Example/Anonymize.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: Anonymize.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/06/15 13:18:50 $
   7   Version:   $Revision: 1.13 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22
  23 #include "gdcmArgMgr.h"
  24
  25 #include <iostream>
  26
  27
  28 /// \todo : AnonymizeDirectory
  29 ///         That should split the images : Patient/Study/Serie
  30 ///         and keeps coherent the StudyInstanceUID, SeriesInstanceUID
  31 ///         (Now, a new one is generated fore each image :-( )
  32 int main(int argc, char *argv[])
  33 {
  34    START_USAGE(usage)
  35    " \n Anonymize :\n                                                         ",
  36    " Anonymize a full gdcm-readable Dicom image                               ",
  37    "          Warning : probably segfaults if pixels are not gdcm readable.   ",
  38    "                    Use AnonymizeNoLoad instead.                          ",
  39    " usage: Anonymize filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName[debug]  ",
  40    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
  41    FINISH_USAGE
  42
  43    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  44    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  45
  46    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  47    {
  48       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  49       delete am;
  50       return 0;
  51    }
  52    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  53    if ( fileName == NULL )
  54    {
  55       delete am;
  56       return 0;
  57    }
  58
  59    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  60    if ( outputFileName == NULL )
  61    {
  62       delete am;
  63       return 0;
  64    }
  65    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  66       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  67
  68    // if unused Param we give up
  69    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  70    {
  71       am->ArgMgrUsage(usage);
  72       delete am;
  73       return 0;
  74    }
  75
  76    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  77
  78    // ============================================================
  79    //   Read the input file.
  80    // ============================================================
  81
  82    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  83
  84    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
  85    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL );
  86    f->SetFileName( fileName );
  87    int res = f->Load();
  88
  89    if ( !res )
  90    {
  91        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  92                  << "DICOM / ACR File" <<std::endl;
  93        f->Delete();
  94        return 0;
  95    }
  96    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  97
  98    // ============================================================
  99    //   Load the pixels in memory.
 100    // ============================================================
 101
 102    // We need a gdcm::FileHelper, since we want to load the pixels
 103    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 104
 105    // unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one !
 106    // Feel free to cast if you know it's not.
 107
 108    uint8_t *imageData = fh->GetImageData();
 109
 110    if ( imageData == 0 )
 111    {
 112        std::cerr << "Sorry, Pixels of" << fileName <<"  are not "
 113                  << " gdcm-readable."       << std::endl
 114                  << "Use exAnonymizeNoLoad" << std::endl;
 115        f->Delete();
 116        fh->Delete();
 117        return 0;
 118    }
 119
 120    // ============================================================
 121    //  Choose the fields to anonymize.
 122    // ============================================================
 123    // Institution name
 124    f->AddAnonymizeElement(0x0008, 0x0080, "Xanadoo");
 125    // Patient's name
 126    f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x0010, "Fantomas^X");
 127    // Patient's ID
 128    f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 129    // Study Instance UID
 130    f->AddAnonymizeElement(0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 131    // Telephone
 132    f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 133
 134    // Aware user will add here more fields to anonymize here
 135
 136    // The gdcm::File is modified in memory
 137
 138    f->AnonymizeFile();
 139
 140    // ============================================================
 141    //   Write a new file
 142    // ============================================================
 143
 144    // Since we just Anonymized the file, we know that no modification
 145    // was performed on the pixels.
 146    // The written image will not appear as a 'Secondary Captured image'
 147    // nor as a DERIVED one
 148
 149    fh->SetContentType(GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 150
 151    fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 152    std::cout <<"End Anonymize" << std::cout;
 153
 154    // ============================================================
 155    //   Remove the Anonymize list
 156    // ============================================================
 157    f->ClearAnonymizeList();
 158
 159    f->Delete();
 160    fh->Delete();
 161    return 0;
 162 }
 163