Example/AnonymizeMultiPatient.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeMultiPatient.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/05/30 08:26:36 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmDirList.h"
  24
  25 #include "gdcmDicomDir.h"
  26 #include "gdcmDicomDirPatient.h"
  27 #include "gdcmDicomDirStudy.h"
  28 #include "gdcmDicomDirSerie.h"
  29 #include "gdcmDicomDirImage.h"
  30
  31 #include "gdcmArgMgr.h"
  32
  33 #include <iostream>
  34
  35
  36 int main(int argc, char *argv[])
  37 {
  38    START_USAGE(usage)
  39    " \n AnonymizeMultiPatient :\n                                             ",
  40    " AnonymizeMultiPatient a full gdcm-readable Dicom image                   ",
  41    "         Warning : the image is OVERWRITTEN                               ",
  42    "                   to preserve image integrity, use a copy.               ",
  43    " usage: AnonymizeMultiPatient dirin=inputDirectoryName dirout=outputDirectoryName",
  44    "       listOfElementsToRubOut : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)  ",
  45    "                                of extra Elements to rub out              ",
  46    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  47    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  48    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  49    "       verbose  : user wants to run the program in 'verbose mode'         ",
  50    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  51    FINISH_USAGE
  52
  53    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  54    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  55
  56    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  57    {
  58       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  59       delete am;
  60       return 0;
  61    }
  62    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  63    if ( dirName == NULL )
  64    {
  65       delete am;
  66       return 0;
  67    }
  68
  69    /*
  70    char *outputDirName = am->ArgMgrWantString("dirout",usage);
  71    if ( outputDirName == NULL )
  72    {
  73       delete am;
  74       return 0;
  75    }
  76  */
  77
  78    bool verbose  = am->ArgMgrDefined("verbose");
  79
  80    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  81       gdcm::Debug::DebugOn();
  82
  83    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  84    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  85       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  86    else
  87    {
  88       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  89          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  90       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  91          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  92    }
  93
  94    int rubOutNb;
  95    uint16_t *elemsToRubOut = am->ArgMgrGetXInt16Enum("rubout", &rubOutNb);
  96
  97    // if unused Param we give up
  98    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  99    {
 100       am->ArgMgrUsage(usage);
 101       delete am;
 102       return 0;
 103    }
 104
 105    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 106
 107   // ----------------------------------------------------------
 108
 109      // ----- Begin Processing -----
 110
 111    gdcm::DicomDir *dcmdir;
 112
 113    // we ask for Directory parsing
 114
 115    dcmdir = gdcm::DicomDir::New( );
 116
 117    dcmdir->SetLoadMode(loadMode);
 118    dcmdir->SetDirectoryName(dirName);
 119    dcmdir->Load();
 120
 121
 122
 123    gdcm::DicomDirPatient *pa;
 124    gdcm::DicomDirStudy *st;
 125    gdcm::DicomDirSerie *se;
 126    gdcm::DicomDirVisit *vs;
 127    gdcm::DicomDirImage *im;
 128
 129    // Test if the DicomDir contains any Patient
 130    pa = dcmdir->GetFirstPatient();
 131    if ( pa == 0)
 132    {
 133       std::cout<<"          DicomDir '"<< dirName
 134                <<" has no patient"<<std::endl
 135                <<"          ...Failed"<<std::endl;
 136
 137       dcmdir->Delete();
 138       return 1;
 139    }
 140
 141       if ( verbose )
 142       std::cout << "-------------------------- Directory [" << dirName << "] parsed" << std::endl;
 143
 144 // Since files may be help in a Directory tree-like structure
 145 // we should have to duplicate this structure.
 146 // No time to code that stuff
 147 //  --> We 'AnonymizeNoLoad' (overwrite the files)
 148
 149 // Do not remove the commented out lines.
 150 // They will be usefull in a further program.
 151 /*
 152    std::string systemCommand;
 153
 154    std::cout << "Check for output directory :[" << outputDirName << "]."
 155              <<std::endl;
 156    if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(outputDirName) )    // dirout not found
 157    {
 158       std::string strDirNameout(outputDirName);          // to please gcc 4
 159       systemCommand = "mkdir " +strDirNameout;        // create it!
 160       if (verbose)
 161          std::cout << systemCommand << std::endl;
 162       system (systemCommand.c_str());
 163       if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(outputDirName) ) // be sure it worked
 164       {
 165           std::cout << "KO : not a dir : [" << outputDirName << "] (creation failure ?)" << std::endl;
 166           exit(0);
 167       }
 168       else
 169       {
 170         std::cout << "Directory [" << outputDirName << "] created." << std::endl;
 171       }
 172    }
 173    else
 174    {
 175        std::cout << "Output Directory [" << outputDirName << "] already exists; Used as is." << std::endl;
 176    }
 177 */
 178
 179   gdcm::File *f;
 180   gdcm::FileHelper *fh;
 181  // std::string outputFileName;
 182
 183   std::string codedName;
 184   while (pa)
 185   {
 186      if (verbose)
 187      {
 188         std::cout << "Pat.Name:[" << pa->GetEntryString(0x0010, 0x0010) <<"]"; // Patient's Name
 189         std::cout << " Pat.ID:[";
 190         std::cout << pa->GetEntryString(0x0010, 0x0020) << "]" << std::endl; // Patient ID
 191      }
 192      std::string patName = pa->GetEntryString(0x0010, 0x0010);
 193      //codedName = "g^" + gdcm::Util::ConvertToMD5(patName); // just to be sure MD5 is not guilty
 194      std::string fullFileName;
 195      if (verbose)
 196         std::cout << patName << " --> " << codedName << std::endl;
 197
 198      st = pa->GetFirstStudy();
 199       while ( st )
 200       { // on degouline les STUDY de ce patient
 201          if (verbose)
 202          {
 203             std::cout << "--- Stud.descr:["    << st->GetEntryString(0x0008, 0x1030) << "]"; // Study Description
 204             std::cout << " Stud.ID:["          << st->GetEntryString(0x0020, 0x0010) << "]"; // Study ID
 205             std::cout << std::endl;
 206          }
 207          se = st->GetFirstSerie();
 208          while ( se )
 209          { // on degouline les SERIES de cette study
 210             if (verbose)
 211             {
 212                std::cout << "--- --- Ser.Descr:["<< se->GetEntryString(0x0008, 0x103e) << "]";  // Series Description
 213                std::cout << " Ser.nb:["          <<  se->GetEntryString(0x0020, 0x0011) << "]";  // Series number
 214                std::cout << " Mod.:["      <<  se->GetEntryString(0x0008, 0x0060) << "]";  // Modality
 215                std::cout << " Serie Inst.UID.:[" <<  se->GetEntryString(0x0020, 0x000e) << "]";  // Series Instance UID
 216                std::cout << std::endl;
 217             }
 218
 219             im = se->GetFirstImage();
 220             std::string ReferencedFileID;
 221             while ( im )
 222             { // on degouline les IMAGEs de cette serie
 223                ReferencedFileID = im->GetEntryString(0x0004, 0x1500);
 224                if (verbose)
 225                {
 226                   std::cout << "--- --- --- "<< " IMAGE Ref. File ID :[" << ReferencedFileID
 227                             << "]" << std::endl; // File name (Referenced File ID)
 228                }
 229                f = gdcm::File::New( );
 230                f->SetLoadMode(loadMode);
 231                fullFileName = dirName;
 232
 233                std::cout << "fullFileName (1) " << fullFileName << std::endl;
 234                std::cout << "ReferencedFileID " << ReferencedFileID << std::endl;
 235                fullFileName = fullFileName + "/" + ReferencedFileID;
 236                std::cout << "fullFileName (2) " << fullFileName << std::endl;
 237
 238                f->SetFileName( fullFileName );
 239
 240                if ( !f->Load() )
 241                    std::cout << "Load failed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 242                else
 243                   std::cout << "Load successed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 244
 245                //
 246                //  Choose the fields to anonymize.
 247                //
 248
 249                // Institution name
 250                f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 251
 252                // Patient's name
 253                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, codedName );
 254
 255                // Patient's ID
 256                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 257                // Patient's Birthdate
 258                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11111111" );
 259                // Patient's Adress
 260                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 261                // Patient's Mother's Birth Name
 262                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 263
 264                // Study Instance UID
 265                // we may not brutaly overwrite it
 266                //f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 267
 268                // Telephone
 269                f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 270
 271                // deal with user defined Elements set
 272
 273 std::cout << "rubOutNb " << rubOutNb << std::endl;
 274                for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 275                {
 276                   f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 277                        (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 278                }
 279
 280                // The gdcm::File is modified in memory
 281                // f->AnonymizeFile();
 282
 283                //
 284                //      Overwrite the file
 285                //
 286                // The gdcm::File remains untouched in memory
 287                f->AnonymizeNoLoad();
 288
 289                // ============================================================
 290                //               Write a new file
 291                // ============================================================
 292
 293                //
 294                //      No need to load the pixels in memory.
 295                //      File will be overwritten
 296
 297                // Do not remove the commented out lines.
 298                // They will be usefull in a further program.
 299                //
 300 /*
 301                // Get the Pixels
 302                fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 303
 304                // unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one !
 305                // Feel free to cast if you know it's not.
 306
 307                uint8_t *imageData = fh->GetImageData();
 308
 309                if ( imageData == 0 )
 310                {
 311                   std::cerr << "Sorry, Pixels of" << im->GetEntryString(0x0004, 0x1500) <<"  are not "
 312                       << " gdcm-readable."       << std::endl
 313                       << "Use AnonymizeNoLoad" << std::endl;
 314                   f->Delete();
 315                   fh->Delete();
 316                   break;
 317                 }
 318
 319                      // Since we just Anonymized the file, we *know* no modification
 320                      // was performed on the pixels.
 321                      // The written image will not appear as a 'Secondary Captured image'
 322                      // nor as a DERIVED one
 323
 324                      fh->SetContentType(gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 325                      outputFileName = outputDirName + "/" + im->GetEntryString(0x0004, 0x1500);
 326                      fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 327                      std::cout <<"End Anonymize" << std::cout;
 328
 329                      fh->Delete();
 330 */
 331
 332                      f->Delete();
 333                      f->ClearAnonymizeList();
 334
 335                      im = se->GetNextImage();
 336                   }
 337                   se = st->GetNextSerie();
 338                }
 339                st = pa->GetNextStudy();
 340             }
 341
 342      pa = dcmdir->GetNextPatient();
 343   }
 344
 345 }
 346