Example/PrintFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PrintFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/09/06 11:10:03 $
   7   Version:   $Revision: 1.55 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmDocument.h"
  20 #include "gdcmSeqEntry.h"
  21 #include "gdcmSQItem.h"
  22 #include "gdcmBinEntry.h"
  23
  24 #include "gdcmFileHelper.h"
  25 #include "gdcmDebug.h"
  26 #include "gdcmDirList.h"
  27 #include "gdcmGlobal.h"
  28 #include "gdcmDictSet.h"
  29 #include "gdcmArgMgr.h"
  30
  31 #include <iostream>
  32
  33
  34 void ShowLutData(gdcm::File *f);
  35
  36 void ShowLutData(gdcm::File *f)
  37 {
  38      // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
  39      // The following is to be moved into a PixelReadConvert method
  40      // Let here, waiting for a clever idea on the way to do it.
  41
  42       gdcm::SeqEntry *modLutSeq = f->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
  43       if ( modLutSeq !=0 )
  44       {
  45          gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
  46          if ( sqi != 0 )
  47          {
  48             std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x3002);
  49            if (   /*lutDescriptor   == GDCM_UNFOUND*/ 0 )
  50            {
  51               //gdcmWarningMacro( "LUT Descriptor is missing" );
  52               std::cout << "LUT Descriptor is missing" << std::endl;
  53               return;
  54             }
  55             int length;   // LUT length in Bytes
  56             int deb;      // Subscript of the first Lut Value
  57             int nbits;    // Lut item size (in Bits)
  58
  59             int nbRead;    // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
  60
  61             nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
  62                               "%d\\%d\\%d",
  63                                &length, &deb, &nbits );
  64            std::cout << "length " << length
  65                      << " deb " << deb
  66                      << " nbits " << nbits
  67                      << std::endl;
  68             if ( nbRead != 3 )
  69             {
  70                 //gdcmWarningMacro( "Wrong LUT descriptor" );
  71                 std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
  72             }
  73             //LUT Data (CTX dependent)
  74             gdcm::BinEntry *b = sqi->GetBinEntry(0x0028,0x3006);
  75             if ( b != 0 )
  76             {
  77                int BitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
  78                if ( BitsAllocated <= 8 )
  79                {
  80                   int mult;
  81                   if ( ( nbits == 16 ) && ( BitsAllocated == 8 ) )
  82                   {
  83                   // when LUT item size is different than pixel size
  84                      mult = 2; // high byte must be = low byte
  85                   }
  86                   else
  87                   {
  88                   // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
  89                      mult = 1;
  90                   }
  91                   uint8_t *lut = b->GetBinArea();
  92                   for( int i=0; i < length; ++i )
  93                   {
  94                      std::cout << i+deb << " : \t"
  95                                << (int) (lut[i*mult + 1]) << std::endl;
  96                   }
  97                }
  98                else
  99                {
 100                   uint16_t *lut = (uint16_t *)(b->GetBinArea());
 101                   for( int i=0; i < length; ++i )
 102                   {
 103                      std::cout << i+deb << " : \t"
 104                                << (int) (((uint16_t *)lut)[i])
 105                                << std::endl;
 106                   }
 107                }
 108             }
 109             else
 110                std::cout << "No LUT Data BinEntry (0x0028,0x3006) found?!? "
 111                          << std::endl;
 112          }
 113          else
 114             std::cout << "No First SQ Item within (0x0028,0x3000) ?!? "
 115                       << std::endl;
 116       }
 117       else
 118          std::cout << "No LUT Data SeqEntry (0x0028,0x3000) found "
 119                    << std::endl;
 120    }
 121
 122 int main(int argc, char *argv[])
 123 {
 124
 125    START_USAGE(usage)
 126    " \n PrintFile : \n                                                        ",
 127    " Display the header of a ACR-NEMA/PAPYRUS/DICOM File                      ",
 128    " usage: PrintFile {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}[level=n]",
 129    "                       [forceload=listOfElementsToForceLoad]              ",
 130    "                       [dict= privateDirectory]                           ",
 131    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
 132    "      level = 0,1,2 : depending on the amount of details user wants to see",
 133    "      listOfElementsToForceLoad : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)",
 134    "                                of Elements to load whatever their length ",
 135    "      privateDirectory : source file full path name of Shadow Group elems ",
 136    "      noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences            ",
 137    "      noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)  ",
 138    "      noseq      : user doesn't want to load Sequences                    ",
 139    "      debug      : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
 140    "      showlut :user wants to display the Palette Color (as an int array)  ",
 141    FINISH_USAGE
 142
 143    // Initialize Arguments Manager
 144    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
 145
 146    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
 147    {
 148       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 149       delete am;
 150       return 0;
 151    }
 152
 153    char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein",(char *)0);
 154    char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin",(char *)0);
 155
 156    if ( (fileName == 0 && dirName == 0)
 157         ||
 158         (fileName != 0 && dirName != 0) )
 159    {
 160        std::cout <<std::endl
 161                  << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;"
 162                  << std::endl << "Not both" << std::endl;
 163        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 164        delete am;
 165        return 0;
 166  }
 167
 168    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 169       gdcm::Debug::DebugOn();
 170
 171    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
 172    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
 173       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
 174    else
 175    {
 176    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
 177          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
 178       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
 179          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
 180    }
 181
 182    int level = am->ArgMgrGetInt("level", 1);
 183
 184    int forceLoadNb;
 185    uint16_t *elemsToForceLoad
 186                            = am->ArgMgrGetXInt16Enum("forceload", &forceLoadNb);
 187
 188    bool showlut = ( 0 != am->ArgMgrDefined("SHOWLUT") );
 189
 190    bool ddict = am->ArgMgrDefined("dict") ? true : false;
 191    char *dict = 0;
 192
 193    if (ddict)
 194    {
 195      dict = am->ArgMgrGetString("dict",(char *)0);
 196    }
 197
 198    /* if unused Param we give up */
 199    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 200    {
 201       am->ArgMgrUsage(usage);
 202       delete am;
 203       return 0;
 204    }
 205
 206    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 207
 208    // ----------- End Arguments Manager ---------
 209
 210
 211    if (ddict)
 212    {
 213       gdcm::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->AddDict(dict);
 214    }
 215
 216    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======
 217    {
 218       // gdcm::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
 219       // any kind of gdcm-Parsable *document*
 220       // not only gdcm::File (as opposed to gdcm::DicomDir)
 221
 222       gdcm::File *f = new gdcm::File();
 223       f->SetLoadMode(loadMode);
 224       f->SetFileName( fileName );
 225
 226       for (int ri=0; ri<forceLoadNb; ri++)
 227       {
 228          f->AddForceLoadElement((uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri],
 229                                 (uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri+1] );
 230       }
 231
 232       bool res = f->Load();
 233       if ( !res )
 234       {
 235          std::cout << "Cannot process file [" << fileName << "]" << std::endl;
 236          std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 237                    << std::endl;
 238          std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 239                    << std::endl;
 240          std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' to try to guess the pb"
 241                    << std::endl;
 242          delete f;
 243          return 0;
 244       }
 245
 246       gdcm::FileHelper *fh = new gdcm::FileHelper(f);
 247       fh->SetPrintLevel( level );
 248
 249       fh->Print();
 250
 251       std::cout << "\n\n" << std::endl;
 252
 253       std::cout <<std::endl;
 254       std::cout <<" dataSize    " << fh->GetImageDataSize()    << std::endl;
 255       std::cout <<" dataSizeRaw " << fh->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 256
 257       int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 258       std::string pixelType;
 259       nX=f->GetXSize();
 260       nY=f->GetYSize();
 261       nZ=f->GetZSize();
 262       std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ
 263                 << std::endl;
 264
 265       pixelType    = f->GetPixelType();
 266       sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 267       planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 268
 269       std::cout << " pixelType= ["            << pixelType
 270                 << "] SamplesPerPixel= ["     << sPP
 271                 << "] PlanarConfiguration= [" << planarConfig
 272                 << "] "<< std::endl
 273                 << " PhotometricInterpretation= ["
 274                                 << f->GetEntryValue(0x0028,0x0004)
 275                 << "] "<< std::endl;
 276
 277       int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 278       std::cout << " NumberOfScalarComponents = " << numberOfScalarComponents
 279                 <<std::endl
 280                 << " LUT = " << (f->HasLUT() ? "TRUE" : "FALSE")
 281                 << std::endl;
 282
 283       if ( f->GetEntryValue(0x0002,0x0010) == gdcm::GDCM_NOTLOADED )
 284       {
 285          std::cout << "Transfer Syntax not loaded. " << std::endl
 286                    << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
 287                 << std::endl;
 288          return 0;
 289       }
 290
 291       std::string transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 292       std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 293                 << std::endl;
 294       std::cout << " SwapCode= " << f->GetSwapCode() << std::endl;
 295
 296       //std::cout << "\n\n" << std::endl;
 297       //std::cout << "X spacing " << f->GetXSpacing() << std::endl;
 298       //std::cout << "Y spacing " << f->GetYSpacing() << std::endl;
 299       //std::cout << "Z spacing " << f->GetZSpacing() << std::endl;
 300
 301       // Display the LUT as an int array (for debugging purpose)
 302       if ( f->HasLUT() && showlut )
 303       {
 304          uint8_t* lutrgba = fh->GetLutRGBA();
 305          if ( lutrgba == 0 )
 306          {
 307             std::cout << "Lut RGBA (Palette Color) not built " << std::endl;
 308
 309            // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
 310            // The following is to be moved into a PixelRedaConvert method
 311
 312             gdcm::SeqEntry *modLutSeq = f->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
 313             if ( modLutSeq !=0 )
 314             {
 315                gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
 316                if ( !sqi )
 317                {
 318                std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x3002);
 319                   int length;   // LUT length in Bytes
 320                   int deb;      // Subscript of the first Lut Value
 321                   int nbits;    // Lut item size (in Bits)
 322                   int nbRead;    // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
 323
 324                   nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
 325                                     "%d\\%d\\%d",
 326                                      &length, &deb, &nbits );
 327                   if ( nbRead != 3 )
 328                   {
 329                       //gdcmWarningMacro( "Wrong LUT descriptor" );
 330                       std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
 331                   }
 332                   gdcm::BinEntry *b = sqi->GetBinEntry(0x0028,0x3006);
 333                   if ( b != 0 )
 334                   {
 335                      if ( b->GetLength() != 0 )
 336                      {
 337                         std::cout << "---------------------------------------"
 338                                << " We should never reach this point      "
 339                                << std::endl;
 340                         //LoadEntryBinArea(b);    //LUT Data (CTX dependent)
 341                      }
 342                  }
 343               }
 344             }
 345             else
 346                std::cout << "No LUT Data (0x0028,0x3000) found " << std::endl;
 347         }
 348          else
 349          {
 350             if ( fh->GetLutItemSize() == 8 )
 351             {
 352                for (int i=0;i<fh->GetLutItemNumber();i++)
 353                   std::cout << i << " : \t"
 354                          << (int)(lutrgba[i*4])   << " "
 355                          << (int)(lutrgba[i*4+1]) << " "
 356                          << (int)(lutrgba[i*4+2]) << std::endl;
 357             }
 358             else // LutItemSize assumed to be = 16
 359             {
 360                uint16_t* lutrgba16 = (uint16_t*)lutrgba;
 361                for (int i=0;i<fh->GetLutItemNumber();i++)
 362                   std::cout << i << " : \t"
 363                          << (int)(lutrgba16[i*4])   << " "
 364                          << (int)(lutrgba16[i*4+1]) << " "
 365                          << (int)(lutrgba16[i*4+2]) << std::endl;
 366             }
 367          }
 368       }
 369       else if (showlut)
 370       {
 371          std::cout << "Try LUT Data "<< std::endl;
 372          ShowLutData(f);
 373       }
 374
 375       if( !f->gdcm::Document::IsReadable())
 376      {
 377          std::cout <<std::endl<<fileName<<" is NOT 'gdcm parsable'"<<std::endl;
 378       }
 379
 380       if (f->IsReadable())
 381          std::cout <<std::endl<<fileName<<" is Readable"<<std::endl;
 382       else if ( f->GetSeqEntry(0x0041,0x1010) )
 383       {
 384          std::cout <<std::endl<<fileName<<" looks like a 'PAPYRUS image' file"
 385                    <<std::endl;
 386       }
 387       else if ( f->GetSeqEntry(0x0004,0x1220) )
 388       {
 389          std::cout <<std::endl<<fileName<<" looks like a 'DICOMDIR file'"
 390                    <<std::endl;
 391       }
 392       else
 393       {
 394          std::cout <<std::endl<<fileName<<" doesn't look like an image file "
 395              <<std::endl;
 396       }
 397
 398       std::cout<<std::flush;
 399       delete f;
 400       delete fh;
 401       return 0;
 402    }
 403    else  // ====== Deal with a Directory ======
 404    {
 405       std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;
 406       gdcm::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list
 407       gdcm::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 408       gdcm::File *f;
 409       bool res;
 410       for( gdcm::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 411                                  it != fileList.end();
 412                                  ++it )
 413       {
 414          std::cout << std::endl<<" Start processing :[" << it->c_str() << "]"
 415                    << std::endl;
 416          f = new gdcm::File();
 417          f->SetLoadMode(loadMode);
 418          f->SetFileName( it->c_str() );
 419
 420          for (int ri=0; ri<forceLoadNb; ri++)
 421          {
 422             printf("%04x,%04x\n",elemsToForceLoad[2*ri],
 423                                  elemsToForceLoad[2*ri+1]);
 424             f->AddForceLoadElement((uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri],
 425                                    (uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri+1]);
 426          }
 427          res = f->Load();
 428
 429          if ( !res )
 430          {
 431             std::cout << "Cannot process file [" << it->c_str() << "]"
 432                       << std::endl;
 433             std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 434                       << std::endl;
 435             std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 436                       << std::endl;
 437             std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' "
 438                       << "to try to guess the pb"
 439                       << std::endl;
 440             delete f;
 441             continue;
 442          }
 443
 444          gdcm::FileHelper *fh = new gdcm::FileHelper(f);
 445          fh->SetPrintLevel( level );
 446
 447          fh->Print();
 448
 449          if (f->IsReadable())
 450             std::cout <<std::endl<<it->c_str()<<" is Readable"<<std::endl;
 451          else
 452             std::cout <<std::endl<<it->c_str()<<" is NOT Readable"<<std::endl;
 453          std::cout << "\n\n" << std::endl;
 454          delete f;
 455          delete fh;
 456       }
 457       std::cout<<std::flush;
 458    }
 459 }