Example/ReWriteExtended.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ReWriteExtended.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/03/29 12:02:22 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmArgMgr.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25
  26 int main(int argc, char *argv[])
  27 {
  28    START_USAGE(usage)
  29    " \n ReWriteExtended :\n",
  30    " Re write a full gdcm-readable Dicom image using new features           ",
  31    "     (DO NOT use right now; checking no achieved !).                    ",
  32    "                                                                        ",
  33    " usage: ReWriteExtended filein=inputFileName fileout=outputFileName     ",
  34    "      filecontent = 1 : USER_OWN_IMAGE                                  ",
  35    "                  = 2 : FILTERED_IMAGE                                  ",
  36    "                  = 3 : CREATED_IMAGE                                   ",
  37    "                  = 4 : UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE                         ",
  38    "       [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug]                      ",
  39    "                                                                        ",
  40    "        mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)    ",
  41    "        noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences        ",
  42    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
  43    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences                  ",
  44    "        rgb      : user wants to transform LUT (if any) to RGB pixels   ",
  45    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'  ",
  46    FINISH_USAGE
  47
  48    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  49    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  50
  51    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  52    {
  53       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  54       delete am;
  55       return 0;
  56    }
  57    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  58    if ( fileName == NULL )
  59    {
  60       std::cout << "'filein= ...' is mandatory" << std::endl;
  61       delete am;
  62       return 0;
  63    }
  64
  65    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  66    if ( outputFileName == NULL )
  67    {
  68       std::cout << "'fileout= ...' is mandatory" << std::endl;
  69       delete am;
  70       return 0;
  71    }
  72
  73    const char *mode = am->ArgMgrGetString("mode","X");
  74
  75    int filecontent =  am->ArgMgrGetInt("filecontent", gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
  76
  77    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  78    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  79       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  80    else
  81    {
  82    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  83          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  84       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  85          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  86    }
  87
  88    bool rgb = ( 0 != am->ArgMgrDefined("RGB") );
  89
  90    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  91       gdcm::Debug::DebugOn();
  92
  93
  94
  95
  96  // =======================================================================
  97    bool fail = false;
  98
  99    int *boundRoiVal;
 100    bool roi = false;
 101    if (am->ArgMgrDefined("roi"))
 102    {
 103       int nbRoiBound;
 104       boundRoiVal = am->ArgMgrGetListOfInt("roi", &nbRoiBound);
 105
 106       if (nbRoiBound !=4)
 107       {
 108         std::cout << "Illegal number of 'ROI' boundary values (expected : 4, found:"
 109                   << nbRoiBound << "); 'ROI' ignored" << std::endl;
 110         fail = true;
 111       }
 112       else
 113         roi = true;
 114    }
 115
 116    int beg = am->ArgMgrGetInt("firstFrame",0);
 117    int end = am->ArgMgrGetInt("lastFrame",0);
 118  // =======================================================================
 119
 120
 121    // if unused Params we give up
 122    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 123    {
 124       am->ArgMgrUsage(usage);
 125       delete am;
 126       return 0;
 127    }
 128
 129    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 130
 131    // ----------- End Arguments Manager ---------
 132
 133    gdcm::File *f = gdcm::File::New();
 134    f->SetLoadMode( loadMode );
 135    f->SetFileName( fileName );
 136    bool res = f->Load();
 137    if ( !res )
 138    {
 139       f->Delete();
 140       return 0;
 141    }
 142
 143    if (!f->IsReadable())
 144    {
 145        std::cerr << "Sorry, not a Readable DICOM / ACR File"  <<std::endl;
 146        f->Delete();
 147        return 0;
 148    }
 149
 150
 151    //std::cout <<std::endl <<" dataSize " << dataSize << std::endl;
 152    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 153    std::string pixelType, transferSyntaxName;
 154    nX=f->GetXSize();
 155    nY=f->GetYSize();
 156    nZ=f->GetZSize();
 157    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 158
 159    pixelType    = f->GetPixelType();
 160    sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 161    planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 162
 163    std::cout << " pixelType="           << pixelType
 164              << " SampleserPixel="      << sPP
 165              << " PlanarConfiguration=" << planarConfig
 166              << " PhotometricInterpretation="
 167              << f->GetEntryString(0x0028,0x0004)
 168              << std::endl;
 169
 170    int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 171    std::cout << "NumberOfScalarComponents " << numberOfScalarComponents
 172              <<std::endl;
 173    transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 174    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 175              << std::endl;
 176
 177
 178
 179    gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 180    void *imageData;
 181    int dataSize;
 182
 183
 184   // =======================================================================
 185     int subImDimX = nX;
 186     int subImDimY = nY;
 187
 188
 189     if (roi)
 190     {
 191     std::cout << " " << boundRoiVal[0] << " " <<  boundRoiVal[1] << " " << boundRoiVal[2] << " " <<
 192      boundRoiVal[3] <<std::endl;
 193       if (boundRoiVal[0]<0 || boundRoiVal[0]>=nX)
 194       {
 195          std::cout << "xBegin out of bounds; 'roi' ignored" << std::endl;
 196          fail = true;
 197       }
 198       if (boundRoiVal[1]<0 || boundRoiVal[1]>=nX)
 199       {
 200          std::cout << "xEnd out of bounds; 'roi' ignored" << std::endl;
 201          fail = true;
 202       }
 203       if (boundRoiVal[0] > boundRoiVal[1])
 204       {
 205          std::cout << "xBegin greater than xEnd; 'roi' ignored" << std::endl;
 206          fail = true;
 207       }
 208
 209       if (boundRoiVal[2]<0 || boundRoiVal[2]>=nY)
 210       {
 211          std::cout << "yBegin out of bounds; 'roi' ignored" << std::endl;
 212          fail = true;
 213       }
 214       if (boundRoiVal[3]<0 || boundRoiVal[3]>=nY)
 215       {
 216          std::cout << "yEnd out of bounds; 'roi' ignored" << std::endl;
 217          fail = true;
 218       }
 219       if (boundRoiVal[2] > boundRoiVal[3])
 220       {
 221          std::cout << "yBegin greater than yEnd; 'roi' ignored" << std::endl;
 222          fail = true;
 223       }
 224
 225    }
 226    else
 227    {
 228
 229      boundRoiVal = new int[4];
 230      boundRoiVal[0] = 0;
 231      boundRoiVal[1] = nX-1;
 232      boundRoiVal[2] = 0;
 233      boundRoiVal[3] = nY-1;
 234   }
 235
 236    subImDimX = boundRoiVal[1]-boundRoiVal[0]+1;
 237    subImDimY = boundRoiVal[3]-boundRoiVal[2]+1;
 238
 239    // =======================================================================
 240    if (rgb)
 241    {
 242       dataSize  = fh->GetImageDataSize();
 243       imageData = fh->GetImageData(); // somewhat important... can't remember
 244       fh->SetWriteModeToRGB();
 245    }
 246    else
 247    {
 248       dataSize  = fh->GetImageDataRawSize();
 249       imageData = fh->GetImageDataRaw();// somewhat important... can't remember
 250       fh->SetWriteModeToRaw();
 251    }
 252
 253    if ( imageData == 0 ) // to avoid warning
 254    {
 255       std::cout << "Was unable to read pixels " << std::endl;
 256    }
 257
 258
 259    // We trust user. (just an example; *never* trust an user !)
 260    fh->SetContentType((gdcm::ImageContentType)filecontent);
 261
 262    /// \todo Here, give the detail of operations a 'decent' user should perform,
 263    ///       according to what *he* wants to do.
 264
 265
 266    // an user shouldn't add images to a 'native' serie.
 267    // He is allowed to create his own Serie, within a 'native' Study :
 268    // if he wants to do so, he has to call gdcm::Util::GetUniqueUID
 269    // only once for a given image set, belonging to a single 'user Serie'
 270
 271    std::string SerieInstanceUID;
 272    switch(filecontent)
 273    {
 274       case gdcm::USER_OWN_IMAGE :
 275          SerieInstanceUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 276          f->SetEntryString(SerieInstanceUID,0x0020,0x000e);
 277       break;
 278
 279       case gdcm::FILTERED_IMAGE :
 280       /// \todo : to be finished!
 281       break;
 282
 283       case gdcm::CREATED_IMAGE :
 284       /// \todo : to be finished!
 285       break;
 286
 287       case gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE :
 288       /// \todo : to be finished!
 289       break;
 290    }
 291
 292    switch (mode[0])
 293    {
 294       case 'A' :
 295       case 'a' :
 296       // Writting an ACR file
 297       // from a full gdcm readable File
 298          std::cout << "WriteACR" << std::endl;
 299          fh->WriteAcr(outputFileName);
 300          break;
 301
 302       case 'D' : // Not documented in the 'usage', because the method
 303       case 'd' : //                             is known to be bugged.
 304       // Writting a DICOM Implicit VR file
 305       // from a full gdcm readable File
 306          std::cout << "WriteDCM Implicit VR" << std::endl;
 307          fh->WriteDcmImplVR(outputFileName);
 308          break;
 309
 310       case 'X' :
 311       case 'x' :
 312       // writting a DICOM Explicit VR
 313       // from a full gdcm readable File
 314          std::cout << "WriteDCM Explicit VR" << std::endl;
 315          // fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 316          // Try this one :
 317          fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 318          fh->Write(outputFileName);
 319          break;
 320
 321       case 'R' :
 322       case 'r' :
 323       //  Writting a Raw File,
 324          std::cout << "WriteRaw" << std::endl;
 325          fh->WriteRawData(outputFileName);
 326          break;
 327
 328  // Just for fun :
 329  // Write a 'Video inverse' version of the file.
 330  // *Not* described, on purpose,  in the USAGE
 331       case 'V' :
 332       case 'v' :
 333          if ( fh->GetFile()->GetBitsAllocated() == 8)
 334          {
 335             std::cout << "videoinv for 8 bits" << std::endl;
 336             for (int i=0; i<dataSize; i++)
 337             {
 338                ((uint8_t*)imageData)[i] = 255 - ((uint8_t*)imageData)[i];
 339             }
 340          }
 341          else
 342          {
 343             std::cout << "videoinv for 16 bits" << std::endl;
 344             for (int i=0; i<dataSize/2; i++)
 345             {
 346                ((uint16_t*)imageData)[i] =  65535 - ((uint16_t*)imageData)[i];
 347             }
 348          }
 349          std::cout << "WriteDCM Explicit VR + VideoInv" << std::endl;
 350          fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 351          break;
 352    }
 353
 354    f->Delete();
 355    fh->Delete();
 356    return 0;
 357 }
 358