Example/AnonymizeMultiPatient.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeMultiPatient.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/05/31 16:16:04 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmDocEntry.h"
  19 #include "gdcmDicomDir.h"
  20 #include "gdcmDicomDirPatient.h"
  21 #include "gdcmDicomDirStudy.h"
  22 #include "gdcmDicomDirVisit.h"
  23 #include "gdcmDicomDirSerie.h"
  24 #include "gdcmDicomDirImage.h"
  25 #include "gdcmDirList.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmUtil.h"
  28 #include "gdcmFile.h"
  29 #include "gdcmFileHelper.h"
  30
  31 #include "gdcmArgMgr.h"
  32
  33 #include <iostream>
  34
  35 /**
  36   * \brief   Explores recursively the given directory
  37   *          orders the gdcm-readable found Files
  38   *          according their Patient/Study/Serie/Image characteristics
  39   *          and anomymizes (NoLoad) them, creates a different name for each Patient.
  40   */
  41
  42 int main(int argc, char *argv[])
  43 {
  44    START_USAGE(usage)
  45    " \n AnonymizeMultiPatient :\n                                             ",
  46    " AnonymizeMultiPatient a full gdcm-readable Dicom image                   ",
  47    "         Warning : the image is OVERWRITTEN                               ",
  48    "                   to preserve image integrity, use a copy.               ",
  49    " usage: AnonymizeMultiPatient dirin=inputDirectoryName                    ",
  50    "       listOfElementsToRubOut : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)  ",
  51    "                                of extra Elements to rub out              ",
  52    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  53    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  54    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  55    "       verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'       ",
  56    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  57    FINISH_USAGE
  58
  59
  60
  61    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  62    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  63
  64    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  65    {
  66       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  67       delete am;
  68       return 0;
  69    }
  70    const char * name  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  71    if ( name == NULL )
  72    {
  73       delete am;
  74       return 0;
  75    }
  76
  77    std::string dirName = name;
  78
  79    bool verbose  = am->ArgMgrDefined("verbose");
  80
  81    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  82       gdcm::Debug::DebugOn();
  83
  84    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  85
  86    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  87       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  88    else
  89    {
  90       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  91          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  92       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  93          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  94    }
  95
  96
  97    int rubOutNb;
  98    uint16_t *elemsToRubOut = am->ArgMgrGetXInt16Enum("rubout", &rubOutNb);
  99
 100    // ----------- if unused Param we give up
 101    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 102    {
 103       am->ArgMgrUsage(usage);
 104       delete am;
 105       return 0;
 106    }
 107
 108    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 109
 110
 111   // ----------------------------------------------------------
 112
 113
 114    // ----- Begin Processing -----
 115
 116    gdcm::DicomDir *dcmdir;
 117
 118    // we ask for Directory parsing
 119
 120    dcmdir = gdcm::DicomDir::New( );
 121    dcmdir->SetLoadMode(loadMode);
 122    dcmdir->SetDirectoryName(dirName);
 123    dcmdir->Load();
 124
 125    if ( verbose )
 126       std::cout << "======================= End Parsing Directory" << std::endl;
 127
 128     // ----- Check the result
 129
 130    if ( !dcmdir->GetFirstPatient() )
 131    {
 132       std::cout << "No patient found (?!?). Exiting."
 133                 << std::endl;
 134       dcmdir->Delete();
 135       return 1;
 136    }
 137
 138    gdcm::DicomDirPatient *pa;
 139    gdcm::DicomDirStudy *st;
 140    gdcm::DicomDirSerie *se;
 141    gdcm::DicomDirVisit *vs;
 142    gdcm::DicomDirImage *im;
 143
 144    std::string codedName;
 145    std::string fullFileName;
 146    std::string patName;
 147
 148    gdcm::File *f;
 149
 150    pa = dcmdir->GetFirstPatient();
 151    while ( pa )
 152    {  // on degouline les PATIENT du DICOMDIR
 153       patName = pa->GetEntryString(0x0010, 0x0010);
 154       codedName = "g^" + gdcm::Util::ConvertToMD5(patName);
 155       if (verbose)
 156          std::cout << patName << " --> " << codedName << std::endl;
 157       st = pa->GetFirstStudy();
 158       while ( st )
 159       { // on degouline les STUDY de ce patient
 160          se = st->GetFirstSerie();
 161          while ( se )
 162          { // on degouline les SERIES de cette study
 163             im = se->GetFirstImage();
 164             while ( im )
 165             { // on degouline les Images de cette serie
 166                fullFileName = dirName;
 167                fullFileName +=  gdcm::GDCM_FILESEPARATOR;
 168                fullFileName += im->GetEntryString(0x0004, 0x1500);
 169                if (verbose)
 170                   std::cout << "FileName " << fullFileName << std::endl;
 171
 172                f = gdcm::File::New( );
 173                f->SetLoadMode(loadMode);
 174                f->SetFileName( fullFileName );
 175                if ( !f->Load() )
 176                  std::cout << "Load failed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 177                else
 178                   if (verbose)
 179                      std::cout << "Load successed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 180
 181                //
 182                //  Choose the fields to anonymize.
 183                //
 184
 185                // Institution name
 186                f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 187
 188                // Patient's name
 189                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, codedName );
 190
 191                // Patient's ID
 192                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 193                // Patient's Birthdate
 194                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11111111" );
 195                // Patient's Adress
 196                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 197                // Patient's Mother's Birth Name
 198                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 199
 200                // Study Instance UID
 201                // we may not brutaly overwrite it
 202                //f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 203
 204                // Telephone
 205                f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 206
 207                // deal with user defined Elements set
 208
 209                for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 210                {
 211                   f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 212                                          (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 213                }
 214
 215               //
 216               //      Overwrite the file
 217               //
 218               // The gdcm::File remains untouched in memory
 219
 220               f->AnonymizeNoLoad();
 221
 222               f->ClearAnonymizeList();
 223               f->Delete();
 224
 225               im = se->GetNextImage();
 226            }
 227            se = st->GetNextSerie();
 228         }
 229         st = pa->GetNextStudy();
 230      }
 231      pa = dcmdir->GetNextPatient();
 232    }
 233
 234    dcmdir->Delete();
 235    return 0;
 236
 237 }