Doc/Website/News.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <HTML>
   3 <HEAD>
   4    <META http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
   5    <TITLE>Gdcm News</TITLE>
   6 </HEAD>
   7
   8 <BODY>
   9
  10
  11 <!--#######################################################################-->
  12 <H1>Gdcm News</a></H1>
  13
  14 <!--#######################################################################-->
  15
  16 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
  17 <H2>
  18    <A CLASS="anchor" NAME="missing">
  19       <B>Missing features</B></A>
  20 </H2>
  21 We know the following are missing; don't loose time looking for them ...<br>
  22 We know they could be helpfull. We shall add them some day.<br>
  23 Any contribution is welcome.
  24 <UL>
  25 <LI> Decoders
  26    <UL>
  27       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>JPEG-LS</TT> encoded files.
  28       <UL>
  29           We said '<TT>JPEG-LS</TT>', not Lossless Jpeg ...<br>
  30           [<TT>JPEG-LS</TT> is the basis for new lossless/near-lossless compression
  31           standard for continuous-tone images intended for <TT>JPEG2000</TT>.
  32           The standard is based on the LOCO-I algorithm
  33           (LOw COmplexity LOssless COmpression for Images)
  34           developed at Hewlett-Packard Laboratories]
  35      </UL>
  36      <LI> gdcm doesn't read yet all <TT>JPEG2000</TT> encoded files.
  37      <UL>
  38          But we are working on it (a lot of troubles with Jasper).
  39          Update: as of Oct 10 2005, we are currently investigating another library:
  40          openjpeg. The problem still exist for this library but one of the author
  41          is currently working on it:
  42             http://www.openjpeg.org/forum/viewtopic.php?t=18
  43       </UL>
  44       <LI> gdcm doesn't read yet <TT>MPEG2</TT> encoded files.
  45
  46    </UL>
  47    <LI>Reader
  48    <UL>
  49       <LI> Allow user to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor he just wants
  50            to load a given list of <TT>DocEntries</TT>
  51            (to save CPU time and RAM space)
  52       <LI> Allow 'frame by frame' reading (should be helpfull for huge
  53            multiframe images)
  54       <LI> Allow subvolume selection / frames selection before reading.
  55       <LI> Expose Read/Decompression mechanisms to allow user getting
  56          information from <tt>DICOMDIR</TT> <br> -or from his own Data Base-
  57          and reading his images without parsing
  58          the header, one more time.
  59    </UL>
  60    <LI>Writer
  61    <UL>
  62       <LI> Allow user to tell the Writer he doesn't want to write down
  63            <TT>SeqEntry</TT> (if any)
  64       <LI> Allow user to tell the Writer he doesn't want to write down
  65            <TT>Shadow groups</TT> (if any)
  66       <LI> Allow user to tell the Writer which compression mode he wants<br>
  67            (Right now, no one is available)
  68       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to split a
  69            <TT>Multiframe</TT> image into a serie of
  70            <TT>Single frame</TT> images.
  71       <LI> Allow user to tell the Writer he wants to agregate a
  72            Serie of <TT>Single frame</TT> images into a
  73            <TT>Multiframe</TT> image.
  74    </UL>
  75 <LI>Reader / Writer
  76    <UL>
  77       <LI> Full <TT>Icon Image</TT> management (Read and Write)
  78       <LI> Full <TT>Overlays</TT> management (Read and Write) <br>
  79            both for '<TT>ACR-NEMA</TT> style' (using groups <TT>0x6000</TT>
  80             and next) and '<TT>DICOM V3</TT> style' (using Sequences)
  81    </UL>
  82 <LI> <TT>DICOMDIR</TT>
  83     <UL>
  84       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> full management (not limited to
  85            <TT> PATIENT</TT>/<TT>STUDY</TT>/<TT>SERIE</TT>/<TT>IMAGE</TT>)
  86       <LI> Allow user to add an entry (belonging to the file header Dicom
  87            entries)to the default entry list, before
  88            making a <TT>DICOMDIR</TT> from a root directory
  89       <LI> Allow user to add an entry of his owns (for instance an <TT>Icon</TT>
  90            to each image, or to each Serie).
  91       </UL>
  92 <LI> SerieHelper
  93    <UL>
  94
  95       <LI> An accurate <TT>SerieHelper</TT> <br>
  96            Right now <TT>SerieHelper</TT> only works on 'bona fide Series', and
  97            breaks on wrongly forged Series.<br>
  98            We are still looking for any heuristics...
  99       <LI> A <TT>SerieHelper</TT> that would use the <TT>DICOMDIR</TT> (if any)
 100         instead of parsing all the files within the Root Directory
 101    </UL>
 102 <LI> Other
 103    <UL>
 104       <LI> 16-bits-LUT full Management
 105       <LI> User friendly management of <TT>Rescale Slope</TT> and
 106            <TT>Rescale Intercept</TT>.<br>
 107            (Well... Maybe it's up to the application to deal with it, not to
 108            gdcm ?)
 109       <LI> Allow manual adjunction / automatic recognition (pfff!...)
 110            of the private <TT>Dicom Dictionary</TT>
 111            to be used to parse <TT>Shadow groups</TT> against.
 112       <LI> User friendly way of anonymizing image when Patient's name is
 113            carved in the Pixels :-(
 114    </UL>
 115 </UL>
 116 <!#######################################################################>
 117 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 118 <H2>
 119    <A CLASS="anchor" NAME="NewsCurrentVersion">
 120    <B>Current Version (CVS)</B></A>
 121       <B></B></A>
 122 </H2>
 123
 124 <UL>
 125    <LI> <A HREF="News.html#missing">Missing Features</a>
 126    <LI>State of the art
 127    <UL>
 128       <LI>
 129          <a href="uml-gdcmV1.2.pdf">gdcm UML Class Diagram</a> current version.
 130       <LI> <a href= "DocCVS/html.user/index.html">User Documentation</a>
 131       <LI> <a href= "DocCVS/html.developper/index.html">Developper
 132          Documentation</a>
 133    <LI> New Features
 134    <UL>
 135       <LI> To <i>try to</i> make gdcm images PACS usable, user is now allowed to
 136            gdcm what kind of image he wants to write, using :  <br>
 137    <TT>void FileHelper::SetContentType (ImageContentType c);</TT> <br>
 138    Four different types are identify (probabely more will be added) :
 139       <UL>
 140          <LI>
 141       1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.<br>
 142           c : <TT>USER_OWN_IMAGE</TT>
 143          <LI>
 144       2) user modified the pixels of an existing image, using mathematical operations.<br>
 145           c : <TT>FILTERED_IMAGE</TT>
 146          <LI>
 147       3) user created a new image, using existing images (eg MIP, MPR, cartography image)<br>
 148           c : <TT>CREATED_IMAGE</TT>
 149          <LI>
 150        4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization, etc)<br>
 151          c : <TT>UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE</TT>
 152       </UL>
 153       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 154            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 155            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now.
 156            Should have been considered as a 'Bug Fix'.<br>
 157            Actually, it's an API breaking modification ...
 158       <UL>
 159          <LI>
 160             <TT>std::string const &DataEntry::GetString() const</TT><br>
 161             returns as a string (when possible) the value of the DataEntry
 162          <LI>
 163             <TT>void DataEntry::SetString(std::string const &value)</TT><br>
 164              Sets the 'value' of a DataEntry, passed as a std::string
 165          <LI>
 166             <TT>void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self ) </TT><br>
 167              Sets the value (non string) of the current Dicom DataEntry
 168          <LI>
 169               <TT>void DataEntry::CopyBinArea( uint8_t *area, uint32_t length )</TT><br>
 170                Inserts the value (non string) into the current DataEntry
 171          <LI>
 172                <TT>void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id, const double
 173  &val)</TT><br>
 174                Inserts the elementary (non string) value into the current
 175                (multivaluated) DataEntry, at the <TT>id></TT> position.
 176          <LI>
 177                <TT>double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const </TT><br>
 178                returns, as a double one of the values (when entry is
 179                multivaluated), identified by its index <TT>id</TT>.
 180       </UL>
 181       <LI>
 182    <TT>DocEntrySet::GetEntryValue()</TT> replaced by
 183            <TT>DocEntrySet::GetEntryString()</TT> <br>
 184       <LI> SerieHelper : <br>
 185            Add some methods, to split a 'SingleSerieUID' Fileset into
 186            'Extra Coherent'  FileSets. <br>
 187            They return a std::map of 'Filesets' (actually : std::vector
 188            of gdcm::File*)<br>
 189            The key is the 'Orientation', the 'Position'
 190            or the value of a user choosen 'Tag' <br>
 191            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
 192               </TT><br>
 193            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
 194               </TT> <br>
 195            -  <TT>XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
 196                                        uint16_t group, uint16_t element);
 197               </TT><br>
 198            These methods must be called by user, depending on what he wants
 199            to do, at application time.- *he* only  knows what his Series
 200            contain !-
 201       <LI> To avoid memory leaks and seg faults the user intended classes
 202            use now a Reference Counter.<br>
 203       <UL>
 204          <LI> <TT>new()</TT> and <TT>delete()</TT> are replaced by
 205               <TT>New()</TT> and <TT>Delete()</TT>
 206          <LI> <TT>Register()</TT> and <TT>Unregister()</TT> methods are
 207          available.
 208          <LI> --> Well ... People from ITK don't seem to agree too much with
 209              that feature.<br>
 210           They demand to be allowed to allocate gdcm objects in the stack as
 211           well, not only in the heap.
 212       </UL>
 213       <LI>
 214    </UL>
 215
 216    <LI> API breaking modifications (since previous version)
 217    <UL>
 218       <LI> Stupid difference between <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 219            and <TT>gdcm::BinEntry</TT> removed. <br>
 220            Only <TT>gdcm::DataEntry</TT> exist, now. <br>
 221    <pre>
 222    ValEntry(DictEntry *e);
 223    BinEntry(DictEntry *e);
 224 -->DataEntry *New(uint16_t group,uint16_t elem, VRKey const &vr);
 225
 226    std::string const &ValEntry::GetValue() const;
 227    std::string const &BinEntry::GetValue() const;
 228 -->std::string const &DataEntry::GetString() const;
 229
 230    uint8_t *BinEntry::GetBinArea();
 231 -->uint8_t *DataEntry::GetBinArea();
 232
 233    void ValEntry::SetValue(std::string const &value);
 234    void BinEntry::SetValue(std::string const &value);
 235 -->void DataEntry::SetString(std::string const &value);
 236
 237    void BinEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 238 -->void DataEntry::SetBinArea( uint8_t *area, bool self = true );
 239
 240    void ValEntry::CopyValEntry(uint16_t gr, uint16_t el);
 241 -->void DataEntry::CopyDataEntry(uint16_t gr, uint16_t el, VRKey const &vr);
 242 </pre>
 243 <LI> Avoid tons of CPU time consuming accesses to DICOM Dictionnary
 244 <pre>
 245    DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
 246 -->DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 247                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 248
 249    void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 250 -->void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 251                                         const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 252
 253    void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 254 -->void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 255                                       const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 256
 257    void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 258 -->void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 259                                        const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 260 </pre>
 261 CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0003,sop)
 262 <LI> New features :
 263 <pre>
 264 For multivaluated numeric DataEntries
 265 -->void DataEntry::SetValue(const uint32_t &id,const double &val);
 266 -->double DataEntry::GetValue(const uint32_t &id) const;
 267 -->uint32_t DataEntry::GetValueCount() const;
 268
 269 For converting 'Decimal String'
 270 -->bool GetDSValue(std::vector &lt;double&gt; &valueVector);
 271       </pre>
 272       <LI>
 273    </UL>
 274
 275    <LI> Bug fixes
 276    <UL>
 277       <LI> Implicit VR - Big Endian (G.E Private) Transfert Syntax 16 Bits
 278            images are now read correctly.
 279       <LI> File::GetZOrigin() returns accurate result in any case.
 280       <LI>
 281       <LI>
 282    </UL>
 283
 284    <LI> Known Bugs
 285    <UL>
 286       <LI> Use of <TT>Implicit Value Representation</TT> writting mode may
 287            causes troubles, when there are some <TT>SQ</TT> belonging to a
 288            <TT>Shadow Group</TT>. <br>
 289            Better you use <TT>Explicit Value Representation</TT> writting mode ...
 290       <LI> Troubles on 'Big endian' processors (i.e. Apple/Motorola, SunSparc
 291            ...) when writting 16 Bits images.
 292       <LI> Troubles on 64-bits processors.
 293       <LI>
 294       <LI>
 295    </UL>
 296
 297       <br><br>
 298  </UL>
 299
 300
 301
 302 <!#######################################################################>
 303 <A CLASS="anchor" NAME="NewsPreviousVersions">
 304 <!#######################################################################>
 305
 306 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 307 <H2>
 308    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_1">
 309       <B>Version 1.1 (September 14 2005)</B></A>
 310 </H2>
 311    <LI>State of the art
 312    <UL>
 313       <LI>
 314          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.1 UML Class Diagram</a> version.
 315       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation</a>
 316       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 317          Documentation</a>
 318    <LI> New Features
 319    <UL>
 320       <LI> Add the methods
 321          <TT>gdcm::Dict:AddDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 322         <br>and<br>
 323         <TT>gdcm::Dict::RemoveDict(std::string fullPathPrivateDictionaryFileName)</TT>
 324         <br>
 325         to allow user to choose the 'Private Dictionary' he wants to work with.
 326         <br>
 327         One can dream about a better API;<br>
 328         This one allow right now anybody to see very easyly if the use
 329         of a given private dicom dictionary is of any help or not.
 330         <br><br>
 331       <LI>
 332       <TT>PrintFile</TT> has now a new command line argument manager option :<br>
 333           <TT>dict=fullPathNamePrivateDictionaryFile</TT><br>
 334           to allow user to see with no extra coding what differences
 335           makes the use or not of a private Dicom Dictionary.<br>
 336           e.g. : use it as follow <br>
 337           <TT>PrintFile filein=myGEdicomFile.dcm
 338           dict=/user/userName/gdcm/Dicts/GEMS-Advance.dic</TT>
 339           <br><br>
 340       <LI>
 341           (Not a great one ...)
 342           Stupid method names : <br><TT>DicomDir::WriteDicomDir()</TT>
 343           and <TT>DicomDir::AnonymizeDicomDir()</TT> <br>replaced by : <br>
 344           <TT>DicomDir::Write()</TT>
 345           and <TT>DicomDir::Anonymize()</TT>
 346           <br><br>
 347       <LI><TT>
 348           void Document::AddForceLoadElement(uint16_t group, uint16_t elem);
 349           </TT><br>
 350           allows user to tell <TT>gdcm::Document</TT> Loader he wants
 351           to force the loading of a given set of <TT>DocEntries</TT>,
 352           even if their length exceeds the current
 353           <TT>MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE</TT>.
 354           <br><br>
 355        <LI>
 356           Many users expect from <TT>vtkGdcmReader</TT> it 'orders' the images
 357           (that's the job of <TT>gdcm::SerieHelper</TT> ...)<br>
 358           When user <b>knows</b> the files with same Serie UID
 359           have same sizes, same 'pixel' type, same color convention, ...
 360           the right way to proceed is as follow :
 361     <pre>
 362         gdcm::SerieHelper *sh= new gdcm::SerieHelper();
 363    //      if user wants *not* to load some parts of the file headers
 364         sh->SetLoadMode(loadMode);
 365
 366    //      if user wants *not* to load some files
 367         sh->AddRestriction(group, element, value, operator);
 368         sh->AddRestriction( ...
 369         sh->SetDirectory(directoryWithImages);
 370
 371    //      if user *knows* how to order his files
 372         sh->SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction);
 373    //      or/and
 374    //      if user wants to sort reverse order
 375         sh->SetSortOrderToReverse();
 376
 377    //      here, we suppose only the first 'Single SerieUID' Fileset is of interest
 378    //      Just iterate using sh->NextSingleSerieUIDFileSet()
 379    //      if you want to get all of them
 380         gdcm::FileList *l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 381
 382    //      if user is doesn't trust too much the files with same Serie UID
 383         if ( !sh->IsCoherent(l) )
 384            return; // not same sizes, or not same 'pixel type' -> stop
 385
 386         sh->OrderFileList(l);        // sort the list
 387
 388         vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 389    //      if user wants to modify pixel order (Mirror, TopDown, ...)
 390    //      he has to supply the function that does the job
 391    //      (a *very* simple example is given in vtkgdcmSerieViewer.cxx)
 392         reader->SetUserFunction (userSuppliedFunction);
 393
 394    //      to pass a 'Single SerieUID' Fileset as produced by gdcm::SerieHelper
 395         reader->SetCoherentFileList(l);
 396         reader->Update();
 397    </pre>
 398    You can see a full example in <TT>vtk/vtkgdcmSerieViewer.cxx</TT><br>
 399    e.g.<br>
 400
 401    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  mirror</TT><br>
 402    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse</TT><br>
 403    <TT>vtkgdcmSerieViewer dirname=Dentist  reverse topdown</TT><br>
 404    </pre>
 405       <br>
 406
 407       <LI> <TT>vtkGdcmReader::SetUserFunction (userSuppliedFunction)</TT><br>
 408            with :<br>
 409            <TT>void userSuppliedFunction(uint8_t *imageData, File *f);</TT><br>
 410            allows user to reorganize the pixels of each image just after reading
 411            it (to mirror, or topdown the image, for instance)<br>
 412            Note : <TT>uint8_t *</TT> doesn't mean it works only on 8 Bits images.
 413            <br> It's for prototyping. Feel free to cast it.
 414            <br><br>
 415       <LI> <TT>
 416            SerieHelper::SetUserLessThanFunction(userSuppliedComparisonFunction)
 417            </TT><br> with : <br>
 418            <TT>bool userSuppliedComparisonFunction(File *, File *);</TT><br>
 419            allows user -when he knows more about his files than gdcm does-
 420            to give his own comparison function.
 421       <LI> <TT>SerieHelper::SetSortOrderToReverse</TT> allows user to ask
 422            to sort the Files reverse order.
 423       <LI> <TT>SerieHelper::AddRestriction</TT> has now a new constructor<br>
 424            <TT>AddRestriction(group, element, value, operator);</TT><br>
 425            allows user to exclude some files from the sorting, according to
 426            any comparison operator <br>
 427            (<TT>GDCM_EQUAL</TT>, <TT>GDCM_DIFFERENT</TT>,
 428            <TT>GDCM_GREATER</TT>, <TT>GDCM_GREATEROREQUAL</TT>,
 429            <TT>GDCM_LESS</TT>, <TT>GDCM_LESSOREQUAL</TT>), not only on the
 430            equality.
 431            <br><br>
 432       <LI> <TT>AnonymizeNoLoad</TT> used with <TT>dirin=inputDirectoryName</TT>
 433            anonymizes all the files within the given Directory.
 434            <br>
 435            User may also choose extra elements he wants to rub out: <br>
 436            <TT>rubout=listOfElementsToRubOut</TT><br>
 437            with <tt>listOfElementsToRubOut : group1-elem1,group2-elem2,
 438            ...</TT> (in hexa, no space within the list )
 439            <br><br>
 440       <LI> <TT>gdcm::SerieHelper()</TT> has a new method
 441            <TT>void AddGdcmFile(File *header)</TT>, that allows aware user to
 442            create a '<TT>FileList</TT>' (actually a
 443            <TT>std::vector< File* > </TT>).<br>
 444            The <TT>FileList</TT> created this way will be the
 445            'first one' in the <TT>gdcm::FileHelper()</TT> (retrieve it with
 446            <TT>FileList *GetFirstCoherentFileList()</TT> ).<br>
 447            It may be sorted using <TT>OrderFileList</TT>.<br>
 448            No 'coherence check' will be performed on this <TT>FileList</TT>
 449            before sorting.<br>
 450            It may be passed to a <TT>vtkGdcmReader</TT>
 451            (to avoid parsing twice the files)
 452            <br><br>
 453       <LI> <TT>vtkGdcmReader</TT> can now get the result of
 454            <TT>gdcm::SerieHelper</TT> (to avoid parsing twice the files)<br>
 455             Proceed as follow :<br>
 456            <pre>
 457            gdcmSerieHelper *sh = new gdcmSerieHelper();
 458            sh->SetDirectory(myImageDirectory, true);
 459            gdcmFileList *l = s->GetFirstCoherentFileList();
 460            s->OrderFileList(l);
 461
 462            vtkGdcmReader *gr = new vtkGdcmReader();
 463            gr->SetCoherentFileList(l);
 464            gr->Update();
 465            </pre>
 466            This works with a directory that contains only one '<TT>Serie</TT>'
 467            (same <TT>Serie UID</TT> for all the images).<br>
 468            If it contains more than one <TT>Serie</TT>, you'll have to loop
 469            on the Series, using <TT>GetNextCoherentFileList()</TT>;<br>
 470            It will be up to the user to delete the <TT>gdcm::File</TT>.
 471            <br><br>
 472            See <TT>vtkgdcmSerieViewer</TT> for an example.
 473            <br><br>
 474       <LI> Both <TT>vtkgdcmViewer</TT> and <TT>vtkgdcmViewer2</TT>
 475            are available to allow easy displaying of single/multiframe
 476            GreyLevel/RGB/PaletteColor images<br><br>
 477       <LI> <TT>DICOMDIR</TT> anonymiser (<TT>Load</TT> and <TT>Noload</TT> mode)
 478            <br><br>
 479       <LI> Because the <TT>gdcm::DicomDir::Load()</TT> method may be used
 480            either for loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file or for
 481            parsing all the dicom files with a given root directory we
 482            syntaxically separated the operations: <br>
 483            For loading an already made <TT>DICOMDIR</TT> file, use : <br>
 484            <pre>
 485            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 486            d->SetFileName(fileName);
 487            d->Load( );
 488            </pre>
 489
 490            For parsing all the dicom files within a given root directory, use :<br>
 491            <pre>
 492            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();
 493            d->SetDirectoryName(dirName);
 494            d->Load( )
 495            </pre>
 496
 497            <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 498            <TT>
 499            gdcm::DicomDir *d = new gdcm::DicomDir();<br>
 500            d->SetParseDir(true);   // </TT>or <TT>d->SetParseDir(false);<br>
 501            d->Load( fileName );<br>
 502            </TT>
 503            <br>
 504       <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::Document</TT> constructor
 505            he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 506            (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 507            and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 508            (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 509            exists for this Group) <br>
 510            or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 511            <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 512            -'true length' Sequence-)<br>
 513            use : <br>
 514            <pre>
 515            gdcm::File *f = new gdcm::File();
 516                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 517                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 518                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the
 519                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | target file
 520             f->SetFileName(fileName);
 521             f->Load( );
 522             </pre>
 523             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 524             <TT>
 525             gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);</TT> <br>
 526             <br>
 527         <LI> User is now allowed to tell <TT>gdcm::DicomDir</TT> constructor
 528              he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT>
 529              (every time it's possible, i.e for 'true length' Sequences) <br>
 530              and/or he doesn't want to deal with <TT>Shadow groups</TT>
 531              (every time it's possible i.e. when element <TT>0x0000</TT>
 532              exists for this Group) <br>
 533              or he doesn't want to deal with <TT>SeqEntry</TT> that belong to a
 534              <TT>Shadow group</TT>  (every time it's possible
 535              -'true length' Sequence-)<br>
 536              when he parses all the Dicom files within a given directory.<br>
 537              use : <br>
 538              <pre>
 539              gdcm::DicomDir *f = new gdcm::DicomDir();
 540                   f->SetLoadMode(NO_SEQ);            | depending on what
 541                   f->SetLoadMode(NO_SHADOW);         | you want *not*
 542                   f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);| to load from the files
 543                   f->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);      | within the root directory
 544              f->SetDirectoryName(rootDirectoryName);
 545              f->Load( );
 546             </pre>
 547             <b>Don't</b> use any longer old deprecated style: <br>
 548             <TT>
 549             gdcm::DicomDir *dcmdir = new gdcm::DicomDir(dirName, true);</TT><br>
 550             <br>
 551    </UL>
 552
 553    <LI> Bug fixes
 554    <UL>
 555       <LI> No more trouble when the 'endianess' switches within Sequences.
 556       <LI> No more trouble with 'no length Sequences' belonging to a
 557            <TT>Shadow Group</TT> when they are 'Implicit VR'.
 558       <LI> The difference between <TT>MONOCHROME1</TT> (low values = bright,
 559             high values = dark) and <TT>MONOCHROME2</TT> (low values = dark,
 560             high values = bright) is now taken into account.<br>
 561             It's no longer up to the user to change the pixels value
 562       <LI> Writing a 'True Dicom' image after reading an <TT>ACR-NEMA</TT> image
 563            does not request any longer from the user to build up
 564            'manually' the Meta Elements group (<TT>0x0002</TT>)
 565       <LI> Old '24 Bits' <TT>ACR-NEMA</TT> are now correctly re-written
 566            in <TT>DICOM V3</TT> mode.
 567       <LI> Element <TT>0x0000</TT> of <TT>Shadow groups</TT> is always forced to be a
 568            <TT>ValEntry</TT> and its <TT>VR</TT> is forced to <TT>UL</TT>
 569       <br><br>
 570    </UL>
 571
 572    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>1.0</TT>)
 573    <UL>
 574       <LI> NEVER more API breaking modifications !!!
 575       <br><br>
 576    </UL>
 577
 578    <LI> Known bugs
 579    <UL>
 580
 581    </UL>
 582
 583 </UL>
 584
 585
 586
 587 <!#######################################################################>
 588 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 589 <H2>
 590    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion1_0">
 591       <B>Version 1.0 (Feb 14 2005)</B></A>
 592 </H2>
 593 <UL>
 594    <LI>State of the art
 595    <UL>
 596       <LI>
 597          <a href="Doc1.0/uml-gdcmV1.0.pdf">gdcm 1.0 UML Class Diagram</a> version.
 598       <LI> <a href= "Doc1.0/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 599       <LI> <a href= "Doc1.0/html.developper/index.html">Developper
 600          Documentation"</a>
 601       <LI> Final check of the jpeg sub-library: all 'classical' jpeg
 602         compressed Dicom files can be read<br>
 603       <LI>All the previously gdcm-breaker images are now readable<br>
 604       <LI> A huge number of memory leaks removed
 605       <LI> Improvement of write process
 606    </UL>
 607
 608
 609    <LI> A.P.I. breaking modifications (since previous version : <TT>0.6</TT>)
 610    <UL>
 611       <LI> Use of <TT> namespace</TT> : all the methods formerly named
 612           <TT>className::gdcmXxx()</TT> are now named <TT>className::Xxx()</TT>
 613           <br> End user will have to call them as <TT>gdcm::className::Xxx() </TT>
 614       <LI> a <TT>gdcm::Document</TT> is now specialized in :
 615       <UL>
 616          <LI> <TT>gdcm::DicomDir</TT>
 617          <LI> <TT>gdcm::File</TT>
 618       </UL>
 619       <LI> a <TT>gdcm::DicomElementSet</TT> is composed of a set of
 620             <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT>
 621       <LI> a <TT>gdcm::DicomDocEntry</TT> can be :
 622       <UL>
 623          <LI> a <TT>gdcm::ContentEntry</TT>, specialized in :
 624          <UL>
 625             <LI> <TT>gdcm::ValEntry</TT>
 626             <LI> <TT>gdcm::BinEntry</TT> (no longer a specialization of
 627                  <TT>gdcm::ValEntry</TT>)
 628         </UL>
 629       <LI> a <TT>gdcm::SeqEntry</TT>
 630       </UL>
 631       <LI> Removal of useless accessors <TT>GetXxxByname</TT>, <TT>SetXxxByname</TT>
 632       <LI> Renaming of accessors <TT>GetXxxByNumber</TT>, <TT>SetXxxByNumber</TT>
 633            as follow :
 634       <UL>
 635          <LI> <TT>GetEntryByNumber
 636                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 637                                           --> GetEntryValue</TT>
 638          <LI> <TT>GetEntryLengthByNumber  --> GetEntryLength</TT>
 639          <LI> <TT>GetEntryOffsetByNumber  --> GetEntryOffset</TT>
 640          <LI> <TT>GetEntryVRByNumber
 641                   &nbsp;&nbsp;&nbsp;      --> GetEntryVR</TT>
 642          <LI>
 643          <LI> <TT>GetDocEntryByNumber
 644                   &nbsp;&nbsp;            --> GetDocEntry</TT>
 645          <LI> <TT>GetValEntryByNumber
 646                   &nbsp;&nbsp;            --> GetValEntry</TT>
 647          <LI> <TT>GetBinEntryByNumber
 648                   &nbsp;&nbsp;            --> GetBinEntry</TT>
 649          <LI> <TT>GetSeqEntryByNumber
 650                   &nbsp;&nbsp;            --> GetSeqEntry</TT>
 651        </UL>
 652    </UL>
 653 </UL>
 654
 655 <!#######################################################################>
 656 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 657 <H2>
 658    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_6">
 659       <B>Version 0.6 (June 8 2004)</B></A>
 660 </H2>
 661 <UL>
 662    This version will be used by Insight Tool Kit
 663    (<a href="http://www.itk.org">ITK</a> 2.0) at the beginning of 2005.<br>
 664     It's not yet packaged ...<br><br>
 665    <LI> <a href= "Doc0.6/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 666    <LI> <a href= "Doc0.6/html.developper/index.html">Developper Documentation"</a>
 667    <LI> The new <TT>gdcmDocument</TT> class is a parent class of
 668        <TT>gdcmHeader</TT> class and <TT>gdcmDicomDir</TT> class.
 669    <LI> Massive modifications in the Class Diagram :
 670    <UL>
 671       <LI> any dicom related file is a <TT>gdcmDocument</TT>
 672       <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> can be :
 673       <UL>
 674          <LI> a <TT>gdcmHeader</TT>, if it contains pixel data
 675          <LI> a <TT>gdcmDicomDir</TT>, if it contains only informations
 676               on the files in a given directory
 677       </UL>
 678
 679    <LI> a <TT>gdcmDocument</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>,
 680         composed of a set of <TT>gdcmEntry</TT> separated into :
 681       <UL>
 682       <LI> <TT>gdcmValEntry</TT><br>
 683            a specialization of <TT>gdcmValEntry</TT>, for 'non
 684            <TT>std::string</TT> representable' values is
 685            <TT>gdcmBinEntry</TT>
 686        <LI> <TT>gdcmSeqEntry</TT> (VR = <TT>SQ</TT>, i.e Dicom Sequences)<br>
 687              they are dealt as tree-like structures :<br>
 688              - a <TT>gdcmSeqEntry</TT> is considered as a set
 689              of <TT>gdcmSQItem</TT>,<br>
 690              - a <TT>gdcmSQItem</TT> is_a <TT>gdcmElementSet</TT>, composed
 691              of <TT>gdcmDocEntries</TT>, recursively <br>
 692       </UL>
 693    </UL>
 694    <LI> Improvement of the jpeg sub-library: jpeg
 695            compressed Dicom files (lossless and lossy)
 696            might be read (check-it out)
 697 </UL>
 698
 699 <!#######################################################################>
 700 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 701 <H2>
 702    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_4">
 703       <B>Version 0.4 (February 6 2004)</B></A>
 704 </H2>
 705 <UL>
 706
 707    <LI> <a href="Doc0.4/uml-gdcmV0.4.pdf">gdcm 0.4 UML Class Diagram</a>.
 708    <LI> <a href= "Doc0.4/html.user/index.html">User Documentation"</a>
 709    <LI> <a href= "Doc0.4/html.developper/index.html">Developper Documentation </a>
 710
 711    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: some very simple jpeg-lossy
 712         compressed Dicom files might be working (check-it out).
 713    <LI> And also, fewer memory leaks, cleaned-up stl usage (should work
 714         with gcc-3.x), python disutil installer (see file setup.py)
 715         supporting both Swig and vtk wrapping.
 716    <LI> Introduction of a RLE (Run-Time Encoding) library
 717    <LI> Color images (RGB or Palette Color) are dealt with
 718    <LI> Confusing names <TT>gdcmPatient</TT>, <TT>gdcmStudy</TT>,
 719         <TT>gdcmSerie</TT>, <TT>gdcmPatient</TT> changed to
 720         <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>, <TT>gdcmDicomDirStudy</TT>,
 721         <TT>gdcmDicomDirSerie</TT>, <TT>gdcmDicomDirPatient</TT>
 722
 723 </UL>
 724
 725 <!#######################################################################>
 726 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 727 <H2>
 728    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_3">
 729       <B>Version 0.3 (July 8 2003)</B></A>
 730 </H2>
 731 <UL>
 732    <LI> <TT>gdcmFile</TT> class now enables acces to the data
 733        i.e. the image[s] content. Previously only parsing of the
 734        Dicom header was available through usage of <TT>gdcmHeader</TT>
 735        class.
 736    <LI> a <A HREF="http://public.kitware.com/VTK/">VTK</A> plugin
 737        of gdcm is now available through the <TT>vtkGdcmReader</TT>
 738        vtk class (see it as a vtk wrapper of gdcm), which enables
 739        <UL>
 740          <LI> Loading of a single image,
 741          <LI> Loading of a stack of images from multiple Dicom files,
 742          <LI> this class is wrapped for vtkPython (by using native vtk
 743               wrappers).
 744        </UL>
 745    <LI> Introduction of a jpeg sub-library: lossless-jpeg
 746         compressed Dicom files work.
 747 <LI> <TT>vtkgdcmViewer</TT> allows easy displaying of single/multiframe
 748      GreyLevel/RGB/PaletteColor images
 749 </UL>
 750
 751 <!#######################################################################>
 752 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 753 <H2>
 754    <A CLASS="anchor" NAME="NewsVersion0_1">
 755       <B>Version 0.1 (April 1 2003)</B></A>
 756
 757 <!#######################################################################>
 758 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADDRESS>
 759 <H2>
 760    <A CLASS="anchor" name="NewsVersion0_1">
 761       <B>Version 0.0 (March 14 2003)</B></A>
 762
 763 <HR size="1"><ADDRESS style="align: right;"></ADRESS>
 764
 765 </BODY>
 766 </HTML>