Example/RawToDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: RawToDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/03/23 15:01:47 $
   7   Version:   $Revision: 1.9 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Writes a Dicom file from a Raw File
  21  * User has to supply parameters.
  22  *
  23  */
  24 #include "gdcmFile.h"
  25 #include "gdcmFileHelper.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"
  27 #include "gdcmUtil.h"
  28 #include "gdcmArgMgr.h"
  29
  30 #include <iostream>
  31 #include <sstream>
  32
  33 void ConvertSwapZone(int pixelSize, void *Raw, size_t RawSize);
  34
  35 void ConvertSwapZone(int pixelSize, void *Raw, size_t RawSize)
  36 {
  37    unsigned int i;
  38    if ( pixelSize == 2 )
  39    {
  40       uint16_t *im16 = (uint16_t*)Raw;
  41       for( i = 0; i < RawSize / 2; i++ )
  42       {
  43          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
  44       }
  45    }
  46    else if ( pixelSize == 4 )
  47    {
  48       uint32_t s32;
  49       uint16_t high;
  50       uint16_t low;
  51       uint32_t *im32 = (uint32_t*)Raw;
  52
  53       for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
  54       {
  55          low     = im32[i] & 0x0000ffff; // 3412
  56          high    = im32[i] >> 16;
  57          s32     = low;
  58          im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
  59       }
  60
  61    }
  62 }
  63
  64
  65
  66 int main(int argc, char *argv[])
  67 {
  68    START_USAGE(usage)
  69    " \n RawToDicom : \n                                                       ",
  70    " Writes a Dicom file from a Raw File                                      ",
  71    " usage: RawToDicom filein=inputFileName                                   ",
  72    "                   fileout=outputFileName                                 ",
  73    "                   rows=nb of Rows                                        ",
  74    "                   lines=nb of Lines,                                     ",
  75    "                   pixeltype={8U|8S|16U|16S|32U|32S}                      ",
  76    "                   [{b|l}] b:BigEndian,l:LittleEndian default : l         ",
  77    "                   [frames = nb of Frames] //defaulted to 1               ",
  78    "                   [samples = {1|3}}       //defaulted to 1(1:Gray,3:RGB) ",
  79    "                   [patientname = Patient's name]                         ",
  80    "                   [debug]                                                ",
  81    "                                                                          ",
  82    "      debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  83    FINISH_USAGE
  84
  85
  86    // Initialize Arguments Manager
  87    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  88
  89    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
  90    {
  91       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  92       delete am;
  93       return 1;
  94    }
  95
  96    const char *inputFileName  = am->ArgMgrGetString("filein");
  97    const char *outputFileName = am->ArgMgrGetString("fileout");
  98
  99    const char *patientName = am->ArgMgrGetString("patientname");
 100
 101    int nX = am->ArgMgrWantInt("rows", usage);
 102    int nY = am->ArgMgrWantInt("lines", usage);
 103    int nZ = am->ArgMgrGetInt("frames", 1);
 104    int samplesPerPixel = am->ArgMgrGetInt("samples", 1);
 105
 106    int b = am->ArgMgrDefined("b");
 107    int l = am->ArgMgrDefined("l");
 108
 109    char *pixelType = am->ArgMgrWantString("pixeltype", usage);
 110
 111    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 112       gdcm::Debug::DebugOn();
 113
 114    /* if unused Param we give up */
 115    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 116    {
 117       am->ArgMgrUsage(usage);
 118       delete am;
 119       return 1;
 120    }
 121
 122    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 123
 124    // ----------- End Arguments Manager ---------
 125
 126
 127  // Read the Raw file
 128    std::ifstream *Fp = new std::ifstream(inputFileName, std::ios::in | std::ios::binary);
 129    if ( ! *Fp )
 130    {
 131       std::cout << "Cannot open file: " << inputFileName;
 132       delete Fp;
 133       Fp = 0;
 134       return 0;
 135    }
 136
 137    bool bigEndian = gdcm::Util::IsCurrentProcessorBigEndian();
 138
 139    std::string strPixelType(pixelType);
 140    int pixelSign;
 141    int pixelSize;
 142
 143    if (strPixelType == "8S")
 144    {
 145       pixelSize = 1;
 146       pixelSign = 1;
 147    }
 148    else if (strPixelType == "8U")
 149    {
 150       pixelSize = 1;
 151       pixelSign = 0;
 152    }
 153    else if (strPixelType == "16S")
 154    {
 155       pixelSize = 2;
 156       pixelSign = 1;
 157    }
 158    else if (strPixelType == "16U")
 159    {
 160       pixelSize = 2;
 161       pixelSign = 0;
 162    }
 163    else if (strPixelType == "32S")
 164    {
 165       pixelSize = 4;
 166       pixelSign = 1;
 167    }
 168    else if (strPixelType == "32U")
 169    {
 170       pixelSize = 4;
 171       pixelSign = 0;
 172    }
 173    else
 174    {
 175       std::cout << "Wrong 'pixeltype' (" << strPixelType << ")" << std::endl;
 176       return 1;
 177    }
 178
 179    int dataSize =  nX*nY*nZ*pixelSize*samplesPerPixel;
 180    uint8_t *pixels = new uint8_t[dataSize];
 181
 182    Fp->read((char*)pixels, (size_t)dataSize);
 183
 184    if ( pixelSize !=1 && ( (l && bigEndian) || (b && ! bigEndian) ) )
 185    {
 186       ConvertSwapZone(pixelSize, pixels, dataSize);
 187    }
 188
 189
 190 // Create an empty FileHelper
 191
 192    gdcm::FileHelper *fileH = gdcm::FileHelper::New();
 193
 194  // Get the (empty) image header.
 195    gdcm::File *fileToBuild = fileH->GetFile();
 196
 197
 198    // If you want to use this program as a template to create
 199    // a 'Single Study UID - Single Serie UID' file set
 200    // keep the following lines out of the loop
 201
 202    // 'Study Instance UID'
 203    // The user is allowed to create his own Study,
 204    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
 205    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
 206    //          adding new Series to an already existing Study
 207    std::string studyUID =  gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 208    fileToBuild->InsertEntryString(studyUID, 0x0020,0x000d,"UI");
 209
 210    // 'Serie Instance UID'
 211    // The user is allowed to create his own Series,
 212    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
 213    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
 214    // but there is no way no to prevent him for doing that
 215    std::string serieUID =  gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 216    fileToBuild->InsertEntryString(serieUID, 0x0020,0x000e,"UI");
 217
 218    // end of 'keep out of loop lines
 219
 220    std::ostringstream str;
 221
 222    // Set the image size
 223    str.str("");
 224    str << nX;
 225    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 226    str.str("");
 227    str << nY;
 228    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 229
 230    str.str("");
 231    str << nZ;
 232    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
 233
 234    // Set the pixel type
 235
 236    str.str("");
 237    str << pixelSize*8;
 238    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 239
 240    str.str("");
 241    str << pixelSize*8;
 242    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 243
 244    str.str("");
 245    str << ( pixelSize*8 - 1 );
 246    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 247
 248    str.str("");
 249    str << pixelSign;
 250    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 251
 252    str.str("");
 253    str << samplesPerPixel;
 254
 255 // If you deal with a Serie of images, it up to you to tell gdcm,
 256 // for each image, what are the values of :
 257 // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 258 // 0020 0037 DS 6 Image Orientation (Patient)
 259
 260    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 261
 262    if (strlen(patientName) != 0)
 263       fileToBuild->InsertEntryString(patientName,0x0010,0x0010, "PN"); // Patient's Name
 264
 265
 266 // Set the image Pixel Data
 267    fileH->SetImageData(pixels,dataSize);
 268
 269 // Set the writting mode and write the image
 270    fileH->SetWriteModeToRaw();
 271
 272  // Write a DICOM Explicit VR file
 273    fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 274
 275    if( !fileH->Write(outputFileName ) )
 276    {
 277       std::cout << "Failed for [" << outputFileName << "]\n"
 278                 << "           File is unwrittable\n";
 279    }
 280
 281    fileH->Delete();
 282
 283    delete[] pixels;
 284    return 1;
 285 }