Example/RawToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: RawToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/07/17 13:27:57 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Writes a Dicom file from a Raw File
  21  * User has to supply parameters.
  22  *
  23  */
  24 #include "gdcmFile.h"
  25 #include "gdcmFileHelper.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmUtil.h"
  28 #include "gdcmArgMgr.h"
  29
  30 #include <iostream>
  31 #include <sstream>
  32
  33 int main(int argc, char *argv[])
  34 {
  35    START_USAGE(usage)
  36    " \n RawToDicom : \n                                                       ",
  37    " Writes a Dicom file from a Raw File                                      ",
  38    " usage: RawToDicom filein=inputFileName                                   ",
  39    "                   fileout=outputFileName                                 ",
  40    "                   rows=nb of Rows                                        ",
  41    "                   lines=nb of Lines,                                     ",
  42    "                   pixeltype={8U|8S|16U|16S|32U|32S}                      ",
  43    "                   [frames = nb of Frames] //defaulted to 1               ",
  44    "                   [samples = {1|3}}       //defaulted to 1(1:Gray,3:RGB) ",
  45    "                   [patientname = Patient's name]                         ",
  46    "                   [debug]                                                ",
  47    "                                                                          ",
  48    "      debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  49    FINISH_USAGE
  50
  51
  52    // Initialize Arguments Manager
  53    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  54
  55    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
  56    {
  57       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  58       delete am;
  59       return 1;
  60    }
  61
  62    const char *inputFileName  = am->ArgMgrGetString("filein");
  63    const char *outputFileName = am->ArgMgrGetString("fileout");
  64
  65    const char *patientName = am->ArgMgrGetString("patientname");
  66
  67    int nX = am->ArgMgrWantInt("rows", usage);
  68    int nY = am->ArgMgrWantInt("lines", usage);
  69    int nZ = am->ArgMgrGetInt("frames", 1);
  70    int samplesPerPixel = am->ArgMgrGetInt("samples", 1);
  71
  72
  73    char *pixelType = am->ArgMgrWantString("pixeltype", usage);
  74
  75    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  76       gdcm::Debug::DebugOn();
  77
  78    /* if unused Param we give up */
  79    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  80    {
  81       am->ArgMgrUsage(usage);
  82       delete am;
  83       return 1;
  84    }
  85
  86    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  87
  88    // ----------- End Arguments Manager ---------
  89
  90
  91  // Read the Raw file
  92    std::ifstream *Fp = new std::ifstream(inputFileName, std::ios::in | std::ios::binary);
  93    if ( ! *Fp )
  94    {
  95       std::cout << "Cannot open file: " << inputFileName;
  96       delete Fp;
  97       Fp = 0;
  98       return 0;
  99    }
 100
 101    std::string strPixelType(pixelType);
 102    int pixelSign;
 103    int pixelSize;
 104
 105    if (strPixelType == "8S")
 106    {
 107       pixelSize = 1;
 108       pixelSign = 0;
 109    }
 110    else if (strPixelType == "8U")
 111    {
 112       pixelSize = 1;
 113       pixelSign = 1;
 114    }
 115    else if (strPixelType == "16S")
 116    {
 117       pixelSize = 2;
 118       pixelSign = 0;
 119    }
 120    else if (strPixelType == "16U")
 121    {
 122       pixelSize = 2;
 123       pixelSign = 1;
 124    }
 125    else if (strPixelType == "32S")
 126    {
 127       pixelSize = 4;
 128       pixelSign = 0;
 129    }
 130    else if (strPixelType == "32U")
 131    {
 132       pixelSize = 4;
 133       pixelSign = 1;
 134    }
 135    else
 136    {
 137       std::cout << "Wrong 'pixeltype' (" << strPixelType << ")" << std::endl;
 138       return 1;
 139    }
 140
 141    int dataSize =  nX*nY*nZ*pixelSize*samplesPerPixel;
 142    uint8_t *pixels = new uint8_t[dataSize];
 143
 144    Fp->read((char*)pixels, (size_t)dataSize);
 145
 146
 147 // Create an empty FileHelper
 148
 149    gdcm::FileHelper *fileH = gdcm::FileHelper::New();
 150
 151  // Get the (empty) image header.
 152    gdcm::File *fileToBuild = fileH->GetFile();
 153
 154
 155    // If you want to use this program as a template to create
 156    // a 'Single Study UID - Single Serie UID' file set
 157    // keep the following lines out of the loop
 158
 159    // 'Study Instance UID'
 160    // The user is allowed to create his own Study,
 161    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
 162    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
 163    //          adding new Series to an already existing Study
 164    std::string studyUID =  gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 165    fileToBuild->InsertEntryString(studyUID, 0x0020,0x000d,"UI");
 166
 167    // 'Serie Instance UID'
 168    // The user is allowed to create his own Series,
 169    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
 170    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
 171    // but there is no way no to prevent him for doing that
 172    std::string serieUID =  gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 173    fileToBuild->InsertEntryString(serieUID, 0x0020,0x000e,"UI");
 174
 175    // end of 'keep out of loop lines
 176
 177    std::ostringstream str;
 178
 179    // Set the image size
 180    str.str("");
 181    str << nX;
 182    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 183    str.str("");
 184    str << nY;
 185    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 186
 187    str.str("");
 188    str << nZ;
 189    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
 190
 191    // Set the pixel type
 192
 193    str.str("");
 194    str << pixelSize*8;
 195    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 196
 197    str.str("");
 198    str << pixelSize*8;
 199    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 200
 201    str.str("");
 202    str << ( pixelSize*8 - 1 );
 203    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 204
 205    str.str("");
 206    str << pixelSign;
 207    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 208
 209    str.str("");
 210    str << samplesPerPixel;
 211
 212 // If you deal with a Serie of images, it up to you to tell gdcm,
 213 // for each image, what are the values of :
 214 // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 215 // 0020 0037 DS 6 Image Orientation (Patient)
 216
 217    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 218
 219    if (strlen(patientName) != 0)
 220       fileToBuild->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010, "PN"); // Patient's Name
 221
 222
 223 // Set the image Pixel Data
 224    fileH->SetImageData(pixels,dataSize);
 225
 226 // Set the writting mode and write the image
 227    fileH->SetWriteModeToRaw();
 228
 229  // Write a DICOM Explicit VR file
 230    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 231
 232    if( !fileH->Write(outputFileName ) )
 233    {
 234       std::cout << "Failed for [" << outputFileName << "]\n"
 235                 << "           File is unwrittable\n";
 236    }
 237
 238    fileH->Delete();
 239
 240    delete[] pixels;
 241    return 1;
 242 }