Example/AnonymizeDicomDir.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeDicomDir.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/07 17:31:53 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmGlobal.h"
  19 #include "gdcmCommon.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22
  23 #include "gdcmSQItem.h"
  24 #include "gdcmSeqEntry.h"
  25 #include "gdcmValEntry.h"
  26
  27 #include "gdcmDocument.h"
  28 #include "gdcmFile.h"
  29
  30 #include "gdcmArgMgr.h"
  31
  32 #include <iostream>
  33
  34 /**
  35  * \brief AnonymizeDicomDir
  36  */
  37
  38 void AnoNoLoad(gdcm::SQItem *s, std::fstream *fp,
  39                uint16_t group, uint16_t elem,
  40                std::string val);
  41
  42 void AnoNoLoad(gdcm::SQItem *s, std::fstream *fp,
  43                uint16_t group, uint16_t elem,
  44                std::string val)
  45 {
  46    gdcm::DocEntry *d;
  47    uint32_t offset;
  48    uint32_t lgth;
  49    uint32_t valLgth = 0;
  50    std::string *spaces;
  51    std::string v;
  52
  53    d = s->GetDocEntry( group, elem);
  54
  55    if ( d == NULL)
  56       return;
  57
  58    if ( ! dynamic_cast<gdcm::ValEntry *>(d) )
  59       return;
  60
  61    offset = d->GetOffset();
  62    lgth =   d->GetLength();
  63    if (valLgth < lgth)
  64    {
  65       spaces = new std::string( lgth-valLgth, ' ');
  66       v = val + *spaces;
  67       delete spaces;
  68    }
  69    fp->seekp( offset, std::ios::beg );
  70    fp->write( v.c_str(), lgth );
  71 }
  72
  73 int main(int argc, char *argv[])
  74 {
  75
  76    START_USAGE(usage)
  77    " \n AnonymizeDicomDir :\n",
  78    " Anonymize a gdcm-readable DICOMDIR ",
  79    "           even when some 'Objects' are not yet taken into account",
  80    "           Warning : the DICOMDIR is overwritten",
  81    " usage: AnonymizeDicomDir filein=dicomDirName [debug] ",
  82    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode' ",
  83    FINISH_USAGE
  84
  85    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  86    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  87
  88    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  89    {
  90       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  91       delete am;
  92       return 0;
  93    }
  94
  95    char *fileName  = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  96
  97    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  98
  99 // ============================================================
 100 //   Read the input DICOMDIR
 101 // ============================================================
 102
 103    gdcm::File *f;
 104    f = new gdcm::File( );
 105    f->SetLoadMode(0);
 106    f->SetFileName( fileName );
 107    bool res = f->Load();
 108    if ( !res )
 109    {
 110        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 111                  << "file" <<std::endl;
 112    }
 113    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 114
 115    // Directory record sequence
 116    gdcm::DocEntry *e = f->GetDocEntry(0x0004, 0x1220);
 117    if ( !e )
 118    {
 119       std::cout << "No Directory Record Sequence (0004,1220) found" <<std::endl;;
 120       delete f;
 121       delete e;
 122       return 0;
 123    }
 124
 125    gdcm::SeqEntry *s = dynamic_cast<gdcm::SeqEntry *>(e);
 126    if ( !s )
 127    {
 128       std::cout << "Element (0004,1220) is not a Sequence ?!?" <<std::endl;
 129       delete f;
 130       delete e;
 131       return 0;
 132    }
 133
 134    // Open the file LTTG (aka ALAP)
 135    std::fstream *fp = new std::fstream(fileName,
 136                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary);
 137    gdcm::DocEntry *d;
 138    std::string v;
 139
 140    int patientNumber = 0;
 141    std::ostringstream oss;
 142
 143    gdcm::SQItem *tmpSI=s->GetFirstSQItem();  // For all the SQItems
 144    while(tmpSI)
 145    {
 146       d = tmpSI->GetDocEntry(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type
 147       if ( gdcm::ValEntry* valEntry = dynamic_cast<gdcm::ValEntry *>(d) )
 148       {
 149          v = valEntry->GetValue();
 150       }
 151       else
 152       {
 153          std::cout << "(0004,1430) not a ValEntry ?!?" << std::endl;
 154          continue;
 155       }
 156
 157       if( v != "PATIENT " )
 158       {
 159          continue;          // Work only on PATIENT
 160       }
 161
 162       oss << patientNumber;
 163
 164       //   Overwrite the sensitive Entries
 165
 166       // Patient's Name
 167       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0010, oss.str());
 168       // Patient's ID
 169       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0020, oss.str());
 170       // Patient's Birth Date
 171       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x0030, oss.str());
 172      // Telephone
 173       AnoNoLoad(tmpSI, fp, 0x0010, 0x2154, oss.str());
 174
 175     // Aware use will add more Entries he wants to rubb out here
 176
 177       oss << "";
 178       patientNumber++;
 179       tmpSI=s->GetNextSQItem();
 180    }
 181
 182    // Close the file ASAP
 183
 184    fp->close();
 185
 186    delete fp;
 187    delete e;
 188    delete f;
 189    return 0;
 190 }
 191