Example/PrintFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: PrintFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/11/05 13:26:19 $
   7   Version:   $Revision: 1.69 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmDocument.h"
  20 #include "gdcmSeqEntry.h"
  21 #include "gdcmSQItem.h"
  22 #include "gdcmDataEntry.h"
  23
  24 #include "gdcmFileHelper.h"
  25 #include "gdcmDebug.h"
  26 #include "gdcmDirList.h"
  27 #include "gdcmGlobal.h"
  28 #include "gdcmDictSet.h"
  29 #include "gdcmArgMgr.h"
  30 #include "gdcmOrientation.h"
  31 #include <iostream>
  32
  33 // TODO : code factorization, for 'single file' an 'whole directory' processing
  34
  35 void ShowLutData(gdcm::File *f);
  36
  37      // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
  38      // The following is to be moved into a PixelReadConvert method
  39      // Let here, waiting for a clever idea on the way to do it.
  40
  41 void ShowLutData(gdcm::File *f)
  42 {
  43    gdcm::SeqEntry *modLutSeq = f->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
  44    if ( modLutSeq !=0 )
  45    {
  46       gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
  47       if ( sqi != 0 )
  48       {
  49          std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryString(0x0028,0x3002);
  50          if (   /*lutDescriptor   == GDCM_UNFOUND*/ 0 )
  51          {
  52             //gdcmWarningMacro( "LUT Descriptor is missing" );
  53             std::cout << "LUT Descriptor is missing" << std::endl;
  54             return;
  55          }
  56          int length;   // LUT length in Bytes
  57          int deb;      // Subscript of the first Lut Value
  58          int nbits;    // Lut item size (in Bits)
  59
  60          int nbRead;    // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
  61
  62          nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
  63                            "%d\\%d\\%d",
  64                               &length, &deb, &nbits );
  65          std::cout << "length " << length
  66                   << " deb " << deb
  67                   << " nbits " << nbits
  68                   << std::endl;
  69          if ( nbRead != 3 )
  70          {
  71                //gdcmWarningMacro( "Wrong LUT descriptor" );
  72                std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
  73          }
  74          //LUT Data (CTX dependent)
  75          gdcm::DataEntry *b = sqi->GetDataEntry(0x0028,0x3006);
  76          if ( b != 0 )
  77          {
  78             int BitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
  79             if ( BitsAllocated <= 8 )
  80             {
  81                int mult;
  82                if ( ( nbits == 16 ) && ( BitsAllocated == 8 ) )
  83                {
  84                // when LUT item size is different than pixel size
  85                   mult = 2; // high byte must be = low byte
  86                }
  87                else
  88                {
  89                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
  90                   mult = 1;
  91                }
  92                uint8_t *lut = b->GetBinArea();
  93                for( int i=0; i < length; ++i )
  94                {
  95                   std::cout << i+deb << " : \t"
  96                               << (int) (lut[i*mult + 1]) << std::endl;
  97                }
  98             }
  99             else
 100             {
 101                uint16_t *lut = (uint16_t *)(b->GetBinArea());
 102                for( int i=0; i < length; ++i )
 103                {
 104                   std::cout << i+deb << " : \t"
 105                               << (int) (((uint16_t *)lut)[i])
 106                               << std::endl;
 107                }
 108             }
 109          }
 110          else
 111             std::cout << "No LUT Data DataEntry (0x0028,0x3006) found?!? "
 112                         << std::endl;
 113       }
 114       else
 115          std::cout << "No First SQ Item within (0x0028,0x3000) ?!? "
 116                      << std::endl;
 117    }
 118    else
 119       std::cout << "No LUT Data SeqEntry (0x0028,0x3000) found "
 120                   << std::endl;
 121 }
 122
 123 int main(int argc, char *argv[])
 124 {
 125
 126    START_USAGE(usage)
 127    " \n PrintFile : \n                                                        ",
 128    " Display the header of a ACR-NEMA/PAPYRUS/DICOM File                      ",
 129    " usage: PrintFile {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}[level=n]",
 130    "                       [forceload=listOfElementsToForceLoad]              ",
 131    "                       [dict= privateDirectory]                           ",
 132    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ]          ",
 133    "                       [debug] [warning]                                  ",
 134    "      level = 0,1,2 : depending on the amount of details user wants to see",
 135    "      listOfElementsToForceLoad : group-elem,g2-e2,... (in hexa, no space)",
 136    "                                of Elements to load whatever their length ",
 137    "      privateDirectory : source file full path name of Shadow Group elems ",
 138    "      noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences            ",
 139    "      noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)  ",
 140    "      noseq      : user doesn't want to load Sequences                    ",
 141    "      debug      : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
 142    "      warning    : user wants to be warned about any oddity in the File   ",
 143    "      showlut :user wants to display the Palette Color (as an int array)  ",
 144    FINISH_USAGE
 145
 146    // Initialize Arguments Manager
 147    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
 148
 149    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
 150    {
 151       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 152       delete am;
 153       return 1;
 154    }
 155
 156    char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein",(char *)0);
 157    char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin",(char *)0);
 158
 159    if ( (fileName == 0 && dirName == 0) ||
 160         (fileName != 0 && dirName != 0) )
 161    {
 162       std::cerr << std::endl
 163         << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;"
 164         << std::endl << "Not both" << std::endl;
 165       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 166       delete am;
 167       return 1;
 168    }
 169
 170    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 171       gdcm::Debug::DebugOn();
 172
 173    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
 174       gdcm::Debug::WarningOn();
 175
 176    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
 177    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
 178       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
 179    else
 180    {
 181    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
 182          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
 183       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
 184          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
 185    }
 186
 187    int level = am->ArgMgrGetInt("level", 1);
 188
 189    int forceLoadNb;
 190    uint16_t *elemsToForceLoad
 191                            = am->ArgMgrGetXInt16Enum("forceload", &forceLoadNb);
 192
 193    bool showlut = ( 0 != am->ArgMgrDefined("SHOWLUT") );
 194
 195    bool ddict = am->ArgMgrDefined("dict") ? true : false;
 196    char *dict = 0;
 197
 198    if (ddict)
 199    {
 200      dict = am->ArgMgrGetString("dict",(char *)0);
 201    }
 202
 203    /* if unused Param we give up */
 204    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 205    {
 206       am->ArgMgrUsage(usage);
 207       delete am;
 208       return 1;
 209    }
 210
 211    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 212
 213    // ----------- End Arguments Manager ---------
 214
 215
 216    if (ddict)
 217    {
 218       gdcm::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->AddDict(dict);
 219    }
 220
 221    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======
 222    {
 223       // gdcm::File::IsReadable() is no usable here, because we deal with
 224       // any kind of gdcm-Parsable *document*
 225       // not only gdcm::File (as opposed to gdcm::DicomDir)
 226
 227       gdcm::File *f = gdcm::File::New();
 228       f->SetLoadMode(loadMode);
 229       f->SetFileName( fileName );
 230
 231       for (int ri=0; ri<forceLoadNb; ri++)
 232       {
 233          f->AddForceLoadElement((uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri],
 234                                 (uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri+1] );
 235       }
 236
 237       bool res = f->Load();
 238       if ( !res )
 239       {
 240          std::cout << "Cannot process file [" << fileName << "]" << std::endl;
 241          std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 242                    << std::endl;
 243          std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 244                    << std::endl;
 245          std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' to try to guess the pb"
 246                    << std::endl;
 247          f->Delete();
 248          return 0;
 249       }
 250
 251       gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 252       fh->SetPrintLevel( level );
 253
 254       fh->Print();
 255
 256       std::cout << "\n\n" << std::endl;
 257
 258       std::cout <<std::endl;
 259       std::cout <<" dataSize    " << fh->GetImageDataSize()    << std::endl;
 260       std::cout <<" dataSizeRaw " << fh->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 261
 262       int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 263       std::string pixelType;
 264       nX=f->GetXSize();
 265       nY=f->GetYSize();
 266       nZ=f->GetZSize();
 267       std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ
 268                 << std::endl;
 269
 270       pixelType    = f->GetPixelType();
 271       sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 272       if (sPP == 3)
 273          planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 274
 275       std::cout << " pixelType= ["            << pixelType
 276                 << "] SamplesPerPixel= ["     << sPP
 277                 << "] ";
 278       if (sPP == 3)
 279          std::cout << " PlanarConfiguration= [" << planarConfig
 280                 << "] "<< std::endl;
 281
 282       std::cout << " PhotometricInterpretation= ["
 283                 << f->GetEntryString(0x0028,0x0004)
 284                 << "] "<< std::endl;
 285
 286       int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 287       std::cout << " NumberOfScalarComponents = " << numberOfScalarComponents
 288                 <<std::endl
 289                 << " LUT = " << (f->HasLUT() ? "TRUE" : "FALSE")
 290                 << std::endl;
 291
 292       if ( f->GetDataEntry(0x0002,0x0010) )
 293          if ( f->GetDataEntry(0x0002,0x0010)->IsNotLoaded() )
 294          {
 295             std::cout << "Transfer Syntax not loaded. " << std::endl
 296                      << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
 297                   << std::endl;
 298             f->Delete();
 299             return 0;
 300          }
 301
 302       std::string transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 303       std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 304                 << std::endl;
 305       std::cout << " SwapCode= " << f->GetSwapCode() << std::endl;
 306       std::cout << " ------" << std::endl;
 307
 308       //std::cout << "\n\n" << std::endl;
 309       //std::cout << "X spacing " << f->GetXSpacing() << std::endl;
 310       //std::cout << "Y spacing " << f->GetYSpacing() << std::endl;
 311       //std::cout << "Z spacing " << f->GetZSpacing() << std::endl;
 312
 313 //------------------------------
 314       // Lets's get and print some usefull fields about 'Orientation'
 315       // ------------------------------------------------------------
 316
 317       std::string strPatientPosition =
 318                                       f->GetEntryString(0x0018,0x5100);
 319       if ( strPatientPosition != gdcm::GDCM_UNFOUND
 320         && strPatientPosition != "" )
 321             std::cout << "PatientPosition (0x0010,0x5100)= ["
 322                       << strPatientPosition << "]" << std::endl;
 323
 324       std::string strViewPosition =
 325                                       f->GetEntryString(0x0018,0x5101);
 326       if ( strViewPosition != gdcm::GDCM_UNFOUND
 327         && strViewPosition != "" )
 328             std::cout << "strViewPosition (0x0010,0x5101)= ["
 329                       << strViewPosition << "]" << std::endl;
 330
 331      std::string strPatientOrientation =
 332                                       f->GetEntryString(0x0020,0x0020);
 333       if ( strPatientOrientation != gdcm::GDCM_UNFOUND
 334         && strPatientOrientation != "")
 335          std::cout << "PatientOrientation (0x0020,0x0020)= ["
 336                    << strPatientOrientation << "]" << std::endl;
 337
 338       std::string strImageOrientationPatient =
 339                                       f->GetEntryString(0x0020,0x0037);
 340       if ( strImageOrientationPatient != gdcm::GDCM_UNFOUND
 341         && strImageOrientationPatient != "" )
 342          std::cout << "ImageOrientationPatient (0x0020,0x0037)= ["
 343                    << strImageOrientationPatient << "]" << std::endl;
 344
 345       std::string strImageOrientationRET =
 346                                       f->GetEntryString(0x0020,0x0035);
 347       if ( strImageOrientationRET != gdcm::GDCM_UNFOUND
 348         && strImageOrientationRET != "" )
 349          std::cout << "ImageOrientationRET (0x0020,0x0035)= ["
 350                    << strImageOrientationRET << "]" << std::endl;
 351
 352       // Let's compute 'user friendly' results about 'Orientation'
 353       // ---------------------------------------------------------
 354
 355       gdcm::Orientation o;
 356
 357       if ( strImageOrientationPatient != gdcm::GDCM_UNFOUND ||
 358            strImageOrientationRET     != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 359       {
 360
 361          gdcm::OrientationType orient = o.GetOrientationType( f );
 362
 363          std::cout << "TypeOrientation = " << orient << " (-> "
 364                    << o.GetOrientationTypeString(orient) << " )" << std::endl;
 365       }
 366
 367       std::string ori = o.GetOrientation ( f );
 368       if (ori != "\\" )
 369          std::cout << "Orientation [" << ori << "]" << std::endl;
 370
 371 //------------------------------
 372
 373
 374       // Display the LUT as an int array (for debugging purpose)
 375       if ( f->HasLUT() && showlut )
 376       {
 377          uint8_t* lutrgba = fh->GetLutRGBA();
 378          if ( lutrgba == 0 )
 379          {
 380             std::cout << "Lut RGBA (Palette Color) not built " << std::endl;
 381
 382            // Nothing is written yet to get LUT Data user friendly
 383            // The following is to be moved into a PixelRedaConvert method
 384
 385             gdcm::SeqEntry *modLutSeq = f->GetSeqEntry(0x0028,0x3000);
 386             if ( modLutSeq !=0 )
 387             {
 388                gdcm::SQItem *sqi= modLutSeq->GetFirstSQItem();
 389                if ( !sqi )
 390                {
 391                   std::string lutDescriptor = sqi->GetEntryString(0x0028,0x3002);
 392                   int length;   // LUT length in Bytes
 393                   int deb;      // Subscript of the first Lut Value
 394                   int nbits;    // Lut item size (in Bits)
 395                   int nbRead;   // nb of items in LUT descriptor (must be = 3)
 396
 397                   nbRead = sscanf( lutDescriptor.c_str(),
 398                                     "%d\\%d\\%d",
 399                                      &length, &deb, &nbits );
 400                   if ( nbRead != 3 )
 401                   {
 402                       //gdcmWarningMacro( "Wrong LUT descriptor" );
 403                       std::cout << "Wrong LUT descriptor" << std::endl;
 404                   }
 405                   gdcm::DataEntry *b = sqi->GetDataEntry(0x0028,0x3006);
 406                   if ( b != 0 )
 407                   {
 408                      if ( b->GetLength() != 0 )
 409                      {
 410                         std::cout << "---------------------------------------"
 411                                << " We should never reach this point      "
 412                                << std::endl;
 413                         //LoadEntryBinArea(b);    //LUT Data (CTX dependent)
 414                      }
 415                  }
 416               }
 417             }
 418             else
 419                std::cout << "No LUT Data (0x0028,0x3000) found " << std::endl;
 420         }
 421          else
 422          {
 423             if ( fh->GetLutItemSize() == 8 )
 424             {
 425                for (int i=0;i<fh->GetLutItemNumber();i++)
 426                   std::cout << i << " : \t"
 427                          << (int)(lutrgba[i*4])   << " "
 428                          << (int)(lutrgba[i*4+1]) << " "
 429                          << (int)(lutrgba[i*4+2]) << std::endl;
 430             }
 431             else // LutItemSize assumed to be = 16
 432             {
 433                uint16_t* lutrgba16 = (uint16_t*)lutrgba;
 434                for (int i=0;i<fh->GetLutItemNumber();i++)
 435                   std::cout << i << " : \t"
 436                          << (int)(lutrgba16[i*4])   << " "
 437                          << (int)(lutrgba16[i*4+1]) << " "
 438                          << (int)(lutrgba16[i*4+2]) << std::endl;
 439             }
 440          }
 441       }
 442       else if (showlut)
 443       {
 444          std::cout << "Try LUT Data "<< std::endl;
 445          ShowLutData(f);
 446       }
 447
 448       //if( !f->gdcm::Document::IsReadable())
 449       // Try downcast to please MSVC
 450       if ( !((gdcm::Document *)f)->IsReadable() )
 451       {
 452          std::cout <<std::endl<<fileName<<" is NOT 'gdcm parsable'"<<std::endl;
 453       }
 454
 455       if ( f->IsReadable() )
 456       {
 457          std::cout <<std::endl<<fileName<<" is Readable"<<std::endl;
 458       }
 459       else if ( f->GetSeqEntry(0x0041,0x1010) )
 460       {
 461          std::cout <<std::endl<<fileName<<" looks like a 'PAPYRUS image' file"
 462                    <<std::endl;
 463       }
 464       else if ( f->GetSeqEntry(0x0004,0x1220) )
 465       {
 466          std::cout <<std::endl<<fileName<<" looks like a 'DICOMDIR file'"
 467                    <<std::endl;
 468       }
 469       else
 470       {
 471          std::cout <<std::endl<<fileName<<" doesn't look like an image file "
 472              <<std::endl;
 473       }
 474
 475       std::cout<<std::flush;
 476       f->Delete();
 477       delete fh;
 478    }
 479    else  // ====== Deal with a Directory ======
 480    {
 481       std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;
 482       gdcm::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list
 483       gdcm::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 484       gdcm::File *f;
 485       bool res;
 486
 487       for( gdcm::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 488                                  it != fileList.end();
 489                                  ++it )
 490       {
 491          std::cout << std::endl<<" Start processing :[" << it->c_str() << "]"
 492                    << std::endl;
 493          f = gdcm::File::New();
 494          f->SetLoadMode(loadMode);
 495          f->SetFileName( it->c_str() );
 496
 497          for (int ri=0; ri<forceLoadNb; ri++)
 498          {
 499             printf("%04x,%04x\n",elemsToForceLoad[2*ri],
 500                                  elemsToForceLoad[2*ri+1]);
 501             f->AddForceLoadElement((uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri],
 502                                    (uint32_t)elemsToForceLoad[2*ri+1]);
 503          }
 504          res = f->Load();
 505
 506          if ( !res )
 507          {
 508             std::cout << "Cannot process file [" << it->c_str() << "]"
 509                       << std::endl;
 510             std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 511                       << std::endl;
 512             std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 513                       << std::endl;
 514             std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' "
 515                       << "to try to guess the pb"
 516                       << std::endl;
 517             f->Delete();
 518             continue;
 519          }
 520
 521          gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 522          fh->SetPrintLevel( level );
 523          fh->Print();
 524
 525 //------------------------------
 526
 527          // Lets's get and print some usefull fields about 'Orientation'
 528          // ------------------------------------------------------------
 529
 530          std::string strPatientPosition =
 531                                        f->GetEntryString(0x0018,0x5100);
 532          if ( strPatientPosition != gdcm::GDCM_UNFOUND
 533          && strPatientPosition != "" )
 534                std::cout << "PatientPosition (0x0010,0x5100)= ["
 535                         << strPatientPosition << "]" << std::endl;
 536
 537          std::string strViewPosition =
 538                                        f->GetEntryString(0x0018,0x5101);
 539          if ( strViewPosition != gdcm::GDCM_UNFOUND
 540          && strViewPosition != "" )
 541                std::cout << "strViewPosition (0x0010,0x5101)= ["
 542                         << strViewPosition << "]" << std::endl;
 543
 544          std::string strPatientOrientation =
 545                                        f->GetEntryString(0x0020,0x0020);
 546          if ( strPatientOrientation != gdcm::GDCM_UNFOUND
 547          && strPatientOrientation != "")
 548             std::cout << "PatientOrientation (0x0020,0x0020)= ["
 549                      << strPatientOrientation << "]" << std::endl;
 550
 551          std::string strImageOrientationPatient =
 552                                        f->GetEntryString(0x0020,0x0037);
 553          if ( strImageOrientationPatient != gdcm::GDCM_UNFOUND
 554          && strImageOrientationPatient != "" )
 555             std::cout << "ImageOrientationPatient (0x0020,0x0037)= ["
 556                      << strImageOrientationPatient << "]" << std::endl;
 557
 558          std::string strImageOrientationRET =
 559                                        f->GetEntryString(0x0020,0x0035);
 560          if ( strImageOrientationRET != gdcm::GDCM_UNFOUND
 561          && strImageOrientationRET != "" )
 562          {
 563             std::cout << "ImageOrientationRET (0x0020,0x0035)= ["
 564                      << strImageOrientationRET << "]" << std::endl;
 565          }
 566
 567          // Let's compute 'user friendly' results about 'Orientation'
 568          // ---------------------------------------------------------
 569
 570          gdcm::Orientation o;
 571
 572          if ( strImageOrientationPatient != gdcm::GDCM_UNFOUND ||
 573             strImageOrientationRET     != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 574          {
 575
 576             gdcm::OrientationType orient = o.GetOrientationType( f );
 577
 578             std::cout << "TypeOrientation = " << orient << " (-> "
 579                      << o.GetOrientationTypeString(orient) << " )" << std::endl;
 580          }
 581
 582          std::string ori = o.GetOrientation ( f );
 583          if (ori != "\\" )
 584             std::cout << "Orientation [" << ori << "]" << std::endl;
 585
 586 //-------------------------------
 587
 588
 589          if (f->IsReadable())
 590             std::cout <<std::endl<<it->c_str()<<" is Readable"<<std::endl;
 591          else
 592             std::cout <<std::endl<<it->c_str()<<" is NOT Readable"<<std::endl;
 593          std::cout << "\n\n" << std::endl;
 594          f->Delete();
 595          fh->Delete();
 596       }
 597       std::cout<<std::flush;
 598    }
 599    return 0;
 600 }