Example/ReWrite.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ReWrite.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/06/07 11:12:10 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21
  22 #include "gdcmArgMgr.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25
  26 int main(int argc, char *argv[])
  27 {
  28    START_USAGE(usage)
  29    " \n ReWrite :\n",
  30    " Re write a full gdcm-readable Dicom image",
  31    "     (usefull when the file header is not very straight).",
  32    "                 ",
  33    " usage: ReWrite filein=inputFileName fileout=anonymizedFileName ",
  34    "       [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug] ",
  35    "        mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)",
  36    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
  37    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences ",
  38    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode' ",
  39    FINISH_USAGE
  40
  41    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  42    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  43
  44    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  45    {
  46       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  47       delete am;
  48       return 0;
  49    }
  50    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  51    if ( fileName == NULL )
  52    {
  53       delete am;
  54       return 0;
  55    }
  56
  57    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  58    if ( outputFileName == NULL )
  59    {
  60       delete am;
  61       return 0;
  62    }
  63
  64    char *mode = am->ArgMgrGetString("filein","X");
  65
  66    int loadMode;
  67    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") && am->ArgMgrDefined("noseq") )
  68        loadMode = NO_SEQ | NO_SHADOW;
  69    else if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  70       loadMode = NO_SHADOW;
  71    else if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  72       loadMode = NO_SEQ;
  73    else
  74       loadMode = 0;
  75
  76    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  77       gdcm::Debug::DebugOn();
  78
  79    // if unused Param we give up
  80    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  81    {
  82       am->ArgMgrUsage(usage);
  83       delete am;
  84       return 0;
  85    }
  86
  87    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  88
  89    void *imageData;
  90    int dataSize;
  91
  92    gdcm::File *e1 = new gdcm::File();
  93    e1->SetLoadMode(loadMode);
  94
  95    bool res = e1->Load( fileName );
  96    if ( !res )
  97    {
  98       delete e1;
  99       delete am;
 100       return 0;
 101    }
 102    if (!e1->IsReadable())
 103    {
 104        std::cerr << "Sorry, not a Readable DICOM / ACR File"  <<std::endl;
 105        delete e1;
 106        delete am;
 107        return 0;
 108    }
 109
 110    gdcm::FileHelper *f1 = new gdcm::FileHelper(e1);
 111
 112 // ---
 113
 114    dataSize = f1->GetImageDataSize();
 115    std::cout <<std::endl <<" dataSize " << dataSize << std::endl;
 116    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 117    std::string pixelType, transferSyntaxName;
 118    nX=e1->GetXSize();
 119    nY=e1->GetYSize();
 120    nZ=e1->GetZSize();
 121    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 122
 123    pixelType    = e1->GetPixelType();
 124    sPP          = e1->GetSamplesPerPixel();
 125    planarConfig = e1->GetPlanarConfiguration();
 126
 127    std::cout << " pixelType="           << pixelType
 128              << " SampleserPixel="      << sPP
 129              << " PlanarConfiguration=" << planarConfig
 130              << " PhotometricInterpretation="
 131                                 << e1->GetEntryValue(0x0028,0x0004)
 132              << std::endl;
 133
 134    int numberOfScalarComponents=e1->GetNumberOfScalarComponents();
 135    std::cout << "NumberOfScalarComponents " << numberOfScalarComponents <<std::endl;
 136    transferSyntaxName = e1->GetTransferSyntaxName();
 137    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]" << std::endl;
 138
 139    imageData= f1->GetImageData();
 140
 141    switch (mode[0])
 142    {
 143    case 'A' :
 144             // Writting an ACR file
 145             // from a full gdcm readable File
 146
 147       std::cout << "WriteACR" << std::endl;
 148       f1->WriteAcr(outputFileName);
 149       break;
 150
 151    case 'D' : // Not documented in the 'usage', because the method is known to be bugged.
 152
 153            // Writting a DICOM Implicit VR file
 154            // from a full gdcm readable File
 155
 156       std::cout << "WriteDCM Implicit VR" << std::endl;
 157       f1->WriteDcmImplVR(outputFileName);
 158       break;
 159
 160    case 'X' :
 161               // writting a DICOM Explicit VR
 162               // from a full gdcm readable File
 163
 164       std::cout << "WriteDCM Explicit VR" << std::endl;
 165       f1->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 166       break;
 167
 168    case 'R' :
 169              //  Writting a Raw File,
 170
 171       std::cout << "WriteRaw" << std::endl;
 172       f1->WriteRawData(outputFileName);
 173       break;
 174
 175    }
 176    delete e1;
 177    delete f1;
 178    delete am;
 179    return 0;
 180 }
 181