Example/AnonymizeNoLoad.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeNoLoad.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/20 14:48:15 $
   7   Version:   $Revision: 1.7 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDirList.h"
  23
  24 #include "gdcmArgMgr.h"
  25
  26 #include <iostream>
  27
  28 int main(int argc, char *argv[])
  29 {
  30    START_USAGE(usage)
  31    "\n AnonymizeNoLoad :\n",
  32    "Anonymize a gdcm-readable Dicom image even if pixels aren't gdcm readable ",
  33    "         Warning : Warning : the image is overwritten                     ",
  34    "                   to preserve image integrity, use a copy.               ",
  35    "usage: AnonymizeNoLoad {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}    ",
  36    "                       [rubout=listOfPrivateElementsToRubOut]             ",
  37    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
  38    "       inputFileName : Name of the (single) file user wants to anonymize  ",
  39    "       inputDirectoryName : user wants to anonymize *all* the files       ",
  40    "                            within the (single Patient!) directory        ",
  41    "       listOfPrivateElementsToRubOut : group,elem (in hexa) of private    ",
  42    "                           Elements to rub out                            ",
  43    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  44    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  45    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  46    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  47    FINISH_USAGE
  48
  49    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  50
  51    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  52
  53    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  54    {
  55       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  56       delete am;
  57       return 0;
  58    }
  59
  60    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  61       gdcm::Debug::DebugOn();
  62
  63    char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein",(char *)0);
  64    char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin",(char *)0);
  65
  66    if ( (fileName == 0 && dirName == 0)
  67         ||
  68       (fileName != 0 && dirName != 0) )
  69    {
  70        std::cout <<std::endl
  71                  << "Either 'filein' or 'dirin' must be present;" << std::endl
  72                  << "Not both" << std::endl;
  73        delete am;
  74        return 0;
  75  }
  76
  77    int loadMode = 0x00000000;
  78    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  79       loadMode |= NO_SHADOWSEQ;
  80    else
  81    {
  82    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  83          loadMode |= NO_SHADOW;
  84       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  85          loadMode |= NO_SEQ;
  86    }
  87
  88    int rubOutNb;
  89    uint16_t *elemsToRubOut = am->ArgMgrGetXInt16Enum("rubout", &rubOutNb);
  90
  91    std::cout << " ---------------------------- rubOutNb " << rubOutNb
  92              << std::endl;
  93    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
  94
  95
  96    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======
  97    {
  98
  99    //
 100    //   Parse the input file.
 101    //
 102       gdcm::File *f;
 103       f = new gdcm::File( );
 104       f->SetLoadMode(loadMode);
 105       f->SetFileName( fileName );
 106       bool res = f->Load();
 107
 108       // gdcm::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
 109       // any kind of gdcm::Readable *document*
 110       // not only gdcm::File (as opposed to gdcm::DicomDir)
 111       if ( !res )
 112       {
 113           std::cout <<std::endl
 114               << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 115               << "DICOM / ACR Document"
 116               << std::endl;
 117            delete f;
 118            return 1;
 119       }
 120       std::cout << fileName << " is readable " << std::endl;
 121
 122       //
 123       //      No need to load the pixels in memory.
 124       //      File will be overwritten
 125       //
 126
 127
 128       //
 129       //  Choose the fields to anonymize.
 130       //
 131
 132       // Institution name
 133       f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 134       // Patient's name
 135       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, "g^Fantomas" );
 136       // Patient's ID
 137       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 138       // Patient's Birthdate
 139       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11.11.1111" );
 140       // Patient's Adress
 141       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 142       // Patient's Mother's Birth Name
 143       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 144       // Study Instance UID
 145       f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 146       // Telephone
 147       f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 148
 149       for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 150       {
 151          printf("%04x,%04x\n",elemsToRubOut[2*ri], elemsToRubOut[2*ri+1]);
 152          f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 153                                 (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 154       }
 155
 156       // Aware use will add new fields here
 157
 158       //
 159       //      Overwrite the file
 160       //
 161
 162       std::cout <<"Let's AnonymizeNoLoad " << std::endl;
 163
 164       // The gdcm::File remains untouched in memory
 165
 166       f->AnonymizeNoLoad();
 167
 168       // No need to write the File : modif were done on disc !
 169       // File was overwritten ...
 170
 171       std::cout <<"End AnonymizeNoLoad" << std::endl;
 172
 173       //
 174       //      Remove the Anonymize list
 175       //
 176       f->ClearAnonymizeList();
 177
 178       delete f;
 179       return 0;
 180
 181    }
 182    else  // ====== Deal with a (single Patient) Directory ======
 183    {
 184       std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;
 185       gdcm::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list
 186       gdcm::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 187       for( gdcm::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 188                                  it != fileList.end();
 189                                  ++it )
 190       {
 191
 192          gdcm::File *f;
 193          f = new gdcm::File( );
 194          f->SetLoadMode(loadMode);
 195          f->SetFileName( it->c_str() );
 196          bool res = f->Load();
 197
 198          if ( !res )
 199          {
 200             delete f;
 201             continue;
 202          }
 203          //
 204          //  Choose the fields to anonymize.
 205          //
 206
 207          // Institution name
 208          f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 209          // Patient's name
 210          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, "g^Fantomas" );
 211          // Patient's ID
 212          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 213          // Patient's Birthdate
 214          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11.11.1111" );
 215          // Patient's Adress
 216          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 217          // Patient's Mother's Birth Name
 218          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 219          // Study Instance UID
 220          // we may not brutaly overwrite it
 221          //f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 222          // Telephone
 223          f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 224
 225          for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 226          {
 227             f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 228                                    (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 229          }
 230          std::cout <<"Let's AnonymizeNoLoad " << it->c_str() << std::endl;
 231
 232          // The gdcm::File remains untouched in memory
 233
 234          f->AnonymizeNoLoad();
 235
 236          //
 237          //   Remove the Anonymize list
 238          //
 239
 240          f->ClearAnonymizeList();
 241
 242          delete f;
 243         }
 244
 245      }
 246    return 0;
 247 }
 248