Doc/Website/News.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Gdcm News</TITLE>
   6 </HEAD>
   7
   8 <BODY>
   9
  10
  11 <!--#######################################################################-->
  12 <H1>Gdcm News</a></H1>
  13
  14 <!--#######################################################################-->
  15
  16 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
  17 <H2>
  18    <A CLASS="anchor" NAME="missing">
  19       <B>Missing features</B></A>
  20 </H2>
  21 We know the following are missing; don't loose time looking for them ...<br>
  22 We know they could be helpfull. We shall add them some day.<br>
  23 Any contribution is welcome.
  24 <UL>
  25 <LI> Decoders
  26    <UL>
  27       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>JPEG-LS</TT> encoded files.
  28       <UL>
  29           We said '<TT>JPEG-LS</TT>', not <i>Lossless Jpeg </i>...<br>
  30           [<TT>JPEG-LS</TT> is the basis for new lossless/near-lossless compression
  31           standard for continuous-tone images intended for <TT>JPEG2000</TT>.
  32           The standard is based on the LOCO-I algorithm
  33           (LOw COmplexity LOssless COmpression for Images)
  34           developed at Hewlett-Packard Laboratories]
  35      </UL>
  36       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>MPEG2</TT> encoded files.
  37
  38    </UL>
  39    <LI>Reader
  40    <UL>
  41       <LI> Allow user to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor he just wants
  42            to load a given list of <TT>DocEntries</TT>
  43            (to save CPU time and RAM space)
  44       <LI> Allow 'frame by frame' reading (should be helpfull for huge
  45            multiframe images)
  46       <LI> Allow subvolume selection / frames selection before reading.
  47       <LI> Expose Read/Decompression mechanisms to allow user getting
  48          information from <tt>DICOMDIR</TT> <br> -or from his own Data Base-
  49          and reading his images without parsing
  50          the header, one more time.
  51    </UL>
  52    <LI>Writer
  53    <UL>
  54       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to split a
  55            <TT>Multiframe</TT> image into a serie of
  56            <TT>Single frame</TT> images.
  57       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to agregate a
  58            Serie of <TT>Single frame</TT> images into a
  59            <TT>Multiframe</TT> image.
  60    </UL>
  61 <LI>Reader / Writer
  62    <UL>
  63       <LI> Full <TT>Icon Image</TT> management (Read and Write)
  64       <LI> Full <TT>Overlays</TT> management (Read and Write) <br>
  65            both for '<TT>ACR-NEMA</TT> style' (using groups <TT>0x6000</TT>
  66             and next) and '<TT>DICOM V3</TT> style' (using Sequences)
  67    </UL>
  68 <LI> <TT>DICOMDIR</TT>
  69     <UL>
  70       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> full management (not limited to
  71            <TT> PATIENT</TT>/<TT>STUDY</TT>/<TT>SERIE</TT>/<TT>IMAGE</TT>)
  72       <LI> Allow user to add an entry (belonging to the file header Dicom
  73            entries) to the default entry list, before
  74            making a <TT>DICOMDIR</TT> from a root directory
  75       <LI> Allow user to add an entry of his own (for instance an <TT>Icon</TT>
  76            to each image, or to each Serie).
  77       </UL>
  78 <LI> SerieHelper
  79    <UL>
  80
  81       <LI> An accurate <TT>SerieHelper</TT> <br>
  82            Right now <TT>SerieHelper</TT> only works on 'bona fide Series', and
  83            breaks on wrongly forged Series.<br>
  84            We are still looking for any heuristics...
  85       <LI> A <TT>SerieHelper</TT> that would use the <TT>DICOMDIR</TT> (if any)
  86         instead of parsing all the files within the Root Directory
  87    </UL>
  88 <LI> Other
  89    <UL>
  90       <LI> 16-bits-LUT full Management
  91       <LI> User friendly management of <TT>Rescale Slope</TT> and
  92            <TT>Rescale Intercept</TT>.<br>
  93            (Well... Maybe it's up to the application to deal with it, not to
  94            gdcm ?)
  95       <LI> Allow manual adjunction / automatic recognition (pfff!...)
  96            of the private <TT>Dicom Dictionary</TT>
  97            to be used to parse <TT>Shadow groups</TT> against.
  98       <LI> User friendly way of anonymizing image when Patient's name is
  99            burnt-in within the Pixels :-(  <br>
 100            --> In many cases, the burnt-in Patient's name, etc
 101                are actually stored as 'overlays'.<br>
 102               'Normal' reading doesn't load those type of overlays.
 103    </UL>
 104 </UL>
 105 <!#######################################################################>
 106 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 107 <H2>
 108    <A CLASS="anchor" NAME="NewsCurrentVersion">
 109    <B>Current Version (CVS)</B></A>
 110       <B></B></A>
 111 </H2>
 112
 113 <UL>
 114    <LI> <A HREF="News.html#missing">Missing Features</a>
 115    <LI>State of the art
 116    <UL>
 117       <LI>
 118          <a href="uml-gdcmV1.2.pdf">gdcm UML Class Diagram</a> current version.
 119       <LI> <a href= "DocCVS/html.user/index.html">User Documentation</a>
 120       <LI> <a href= "DocCVS/html.developper/index.html">Developper
 121          Documentation</a>
 122    <LI> New Features
 123
 124    <UL>
 125       <LI> To be able to use gdcm1.3.x and ITK, developer is now allowed to
 126       choose his own namespace for gdcm at CMake time : see GDCM_NAME_SPACE
 127       option.
 128       <LI> JPEG and JPEG2000 compression writting are now available.
 129        see Examples/WriteDicomAsJPEG.cxx and Examples/WriteDicomAsJPEG2000.cxx
 130       <LI> To <i>try to</i> make gdcm images PACS usable, user is now allowed to
 131            gdcm what kind of image he wants to write, using :  <br>
 132    <TT>void FileHelper::SetContentType (ImageContentType c);</TT> <br>
 133    Four different types are identifyed (probabely more will be added) :
 134       <UL>
 135          <LI>
 136       1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.<br>
 137           c : <TT>USER_OWN_IMAGE</TT>
 138          <LI>
 139       2) user modified the pixels of an existing image, using mathematical operations.<br>
 140           c : <TT>FILTERED_IMAGE</TT>
 141          <LI>
 142       3) user created a new image, using existing images (eg MIP, MPR, cartography image)<br>
 143           c : <TT>CREATED_IMAGE</TT>
 144          <LI>
 145        4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization, etc)<br>
 146          c : <TT>UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE</TT>
 147       </UL>
 148       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 149            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 150            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now.
 151            Should have been considered as a 'Bug Fix'.<br>
 152            Actually, it's an API breaking modification ...
 153       <UL>
 154          <LI>
 155             <TT>std::string const &DataEntry::GetString() const</TT><br>
 156             returns as a string (when possible) the value of the DataEntry
 157          <LI>
 158             <TT>void DataEntry::SetString(std::string const &value)</TT><br>
 159              Sets the 'value' of a DataEntry, passed as a std::string
 160          <LI>
 161             <TT>void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self ) </TT><br>
 162              Sets the value (non string) of the current Dicom DataEntry
 163          <LI>
 164               <TT>void DataEntry::CopyBinArea( uint8_t *area, uint32_t length )</TT><br>
 165                Inserts the value (non string) into the current DataEntry
 166          <LI>
 167                <TT>void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id, const double
 168  &val)</TT><br>
 169                Inserts the elementary (non string) value into the current
 170                (multivaluated) DataEntry, at the <TT>id></TT> position.
 171          <LI>
 172                <TT>double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const </TT><br>
 173                returns, as a double one of the values (when entry is
 174                multivaluated), identified by its index <TT>id</TT>.
 175       </UL>
 176       <LI>
 177    <TT>DocEntrySet::GetEntryValue()</TT> replaced by
 178            <TT>DocEntrySet::GetEntryString()</TT> <br>
 179       <LI> SerieHelper : <br>
 180            Add some methods, to split a 'SingleSerieUID' Fileset into
 181            'Extra Coherent'  FileSets. <br>
 182            They return a std::map of 'Filesets' (actually : std::vector
 183            of gdcm::File*)<br>
 184            The key is the 'Orientation', the 'Position'
 185            or the value of a user choosen 'Tag' <br>
 186            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
 187               </TT><br>
 188            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
 189               </TT> <br>
 190            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
 191                                        uint16_t group, uint16_t element);
 192               </TT><br>
 193            These methods must be called by user, depending on what he wants
 194            to do, at application time.- *he* only  knows what his Series
 195            contain !-
 196       <LI> To avoid memory leaks and seg faults the user intended classes
 197            use now a Reference Counter.<br>
 198       <UL>
 199          <LI> <TT>new()</TT> and <TT>delete()</TT> are replaced by
 200               <TT>New()</TT> and <TT>Delete()</TT>
 201          <LI> <TT>Register()</TT> and <TT>Unregister()</TT> methods are
 202          available.
 203          <LI> --> Well ... People from ITK don't seem to agree too much with
 204              that feature.<br>
 205           They demand to be allowed to allocate gdcm objects in the stack as
 206           well, not only in the heap.
 207       </UL>
 208       <LI>
 209    </UL>
 210
 211    <LI> API breaking modifications (since previous version)
 212    <UL>
 213       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 214            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 215            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now. <br>
 216    <pre>
 217    ValEntry(DictEntry *e);
 218    BinEntry(DictEntry *e);
 219 -->DataEntry *New(uint16_t group,uint16_t elem, VRKey const &vr);
 220
 221    std::string const &ValEntry::GetValue() const;
 222    std::string const &BinEntry::GetValue() const;
 223 -->std::string const &DataEntry::GetString() const;
 224
 225    uint8_t *BinEntry::GetBinArea();
 226 -->uint8_t *DataEntry::GetBinArea();
 227
 228    void ValEntry::SetValue(std::string const &value);
 229    void BinEntry::SetValue(std::string const &value);
 230 -->void DataEntry::SetString(std::string const &value);
 231
 232    void BinEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 233 -->void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 234
 235    void ValEntry::CopyValEntry(uint16_t gr, uint16_t el);
 236 -->void DataEntry::CopyDataEntry(uint16_t gr, uint16_t el, VRKey const &vr);
 237 </pre>
 238
 239 <pre>
 240 Example :
 241
 242 old way :
 243         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 244         if( !p3 ) return false;
 245         ContentEntry *entry2 = dynamic_cast<ContentEntry *>(p3);
 246         std::string thickness = entry2->GetValue();
 247
 248 new way :
 249         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 250         if( !p3 ) return false;
 251         DataEntry *entry2 = dynamic_cast<DataEntry *>(p3);
 252         std::string thickness = entry2->GetString();
 253
 254 </pre>
 255
 256 <LI> Avoid tons of CPU time consuming accesses to DICOM Dictionnary
 257 <pre>
 258    DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
 259 -->DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 260                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 261
 262    void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 263 -->void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 264                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 265
 266    void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 267 -->void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 268                                       const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 269
 270    void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 271 -->void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 272                                        const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 273 </pre>
 274 <LI> New features :
 275 <pre>
 276 For multivaluated numeric DataEntries
 277 -->void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id,const double &val);
 278 -->double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const;
 279 -->uint32_t DataEntry::GetValueCount() const;
 280
 281 For converting 'Decimal String'
 282 -->bool GetDSValue(std::vector &lt;double&gt; &valueVector);
 283 </pre>
 284
 285 <LI> Avoid too many source file modifications from gdcm1.2 to gdcm1.3
 286 <pre>
 287 use :
 288
 289 #define ValEntry                      DataEntry
 290 #define BinEntry                      DataEntry
 291
 292 #define GetEntryValue(g,e)            GetEntryString(g,e)
 293 #define GetEntryForcedAsciiValue(g,e) GetEntryString(g,e)
 294
 295 #define GetValEntry(g,e)              GetDataEntry(g,e)
 296 #define GetBinEntry(g,e)              GetDataEntry(g,e)
 297 #define GetValue()                    GetString()
 298
 299 #define InsertValEntry(v,g,e,vr)      InsertEntryString(v,g,e,vr) // warning mind the VR!
 300 #define InsertBinEntry(b,l,g,e,vr)    InsertEntryBinArea(b,l,g,e,vr)
 301
 302 #define SetValEntry(c,g,e)            SetEntryString(c,g,e)  | !!
 303 #define SetValEntry(c,en)             SetEntryString(c,en)   | !!
 304
 305 #define SetBinEntry(c,l,en)           SetEntryBinArea(c,l,en)   | !!
 306 #define SetBinEntry(c,l,g,e)          SetEntryBinArea(c,l,g,e)  | !!
 307
 308 #define NewValEntry(g,e,vr)           NewDataEntry(g,e,vr)
 309 #define NewBinEntry(g,e,vr)           NewDataEntry(g,e,vr)
 310
 311 </pre>
 312    </UL>
 313
 314    <LI> Bug fixes
 315    <UL>
 316       <LI> Implicit VR - Big Endian (G.E Private) Transfert Syntax 16 Bits
 317            images are now read correctly.
 318       <LI> File::GetZOrigin() returns accurate result in any case.
 319       <LI>
 320       <LI>
 321    </UL>
 322
 323    <LI> Known Bugs
 324    <UL>
 325       <LI> Use of <TT>Implicit Value Representation</TT> writting mode may
 326            causes troubles, when there are some <TT>SQ</TT> belonging to a
 327            <TT>Shadow Group</TT>. <br>
 328            Better you use <TT>Explicit Value Representation</TT> writting mode ...
 329       <LI> Troubles on 'Big endian' processors (i.e. Apple/Motorola, SunSparc
 330            ...) when writting 16 Bits images.
 331       <LI> Troubles on 64-bits processors.
 332       <LI>
 333       <LI>
 334    </UL>
 335
 336       <br><br>
 337  </UL>
 338
 339
 340
 341 <!#######################################################################>
 342 <A CLASS="anchor" NAME="NewsPreviousVersions">
 343 <!#######################################################################>
 344 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 345 <H2>
 346    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_2">
 347       <B>Version 1.2 </B></A>
 348 </H2>
 349    <LI>State of the art
 350    <UL>
 351       <LI>
 352          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.2 UML Class Diagram</a> version
 353       (same as 1.1)
 354       <LI> This is the Class Diagram of the version used within ITK.
 355            (Hope we unify CVS version and ITK version, some day!)
 356
 357 <!#######################################################################>
 358
 359 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 360 <H2>
 361    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_1">
 362       <B>Version 1.1 (September 14 2005)</B></A>
 363 </H2>
 364    <LI>State of the art
 365    <UL>
 366       <LI>
 367          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.1 UML Class Diagram</a> version.
 368       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation</a>
 369       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 370          Documentation</a>
 371    <LI> New Features
 372    <UL>
 373       <LI> Add the methods
 374          <TT>gdcm::Dict:AddDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 375         <br>and<br>
 376         <TT>gdcm::Dict::RemoveDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 377         <br>
 378         to allow user to choose the 'Private Dictionary' he wants to work with.
 379         <br>
 380         One can dream about a better API;<br>
 381         This one allow right now anybody to see very easyly if the use
 382         of a given private dicom dictionary is of any help or not.
 383         <br><br>
 384       <LI>
 385       <TT>PrintFile</TT> has now a new command line argument manager option :<br>
 386           <TT>dict=fullPathNamePrivateDictionaryFile</TT><br>
 387           to allow user to see with no extra coding what differences
 388           makes the use or not of a private Dicom Dictionary.<br>
 389           e.g. : use it as follow <br>
 390           <TT>PrintFile filein=myGEdicomFile.dcm
 391           dict=/user/userName/gdcm/Dicts/GEMS-Advance.dic</TT>
 392           <br><br>
 393       <LI>
 394           (Not a great one ...)
 395           Stupid method names : <br><TT>DicomDir::WriteDicomDir()</TT>
 396           and <TT>DicomDir::AnonymizeDicomDir()</TT> <br>replaced by : <br>
 397           <TT>DicomDir::Write()</TT>
 398           and <TT>DicomDir::Anonymize()</TT>
 399           <br><br>
 400       <LI><TT>
 401           void Document::AddForceLoadElement(uint16_t group, uint16_t elem);
 402           </TT><br>
 403           allows user to tell <TT>gdcm::Document</TT> Loader he wants
 404           to force the loading of a given set of <TT>DocEntries</TT>,
 405           even if their length exceeds the current
 406           <TT>MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE</TT>.
 407           <br><br>
 408        <LI>
 409           Many users expect from <TT>vtkGdcmReader</TT> it 'orders' the images
 410           (that's the job of <TT>gdcm::SerieHelper</TT> ...)<br>
 411           When user <b>knows</b> the files with same Serie UID
 412           have same sizes, same 'pixel' type, same color convention, ...
 413           the right way to proceed is as follow :
 414     <pre>
 415         gdcm::SerieHelper *sh= new gdcm::SerieHelper();
 416    //      if user wants *not* to load some parts of the file headers
 417         sh->SetLoadMode(loadMode);
 418
 419    //      if user wants *not* to load some files
 420         sh->AddRestriction(group, element, value, operator);
 421         sh->AddRestriction( ...
 422         sh->SetDirectory(directoryWithImages);
 423
 424    //      if user *knows* how to order his files
 425         sh->SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction);
 426    //      or/and
 427    //      if user wants to sort reverse order
 428         sh->SetSortOrderToReverse();
 429
 430    //      here, we suppose only the first 'Single SerieUID' Fileset is of interest
 431    //      Just iterate using sh->NextSingleSerieUIDFileSet()
 432    //      if you want to get all of them
 433         gdcm::FileList *l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 434
 435    //      if user is doesn't trust too much the files with same Serie UID
 436         if ( !sh->IsCoherent(l) )
 437            return; // not same sizes, or not same 'pixel type' -> stop
 438
 439         sh->OrderFileList(l);        // sort the list
 440
 441         vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 442    //      if user wants to modify pixel order (Mirror, TopDown, ...)
 443    //      he has to supply the function that does the job
 444    //      (a *very* simple example is given in vtkgdcmSerieViewer.cxx)
 445         reader->SetUserFunction (userSuppliedFunction);
 446
 447    //      to pass a 'Single SerieUID' Fileset as produced by gdcm::SerieHelper
 448         reader->SetCoherentFileList(l);
 449         reader->Update();
 450    </pre>
 451    You can see a full example in <TT>vtk/vtkgdcmSerieViewer.cxx</TT><br>
 452    e.g.<br>
 453
 454    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  mirror</TT><br>
 455    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse</TT><br>
 456    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse topdown</TT><br>
 457    </pre>
 458       <br>
 459
 460       <LI> <TT>vtkGdcmReader::SetUserFunction (userSuppliedFunction)</TT><br>
 461            with :<br>
 462            <TT>void userSuppliedFunction(uint8_t *imageData, File *f);</TT><br>
 463            allows user to reorganize the pixels of each image just after reading
 464            it (to mirror, or topdown the image, for instance)<br>
 465            Note : <TT>uint8_t *</TT> doesn't mean it works only on 8 Bits images.
 466            <br> It's for prototyping. Feel free to cast it.
 467            <br><br>
 468       <LI> <TT>
 469            SerieHelper::SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction)
 470            </TT><br> with : <br>
 471            <TT>bool userSuppliedComparisonFunction(File *, File *);</TT><br>
 472            allows user -when he knows more about his files than gdcm does-
 473            to give his own comparison function.
 474       <LI> <TT>SerieHelper::SetSortOrderToReverse</TT> allows user to ask
 475            to sort the Files reverse order.
 476       <LI> <TT>SerieHelper::AddRestriction</TT> has now a new constructor<br>
 477            <TT>AddRestriction(group, element, value, operator);</TT><br>
 478            allows user to exclude some files from the sorting, according to
 479            any comparison operator <br>
 480            (<TT>GDCM_EQUAL</TT>, <TT>GDCM_DIFFERENT</TT>,
 481            <TT>GDCM_GREATER</TT>, <TT>GDCM_GREATEROREQUAL</TT>,
 482            <TT>GDCM_LESS</TT>, <TT>GDCM_LESSOREQUAL</TT>), not only on the
 483            equality.
 484            <br><br>
 485       <LI> <TT>AnonymizeNoLoad</TT> used with <TT>dirin=inputDirectoryName</TT>
 486            anonymizes all the files within the given Directory.
 487            <br>
 488            User may also choose extra elements he wants to rub out: <br>
 489            <TT>rubout=listOfElementsToRubOut</TT><br>
 490            with <tt>listOfElementsToRubOut : group1-elem1,group2-elem2,
 491            ...</TT> (in hexa, no space within the list )
 492            <br><br>
 493       <LI> <TT>gdcm::SerieHelper()</TT> has a new method
 494            <TT>void AddGdcmFile(File *header)</TT>, that allows aware user to
 495            create a '<TT>FileList</TT>' (actually a
 496            <TT>std::vector< File* > </TT>).<br>
 497            The <TT>FileList</TT> created this way will be the
 498            'first one' in the <TT>gdcm::FileHelper()</TT> (retrieve it with
 499            <TT>FileList *GetFirstCoherentFileList()</TT> ).<br>
 500            It may be sorted using <TT>OrderFileList</TT>.<br>
 501            No 'coherence check' will be performed on this <TT>FileList</TT>
 502            before sorting.<br>
 503            It may be passed to a <TT>vtkGdcmReader</TT>
 504            (to avoid parsing twice the files)
 505            <br><br>
 506       <LI> <TT>vtkGdcmReader</TT> can now get the result of
 507            <TT>gdcm::SerieHelper</TT> (to avoid parsing twice the files)<br>
 508             Proceed as follow :<br>
 509            <pre>
 510            gdcmSerieHelper *sh = new gdcmSerieHelper();
 511            sh->SetDirectory(myImageDirectory, true);
 512            gdcmFileList *l = s->GetFirstCoherentFileList();
 513            s->OrderFileList(l);
 514
 515            vtkGdcmReader *gr = new vtkGdcmReader();
 516            gr->SetCoherentFileList(l);
 517            gr->Update();
 518            </pre>
 519            This works with a directory that contains only one '<TT>Serie</TT>'
 520            (same <TT>Serie UID</TT> for all the images).<br>
 521            If it contains more than one <TT>Serie</TT>, you'll have to loop
 522            on the Series, using <TT>GetNextCoherentFileList()</TT>;<br>
 523            It will be up to the user to delete the <TT>gdcm::File</TT>.
 524            <br><br>
 525            See <TT>vtkgdcmSerieViewer</TT> for an example.
 526            <br><br>
 527       <LI> Both <TT>vtkgdcmViewer</TT> and <TT>vtkgdcmViewer2</TT>
 528            are available to allow easy displaying of single/multiframe
 529            GreyLevel/RGB/PaletteColor images<br><br>
 530       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> anonymiser (<TT>Load</TT> and <TT>Noload</TT> mode)
 531            <br><br>
 532       <LI> Because the <TT>gdcm::DicomDir::Load()</TT> method may be used
 533            either for loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file or for
 534            parsing all the dicom files with a given root directory we
 535            syntaxically separated the operations: <br>
 536            For loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file, use : <br>
 537            <pre>
 538            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 539            d->SetFileName(fileName);
 540            d->Load( );
 541            </pre>
 542
 543            For parsing all the dicom files within a given root directory, use :<br>
 544            <pre>
 545            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 546            d->SetDirectoryName(dirName);
 547            d->Load( )
 548            </pre>
 549
 550            <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 551            <TT>
 552            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();<br>
 553            d->SetParseDir(true);   // </TT>or <TT>d->SetParseDir(false);<br>
 554            d->Load( fileName );<br>
 555            </TT>
 556            <br>
 557       <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor
 558            he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 559            (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 560            and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 561            (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 562            exists for this Group) <br>
 563            or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 564            <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 565            -'true length' Sequence-)<br>
 566            use : <br>
 567            <pre>
 568            gdcm::File *f = new gdcm::File();
 569                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 570                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 571                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the
 572                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | target file
 573             f->SetFileName(fileName);
 574             f->Load( );
 575             </pre>
 576             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 577             <TT>
 578             gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);</TT> <br>
 579             <br>
 580         <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::DicomDir</TT> constructor
 581              he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 582              (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 583              and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 584              (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 585              exists for this Group) <br>
 586              or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 587              <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 588              -'true length' Sequence-)<br>
 589              when he parses all the Dicom files within a given directory.<br>
 590              use : <br>
 591              <pre>
 592              gdcm::DicomDir *f = new gdcm::DicomDir();
 593                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 594                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 595                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the files
 596                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | within the root directory
 597              f->SetDirectoryName(rootDirectoryName);
 598              f->Load( );
 599             </pre>
 600             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 601             <TT>
 602             gdcm::DicomDir *dcmdir = new gdcm::DicomDir(dirName, true);</TT><br>
 603             <br>
 604    </UL>
 605
 606    <LI> Bug fixes
 607    <UL>
 608       <LI> No more trouble when the 'endianess' switches within Sequences.
 609       <LI> No more trouble with 'no length Sequences' belonging to a
 610            <TT>Shadow Group</TT> when they are 'Implicit VR'.
 611       <LI> The difference between <TT>MONOCHROME1</TT> (low values = bright,
 612             high values = dark) and <TT>MONOCHROME2</TT> (low values = dark,
 613             high values = bright) is now taken into account.<br>
 614             It's no longer up to the user to change the pixels value
 615       <LI> Writing a 'True Dicom' image after reading an <TT>ACR-NEMA</TT> image
 616            does not request any longer from the user to build up
 617            'manually' the Meta Elements group (<TT>0x0002</TT>)
 618       <LI> Old '24 Bits' <TT>ACR-NEMA</TT> are now correctly re-written
 619            in <TT>DICOM V3</TT> mode.
 620       <LI> Element <TT>0x0000</TT> of <TT>Shadow groups</TT> is always forced to be a
 621            <TT>ValEntry</TT> and its <TT>VR</TT> is forced to <TT>UL</TT>
 622       <br><br>
 623    </UL>
 624
 625    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>1.0</TT>)
 626    <UL>
 627       <LI> NEVER more API breaking modifications !!!
 628       <br><br>
 629    </UL>
 630
 631    <LI> Known bugs
 632    <UL>
 633
 634    </UL>
 635
 636 </UL>
 637
 638
 639
 640 <!#######################################################################>
 641 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 642 <H2>
 643    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_0">
 644       <B>Version 1.0 (Feb 14 2005)</B></A>
 645 </H2>
 646 <UL>
 647    <LI>State of the art
 648    <UL>
 649       <LI>
 650          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.0 UML Class Diagram</a> version.
 651       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 652       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 653          Documentation"</a>
 654       <LI> Final check of the jpeg sub-library: all 'classical' jpeg
 655         compressed Dicom files can be read<br>
 656       <LI>All the previously gdcm-breaker images are now readable<br>
 657       <LI> A huge number of memory leaks removed
 658       <LI> Improvement of write process
 659    </UL>
 660
 661
 662    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>0.6</TT>)
 663    <UL>
 664       <LI> Use of <TT> namespace</TT> : all the methods formerly named
 665           <TT>className::gdcmXxx()</TT> are now named <TT>className::Xxx()</TT>
 666           <br> End user will have to call them as <TT>gdcm::className::Xxx() </TT>
 667       <LI> a <TT>gdcm::Document</TT> is now specialized in :
 668       <UL>
 669          <LI> <TT>gdcm::DicomDir</TT>
 670          <LI> <TT>gdcm::File</TT>
 671       </UL>
 672       <LI> a <TT>gdcm::DicomElementSet</TT> is composed of a set of
 673             <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT>
 674       <LI> a <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT> can be :
 675       <UL>
 676          <LI> a <TT>gdcm::ContentEntry</TT>, specialized in :
 677          <UL>
 678             <LI> <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 679             <LI> <TT>gdcm::BinEntry</TT> (no longer a specialization of
 680                  <TT>gdcm::ValEntry</TT>)
 681         </UL>
 682       <LI> a <TT>gdcm::SeqEntry</TT>
 683       </UL>
 684       <LI> Removal of useless accessors <TT>GetXxxByname</TT>, <TT>SetXxxByname</TT>
 685       <LI> Renaming of accessors <TT>GetXxxByNumber</TT>, <TT>SetXxxByNumber</TT>
 686            as follow :
 687       <UL>
 688          <LI> <TT>GetEntryByNumber
 689                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 690                                           --> GetEntryValue</TT>
 691          <LI> <TT>GetEntryLengthByNumber  --> GetEntryLength</TT>
 692          <LI> <TT>GetEntryOffsetByNumber  --> GetEntryOffset</TT>
 693          <LI> <TT>GetEntryVRByNumber
 694                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;      --> GetEntryVR</TT>
 695          <LI>
 696          <LI> <TT>GetDocEntryByNumber
 697                   &nbsp;&nbsp;            --> GetDocEntry</TT>
 698          <LI> <TT>GetValEntryByNumber
 699                   &nbsp;&nbsp;            --> GetValEntry</TT>
 700          <LI> <TT>GetBinEntryByNumber
 701                   &nbsp;&nbsp;            --> GetBinEntry</TT>
 702          <LI> <TT>GetSeqEntryByNumber
 703                   &nbsp;&nbsp;            --> GetSeqEntry</TT>
 704        </UL>
 705    </UL>
 706 </UL>
 707
 708 <!#######################################################################>
 709 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 710 <H2>
 711    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_6">
 712       <B>Version 0.6 (June 8 2004)</B></A>
 713 </H2>
 714 <UL>
 715    This version will be used by Insight Tool Kit
 716    (<a href="http://www.itk.org">ITK</a> 2.0) at the beginning of 2005.<br>
 717     It's not yet packaged ...<br><br>
 718    <LI> <a href= "Doc0.6/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 719    <LI> <a href= "Doc0.6/html.developper/index.html">Developper Documentation"</a>
 720    <LI> The new <TT>gdcmDocument</TT> class is a parent class of
 721        <TT>gdcmHeader</TT> class and <TT>gdcmDicomDir</TT> class.
 722    <LI> Massive modifications in the Class Diagram :
 723    <UL>
 724       <LI> any dicom related file is a <TT>gdcmDocument</TT>
 725       <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> can be :
 726       <UL>
 727          <LI> a <TT>gdcmHeader</TT>, if it contains pixel data
 728          <LI> a <TT>gdcmDicomDir</TT>, if it contains only informations
 729               on the files in a given directory
 730       </UL>
 731
 732    <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>,
 733         composed of a set of <TT>gdcmEntry</TT> separated into :
 734       <UL>
 735       <LI> <TT>gdcmValEntry</TT><br>
 736            a specialization of <TT>gdcmValEntry</TT>, for 'non
 737            <TT>std::string</TT> representable' values is
 738            <TT>gdcmBinEntry</TT>
 739        <LI> <TT>gdcmSeqEntry</TT> (VR = <TT>SQ</TT>, i.e Dicom Sequences)<br>
 740              they are dealt as tree-like structures :<br>
 741              - a <TT>gdcmSeqEntry</TT> is considered as a set
 742              of <TT>gdcmSQItem</TT>,<br>
 743              - a <TT>gdcmSQItem</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>, composed
 744              of <TT>gdcmDocEntries</TT>, recursively <br>
 745       </UL>
 746    </UL>
 747    <LI> Improvement of the jpeg sub-library: jpeg
 748            compressed Dicom files (lossless and lossy)
 749            might be read (check-it out)
 750 </UL>
 751
 752 <!#######################################################################>
 753 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 754 <H2>
 755    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_4">
 756       <B>Version 0.4 (February 6 2004)</B></A>
 757 </H2>
 758 <UL>
 759
 760    <LI> <a href="Doc0.4/uml-gdcmV0.4.pdf">gdcm 0.4 UML Class Diagram</a>.
 761    <LI> <a href= "Doc0.4/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 762    <LI> <a href= "Doc0.4/html.developper/index.html">Developper Documentation </a>
 763
 764    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: some very simple jpeg-lossy
 765         compressed Dicom files might be working (check-it out).
 766    <LI> And also, fewer memory leaks, cleaned-up stl usage (should work
 767         with gcc-3.x), python disutil installer (see file setup.py)
 768         supporting both Swig and vtk wrapping.
 769    <LI> Introduction of a RLE (Run-Time Encoding) library
 770    <LI> Color images (RGB or Palette Color) are dealt with
 771    <LI> Confusing names <TT>gdcmPatient</TT>, <TT>gdcmStudy</TT>,
 772         <TT>gdcmSerie</TT>, <TT>gdcmPatient</TT> changed to
 773         <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>, <TT>gdcmDicomDirStudy</TT>,
 774         <TT>gdcmDicomDirSerie</TT>, <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>
 775
 776 </UL>
 777
 778 <!#######################################################################>
 779 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 780 <H2>
 781    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_3">
 782       <B>Version 0.3 (July 8 2003)</B></A>
 783 </H2>
 784 <UL>
 785    <LI> <TT>gdcmFile</TT> class now enables acces to the data
 786        i.e. the image[s] content. Previously only parsing of the
 787        Dicom header was available through usage of <TT>gdcmHeader</TT>
 788        class.
 789    <LI> a <A HREF="http://public.kitware.com/VTK/">VTK</A> plugin
 790        of gdcm is now available through the <TT>vtkGdcmReader</TT>
 791        vtk class (see it as a vtk wrapper of gdcm), which enables
 792        <UL>
 793          <LI> Loading of a single image,
 794          <LI> Loading of a stack of images from multiple Dicom files,
 795          <LI> this class is wrapped for vtkPython (by using native vtk
 796               wrappers).
 797        </UL>
 798    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: lossless-jpeg
 799         compressed Dicom files work.
 800 <LI> <TT>vtkgdcmViewer</TT> allows easy displaying of single/multiframe
 801      GreyLevel/RGB/PaletteColor images
 802 </UL>
 803
 804 <!#######################################################################>
 805 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 806 <H2>
 807    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_1">
 808       <B>Version 0.1 (April 1 2003)</B></A>
 809
 810 <!#######################################################################>
 811 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 812 <H2>
 813    <A CLASS="anchor" name="NewsVersion0_1">
 814       <B>Version 0.0 (March 14 2003)</B></A>
 815
 816 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADRESS>
 817
 818 </BODY>
 819 </HTML>