySet::GetEntryValue()</TT> replaced by
 179            <TT>DocEntrySet::GetEntryString()</TT> <br>
 180       <LI> SerieHelper : <br>
 181            Add some methods, to split a 'SingleSerieUID' Fileset into
 182            'Extra Coherent'  FileSets. <br>
 183            They return a std::map of 'Filesets' (actually : std::vector
 184            of gdcm::File*)<br>
 185            The key is the 'Orientation', the 'Position'
 186            or the value of a user choosen 'Tag' <br>
 187            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
 188               </TT><br>
 189            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
 190               </TT> <br>
 191            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
 192                                        uint16_t group, uint16_t element);
 193               </TT><br>
 194            These methods must be called by user, depending on what he wants
 195            to do, at application time.- *he* only  knows what his Series
 196            contain !-
 197       <LI> To avoid memory leaks and seg faults the user intended classes
 198            use now a Reference Counter.<br>
 199       <UL>
 200          <LI> <TT>new()</TT> and <TT>delete()</TT> are replaced by
 201               <TT>New()</TT> and <TT>Delete()</TT>
 202          <LI> <TT>Register()</TT> and <TT>Unregister()</TT> methods are
 203          available.
 204          <LI> --> Well ... People from ITK don't seem to agree too much with
 205              that feature.<br>
 206           They demand to be allowed to allocate gdcm objects in the stack as
 207           well, not only in the heap.
 208       </UL>
 209       <LI>
 210    </UL>
 211
 212    <LI> API breaking modifications (since previous version)
 213    <UL>
 214       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 215            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 216            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now. <br>
 217    <pre>
 218    ValEntry(DictEntry *e);
 219    BinEntry(DictEntry *e);
 220 -->DataEntry *New(uint16_t group,uint16_t elem, VRKey const &vr);
 221
 222    std::string const &ValEntry::GetValue() const;
 223    std::string const &BinEntry::GetValue() const;
 224 -->std::string const &DataEntry::GetString() const;
 225
 226    uint8_t *BinEntry::GetBinArea();
 227 -->uint8_t *DataEntry::GetBinArea();
 228
 229    void ValEntry::SetValue(std::string const &value);
 230    void BinEntry::SetValue(std::string const &value);
 231 -->void DataEntry::SetString(std::string const &value);
 232
 233    void BinEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 234 -->void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 235
 236    void ValEntry::CopyValEntry(uint16_t gr, uint16_t el);
 237 -->void DataEntry::CopyDataEntry(uint16_t gr, uint16_t el, VRKey const &vr);
 238 </pre>
 239
 240 <pre>
 241 Example :
 242
 243 old way :
 244         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 245         if( !p3 ) return false;
 246         ContentEntry *entry2 = dynamic_cast<ContentEntry *>(p3);
 247         std::string thickness = entry2->GetValue();
 248
 249 new way :
 250         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 251         if( !p3 ) return false;
 252         DataEntry *entry2 = dynamic_cast<DataEntry *>(p3);
 253         std::string thickness = entry2->GetString();
 254
 255 </pre>
 256
 257 <LI> Avoid tons of CPU time consuming accesses to DICOM Dictionnary
 258 <pre>
 259    DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
 260 -->DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 261                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 262
 263    void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 264 -->void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 265                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 266
 267    void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 268 -->void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 269                                       const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 270
 271    void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 272 -->void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 273                                        const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 274 </pre>
 275 <LI> New features :
 276 <pre>
 277 For multivaluated numeric DataEntries
 278 -->void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id,const double &val);
 279 -->double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const;
 280 -->uint32_t DataEntry::GetValueCount() const;
 281
 282 For converting 'Decimal String'
 283 -->bool GetDSValue(std::vector &lt;double&gt; &valueVector);
 284 </pre>
 285
 286 <LI> Avoid too many source file modifications from gdcm1.2 to gdcm1.3
 287 <pre>
 288 use :
 289
 290 #define ValEntry                      DataEntry
 291 #define BinEntry                      DataEntry
 292
 293 #define GetEntryValue(g,e)            GetEntryString(g,e)
 294 #define GetEntryForcedAsciiValue(g,e) GetEntryString(g,e)
 295
 296 #define GetValEntry(g,e)              GetDataEntry(g,e)
 297 #define GetBinEntry(g,e)              GetDataEntry(g,e)
 298 #define GetValue()                    GetString()
 299
 300 #define InsertValEntry(v,g,e,vr)      InsertEntryString(v,g,e,vr) // warning mind the VR!
 301 #define InsertBinEntry(b,l,g,e,vr)    InsertEntryBinArea(b,l,g,e,vr)
 302
 303 #define SetValEntry(c,g,e)            SetEntryString(c,g,e)  | !!
 304 #define SetValEntry(c,en)             SetEntryString(c,en)   | !!
 305
 306 #define SetBinEntry(c,l,en)           SetEntryBinArea(c,l,en)   | !!
 307 #define SetBinEntry(c,l,g,e)          SetEntryBinArea(c,l,g,e)  | !!
 308
 309 #define NewValEntry(g,e,vr)           NewDataEntry(g,e,vr)
 310 #define NewBinEntry(g,e,vr)           NewDataEntry(g,e,vr)
 311
 312 </pre>
 313    </UL>
 314
 315    <LI> Bug fixes
 316    <UL>
 317       <LI> Implicit VR - Big Endian (G.E Private) Transfert Syntax 16 Bits
 318            images are now read correctly.
 319       <LI> File::GetZOrigin() returns accurate result in any case.
 320       <LI>
 321       <LI>
 322    </UL>
 323
 324    <LI> Known Bugs
 325    <UL>
 326       <LI> Use of <TT>Implicit Value Representation</TT> writting mode may
 327            causes troubles, when there are some <TT>SQ</TT> belonging to a
 328            <TT>Shadow Group</TT>. <br>
 329            Better you use <TT>Explicit Value Representation</TT> writting mode ...
 330       <LI> Troubles on 'Big endian' processors (i.e. Apple/Motorola, SunSparc
 331            ...) when writting 16 Bits images.
 332       <LI> Troubles on 64-bits processors.
 333       <LI>
 334       <LI>
 335    </UL>
 336
 337       <br><br>
 338  </UL>
 339
 340
 341
 342 <!#######################################################################>
 343 <A CLASS="anchor" NAME="NewsPreviousVersions">
 344 <!#######################################################################>
 345
 346 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 347 <H2>
 348    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_1">
 349       <B>Version 1.1 (September 14 2005)</B></A>
 350 </H2>
 351    <LI>State of the art
 352    <UL>
 353       <LI>
 354          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.1 UML Class Diagram</a> version.
 355       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation</a>
 356       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 357          Documentation</a>
 358    <LI> New Features
 359    <UL>
 360       <LI> Add the methods
 361          <TT>gdcm::Dict:AddDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 362         <br>and<br>
 363         <TT>gdcm::Dict::RemoveDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 364         <br>
 365         to allow user to choose the 'Private Dictionary' he wants to work with.
 366         <br>
 367         One can dream about a better API;<br>
 368         This one allow right now anybody to see very easyly if the use
 369         of a given private dicom dictionary is of any help or not.
 370         <br><br>
 371       <LI>
 372       <TT>PrintFile</TT> has now a new command line argument manager option :<br>
 373           <TT>dict=fullPathNamePrivateDictionaryFile</TT><br>
 374           to allow user to see with no extra coding what differences
 375           makes the use or not of a private Dicom Dictionary.<br>
 376           e.g. : use it as follow <br>
 377           <TT>PrintFile filein=myGEdicomFile.dcm
 378           dict=/user/userName/gdcm/Dicts/GEMS-Advance.dic</TT>
 379           <br><br>
 380       <LI>
 381           (Not a great one ...)
 382           Stupid method names : <br><TT>DicomDir::WriteDicomDir()</TT>
 383           and <TT>DicomDir::AnonymizeDicomDir()</TT> <br>replaced by : <br>
 384           <TT>DicomDir::Write()</TT>
 385           and <TT>DicomDir::Anonymize()</TT>
 386           <br><br>
 387       <LI><TT>
 388           void Document::AddForceLoadElement(uint16_t group, uint16_t elem);
 389           </TT><br>
 390           allows user to tell <TT>gdcm::Document</TT> Loader he wants
 391           to force the loading of a given set of <TT>DocEntries</TT>,
 392           even if their length exceeds the current
 393           <TT>MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE</TT>.
 394           <br><br>
 395        <LI>
 396           Many users expect from <TT>vtkGdcmReader</TT> it 'orders' the images
 397           (that's the job of <TT>gdcm::SerieHelper</TT> ...)<br>
 398           When user <b>knows</b> the files with same Serie UID
 399           have same sizes, same 'pixel' type, same color convention, ...
 400           the right way to proceed is as follow :
 401     <pre>
 402         gdcm::SerieHelper *sh= new gdcm::SerieHelper();
 403    //      if user wants *not* to load some parts of the file headers
 404         sh->SetLoadMode(loadMode);
 405
 406    //      if user wants *not* to load some files
 407         sh->AddRestriction(group, element, value, operator);
 408         sh->AddRestriction( ...
 409         sh->SetDirectory(directoryWithImages);
 410
 411    //      if user *knows* how to order his files
 412         sh->SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction);
 413    //      or/and
 414    //      if user wants to sort reverse order
 415         sh->SetSortOrderToReverse();
 416
 417    //      here, we suppose only the first 'Single SerieUID' Fileset is of interest
 418    //      Just iterate using sh->NextSingleSerieUIDFileSet()
 419    //      if you want to get all of them
 420         gdcm::FileList *l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 421
 422    //      if user is doesn't trust too much the files with same Serie UID
 423         if ( !sh->IsCoherent(l) )
 424            return; // not same sizes, or not same 'pixel type' -> stop
 425
 426         sh->OrderFileList(l);        // sort the list
 427
 428         vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 429    //      if user wants to modify pixel order (Mirror, TopDown, ...)
 430    //      he has to supply the function that does the job
 431    //      (a *very* simple example is given in vtkgdcmSerieViewer.cxx)
 432         reader->SetUserFunction (userSuppliedFunction);
 433
 434    //      to pass a 'Single SerieUID' Fileset as produced by gdcm::SerieHelper
 435         reader->SetCoherentFileList(l);
 436         reader->Update();
 437    </pre>
 438    You can see a full example in <TT>vtk/vtkgdcmSerieViewer.cxx</TT><br>
 439    e.g.<br>
 440
 441    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  mirror</TT><br>
 442    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse</TT><br>
 443    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse topdown</TT><br>
 444    </pre>
 445       <br>
 446
 447       <LI> <TT>vtkGdcmReader::SetUserFunction (userSuppliedFunction)</TT><br>
 448            with :<br>
 449            <TT>void userSuppliedFunction(uint8_t *imageData, File *f);</TT><br>
 450            allows user to reorganize the pixels of each image just after reading
 451            it (to mirror, or topdown the image, for instance)<br>
 452            Note : <TT>uint8_t *</TT> doesn't mean it works only on 8 Bits images.
 453            <br> It's for prototyping. Feel free to cast it.
 454            <br><br>
 455       <LI> <TT>
 456            SerieHelper::SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction)
 457            </TT><br> with : <br>
 458            <TT>bool userSuppliedComparisonFunction(File *, File *);</TT><br>
 459            allows user -when he knows more about his files than gdcm does-
 460            to give his own comparison function.
 461       <LI> <TT>SerieHelper::SetSortOrderToReverse</TT> allows user to ask
 462            to sort the Files reverse order.
 463       <LI> <TT>SerieHelper::AddRestriction</TT> has now a new constructor<br>
 464            <TT>AddRestriction(group, element, value, operator);</TT><br>
 465            allows user to exclude some files from the sorting, according to
 466            any comparison operator <br>
 467            (<TT>GDCM_EQUAL</TT>, <TT>GDCM_DIFFERENT</TT>,
 468            <TT>GDCM_GREATER</TT>, <TT>GDCM_GREATEROREQUAL</TT>,
 469            <TT>GDCM_LESS</TT>, <TT>GDCM_LESSOREQUAL</TT>), not only on the
 470            equality.
 471            <br><br>
 472       <LI> <TT>AnonymizeNoLoad</TT> used with <TT>dirin=inputDirectoryName</TT>
 473            anonymizes all the files within the given Directory.
 474            <br>
 475            User may also choose extra elements he wants to rub out: <br>
 476            <TT>rubout=listOfElementsToRubOut</TT><br>
 477            with <tt>listOfElementsToRubOut : group1-elem1,group2-elem2,
 478            ...</TT> (in hexa, no space within the list )
 479            <br><br>
 480       <LI> <TT>gdcm::SerieHelper()</TT> has a new method
 481            <TT>void AddGdcmFile(File *header)</TT>, that allows aware user to
 482            create a '<TT>FileList</TT>' (actually a
 483            <TT>std::vector< File* > </TT>).<br>
 484            The <TT>FileList</TT> created this way will be the
 485            'first one' in the <TT>gdcm::FileHelper()</TT> (retrieve it with
 486            <TT>FileList *GetFirstCoherentFileList()</TT> ).<br>
 487            It may be sorted using <TT>OrderFileList</TT>.<br>
 488            No 'coherence check' will be performed on this <TT>FileList</TT>
 489            before sorting.<br>
 490            It may be passed to a <TT>vtkGdcmReader</TT>
 491            (to avoid parsing twice the files)
 492            <br><br>
 493       <LI> <TT>vtkGdcmReader</TT> can now get the result of
 494            <TT>gdcm::SerieHelper</TT> (to avoid parsing twice the files)<br>
 495             Proceed as follow :<br>
 496            <pre>
 497            gdcmSerieHelper *sh = new gdcmSerieHelper();
 498            sh->SetDirectory(myImageDirectory, true);
 499            gdcmFileList *l = s->GetFirstCoherentFileList();
 500            s->OrderFileList(l);
 501
 502            vtkGdcmReader *gr = new vtkGdcmReader();
 503            gr->SetCoherentFileList(l);
 504            gr->Update();
 505            </pre>
 506            This works with a directory that contains only one '<TT>Serie</TT>'
 507            (same <TT>Serie UID</TT> for all the images).<br>
 508            If it contains more than one <TT>Serie</TT>, you'll have to loop
 509            on the Series, using <TT>GetNextCoherentFileList()</TT>;<br>
 510            It will be up to the user to delete the <TT>gdcm::File</TT>.
 511            <br><br>
 512            See <TT>vtkgdcmSerieViewer</TT> for an example.
 513            <br><br>
 514       <LI> Both <TT>vtkgdcmViewer</TT> and <TT>vtkgdcmViewer2</TT>
 515            are available to allow easy displaying of single/multiframe
 516            GreyLevel/RGB/PaletteColor images<br><br>
 517       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> anonymiser (<TT>Load</TT> and <TT>Noload</TT> mode)
 518            <br><br>
 519       <LI> Because the <TT>gdcm::DicomDir::Load()</TT> method may be used
 520            either for loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file or for
 521            parsing all the dicom files with a given root directory we
 522            syntaxically separated the operations: <br>
 523            For loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file, use : <br>
 524            <pre>
 525            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 526            d->SetFileName(fileName);
 527            d->Load( );
 528            </pre>
 529
 530            For parsing all the dicom files within a given root directory, use :<br>
 531            <pre>
 532            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 533            d->SetDirectoryName(dirName);
 534            d->Load( )
 535            </pre>
 536
 537            <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 538            <TT>
 539            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();<br>
 540            d->SetParseDir(true);   // </TT>or <TT>d->SetParseDir(false);<br>
 541            d->Load( fileName );<br>
 542            </TT>
 543            <br>
 544       <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor
 545            he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 546            (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 547            and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 548            (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 549            exists for this Group) <br>
 550            or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 551            <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 552            -'true length' Sequence-)<br>
 553            use : <br>
 554            <pre>
 555            gdcm::File *f = new gdcm::File();
 556                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 557                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 558                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the
 559                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | target file
 560             f->SetFileName(fileName);
 561             f->Load( );
 562             </pre>
 563             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 564             <TT>
 565             gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);</TT> <br>
 566             <br>
 567         <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::DicomDir</TT> constructor
 568              he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 569              (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 570              and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 571              (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 572              exists for this Group) <br>
 573              or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 574              <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 575              -'true length' Sequence-)<br>
 576              when he parses all the Dicom files within a given directory.<br>
 577              use : <br>
 578              <pre>
 579              gdcm::DicomDir *f = new gdcm::DicomDir();
 580                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 581                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 582                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the files
 583                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | within the root directory
 584              f->SetDirectoryName(rootDirectoryName);
 585              f->Load( );
 586             </pre>
 587             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 588             <TT>
 589             gdcm::DicomDir *dcmdir = new gdcm::DicomDir(dirName, true);</TT><br>
 590             <br>
 591    </UL>
 592
 593    <LI> Bug fixes
 594    <UL>
 595       <LI> No more trouble when the 'endianess' switches within Sequences.
 596       <LI> No more trouble with 'no length Sequences' belonging to a
 597            <TT>Shadow Group</TT> when they are 'Implicit VR'.
 598       <LI> The difference between <TT>MONOCHROME1</TT> (low values = bright,
 599             high values = dark) and <TT>MONOCHROME2</TT> (low values = dark,
 600             high values = bright) is now taken into account.<br>
 601             It's no longer up to the user to change the pixels value
 602       <LI> Writing a 'True Dicom' image after reading an <TT>ACR-NEMA</TT> image
 603            does not request any longer from the user to build up
 604            'manually' the Meta Elements group (<TT>0x0002</TT>)
 605       <LI> Old '24 Bits' <TT>ACR-NEMA</TT> are now correctly re-written
 606            in <TT>DICOM V3</TT> mode.
 607       <LI> Element <TT>0x0000</TT> of <TT>Shadow groups</TT> is always forced to be a
 608            <TT>ValEntry</TT> and its <TT>VR</TT> is forced to <TT>UL</TT>
 609       <br><br>
 610    </UL>
 611
 612    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>1.0</TT>)
 613    <UL>
 614       <LI> NEVER more API breaking modifications !!!
 615       <br><br>
 616    </UL>
 617
 618    <LI> Known bugs
 619    <UL>
 620
 621    </UL>
 622
 623 </UL>
 624
 625
 626
 627 <!#######################################################################>
 628 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 629 <H2>
 630    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_0">
 631       <B>Version 1.0 (Feb 14 2005)</B></A>
 632 </H2>
 633 <UL>
 634    <LI>State of the art
 635    <UL>
 636       <LI>
 637          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.0 UML Class Diagram</a> version.
 638       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 639       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 640          Documentation"</a>
 641       <LI> Final check of the jpeg sub-library: all 'classical' jpeg
 642         compressed Dicom files can be read<br>
 643       <LI>All the previously gdcm-breaker images are now readable<br>
 644       <LI> A huge number of memory leaks removed
 645       <LI> Improvement of write process
 646    </UL>
 647
 648
 649    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>0.6</TT>)
 650    <UL>
 651       <LI> Use of <TT> namespace</TT> : all the methods formerly named
 652           <TT>className::gdcmXxx()</TT> are now named <TT>className::Xxx()</TT>
 653           <br> End user will have to call them as <TT>gdcm::className::Xxx() </TT>
 654       <LI> a <TT>gdcm::Document</TT> is now specialized in :
 655       <UL>
 656          <LI> <TT>gdcm::DicomDir</TT>
 657          <LI> <TT>gdcm::File</TT>
 658       </UL>
 659       <LI> a <TT>gdcm::DicomElementSet</TT> is composed of a set of
 660             <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT>
 661       <LI> a <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT> can be :
 662       <UL>
 663          <LI> a <TT>gdcm::ContentEntry</TT>, specialized in :
 664          <UL>
 665             <LI> <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 666             <LI> <TT>gdcm::BinEntry</TT> (no longer a specialization of
 667                  <TT>gdcm::ValEntry</TT>)
 668         </UL>
 669       <LI> a <TT>gdcm::SeqEntry</TT>
 670       </UL>
 671       <LI> Removal of useless accessors <TT>GetXxxByname</TT>, <TT>SetXxxByname</TT>
 672       <LI> Renaming of accessors <TT>GetXxxByNumber</TT>, <TT>SetXxxByNumber</TT>
 673            as follow :
 674       <UL>
 675          <LI> <TT>GetEntryByNumber
 676                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 677                                           --> GetEntryValue</TT>
 678          <LI> <TT>GetEntryLengthByNumber  --> GetEntryLength</TT>
 679          <LI> <TT>GetEntryOffsetByNumber  --> GetEntryOffset</TT>
 680          <LI> <TT>GetEntryVRByNumber
 681                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;      --> GetEntryVR</TT>
 682          <LI>
 683          <LI> <TT>GetDocEntryByNumber
 684                   &nbsp;&nbsp;            --> GetDocEntry</TT>
 685          <LI> <TT>GetValEntryByNumber
 686                   &nbsp;&nbsp;            --> GetValEntry</TT>
 687          <LI> <TT>GetBinEntryByNumber
 688                   &nbsp;&nbsp;            --> GetBinEntry</TT>
 689          <LI> <TT>GetSeqEntryByNumber
 690                   &nbsp;&nbsp;            --> GetSeqEntry</TT>
 691        </UL>
 692    </UL>
 693 </UL>
 694
 695 <!#######################################################################>
 696 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 697 <H2>
 698    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_6">
 699       <B>Version 0.6 (June 8 2004)</B></A>
 700 </H2>
 701 <UL>
 702    This version will be used by Insight Tool Kit
 703    (<a href="http://www.itk.org">ITK</a> 2.0) at the beginning of 2005.<br>
 704     It's not yet packaged ...<br><br>
 705    <LI> <a href= "Doc0.6/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 706    <LI> <a href= "Doc0.6/html.developper/index.html">Developper Documentation"</a>
 707    <LI> The new <TT>gdcmDocument</TT> class is a parent class of
 708        <TT>gdcmHeader</TT> class and <TT>gdcmDicomDir</TT> class.
 709    <LI> Massive modifications in the Class Diagram :
 710    <UL>
 711       <LI> any dicom related file is a <TT>gdcmDocument</TT>
 712       <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> can be :
 713       <UL>
 714          <LI> a <TT>gdcmHeader</TT>, if it contains pixel data
 715          <LI> a <TT>gdcmDicomDir</TT>, if it contains only informations
 716               on the files in a given directory
 717       </UL>
 718
 719    <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>,
 720         composed of a set of <TT>gdcmEntry</TT> separated into :
 721       <UL>
 722       <LI> <TT>gdcmValEntry</TT><br>
 723            a specialization of <TT>gdcmValEntry</TT>, for 'non
 724            <TT>std::string</TT> representable' values is
 725            <TT>gdcmBinEntry</TT>
 726        <LI> <TT>gdcmSeqEntry</TT> (VR = <TT>SQ</TT>, i.e Dicom Sequences)<br>
 727              they are dealt as tree-like structures :<br>
 728              - a <TT>gdcmSeqEntry</TT> is considered as a set
 729              of <TT>gdcmSQItem</TT>,<br>
 730              - a <TT>gdcmSQItem</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>, composed
 731              of <TT>gdcmDocEntries</TT>, recursively <br>
 732       </UL>
 733    </UL>
 734    <LI> Improvement of the jpeg sub-library: jpeg
 735            compressed Dicom files (lossless and lossy)
 736            might be read (check-it out)
 737 </UL>
 738
 739 <!#######################################################################>
 740 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 741 <H2>
 742    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_4">
 743       <B>Version 0.4 (February 6 2004)</B></A>
 744 </H2>
 745 <UL>
 746
 747    <LI> <a href="Doc0.4/uml-gdcmV0.4.pdf">gdcm 0.4 UML Class Diagram</a>.
 748    <LI> <a href= "Doc0.4/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 749    <LI> <a href= "Doc0.4/html.developper/index.html">Developper Documentation </a>
 750
 751    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: some very simple jpeg-lossy
 752         compressed Dicom files might be working (check-it out).
 753    <LI> And also, fewer memory leaks, cleaned-up stl usage (should work
 754         with gcc-3.x), python disutil installer (see file setup.py)
 755         supporting both Swig and vtk wrapping.
 756    <LI> Introduction of a RLE (Run-Time Encoding) library
 757    <LI> Color images (RGB or Palette Color) are dealt with
 758    <LI> Confusing names <TT>gdcmPatient</TT>, <TT>gdcmStudy</TT>,
 759         <TT>gdcmSerie</TT>, <TT>gdcmPatient</TT> changed to
 760         <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>, <TT>gdcmDicomDirStudy</TT>,
 761         <TT>gdcmDicomDirSerie</TT>, <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>
 762
 763 </UL>
 764
 765 <!#######################################################################>
 766 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 767 <H2>
 768    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_3">
 769       <B>Version 0.3 (July 8 2003)</B></A>
 770 </H2>
 771 <UL>
 772    <LI> <TT>gdcmFile</TT> class now enables acces to the data
 773        i.e. the image[s] content. Previously only parsing of the
 774        Dicom header was available through usage of <TT>gdcmHeader</TT>
 775        class.
 776    <LI> a <A HREF="http://public.kitware.com/VTK/">VTK</A> plugin
 777        of gdcm is now available through the <TT>vtkGdcmReader</TT>
 778        vtk class (see it as a vtk wrapper of gdcm), which enables
 779        <UL>
 780          <LI> Loading of a single image,
 781          <LI> Loading of a stack of images from multiple Dicom files,
 782          <LI> this class is wrapped for vtkPython (by using native vtk
 783               wrappers).
 784        </UL>
 785    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: lossless-jpeg
 786         compressed Dicom files work.
 787 <LI> <TT>vtkgdcmViewer</TT> allows easy displaying of single/multiframe
 788      GreyLevel/RGB/PaletteColor images
 789 </UL>
 790
 791 <!#######################################################################>
 792 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 793 <H2>
 794    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_1">
 795       <B>Version 0.1 (April 1 2003)</B></A>
 796
 797 <!#######################################################################>
 798 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 799 <H2>
 800    <A CLASS="anchor" name="NewsVersion0_1">
 801       <B>Version 0.0 (March 14 2003)</B></A>
 802
 803 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADRESS>
 804
 805 </BODY>
 806 </HTML>