Example/ReWrite.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ReWrite.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/04/19 10:23:56 $
   7   Version:   $Revision: 1.20 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21
  22 #include "gdcmArgMgr.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25
  26 int main(int argc, char *argv[])
  27 {
  28    START_USAGE(usage)
  29    " \n ReWrite :\n",
  30    " Re write a full gdcm-readable Dicom image                              ",
  31    "     (usefull when the file header is not very straight).               ",
  32    "                                                                        ",
  33    " usage: ReWrite filein=inputFileName fileout=outputFileName             ",
  34    "       [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug]                      ",
  35    "       [rubout=xBegin,xEnd,yBegin,yEnd [ruboutvalue=n (<255)] ]         ",
  36    "                                                                        ",
  37    "        mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)    ",
  38    "        noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences        ",
  39    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
  40    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences                  ",
  41    "        rgb      : user wants to tranform LUT (if any) to RGB pixels    ",
  42    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'        ",
  43    FINISH_USAGE
  44
  45    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  46    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  47
  48    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  49    {
  50       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  51       delete am;
  52       return 0;
  53    }
  54    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  55    if ( fileName == NULL )
  56    {
  57       std::cout << "'filein= ...' is mandatory" << std::endl;
  58       delete am;
  59       return 0;
  60    }
  61
  62    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  63    if ( outputFileName == NULL )
  64    {
  65       std::cout << "'fileout= ...' is mandatory" << std::endl;
  66       delete am;
  67       return 0;
  68    }
  69
  70    const char *mode = am->ArgMgrGetString("mode","X");
  71
  72    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  73    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  74       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  75    else
  76    {
  77    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  78          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  79       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  80          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  81    }
  82
  83    bool rgb = ( 0 != am->ArgMgrDefined("RGB") );
  84
  85    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  86       gdcm::Debug::DebugOn();
  87
  88    bool fail = false;
  89    int *boundVal;
  90    int ruboutVal;
  91    bool rubout = false;
  92    if (am->ArgMgrDefined("rubout"))
  93    {
  94       int nbBound;
  95       boundVal = am->ArgMgrGetListOfInt("rubout", &nbBound);
  96
  97       if (nbBound !=4)
  98       {
  99          std::cout << "Illegal number of 'rubout' boundary values (expected : 4, found:"
 100                    << nbBound << "); 'rubout' ignored" << std::endl;
 101          fail = true;
 102       }
 103
 104       ruboutVal = am->ArgMgrGetInt("ruboutvalue", 0);
 105       rubout = true;
 106    }
 107
 108
 109    // if unused Params we give up
 110    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 111    {
 112       am->ArgMgrUsage(usage);
 113       delete am;
 114       return 0;
 115    }
 116
 117    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 118
 119    // ----------- End Arguments Manager ---------
 120
 121    gdcm::File *f = gdcm::File::New();
 122    f->SetLoadMode( loadMode );
 123    f->SetFileName( fileName );
 124    bool res = f->Load();
 125    if ( !res )
 126    {
 127       f->Delete();
 128       return 0;
 129    }
 130
 131    if (!f->IsReadable())
 132    {
 133        std::cerr << "Sorry, not a Readable DICOM / ACR File"  <<std::endl;
 134        f->Delete();
 135        return 0;
 136    }
 137
 138    gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 139    void *imageData;
 140    int dataSize;
 141
 142    if (rgb)
 143    {
 144       dataSize  = fh->GetImageDataSize();
 145       imageData = fh->GetImageData(); // somewhat important... can't remember
 146       fh->SetWriteModeToRGB();
 147    }
 148    else
 149    {
 150       dataSize  = fh->GetImageDataRawSize();
 151       imageData = fh->GetImageDataRaw();// somewhat important... can't remember
 152       fh->SetWriteModeToRaw();
 153    }
 154
 155    if ( imageData == 0 ) // to avoid warning
 156    {
 157       std::cout << "Was unable to read pixels " << std::endl;
 158    }
 159    std::cout <<std::endl <<" dataSize " << dataSize << std::endl;
 160    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 161    std::string pixelType, transferSyntaxName;
 162    nX=f->GetXSize();
 163    nY=f->GetYSize();
 164    nZ=f->GetZSize();
 165    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 166
 167    pixelType    = f->GetPixelType();
 168    sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 169    planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 170
 171    std::cout << " pixelType="           << pixelType
 172              << " SampleserPixel="      << sPP
 173              << " PlanarConfiguration=" << planarConfig
 174              << " PhotometricInterpretation="
 175              << f->GetEntryString(0x0028,0x0004)
 176              << std::endl;
 177
 178    int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 179    std::cout << "NumberOfScalarComponents " << numberOfScalarComponents
 180              <<std::endl;
 181    transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 182    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 183              << std::endl;
 184
 185    // Since we just ReWrite the image, we know no modification
 186    // was performed on the pixels.
 187    // We don't want this image appears as a 'Secondary Captured image'
 188    fh->SetContentType(gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 189
 190
 191    if (rubout)
 192    {
 193       if (boundVal[0]<0 || boundVal[0]>nX)
 194       {
 195          std::cout << "xBegin out of bounds; 'rubout' ignored" << std::endl;
 196          fail = true;
 197       }
 198       if (boundVal[1]<0 || boundVal[1]>nX)
 199       {
 200          std::cout << "xEnd out of bounds; 'rubout' ignored" << std::endl;
 201          fail = true;
 202       }
 203       if (boundVal[0] > boundVal[1])
 204       {
 205          std::cout << "xBegin greater than xEnd; 'rubout' ignored" << std::endl;
 206          fail = true;
 207       }
 208       if (boundVal[2]<0 || boundVal[2]>nY)
 209       {
 210          std::cout << "yBegin out of bounds; 'rubout' ignored" << std::endl;
 211          fail = true;
 212       }
 213       if (boundVal[3]<0 || boundVal[3]>nY)
 214       {
 215          std::cout << "yEnd out of bounds; 'rubout' ignored" << std::endl;
 216          fail = true;
 217       }
 218       if (boundVal[2] > boundVal[3])
 219       {
 220          std::cout << "yBegin greater than yEnd; 'rubout' ignored" << std::endl;
 221          fail = true;
 222       }
 223       if (!fail)
 224       {
 225          int pixelLength = f->GetBitsAllocated()/8;
 226          int lineLength = nX * sPP * pixelLength;
 227          size_t lengthToRubout = (boundVal[1]-boundVal[0])*sPP*pixelLength;
 228          int offsetToBeginOfRubout = boundVal[0]*sPP*pixelLength+lineLength*boundVal[2];
 229
 230          for(int rbl=boundVal[2]; rbl<boundVal[3];rbl++)
 231          {
 232             memset((char *)imageData+offsetToBeginOfRubout, ruboutVal, lengthToRubout);
 233             offsetToBeginOfRubout += lineLength;
 234          }
 235       }
 236    }
 237
 238    switch (mode[0])
 239    {
 240       case 'A' :
 241       case 'a' :
 242       // Writting an ACR file
 243       // from a full gdcm readable File
 244          std::cout << "WriteACR" << std::endl;
 245          fh->WriteAcr(outputFileName);
 246          break;
 247
 248       case 'D' : // Not documented in the 'usage', because the method
 249       case 'd' : //                             is known to be bugged.
 250       // Writting a DICOM Implicit VR file
 251       // from a full gdcm readable File
 252          std::cout << "WriteDCM Implicit VR" << std::endl;
 253          fh->WriteDcmImplVR(outputFileName);
 254          break;
 255
 256       case 'X' :
 257       case 'x' :
 258       // writting a DICOM Explicit VR
 259       // from a full gdcm readable File
 260          std::cout << "WriteDCM Explicit VR" << std::endl;
 261          // fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 262          // Try this one :
 263          fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 264          fh->Write(outputFileName);
 265          break;
 266
 267       case 'R' :
 268       case 'r' :
 269       //  Writting a Raw File,
 270          std::cout << "WriteRaw" << std::endl;
 271          fh->WriteRawData(outputFileName);
 272          break;
 273
 274  // Just for fun :
 275  // Write a 'Video inverse' version of the file.
 276  // *Not* described, on purpose,  in the USAGE
 277       case 'V' :
 278       case 'v' :
 279          if ( fh->GetFile()->GetBitsAllocated() == 8)
 280          {
 281             std::cout << "videoinv for 8 bits" << std::endl;
 282             for (int i=0; i<dataSize; i++)
 283             {
 284                ((uint8_t*)imageData)[i] = 255 - ((uint8_t*)imageData)[i];
 285             }
 286          }
 287          else
 288          {
 289             std::cout << "videoinv for 16 bits" << std::endl;
 290             for (int i=0; i<dataSize/2; i++)
 291             {
 292                ((uint16_t*)imageData)[i] =  65535 - ((uint16_t*)imageData)[i];
 293             }
 294          }
 295          std::cout << "WriteDCM Explicit VR + VideoInv" << std::endl;
 296          fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 297          break;
 298    }
 299
 300    f->Delete();
 301    fh->Delete();
 302    return 0;
 303 }
 304