Example/MergeDICOMRaw.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: MergeDICOMRaw.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/03/29 07:35:57 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmUtil.h"
  23 #include "gdcmDocEntry.h"
  24 #include "gdcmDataEntry.h"
  25
  26 #include <iomanip>
  27
  28 /*
  29  * Take a template DICOM and merge in the Pixel Data from a RAW file
  30  */
  31 int main(int argc, char *argv[])
  32 {
  33    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  34
  35    if( argc < 3 )
  36    {
  37       std::cerr << "Usage :" << argv[0] << " input.dcm inputrawfile" << std::endl;
  38       std::cerr << "  Ex: " << argv[0] << " template.dcm data.raw" << std::endl;
  39       return 1;
  40    }
  41    std::string fileName = argv[1];
  42
  43 // ============================================================
  44 //   Read the input image.
  45 // ============================================================
  46
  47    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
  48
  49    //f->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ | GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW);
  50    f->SetFileName( fileName );
  51
  52    bool res = f->Load();
  53
  54    GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  55    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
  56    {
  57       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  58       f->Print();
  59       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  60    }
  61    if (!res) {
  62        std::cerr << "Sorry, " << fileName << " not a gdcm-readable "
  63            << "DICOM / ACR File"
  64            << std::endl;
  65       f->Delete();
  66       return 1;
  67    }
  68    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  69
  70      // (Find the dicom tag, and) extract the string
  71
  72    // Read in the input data as a file:
  73    const char *inputraw = argv[2];
  74    std::ifstream i(inputraw);
  75    if( !i )
  76    {
  77       std::cerr << "Problem opening file: " << inputraw << std::endl;
  78       f->Delete();
  79       return 1;
  80    }
  81    const unsigned int dims[3] = { 256, 364, 100 };
  82    unsigned int pixelsize = 2; // 16bits => 2 bytes
  83    unsigned long length = dims[0] * dims[1] * dims[2] * pixelsize;
  84    uint8_t *pixeldata = new uint8_t[length];
  85    memset(pixeldata,0,length);
  86    if( ! i.read((char*)pixeldata, length) )
  87      {
  88       std::cerr << "Problem reading raw data" << std::endl;
  89      }
  90    i.close();
  91
  92    std::ostringstream str;
  93
  94    // Set the image size
  95    str.str("");
  96    str << dims[0];
  97    f->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011,"US"); // Columns
  98
  99    str.str("");
 100    str << dims[1];
 101    f->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010,"US"); // Rows
 102
 103    str.str("");
 104    str << dims[2];
 105    f->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
 106
 107    // Set the pixel type
 108    str.str("");
 109    str << pixelsize * 8;
 110    f->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100,"US"); // Bits Allocated
 111    f->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101,"US"); // Bits Stored
 112
 113    str.str("");
 114    str << ( pixelsize * 8 ) - 1;
 115    f->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102,"US"); // High Bit
 116
 117    // Set the pixel representation
 118    str.str("");
 119    str << "0"; // Unsigned
 120    f->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103,"US"); // Pixel Representation
 121
 122    // Set the samples per pixel
 123    str.str("");
 124    str << 1; // grayscale
 125    f->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002,"US"); // Samples per Pixel
 126
 127
 128    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 129    // Convert Media Storage SOP Class if needed
 130    std::string mssop = f->GetEntryString(0x0002,0x0002);
 131    // See http://www.toshiba-europe.com/medical/Materials/PDF/Dicom/MIIUS0026EA.pdf
 132    if ( GDCM_NAME_SPACE::Util::DicomStringEqual(mssop, "1.2.392.200036.9116.7.8.1.1.1") ) // Toshiba US Private Data Storage
 133      {
 134      fh->InsertEntryString("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1",0x0002,0x0002,"UI"); // Media Storage SOP Class UID
 135      fh->InsertEntryString("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1",0x0008,0x0016,"UI"); // SOP Class UID
 136      }
 137
 138   // TODO
 139   // for UltrasoundMultiframeImageStorage we may need also:
 140   // (0028,0009) AT (0018,1063)  #   4, 1 FrameIncrementPointer
 141   // and
 142   // Pixel Aspect Ratio
 143
 144
 145
 146    fh->SetContentType(GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 147    fh->SetImageData(pixeldata,length);
 148    fh->SetWriteModeToRaw(); // no LUT, no compression.
 149    fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 150    const char fileOut[] = "out.dcm";
 151    if( !fh->Write(fileOut) )
 152    {
 153       std::cerr<< "-------------------------------\n"
 154                    << "Error when writting the file " << fileOut << "\n"
 155                 << "No file written\n";
 156    }
 157
 158    fh->Delete();
 159    f->Delete();
 160    return 0;
 161 }
 162
 163