Example/AnonymizeReWriteMultiPatient.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: AnonymizeReWriteMultiPatient.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/03/18 13:37:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmDocEntry.h"
  19 #include "gdcmDicomDir.h"
  20 #include "gdcmDicomDirPatient.h"
  21 #include "gdcmDicomDirStudy.h"
  22 #include "gdcmDicomDirVisit.h"
  23 #include "gdcmDicomDirSerie.h"
  24 #include "gdcmDicomDirImage.h"
  25 #include "gdcmDirList.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmUtil.h"
  28 #include "gdcmFile.h"
  29 #include "gdcmFileHelper.h"
  30
  31 #include "gdcmArgMgr.h"
  32
  33 #include <iostream>
  34
  35 /**
  36   * \brief   Explores recursively the given directory
  37   *          orders the gdcm-readable found Files
  38   *          according their Patient/Study/Serie/Image characteristics
  39   *          and anomymizes (rewrite) them, creates a different name for each Patient.
  40   */
  41
  42 int main(int argc, char *argv[])
  43 {
  44    START_USAGE(usage)
  45    " \n AnonymizeReWriteMultiPatient :\n                                      ",
  46    " AnonymizeReWriteMultiPatient a full gdcm-readable Dicom image            ",
  47    "         optionnaly, creates the DICOMDIR                                 ",
  48    "         Warning : the image is OVERWRITTEN                               ",
  49    "                   to preserve image integrity, use a copy.               ",
  50    " usage: AnonymizeReWriteMultiPatient dirin=inputDirectoryName  dicomdir   ",
  51    "       dirin : directory holding images to anonymize                      ",
  52    "       rootname : root for the 'anonymized' name                          ",
  53    "       listOfElementsToRubOut : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)  ",
  54    "                                of extra Elements to rub out              ",
  55    "       dicomdir   : user wants to generate a DICOMDIR                     ",
  56    "       verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'       ",
  57    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  58    FINISH_USAGE
  59
  60
  61
  62    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  63    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  64
  65    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  66    {
  67       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  68       delete am;
  69       return 0;
  70    }
  71    const char * name  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  72    if ( name == NULL )
  73    {
  74       delete am;
  75       return 0;
  76    }
  77
  78    std::string dirName = name;
  79
  80    bool verbose  = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  81    bool dicomdir = ( 0 != am->ArgMgrDefined("dicomdir") );
  82
  83    const char *rootname  = am->ArgMgrGetString("rootname","Patient");
  84
  85    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  86      GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  87
  88    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
  89
  90    int rubOutNb;
  91    uint16_t *elemsToRubOut = am->ArgMgrGetXInt16Enum("rubout", &rubOutNb);
  92
  93    // ----------- if unused Param we give up
  94    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  95    {
  96       am->ArgMgrUsage(usage);
  97       delete am;
  98       return 0;
  99    }
 100
 101    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 102
 103
 104   // ----------------------------------------------------------
 105
 106
 107    // ----- Begin Processing -----
 108
 109    GDCM_NAME_SPACE::DicomDir *dcmdir;
 110
 111    // we ask for Directory parsing
 112
 113    dcmdir = GDCM_NAME_SPACE::DicomDir::New( );
 114    dcmdir->SetLoadMode(loadMode);
 115    dcmdir->SetDirectoryName(dirName);
 116    dcmdir->Load();
 117
 118    if ( verbose )
 119       std::cout << "======================= End Parsing Directory" << std::endl;
 120
 121     // ----- Check the result
 122
 123    if ( !dcmdir->GetFirstPatient() )
 124    {
 125       std::cout << "No patient found (?!?). Exiting."
 126                 << std::endl;
 127       dcmdir->Delete();
 128       return 1;
 129    }
 130
 131    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirPatient *pa;
 132    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirStudy *st;
 133    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirSerie *se;
 134    GDCM_NAME_SPACE::DicomDirImage *im;
 135
 136    std::string codedName;
 137    std::string codedID;
 138    std::string fullFileName;
 139    std::string patName;
 140    std::string patID;
 141
 142    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 143
 144
 145   //GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 146
 147
 148    int sequentialPatientNumber = 0;
 149    char  char_sequentialPatientNumber[10]; // 999999999 patients in a directory should be enough?
 150    pa = dcmdir->GetFirstPatient();
 151    while ( pa )
 152    {  // on degouline les PATIENT du DICOMDIR
 153
 154       sequentialPatientNumber++;
 155       sprintf (char_sequentialPatientNumber, "%d", sequentialPatientNumber);
 156       //patName = pa->GetEntryString(0x0010, 0x0010);
 157
 158
 159       //codedName = "g^" + GDCM_NAME_SPACE::Util::ConvertToMD5(patName);
 160       codedName = "g^" + std::string(rootname) + std::string(char_sequentialPatientNumber);
 161       patID = pa->GetEntryString(0x0010, 0x0020);
 162       codedID = GDCM_NAME_SPACE::Util::ConvertToMD5(patID);
 163
 164       if (verbose) {
 165          std::cout << "[" << patName << "] --> [" << codedName << "]" << std::endl;
 166          std::cout << "[" << patID   << "] --> [" << codedID   << "]"  << std::endl;
 167       }
 168       st = pa->GetFirstStudy();
 169       while ( st )
 170       { // on degouline les STUDY de ce patient
 171          se = st->GetFirstSerie();
 172          while ( se )
 173          { // on degouline les SERIES de cette study
 174             im = se->GetFirstImage();
 175             while ( im )
 176             { // on degouline les Images de cette serie
 177                fullFileName = dirName;
 178                const char lastChar = dirName.c_str()[strlen(dirName.c_str())-1];
 179                if ( lastChar != '/' && lastChar != '\\')
 180                   fullFileName +=  GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR;
 181                fullFileName += im->GetEntryString(0x0004, 0x1500);
 182
 183                // -- remove trailing space, if any
 184                int pos=fullFileName.length()-1;
 185                if (fullFileName[pos] == ' ')
 186                {
 187                   fullFileName.erase(pos);
 188                }
 189                // --
 190
 191                if (verbose)
 192                   std::cout << "FileName [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 193
 194                f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 195                   f->SetMaxSizeLoadEntry(0x7fff);  // we want to load entries of any length !
 196                   f->SetLoadMode(loadMode);
 197                   f->SetFileName( fullFileName );
 198                if ( !f->Load() )
 199                {
 200                  std::cout << "Load failed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 201                  //f->Delete();
 202                  //continue;  // or return 0; ?
 203                }
 204                else
 205                {
 206                   if (verbose)
 207                      std::cout << "Load successed for [" << fullFileName << "]" << std::endl;
 208                }
 209                //
 210                //  Choose the fields to anonymize.
 211                //
 212
 213                // Institution name
 214                f->AddAnonymizeElement( 0x0008, 0x0080, "Xanadoo" );
 215
 216                // Patient's name
 217                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0010, codedName );
 218
 219                // Patient's ID
 220                //f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,"1515" );
 221                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0020,codedID );
 222                // Patient's Birthdate
 223                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x0030,"11111111" );
 224                // Patient's Adress
 225                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1040,"Sing-sing" );
 226                // Patient's Mother's Birth Name
 227                f->AddAnonymizeElement( 0x0010, 0x1060,"g^Vampirella" );
 228
 229                // Study Instance UID
 230                // we may not brutaly overwrite it
 231                //f->AddAnonymizeElement( 0x0020, 0x000d, "9.99.999.9999" );
 232
 233                // Telephone
 234                f->AddAnonymizeElement(0x0010, 0x2154, "3615" );
 235
 236                // deal with user defined Elements set
 237
 238                for (int ri=0; ri<rubOutNb; ri++)
 239                {
 240                   f->AddAnonymizeElement((uint32_t)elemsToRubOut[2*ri],
 241                                          (uint32_t)elemsToRubOut[2*ri+1],"*" );
 242                }
 243
 244    // ============================================================
 245    //   Load the pixels in memory.
 246    // ============================================================
 247
 248                // We need a gdcm::FileHelper, since we want to load the pixels
 249                GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 250
 251                // unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one !
 252                // Feel free to cast if you know it's not.
 253
 254                uint8_t *imageData = fh->GetImageData();
 255
 256                if ( imageData == 0 )
 257                {
 258                    std::cerr << "Sorry, Pixels of [" << fullFileName <<"]  are not "
 259                              << " gdcm-readable."       << std::endl
 260                              << "Use exAnonymizeNoLoad" << std::endl;
 261                    f->Delete();
 262                    fh->Delete();
 263                    return 0;
 264                }
 265
 266    // ============================================================
 267               f->AnonymizeFile();
 268               f->ClearAnonymizeList();
 269
 270               fh->SetContentType(GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 271               fh->Write(fullFileName);  // WARNING : overwrites the file!
 272
 273               im = se->GetNextImage();
 274               f->Delete();
 275               fh->Delete();
 276            }
 277            se = st->GetNextSerie();
 278         }
 279         st = pa->GetNextStudy();
 280      }
 281      pa = dcmdir->GetNextPatient();
 282    }
 283
 284    dcmdir->Delete();
 285
 286    if (dicomdir)
 287    {
 288       std::cout << "DICOMDIR creation in progress ..." << std::endl;
 289       dcmdir = GDCM_NAME_SPACE::DicomDir::New( );
 290       dcmdir->SetLoadMode(loadMode);
 291       dcmdir->SetDirectoryName(dirName);
 292       dcmdir->Load();
 293       dcmdir->Write("DICOMDIR");
 294    }
 295
 296    return 0;
 297
 298 }