Example/PrintFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PrintFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/01/26 15:52:43 $
   7   Version:   $Revision: 1.79 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmDocument.h"
  20 #include "gdcmSeqEntry.h"
  21 #include "gdcmSQItem.h"
  22 #include "gdcmDataEntry.h"
  23
  24 #include "gdcmFileHelper.h"
  25 #include "gdcmDebug.h"
  26 #include "gdcmDirList.h"
  27 #include "gdcmGlobal.h"
  28 #include "gdcmDictSet.h"
  29 #include "gdcmArgMgr.h"
  30 #include "gdcmOrientation.h"
  31 #include <iostream>
  32
  33 // TODO : code factorization, for 'single file' an 'whole directory' processing
  34
  35 void ShowLutData(gdcm::File *f);
  36
  37      // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
  38      // The following is to be moved into a PixelReadConvert method
  39      // Let here, waiting for a clever idea on the way to do it.
  40
  41 void ShowLutData(gdcm::File *f)
  42 {
  43    gdcm::SeqEntry *modLutSeq = f->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
  44    if ( modLutSeq !=0 )
  45    {
  46       gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
  47       if ( sqi != 0 )
  48       {
  49          std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryString(0x0028,0x3002);
  50          if (   /*lutDescriptor   == GDCM_UNFOUND*/ 0 )
  51          {
  52             std::cout << "LUT Descriptor is missing" << std::endl;
  53             return;
  54          }
  55          int length;   // LUT length in Bytes
  56          int deb;      // Subscript of the first Lut Value
  57          int nbits;    // Lut item size (in Bits)
  58
  59          int nbRead;    // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
  60
  61          nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
  62                            "%d\\%d\\%d",
  63                               &length, &deb, &nbits );
  64          std::cout << "length " << length
  65                   << " deb " << deb
  66                   << " nbits " << nbits
  67                   << std::endl;
  68          if ( nbRead != 3 )
  69          {
  70             std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
  71          }
  72          //LUT Data (CTX dependent)
  73          gdcm::DataEntry *b = sqi->GetDataEntry(0x0028,0x3006);
  74          if ( b != 0 )
  75          {
  76             int BitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
  77             if ( BitsAllocated <= 8 )
  78             {
  79                int mult;
  80                if ( ( nbits == 16 ) && ( BitsAllocated == 8 ) )
  81                {
  82                // when LUT item size is different than pixel size
  83                   mult = 2; // high byte must be = low byte
  84                }
  85                else
  86                {
  87                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
  88                   mult = 1;
  89                }
  90                uint8_t *lut = b->GetBinArea();
  91                for( int i=0; i < length; ++i )
  92                {
  93                   std::cout << i+deb << " : \t"
  94                               << (int) (lut[i*mult + 1]) << std::endl;
  95                }
  96             }
  97             else
  98             {
  99                uint16_t *lut = (uint16_t *)(b->GetBinArea());
 100                for( int i=0; i < length; ++i )
 101                {
 102                   std::cout << i+deb << " : \t"
 103                               << (int) (((uint16_t *)lut)[i])
 104                               << std::endl;
 105                }
 106             }
 107          }
 108          else
 109             std::cout << "No LUT Data DataEntry (0x0028,0x3006) found?!? "
 110                         << std::endl;
 111       }
 112       else
 113          std::cout << "No First SQ Item within (0x0028,0x3000) ?!? "
 114                      << std::endl;
 115    }
 116    else
 117       std::cout << "No LUT Data SeqEntry (0x0028,0x3000) found "
 118                   << std::endl;
 119 }
 120
 121 int main(int argc, char *argv[])
 122 {
 123
 124    START_USAGE(usage)
 125    " \n PrintFile : \n                                                        ",
 126    " Display the header of a ACR-NEMA/PAPYRUS/DICOM File                      ",
 127    " usage: PrintFile {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}[level=n]",
 128    "                       [forceload=listOfElementsToForceLoad]              ",
 129    "                       [dict= privateDirectory]                           ",
 130    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ]          ",
 131    "                       [debug] [warning]                                  ",
 132    "      level = 0,1,2 : depending on the amount of details user wants to see",
 133    "      listOfElementsToForceLoad : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)",
 134    "                                of Elements to load whatever their length ",
 135    "      privateDirectory : source file full path name of Shadow Group elems ",
 136    "      noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences            ",
 137    "      noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)  ",
 138    "      noseq      : user doesn't want to load Sequences                    ",
 139    "      debug      : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
 140    "      warning    : user wants to be warned about any oddity in the File   ",
 141    "      showlut :user wants to display the Palette Color (as an int array)  ",
 142    FINISH_USAGE
 143
 144    // Initialize Arguments Manager
 145    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
 146
 147    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
 148    {
 149       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 150       delete am;
 151       return 1;
 152    }
 153
 154    const char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein");
 155    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
 156
 157    if ( (fileName == 0 && dirName == 0) ||
 158         (fileName != 0 && dirName != 0) )
 159    {
 160       std::cerr << std::endl
 161         << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;"
 162         << std::endl << "Not both" << std::endl;
 163       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 164       delete am;
 165       return 1;
 166    }
 167
 168    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 169       gdcm::Debug::DebugOn();
 170
 171    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
 172       gdcm::Debug::WarningOn();
 173
 174    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
 175    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
 176       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
 177    else
 178    {
 179       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
 180          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
 181       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
 182          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
 183    }
 184
 185    int level = am->ArgMgrGetInt("level", 1);
 186
 187    int forceLoadNb;
 188    uint16_t *elemsToForceLoad
 189                            = am->ArgMgrGetXInt16Enum("forceload", &forceLoadNb);
 190
 191    bool showlut = ( 0 != am->ArgMgrDefined("SHOWLUT") );
 192
 193    bool ddict = am->ArgMgrDefined("dict") ? true : false;
 194    const char *dict = 0;
 195
 196    if (ddict)
 197    {
 198      dict = am->ArgMgrGetString("dict",0);
 199    }
 200
 201    /* if unused Param we give up */
 202    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 203    {
 204       am->ArgMgrUsage(usage);
 205       delete am;
 206       return 1;
 207    }
 208
 209    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 210
 211    // ----------- End Arguments Manager ---------
 212
 213
 214    if (ddict)
 215    {
 216       gdcm::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->AddDict(dict);
 217    }
 218
 219    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======
 220    {
 221       gdcm::File *f = gdcm::File::New();
 222       f->SetLoadMode(loadMode);
 223       f->SetFileName( fileName );
 224
 225       for (int ri=0; ri<forceLoadNb; ri++)
 226       {
 227          f->AddForceLoadElement((uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri],
 228                                 (uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri+1] );
 229       }
 230 // TODO : find why such a polution
 231 // To avoid polluting the output with messages
 232 // 'Last system error was : No such file or directory'
 233
 234 errno = 0;
 235
 236
 237       bool res = f->Load();
 238       // gdcm::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
 239       // any kind of gdcm-Parsable *document*
 240       // not only gdcm::File (as opposed to gdcm::DicomDir)
 241       if ( !res )
 242       {
 243          std::cout << "Cannot process file [" << fileName << "]" << std::endl;
 244          std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 245                    << std::endl;
 246          std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 247                    << std::endl;
 248          std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' to try to guess the pb"
 249                    << std::endl;
 250          f->Delete();
 251          return 0;
 252       }
 253
 254       gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 255       fh->SetPrintLevel( level );
 256
 257       fh->Print();
 258
 259       std::cout << "\n\n" << std::endl;
 260
 261       std::cout <<std::endl;
 262       std::cout <<" dataSize    " << fh->GetImageDataSize()    << std::endl;
 263       std::cout <<" dataSizeRaw " << fh->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 264
 265       int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 266       std::string pixelType;
 267       nX=f->GetXSize();
 268       nY=f->GetYSize();
 269       nZ=f->GetZSize();
 270       std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ
 271                 << std::endl;
 272
 273       pixelType    = f->GetPixelType();
 274       sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 275       std::cout << " pixelType= ["            << pixelType
 276                 << "] SamplesPerPixel= ["     << sPP
 277                 << "] ";
 278
 279       if (sPP == 3)
 280       {
 281          planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 282          std::cout << " PlanarConfiguration= [" << planarConfig
 283                 << "] "<< std::endl;
 284       }
 285       std::cout << " PhotometricInterpretation= ["
 286                 << f->GetEntryString(0x0028,0x0004)
 287                 << "] "<< std::endl;
 288
 289       int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 290       std::cout << " NumberOfScalarComponents = " << numberOfScalarComponents
 291                 <<std::endl
 292                 << " LUT = " << (f->HasLUT() ? "TRUE" : "FALSE")
 293                 << std::endl;
 294
 295       if ( f->GetDataEntry(0x0002,0x0010) )
 296          if ( f->GetDataEntry(0x0002,0x0010)->IsNotLoaded() )
 297          {
 298             std::cout << "Transfer Syntax not loaded. " << std::endl
 299                      << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
 300                   << std::endl;
 301             f->Delete();
 302             return 0;
 303          }
 304
 305       std::string transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 306       std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 307                 << std::endl;
 308       std::cout << " SwapCode= " << f->GetSwapCode() << std::endl;
 309       std::cout << " ------" << std::endl;
 310
 311       //std::cout << "\n\n" << std::endl;
 312       //std::cout << "X spacing " << f->GetXSpacing() << std::endl;
 313       //std::cout << "Y spacing " << f->GetYSpacing() << std::endl;
 314       //std::cout << "Z spacing " << f->GetZSpacing() << std::endl;
 315
 316 //------------------------------
 317       // Lets's get and print some usefull fields about 'Orientation'
 318       // ------------------------------------------------------------
 319
 320       std::string strPatientPosition =
 321                                       f->GetEntryString(0x0018,0x5100);
 322       if ( strPatientPosition != gdcm::GDCM_UNFOUND
 323         && strPatientPosition != "" )
 324             std::cout << "PatientPosition (0x0010,0x5100)= ["
 325                       << strPatientPosition << "]" << std::endl;
 326
 327       std::string strViewPosition =
 328                                       f->GetEntryString(0x0018,0x5101);
 329       if ( strViewPosition != gdcm::GDCM_UNFOUND
 330         && strViewPosition != "" )
 331             std::cout << "strViewPosition (0x0010,0x5101)= ["
 332                       << strViewPosition << "]" << std::endl;
 333
 334      std::string strPatientOrientation =
 335                                       f->GetEntryString(0x0020,0x0020);
 336       if ( strPatientOrientation != gdcm::GDCM_UNFOUND
 337         && strPatientOrientation != "")
 338          std::cout << "PatientOrientation (0x0020,0x0020)= ["
 339                    << strPatientOrientation << "]" << std::endl;
 340
 341       std::string strImageOrientationPatient =
 342                                       f->GetEntryString(0x0020,0x0037);
 343       if ( strImageOrientationPatient != gdcm::GDCM_UNFOUND
 344         && strImageOrientationPatient != "" )
 345          std::cout << "ImageOrientationPatient (0x0020,0x0037)= ["
 346                    << strImageOrientationPatient << "]" << std::endl;
 347
 348       std::string strImageOrientationRET =
 349                                       f->GetEntryString(0x0020,0x0035);
 350       if ( strImageOrientationRET != gdcm::GDCM_UNFOUND
 351         && strImageOrientationRET != "" )
 352          std::cout << "ImageOrientationRET (0x0020,0x0035)= ["
 353                    << strImageOrientationRET << "]" << std::endl;
 354
 355       // Let's compute 'user friendly' results about 'Orientation'
 356       // ---------------------------------------------------------
 357
 358       gdcm::Orientation *o = gdcm::Orientation::New();
 359
 360       if ( strImageOrientationPatient != gdcm::GDCM_UNFOUND ||
 361            strImageOrientationRET     != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 362       {
 363
 364          gdcm::OrientationType orient = o->GetOrientationType( f );
 365
 366          std::cout << "TypeOrientation = " << orient << " (-> "
 367                    << o->GetOrientationTypeString(orient) << " )" << std::endl;
 368       }
 369
 370       std::string ori = o->GetOrientation ( f );
 371       if (ori != "\\" )
 372          std::cout << "Orientation [" << ori << "]" << std::endl;
 373
 374       o->Delete();
 375 //------------------------------
 376
 377
 378       // Display the LUT as an int array (for debugging purpose)
 379       if ( f->HasLUT() && showlut )
 380       {
 381          uint8_t* lutrgba = fh->GetLutRGBA();
 382          if ( lutrgba == 0 )
 383          {
 384             std::cout << "Lut RGBA (Palette Color) not built " << std::endl;
 385
 386            // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
 387            // The following is to be moved into a PixelRedaConvert method
 388
 389             gdcm::SeqEntry *modLutSeq = f->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
 390             if ( modLutSeq !=0 )
 391             {
 392                gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
 393                if ( !sqi )
 394                {
 395                   std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryString(0x0028,0x3002);
 396                   int length;   // LUT length in Bytes
 397                   int deb;      // Subscript of the first Lut Value
 398                   int nbits;    // Lut item size (in Bits)
 399                   int nbRead;   // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
 400
 401                   nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
 402                                     "%d\\%d\\%d",
 403                                      &length, &deb, &nbits );
 404                   if ( nbRead != 3 )
 405                   {
 406                       std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
 407                   }
 408                   gdcm::DataEntry *b = sqi->GetDataEntry(0x0028,0x3006);
 409                   if ( b != 0 )
 410                   {
 411                      if ( b->GetLength() != 0 )
 412                      {
 413                         std::cout << "---------------------------------------"
 414                                << " We should never reach this point      "
 415                                << std::endl;
 416                         //LoadEntryBinArea(b);    //LUT Data (CTX dependent)
 417                      }
 418                  }
 419               }
 420             }
 421             else
 422                std::cout << "No LUT Data (0x0028,0x3000) found " << std::endl;
 423         }
 424          else
 425          {
 426             if ( fh->GetLutItemSize() == 8 )
 427             {
 428                for (int i=0;i<fh->GetLutItemNumber();i++)
 429                   std::cout << i << " : \t"
 430                          << (int)(lutrgba[i*4])   << " "
 431                          << (int)(lutrgba[i*4+1]) << " "
 432                          << (int)(lutrgba[i*4+2]) << std::endl;
 433             }
 434             else // LutItemSize assumed to be = 16
 435             {
 436                uint16_t* lutrgba16 = (uint16_t*)lutrgba;
 437                for (int i=0;i<fh->GetLutItemNumber();i++)
 438                   std::cout << i << " : \t"
 439                          << (int)(lutrgba16[i*4])   << " "
 440                          << (int)(lutrgba16[i*4+1]) << " "
 441                          << (int)(lutrgba16[i*4+2]) << std::endl;
 442             }
 443          }
 444       }
 445       else if (showlut)
 446       {
 447          std::cout << "Try LUT Data "<< std::endl;
 448          ShowLutData(f);
 449       }
 450
 451       // Parsability of the gdcm::Document already checked, after Load() !
 452
 453       if ( f->IsReadable() )
 454       {
 455          std::cout <<std::endl<<fileName<<" is Readable"<<std::endl;
 456       }
 457       else if ( f->GetSeqEntry(0x0041,0x1010) )
 458       {
 459          std::cout <<std::endl<<fileName<<" looks like a 'PAPYRUS image' file"
 460                    <<std::endl;
 461       }
 462       else if ( f->GetSeqEntry(0x0004,0x1220) )
 463       {
 464          std::cout <<std::endl<<fileName<<" looks like a 'DICOMDIR file'"
 465                    <<std::endl;
 466       }
 467       else
 468       {
 469          std::cout <<std::endl<<fileName<<" doesn't look like an image file "
 470              <<std::endl;
 471       }
 472
 473       std::cout<<std::flush;
 474       f->Delete();
 475       fh->Delete();
 476    }
 477    else  // ====== Deal with a Directory ======
 478    {
 479       std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;
 480       gdcm::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list
 481       gdcm::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 482       gdcm::File *f;
 483       bool res;
 484
 485       for( gdcm::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 486                                  it != fileList.end();
 487                                  ++it )
 488       {
 489          std::cout << std::endl<<" Start processing :[" << it->c_str() << "]"
 490                    << std::endl;
 491          f = gdcm::File::New();
 492          f->SetLoadMode(loadMode);
 493          f->SetFileName( it->c_str() );
 494
 495          for (int ri=0; ri<forceLoadNb; ri++)
 496          {
 497             printf("%04x,%04x\n",elemsToForceLoad[2*ri],
 498                                  elemsToForceLoad[2*ri+1]);
 499             f->AddForceLoadElement((uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri],
 500                                    (uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri+1]);
 501          }
 502          res = f->Load();
 503
 504          if ( !res )
 505          {
 506             std::cout << "Cannot process file [" << it->c_str() << "]"
 507                       << std::endl;
 508             std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 509                       << std::endl;
 510             std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 511                       << std::endl;
 512             std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' "
 513                       << "to try to guess the pb"
 514                       << std::endl;
 515             f->Delete();
 516             continue;
 517          }
 518
 519          gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 520          fh->SetPrintLevel( level );
 521          fh->Print();
 522
 523 //------------------------------
 524
 525          // Lets's get and print some usefull fields about 'Orientation'
 526          // ------------------------------------------------------------
 527
 528          std::string strPatientPosition =
 529                                        f->GetEntryString(0x0018,0x5100);
 530          if ( strPatientPosition != gdcm::GDCM_UNFOUND
 531          && strPatientPosition != "" )
 532                std::cout << "PatientPosition (0x0010,0x5100)= ["
 533                         << strPatientPosition << "]" << std::endl;
 534
 535          std::string strViewPosition =
 536                                        f->GetEntryString(0x0018,0x5101);
 537          if ( strViewPosition != gdcm::GDCM_UNFOUND
 538          && strViewPosition != "" )
 539                std::cout << "strViewPosition (0x0010,0x5101)= ["
 540                         << strViewPosition << "]" << std::endl;
 541
 542          std::string strPatientOrientation =
 543                                        f->GetEntryString(0x0020,0x0020);
 544          if ( strPatientOrientation != gdcm::GDCM_UNFOUND
 545          && strPatientOrientation != "")
 546             std::cout << "PatientOrientation (0x0020,0x0020)= ["
 547                       << strPatientOrientation << "]" << std::endl;
 548
 549          std::string strImageOrientationPatient =
 550                                        f->GetEntryString(0x0020,0x0037);
 551          if ( strImageOrientationPatient != gdcm::GDCM_UNFOUND
 552          && strImageOrientationPatient != "" )
 553             std::cout << "ImageOrientationPatient (0x0020,0x0037)= ["
 554                      << strImageOrientationPatient << "]" << std::endl;
 555
 556          std::string strImageOrientationRET =
 557                                        f->GetEntryString(0x0020,0x0035);
 558          if ( strImageOrientationRET != gdcm::GDCM_UNFOUND
 559          && strImageOrientationRET != "" )
 560          {
 561             std::cout << "ImageOrientationRET (0x0020,0x0035)= ["
 562                      << strImageOrientationRET << "]" << std::endl;
 563          }
 564
 565          // Let's compute 'user friendly' results about 'Orientation'
 566          // ---------------------------------------------------------
 567
 568          gdcm::Orientation *o = gdcm::Orientation::New();
 569
 570
 571          if ( strImageOrientationPatient != gdcm::GDCM_UNFOUND ||
 572             strImageOrientationRET     != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 573          {
 574
 575             gdcm::OrientationType orient = o->GetOrientationType( f );
 576
 577             std::cout << "TypeOrientation = " << orient << " (-> "
 578                      << o->GetOrientationTypeString(orient) << " )" << std::endl;
 579          }
 580
 581          std::string ori = o->GetOrientation ( f );
 582          if (ori != "\\" )
 583             std::cout << "Orientation [" << ori << "]" << std::endl;
 584          o->Delete();
 585
 586 //-------------------------------
 587
 588          if (f->IsReadable())
 589             std::cout <<std::endl<<it->c_str()<<" is Readable"<<std::endl;
 590          else
 591             std::cout <<std::endl<<it->c_str()<<" is NOT Readable"<<std::endl;
 592          std::cout << "\n\n" << std::endl;
 593          f->Delete();
 594          fh->Delete();
 595       }
 596       std::cout<<std::flush;
 597    }
 598    return 0;
 599 }