Example/ReWrite.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ReWrite.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/06/14 09:21:00 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21
  22 #include "gdcmArgMgr.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25
  26 int main(int argc, char *argv[])
  27 {
  28    START_USAGE(usage)
  29    " \n ReWrite :\n",
  30    " Re write a full gdcm-readable Dicom image                              ",
  31    "     (usefull when the file header is not very straight).               ",
  32    "",
  33    " usage: ReWrite filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName         ",
  34    "       [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug]                      ",
  35    "        mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)    ",
  36    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
  37    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences                  ",
  38    "        rgb      : user wants to tranform LUT (if any) to RGB pixels    ",
  39    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'        ",
  40    FINISH_USAGE
  41
  42    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  43    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  44
  45    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  46    {
  47       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  48       delete am;
  49       return 0;
  50    }
  51    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  52    if ( fileName == NULL )
  53    {
  54       delete am;
  55       return 0;
  56    }
  57
  58    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  59    if ( outputFileName == NULL )
  60    {
  61       delete am;
  62       return 0;
  63    }
  64
  65    char *mode = am->ArgMgrGetString("mode",(char *)"X");
  66
  67    int loadMode;
  68    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") && am->ArgMgrDefined("noseq") )
  69        loadMode = NO_SEQ | NO_SHADOW;
  70    else if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  71       loadMode = NO_SHADOW;
  72    else if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  73       loadMode = NO_SEQ;
  74    else
  75       loadMode = 0;
  76
  77    bool rgb = ( 0 != am->ArgMgrDefined("RGB") );
  78
  79    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  80       gdcm::Debug::DebugOn();
  81
  82    // if unused Params we give up
  83    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  84    {
  85       am->ArgMgrUsage(usage);
  86       delete am;
  87       return 0;
  88    }
  89
  90    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  91
  92    // ----------- End Arguments Manager ---------
  93
  94    gdcm::File *e1 = new gdcm::File();
  95    e1->SetLoadMode(loadMode);
  96
  97    bool res = e1->Load( fileName );
  98    if ( !res )
  99    {
 100       delete e1;
 101       delete am;
 102       return 0;
 103    }
 104
 105    if (!e1->IsReadable())
 106    {
 107        std::cerr << "Sorry, not a Readable DICOM / ACR File"  <<std::endl;
 108        delete e1;
 109        delete am;
 110        return 0;
 111    }
 112
 113    gdcm::FileHelper *f1 = new gdcm::FileHelper(e1);
 114    void *imageData;
 115    int dataSize;
 116
 117    if (rgb)
 118    {
 119       dataSize  = f1->GetImageDataSize();
 120       imageData = f1->GetImageData(); // somewhat important... can't remember
 121       f1->SetWriteModeToRGB();
 122    }
 123    else
 124    {
 125       dataSize  = f1->GetImageDataRawSize();
 126       imageData = f1->GetImageDataRaw();// somewhat important... can't remember
 127       f1->SetWriteModeToRaw();
 128    }
 129
 130    if ( imageData == 0 ) // to avoid warning
 131    {
 132       std::cout << "Was unable to read pixels " << std::endl;
 133    }
 134    std::cout <<std::endl <<" dataSize " << dataSize << std::endl;
 135    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 136    std::string pixelType, transferSyntaxName;
 137    nX=e1->GetXSize();
 138    nY=e1->GetYSize();
 139    nZ=e1->GetZSize();
 140    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 141
 142    pixelType    = e1->GetPixelType();
 143    sPP          = e1->GetSamplesPerPixel();
 144    planarConfig = e1->GetPlanarConfiguration();
 145
 146    std::cout << " pixelType="           << pixelType
 147              << " SampleserPixel="      << sPP
 148              << " PlanarConfiguration=" << planarConfig
 149              << " PhotometricInterpretation="
 150                                 << e1->GetEntryValue(0x0028,0x0004)
 151              << std::endl;
 152
 153    int numberOfScalarComponents=e1->GetNumberOfScalarComponents();
 154    std::cout << "NumberOfScalarComponents " << numberOfScalarComponents <<std::endl;
 155    transferSyntaxName = e1->GetTransferSyntaxName();
 156    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]" << std::endl;
 157
 158    switch (mode[0])
 159    {
 160    case 'A' :
 161    case 'a' :
 162             // Writting an ACR file
 163             // from a full gdcm readable File
 164
 165       std::cout << "WriteACR" << std::endl;
 166       f1->WriteAcr(outputFileName);
 167       break;
 168
 169    case 'D' : // Not documented in the 'usage', because the method is known to be bugged.
 170    case 'd' :
 171            // Writting a DICOM Implicit VR file
 172            // from a full gdcm readable File
 173
 174       std::cout << "WriteDCM Implicit VR" << std::endl;
 175       f1->WriteDcmImplVR(outputFileName);
 176       break;
 177
 178    case 'X' :
 179    case 'x' :
 180               // writting a DICOM Explicit VR
 181               // from a full gdcm readable File
 182
 183       std::cout << "WriteDCM Explicit VR" << std::endl;
 184       f1->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 185       break;
 186
 187    case 'R' :
 188    case 'r' :
 189              //  Writting a Raw File,
 190
 191       std::cout << "WriteRaw" << std::endl;
 192       f1->WriteRawData(outputFileName);
 193       break;
 194
 195    }
 196    delete e1;
 197    delete f1;
 198    return 0;
 199 }
 200