]> Creatis software - gdcm.git/blob - Example/PatchHeader.cxx
fix mistyping
[gdcm.git] / Example / PatchHeader.cxx
1 /*=========================================================================
2                                                                                 
3   Program:   gdcm
4   Module:    $RCSfile: PatchHeader.cxx,v $
5   Language:  C++
6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:04 $
7   Version:   $Revision: 1.8 $
8                                                                                 
9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
12                                                                                 
13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
16                                                                                 
17 =========================================================================*/
18 #include "gdcmFile.h"
19 #include "gdcmFileHelper.h"
20 #include "gdcmCommon.h"
21 #include "gdcmDebug.h"
22 #include "gdcmDirList.h"
23 #include "gdcmDocEntry.h"
24 #include "gdcmArgMgr.h"
25
26 #include <iostream>
27
28 // ------------------------------------------------------------------------
29 // gdcm mechanisms don't allow user to read an image 
30 // whose header contains wrong physical info (say : wrong Row Number ...)
31 // and re-write with a right value.
32 // This program does the job by brutally overwritting the wrong values.
33 // It may be usefull to save a set of images ...
34 // (It doesn't allow to *add* a missing field) 
35 // ------------------------------------------------------------------------
36
37 // global variables will be seen inside any function.
38
39 GDCM_NAME_SPACE::File *f;
40 std::fstream *fp;
41
42 uint16_t samplesperpixel;
43 uint16_t planarconfiguration;
44 uint16_t size;
45 uint16_t rows;
46 uint16_t columns;
47 uint16_t planes;
48 uint16_t bitsallocated;
49 uint16_t bitsstored;
50 uint16_t highbit;
51 uint16_t pixelrepresentation;
52
53 int bsamplesperpixel;
54 int bplanarconfiguration;
55 int bsize;
56 int brows;
57 int bcolumns;
58 int bplanes;
59 int bbitsallocated;
60 int bbitsstored;
61 int bhighbit;
62 int bpixelrepresentation;
63
64 void update()
65 {
66    uint32_t offset;
67    GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *d;
68       // 
69       //  Fields to replace.
70       // 
71
72       // Samples Per Pixel
73       if (bsamplesperpixel) 
74       {
75          d = f->GetDocEntry( 0x0028, 0x0002);
76          if (d)
77          {
78             offset = d->GetOffset();
79             fp->seekp( offset, std::ios::beg );
80             fp->write( (char *)&samplesperpixel, 2 );
81          }
82       }
83       // Rows
84       if (brows) 
85       {
86          d = f->GetDocEntry( 0x0028, 0x0010);
87          offset = d->GetOffset();
88          fp->seekp( offset, std::ios::beg );
89          fp->write( (char *)&rows, 2 );
90       }
91       // Columns
92       if (bcolumns)
93       { 
94          d = f->GetDocEntry( 0x0028, 0x0011);
95          offset = d->GetOffset();
96          fp->seekp( offset, std::ios::beg );
97          fp->write( (char *)&columns, 2 );
98       }
99       // Planes
100       if (bplanes) 
101       {
102          d = f->GetDocEntry( 0x0028, 0x0012);
103          if (d)
104          {
105             offset = d->GetOffset();
106             fp->seekp( offset, std::ios::beg );
107             fp->write( (char *)&planes, 2 );
108          }
109       }
110       // Bits Allocated
111       if (bbitsallocated) 
112       {
113          d = f->GetDocEntry( 0x0028, 0x0100);
114          offset = d->GetOffset();
115          fp->seekp( offset, std::ios::beg );
116          fp->write( (char *)&bitsallocated, 2 );
117       }
118
119       // Bits Stored
120       if (bbitsstored) 
121       {
122          d = f->GetDocEntry( 0x0028, 0x0101);
123          offset = d->GetOffset();
124          fp->seekp( offset, std::ios::beg );
125          fp->write( (char *)&bitsstored, 2 );
126       }
127
128       // High Bit
129       if (bhighbit) 
130       {
131          d = f->GetDocEntry( 0x0028, 0x0102);
132          offset = d->GetOffset();
133          fp->seekp( offset, std::ios::beg );
134          fp->write( (char *)&highbit, 2 );
135       }
136
137       // Pixel Representation
138       if (bpixelrepresentation) 
139       {
140          d = f->GetDocEntry( 0x0028, 0x0103);
141          offset = d->GetOffset();
142          fp->seekp( offset, std::ios::beg );
143          fp->write( (char *)&pixelrepresentation, 2 );
144       }
145 }
146
147 int main(int argc, char *argv[])
148 {
149    START_USAGE(usage)
150    "\n PatchHeader :\n                                                        ",
151    " Allows aware user to patch an image header, without loading image.       ",
152    "         Warning : the image(s) is/are overwritten                        ",
153    "                   to preserve image(s) integrity, use a copy.            ",
154    "         WARNING : *NO CHECK* is performed on the new values.             ",
155    "                   Use only if you are sure the original values are wrong ",
156    "                   *and* your values are right...                         ",
157    "usage: PatchHeader {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}        ",
158    "               [ { [size=] | [rows=][columns=] } ] [planes=]              ",
159    "               [bitsallocated=] [bitsstored=]                             ",
160    "               [highbit=] [samplesperpixel=]                              ",
161    "               [pixelrepresentation=] [samplesperpixel=]                  ",
162    "               [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]          ",
163    "                                                                          ",
164    "       inputFileName : Name of the (single) file user wants to modify     ",
165    "       inputDirectoryName : user wants to modify *all* the files          ",
166    "                            within the directory                          ",
167    "       size            : new (square) size, to owerwrite old (wrong) one  ",
168    "         or                                                               ",
169    "       rows            : new Rows number,    to owerwrite old (wrong) one ",
170    "       columns         : new Columns number, to owerwrite old (wrong) one ",
171    "       planes          : new Planes number,  ...                          ",
172    "       bitsallocated   : new Bits Allocated number,  ...                  ",
173    "       bitsstored      : new Bits Stored number,  ...                     ",
174    "       highbit         : new High Bit number,  ...                        ",
175    "       samplesperpixel : new Samples Per Pixel, ...                       ",
176    "       pixelrepresentation : new Pixel Representation, ...                ",
177    "                                                                          ",
178    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
179    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
180    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
181    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
182    FINISH_USAGE
183
184    // ----- Initialize Arguments Manager ------
185   
186    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
187   
188    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1) 
189    {
190       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
191       delete am;
192       return 0;
193    }
194
195    const char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein");
196    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
197
198    if ( (fileName == 0 && dirName == 0)
199         ||
200         (fileName != 0 && dirName != 0) )
201    {
202        std::cout <<std::endl
203                  << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;" 
204                  << std::endl << "Not both" << std::endl;
205        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'  
206        delete am;
207        return 0;
208     }
209
210    bsamplesperpixel = am->ArgMgrDefined("samplesperpixel");
211    if ( bsamplesperpixel )
212       samplesperpixel = am->ArgMgrWantInt("samplesperpixel",usage);
213
214    planarconfiguration = am->ArgMgrDefined("planarconfiguration");
215    if ( bplanarconfiguration )
216       planarconfiguration = am->ArgMgrWantInt("planarconfiguration",usage);
217
218    bsize = am->ArgMgrDefined("size");
219    brows      = am->ArgMgrDefined("rows");
220    bcolumns   = am->ArgMgrDefined("columns");
221
222    if (bsize && (brows || bcolumns) )
223    {
224       printf ("Use 'SIZE=...' or 'ROWS=... COLUMNS=...'\n");
225       printf ("Not both\n"); 
226       delete am;
227       return 0;
228    }
229
230    if ( bsize )
231     size = am->ArgMgrWantInt("size",usage);
232
233    if ( brows )
234       rows = am->ArgMgrWantInt("rows",usage);
235
236    if ( bcolumns )
237       columns = am->ArgMgrWantInt("columns",usage);
238
239    if (bsize)
240    {
241       brows = bcolumns = true;
242       rows = columns = size;
243    }
244    bplanes = am->ArgMgrDefined("planes");
245    if ( bplanes )
246       planes = am->ArgMgrWantInt("planes",usage);
247
248    bbitsallocated = am->ArgMgrDefined("bitsallocated");
249    if ( bbitsallocated )
250       bitsallocated = am->ArgMgrWantInt("bitsallocated",usage);
251
252    bbitsstored = am->ArgMgrDefined("bitsstored");
253    if ( bbitsstored )
254       bitsstored = am->ArgMgrWantInt("bitsstored",usage);
255
256    bhighbit = am->ArgMgrDefined("highbit");
257    if ( bhighbit )
258       highbit = am->ArgMgrWantInt("highbit",usage);
259
260    bpixelrepresentation = am->ArgMgrDefined("pixelrepresentation");
261    if ( bpixelrepresentation )
262       pixelrepresentation = am->ArgMgrWantInt("pixelrepresentation",usage);
263
264    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
265       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
266  
267    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
268    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
269       loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOWSEQ;
270    else 
271    {
272       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
273          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW;
274       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
275          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ;
276    }
277
278    /* if unused Param we give up */
279    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
280    {
281       am->ArgMgrUsage(usage);
282       delete am;
283       return 0;
284    } 
285  
286    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
287    
288
289    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======
290    {
291       // 
292       //   Parse the input file.
293       // 
294       f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
295       f->SetLoadMode(loadMode);
296       f->SetFileName( fileName );
297       bool res = f->Load();
298
299       // GDCM_NAME_SPACE::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
300       // any kind of GDCM_NAME_SPACE::Readable *document*
301       // not only GDCM_NAME_SPACE::File (as opposed to GDCM_NAME_SPACE::DicomDir)
302       if ( !res ) 
303       {
304          std::cout <<std::endl
305             << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
306             << "DICOM / ACR Document"
307             << std::endl;
308          f->Delete();
309          return 1;
310       }
311       std::cout << fileName << " is readable " << std::endl;
312
313       // 
314       //      No need to load the pixels in memory.      
315       //      File will be overwritten
316       // 
317
318       // open the file
319       fp = new std::fstream(fileName, 
320                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary); 
321
322       update ();
323
324       fp->close();
325       delete fp; 
326       f->Delete();
327       return 0;
328
329    }
330    else  // ====== Deal with a (single Patient) Directory ======
331    {
332       std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;
333       GDCM_NAME_SPACE::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list
334       GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
335       for( GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
336                                  it != fileList.end();
337                                  ++it )
338       {
339          f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
340          f->SetLoadMode(loadMode);
341          f->SetFileName( it->c_str() );
342          bool res = f->Load();
343
344          if ( !res )
345          {
346             f->Delete(); 
347             continue;
348          }
349
350          // open the file
351          fp = new std::fstream(it->c_str(), 
352                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary); 
353          update();
354      
355
356          fp->close();
357          delete fp; 
358          f->Delete();
359       }
360    }
361    return 0;
362 }
363