Example/ReWrite.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ReWrite.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/06/09 21:32:14 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21
  22 #include "gdcmArgMgr.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25
  26 int main(int argc, char *argv[])
  27 {
  28    START_USAGE(usage)
  29    " \n ReWrite :\n",
  30    " Re write a full gdcm-readable Dicom image",
  31    "     (usefull when the file header is not very straight).",
  32    "                 ",
  33    " usage: ReWrite filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName ",
  34    "       [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug] ",
  35    "        mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)",
  36    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
  37    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences ",
  38    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode' ",
  39    FINISH_USAGE
  40
  41    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  42    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  43
  44    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  45    {
  46       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  47       delete am;
  48       return 0;
  49    }
  50    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  51    if ( fileName == NULL )
  52    {
  53       delete am;
  54       return 0;
  55    }
  56
  57    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  58    if ( outputFileName == NULL )
  59    {
  60       delete am;
  61       return 0;
  62    }
  63
  64    char *mode = am->ArgMgrGetString("filein","X");
  65
  66    int loadMode;
  67    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") && am->ArgMgrDefined("noseq") )
  68        loadMode = NO_SEQ | NO_SHADOW;
  69    else if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  70       loadMode = NO_SHADOW;
  71    else if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  72       loadMode = NO_SEQ;
  73    else
  74       loadMode = 0;
  75
  76    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  77       gdcm::Debug::DebugOn();
  78
  79    // if unused Param we give up
  80    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  81    {
  82       am->ArgMgrUsage(usage);
  83       delete am;
  84       return 0;
  85    }
  86
  87    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  88
  89    int dataSize;
  90
  91    gdcm::File *e1 = new gdcm::File();
  92    e1->SetLoadMode(loadMode);
  93
  94    bool res = e1->Load( fileName );
  95    if ( !res )
  96    {
  97       delete e1;
  98       delete am;
  99       return 0;
 100    }
 101    if (!e1->IsReadable())
 102    {
 103        std::cerr << "Sorry, not a Readable DICOM / ACR File"  <<std::endl;
 104        delete e1;
 105        delete am;
 106        return 0;
 107    }
 108
 109    gdcm::FileHelper *f1 = new gdcm::FileHelper(e1);
 110
 111 // ---
 112
 113    dataSize = f1->GetImageDataSize();
 114    std::cout <<std::endl <<" dataSize " << dataSize << std::endl;
 115    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 116    std::string pixelType, transferSyntaxName;
 117    nX=e1->GetXSize();
 118    nY=e1->GetYSize();
 119    nZ=e1->GetZSize();
 120    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 121
 122    pixelType    = e1->GetPixelType();
 123    sPP          = e1->GetSamplesPerPixel();
 124    planarConfig = e1->GetPlanarConfiguration();
 125
 126    std::cout << " pixelType="           << pixelType
 127              << " SampleserPixel="      << sPP
 128              << " PlanarConfiguration=" << planarConfig
 129              << " PhotometricInterpretation="
 130                                 << e1->GetEntryValue(0x0028,0x0004)
 131              << std::endl;
 132
 133    int numberOfScalarComponents=e1->GetNumberOfScalarComponents();
 134    std::cout << "NumberOfScalarComponents " << numberOfScalarComponents <<std::endl;
 135    transferSyntaxName = e1->GetTransferSyntaxName();
 136    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]" << std::endl;
 137
 138    f1->GetImageData(); // somewhat important... can't remember
 139
 140    switch (mode[0])
 141    {
 142    case 'A' :
 143             // Writting an ACR file
 144             // from a full gdcm readable File
 145
 146       std::cout << "WriteACR" << std::endl;
 147       f1->WriteAcr(outputFileName);
 148       break;
 149
 150    case 'D' : // Not documented in the 'usage', because the method is known to be bugged.
 151
 152            // Writting a DICOM Implicit VR file
 153            // from a full gdcm readable File
 154
 155       std::cout << "WriteDCM Implicit VR" << std::endl;
 156       f1->WriteDcmImplVR(outputFileName);
 157       break;
 158
 159    case 'X' :
 160               // writting a DICOM Explicit VR
 161               // from a full gdcm readable File
 162
 163       std::cout << "WriteDCM Explicit VR" << std::endl;
 164       f1->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 165       break;
 166
 167    case 'R' :
 168              //  Writting a Raw File,
 169
 170       std::cout << "WriteRaw" << std::endl;
 171       f1->WriteRawData(outputFileName);
 172       break;
 173
 174    }
 175    delete e1;
 176    delete f1;
 177    delete am;
 178    return 0;
 179 }
 180