Example/PhilipsToBrucker.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PhilipsToBrucker.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/12/21 15:01:04 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmDocEntry.h"
  19 #include "gdcmDicomDir.h"
  20 #include "gdcmDicomDirPatient.h"
  21 #include "gdcmFile.h"
  22 #include "gdcmDirList.h"
  23 #include "gdcmDebug.h"
  24 #include "gdcmArgMgr.h"
  25 #include "gdcmUtil.h"
  26 #include "gdcmSerieHelper.h"
  27
  28 #include <iostream>
  29
  30 /**
  31   * \brief
  32   *          - explores recursively the given directory
  33   *          - keeps the requested series
  34   *          - orders the gdcm-readable found Files
  35   *            according their Patient/Study/Serie/Image characteristics
  36   *          - fills a single level Directory with *all* the files,
  37   *            converted into a Brucker-like Dicom, Intags compliant
  38   *
  39   */
  40
  41 typedef std::map<std::string, gdcm::File*> SortedFiles;
  42
  43 int main(int argc, char *argv[])
  44 {
  45 /*
  46    START_USAGE(usage)
  47    " \n PhilipsToBrucker :\n                                                  ",
  48    " Explores recursively the given directory,                                ",
  49    "                                                                          ",
  50    " usage: PhilipsToBrucker dirin=rootDirectoryName                          ",
  51    "                         dirout=outputDirectoryName                       ",
  52    "        [noshadowseq][noshadow][noseq] [debug]                            ",
  53    "                                                                          ",
  54    "        noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences          ",
  55    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)  ",
  56    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences                    ",
  57    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
  58    FINISH_USAGE
  59 */
  60 const char **usage;
  61
  62    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  63    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  64
  65    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  66    {
  67       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  68       delete am;
  69       return 0;
  70    }
  71
  72    char *dirNamein;
  73    dirNamein  = am->ArgMgrGetString("dirin",(char *)".");
  74
  75    char *dirNameout;
  76    dirNameout  = am->ArgMgrGetString("dirout",(char *)".");
  77
  78    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  79    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  80       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  81    else
  82    {
  83    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  84          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  85       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  86          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  87    }
  88
  89    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  90       gdcm::Debug::DebugOn();
  91
  92    // if unused Param we give up
  93    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  94    {
  95       am->ArgMgrUsage(usage);
  96       delete am;
  97       return 0;
  98    }
  99
 100    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 101
 102    // ----- Begin Processing -----
 103
 104    std::string strDirNamein(dirNamein);
 105    gdcm::DirList dirList(strDirNamein, true);
 106
 107  /*
 108    std::cout << "---------------File list found ------------" << std::endl;
 109    dirList.Print();
 110  */
 111
 112    gdcm::DirListType fileNames;
 113    fileNames = dirList.GetFilenames();
 114    gdcm::SerieHelper *s;
 115    s = gdcm::SerieHelper::New();
 116
 117 /*
 118    std::cout << "---------------Print Serie--------------" << std::endl;
 119    s->SetDirectory(dirNamein, true); // true : recursive exploration
 120    s->SetUseSeriesDetails(true);
 121    s->AddSeriesDetail(0x0018, 0x1312);
 122    s->Print();
 123 */
 124
 125
 126
 127    gdcm::File *f;
 128
 129 /*
 130    std::cout << "---------------Print Unique Series identifiers---------"  << std::endl;
 131    std::string uniqueSeriesIdentifier;
 132
 133    for (gdcm::DirListType::iterator it = fileNames.begin();
 134                                     it != fileNames.end();
 135                                   ++it)
 136    {
 137       std::cout << "File Name : " << *it << std::endl;
 138       f = gdcm::File::New();
 139       f->SetLoadMode(gdcm::LD_ALL);
 140       f->SetFileName( *it );
 141       f->Load();
 142
 143       uniqueSeriesIdentifier=s->CreateUniqueSeriesIdentifier(f);
 144       std::cout << "                           [" <<
 145                uniqueSeriesIdentifier  << "]" << std::endl;
 146
 147       f->Delete();
 148    }
 149 */
 150
 151    std::cout << "------------------Print Break levels-----------------" << std::endl;
 152
 153    std::string userFileIdentifier;
 154    SortedFiles sf;
 155
 156
 157    s->AddSeriesDetail(0x0010, 0x0010, false); // Patient's Name
 158    s->AddSeriesDetail(0x0020, 0x000e, false); // Series Instance UID
 159    s->AddSeriesDetail(0x0020, 0x0032, false); // Image Position (Patient)
 160    s->AddSeriesDetail(0x0018, 0x1312, false); // In-plane Phase Encoding Direction
 161    s->AddSeriesDetail(0x0018, 0x1060, true);  // Trigger Time
 162
 163    for (gdcm::DirListType::iterator it = fileNames.begin();
 164                                     it != fileNames.end();
 165                                   ++it)
 166    {
 167       //std::cout << "File Name : " << *it << std::endl;
 168       f = gdcm::File::New();
 169       f->SetLoadMode(gdcm::LD_ALL);
 170       f->SetFileName( *it );
 171       f->Load();
 172
 173       userFileIdentifier=s->CreateUserDefinedFileIdentifier(f);
 174       //std::cout << "                           [" <<
 175       //        userFileIdentifier  << "]" << std::endl;
 176       // storing in a map ensures automatic sorting !
 177       sf[userFileIdentifier] = f;
 178    }
 179
 180    std::vector<std::string> tokens;
 181    std::string fullFilename;
 182    std::string previousPatientName, currentPatientName;
 183    std::string previousSerieInstanceUID, currentSerieInstanceUID;
 184    std::string previousImagePosition, currentImagePosition;
 185    std::string previousPhaseEncodingDirection, currentPhaseEncodingDirection;
 186
 187    SortedFiles::iterator it2 = sf.begin();
 188
 189    gdcm::Util::Tokenize (it2->first, tokens, "_");
 190
 191    previousPatientName            = tokens[0];
 192    previousSerieInstanceUID       = tokens[1];
 193    previousImagePosition          = tokens[2];
 194    previousPhaseEncodingDirection = tokens[3];
 195    std::cout << "==== new Patient "                            << currentPatientName      << std::endl;
 196    std::cout << "==== === new Serie "                          << currentSerieInstanceUID << std::endl;
 197    std::cout << "==== === === new Position "                   << currentImagePosition    << std::endl;
 198    std::cout << "==== === === === new PhaseEncodingDirection " << currentImagePosition    << std::endl;
 199    std::cout << "==== === === ===    "                         << it2->first              << std::endl;
 200
 201    it2++;
 202
 203    for ( ; it2 != sf.end(); ++it2)
 204    {
 205       tokens.clear();
 206       gdcm::Util::Tokenize (it2->first, tokens, "_");
 207
 208       currentPatientName            = tokens[0];
 209       currentSerieInstanceUID       = tokens[1];
 210       currentImagePosition          = tokens[2];
 211       currentPhaseEncodingDirection = tokens[3];
 212
 213       if (previousPatientName != currentPatientName)
 214       {
 215          previousPatientName = currentPatientName;
 216          std::cout << "==== new Patient " << currentPatientName << std::endl;
 217          previousPatientName            = currentPatientName;
 218          previousSerieInstanceUID       = currentSerieInstanceUID;
 219          previousImagePosition          = currentImagePosition;
 220          previousPhaseEncodingDirection = currentPhaseEncodingDirection;
 221       }
 222
 223       if (previousSerieInstanceUID != currentSerieInstanceUID)
 224       {
 225          std::cout << "==== === new Serie " << currentSerieInstanceUID << std::endl;
 226          previousSerieInstanceUID       = currentSerieInstanceUID;
 227          previousImagePosition          = currentImagePosition;
 228          previousPhaseEncodingDirection = currentPhaseEncodingDirection;
 229       }
 230
 231       if (previousImagePosition != currentImagePosition)
 232       {
 233          std::cout << "==== === === new Position " << currentImagePosition << std::endl;
 234          previousImagePosition          = currentImagePosition;
 235          previousPhaseEncodingDirection = currentPhaseEncodingDirection;
 236       }
 237
 238       if (previousPhaseEncodingDirection != currentPhaseEncodingDirection)
 239       {
 240          std::cout << "==== === === === new PhaseEncodingDirection " << currentImagePosition << std::endl;
 241          previousPhaseEncodingDirection = currentPhaseEncodingDirection;
 242       }
 243       fullFilename =  (it2->second)->GetFileName();
 244       std::cout << "==== === === ===    " << it2->first << "  " << (it2->second)->GetFileName() << " "
 245                 << gdcm::Util::GetName( fullFilename ) <<std::endl;
 246
 247    }
 248  }
 249