Example/PrintFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PrintFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/20 13:39:51 $
   7   Version:   $Revision: 1.46 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmSeqEntry.h"
  20 #include "gdcmSQItem.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 #include "gdcmFileHelper.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25
  26 #include "gdcmArgMgr.h"
  27
  28 #include <iostream>
  29
  30
  31 void ShowLutData(gdcm::File *f);
  32
  33 void ShowLutData(gdcm::File *f)
  34 {
  35      // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
  36      // The following is to be moved into a PixelReadConvert method
  37      // Let here, waiting for a clever idea on the way to do it.
  38
  39       gdcm::SeqEntry *modLutSeq = f->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
  40       if ( modLutSeq !=0 )
  41       {
  42          gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
  43          if ( sqi != 0 )
  44          {
  45             std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x3002);
  46            if (   /*lutDescriptor   == GDCM_UNFOUND*/ 0 )
  47            {
  48               //gdcmWarningMacro( "LUT Descriptor is missing" );
  49               std::cout << "LUT Descriptor is missing" << std::endl;
  50               return;
  51             }
  52             int length;   // LUT length in Bytes
  53             int deb;      // Subscript of the first Lut Value
  54             int nbits;    // Lut item size (in Bits)
  55
  56             int nbRead;    // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
  57
  58             nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
  59                               "%d\\%d\\%d",
  60                                &length, &deb, &nbits );
  61            std::cout << "length " << length
  62                      << " deb " << deb
  63                      << " nbits " << nbits
  64                      << std::endl;
  65             if ( nbRead != 3 )
  66             {
  67                 //gdcmWarningMacro( "Wrong LUT descriptor" );
  68                 std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
  69             }
  70             //LUT Data (CTX dependent)
  71             gdcm::BinEntry *b = sqi->GetBinEntry(0x0028,0x3006);
  72             if ( b != 0 )
  73             {
  74                int BitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
  75                if ( BitsAllocated <= 8 )
  76                {
  77                   int mult;
  78                   if ( ( nbits == 16 ) && ( BitsAllocated == 8 ) )
  79                   {
  80                   // when LUT item size is different than pixel size
  81                      mult = 2; // high byte must be = low byte
  82                   }
  83                   else
  84                   {
  85                   // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
  86                      mult = 1;
  87                   }
  88                   uint8_t *lut = b->GetBinArea();
  89                   for( int i=0; i < length; ++i )
  90                   {
  91                      std::cout << i+deb << " : \t"
  92                                << (int) (lut[i*mult + 1]) << std::endl;
  93                   }
  94                }
  95                else
  96                {
  97                   uint16_t *lut = (uint16_t *)(b->GetBinArea());
  98                   for( int i=0; i < length; ++i )
  99                   {
 100                      std::cout << i+deb << " : \t"
 101                                << (int) (((uint16_t *)lut)[i])
 102                                << std::endl;
 103                   }
 104                }
 105             }
 106             else
 107                std::cout << "No LUT Data BinEntry (0x0028,0x3006) found?!? "
 108                          << std::endl;
 109          }
 110          else
 111             std::cout << "No First SQ Item within (0x0028,0x3000) ?!? "
 112                       << std::endl;
 113       }
 114       else
 115          std::cout << "No LUT Data SeqEntry (0x0028,0x3000) found "
 116                    << std::endl;
 117
 118    }
 119
 120 int main(int argc, char *argv[])
 121 {
 122
 123    START_USAGE(usage)
 124    " \n PrintFile : \n",
 125    " Display the header of a ACR-NEMA/PAPYRUS/DICOM File",
 126    " usage: PrintFile filein=fileName [level=n] [noshadowseq][noshadow][noseq][debug] ",
 127    "        level = 0,1,2 : depending on the amount of details user wants to see",
 128    "        noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences",
 129    "        noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
 130    "        noseq      : user doesn't want to load Sequences ",
 131    "        debug      : user wants to run the program in 'debug mode' ",
 132    "        showlut :user wants to display the Palette Color (as an int array)",
 133    FINISH_USAGE
 134
 135    // Initialize Arguments Manager
 136    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
 137
 138    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
 139    {
 140       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 141       delete am;
 142       return 0;
 143    }
 144
 145    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
 146
 147    int loadMode = 0x00000000;
 148    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
 149       loadMode |= NO_SHADOWSEQ;
 150    else
 151    {
 152    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
 153          loadMode |= NO_SHADOW;
 154       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
 155          loadMode |= NO_SEQ;
 156    }
 157
 158    int level = am->ArgMgrGetInt("level", 2);
 159
 160    bool showlut = ( 0 != am->ArgMgrDefined("SHOWLUT") );
 161
 162    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 163       gdcm::Debug::DebugOn();
 164
 165    /* if unused Param we give up */
 166    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 167    {
 168       am->ArgMgrUsage(usage);
 169       delete am;
 170       return 0;
 171    }
 172
 173    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 174
 175    // ----------- End Arguments Manager ---------
 176
 177    // gdcm::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
 178    // any kind of gdcm-Parsable *document*
 179    // not only gdcm::File (as opposed to gdcm::DicomDir)
 180
 181    gdcm::File *f = new gdcm::File();
 182    f->SetLoadMode(loadMode);
 183    f->SetFileName( fileName );
 184    bool res = f->Load();
 185
 186    if ( !res )
 187    {
 188       std::cout << "Cannot process file [" << fileName << "]" << std::endl;
 189       std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 190                 << std::endl;
 191       std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 192                 << std::endl;
 193       std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' to try to guess the pb"
 194                 << std::endl;
 195       delete f;
 196       return 0;
 197    }
 198
 199    gdcm::FileHelper *fh = new gdcm::FileHelper(f);
 200    fh->SetPrintLevel( level );
 201
 202    fh->Print();
 203
 204    std::cout << "\n\n" << std::endl;
 205
 206    std::cout <<std::endl;
 207    std::cout <<" dataSize    " << fh->GetImageDataSize()    << std::endl;
 208    std::cout <<" dataSizeRaw " << fh->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 209
 210    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 211    std::string pixelType;
 212    nX=f->GetXSize();
 213    nY=f->GetYSize();
 214    nZ=f->GetZSize();
 215    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 216
 217    pixelType    = f->GetPixelType();
 218    sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 219    planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 220
 221    std::cout << " pixelType= ["            << pixelType
 222              << "] SamplesPerPixel= ["     << sPP
 223              << "] PlanarConfiguration= [" << planarConfig
 224              << "] "<< std::endl
 225              << " PhotometricInterpretation= ["
 226                                 << f->GetEntryValue(0x0028,0x0004)
 227              << "] "<< std::endl;
 228
 229    int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 230    std::cout << " NumberOfScalarComponents = " << numberOfScalarComponents
 231              <<std::endl
 232              << " LUT = " << (f->HasLUT() ? "TRUE" : "FALSE")
 233              << std::endl;
 234
 235    if ( f->GetEntryValue(0x0002,0x0010) == gdcm::GDCM_NOTLOADED )
 236    {
 237       std::cout << "Transfer Syntax not loaded. " << std::endl
 238                 << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
 239                 << std::endl;
 240       return 0;
 241    }
 242
 243    std::string transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 244    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 245              << std::endl;
 246    std::cout << " SwapCode= " << f->GetSwapCode() << std::endl;
 247
 248    //std::cout << "\n\n" << std::endl;
 249    //std::cout << "X spacing " << f->GetXSpacing() << std::endl;
 250    //std::cout << "Y spacing " << f->GetYSpacing() << std::endl;
 251    //std::cout << "Z spacing " << f->GetZSpacing() << std::endl;
 252
 253    // Display the LUT as an int array (for debugging purpose)
 254    if ( f->HasLUT() && showlut )
 255    {
 256       uint8_t* lutrgba = fh->GetLutRGBA();
 257       if ( lutrgba == 0 )
 258       {
 259          std::cout << "Lut RGBA (Palette Color) not built " << std::endl;
 260
 261         // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
 262         // The following is to be moved into a PixelRedaConvert method
 263
 264          gdcm::SeqEntry *modLutSeq = f->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
 265          if ( modLutSeq !=0 )
 266          {
 267             gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
 268             if ( !sqi )
 269             {
 270                std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x3002);
 271                int length;   // LUT length in Bytes
 272                int deb;      // Subscript of the first Lut Value
 273                int nbits;    // Lut item size (in Bits)
 274                int nbRead;    // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
 275
 276                nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
 277                                  "%d\\%d\\%d",
 278                                   &length, &deb, &nbits );
 279                if ( nbRead != 3 )
 280                {
 281                    //gdcmWarningMacro( "Wrong LUT descriptor" );
 282                    std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
 283                }
 284                gdcm::BinEntry *b = sqi->GetBinEntry(0x0028,0x3006);
 285                if ( b != 0 )
 286                {
 287                   if ( b->GetLength() != 0 )
 288                   {
 289                      std::cout << "---------------------------------------"
 290                                << " We should never reach this point      "
 291                                << std::endl;
 292                      //LoadEntryBinArea(b);    //LUT Data (CTX dependent)
 293                   }
 294               }
 295            }
 296          }
 297          else
 298              std::cout << "No LUT Data (0x0028,0x3000) found " << std::endl;
 299      }
 300       else
 301       {
 302          if ( fh->GetLutItemSize() == 8 )
 303          {
 304             for (int i=0;i<fh->GetLutItemNumber();i++)
 305                std::cout << i << " : \t"
 306                          << (int)(lutrgba[i*4])   << " "
 307                          << (int)(lutrgba[i*4+1]) << " "
 308                          << (int)(lutrgba[i*4+2]) << std::endl;
 309          }
 310          else // LutItemSize assumed to be = 16
 311          {
 312             uint16_t* lutrgba16 = (uint16_t*)lutrgba;
 313             for (int i=0;i<fh->GetLutItemNumber();i++)
 314                std::cout << i << " : \t"
 315                          << (int)(lutrgba16[i*4])   << " "
 316                          << (int)(lutrgba16[i*4+1]) << " "
 317                          << (int)(lutrgba16[i*4+2]) << std::endl;
 318          }
 319       }
 320    }
 321    else if (showlut)
 322    {
 323       std::cout << "Try LUT Data "<< std::endl;
 324       ShowLutData(f);
 325    }
 326
 327    if (f->IsReadable())
 328       std::cout <<std::endl<<fileName<<" is Readable"<<std::endl;
 329    else
 330       std::cout <<std::endl<<fileName<<" is NOT Readable"<<std::endl;
 331    std::cout<<std::flush;
 332    delete f;
 333    delete fh;
 334    return 0;
 335 }