Example/ReWriteExtended.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ReWriteExtended.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/03/17 14:40:47 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmArgMgr.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25
  26 int main(int argc, char *argv[])
  27 {
  28    START_USAGE(usage)
  29    " \n ReWriteExtended :\n",
  30    " Re write a full gdcm-readable Dicom image                              ",
  31    "     (usefull when the file header is not very straight).               ",
  32    "                                                                        ",
  33    " usage: ReWriteExtended filein=inputFileName fileout=outputFileName     ",
  34    "      filecontent = 1 : USER_OWN_IMAGE                                  ",
  35    "                  = 2 : FILTERED_IMAGE                                  ",
  36    "                  = 3 : CREATED_IMAGE                                   ",
  37    "                  = 4 : UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE                         ",
  38    "       [mode=write mode] [noshadow] [noseq][debug]                      ",
  39    "                                                                        ",
  40    "        mode = a (ACR), x (Explicit VR Dicom), r (RAW : only pixels)    ",
  41    "        noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences        ",
  42    "        noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)",
  43    "        noseq    : user doesn't want to load Sequences                  ",
  44    "        rgb      : user wants to transform LUT (if any) to RGB pixels   ",
  45    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'        ",
  46    FINISH_USAGE
  47
  48    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  49    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  50
  51    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  52    {
  53       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  54       delete am;
  55       return 0;
  56    }
  57    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  58    if ( fileName == NULL )
  59    {
  60       std::cout << "'filein= ...' is mandatory" << std::endl;
  61       delete am;
  62       return 0;
  63    }
  64
  65    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  66    if ( outputFileName == NULL )
  67    {
  68       std::cout << "'fileout= ...' is mandatory" << std::endl;
  69       delete am;
  70       return 0;
  71    }
  72
  73    const char *mode = am->ArgMgrGetString("mode","X");
  74
  75    int filecontent =  am->ArgMgrGetInt("filecontent", gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
  76
  77    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  78    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  79       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  80    else
  81    {
  82    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  83          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  84       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  85          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  86    }
  87
  88    bool rgb = ( 0 != am->ArgMgrDefined("RGB") );
  89
  90    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  91       gdcm::Debug::DebugOn();
  92
  93    // if unused Params we give up
  94    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  95    {
  96       am->ArgMgrUsage(usage);
  97       delete am;
  98       return 0;
  99    }
 100
 101    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 102
 103    // ----------- End Arguments Manager ---------
 104
 105    gdcm::File *f = gdcm::File::New();
 106    f->SetLoadMode( loadMode );
 107    f->SetFileName( fileName );
 108    bool res = f->Load();
 109    if ( !res )
 110    {
 111       f->Delete();
 112       return 0;
 113    }
 114
 115    if (!f->IsReadable())
 116    {
 117        std::cerr << "Sorry, not a Readable DICOM / ACR File"  <<std::endl;
 118        f->Delete();
 119        return 0;
 120    }
 121
 122    gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 123    void *imageData;
 124    int dataSize;
 125
 126    if (rgb)
 127    {
 128       dataSize  = fh->GetImageDataSize();
 129       imageData = fh->GetImageData(); // somewhat important... can't remember
 130       fh->SetWriteModeToRGB();
 131    }
 132    else
 133    {
 134       dataSize  = fh->GetImageDataRawSize();
 135       imageData = fh->GetImageDataRaw();// somewhat important... can't remember
 136       fh->SetWriteModeToRaw();
 137    }
 138
 139    if ( imageData == 0 ) // to avoid warning
 140    {
 141       std::cout << "Was unable to read pixels " << std::endl;
 142    }
 143    std::cout <<std::endl <<" dataSize " << dataSize << std::endl;
 144    int nX,nY,nZ,sPP,planarConfig;
 145    std::string pixelType, transferSyntaxName;
 146    nX=f->GetXSize();
 147    nY=f->GetYSize();
 148    nZ=f->GetZSize();
 149    std::cout << " DIMX=" << nX << " DIMY=" << nY << " DIMZ=" << nZ << std::endl;
 150
 151    pixelType    = f->GetPixelType();
 152    sPP          = f->GetSamplesPerPixel();
 153    planarConfig = f->GetPlanarConfiguration();
 154
 155    std::cout << " pixelType="           << pixelType
 156              << " SampleserPixel="      << sPP
 157              << " PlanarConfiguration=" << planarConfig
 158              << " PhotometricInterpretation="
 159              << f->GetEntryString(0x0028,0x0004)
 160              << std::endl;
 161
 162    int numberOfScalarComponents=f->GetNumberOfScalarComponents();
 163    std::cout << "NumberOfScalarComponents " << numberOfScalarComponents
 164              <<std::endl;
 165    transferSyntaxName = f->GetTransferSyntaxName();
 166    std::cout << " TransferSyntaxName= [" << transferSyntaxName << "]"
 167              << std::endl;
 168
 169
 170    // We trust user. (just an example; *never* trust an user !)
 171    fh->SetContentType((gdcm::ImageContentType)filecontent);
 172
 173    /// \todo Here, give the detail of operations a 'decent' user should perform,
 174    ///       according to what *he* wants to do.
 175
 176
 177    // an user shouldn't add images to a 'native' serie.
 178    // He is allowed to create his own Serie, within a 'native' Study :
 179    // if he wants to do so, he has to call gdcm::Util::GetUniqueUID
 180    // only once for a given image set, belonging to a single 'user Serie'
 181
 182    std::string SerieInstanceUID;
 183    switch(filecontent)
 184    {
 185       case gdcm::USER_OWN_IMAGE :
 186          SerieInstanceUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 187          f->SetEntryString(SerieInstanceUID,0x0020,0x000e);
 188       break;
 189
 190       case gdcm::FILTERED_IMAGE :
 191       /// \todo : to be finished!
 192       break;
 193
 194       case gdcm::CREATED_IMAGE :
 195       /// \todo : to be finished!
 196       break;
 197
 198       case gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE :
 199       /// \todo : to be finished!
 200       break;
 201    }
 202
 203    switch (mode[0])
 204    {
 205       case 'A' :
 206       case 'a' :
 207       // Writting an ACR file
 208       // from a full gdcm readable File
 209          std::cout << "WriteACR" << std::endl;
 210          fh->WriteAcr(outputFileName);
 211          break;
 212
 213       case 'D' : // Not documented in the 'usage', because the method
 214       case 'd' : //                             is known to be bugged.
 215       // Writting a DICOM Implicit VR file
 216       // from a full gdcm readable File
 217          std::cout << "WriteDCM Implicit VR" << std::endl;
 218          fh->WriteDcmImplVR(outputFileName);
 219          break;
 220
 221       case 'X' :
 222       case 'x' :
 223       // writting a DICOM Explicit VR
 224       // from a full gdcm readable File
 225          std::cout << "WriteDCM Explicit VR" << std::endl;
 226          // fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 227          // Try this one :
 228          fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 229          fh->Write(outputFileName);
 230          break;
 231
 232       case 'R' :
 233       case 'r' :
 234       //  Writting a Raw File,
 235          std::cout << "WriteRaw" << std::endl;
 236          fh->WriteRawData(outputFileName);
 237          break;
 238
 239  // Just for fun :
 240  // Write a 'Video inverse' version of the file.
 241  // *Not* described, on purpose,  in the USAGE
 242       case 'V' :
 243       case 'v' :
 244          if ( fh->GetFile()->GetBitsAllocated() == 8)
 245          {
 246             std::cout << "videoinv for 8 bits" << std::endl;
 247             for (int i=0; i<dataSize; i++)
 248             {
 249                ((uint8_t*)imageData)[i] = 255 - ((uint8_t*)imageData)[i];
 250             }
 251          }
 252          else
 253          {
 254             std::cout << "videoinv for 16 bits" << std::endl;
 255             for (int i=0; i<dataSize/2; i++)
 256             {
 257                ((uint16_t*)imageData)[i] =  65535 - ((uint16_t*)imageData)[i];
 258             }
 259          }
 260          std::cout << "WriteDCM Explicit VR + VideoInv" << std::endl;
 261          fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 262          break;
 263    }
 264
 265    f->Delete();
 266    fh->Delete();
 267    return 0;
 268 }
 269