Example/AnonymizeDicomDir.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeDicomDir.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:04 $
   7   Version:   $Revision: 1.11 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmGlobal.h"
  19 #include "gdcmCommon.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22
  23 #include "gdcmSQItem.h"
  24 #include "gdcmSeqEntry.h"
  25 #include "gdcmDataEntry.h"
  26
  27 #include "gdcmDocument.h"
  28 #include "gdcmFile.h"
  29
  30 #include "gdcmArgMgr.h"
  31
  32 #include <iostream>
  33
  34 /**
  35  * \brief AnonymizeDicomDir
  36  */
  37
  38 void AnoNoLoad(GDCM_NAME_SPACE::SQItem *s, std::fstream *fp,
  39                uint16_t group, uint16_t elem,
  40                std::string val);
  41
  42 void AnoNoLoad(GDCM_NAME_SPACE::SQItem *s, std::fstream *fp,
  43                uint16_t group, uint16_t elem,
  44                std::string val)
  45 {
  46    GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *d;
  47    uint32_t offset;
  48    uint32_t lgth;
  49    uint32_t valLgth = 0;
  50    std::string *spaces;
  51    std::string v;
  52
  53    d = s->GetDocEntry( group, elem);
  54
  55    if ( d == NULL)
  56       return;
  57
  58    if ( ! dynamic_cast<GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *>(d) )
  59       return;
  60
  61    offset = d->GetOffset();
  62    lgth =   d->GetLength();
  63    if (valLgth < lgth)
  64    {
  65       spaces = new std::string( lgth-valLgth, ' ');
  66       v = val + *spaces;
  67       delete spaces;
  68    }
  69    fp->seekp( offset, std::ios::beg );
  70    fp->write( v.c_str(), lgth );
  71 }
  72
  73
  74 int main(int argc, char *argv[])
  75 {
  76
  77    START_USAGE(usage)
  78    " \n AnonymizeDicomDir :\n                                              ",
  79    " Anonymize a gdcm-readable DICOMDIR                                    ",
  80    "           even when some 'Objects' are not yet taken into account     ",
  81    "           Warning : the DICOMDIR is overwritten                       ",
  82    " usage: AnonymizeDicomDir filein=dicomDirName [debug]                  ",
  83    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode' ",
  84    FINISH_USAGE
  85
  86    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  87    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  88
  89    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  90    {
  91       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  92       delete am;
  93       return 0;
  94    }
  95
  96    char *fileName  = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  97
  98    // if unused Param we give up
  99    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 100    {
 101       am->ArgMgrUsage(usage);
 102       delete am;
 103       return 0;
 104    }
 105    delete am;  // --- we don't need Argument Manager any longer ---
 106
 107
 108    //   Read the input DICOMDIR
 109    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 110    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 111    f->SetLoadMode(0);
 112    f->SetFileName( fileName );
 113    bool res = f->Load();
 114    if ( !res )
 115    {
 116        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 117                  << "file" <<std::endl;
 118    }
 119    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 120
 121    // Look for Directory record sequence
 122    GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *e = f->GetDocEntry(0x0004, 0x1220);
 123    if ( !e )
 124    {
 125       std::cout << "No Directory Record Sequence (0004,1220) found" <<std::endl;;
 126       f->Delete();
 127       return 0;
 128    }
 129
 130    GDCM_NAME_SPACE::SeqEntry *s = dynamic_cast<GDCM_NAME_SPACE::SeqEntry *>(e);
 131    if ( !s )
 132    {
 133       std::cout << "Element (0004,1220) is not a Sequence ?!?" <<std::endl;
 134       f->Delete();
 135       return 0;
 136    }
 137
 138    // Open the file LTTG (aka ALAP)
 139    std::fstream *fp = new std::fstream(fileName,
 140                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary);
 141    GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *d;
 142    std::string v;
 143
 144    int patientNumber = 0;
 145    std::ostringstream oss;
 146
 147    GDCM_NAME_SPACE::SQItem *tmpSI=s->GetFirstSQItem();  // For all the SQItems
 148    while(tmpSI)
 149    {
 150       d = tmpSI->GetDocEntry(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type
 151       if ( GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *dataEntry =
 152       dynamic_cast<GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *>(d) )
 153       {
 154          v = dataEntry->GetString();
 155       }
 156       else
 157       {
 158          std::cout << "(0004,1430) not a DataEntry ?!?" << std::endl;
 159          continue;
 160       }
 161
 162       if( v != "PATIENT " )  // Work only on PATIENT
 163       {
 164          tmpSI=s->GetNextSQItem();
 165          continue;
 166       }
 167
 168       oss << patientNumber;
 169
 170       //   Overwrite the sensitive Entries
 171
 172       // Patient's Name
 173       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0010, oss.str());
 174       // Patient's ID
 175       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0020, oss.str());
 176       // Patient's Birth Date
 177       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0030, oss.str());
 178      // Telephone
 179       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x2154, oss.str());
 180
 181       // Aware use will add here more Entries if he wants to rubb them out
 182
 183       oss << "";
 184       patientNumber++;
 185       tmpSI=s->GetNextSQItem();
 186    }
 187
 188    // Close the file ASAP
 189
 190    fp->close();
 191
 192    delete fp;
 193    f->Delete();
 194    return 0;
 195 }
 196