Example/ReWrite.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ReWrite.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/03/01 09:51:56 $
   7   Version:   $Revision: 1.18 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21
  22 #include "gdcmArgMgr.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25
  26 int main(int argc, char *argv[])
  27 {
  28    START_USAGE(usage)
  29    " \n ReWrite :\n",
  30    " Re write a full gdcm-readable Dicom image                              ",
  31    "     (usefull when the file header is not very straight).               ",
  32    "                                                                        ",
  33    " usage: ReWrite filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName         ",
  34    "       [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug]                      ",
  35    "                                                                        ",
  36    "        mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)    ",
  37    "        noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences        ",
  38    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
  39    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences                  ",
  40    "        rgb      : user wants to tranform LUT (if any) to RGB pixels    ",
  41    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'        ",
  42    FINISH_USAGE
  43
  44    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  45    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  46
  47    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  48    {
  49       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  50       delete am;
  51       return 0;
  52    }
  53    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  54    if ( fileName == NULL )
  55    {
  56       std::cout << "'filein= ...' is mandatory" << std::endl;
  57       delete am;
  58       return 0;
  59    }
  60
  61    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  62    if ( outputFileName == NULL )
  63    {
  64       std::cout << "'fileout= ...' is mandatory" << std::endl;
  65       delete am;
  66       return 0;
  67    }
  68
  69    const char *mode = am->ArgMgrGetString("mode","X");
  70
  71    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  72    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  73       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  74    else
  75    {
  76    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  77          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  78       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  79          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  80    }
  81
  82    bool rgb = ( 0 != am->ArgMgrDefined("RGB") );
  83
  84    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  85       gdcm::Debug::DebugOn();
  86
  87    // if unused Params we give up
  88    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  89    {
  90       am->ArgMgrUsage(usage);
  91       delete am;
  92       return 0;
  93    }
  94
  95    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  96
  97    // ----------- End Arguments Manager ---------
  98
  99    gdcm::File *f = gdcm::File::New();
 100    f->SetLoadMode( loadMode );
 101    f->SetFileName( fileName );
 102    bool res = f->Load();
 103    if ( !res )
 104    {
 105       f->Delete();
 106       return 0;
 107    }
 108
 109    if (!f->IsReadable())
 110    {
 111        std::cerr << "Sorry, not a Readable DICOM / ACR File"  <<std::endl;
 112        f->Delete();
 113        return 0;
 114    }
 115
 116    gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 117    void *imageData;
 118    int dataSize;
 119
 120    if (rgb)
 121    {
 122       dataSize  = fh->GetImageDataSize();
 123       imageData = fh->GetImageData(); // somewhat important... can't remember
 124       fh->SetWriteModeToRGB();
 125    }
 126    else
 127    {
 128       dataSize  = fh->GetImageDataRawSize();
 129       imageData = fh->GetImageDataRaw();// somewhat important... can't remember
 130       fh->SetWriteModeToRaw();
 131    }
 132
 133    if ( imageData == 0 ) // to avoid warning
 134    {
 135       std::cout << "Was unable to read pixels " << std::endl;
 136    }
 137    std::cout <<std::endl <<" dataSize " << dataSize << std::endl;
 138    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 139    std::string pixelType, transferSyntaxName;
 140    nX=f->GetXSize();
 141    nY=f->GetYSize();
 142    nZ=f->GetZSize();
 143    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 144
 145    pixelType    = f->GetPixelType();
 146    sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 147    planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 148
 149    std::cout << " pixelType="           << pixelType
 150              << " SampleserPixel="      << sPP
 151              << " PlanarConfiguration=" << planarConfig
 152              << " PhotometricInterpretation="
 153              << f->GetEntryString(0x0028,0x0004)
 154              << std::endl;
 155
 156    int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 157    std::cout << "NumberOfScalarComponents " << numberOfScalarComponents
 158              <<std::endl;
 159    transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 160    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 161              << std::endl;
 162
 163    // Since we just ReWrite the image, we know no modification
 164    // was performed on the pixels.
 165    // We don't want this image appears as a 'Secondary Captured image'
 166    fh->SetContentType(gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 167
 168    switch (mode[0])
 169    {
 170       case 'A' :
 171       case 'a' :
 172       // Writting an ACR file
 173       // from a full gdcm readable File
 174          std::cout << "WriteACR" << std::endl;
 175          fh->WriteAcr(outputFileName);
 176          break;
 177
 178       case 'D' : // Not documented in the 'usage', because the method
 179       case 'd' : //                             is known to be bugged.
 180       // Writting a DICOM Implicit VR file
 181       // from a full gdcm readable File
 182          std::cout << "WriteDCM Implicit VR" << std::endl;
 183          fh->WriteDcmImplVR(outputFileName);
 184          break;
 185
 186       case 'X' :
 187       case 'x' :
 188       // writting a DICOM Explicit VR
 189       // from a full gdcm readable File
 190          std::cout << "WriteDCM Explicit VR" << std::endl;
 191          // fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 192          // Try this one :
 193          fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 194          fh->Write(outputFileName);
 195          break;
 196
 197       case 'R' :
 198       case 'r' :
 199       //  Writting a Raw File,
 200          std::cout << "WriteRaw" << std::endl;
 201          fh->WriteRawData(outputFileName);
 202          break;
 203
 204  // Just for fun :
 205  // Write a 'Video inverse' version of the file.
 206  // *Not* described, on purpose,  in the USAGE
 207       case 'V' :
 208       case 'v' :
 209          if ( fh->GetFile()->GetBitsAllocated() == 8)
 210          {
 211             std::cout << "videoinv for 8 bits" << std::endl;
 212             for (int i=0; i<dataSize; i++)
 213             {
 214                ((uint8_t*)imageData)[i] = 255 - ((uint8_t*)imageData)[i];
 215             }
 216          }
 217          else
 218          {
 219             std::cout << "videoinv for 16 bits" << std::endl;
 220             for (int i=0; i<dataSize/2; i++)
 221             {
 222                ((uint16_t*)imageData)[i] =  65535 - ((uint16_t*)imageData)[i];
 223             }
 224          }
 225          std::cout << "WriteDCM Explicit VR + VideoInv" << std::endl;
 226          fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 227          break;
 228    }
 229
 230    f->Delete();
 231    fh->Delete();
 232    return 0;
 233 }
 234