Example/AnonymizeMultiPatient.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeMultiPatient.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/11/13 11:49:09 $
   7   Version:   $Revision: 1.7 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmDocEntry.h"
  19 #include "gdcmDicomDir.h"
  20 #include "gdcmDicomDirPatient.h"
  21 #include "gdcmDicomDirStudy.h"
  22 #include "gdcmDicomDirVisit.h"
  23 #include "gdcmDicomDirSerie.h"
  24 #include "gdcmDicomDirImage.h"
  25 #include "gdcmDirList.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmUtil.h"
  28 #include "gdcmFile.h"
  29 #include "gdcmFileHelper.h"
  30
  31 #include "gdcmArgMgr.h"
  32
  33 #include <iostream>
  34
  35 /**
  36   * \brief   Explores recursively the given directory
  37   *          orders the gdcm-readable found Files
  38   *          according their Patient/Study/Serie/Image characteristics
  39   *          and anomymizes (NoLoad) them, creates a different name for each Patient.
  40   */
  41
  42 int main(int argc, char *argv[])
  43 {
  44    START_USAGE(usage)
  45    " \n AnonymizeMultiPatient :\n                                             ",
  46    " AnonymizeMultiPatient a full gdcm-readable Dicom image                   ",
  47    "         optionnaly, creates the DICOMDIR                                 ",
  48    "         Warning : the image is OVERWRITTEN                               ",
  49    "                   to preserve image integrity, use a copy.               ",
  50    " usage: AnonymizeMultiPatient dirin=inputDirectoryName  dicomdir          ",
  51    "       listOfElementsToRubOut : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)  ",
  52    "                                of extra Elements to rub out              ",
  53    "       dicomdir   : user wants to generate a DICOMDIR                     ",
  54    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  55    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  56    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  57    "       verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'       ",
  58    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  59    FINISH_USAGE
  60
  61
  62
  63    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  64    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  65
  66    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  67    {
  68       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  69       delete am;
  70       return 0;
  71    }
  72    const char * name  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  73    if ( name == NULL )
  74    {
  75       delete am;
  76       return 0;
  77    }
  78
  79    std::string dirName = name;
  80
  81    bool verbose  = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  82    bool dicomdir = ( 0 != am->ArgMgrDefined("dicomdir") );
  83
  84    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  85       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  86
  87    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
  88
  89    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  90       loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOWSEQ;
  91    else
  92    {
  93       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  94          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW;
  95       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  96          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ;
  97    }
  98
  99
 100    int rubOutNb;
 101    uint16_t *elemsToRubOut = am->ArgMgrGetXInt16Enum("rubout", &rubOutNb);
 102
 103    // ----------- if unused Param we give up
 104    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 105    {
 106       am->ArgMgrUsage(usage);
 107       delete am;
 108       return 0;
 109    }
 110
 111    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 112
 113
 114   // ----------------------------------------------------------
 115
 116
 117    // ----- Begin Processing -----
 118
 119    GDCM_NAME_SPACE::DicomDir *dcmdir;
 120
 121    // we ask for Directory parsing
 122
 123    dcmdir = GDCM_NAME_SPACE::DicomDir::New( );
 124    dcmdir->SetLoadMode(loadMode);
 125    dcmdir->SetDirectoryName(dirName);
 126    dcmdir->Load();
 127
 128    if ( verbose )
 129       std::cout << "======================= End Parsing Directory" << std::endl;
 130
 131     // ----- Check the result
 132
 133    if ( !dcmdir->GetFirstPatient() )
 134    {
 135       std::cout << "No patient found (?!?). Exiting."
 136                 << std::endl;
 137       dcmdir->Delete();
 138       return 1;
 139    }
 140
 141    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirPatient *pa;
 142    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirStudy *st;
 143    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirSerie *se;
 144    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirImage *im;
 145
 146    std::string codedName;
 147    std::string codedID;
 148    std::string fullFileName;
 149    std::string patName;
 150    std::string patID;
 151
 152    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 153
 154    pa = dcmdir->GetFirstPatient();
 155    while ( pa )
 156    {  // on degouline les PATIENT du DICOMDIR
 157       patName = pa->GetEntryString(0x0010, 0x0010);
 158       codedName = "g^" + GDCM_NAME_SPACE::Util::ConvertToMD5(patName);
 159       patID = pa->GetEntryString(0x0010, 0x0020);
 160       codedID = GDCM_NAME_SPACE::Util::ConvertToMD5(patID);
 161
 162       if (verbose) {
 163          std::cout << "[" << patName << "] --> [" << codedName << "]" << std::endl;
 164          std::cout << "[" << patID   << "] --> [" << codedID   << "]"  << std::endl;
 165       }
 166       st = pa->GetFirstStudy();
 167       while ( st )
 168       { // on degouline les STUDY de ce patient
 169          se = st->GetFirstSerie();
 170          while ( se )
 171          { // on degouline les SERIES de cette study
 172             im = se->GetFirstImage();
 173             while ( im )
 174             { // on degouline les Images de cette serie
 175                fullFileName = dirName;
 176                fullFileName +=  GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR;
 177                fullFileName += im->GetEntryString(0x0004, 0x1500);
 178                if (verbose)
 179                   std::cout << "FileName " << fullFileName << std::endl;
 180
 181                f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 182                f->SetLoadMode(loadMode);
 183                f->SetFileName( fullFileName );
 184                if ( !f->Load() )
 185                  std::cout << "Load failed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 186                else
 187                   if (verbose)
 188                      std::cout << "Load successed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 189
 190                //
 191                //  Choose the fields to anonymize.
 192                //
 193
 194                // Institution name
 195                f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 196
 197                // Patient's name
 198                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, codedName );
 199
 200                // Patient's ID
 201                //f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 202                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,codedID );
 203                // Patient's Birthdate
 204                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11111111" );
 205                // Patient's Adress
 206                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 207                // Patient's Mother's Birth Name
 208                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 209
 210                // Study Instance UID
 211                // we may not brutaly overwrite it
 212                //f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 213
 214                // Telephone
 215                f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 216
 217                // deal with user defined Elements set
 218
 219                for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 220                {
 221                   f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 222                                          (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 223                }
 224
 225               //
 226               //      Overwrite the file
 227               //
 228               // The GDCM_NAME_SPACE::File remains untouched in memory
 229
 230               f->AnonymizeNoLoad();
 231
 232               f->ClearAnonymizeList();
 233               f->Delete();
 234
 235               im = se->GetNextImage();
 236            }
 237            se = st->GetNextSerie();
 238         }
 239         st = pa->GetNextStudy();
 240      }
 241      pa = dcmdir->GetNextPatient();
 242    }
 243
 244    dcmdir->Delete();
 245
 246    if (dicomdir)
 247    {
 248       std::cout << "DICOMDIR creation in progress ..." << std::endl;
 249       dcmdir = GDCM_NAME_SPACE::DicomDir::New( );
 250       dcmdir->SetLoadMode(loadMode);
 251       dcmdir->SetDirectoryName(dirName);
 252       dcmdir->Load();
 253       dcmdir->Write("DICOMDIR");
 254    }
 255
 256    return 0;
 257
 258 }