Example/AnonymizeNoLoad.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeNoLoad.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/06/06 13:03:57 $
   7   Version:   $Revision: 1.21 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDirList.h"
  23
  24 #include "gdcmArgMgr.h"
  25
  26 #include <iostream>
  27
  28 int main(int argc, char *argv[])
  29 {
  30    START_USAGE(usage)
  31    "\n AnonymizeNoLoad :\n                                                    ",
  32    "Anonymize a gdcm-parsable Dicom image even if pixels aren't gdcm readable ",
  33    "         Warning : the image is OVERWRITTEN                               ",
  34    "                   to preserve image integrity, use a copy.               ",
  35    "usage: AnonymizeNoLoad {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}    ",
  36    "                       [rubout=listOfElementsToRubOut]                    ",
  37    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
  38    "       inputFileName : Name of the (single) file user wants to anonymize  ",
  39    "       inputDirectoryName : user wants to anonymize *all* the files       ",
  40    "                            within the (single Patient!) directory        ",
  41    "       listOfElementsToRubOut : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)  ",
  42    "                                of extra Elements to rub out              ",
  43    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  44    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  45    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  46    "       debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'   ",
  47    FINISH_USAGE
  48
  49    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  50
  51    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  52
  53    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  54    {
  55       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  56       delete am;
  57       return 0;
  58    }
  59
  60    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  61       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  62
  63    const char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein");
  64    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  65
  66    if ( (fileName == 0 && dirName == 0)
  67         ||
  68         (fileName != 0 && dirName != 0) )
  69    {
  70        std::cout <<std::endl
  71                  << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;"
  72                  << std::endl << "Not both" << std::endl;
  73        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  74        delete am;
  75        return 0;
  76  }
  77
  78    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
  79    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  80       loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOWSEQ;
  81    else
  82    {
  83       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  84          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW;
  85       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  86          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ;
  87    }
  88
  89    int rubOutNb;
  90    uint16_t *elemsToRubOut = am->ArgMgrGetXInt16Enum("rubout", &rubOutNb);
  91
  92    /* if unused Param we give up */
  93    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  94    {
  95       am->ArgMgrUsage(usage);
  96       delete am;
  97       return 0;
  98    }
  99
 100    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
 101
 102    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 103    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======
 104    {
 105
 106    //
 107    //   Parse the input file.
 108    //
 109       f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 110       f->SetLoadMode(loadMode);
 111       f->SetFileName( fileName );
 112
 113       // GDCM_NAME_SPACE::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
 114       // any kind of GDCM_NAME_SPACE::Readable *document*
 115       // not only GDCM_NAME_SPACE::File (as opposed to GDCM_NAME_SPACE::DicomDir)
 116       if ( !f->Load() )
 117       {
 118           std::cout <<std::endl
 119               << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 120               << "DICOM / ACR Document"
 121               << std::endl;
 122            f->Delete();
 123            return 1;
 124       }
 125       std::cout << fileName << " is readable " << std::endl;
 126
 127       //
 128       //      No need to load the pixels in memory.
 129       //      File will be overwritten
 130       //
 131
 132       //
 133       //  Choose the fields to anonymize.
 134       //
 135
 136       // Institution name
 137       f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "gdcm-Xanadoo Hospital" );
 138       // Patient's name
 139       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, "gdcm^Fantomas" );
 140       // Patient's ID
 141       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 142       // Patient's Birthdate
 143       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11111111" );
 144       // Patient's Adress
 145       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"gdcm at Sing-sing.org" );
 146       // Patient's Mother's Birth Name
 147       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"gdcm^Vampirella" );
 148       // Study Instance UID
 149       f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 150       // Telephone
 151       f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 152
 153       for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 154       {
 155          printf("%04x,%04x\n",elemsToRubOut[2*ri], elemsToRubOut[2*ri+1]);
 156          f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 157                                 (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 158       }
 159
 160       // Aware use will add new fields here
 161
 162       //
 163       //      Overwrite the file
 164       //
 165
 166       std::cout <<"Let's AnonymizeNoLoad " << std::endl;
 167
 168       // The GDCM_NAME_SPACE::File remains untouched in memory
 169
 170       f->AnonymizeNoLoad();
 171
 172       // No need to write the file : modif were done on disc !
 173       //  ( The Dicom file is overwritten )
 174       std::cout <<"End AnonymizeNoLoad" << std::endl;
 175
 176       //
 177       //      Remove the Anonymize list
 178       //
 179       f->ClearAnonymizeList();
 180
 181       f->Delete();
 182       return 0;
 183
 184    }
 185    else  // ====== Deal with a (single Patient) Directory ======
 186    {
 187       std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;
 188       GDCM_NAME_SPACE::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list
 189       GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 190       for( GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 191                                  it != fileList.end();
 192                                  ++it )
 193       {
 194          f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 195          f->SetLoadMode(loadMode);
 196          f->SetFileName( it->c_str() );
 197
 198          if ( !f->Load() )
 199          {
 200             f->Delete();
 201             continue;
 202          }
 203          //
 204          //  Choose the fields to anonymize.
 205          //
 206
 207          // Institution name
 208          f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "gdcm-Xanadoo Hospital" );
 209          // Patient's name
 210          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, "gdcm^Fantomas" );
 211          // Patient's ID
 212          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 213          // Patient's Birthdate
 214          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11111111" );
 215          // Patient's Adress
 216          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"gdcm at Sing-sing.org" );
 217          // Patient's Mother's Birth Name
 218          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"gdcm^Vampirella" );
 219          // Study Instance UID
 220          // we may not brutaly overwrite it
 221          //f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 222          // Telephone
 223          f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 224
 225          // deal with user defined Elements set
 226
 227          for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 228          {
 229             f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 230                                    (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 231          }
 232          std::cout <<"Let's AnonymizeNoLoad " << it->c_str() << std::endl;
 233
 234          // The GDCM_NAME_SPACE::File remains untouched in memory
 235          // The Dicom file is overwritten on disc
 236
 237          f->AnonymizeNoLoad();
 238
 239          //
 240          //   Remove the Anonymize list
 241          //
 242
 243          f->ClearAnonymizeList();
 244
 245          f->Delete();
 246       }
 247    }
 248    return 0;
 249 }
 250