Example/RawToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: RawToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/12/15 17:06:39 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Writes a Dicom file from a Raw File
  21  * The image content is a horizontal grayscale from
  22  *
  23  */
  24 #include "gdcmFile.h"
  25 #include "gdcmFileHelper.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmArgMgr.h"
  28
  29 #include <iostream>
  30 #include <sstream>
  31
  32
  33
  34 int main(int argc, char *argv[])
  35 {
  36
  37    START_USAGE(usage)
  38    " \n RawToDicom : \n                                                       ",
  39    " Writes a Dicom file from a Raw File                                      ",
  40    " usage: RawToDicom filein=inputFileName                                   ",
  41    "                   rows=nb of Rows, lines=nb of Lines,                    ",
  42    "                   [frames = nb of Frames] //defaulted to 1               ",
  43    "                   pixeltype={8U|8S|16U|16S}                              ",
  44    "                   [samples = {1|3}}       //defaulted to 1; 3 = RGB      ",
  45    "                   fileout=outputFileName                                 ",
  46    "                   [debug] [warning]                                      ",
  47    "      debug      : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
  48    FINISH_USAGE
  49
  50
  51    // Initialize Arguments Manager
  52    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  53
  54    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
  55    {
  56       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  57       delete am;
  58       return 1;
  59    }
  60
  61    char *inputFileName  = am->ArgMgrGetString("filein",(char *)0);
  62    char *outputFileName = am->ArgMgrGetString("fileout",(char *)0);
  63    //char *dirName        = am->ArgMgrGetString("dirin",(char *)0);
  64
  65    int nX = am->ArgMgrWantInt("rows", usage);
  66    int nY = am->ArgMgrWantInt("lines", usage);
  67    int nZ = am->ArgMgrGetInt("frames", 1);
  68    int samplesPerPixel = am->ArgMgrGetInt("samples", 1);
  69
  70    char *pixelType = am->ArgMgrWantString("pixeltype", usage);
  71
  72    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  73       gdcm::Debug::DebugOn();
  74
  75    /* if unused Param we give up */
  76    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  77    {
  78       am->ArgMgrUsage(usage);
  79       delete am;
  80       return 1;
  81    }
  82
  83    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  84
  85    // ----------- End Arguments Manager ---------
  86
  87
  88  // Read the Raw file
  89    std::ifstream *Fp = new std::ifstream(inputFileName, std::ios::in | std::ios::binary);
  90    if ( ! *Fp )
  91    {
  92       std::cout << "Cannot open file: " << inputFileName;
  93       delete Fp;
  94       Fp = 0;
  95       return 0;
  96    }
  97
  98    std::string strPixelType(pixelType);
  99    int pixelSign;
 100    int pixelSize;
 101
 102    if (strPixelType == "8S")
 103    {
 104       pixelSize = 1;
 105       pixelSign = 0;
 106    }
 107    else  if (strPixelType == "8U")
 108    {
 109       pixelSize = 1;
 110       pixelSign = 1;
 111    }
 112    else  if (strPixelType == "16S")
 113    {
 114       pixelSize = 2;
 115       pixelSign = 0;
 116    }
 117    else  if (strPixelType == "16U")
 118    {
 119       pixelSize = 2;
 120       pixelSign = 1;
 121    }
 122
 123    int dataSize =  nX*nY*nZ*pixelSize*samplesPerPixel;
 124    uint8_t *pixels = new uint8_t[dataSize];
 125
 126    Fp->read((char*)pixels, (size_t)dataSize);
 127
 128
 129 // Create an empty FileHelper
 130
 131    gdcm::FileHelper *fileH = gdcm::FileHelper::New();
 132
 133  // Get the (empty) image header.
 134    gdcm::File *fileToBuild = fileH->GetFile();
 135    std::ostringstream str;
 136
 137    // Set the image size
 138    str.str("");
 139    str << nX;
 140    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 141    str.str("");
 142    str << nY;
 143    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 144
 145    str.str("");
 146    str << nZ;
 147    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008); // Number of Frames
 148
 149    // Set the pixel type
 150
 151    str.str("");
 152    str << pixelSize*8;
 153    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 154
 155    str.str("");
 156    str << pixelSize*8;
 157    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101); // Bits Stored
 158
 159    str.str("");
 160    str << ( pixelSize*8 - 1 );
 161    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102); // High Bit
 162
 163    str.str("");
 164    str << pixelSign;
 165    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 166
 167    str.str("");
 168    str << samplesPerPixel;
 169    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 170
 171
 172 // Set the image Pixel Data
 173    fileH->SetImageData(pixels,dataSize);
 174
 175 // Set the writting mode and write the image
 176    fileH->SetWriteModeToRaw();
 177
 178  // Write a DICOM Explicit VR file
 179    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 180
 181    if( !fileH->Write(outputFileName ) )
 182    {
 183       std::cout << "Failed for [" << outputFileName << "]\n"
 184                 << "           File is unwrittable\n";
 185    }
 186
 187    fileH->Delete();
 188
 189    delete[] pixels;
 190    return 1;
 191 }