Example/RawToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: RawToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/09/20 11:15:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.14 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Writes a Dicom file from a Raw File
  21  * User has to supply parameters.
  22  *
  23  */
  24 #include "gdcmFile.h"
  25 #include "gdcmFileHelper.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmUtil.h"
  28 #include "gdcmArgMgr.h"
  29
  30 #include <iostream>
  31 #include <sstream>
  32
  33 void ConvertSwapZone(int pixelSize, void *Raw, size_t RawSize);
  34
  35 void ConvertSwapZone(int pixelSize, void *Raw, size_t RawSize)
  36 {
  37    unsigned int i;
  38    if ( pixelSize == 2 )
  39    {
  40       uint16_t *im16 = (uint16_t*)Raw;
  41       for( i = 0; i < RawSize / 2; i++ )
  42       {
  43          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
  44       }
  45    }
  46    else if ( pixelSize == 4 )
  47    {
  48       uint32_t s32;
  49       uint16_t high;
  50       uint16_t low;
  51       uint32_t *im32 = (uint32_t*)Raw;
  52
  53       for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
  54       {
  55          low     = im32[i] & 0x0000ffff; // 3412
  56          high    = im32[i] >> 16;
  57          s32     = low;
  58          im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
  59       }
  60
  61    }
  62 }
  63
  64 int main(int argc, char *argv[])
  65 {
  66    START_USAGE(usage)
  67    " \n RawToDicom : \n                                                       ",
  68    " Writes a Dicom file from a Raw File                                      ",
  69    " usage: RawToDicom filein=inputFileName                                   ",
  70    "                   fileout=outputFileName                                 ",
  71    "                   rows=nb of Rows                                        ",
  72    "                   lines=nb of Lines,                                     ",
  73    "                   [frames = nb of Frames] //defaulted to 1               ",
  74    "                   pixeltype={8U|8S|16U|16S|32U|32S}                      ",
  75    "                   [{b|l}] b:BigEndian,l:LittleEndian default : l         ",
  76    "                   [samples = {1|3}}       //(1:Gray,3:RGB) defaulted to 1",
  77    "                   [monochrome1]                                          ",
  78    "                   [studyid = ] [patientname = Patient's name]            ",
  79    "                   [debug]                                                ",
  80    "                                                                          ",
  81    "  monochrome1 = user wants MONOCHROME1 photom. interp. (0=white)          ",
  82    "  studyUID   : *aware* user wants to add the serie                        ",
  83    "                                             to an already existing study ",
  84    "  debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'        ",
  85    FINISH_USAGE
  86
  87
  88    // ------------ Initialize Arguments Manager ----------------
  89    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am= new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  90
  91    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
  92    {
  93       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  94       delete am;
  95       return 1;
  96    }
  97
  98    const char *inputFileName  = am->ArgMgrGetString("filein");
  99    const char *outputFileName = am->ArgMgrGetString("fileout");
 100
 101    const char *patientName = am->ArgMgrGetString("patientname");
 102
 103    int nX = am->ArgMgrWantInt("rows", usage);
 104    int nY = am->ArgMgrWantInt("lines", usage);
 105    int nZ = am->ArgMgrGetInt("frames", 1);
 106    int samplesPerPixel = am->ArgMgrGetInt("samples", 1);
 107
 108    int b = am->ArgMgrDefined("b");
 109    int l = am->ArgMgrDefined("l");
 110
 111    char *pixelType = am->ArgMgrWantString("pixeltype", usage);
 112
 113    bool monochrome1 = ( 0 != am->ArgMgrDefined("monochrome1") );
 114
 115    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 116       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 117    bool userDefinedStudy = ( 0 != am->ArgMgrDefined("studyUID") );
 118
 119    const char *studyUID;
 120    if (userDefinedStudy)
 121       studyUID  = am->ArgMgrGetString("studyUID");
 122
 123    // not described *on purpose* in the Usage !
 124    bool userDefinedSerie = ( 0 != am->ArgMgrDefined("serieUID") );
 125
 126    const char *serieUID;
 127    if(userDefinedSerie)
 128       serieUID = am->ArgMgrGetString("serieUID");
 129
 130    /* if unused Param we give up */
 131    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 132    {
 133       am->ArgMgrUsage(usage);
 134       delete am;
 135       return 1;
 136    }
 137
 138    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 139
 140    // ----------- End Arguments Manager ---------
 141
 142  /// \TODO Deal with all the images of a directory
 143
 144  // Read the Raw file
 145    std::ifstream *Fp = new std::ifstream(inputFileName, std::ios::in | std::ios::binary);
 146    if ( ! *Fp )
 147    {
 148       std::cout << "Cannot open file: " << inputFileName;
 149       delete Fp;
 150       Fp = 0;
 151       return 0;
 152    }
 153
 154    bool bigEndian = GDCM_NAME_SPACE::Util::IsCurrentProcessorBigEndian();
 155
 156    std::string strPixelType(pixelType);
 157    int pixelSign;
 158    int pixelSize;
 159
 160    if (strPixelType == "8S")
 161    {
 162       pixelSize = 1;
 163       pixelSign = 1;
 164    }
 165    else if (strPixelType == "8U")
 166    {
 167       pixelSize = 1;
 168       pixelSign = 0;
 169    }
 170    else if (strPixelType == "16S")
 171    {
 172       pixelSize = 2;
 173       pixelSign = 1;
 174    }
 175    else if (strPixelType == "16U")
 176    {
 177       pixelSize = 2;
 178       pixelSign = 0;
 179    }
 180    else if (strPixelType == "32S")
 181    {
 182       pixelSize = 4;
 183       pixelSign = 1;
 184    }
 185    else if (strPixelType == "32U")
 186    {
 187       pixelSize = 4;
 188       pixelSign = 0;
 189    }
 190    else
 191    {
 192       std::cout << "Wrong 'pixeltype' (" << strPixelType << ")" << std::endl;
 193       return 1;
 194    }
 195
 196    std::string strStudyUID;
 197    std::string strSerieUID;
 198
 199    if (userDefinedStudy)
 200       strSerieUID =  studyUID;
 201    else
 202       strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 203
 204    if (userDefinedStudy)
 205      strSerieUID =  serieUID;
 206    else
 207       strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 208
 209
 210    int dataSize =  nX*nY*nZ*pixelSize*samplesPerPixel;
 211    uint8_t *pixels = new uint8_t[dataSize];
 212
 213    Fp->read((char*)pixels, (size_t)dataSize);
 214
 215    if ( pixelSize !=1 && ( (l && bigEndian) || (b && ! bigEndian) ) )
 216    {
 217       ConvertSwapZone(pixelSize, pixels, dataSize);
 218    }
 219
 220 // Create an empty FileHelper
 221
 222    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New();
 223
 224  // Get the (empty) image header.
 225    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = fileH->GetFile();
 226
 227    // 'Study Instance UID'
 228    // The user is allowed to create his own Study,
 229    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
 230    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
 231    //          adding new Series to an already existing Study
 232
 233    fileToBuild->InsertEntryString(strStudyUID,0x0020,0x000d,"UI");  //  Study UID
 234
 235    // 'Serie Instance UID'
 236    // The user is allowed to create his own Series,
 237    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
 238    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
 239    // but there is no way no to prevent him for doing that
 240
 241    fileToBuild->InsertEntryString(strSerieUID,0x0020,0x000e,"UI");  //  Serie UID
 242
 243    std::ostringstream str;
 244
 245    // Set the image size
 246    str.str("");
 247    str << nX;
 248    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 249    str.str("");
 250    str << nY;
 251    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 252
 253    str.str("");
 254    str << nZ;
 255    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
 256
 257    // Set the pixel type
 258
 259    str.str("");
 260    str << pixelSize*8;
 261    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 262
 263    str.str("");
 264    str << pixelSize*8;
 265    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 266
 267    str.str("");
 268    str << ( pixelSize*8 - 1 );
 269    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 270
 271    str.str("");
 272    str << pixelSign;
 273    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 274
 275    str.str("");
 276    str << samplesPerPixel;
 277
 278 // If you deal with a Serie of images, as slices of a volume,
 279 // it up to you to tell gdcm, for each image, what are the values of :
 280 //
 281 // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 282 // 0020 0037 DS 6 Image Orientation (Patient)
 283
 284    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 285
 286    if (strlen(patientName) != 0)
 287       fileToBuild->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010, "PN"); // Patient's Name
 288
 289    //  0=white
 290    if(monochrome1)
 291       fileH->SetPhotometricInterpretationToMonochrome1();
 292
 293 // Set the image Pixel Data
 294    fileH->SetImageData(pixels,dataSize);
 295
 296 // Set the writting mode and write the image
 297    fileH->SetWriteModeToRaw();
 298
 299  // Write a DICOM Explicit VR file
 300    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 301
 302    if( !fileH->Write(outputFileName ) )
 303    {
 304       std::cout << "Failed for [" << outputFileName << "]\n"
 305                 << "           File is unwrittable\n";
 306    }
 307
 308    fileH->Delete();
 309
 310    delete[] pixels;
 311    return 1;
 312 }