Example/PcpdenseToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PcpdenseToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/09/12 23:27:41 $
   7   Version:   $Revision: 1.11 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include <fstream>
  20 #include <iostream>
  21 //#include <values.h>
  22
  23 #if defined(__BORLANDC__)
  24 #include <ctype.h>
  25 #endif
  26
  27 #include "gdcmFile.h"
  28 #include "gdcmFileHelper.h"
  29 #include "gdcmDebug.h"
  30 #include "gdcmDirList.h"
  31 #include "gdcmUtil.h"
  32 #include "gdcmArgMgr.h"
  33
  34 /**
  35   * \brief
  36   *  Converts the "pcpdense" ".txt" (2008 version)  files into 16 bits Dicom Files,
  37   * Hope they don't change soon!
  38   */
  39
  40 void MakeDicomImage(unsigned short int *tabVal, int X, int Y, std::string dcmImageName, const char * patientName, int nbFrames,
  41                     std::string studyUID, std::string serieUID, std::string SerieDescr, int imgNum, bool m );
  42
  43 void LoadImage(std::ifstream &from,  unsigned short int *, int multFact);
  44
  45 void LoadImageX2(std::ifstream &from, unsigned short int *, int multFact);
  46 void RotateImage(unsigned short int *image, unsigned short int *image2, int NX, int NY);
  47 void FlipImage  (unsigned short int *image, unsigned short int *image2, int NX, int NY);
  48
  49 void WholeBazar (unsigned short int *image, int NX, int NY, int numberOfSlices, std::string strStudyUID, std::string serieDescr, const char* patientName, bool multiframe, bool X2, int multFact, const char *rootfilename);
  50 bool verbose;
  51
  52 int main(int argc, char *argv[])
  53 {
  54    START_USAGE(usage)
  55    " \n pcpdenseToDicom :\n                                                   ",
  56    "        Converts the '.txt' files into 16 bits Dicom-like Files,          ",
  57    " usage:                                                                   ",
  58    " pcpdenseToDicom rootfilename=...                                         ",
  59    "                 (e.g.. :   meas_MID380_DENSE_stacked_slices_aif_FID81637)",
  60    "                 numberOfSlices =  (default : 3)                          ",
  61    "                 X2 : multiply x 2 image size                             ",
  62    "                 multFact = (default : 1000) multiply pixel value by ...  ",
  63    "                 m :create multiframe files instead of image stacks       ",
  64    "                 [patientname = Patient's name]                           ",
  65    "                 [verbose] [debug]                                        ",
  66    "                                                                          ",
  67    " verbose  : user wants to run the program in 'verbose mode'               ",
  68    " debug    : *developer*  wants to run the program in 'debug mode'         ",
  69    FINISH_USAGE
  70
  71    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  72
  73    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  74
  75    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  76    {
  77       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  78       delete am;
  79       return 0;
  80    }
  81    // Seems that ArgMgrWantString doesn't work on MacOS
  82    if(!am->ArgMgrDefined("rootfilename"))
  83    {
  84       std::cout << "'rootfilename' is mandatory" << std::endl;
  85       exit(0);
  86    }
  87
  88    const char *rootfilename = am->ArgMgrWantString("rootfilename",usage);
  89    int numberOfSlices       = am->ArgMgrGetInt("numberOfSlices",3);
  90    int multFact             = am->ArgMgrGetInt("multFact",1000);
  91    const char *patientName  = am->ArgMgrGetString("patientname", "Patient^Name");
  92
  93    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  94       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  95
  96    verbose         = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  97    bool X2         = ( 0 != am->ArgMgrDefined("X2") );
  98    bool multiframe = ( 0 != am->ArgMgrDefined("m") );
  99
 100    // if unused Param we give up
 101    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 102    {
 103       am->ArgMgrUsage(usage);
 104       delete am;
 105       return 0;
 106    }
 107    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 108
 109    // ----- Begin Processing -----
 110
 111    std::ostringstream Ecc;
 112    std::ostringstream perf;
 113    std::ostringstream WashoutTc;
 114
 115    std::string strSerieUID;
 116    std::string strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 117    std::string /*dcmImageName,*/ textFileName, patientname, serieDescr;
 118    std::string deb(rootfilename);
 119
 120    unsigned short int *image;
 121 //   unsigned short int *image2;
 122
 123    int NX, NY;
 124
 125   // Get some info
 126   // -------------
 127
 128    {
 129         Ecc.str(rootfilename);
 130         Ecc   << Ecc.str() << "_s0" << "_Ecc.txt";
 131
 132         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 133         if ( !fromEcc )
 134         {
 135            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 136            exit(0);
 137         }
 138         std::string str1;
 139
 140          fromEcc >> str1;
 141          fromEcc >> str1;
 142
 143          fromEcc >> NX;
 144          fromEcc >> NY;
 145          std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 146    }
 147
 148
 149 serieDescr = "Ecc";
 150 WholeBazar(image,  NX,  NY,  numberOfSlices, strStudyUID, serieDescr, patientName,  multiframe, X2, multFact, rootfilename);
 151
 152 serieDescr = "perf";
 153 WholeBazar(image,  NX,  NY,  numberOfSlices, strStudyUID, serieDescr, patientName,  multiframe, X2, multFact, rootfilename);
 154
 155 serieDescr = "WashoutTc";
 156 WholeBazar(image,  NX,  NY,  numberOfSlices, strStudyUID, serieDescr, patientName,  multiframe, X2, multFact, rootfilename);
 157
 158   // delete []image;
 159    return 1;
 160 }
 161
 162 // =====================================================================================================================
 163
 164 void LoadImage(std::ifstream &from,  unsigned short int *image, int multFact)
 165 {
 166 // in any file ".txt" :
 167
 168 /*
 169 XY Dimensions           47          50
 170      0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000
 171      ...
 172 */
 173
 174    if (!from)
 175       return;
 176
 177    std::string str1;
 178
 179    from >> str1;
 180    from >> str1;
 181
 182    int NX, NY;
 183    from >> NX;
 184    from >> NY;
 185    std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 186
 187    float pixelValue;
 188
 189     int i, j;
 190     for( i=0;i<NY;i++) {
 191         for(j=0;j<NX;j++) {
 192            from >> pixelValue;
 193            image[i*NX+j] = (unsigned short int)(pixelValue * multFact); // Why do we multiply by 1000? // JPR
 194         }
 195      }
 196 }
 197
 198
 199 // =====================================================================================================================
 200
 201 void LoadImageX2(std::ifstream &from,  unsigned short int *image, int multFact )
 202 {
 203 // in any file ".txt" :
 204
 205 /*
 206 XY Dimensions           47          50
 207      0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000
 208      ...
 209 */
 210
 211    if (!from)
 212       return;
 213
 214    std::string str1;
 215
 216     from >> str1;
 217     from >> str1;
 218
 219     int NX, NY;
 220     from >> NX;
 221     from >> NY;
 222     std::cout << "NX, NY : " << NX << ", " << NY << std::endl;
 223
 224      int k;
 225      for( k=0;k<NX*NY*4;k++)
 226           image[k] = 0;
 227
 228     float pixelValue;
 229
 230      int i, j;
 231  /*
 232      for( i=0;i<NY;i++) {
 233            for(j=0;j<NX;j++) {
 234               from >> pixelValue;
 235               pixelValue*=1000.;  // Why do we multiply by 1000? // JPR
 236               image[i*4*NX + j*2] = image[i*4*NX + j*2+1] =  image[(i*4+2)*NX + j*2] =  image[(i*4+2)*NX + j*2+1] = (unsigned short int)(pixelValue);
 237            }
 238      }
 239  */
 240
 241      int lgrLigneNvlleImage = NX+NX;
 242      int debLigneNvlleImage = 0;
 243      for( i=0;i<NY;i++) {
 244            for(j=0;j<NX;j++) {
 245               from >> pixelValue;
 246               pixelValue*=multFact;  // Why do we multiply by 1000? // JPR
 247               image[debLigneNvlleImage + j+j] =
 248               image[debLigneNvlleImage + j+j +1] =
 249               image[debLigneNvlleImage + lgrLigneNvlleImage +j+j] =
 250               image[debLigneNvlleImage + lgrLigneNvlleImage + j+j +1] =
 251                  (unsigned short int)(pixelValue);
 252            }
 253            debLigneNvlleImage += 2*lgrLigneNvlleImage;
 254      }
 255 }
 256 // =====================================================================================================================================
 257 void RotateImage(unsigned short int *image, unsigned short int *image2, int NX, int NY)
 258 {
 259      int k = 0;
 260      for( int i=0;i<NY;i++) {
 261            for(int j=0;j<NX;j++) {
 262               image2[NY*j + i] = image[k];
 263               k++;
 264            }
 265      }
 266 }
 267
 268
 269 // =====================================================================================================================================
 270 void FlipImage(unsigned short int *image, unsigned short int *image2, int NX, int NY)
 271 {
 272      unsigned short int temp;
 273      for(int i=0;i<NY/2;i++) {
 274            for(int j=0;j<NX;j++) {
 275               temp = image[NX*i + j];
 276               image2[NX*i + j] = image[NX*(NY-i-1) + j];
 277               image2[NX*(NY-i-1) + j] = temp;
 278            }
 279      }
 280 }
 281
 282 // =====================================================================================================================================
 283
 284 void WholeBazar(unsigned short int *image, int NX, int NY, int numberOfSlices, std::string strStudyUID, std::string serieDescr, const char *patientName, bool multiframe, bool X2, int multFact, const char *rootfilename)
 285 {
 286    unsigned short int *image2;
 287    std::string strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 288    std::string deb(rootfilename);
 289    std::ostringstream Ecc;
 290    std::ostringstream trueSerieDescr;
 291    std::string dcmImageName;
 292
 293    int mult;
 294    if (X2)
 295       mult=4;
 296    else
 297       mult=1;
 298
 299    if (multiframe) {
 300       image  = new unsigned short int[NX*NY*mult*numberOfSlices];
 301       image2 = new unsigned short int[NX*NY*mult*numberOfSlices];
 302    } else {
 303       image  = new unsigned short int[NX*NY*mult];
 304       image2 = new unsigned short int[NX*NY*mult];
 305    }
 306
 307    if (!multiframe) {
 308      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 309      {
 310         Ecc.str(rootfilename);
 311         //Ecc << Ecc.str() << "_s" << i << "_Ecc.txt";
 312         Ecc << Ecc.str() << "_s" << i << "_" << serieDescr << ".txt";
 313
 314         trueSerieDescr.str("");
 315
 316         trueSerieDescr  << serieDescr << "_" "s" << i;
 317         //std::cout << "-------------------------------------------------------" << trueSerieDescr.str() << std::endl;
 318
 319         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 320         if ( !fromEcc )
 321         {
 322            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 323            exit(0);
 324         }
 325         std::cout << "Open file [" << Ecc.str() << "] : OK" << std::endl;
 326         dcmImageName = Ecc.str() + ".dcm";
 327
 328         if (X2)
 329         {
 330            LoadImageX2(fromEcc, image, multFact);
 331            RotateImage(image, image2, NX*2, NY*2);
 332            FlipImage(image2,  image2, NY*2, NX*2);
 333            MakeDicomImage(image, NY*2, NX*2, dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, trueSerieDescr.str(), i, multiframe );
 334         }
 335         else
 336         {
 337            LoadImage(fromEcc, image, multFact);
 338            RotateImage(image, image2, NX, NY);
 339            FlipImage(image2,  image2, NY, NX);
 340            MakeDicomImage(image2, NY, NX,     dcmImageName, patientName, 1, strStudyUID, strSerieUID, trueSerieDescr.str(), i, multiframe );
 341         }
 342         fromEcc.close();
 343
 344      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 345    }
 346
 347    if (multiframe) {
 348      for (int i=0; i<numberOfSlices; i++)
 349      {
 350         Ecc.str(rootfilename);
 351         //Ecc   << Ecc.str()    << "_s" << i << "_Ecc.txt";
 352         Ecc   << Ecc.str()    << "_s" << i << "_" << serieDescr << ".txt";
 353
 354         std::ifstream fromEcc( Ecc.str().c_str() );
 355         if ( !fromEcc )
 356         {
 357            std::cout << "Can't open file [" << Ecc.str() << "]" << std::endl;
 358            exit(0);
 359         }
 360
 361         std::cout << "Open file [" << Ecc.str() << "] : OK" << std::endl;
 362         if (X2)
 363         {
 364           LoadImageX2(fromEcc ,&image[NX*NY*4*i] , multFact);
 365           RotateImage(&image[NX*NY*4*i], &image2[NX*NY*4*i], NX*2, NY*2);
 366           FlipImage( &image2[NX*NY*4*i], &image2[NX*NY*4*i], NY*2, NX*2);
 367         }
 368         else
 369         {
 370           LoadImage(fromEcc, &image[NX*NY*i], multFact );
 371           RotateImage(&image[NX*NY*i], &image2[NX*NY*i], NX, NY);
 372           FlipImage( &image2[NX*NY*i], &image2[NX*NY*i], NY, NX);
 373         }
 374
 375         fromEcc.close();
 376      } // end : for (int i=0; i<numberOfSlices
 377
 378  //    dcmImageName = deb + "_Ecc.dcm";
 379      dcmImageName = deb + "_" +  serieDescr + ".dcm";
 380      if (X2)
 381         MakeDicomImage(image2, NY*2, NX*2, dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 382      else
 383         MakeDicomImage(image2, NY, NX,     dcmImageName, patientName, numberOfSlices, strStudyUID, strSerieUID, serieDescr, 0, multiframe );
 384    }  // end : if (multiframe)
 385 }
 386
 387 //=====================================================================================================================================
 388
 389 void MakeDicomImage(unsigned short int *tabVal, int X, int Y, std::string dcmImageName, const char * patientName, int nbFrames, std::string studyUID, std::string serieUID, std::string SerieDescr, int imgNum, bool m)
 390 {
 391
 392 //std::cout << "========================> in MakeDicomImage : dcmImageName = [" << dcmImageName << "] NX= " << X << " NY= " << Y << std::endl;
 393  // GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 394
 395    std::ostringstream str;
 396
 397    GDCM_NAME_SPACE::File *file;
 398    file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 399
 400   // Set the image size
 401    str.str("");
 402    str << X;
 403    file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011,"US"); // Columns
 404    str.str("");
 405    str << Y;
 406    file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010,"US"); // Rows
 407
 408   // Set the pixel type
 409   //      16; //8, 16, 32
 410    file->InsertEntryString("16",0x0028,0x0100,"US"); // Bits Allocated
 411
 412    str.str("");
 413    str << 16; // may be 12 or 16 if componentSize =16
 414    file->InsertEntryString("16",0x0028,0x0101,"US"); // Bits Stored
 415    file->InsertEntryString("15",0x0028,0x0102,"US"); // High Bit
 416
 417   // Set the pixel representation // 0/1 , 0=unsigned
 418    file->InsertEntryString("1",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 419
 420   // Set the samples per pixel // 1:Grey level, 3:RGB
 421    file->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 422
 423
 424    if (nbFrames != 1)
 425    {
 426       str.str("");
 427       str << nbFrames;
 428       file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008,"IS"); // Number of Frames
 429    }
 430
 431    if (strlen(patientName) != 0)
 432       file->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010, "PN"); // Patient's Name
 433
 434    file->InsertEntryString(studyUID, 0x0020, 0x000d, "UI");
 435    file->InsertEntryString(serieUID, 0x0020, 0x000e, "UI");
 436
 437    file->InsertEntryString(SerieDescr,0x0008,0x103e, "LO");  // Series Description
 438
 439 // 0020 0037 DS 6 Image Orientation (Patient)
 440    file->InsertEntryString("1.0\\0.0\\0.0\\0.0\\1.0\\0.0",0x0020,0x0037, "DS"); //[1\0\0\0\1\0] : Axial   (Tant pis!)
 441
 442 // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 443    char charImagePosition[256];
 444    sprintf(charImagePosition,"0.0\\0.0\\%f",(float)imgNum);
 445    file->InsertEntryString(charImagePosition,0x0020,0x0032, "DS");  //0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 446
 447 // 0020 0x1041 DS 1 Slice Location
 448         sprintf(charImagePosition,"%f",float(imgNum));
 449         file->InsertEntryString(charImagePosition,0x0020,0x1041, "DS");
 450 /*
 451   // Set Rescale Intercept
 452         str.str("");
 453         str << div;
 454         file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x1052,"DS");
 455
 456   // Set Rescale Slope
 457         str.str("");
 458         str << mini;
 459         file->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x1053,"DS");
 460 */
 461
 462    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH;
 463    fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(file);
 464    // cast is just to avoid warnings (*no* conversion is performed)
 465    //fileH->SetImageData((uint8_t *)img,int(maxX*maxY)*sizeof(uint16_t)); // troubles when maxX, mayY are *actually* float!
 466
 467    fileH->SetImageData((uint8_t *)tabVal,X*Y*nbFrames*sizeof(uint16_t));
 468    fileH->SetWriteModeToRaw();
 469    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 470
 471    if( !fileH->Write(dcmImageName))
 472       std::cout << "Failed for [" << dcmImageName << "]\n"
 473                 << "           File is unwrittable" << std::endl;
 474
 475   // file->Print();
 476
 477   // delete img;
 478    file->Delete();
 479    fileH->Delete();
 480    //std::cout << "========================> out of MakeDicomImage : " << std::endl;
 481 }
 482
 483
 484 // =====================================================================================================================