Example/AnonymizeNoLoad.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeNoLoad.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/21 04:55:50 $
   7   Version:   $Revision: 1.8 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDirList.h"
  23
  24 #include "gdcmArgMgr.h"
  25
  26 #include <iostream>
  27
  28 int main(int argc, char *argv[])
  29 {
  30    START_USAGE(usage)
  31    "\n AnonymizeNoLoad :\n",
  32    "Anonymize a gdcm-readable Dicom image even if pixels aren't gdcm readable ",
  33    "         Warning : Warning : the image is overwritten                     ",
  34    "                   to preserve image integrity, use a copy.               ",
  35    "usage: AnonymizeNoLoad {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}    ",
  36    "                       [rubout=listOfPrivateElementsToRubOut]             ",
  37    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
  38    "       inputFileName : Name of the (single) file user wants to anonymize  ",
  39    "       inputDirectoryName : user wants to anonymize *all* the files       ",
  40    "                            within the (single Patient!) directory        ",
  41    "       listOfPrivateElementsToRubOut : group-elem,g2-e2,... (in hexa)     ",
  42    "                                       of private Elements to rub out     ",
  43    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  44    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  45    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  46    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  47    FINISH_USAGE
  48
  49    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  50
  51    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  52
  53    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  54    {
  55       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  56       delete am;
  57       return 0;
  58    }
  59
  60    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  61       gdcm::Debug::DebugOn();
  62
  63    char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein",(char *)0);
  64    char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin",(char *)0);
  65
  66    if ( (fileName == 0 && dirName == 0)
  67         ||
  68         (fileName != 0 && dirName != 0) )
  69    {
  70        std::cout <<std::endl
  71                  << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;"
  72                  << std::endl << "Not both" << std::endl;
  73        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  74        delete am;
  75        return 0;
  76  }
  77
  78    int loadMode = 0x00000000;
  79    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  80       loadMode |= NO_SHADOWSEQ;
  81    else
  82    {
  83    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  84          loadMode |= NO_SHADOW;
  85       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  86          loadMode |= NO_SEQ;
  87    }
  88
  89    int rubOutNb;
  90    uint16_t *elemsToRubOut = am->ArgMgrGetXInt16Enum("rubout", &rubOutNb);
  91
  92    /* if unused Param we give up */
  93    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  94    {
  95       am->ArgMgrUsage(usage);
  96       delete am;
  97       return 0;
  98    }
  99
 100    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
 101
 102    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======
 103    {
 104
 105    //
 106    //   Parse the input file.
 107    //
 108       gdcm::File *f;
 109       f = new gdcm::File( );
 110       f->SetLoadMode(loadMode);
 111       f->SetFileName( fileName );
 112       bool res = f->Load();
 113
 114       // gdcm::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
 115       // any kind of gdcm::Readable *document*
 116       // not only gdcm::File (as opposed to gdcm::DicomDir)
 117       if ( !res )
 118       {
 119           std::cout <<std::endl
 120               << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 121               << "DICOM / ACR Document"
 122               << std::endl;
 123            delete f;
 124            return 1;
 125       }
 126       std::cout << fileName << " is readable " << std::endl;
 127
 128       //
 129       //      No need to load the pixels in memory.
 130       //      File will be overwritten
 131       //
 132
 133
 134       //
 135       //  Choose the fields to anonymize.
 136       //
 137
 138       // Institution name
 139       f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 140       // Patient's name
 141       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, "g^Fantomas" );
 142       // Patient's ID
 143       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 144       // Patient's Birthdate
 145       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11.11.1111" );
 146       // Patient's Adress
 147       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 148       // Patient's Mother's Birth Name
 149       f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 150       // Study Instance UID
 151       f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 152       // Telephone
 153       f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 154
 155       for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 156       {
 157          printf("%04x,%04x\n",elemsToRubOut[2*ri], elemsToRubOut[2*ri+1]);
 158          f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 159                                 (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 160       }
 161
 162       // Aware use will add new fields here
 163
 164       //
 165       //      Overwrite the file
 166       //
 167
 168       std::cout <<"Let's AnonymizeNoLoad " << std::endl;
 169
 170       // The gdcm::File remains untouched in memory
 171
 172       f->AnonymizeNoLoad();
 173
 174       // No need to write the file : modif were done on disc !
 175       //  ( The Dicom file is overwritten )
 176       std::cout <<"End AnonymizeNoLoad" << std::endl;
 177
 178       //
 179       //      Remove the Anonymize list
 180       //
 181       f->ClearAnonymizeList();
 182
 183       delete f;
 184       return 0;
 185
 186    }
 187    else  // ====== Deal with a (single Patient) Directory ======
 188    {
 189       std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;
 190       gdcm::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list
 191       gdcm::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 192       for( gdcm::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 193                                  it != fileList.end();
 194                                  ++it )
 195       {
 196
 197          gdcm::File *f;
 198          f = new gdcm::File( );
 199          f->SetLoadMode(loadMode);
 200          f->SetFileName( it->c_str() );
 201          bool res = f->Load();
 202
 203          if ( !res )
 204          {
 205             delete f;
 206             continue;
 207          }
 208          //
 209          //  Choose the fields to anonymize.
 210          //
 211
 212          // Institution name
 213          f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 214          // Patient's name
 215          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, "g^Fantomas" );
 216          // Patient's ID
 217          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 218          // Patient's Birthdate
 219          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11.11.1111" );
 220          // Patient's Adress
 221          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 222          // Patient's Mother's Birth Name
 223          f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 224          // Study Instance UID
 225          // we may not brutaly overwrite it
 226          //f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 227          // Telephone
 228          f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 229
 230          // deal with user defined Elements set
 231
 232          for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 233          {
 234             f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 235                                    (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 236          }
 237          std::cout <<"Let's AnonymizeNoLoad " << it->c_str() << std::endl;
 238
 239          // The gdcm::File remains untouched in memory
 240          // The Dicom file is overwritten on disc
 241
 242          f->AnonymizeNoLoad();
 243
 244          //
 245          //   Remove the Anonymize list
 246          //
 247
 248          f->ClearAnonymizeList();
 249
 250          delete f;
 251         }
 252
 253      }
 254    return 0;
 255 }
 256