Example/ExtractOverlays.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ExtractOverlays.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:04 $
   7   Version:   $Revision: 1.3 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19
  20 #include "gdcmFile.h"
  21 #include "gdcmFileHelper.h"
  22 #include "gdcmCommon.h"
  23 #include "gdcmDebug.h"
  24 #include "gdcmDataEntry.h"
  25 #include "gdcmDirList.h"
  26
  27 #include "gdcmArgMgr.h"
  28 #include <iostream>
  29
  30 // Each BIT of Overlay Data (0x6000,0x3000) corresponds
  31 // to a BYTE of overlay image.
  32 void explodeByte(unsigned char byte, unsigned char* result)
  33 {
  34    unsigned char mask = 1;
  35    for (int i=0;i<8;i++)
  36    {
  37       if ((byte & mask)==0)
  38          result[i]=0;
  39       else
  40          result[i]=1;
  41       mask<<=1;
  42    }
  43    return;
  44 }
  45
  46
  47 int main(int argc, char *argv[])
  48 {
  49    START_USAGE(usage)
  50    " \n ExtractOverlays :\n                                                   ",
  51    " Extract overlay images from all DICOM image within a directory           ",
  52    "          Warning : probably segfaults if no overlay                      ",
  53    " usage: ExtractOverlays dirin=inputDirectoryName  [debug]                 ",
  54    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  55    FINISH_USAGE
  56
  57    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  58
  59    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  60
  61    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  62    {
  63       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  64       delete am;
  65       return 0;
  66    }
  67
  68    const char *dirIn  = am->ArgMgrWantString("dirin", usage);
  69
  70    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  71       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  72
  73    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  74       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  75
  76    // if unused Param we give up
  77    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  78    {
  79       am->ArgMgrUsage(usage);
  80       delete am;
  81       return 0;
  82    }
  83
  84    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  85
  86
  87    // ========================== Now, we can do the job! ================
  88
  89
  90    // ======================== more checking on the params ==============
  91
  92    if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(dirIn) )
  93    {
  94       std::cout << "KO : [" << dirIn << "] is not a Directory." << std::endl;
  95       return 0;
  96
  97    }
  98
  99    char outputFileName[1024]; // Hope it's enough for a file name!
 100
 101    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 102
 103    GDCM_NAME_SPACE::DirList dirList(dirIn,true); // gets (recursively) the file list
 104    GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 105    for( GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 106                                  it != fileList.end();
 107                                  ++it )
 108    {
 109    //   Just to see *all* the file names:
 110    //   std::cout << "file [" << it->c_str() << "]" << std::endl;
 111
 112    //   Read the input file.
 113
 114    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
 115    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL );
 116    f->SetFileName( it->c_str() );
 117
 118    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
 119    f->AddForceLoadElement(0x6002,0x3000);
 120    f->AddForceLoadElement(0x6004,0x3000);
 121    f->AddForceLoadElement(0x6006,0x3000);
 122    f->AddForceLoadElement(0x6008,0x3000);
 123    f->AddForceLoadElement(0x600a,0x3000);
 124    f->AddForceLoadElement(0x600c,0x3000);
 125    f->AddForceLoadElement(0x600e,0x3000);
 126
 127    int res = f->Load();
 128
 129    if ( !res )
 130    {
 131        std::cerr << "Sorry, " << it->c_str() <<"  not a gdcm-readable "
 132                  << "DICOM / ACR File" <<std::endl;
 133        f->Delete();
 134        continue;
 135    }
 136    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 137
 138    // ============================================================
 139    //   Load the Overlays in memory (the first one)
 140    // ============================================================
 141
 142 /// \todo : deal with *each* overlay Data Element (not only the first one!)
 143
 144    uint16_t ovlyGroup = 0x6000;
 145
 146    GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e = f->GetDataEntry(ovlyGroup, 0x3000);
 147    if (e == 0)
 148    {
 149       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 150       f->Delete();
 151       continue;
 152    }
 153    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 154
 155    uint8_t *overlay = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 156    if ( overlay == 0 )
 157    {
 158        std::cerr << "Sorry, Overlays of" << it->c_str() <<"  are not "
 159                  << " gdcm-readable."    << std::endl;
 160        f->Delete();
 161        continue;
 162    }
 163
 164    // ============================================================
 165    //  Image data generation.
 166    // ============================================================
 167
 168    unsigned int dimX= f->GetXSize();
 169    unsigned int dimY= f->GetYSize();
 170
 171    unsigned int dimXY=dimX*dimY;
 172    std::cout << "DimX : "<< dimX <<" DimY : " << dimY
 173              << " DimXY : " <<dimXY << std::endl;
 174    unsigned char *outputData = new unsigned char[dimXY];
 175
 176    unsigned char *result=outputData;
 177    for (unsigned int i=0;i<(dimXY/8);i++)
 178    {
 179       explodeByte(overlay[i], result);
 180       result+=8;
 181    }
 182
 183    // ============================================================
 184    //   Write a new file
 185    // ============================================================
 186    GDCM_NAME_SPACE::File *f2;
 187    f2 = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
 188
 189    char temp[256];
 190
 191    sprintf(temp,"%d ",dimX);
 192    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 193    sprintf(temp,"%d ",dimY);
 194    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 195
 196    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 197    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 198    f2->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 199    f2->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 200    f2->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 201    f2->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 202
 203    sprintf(outputFileName, "%s.ovly.dcm",it->c_str() );
 204
 205    // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 206    // ...
 207    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f2);
 208
 209    fh->SetImageData(outputData,dimXY);
 210    fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 211    std::cout <<"End WriteOverlayImage" << std::endl;
 212
 213    delete outputData;
 214    f->Delete();
 215    f2->Delete();
 216    fh->Delete();
 217
 218 }  // end of loop on files
 219
 220    return 0;
 221 }
 222