Example/RawToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: RawToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/01/26 15:52:43 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Writes a Dicom file from a Raw File
  21  * User has to supply parameters.
  22  *
  23  */
  24 #include "gdcmFile.h"
  25 #include "gdcmFileHelper.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmArgMgr.h"
  28
  29 #include <iostream>
  30 #include <sstream>
  31
  32
  33
  34 int main(int argc, char *argv[])
  35 {
  36
  37    START_USAGE(usage)
  38    " \n RawToDicom : \n                                                       ",
  39    " Writes a Dicom file from a Raw File                                      ",
  40    " usage: RawToDicom filein=inputFileName                                   ",
  41    "                   fileout=outputFileName                                 ",
  42    "                   rows=nb of Rows                                        ",
  43    "                   lines=nb of Lines,                                     ",
  44    "                   pixeltype={8U|8S|16U|16S}                              ",
  45    "                   [frames = nb of Frames] //defaulted to 1               ",
  46    "                   [samples = {1|3}}       //defaulted to 1(1:Gray,3:RGB) ",
  47    "                   [patientname = Patient's name]                         ",
  48    "                   [debug]                                                ",
  49    "                                                                          ",
  50    "      debug      : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
  51    FINISH_USAGE
  52
  53
  54    // Initialize Arguments Manager
  55    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  56
  57    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
  58    {
  59       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  60       delete am;
  61       return 1;
  62    }
  63
  64    const char *inputFileName  = am->ArgMgrGetString("filein");
  65    const char *outputFileName = am->ArgMgrGetString("fileout");
  66    //const char *dirName        = am->ArgMgrGetString("dirin");
  67
  68    const char *patientName = am->ArgMgrGetString("patientname");
  69
  70    int nX = am->ArgMgrWantInt("rows", usage);
  71    int nY = am->ArgMgrWantInt("lines", usage);
  72    int nZ = am->ArgMgrGetInt("frames", 1);
  73    int samplesPerPixel = am->ArgMgrGetInt("samples", 1);
  74
  75
  76    char *pixelType = am->ArgMgrWantString("pixeltype", usage);
  77
  78    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  79       gdcm::Debug::DebugOn();
  80
  81    /* if unused Param we give up */
  82    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  83    {
  84       am->ArgMgrUsage(usage);
  85       delete am;
  86       return 1;
  87    }
  88
  89    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  90
  91    // ----------- End Arguments Manager ---------
  92
  93
  94  // Read the Raw file
  95    std::ifstream *Fp = new std::ifstream(inputFileName, std::ios::in | std::ios::binary);
  96    if ( ! *Fp )
  97    {
  98       std::cout << "Cannot open file: " << inputFileName;
  99       delete Fp;
 100       Fp = 0;
 101       return 0;
 102    }
 103
 104    std::string strPixelType(pixelType);
 105    int pixelSign;
 106    int pixelSize;
 107
 108    if (strPixelType == "8S")
 109    {
 110       pixelSize = 1;
 111       pixelSign = 0;
 112    }
 113    else  if (strPixelType == "8U")
 114    {
 115       pixelSize = 1;
 116       pixelSign = 1;
 117    }
 118    else  if (strPixelType == "16S")
 119    {
 120       pixelSize = 2;
 121       pixelSign = 0;
 122    }
 123    else  if (strPixelType == "16U")
 124    {
 125       pixelSize = 2;
 126       pixelSign = 1;
 127    }
 128
 129    int dataSize =  nX*nY*nZ*pixelSize*samplesPerPixel;
 130    uint8_t *pixels = new uint8_t[dataSize];
 131
 132    Fp->read((char*)pixels, (size_t)dataSize);
 133
 134
 135 // Create an empty FileHelper
 136
 137    gdcm::FileHelper *fileH = gdcm::FileHelper::New();
 138
 139  // Get the (empty) image header.
 140    gdcm::File *fileToBuild = fileH->GetFile();
 141    std::ostringstream str;
 142
 143    // Set the image size
 144    str.str("");
 145    str << nX;
 146    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 147    str.str("");
 148    str << nY;
 149    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 150
 151    str.str("");
 152    str << nZ;
 153    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008); // Number of Frames
 154
 155    // Set the pixel type
 156
 157    str.str("");
 158    str << pixelSize*8;
 159    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 160
 161    str.str("");
 162    str << pixelSize*8;
 163    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101); // Bits Stored
 164
 165    str.str("");
 166    str << ( pixelSize*8 - 1 );
 167    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102); // High Bit
 168
 169    str.str("");
 170    str << pixelSign;
 171    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 172
 173    str.str("");
 174    str << samplesPerPixel;
 175    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 176
 177    if (strlen(patientName) != 0)
 178       fileToBuild->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010); // Patient's Name
 179
 180 // Set the image Pixel Data
 181    fileH->SetImageData(pixels,dataSize);
 182
 183 // Set the writting mode and write the image
 184    fileH->SetWriteModeToRaw();
 185
 186  // Write a DICOM Explicit VR file
 187    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 188
 189    if( !fileH->Write(outputFileName ) )
 190    {
 191       std::cout << "Failed for [" << outputFileName << "]\n"
 192                 << "           File is unwrittable\n";
 193    }
 194
 195    fileH->Delete();
 196
 197    delete[] pixels;
 198    return 1;
 199 }