Example/AnonymizeReWriteMultiPatient.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeReWriteMultiPatient.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/11/21 12:53:59 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmDocEntry.h"
  19 #include "gdcmDicomDir.h"
  20 #include "gdcmDicomDirPatient.h"
  21 #include "gdcmDicomDirStudy.h"
  22 #include "gdcmDicomDirVisit.h"
  23 #include "gdcmDicomDirSerie.h"
  24 #include "gdcmDicomDirImage.h"
  25 #include "gdcmDirList.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmUtil.h"
  28 #include "gdcmFile.h"
  29 #include "gdcmFileHelper.h"
  30
  31 #include "gdcmArgMgr.h"
  32
  33 #include <iostream>
  34
  35 /**
  36   * \brief   Explores recursively the given directory
  37   *          orders the gdcm-readable found Files
  38   *          according their Patient/Study/Serie/Image characteristics
  39   *          and anomymizes (rewrite) them, creates a different name for each Patient.
  40   */
  41
  42 int main(int argc, char *argv[])
  43 {
  44    START_USAGE(usage)
  45    " \n AnonymizeReWriteMultiPatient :\n                                      ",
  46    " AnonymizeReWriteMultiPatient a full gdcm-readable Dicom image            ",
  47    "         optionnaly, creates the DICOMDIR                                 ",
  48    "         Warning : the image is OVERWRITTEN                               ",
  49    "                   to preserve image integrity, use a copy.               ",
  50    " usage: AnonymizeReWriteMultiPatient dirin=inputDirectoryName  dicomdir   ",
  51    "       listOfElementsToRubOut : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)  ",
  52    "                                of extra Elements to rub out              ",
  53    "       dicomdir   : user wants to generate a DICOMDIR                     ",
  54    "       verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'       ",
  55    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  56    FINISH_USAGE
  57
  58
  59
  60    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  61    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  62
  63    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  64    {
  65       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  66       delete am;
  67       return 0;
  68    }
  69    const char * name  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  70    if ( name == NULL )
  71    {
  72       delete am;
  73       return 0;
  74    }
  75
  76    std::string dirName = name;
  77
  78    bool verbose  = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  79    bool dicomdir = ( 0 != am->ArgMgrDefined("dicomdir") );
  80
  81    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  82       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  83
  84    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
  85
  86    int rubOutNb;
  87    uint16_t *elemsToRubOut = am->ArgMgrGetXInt16Enum("rubout", &rubOutNb);
  88
  89    // ----------- if unused Param we give up
  90    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  91    {
  92       am->ArgMgrUsage(usage);
  93       delete am;
  94       return 0;
  95    }
  96
  97    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  98
  99
 100   // ----------------------------------------------------------
 101
 102
 103    // ----- Begin Processing -----
 104
 105    GDCM_NAME_SPACE::DicomDir *dcmdir;
 106
 107    // we ask for Directory parsing
 108
 109    dcmdir = GDCM_NAME_SPACE::DicomDir::New( );
 110    dcmdir->SetLoadMode(loadMode);
 111    dcmdir->SetDirectoryName(dirName);
 112    dcmdir->Load();
 113
 114    if ( verbose )
 115       std::cout << "======================= End Parsing Directory" << std::endl;
 116
 117     // ----- Check the result
 118
 119    if ( !dcmdir->GetFirstPatient() )
 120    {
 121       std::cout << "No patient found (?!?). Exiting."
 122                 << std::endl;
 123       dcmdir->Delete();
 124       return 1;
 125    }
 126
 127    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirPatient *pa;
 128    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirStudy *st;
 129    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirSerie *se;
 130    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirImage *im;
 131
 132    std::string codedName;
 133    std::string codedID;
 134    std::string fullFileName;
 135    std::string patName;
 136    std::string patID;
 137
 138    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 139
 140    int sequentialPatientNumber = 0;
 141    char  char_sequentialPatientNumber[10]; // 999999999 patients in a directory should be enough?
 142    pa = dcmdir->GetFirstPatient();
 143    while ( pa )
 144    {  // on degouline les PATIENT du DICOMDIR
 145
 146       sequentialPatientNumber++;
 147       sprintf (char_sequentialPatientNumber, "%d", sequentialPatientNumber);
 148       //patName = pa->GetEntryString(0x0010, 0x0010);
 149
 150
 151       //codedName = "g^" + GDCM_NAME_SPACE::Util::ConvertToMD5(patName);
 152       codedName = "g^Patient" + std::string(char_sequentialPatientNumber);
 153       patID = pa->GetEntryString(0x0010, 0x0020);
 154       codedID = GDCM_NAME_SPACE::Util::ConvertToMD5(patID);
 155
 156       if (verbose) {
 157          std::cout << "[" << patName << "] --> [" << codedName << "]" << std::endl;
 158          std::cout << "[" << patID   << "] --> [" << codedID   << "]"  << std::endl;
 159       }
 160       st = pa->GetFirstStudy();
 161       while ( st )
 162       { // on degouline les STUDY de ce patient
 163          se = st->GetFirstSerie();
 164          while ( se )
 165          { // on degouline les SERIES de cette study
 166             im = se->GetFirstImage();
 167             while ( im )
 168             { // on degouline les Images de cette serie
 169                fullFileName = dirName;
 170                fullFileName +=  GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR;
 171                fullFileName += im->GetEntryString(0x0004, 0x1500);
 172                if (verbose)
 173                   std::cout << "FileName " << fullFileName << std::endl;
 174
 175                f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 176                   f->SetMaxSizeLoadEntry(0x7fff);  // we want to load entries of any length !
 177                   f->SetLoadMode(loadMode);
 178                   f->SetFileName( fullFileName );
 179                if ( !f->Load() )
 180                  std::cout << "Load failed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 181                else
 182                   if (verbose)
 183                      std::cout << "Load successed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 184
 185                //
 186                //  Choose the fields to anonymize.
 187                //
 188
 189                // Institution name
 190                f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 191
 192                // Patient's name
 193                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, codedName );
 194
 195                // Patient's ID
 196                //f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 197                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,codedID );
 198                // Patient's Birthdate
 199                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11111111" );
 200                // Patient's Adress
 201                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 202                // Patient's Mother's Birth Name
 203                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 204
 205                // Study Instance UID
 206                // we may not brutaly overwrite it
 207                //f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 208
 209                // Telephone
 210                f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 211
 212                // deal with user defined Elements set
 213
 214                for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 215                {
 216                   f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 217                                          (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 218                }
 219
 220    // ============================================================
 221    //   Load the pixels in memory.
 222    // ============================================================
 223
 224                // We need a gdcm::FileHelper, since we want to load the pixels
 225                GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 226
 227                // unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one !
 228                // Feel free to cast if you know it's not.
 229
 230                uint8_t *imageData = fh->GetImageData();
 231
 232                if ( imageData == 0 )
 233                {
 234                    std::cerr << "Sorry, Pixels of [" << fullFileName <<"]  are not "
 235                              << " gdcm-readable."       << std::endl
 236                              << "Use exAnonymizeNoLoad" << std::endl;
 237                    f->Delete();
 238                    fh->Delete();
 239                    return 0;
 240                }
 241
 242    // ============================================================
 243
 244               f->AnonymizeFile();
 245
 246               f->ClearAnonymizeList();
 247               f->Delete();
 248
 249               im = se->GetNextImage();
 250               f->Delete();
 251               fh->Delete();
 252            }
 253            se = st->GetNextSerie();
 254         }
 255         st = pa->GetNextStudy();
 256      }
 257      pa = dcmdir->GetNextPatient();
 258
 259
 260    }
 261
 262    dcmdir->Delete();
 263
 264    if (dicomdir)
 265    {
 266       std::cout << "DICOMDIR creation in progress ..." << std::endl;
 267       dcmdir = GDCM_NAME_SPACE::DicomDir::New( );
 268       dcmdir->SetLoadMode(loadMode);
 269       dcmdir->SetDirectoryName(dirName);
 270       dcmdir->Load();
 271       dcmdir->Write("DICOMDIR");
 272    }
 273
 274    return 0;
 275
 276 }