Example/AnonymizeDicomDir.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeDicomDir.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/06/07 11:12:10 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmGlobal.h"
  19 #include "gdcmCommon.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22
  23 #include "gdcmSQItem.h"
  24 #include "gdcmSeqEntry.h"
  25 #include "gdcmValEntry.h"
  26
  27 #include "gdcmDocument.h"
  28 #include "gdcmFile.h"
  29
  30 #include "gdcmArgMgr.h"
  31
  32 #include <iostream>
  33
  34 void AnoNoLoad(gdcm::SQItem *s, std::fstream *fp,
  35                uint16_t group, uint16_t elem,
  36                std::string val);
  37
  38 void AnoNoLoad(gdcm::SQItem *s, std::fstream *fp,
  39                uint16_t group, uint16_t elem,
  40                std::string val)
  41 {
  42    gdcm::DocEntry *d;
  43    uint32_t offset;
  44    uint32_t lgth;
  45    uint32_t valLgth = 0;
  46    std::string *spaces;
  47    std::string v;
  48
  49    d = s->GetDocEntry( group, elem);
  50
  51    if ( d == NULL)
  52       return;
  53
  54    if ( ! dynamic_cast<gdcm::ValEntry *>(d) )
  55       return;
  56
  57    offset = d->GetOffset();
  58    lgth =   d->GetLength();
  59    if (valLgth < lgth)
  60    {
  61       spaces = new std::string( lgth-valLgth, ' ');
  62       v = val + *spaces;
  63       delete spaces;
  64    }
  65    fp->seekp( offset, std::ios::beg );
  66    fp->write( v.c_str(), lgth );
  67 }
  68
  69 int main(int argc, char *argv[])
  70 {
  71
  72    START_USAGE(usage)
  73    " \n AnonymizeDicomDir :\n",
  74    " Anonymize a gdcm-readable DICOMDIR ",
  75    "           even when some 'Objects' are not yet taken into account",
  76    "           Warning : the DICOMDIR is overwritten",
  77    " usage: AnonymizeDicomDir filein=dicomDirName [debug] ",
  78    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode' ",
  79    FINISH_USAGE
  80
  81    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  82    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  83
  84    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  85    {
  86       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  87       delete am;
  88       return 0;
  89    }
  90
  91    char *fileName  = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  92
  93    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  94
  95 // ============================================================
  96 //   Read the input DICOMDIR
  97 // ============================================================
  98
  99    gdcm::File *f1 = new gdcm::File( fileName );
 100    if (!f1->IsReadable()) {
 101        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 102                  << "file" <<std::endl;
 103    }
 104    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 105
 106    // Directory record sequence
 107    gdcm::DocEntry *e = f1->GetDocEntry(0x0004, 0x1220);
 108    if ( !e )
 109    {
 110       std::cout << "No Directory Record Sequence (0004,1220) found" <<std::endl;;
 111       delete f1;
 112       delete e;
 113       return 0;
 114    }
 115
 116    gdcm::SeqEntry *s = dynamic_cast<gdcm::SeqEntry *>(e);
 117    if ( !s )
 118    {
 119       std::cout << "Element (0004,1220) is not a Sequence ?!?" <<std::endl;
 120       delete f1;
 121       delete e;
 122       return 0;
 123    }
 124
 125    // Open the file LTTG (aka ALAP)
 126    std::fstream *fp = new std::fstream(fileName,
 127                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary);
 128    gdcm::DocEntry *d;
 129    std::string v;
 130
 131    int patientNumber = 0;
 132    std::ostringstream oss;
 133
 134    gdcm::SQItem *tmpSI=s->GetFirstSQItem();  // For all the SQItems
 135    while(tmpSI)
 136    {
 137       d = tmpSI->GetDocEntry(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type
 138       if ( gdcm::ValEntry* valEntry = dynamic_cast<gdcm::ValEntry *>(d) )
 139       {
 140          v = valEntry->GetValue();
 141       }
 142       else
 143       {
 144          std::cout << "(0004,1430) not a ValEntry ?!?" << std::endl;
 145          continue;
 146       }
 147
 148       if( v != "PATIENT " )
 149       {
 150          continue;          // Work only on PATIENT
 151       }
 152
 153       oss << patientNumber;
 154
 155       //   Overwrite the sensitive Entries
 156
 157       // Patient's Name
 158       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0010, oss.str());
 159       // Patient's ID
 160       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0020, oss.str());
 161       // Patient's Birth Date
 162       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0030, oss.str());
 163      // Telephone
 164       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x2154, oss.str());
 165
 166     // Aware use will add more Entries he wants to rubb out here
 167
 168       oss << "";
 169       patientNumber++;
 170       tmpSI=s->GetNextSQItem();
 171    }
 172
 173    // Close the file ASAP
 174
 175    fp->close();
 176
 177    delete fp;
 178    delete e;
 179    delete f1;
 180    return 0;
 181 }
 182