Example/PrintFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PrintFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/06/22 08:37:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.41 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmSeqEntry.h"
  20 #include "gdcmSQItem.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 #include "gdcmFileHelper.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25
  26 #include "gdcmArgMgr.h"
  27
  28 #include <iostream>
  29
  30
  31 void ShowLutData(gdcm::File *e1);
  32
  33 void ShowLutData(gdcm::File *e1)
  34 {
  35      // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
  36      // The following is to be moved into a PixelReadConvert method
  37      // Let here, waiting for a clever idea on the way to do it.
  38
  39       gdcm::SeqEntry *modLutSeq = e1->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
  40       if ( modLutSeq !=0 )
  41       {
  42          gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
  43          if ( sqi != 0 )
  44          {
  45             std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x3002);
  46            if (   /*lutDescriptor   == GDCM_UNFOUND*/ 0 )
  47            {
  48               //gdcmWarningMacro( "LUT Descriptor is missing" );
  49               std::cout << "LUT Descriptor is missing" << std::endl;
  50               return;
  51             }
  52             int length;   // LUT length in Bytes
  53             int deb;      // Subscript of the first Lut Value
  54             int nbits;    // Lut item size (in Bits)
  55
  56             int nbRead;    // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
  57
  58             nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
  59                               "%d\\%d\\%d",
  60                                &length, &deb, &nbits );
  61            std::cout << "length " << length
  62                      << " deb " << deb
  63                      << " nbits " << nbits
  64                      << std::endl;
  65             if ( nbRead != 3 )
  66             {
  67                 //gdcmWarningMacro( "Wrong LUT descriptor" );
  68                 std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
  69             }
  70             //LUT Data (CTX dependent)
  71             gdcm::BinEntry *b = sqi->GetBinEntry(0x0028,0x3006);
  72             if ( b != 0 )
  73             {
  74                int BitsAllocated = e1->GetBitsAllocated();
  75                if ( BitsAllocated <= 8 )
  76                {
  77                   int mult;
  78                   if ( ( nbits == 16 ) && ( BitsAllocated == 8 ) )
  79                   {
  80                   // when LUT item size is different than pixel size
  81                      mult = 2; // high byte must be = low byte
  82                   }
  83                   else
  84                   {
  85                   // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
  86                      mult = 1;
  87                   }
  88                   uint8_t *lut = b->GetBinArea();
  89                   for( int i=0; i < length; ++i )
  90                   {
  91                      std::cout << i+deb << " : \t"
  92                                << (int) (lut[i*mult + 1]) << std::endl;
  93                   }
  94                }
  95                else
  96                {
  97                   uint16_t *lut = (uint16_t *)(b->GetBinArea());
  98                   for( int i=0; i < length; ++i )
  99                   {
 100                      std::cout << i+deb << " : \t"
 101                                << (int) (((uint16_t *)lut)[i])
 102                                << std::endl;
 103                   }
 104                }
 105             }
 106             else
 107                std::cout << "No LUT Data BinEntry (0x0028,0x3006) found?!? "
 108                          << std::endl;
 109          }
 110          else
 111             std::cout << "No First SQ Item within (0x0028,0x3000) ?!? "
 112                       << std::endl;
 113       }
 114       else
 115          std::cout << "No LUT Data SeqEntry (0x0028,0x3000) found "
 116                    << std::endl;
 117
 118    }
 119
 120 int main(int argc, char *argv[])
 121 {
 122
 123    START_USAGE(usage)
 124    " \n PrintFile : \n",
 125    " Display the header of a ACR-NEMA/PAPYRUS/DICOM File",
 126    " usage: PrintFile filein=fileName [level=n] [noshadow] [noseq] [debug] ",
 127    "        level = 0,1,2 : depending on the amount of details user wants to see",
 128    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
 129    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences ",
 130    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode' ",
 131    "        showlut  : user wants to display the Palette Color (as an int array)",
 132    FINISH_USAGE
 133
 134    // Initialize Arguments Manager
 135    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
 136
 137    if (argc == 1)
 138    {
 139       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 140       delete am;
 141       return 0;
 142    }
 143
 144    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
 145
 146    int loadMode;
 147    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") && am->ArgMgrDefined("noseq") )
 148        loadMode = NO_SEQ | NO_SHADOW;
 149    else if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
 150       loadMode = NO_SHADOW;
 151    else if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
 152       loadMode = NO_SEQ;
 153    else
 154       loadMode = 0;
 155
 156    int level = am->ArgMgrGetInt("level", 2);
 157
 158    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 159       gdcm::Debug::DebugOn();
 160
 161    bool showlut = ( 0 != am->ArgMgrDefined("SHOWLUT") );
 162
 163    /* if unused Param we give up */
 164    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 165    {
 166       am->ArgMgrUsage(usage);
 167       delete am;
 168       return 0;
 169    }
 170
 171    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 172
 173    // ----------- End Arguments Manager ---------
 174
 175    // gdcm::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
 176    // any kind of gdcm-Parsable *document*
 177    // not only gdcm::File (as opposed to gdcm::DicomDir)
 178
 179    gdcm::File *e1 = new gdcm::File();
 180    e1->SetLoadMode(loadMode);
 181
 182    bool res = e1->Load( fileName );
 183    if ( !res )
 184    {
 185       delete e1;
 186       return 0;
 187    }
 188
 189    gdcm::FileHelper *f1 = new gdcm::FileHelper(e1);
 190    f1->SetPrintLevel( level );
 191
 192    f1->Print();
 193
 194    std::cout << "\n\n" << std::endl;
 195
 196    std::cout <<std::endl;
 197    std::cout <<" dataSize    " << f1->GetImageDataSize()    << std::endl;
 198    std::cout <<" dataSizeRaw " << f1->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 199
 200    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 201    std::string pixelType;
 202    nX=e1->GetXSize();
 203    nY=e1->GetYSize();
 204    nZ=e1->GetZSize();
 205    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 206
 207    pixelType    = e1->GetPixelType();
 208    sPP          = e1->GetSamplesPerPixel();
 209    planarConfig = e1->GetPlanarConfiguration();
 210
 211    std::cout << " pixelType= ["            << pixelType
 212              << "] SamplesPerPixel= ["     << sPP
 213              << "] PlanarConfiguration= [" << planarConfig
 214              << "] "<< std::endl
 215              << " PhotometricInterpretation= ["
 216                                 << e1->GetEntryValue(0x0028,0x0004)
 217              << "] "<< std::endl;
 218
 219    int numberOfScalarComponents=e1->GetNumberOfScalarComponents();
 220    std::cout << " NumberOfScalarComponents = " << numberOfScalarComponents
 221              <<std::endl
 222              << " LUT = " << (e1->HasLUT() ? "TRUE" : "FALSE")
 223              << std::endl;
 224
 225    if ( e1->GetEntryValue(0x0002,0x0010) == gdcm::GDCM_NOTLOADED )
 226    {
 227       std::cout << "Transfer Syntax not loaded. " << std::endl
 228                 << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
 229                 << std::endl;
 230       return 0;
 231    }
 232
 233    std::string transferSyntaxName = e1->GetTransferSyntaxName();
 234    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 235              << std::endl;
 236    std::cout << " SwapCode= " << e1->GetSwapCode() << std::endl;
 237
 238    // Display the LUT as an int array (for debugging purpose)
 239    if ( e1->HasLUT() && showlut )
 240    {
 241       uint8_t* lutrgba = f1->GetLutRGBA();
 242       if ( lutrgba == 0 )
 243       {
 244          std::cout << "Lut RGBA (Palette Color) not built " << std::endl;
 245
 246         // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
 247         // The following is to be moved into a PixelRedaConvert method
 248
 249          gdcm::SeqEntry *modLutSeq = e1->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
 250          if ( modLutSeq !=0 )
 251          {
 252             gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
 253             if ( !sqi )
 254             {
 255                std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x3002);
 256                int length;   // LUT length in Bytes
 257                int deb;      // Subscript of the first Lut Value
 258                int nbits;    // Lut item size (in Bits)
 259                int nbRead;    // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
 260
 261                nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
 262                                  "%d\\%d\\%d",
 263                                   &length, &deb, &nbits );
 264                if ( nbRead != 3 )
 265                {
 266                    //gdcmWarningMacro( "Wrong LUT descriptor" );
 267                    std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
 268                }
 269                gdcm::BinEntry *b = sqi->GetBinEntry(0x0028,0x3006);
 270                if ( b != 0 )
 271                {
 272                   if ( b->GetLength() != 0 )
 273                   {
 274                      std::cout << "---------------------------------------"
 275                                << " We should never reach this point      "
 276                                << std::endl;
 277                      //LoadEntryBinArea(b);    //LUT Data (CTX dependent)
 278                   }
 279               }
 280            }
 281          }
 282          else
 283              std::cout << "No LUT Data (0x0028,0x3000) found " << std::endl;
 284      }
 285       else
 286       {
 287          if ( f1->GetLutItemSize() == 8 )
 288          {
 289             for (int i=0;i<f1->GetLutItemNumber();i++)
 290                std::cout << i << " : \t"
 291                          << (int)(lutrgba[i*4])   << " "
 292                          << (int)(lutrgba[i*4+1]) << " "
 293                          << (int)(lutrgba[i*4+2]) << std::endl;
 294          }
 295          else // LutItemSize assumed to be = 16
 296          {
 297             uint16_t* lutrgba16 = (uint16_t*)lutrgba;
 298             for (int i=0;i<f1->GetLutItemNumber();i++)
 299                std::cout << i << " : \t"
 300                          << (int)(lutrgba16[i*4])   << " "
 301                          << (int)(lutrgba16[i*4+1]) << " "
 302                          << (int)(lutrgba16[i*4+2]) << std::endl;
 303          }
 304       }
 305    }
 306    else if (showlut)
 307    {
 308       std::cout << "Try LUT Data "<< std::endl;
 309       ShowLutData(e1);
 310    }
 311
 312    if (e1->IsReadable())
 313       std::cout <<std::endl<<fileName<<" is Readable"<<std::endl;
 314    else
 315       std::cout <<std::endl<<fileName<<" is NOT Readable"<<std::endl;
 316    std::cout<<std::flush;
 317    delete e1;
 318    delete f1;
 319    return 0;
 320 }